Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7237
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7237, 481 aa
1>>>pF1KB7237 481 - 481 aa - 481 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3376+/-0.000935; mu= 17.5059+/- 0.056
mean_var=65.3820+/-13.027, 0's: 0 Z-trim(104.7): 23 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.158615
statistics sampled from 8032 (8049) to 8032 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.618), E-opt: 0.2 (0.247), width: 16
Scan time: 2.230
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13564.1 LIPI gene_id:149998|Hs108|chr21 ( 481) 3295 763.1 0
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CCDS2991.1 PLA1A gene_id:51365|Hs108|chr3 ( 456) 867 207.5 2.4e-53
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CCDS56268.1 PLA1A gene_id:51365|Hs108|chr3 ( 440) 658 159.7 5.9e-39
CCDS56269.1 PLA1A gene_id:51365|Hs108|chr3 ( 283) 565 138.3 1e-32
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CCDS7595.1 PNLIPRP1 gene_id:5407|Hs108|chr10 ( 467) 482 119.4 8.3e-27
CCDS6012.1 LPL gene_id:4023|Hs108|chr8 ( 475) 453 112.8 8.4e-25
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CCDS77187.1 LIPG gene_id:9388|Hs108|chr18 ( 426) 263 69.3 9.3e-12
>>CCDS13564.1 LIPI gene_id:149998|Hs108|chr21 (481 aa)
initn: 3295 init1: 3295 opt: 3295 Z-score: 4073.5 bits: 763.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3295; 99.8% identity (99.8% similar) in 481 aa overlap (1-481:1-481)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MLLKCLHNNLCQKYSAHAFQFSPRNVLWLLVVCLRSDNKRPCLEFSQLSVKDSFRDLFIP
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CCDS13 MLLKCLHNNLCQKYSAHAFQFSPRNVLWLLVVCLRSDNKRPCLEFSQLSVKDSFRDLFIP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 RIETILMMYTRNNLNCAEPLFEQNNSLNVNFNTQKKTVWLIHGYRPVGSIPLWLQNFVRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RIETILMMYTRNNLNCAEPLFEQNNSLNVNFNTQKKTVWLIHGYRPVGSIPLWLQNFVRI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 LLNEEDMNVIVVDWSRGATTFIYNRAVKNTRKVAVSLSVHIKNLLKHGASLDNFHFIGVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LLNEEDMNVIVVDWSRGATTFIYNRAVKNTRKVAVSLSVHIKNLLKHGASLDNFHFIGVS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 LGAHISGFVGKIFHGQLGRITGLDPAGPRFSRKPPYSRLDYTDAKFVDVIHSDSNGLGIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LGAHISGFVGKIFHGQLGRITGLDPAGPRFSRKPPYSRLDYTDAKFVDVIHSDSNGLGIQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 EPLGHIDFYPNGGNKQPGCPKSIFSGIQFIKCNHQRAVHLFMASLETNCNFISFPCRSYK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 EPLGHIDFYPNGGNKQPGCPKSIFSGIQFIKCNHQRAVHLFMASLETNCNFISFPCRSYK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 DYKTSLCVDCDCFKEKSCPRLGYQAKLFKGVLKERMEGRPLRTTVFLDTSGTYPFCTYYF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DYKTSLCVDCDCFKEKSCPRLGYQAKLFKGVLKERMEGRPLRTTVFLDTSGTYPFCTYYF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 VLSIIVPDKTMMDGSFSFKLLNQLGMIEEPRLYEKNKPFYKLQEVKILAQFYNDFVNISS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VLSIIVPDKTMMDGSFSFKLLNQLGMIEEPRLYEKNKPFYKLQEVKILAQFYNDFVNISS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 IGLTYFQSSNLQCSTCTYKIQRLMLKSLTYPERPPLCRYNIVLKDREEVFLNPNTCTPKN
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CCDS13 IGLTYFQSSNLQCSTCTYKIQSLMLKSLTYPERPPLCRYNIVLKDREEVFLNPNTCTPKN
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 T
:
CCDS13 T
>>CCDS3272.1 LIPH gene_id:200879|Hs108|chr3 (451 aa)
initn: 1337 init1: 1030 opt: 1399 Z-score: 1729.1 bits: 329.2 E(32554): 5.5e-90
Smith-Waterman score: 1399; 45.7% identity (77.6% similar) in 455 aa overlap (24-476:3-446)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MLLKCLHNNLCQKYSAHAFQFSPRNVLWLLVVCL-RSDNKRPCLEFSQLSVKDSFRDLFI
: :.. ..:: ::: .. : :..:: ... .
