Result of FASTA (omim) for
pF1KB7233
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7233, 449 aa
1>>>pF1KB7233 449 - 449 aa - 449 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3597+/-0.000429; mu= 4.1367+/- 0.026
mean_var=257.4048+/-51.578, 0's: 0 Z-trim(118.6): 136 B-trim: 389 in 2/56
Lambda= 0.079940
statistics sampled from 31563 (31714) to 31563 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.723), E-opt: 0.2 (0.372), width: 16
Scan time: 9.940
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003761 (OMIM: 604541) keratin, type I cuticular ( 449) 2997 359.2 1.3e-98
NP_006762 (OMIM: 604542) keratin, type I cuticular ( 456) 2729 328.3 2.7e-89
NP_002268 (OMIM: 601077) keratin, type I cuticular ( 416) 1579 195.6 2.1e-49
NP_004129 (OMIM: 602761) keratin, type I cuticular ( 404) 1569 194.4 4.6e-49
NP_002270 (OMIM: 602762) keratin, type I cuticular ( 404) 1556 192.9 1.3e-48
XP_011523095 (OMIM: 602763) PREDICTED: keratin, ty ( 412) 1554 192.7 1.6e-48
NP_066293 (OMIM: 602763) keratin, type I cuticular ( 436) 1554 192.7 1.6e-48
NP_002269 (OMIM: 602760) keratin, type I cuticular ( 448) 1513 188.0 4.3e-47
NP_003762 (OMIM: 604540) keratin, type I cuticular ( 467) 1495 186.0 1.9e-46
XP_011523096 (OMIM: 602764) PREDICTED: keratin, ty ( 455) 1484 184.7 4.5e-46
NP_002271 (OMIM: 602764) keratin, type I cuticular ( 455) 1484 184.7 4.5e-46
NP_872303 (OMIM: 616679) keratin, type I cytoskele ( 431) 1342 168.3 3.7e-41
XP_016879678 (OMIM: 616679) PREDICTED: keratin, ty ( 484) 1342 168.3 4e-41
NP_998821 (OMIM: 616678) keratin, type I cytoskele ( 491) 1282 161.4 4.8e-39
NP_000413 (OMIM: 148069,167210,184500) keratin, ty ( 432) 1060 135.7 2.3e-31
NP_002266 (OMIM: 148030) keratin, type I cytoskele ( 456) 1036 133.0 1.6e-30
NP_000517 (OMIM: 125595,131760,131800,131900,14806 ( 472) 1034 132.8 1.9e-30
NP_705694 (OMIM: 148065,615785) keratin, type I cy ( 458) 1025 131.7 3.9e-30
XP_016880103 (OMIM: 148030) PREDICTED: keratin, ty ( 437) 1016 130.7 7.7e-30
XP_011523086 (OMIM: 148030) PREDICTED: keratin, ty ( 463) 1016 130.7 8e-30
NP_005548 (OMIM: 148067,167200,613000) keratin, ty ( 473) 1016 130.7 8.1e-30
NP_002265 (OMIM: 148065,615785) keratin, type I cy ( 420) 1010 130.0 1.2e-29
NP_002267 (OMIM: 148020) keratin, type I cytoskele ( 400) 998 128.6 3.1e-29
NP_000412 (OMIM: 113800,148080,607602,609165) kera ( 584) 960 124.4 8.2e-28
XP_005257400 (OMIM: 113800,148080,607602,609165) P ( 624) 960 124.4 8.6e-28
NP_000214 (OMIM: 122100,601687) keratin, type I cy ( 494) 922 119.9 1.5e-26
NP_061883 (OMIM: 608218) keratin, type I cytoskele ( 424) 911 118.6 3.3e-26
NP_853513 (OMIM: 616677) keratin, type I cytoskele ( 464) 858 112.5 2.4e-24
NP_853515 (OMIM: 616676) keratin, type I cytoskele ( 459) 834 109.7 1.7e-23
NP_061889 (OMIM: 607742) keratin, type I cytoskele ( 525) 835 109.9 1.7e-23
XP_016879788 (OMIM: 607742) PREDICTED: keratin, ty ( 494) 831 109.4 2.2e-23
NP_000215 (OMIM: 148070) keratin, type I cytoskele ( 430) 814 107.4 7.8e-23
