Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7259
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7259, 586 aa
1>>>pF1KB7259 586 - 586 aa - 586 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.0347+/-0.000826; mu= 7.5946+/- 0.050
mean_var=155.2456+/-32.037, 0's: 0 Z-trim(113.3): 26 B-trim: 442 in 2/50
Lambda= 0.102935
statistics sampled from 13941 (13966) to 13941 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.756), E-opt: 0.2 (0.429), width: 16
Scan time: 3.470
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14760.1 GAB3 gene_id:139716|Hs108|chrX ( 586) 3978 602.5 4.9e-172
CCDS48198.1 GAB3 gene_id:139716|Hs108|chrX ( 587) 3966 600.7 1.7e-171
CCDS65357.1 GAB3 gene_id:139716|Hs108|chrX ( 548) 3476 527.9 1.3e-149
CCDS8259.1 GAB2 gene_id:9846|Hs108|chr11 ( 676) 581 98.0 4e-20
CCDS3759.1 GAB1 gene_id:2549|Hs108|chr4 ( 694) 576 97.3 6.8e-20
CCDS3760.1 GAB1 gene_id:2549|Hs108|chr4 ( 724) 576 97.3 7.1e-20
CCDS42976.1 GAB4 gene_id:128954|Hs108|chr22 ( 574) 457 79.6 1.2e-14
>>CCDS14760.1 GAB3 gene_id:139716|Hs108|chrX (586 aa)
initn: 3978 init1: 3978 opt: 3978 Z-score: 3202.1 bits: 602.5 E(32554): 4.9e-172
Smith-Waterman score: 3978; 100.0% identity (100.0% similar) in 586 aa overlap (1-586:1-586)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MSAGDAVCTGWLVKSPPERKLQRYAWRKRWFVLRRGRMSGNPDVLEYYRNKHSSKPIRVI
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CCDS14 MSAGDAVCTGWLVKSPPERKLQRYAWRKRWFVLRRGRMSGNPDVLEYYRNKHSSKPIRVI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 DLSECAVWKHVGPSFVRKEFQNNFVFIVKTTSRTFYLVAKTEQEMQVWVHSISQVCNLGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 DLSECAVWKHVGPSFVRKEFQNNFVFIVKTTSRTFYLVAKTEQEMQVWVHSISQVCNLGH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 LEDGADSMESLSYTPSSLQPSSASSLLTAHAASSSLPRDDPNTNAVATEETRSESELLFL
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CCDS14 LEDGADSMESLSYTPSSLQPSSASSLLTAHAASSSLPRDDPNTNAVATEETRSESELLFL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 PDYLVLSNCETGRLHHTSLPTRCDSWSNSDRSLEQASFDDVFVDCLQPLPSSHLVHPSCH
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CCDS14 PDYLVLSNCETGRLHHTSLPTRCDSWSNSDRSLEQASFDDVFVDCLQPLPSSHLVHPSCH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 GSGAQEVPSSRPQAALIWSREINGPPRDHLSSSPLLESSLSSTIQVDKNQGSLPCGAKEL
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CCDS14 GSGAQEVPSSRPQAALIWSREINGPPRDHLSSSPLLESSLSSTIQVDKNQGSLPCGAKEL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 DIMSNTPPPRPPKPSHLSERRQEEWSTHSGSKKPECTLVPRRISLSGLDNMRTWKADVEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 DIMSNTPPPRPPKPSHLSERRQEEWSTHSGSKKPECTLVPRRISLSGLDNMRTWKADVEG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 QSLRHRDKRLSLNLPCRFSPMYPTASASIEDSYVPMSPQAGASGLGPHCSPDDYIPMNSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 QSLRHRDKRLSLNLPCRFSPMYPTASASIEDSYVPMSPQAGASGLGPHCSPDDYIPMNSG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 SISSPLPELPANLEPPPVNRDLKPQRKSRPPPLDLRNLSIIREHASLTRTRTVPCSRTSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 SISSPLPELPANLEPPPVNRDLKPQRKSRPPPLDLRNLSIIREHASLTRTRTVPCSRTSF