CCDS32 MLRFYLFISLLCLSRSDAEETCPSFTRLSFHSA---VVG
10 20 30
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 PRIETILMMYTRNNLNCAEPLFEQNNSLNVNFNTQKKTVWLIHGYRPVGSIPLWLQNFVR
... ::.:::.::.::. . :.: :.:. :::....::.::.:: :.:....:.
CCDS32 TGLNVRLMLYTRKNLTCAQTI---NSSAFGNLNVTKKTTFIVHGFRPTGSPPVWMDDLVK
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 ILLNEEDMNVIVVDWSRGATTFIYNRAVKNTRKVAVSLSVHIKNLLKHGASLDNFHFIGV
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CCDS32 GLLSVEDMNVVVVDWNRGATTLIYTHASSKTRKVAMVLKEFIDQMLAEGASLDDIYMIGV
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 SLGAHISGFVGKIFHGQLGRITGLDPAGPRFSRKPPYSRLDYTDAKFVDVIHSDSNGLGI
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CCDS32 SLGAHISGFVGEMYDGWLGRITGLDPAGPLFNGKPHQDRLDPSDAQFVDVIHSDTDALGY
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 QEPLGHIDFYPNGGNKQPGCPKSIFSGIQFIKCNHQRAVHLFMASLETNCNFISFPCRSY
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CCDS32 KEPLGNIDFYPNGGLDQPGCPKTILGGFQYFKCDHQRSVYLYLSSLRESCTITAYPCDSY
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 KDYKTSLCVDCDCFKEKSCPRLGYQAKLFKGVLKERMEGR-PLRTTVFLDTSGTYPFCTY
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CCDS32 QDYRNGKCVSCGTSQKESCPLLGYYADNWK----DHLRGKDPPMTKAFFDTAEESPFCMY
280 290 300 310 320
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 YFVLSIIVPDKTMMDGSFSFKLLNQLGMIEEPRLYEKNKPFYKLQEVKILAQFYNDFVNI
.. ..::. .:.. :....:: .. : : .. .. : : ..:..::.: .:. ..
CCDS32 HYFVDIITWNKNVRRGDITIKLRDKAGNTTESKINHEPTTFQKYHQVSLLARFNQDLDKV
330 340 350 360 370 380
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 SSIGLTYFQSSNLQCSTCTYKIQRLMLKSLTYPERPPLCRYNIVLKDREEVFLNPNTCTP
..:.: .:....: .: :. :.::..:::: ::::..:: . :. ..: :
CCDS32 AAISL-MFSTGSLIGPRYKLRILRMKLRSLAHPERPQLCRYDLVLMENVETVFQPILCPE
390 400 410 420 430 440
480
pF1KB7 KNT
CCDS32 LQL
450
>>CCDS2991.1 PLA1A gene_id:51365|Hs108|chr3 (456 aa)
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Smith-Waterman score: 867; 39.6% identity (70.7% similar) in 338 aa overlap (26-359:16-340)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MLLKCLHNNLCQKYSAHAFQFSPRNVLWLLVVCLRSDNKRP---CLEFSQLSVKDSFRDL
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CCDS29 MPPGPWESCFWVGGLILWLSVGSSGDAPPTPQPKCADFQSANLFEG-TDL
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 FIPRIETILMMYTRNNLNCAEPLFEQNNSL-NVNFNTQKKTVWLIHGYRPVGSIPLWLQN
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CCDS29 KVQ-----FLLFVPSNPSCGQ-LVEGSSDLQNSGFNATLGTKLIIHGFRVLGTKPSWIDT
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 FVRILLNEEDMNVIVVDWSRGATTFIYNRAVKNTRKVAVSLSVHIKNLLKHGASLDNFHF
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CCDS29 FIRTLLRATNANVIAVDWIYGSTG-VYFSAVKNVIKLSLEISLFLNKLLVLGVSESSIHI
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pF1KB7 IGVSLGAHISGFVGKIFHGQLGRITGLDPAGPRFSRKPPYSRLDYTDAKFVDVIHSDSNG
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CCDS29 IGVSLGAHVGGMVGQLFGGQLGQITGLDPAGPEYTRASVEERLDAGDALFVEAIHTDTDN
170 180 190 200 210 220
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pF1KB7 LGIQEPLGHIDFYPNGGNKQPGCPKSIFSGIQFIKCNHQRAVHLFMASLETNCNFISFPC
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230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 RSYKDYKTSLCVDCDCFKEKSCPRLGYQAKLFKGVLKERMEGRPLRTTVFLDTSGTYPFC
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CCDS29 ASYKAFLAGRCLDCFNPFLLSCPRIGLVEQ--GGV---KIEPLPKEVKVYLLTTSSAPYC
290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 TYYFVLSIIVPDKTMMDGSFSFKLLNQLGMIEEPRLYEKNKPFYKLQEVKILAQFYNDFV
..