NP_954657 (OMIM: 148070) keratin, type I cytoskele ( 430) 814 107.4 7.8e-23
NP_056330 (OMIM: 606194) keratin, type I cytoskele ( 422) 809 106.8 1.2e-22
XP_011522716 (OMIM: 616646,616760) PREDICTED: kera ( 448) 804 106.2 1.8e-22
NP_853512 (OMIM: 616646,616760) keratin, type I cy ( 450) 804 106.2 1.8e-22
XP_011523088 (OMIM: 602761) PREDICTED: keratin, ty ( 245) 796 105.0 2.3e-22
NP_000217 (OMIM: 144200,607606) keratin, type I cy ( 623) 798 105.7 3.6e-22
NP_853517 (OMIM: 616675) keratin, type I cytoskele ( 468) 788 104.4 6.6e-22
XP_011522762 (OMIM: 607742) PREDICTED: keratin, ty ( 422) 731 97.8 5.9e-20
XP_006721802 (OMIM: 607742) PREDICTED: keratin, ty ( 427) 728 97.5 7.5e-20
XP_011522641 (OMIM: 616679) PREDICTED: keratin, ty ( 289) 646 87.8 4.1e-17
XP_005257257 (OMIM: 606194) PREDICTED: keratin, ty ( 285) 621 84.9 3e-16
XP_011522897 (OMIM: 606194) PREDICTED: keratin, ty ( 285) 621 84.9 3e-16
NP_001269362 (OMIM: 606194) keratin, type I cytosk ( 285) 621 84.9 3e-16
NP_001918 (OMIM: 125660,181400,601419,602067,60476 ( 470) 574 79.7 1.8e-14
NP_001124491 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillar ( 431) 558 77.9 6.1e-14
NP_002046 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillary a ( 432) 558 77.9 6.1e-14
NP_001229305 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillar ( 438) 558 77.9 6.1e-14
XP_016879940 (OMIM: 137780,203450) PREDICTED: glia ( 472) 558 77.9 6.4e-14
>>NP_003761 (OMIM: 604541) keratin, type I cuticular Ha7 (449 aa)
initn: 2997 init1: 2997 opt: 2997 Z-score: 1891.3 bits: 359.2 E(85289): 1.3e-98
Smith-Waterman score: 2997; 100.0% identity (100.0% similar) in 449 aa overlap (1-449:1-449)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MTSFYSTSSCPLGCTMAPGARNVFVSPIDVGCQPVAEANAASMCLLANVAHANRVRVGST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MTSFYSTSSCPLGCTMAPGARNVFVSPIDVGCQPVAEANAASMCLLANVAHANRVRVGST
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 PLGRPSLCLPPTSHTACPLPGTCHIPGNIGICGAYGKNTLNGHEKETMKFLNDRLANYLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 PLGRPSLCLPPTSHTACPLPGTCHIPGNIGICGAYGKNTLNGHEKETMKFLNDRLANYLE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 KVRQLEQENAELETTLLERSKCHESTVCPDYQSYFRTIEELQQKILCSKAENARLIVQID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 KVRQLEQENAELETTLLERSKCHESTVCPDYQSYFRTIEELQQKILCSKAENARLIVQID
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 NAKLAADDFRIKLESERSLHQLVEADKCGTQKLLDDATLAKADLEAQQESLKEEQLSLKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NAKLAADDFRIKLESERSLHQLVEADKCGTQKLLDDATLAKADLEAQQESLKEEQLSLKS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 NHEQEVKILRSQLGEKFRIELDIEPTIDLNRVLGEMRAQYEAMVETNHQDVEQWFQAQSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NHEQEVKILRSQLGEKFRIELDIEPTIDLNRVLGEMRAQYEAMVETNHQDVEQWFQAQSE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 GISLQAMSCSEELQCCQSEILELRCTVNALEVERQAQHTLKDCLQNSLCEAEDRYGTELA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 GISLQAMSCSEELQCCQSEILELRCTVNALEVERQAQHTLKDCLQNSLCEAEDRYGTELA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 QMQSLISNLEEQLSEIRADLERQNQEYQVLLDVKARLENEIATYRNLLESEDCKLPCNPC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QMQSLISNLEEQLSEIRADLERQNQEYQVLLDVKARLENEIATYRNLLESEDCKLPCNPC