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 LSPERNGINSARFFANPVSREDEESYIEMEEHRTASSLSSGALTWTKKFSLDYLALDFNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LSPERNGINSARFFANPVSREDEESYIEMEEHRTASSLSSGALTWTKKFSLDYLALDFNS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580
pF1KB7 ASPAPMQQKLLLSEEQRVDYVQVDEQKTQALQSTKQEWTDERQSKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ASPAPMQQKLLLSEEQRVDYVQVDEQKTQALQSTKQEWTDERQSKV
550 560 570 580
>>CCDS48198.1 GAB3 gene_id:139716|Hs108|chrX (587 aa)
initn: 3113 init1: 3113 opt: 3966 Z-score: 3192.4 bits: 600.7 E(32554): 1.7e-171
Smith-Waterman score: 3966; 99.8% identity (99.8% similar) in 587 aa overlap (1-586:1-587)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MSAGDAVCTGWLVKSPPERKLQRYAWRKRWFVLRRGRMSGNPDVLEYYRNKHSSKPIRVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 MSAGDAVCTGWLVKSPPERKLQRYAWRKRWFVLRRGRMSGNPDVLEYYRNKHSSKPIRVI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 DLSECAVWKHVGPSFVRKEFQNNFVFIVKTTSRTFYLVAKTEQEMQVWVHSISQVCNLGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 DLSECAVWKHVGPSFVRKEFQNNFVFIVKTTSRTFYLVAKTEQEMQVWVHSISQVCNLGH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB7 LEDGA-DSMESLSYTPSSLQPSSASSLLTAHAASSSLPRDDPNTNAVATEETRSESELLF
::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 LEDGAADSMESLSYTPSSLQPSSASSLLTAHAASSSLPRDDPNTNAVATEETRSESELLF
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 LPDYLVLSNCETGRLHHTSLPTRCDSWSNSDRSLEQASFDDVFVDCLQPLPSSHLVHPSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 LPDYLVLSNCETGRLHHTSLPTRCDSWSNSDRSLEQASFDDVFVDCLQPLPSSHLVHPSC
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 HGSGAQEVPSSRPQAALIWSREINGPPRDHLSSSPLLESSLSSTIQVDKNQGSLPCGAKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 HGSGAQEVPSSRPQAALIWSREINGPPRDHLSSSPLLESSLSSTIQVDKNQGSLPCGAKE
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 LDIMSNTPPPRPPKPSHLSERRQEEWSTHSGSKKPECTLVPRRISLSGLDNMRTWKADVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 LDIMSNTPPPRPPKPSHLSERRQEEWSTHSGSKKPECTLVPRRISLSGLDNMRTWKADVE
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 GQSLRHRDKRLSLNLPCRFSPMYPTASASIEDSYVPMSPQAGASGLGPHCSPDDYIPMNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 GQSLRHRDKRLSLNLPCRFSPMYPTASASIEDSYVPMSPQAGASGLGPHCSPDDYIPMNS
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 GSISSPLPELPANLEPPPVNRDLKPQRKSRPPPLDLRNLSIIREHASLTRTRTVPCSRTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 GSISSPLPELPANLEPPPVNRDLKPQRKSRPPPLDLRNLSIIREHASLTRTRTVPCSRTS
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB7 FLSPERNGINSARFFANPVSREDEESYIEMEEHRTASSLSSGALTWTKKFSLDYLALDFN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 FLSPERNGINSARFFANPVSREDEESYIEMEEHRTASSLSSGALTWTKKFSLDYLALDFN
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580