CCDS29 MHHSLVEFHLKELRNKDTNIEVTFLSSNITSSSKITIPKQQRYGKGIIAHATPQCQINQV
340 350 360 370 380 390
>>CCDS77795.1 PLA1A gene_id:51365|Hs108|chr3 (440 aa)
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Smith-Waterman score: 861; 42.4% identity (74.6% similar) in 295 aa overlap (66-359:37-324)
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pF1KB7 SDNKRPCLEFSQLSVKDSFRDLFIPRIETILMMYTRNNLNCAEPLFEQNNSL-NVNFNTQ
..... .: .:.. : : ...: : .::.
CCDS77 IWGDAPPTPQPKCADFQSANLFEGTDLKVQFLLFVPSNPSCGQ-LVEGSSDLQNSGFNAT
10 20 30 40 50 60
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 KKTVWLIHGYRPVGSIPLWLQNFVRILLNEEDMNVIVVDWSRGATTFIYNRAVKNTRKVA
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CCDS77 LGTKLIIHGFRVLGTKPSWIDTFIRTLLRATNANVIAVDWIYGSTG-VYFSAVKNVIKLS
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pF1KB7 VSLSVHIKNLLKHGASLDNFHFIGVSLGAHISGFVGKIFHGQLGRITGLDPAGPRFSRKP
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CCDS77 LEISLFLNKLLVLGVSESSIHIIGVSLGAHVGGMVGQLFGGQLGQITGLDPAGPEYTRAS
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pF1KB7 PYSRLDYTDAKFVDVIHSDSNGLGIQEPLGHIDFYPNGGNKQPGCPKSIFSGIQFIKCNH
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CCDS77 VEERLDAGDALFVEAIHTDTDNLGIRIPVGHVDYFVNGGQDQPGCPTFFYAGYSYLICDH
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pF1KB7 QRAVHLFMASLETNCNFISFPCRSYKDYKTSLCVDCDCFKEKSCPRLGYQAKLFKGVLKE
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CCDS77 MRAVHLYISALENSCPLMAFPCASYKAFLAGRCLDCFNPFLLSCPRIGLVEQ--GGV---
250 260 270 280 290
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pF1KB7 RMEGRPLRTTVFLDTSGTYPFCTYYFVLSIIVPDKTMMDGSFSFKLLNQLGMIEEPRLYE
..: : .. :.: :... :.: ..
CCDS77 KIEPLPKEVKVYLLTTSSAPYCMHHSLVEFHLKELRNKDTNIEVTFLSSNITSSSKITIP
300 310 320 330 340 350
>>CCDS56268.1 PLA1A gene_id:51365|Hs108|chr3 (440 aa)
initn: 756 init1: 591 opt: 658 Z-score: 812.8 bits: 159.7 E(32554): 5.9e-39
Smith-Waterman score: 805; 38.5% identity (67.2% similar) in 338 aa overlap (26-359:16-324)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MLLKCLHNNLCQKYSAHAFQFSPRNVLWLLVVCLRSDNKRP---CLEFSQLSVKDSFRDL
.::: : . : : .:.. .. .. ::
CCDS56 MPPGPWESCFWVGGLILWLSVGSSGDAPPTPQPKCADFQSANLFEG-TDL
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 FIPRIETILMMYTRNNLNCAEPLFEQNNSL-NVNFNTQKKTVWLIHGYRPVGSIPLWLQN
. ..... .: .:.. : : ...: : .::. : .:::.: .:. : :...
CCDS56 KVQ-----FLLFVPSNPSCGQ-LVEGSSDLQNSGFNATLGTKLIIHGFRVLGTKPSWIDT
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 FVRILLNEEDMNVIVVDWSRGATTFIYNRAVKNTRKVAVSLSVHIKNLLKHGASLDNFHF
:.: :: . :::.::: :.: .: ::::. :.: ...:.