370 380 390 400 410 420
430 440
pF1KB7 STPASCTSCPSCGPVTGGSPSGHGASMGR
:::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 STPASCTSCPSCGPVTGGSPSGHGASMGR
430 440
>>NP_006762 (OMIM: 604542) keratin, type I cuticular Ha8 (456 aa)
initn: 2873 init1: 2693 opt: 2729 Z-score: 1724.2 bits: 328.3 E(85289): 2.7e-89
Smith-Waterman score: 2729; 91.2% identity (95.6% similar) in 453 aa overlap (1-448:1-453)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MTSFYSTSSCPLGCTMAPGARNVFVSPIDVGCQPVAEANAASMCLLANVAHANRVRVGST
::: ::.:::::::::::::::: :::::.:::: :::: : ::::::::::::::::::
NP_006 MTSSYSSSSCPLGCTMAPGARNVSVSPIDIGCQPGAEANIAPMCLLANVAHANRVRVGST
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 PLGRPSLCLPPTSHTACPLPGTCHIPGNIGICGAYGKNTLNGHEKETMKFLNDRLANYLE
:::::::::::: :::::::::::::::::::::::.:::::::::::.:::::::::::
NP_006 PLGRPSLCLPPTCHTACPLPGTCHIPGNIGICGAYGENTLNGHEKETMQFLNDRLANYLE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 KVRQLEQENAELETTLLERSKCHESTVCPDYQSYFRTIEELQQKILCSKAENARLIVQID
:::::::::::::.:::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::
NP_006 KVRQLEQENAELEATLLERSKCHESTVCPDYQSYFHTIEELQQKILCSKAENARLIVQID
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 NAKLAADDFRIKLESERSLHQLVEADKCGTQKLLDDATLAKADLEAQQESLKEEQLSLKS
:::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 NAKLAADDFRIKLESERSLRQLVEADKCGTQKLLDDATLAKADLEAQQESLKEEQLSLKS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 NHEQEVKILRSQLGEKFRIELDIEPTIDLNRVLGEMRAQYEAMVETNHQDVEQWFQAQSE
::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::.:::.::::::::::::
NP_006 NHEQEVKILRSQLGEKLRIELDIEPTIDLNRVLGEMRAQYEAMLETNRQDVEQWFQAQSE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 GISLQAMSCSEELQCCQSEILELRCTVNALEVERQAQHTLKDCLQNSLCEAEDRYGTELA
::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::
NP_006 GISLQDMSCSEELQCCQSEILELRCTVNALEVERQAQHTLKDCLQNSLCEAEDRFGTELA
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370 380 390 400 410 420
pF1KB7 QMQSLISNLEEQLSEIRADLERQNQEYQVLLDVKARLENEIATYRNLLESEDCKLPCNPC
::::::::.:::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::
NP_006 QMQSLISNVEEQLSEIRADLERQNQEYQVLLDVKTRLENEIATYRNLLESEDCKLPCNPC
370 380 390 400 410 420
430 440
pF1KB7 STPASCTS--C---PSCGPVTGGSPSGHGASMGR
:: ::.. : ::::: : .:. ... :
NP_006 STSPSCVTAPCAPRPSCGPCTTCGPTCGASTTGSRF
430 440 450
>>NP_002268 (OMIM: 601077) keratin, type I cuticular Ha1 (416 aa)
initn: 1641 init1: 1526 opt: 1579 Z-score: 1007.9 bits: 195.6 E(85289): 2.1e-49
Smith-Waterman score: 1588; 62.4% identity (83.9% similar) in 386 aa overlap (64-440:19-401)
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 PVAEANAASMCLLANVAHANRVRVGSTPLGRPSLCLPPTSHTACPLPGTCHIPGNIGICG
:: :.::. :. : :::.:.::.:.. :.