pF1KB7 SASPAPMQQKLLLSEEQRVDYVQVDEQKTQALQSTKQEWTDERQSKV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 SASPAPMQQKLLLSEEQRVDYVQVDEQKTQALQSTKQEWTDERQSKV
550 560 570 580
>>CCDS65357.1 GAB3 gene_id:139716|Hs108|chrX (548 aa)
initn: 3508 init1: 2622 opt: 3476 Z-score: 2799.6 bits: 527.9 E(32554): 1.3e-149
Smith-Waterman score: 3626; 93.2% identity (93.2% similar) in 587 aa overlap (1-586:1-548)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MSAGDAVCTGWLVKSPPERKLQRYAWRKRWFVLRRGRMSGNPDVLEYYRNKHSSKPIRVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 MSAGDAVCTGWLVKSPPERKLQRYAWRKRWFVLRRGRMSGNPDVLEYYRNKHSSKPIRVI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 DLSECAVWKHVGPSFVRKEFQNNFVFIVKTTSRTFYLVAKTEQEMQVWVHSISQVCNLGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 DLSECAVWKHVGPSFVRKEFQNNFVFIVKTTSRTFYLVAKTEQEMQVWVHSISQVCNLGH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB7 LEDGA-DSMESLSYTPSSLQPSSASSLLTAHAASSSLPRDDPNTNAVATEETRSESELLF
::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 LEDGAADSMESLSYTPSSLQPSSASSLLTAHAASSSLPRDDPNTNAVATEETRSESELLF
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 LPDYLVLSNCETGRLHHTSLPTRCDSWSNSDRSLEQASFDDVFVDCLQPLPSSHLVHPSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 LPDYLVLSNCETGRLHHTSLPTRCDSWSNSDRSLEQASFDDVFVDCLQPLPSSHLVHPSC
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 HGSGAQEVPSSRPQAALIWSREINGPPRDHLSSSPLLESSLSSTIQVDKNQGSLPCGAKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 HGSGAQEVPSSRPQAALIWSREINGPPRDHLSSSPLLESSLSSTIQVDKNQGSLPCGAKE
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 LDIMSNTPPPRPPKPSHLSERRQEEWSTHSGSKKPECTLVPRRISLSGLDNMRTWKADVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 LDIMSNTPPPRPPKPSHLSERRQEEWSTHSGSKKPECTLVPRRISLSGLDNMRTWKADVE
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 GQSLRHRDKRLSLNLPCRFSPMYPTASASIEDSYVPMSPQAGASGLGPHCSPDDYIPMNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 GQSLRHRDKRLSLNLPCRFSPMYPTASASIEDSYVPMSPQAGASGLGPHCSPDDYIPMNS
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 GSISSPLPELPANLEPPPVNRDLKPQRKSRPPPLDLRNLSIIREHASLTRTRTVPCSRTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 GSISSPLPELPANLEPPPVNRDLKPQRKSRPPPLDLRNLSIIREHASLTRTRTVPCSRTS
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB7 FLSPERNGINSARFFANPVSREDEESYIEMEEHRTASSLSSGALTWTKKFSLDYLALDFN
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 FLSPERNGINSARFFANPVSREDEESYIEM------------------------------
490 500 510
540 550 560 570 580
pF1KB7 SASPAPMQQKLLLSEEQRVDYVQVDEQKTQALQSTKQEWTDERQSKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 ---------KLLLSEEQRVDYVQVDEQKTQALQSTKQEWTDERQSKV
520 530 540
>>CCDS8259.1 GAB2 gene_id:9846|Hs108|chr11 (676 aa)
initn: 1020 init1: 368 opt: 581 Z-score: 474.8 bits: 98.0 E(32554): 4e-20
Smith-Waterman score: 901; 33.7% identity (57.5% similar) in 626 aa overlap (4-538:5-619)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MSAGDAVCTGWLVKSPPERKLQRYAWRKRWFVLRRGRMSGNPDVLEYYRNKHSSKPIRV
::.:::::: :::::.::.::::.::::.:: :::::.:::::::.: ::.::.:.