CCDS56 FIRTLLRATNANVIAVDWIYGSTG-VYFSAVKNVL----------------GVSESSIHI
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180 190 200 210 220 230
pF1KB7 IGVSLGAHISGFVGKIFHGQLGRITGLDPAGPRFSRKPPYSRLDYTDAKFVDVIHSDSNG
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CCDS56 IGVSLGAHVGGMVGQLFGGQLGQITGLDPAGPEYTRASVEERLDAGDALFVEAIHTDTDN
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 LGIQEPLGHIDFYPNGGNKQPGCPKSIFSGIQFIKCNHQRAVHLFMASLETNCNFISFPC
:::. :.::.:.. :::. ::::: ...: ... :.:.:::::....::..: ...:::
CCDS56 LGIRIPVGHVDYFVNGGQDQPGCPTFFYAGYSYLICDHMRAVHLYISALENSCPLMAFPC
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 RSYKDYKTSLCVDCDCFKEKSCPRLGYQAKLFKGVLKERMEGRPLRTTVFLDTSGTYPFC
::: . .. :.:: ::::.: . :: ..: : .. :.: :... :.:
CCDS56 ASYKAFLAGRCLDCFNPFLLSCPRIGLVEQ--GGV---KIEPLPKEVKVYLLTTSSAPYC
270 280 290 300 310 320
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 TYYFVLSIIVPDKTMMDGSFSFKLLNQLGMIEEPRLYEKNKPFYKLQEVKILAQFYNDFV
..
CCDS56 MHHSLVEFHLKELRNKDTNIEVTFLSSNITSSSKITIPKQQRYGKGIIAHATPQCQINQV
330 340 350 360 370 380
>>CCDS56269.1 PLA1A gene_id:51365|Hs108|chr3 (283 aa)
initn: 528 init1: 528 opt: 565 Z-score: 700.7 bits: 138.3 E(32554): 1e-32
Smith-Waterman score: 565; 44.4% identity (74.9% similar) in 171 aa overlap (189-359:2-167)
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 VHIKNLLKHGASLDNFHFIGVSLGAHISGFVGKIFHGQLGRITGLDPAGPRFSRKPPYSR
::..: ::::.:::::::::...: :
CCDS56 MVGQLFGGQLGQITGLDPAGPEYTRASVEER
10 20 30
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 LDYTDAKFVDVIHSDSNGLGIQEPLGHIDFYPNGGNKQPGCPKSIFSGIQFIKCNHQRAV
:: :: ::..::.:...:::. :.::.:.. :::. ::::: ...: ... :.:.:::
CCDS56 LDAGDALFVEAIHTDTDNLGIRIPVGHVDYFVNGGQDQPGCPTFFYAGYSYLICDHMRAV
40 50 60 70 80 90
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 HLFMASLETNCNFISFPCRSYKDYKTSLCVDCDCFKEKSCPRLGYQAKLFKGVLKERMEG
::....::..: ...::: ::: . .. :.:: ::::.: . :: ..:
CCDS56 HLYISALENSCPLMAFPCASYKAFLAGRCLDCFNPFLLSCPRIGLVEQ--GGV---KIEP
100 110 120 130 140
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 RPLRTTVFLDTSGTYPFCTYYFVLSIIVPDKTMMDGSFSFKLLNQLGMIEEPRLYEKNKP
: .. :.: :... :.: ..
CCDS56 LPKEVKVYLLTTSSAPYCMHHSLVEFHLKELRNKDTNIEVTFLSSNITSSSKITIPKQQR
150 160 170 180 190 200
>>CCDS7594.1 PNLIP gene_id:5406|Hs108|chr10 (465 aa)
initn: 519 init1: 275 opt: 542 Z-score: 669.0 bits: 133.1 E(32554): 6.1e-31
Smith-Waterman score: 646; 30.8% identity (58.2% similar) in 483 aa overlap (27-476:4-465)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MLLKCLHNNLCQKYSAHAFQFSPRNVLWLLVVCLRS-DNKRPCLE----FSQLSVKDSF-
:: : . : . .:. : : ::. : ...
CCDS75 MLPLWTLSLLLGAVAGKEVCYERLGCFSDDSPWSGIT
10 20 30
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pF1KB7 -RDLFI----PR-IETILMMYTRNNLNCAEPLFEQNNSLN-VNFNTQKKTVWLIHGYRPV
: : : :. ..: ...:: .: : . . ...:.. ::.:..:: ..:::.
CCDS75 ERPLHILPWSPKDVNTRFLLYTNENPNNFQEVAADSSSISGSNFKTNRKTRFIIHGFIDK
40 50 60 70 80 90
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pF1KB7 GSIPLWLQNFVRILLNEEDMNVIVVDWSRGATTFIYNRAVKNTRKVAVSLSVHIKNLLK-
: :: : . :.. :..: : ::: .:.. :..: .: : :.. .. .. : .
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]