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100 110 120 130 140 150
pF1KB7 AYGKNTLNGHEKETMKFLNDRLANYLEKVRQLEQENAELETTLLERSKCHESTVCPDYQS
. ....:: :::::.:::::::.:::::::::..:::::. . :::. .: .::.:::
NP_002 WFCEGSFNGSEKETMQFLNDRLASYLEKVRQLERDNAELENLIRERSQQQEPLLCPSYQS
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pF1KB7 YFRTIEELQQKILCSKAENARLIVQIDNAKLAADDFRIKLESERSLHQLVEADKCGTQKL
::.:::::::::::.:.:::::.:::::::::::::: : ..: ::.::::.: : ...
NP_002 YFKTIEELQQKILCTKSENARLVVQIDNAKLAADDFRTKYQTELSLRQLVESDINGLRRI
110 120 130 140 150 160
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 LDDATLAKADLEAQQESLKEEQLSLKSNHEQEVKILRSQLGEKFRIELDIEPTIDLNRVL
::. :: :.::::: :::::: : :::::::::. :: :::... .:.: ::.::::::
NP_002 LDELTLCKSDLEAQVESLKEELLCLKSNHEQEVNTLRCQLGDRLNVEVDAAPTVDLNRVL
170 180 190 200 210 220
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 GEMRAQYEAMVETNHQDVEQWFQAQSEGISLQAMSCSEELQCCQSEILELRCTVNALEVE
.: :.::::.::::...::::: .:.: .. :..: ::.:: :.::.::: ::::::.:
NP_002 NETRSQYEALVETNRREVEQWFTTQTEELNKQVVSSSEQLQSYQAEIIELRRTVNALEIE
230 240 250 260 270 280
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 RQAQHTLKDCLQNSLCEAEDRYGTELAQMQSLISNLEEQLSEIRADLERQNQEYQVLLDV
::::.:.: :.:.: :.: ::...:.:.::::.:.: ::.:::.:::::::::::::::
NP_002 LQAQHNLRDSLENTLTESEARYSSQLSQVQSLITNVESQLAEIRSDLERQNQEYQVLLDV
290 300 310 320 330 340
400 410 420 430 440
pF1KB7 KARLENEIATYRNLLESEDCKLPCNPCSTPASCTS---------CPSCGPVTGGSPSGHG
.:::: :: :::.:::::::.:: :::.: .:.. : :: : . .:
NP_002 RARLECEINTYRSLLESEDCNLPSNPCATTNACSKPIGPCLSNPCTSCVPPAPCTPCAPR
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 ASMGR
NP_002 PRCGPCNSFVR
410
>>NP_004129 (OMIM: 602761) keratin, type I cuticular Ha3 (404 aa)
initn: 1581 init1: 1506 opt: 1569 Z-score: 1001.8 bits: 194.4 E(85289): 4.6e-49
Smith-Waterman score: 1569; 62.6% identity (83.9% similar) in 385 aa overlap (64-448:19-397)
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 PVAEANAASMCLLANVAHANRVRVGSTPLGRPSLCLPPTSHTACPLPGTCHIPGNIGICG
:: :.::. : .: :::.:.::.:.. :.