CCDS82 MSGGGDVVCTGWLRKSPPEKKLRRYAWKKRWFILRSGRMSGDPDVLEYYKNDHSKKPLRI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 IDLSECAVWKHVGPSFVRKEFQNNFVFIVKTTSRTFYLVAKTEQEMQVWVHSISQVCNLG
:.:. : .: .: .::.:..::: .::. :::::::.::..:. ::.:: :.:...
CCDS82 INLNFCE-QVDAGLTFNKKELQDSFVFDIKTSERTFYLVAETEEDMNKWVQSICQICGFN
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KB7 HLEDGADSMESLSY-------TPSSLQPSSASSLLTAHAAS----SSLPR----DDPNTN
. :...::....: .:. :. ::.. :: . .: :: : . : .:
CCDS82 QAEESTDSLRNVSSAGHGPRSSPAELS-SSSQHLLRERKSSAPSHSSQPTLFTFEPPVSN
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210
pF1KB7 AVA-TEETRSESELLFLPDYLVLSNCETGRLHHTSLPTRCDSWSNSDR------------
. : : . .: :.: . :..: : :: . ::
CCDS82 HMQPTLSTSAPQEYLYL-HQCISRRAENARSASFSQGTRASFLMRSDTAVQKLAQGNGHC
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250
pF1KB7 ------------SLEQASFDDV-FVDCLQPLPSSHLVHPSCHGS--GAQ----EVPSSR-
:: . : .. : : :: : : .:: :.. .: . .
CCDS82 VNGISGQVHGFYSLPKPSRHNTEFRDSTYDLPRSLASHGHTKGSLTGSETDNEDVYTFKT
240 250 260 270 280 290
260 270 280 290 300
pF1KB7 PQAALIWSREINGPPRDHLS--SSPLLESSLSSTIQVDKNQGSLPCGAKELDIMSNTPPP
:. .: ::.. :... ..:: .. :. .:::.... .. . .. :::
CCDS82 PSNTL--CREFGDLLVDNMDVPATPLSAYQIPRTFTLDKNHNAMTVATPGDSAIA--PPP
300 310 320 330 340 350
310 320 330 340 350
pF1KB7 RPPKPSHLSERR----QEEWSTHSGSKKPECTLVPRRISLSGLDNMRTWKA---------
::::::. : :.. .:.. : .::: .: ..:: : .:
CCDS82 RPPKPSQAETPRWGSPQQRPPISENSRSVAAT-IPRRNTLPAMDNSRLHRASSCETYEYP
360 370 380 390 400 410
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 ----DVEGQSLRHRDKRLSLNLPCRFSPMYPTASASIEDSYVPMSPQAGASGLGPHCSPD
. :.: . . .. :: .. . . :.. ::.::::.: :.: :
CCDS82 QRGGESAGRSAESMSDGVGSFLPGKMI-VGRSDSTNSEDNYVPMNP--GSSTLLAMERAG
420 430 440 450 460
420 430 440 450
pF1KB7 D-----YIPMNSG-----SISSPLPELPAN--------LEPPPVNRDLKPQRKSRPPPLD
: ::::. : :.. : ::.. ..::::::.:::.::..: :::
CCDS82 DNSQSVYIPMSPGAHHFDSLGYPSTTLPVHRGPSRGSEIQPPPVNRNLKPDRKAKPTPLD
470 480 490 500 510 520
460 470 480 490 500 510
pF1KB7 LRNLSIIRE---HASLTRTRTVPCSRTSFLSPERNGINSARFFANPVSREDEESYIEMEE
::: ..: : .. .:.. . . : . :.. ... : ..::.:. :..