NP_004 MSYSCGLPSLSCRTSCSSRP--CVPPSCH-GCTLPGACNIPANVSNCN
10 20 30 40
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 AYGKNTLNGHEKETMKFLNDRLANYLEKVRQLEQENAELETTLLERSKCHESTVCPDYQS
. ....:: :::::.:::::::.:::::::::..:::::. . :::. .: :: .:::
NP_004 WFCEGSFNGSEKETMQFLNDRLASYLEKVRQLERDNAELENLIRERSQQQEPLVCASYQS
50 60 70 80 90 100
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 YFRTIEELQQKILCSKAENARLIVQIDNAKLAADDFRIKLESERSLHQLVEADKCGTQKL
::.:::::::::::::.:::::.:::::::::.:::: : :.: ::.::::.: : ...
NP_004 YFKTIEELQQKILCSKSENARLVVQIDNAKLASDDFRTKYETELSLRQLVESDINGLRRI
110 120 130 140 150 160
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 LDDATLAKADLEAQQESLKEEQLSLKSNHEQEVKILRSQLGEKFRIELDIEPTIDLNRVL
::. :: ..::::: :::::: : ::.::::::. :: :::... .:.: ::.:::.::
NP_004 LDELTLCRSDLEAQVESLKEELLCLKQNHEQEVNTLRCQLGDRLNVEVDAAPTVDLNQVL
170 180 190 200 210 220
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 GEMRAQYEAMVETNHQDVEQWFQAQSEGISLQAMSCSEELQCCQSEILELRCTVNALEVE
.: :.::::.::::...::::: .:.: .. :..: ::.:: :.::.::: ::::::.:
NP_004 NETRSQYEALVETNRREVEQWFATQTEELNKQVVSSSEQLQSYQAEIIELRRTVNALEIE
230 240 250 260 270 280
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 RQAQHTLKDCLQNSLCEAEDRYGTELAQMQSLISNLEEQLSEIRADLERQNQEYQVLLDV
::::.:.: :.:.: :.: ::...:.:.: ::.:.: ::.:::.:::::::::::::::
NP_004 LQAQHNLRDSLENTLTESEARYSSQLSQVQRLITNVESQLAEIRSDLERQNQEYQVLLDV
290 300 310 320 330 340
400 410 420 430 440
pF1KB7 KARLENEIATYRNLLESEDCKLPCNPCSTPASCTSCPSCGPVTGGSPSGHGASMGR
.:::: :: :::.:::::::::: :::.: .: . : :: . .: : : :
NP_004 RARLECEINTYRSLLESEDCKLPSNPCATTNACDK--STGPCIS-NPCGLRARCGPCNTF
350 360 370 380 390 400
NP_004 GY
>>NP_002270 (OMIM: 602762) keratin, type I cuticular Ha3 (404 aa)
initn: 1596 init1: 1506 opt: 1556 Z-score: 993.7 bits: 192.9 E(85289): 1.3e-48
Smith-Waterman score: 1556; 62.1% identity (84.6% similar) in 383 aa overlap (64-440:19-398)
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 PVAEANAASMCLLANVAHANRVRVGSTPLGRPSLCLPPTSHTACPLPGTCHIPGNIGICG
:: :.::. : . :::.:.::.:.. :.
NP_002 MPYNFCLPSLSCRTSCSSRP--CVPPSCH-GYTLPGACNIPANVSNCN
10 20 30 40
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 AYGKNTLNGHEKETMKFLNDRLANYLEKVRQLEQENAELETTLLERSKCHESTVCPDYQS
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::.:::::::::::::.:::::.:::::::::::::: : ..:.::.::::.: . ...
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110 120 130 140 150 160
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::. :: ..:::::.:::::: ::::.::::::. :: :::... .:.: :..:::.::
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::::.:. :.:.: :.: ::...:.:.::::.:.: ::.:::.:::::::::::::::
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:...::::: ::::.: :::::: ::::::::::::::::::::.::::::.:::.::::
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XP_011 KLPCNPCAPDYSPSKSCLPCLPAASCGPSAARTNCSPRPICVPCPGGRF
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60827320 residues in 85289 library sequences
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start: Fri Nov 4 06:10:01 2016 done: Fri Nov 4 06:10:02 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]