CCDS82 LRNNTVIDELPFKSPITKSWSRANHTFNSSSSQYCRPISTQSITSTDSGDSEENYVPMQN
530 540 550 560 570 580
520 530 540 550 560
pF1KB7 HRTASSLSSGALTWTKKFS---LDYLALDFNSASPAPMQQKLLLSEEQRVDYVQVDEQKT
.:: . ::. . . : : .:::::::
CCDS82 PVSASPVPSGTNSPAPKKSTGSVDYLALDFQPSSPSPHRKPSTSSVTSDEKVDYVQVDKE
590 600 610 620 630 640
>>CCDS3759.1 GAB1 gene_id:2549|Hs108|chr4 (694 aa)
initn: 866 init1: 368 opt: 576 Z-score: 470.6 bits: 97.3 E(32554): 6.8e-20
Smith-Waterman score: 756; 31.3% identity (55.1% similar) in 603 aa overlap (1-509:1-592)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MSAGDAVCTGWLVKSPPERKLQRYAWRKRWFVLRRGRMSGNPDVLEYYRNKHSSKPIRVI
::.:..::.::: :::::.::.::::..:::::: ::..:.:::::::.: :..::::.:
CCDS37 MSGGEVVCSGWLRKSPPEKKLKRYAWKRRWFVLRSGRLTGDPDVLEYYKNDHAKKPIRII
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 DLSECAVWKHVGPSFVRKEFQNNFVFIVKTTSRTFYLVAKTEQEMQVWVHSISQVCNLGH
::. : .: .: .:::.:...: ..: .: ::::: .:.::. ::. : ..:...
CCDS37 DLNLCQ-QVDAGLTFNKKEFENSYIFDINTIDRIFYLVADSEEEMNKWVRCICDICGFNP
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB7 LEDG-----ADSMESLSYTPSSLQPSSASSLLTAHAASSSLPRDDPNTNAVATEETRSES
:. ..:... . : ... . :. : ..:..:: :. :: . .
CCDS37 TEEDPVKPPGSSLQAPADLPLAINTAPPST--QADSSSATLPPPYQLINVPPHLETLGIQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB7 ELLFLP-DYLVLSNC-----ETGRLH-----HTSLPTRCD----SWSNSDRSLEQASFDD
: : :::.: :: : : : :: : :. : .: : . ...
CCDS37 ED---PQDYLLLINCQSKKPEPTRTHADSAKSTSSETDCNDNVPSHKNPASSQSKHGMNG
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260
pF1KB7 VFVDCL-QPLPSSHLVHPSCH-GSGAQEVPSSRPQAALIW----SREINGP------PRD
: . . : :. :: :. ..: : . .: : : .: :
CCDS37 FFQQQMIYDSPPSRA--PSASVDSSLYNLPRSYSHDVLPKVSPSSTEADGELYVFNTPSG
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310
pF1KB7 ---------HLSSSPLLESSLSSTIQVDKN--QGSLPCGAKELDIMSNTPPPRPPKPSHL
:.: : . . ..: :. .. .:.: .: :: . . ::::::::
CCDS37 TSSVETQMRHVSISYDIPPTPGNTYQIPRTFPEGTLGQTSK-LDTIPDIPPPRPPKPHPA
300 310 320 330 340 350
320 330 340 350
pF1KB7 SERRQEEW--------STHSGSKKPECTLVPRR---ISLSGLDNMR-------------T
.: : .: :. : . : : :: :...: .
CCDS37 HDRSPVETCSIPRTASDTDSSYCIPTAGMSPSRSNTISTVDLNKLRKDASSQDCYDIPRA
360 370 380 390 400 410
360 370 380 390
pF1KB7 WKAD----VEGQSLRHRDKRL-------SLNLPCRFSPMYPTA-----SASI-----EDS
. .: .:: . . : . : .: . :: :.. :.:. : .
CCDS37 FPSDRSSSLEGFHNHFKVKNVLTVGSVSSEELDENYVPMNPNSPPRQHSSSFTEPIQEAN
420 430 440 450 460 470
400 410 420 430 440 450
pF1KB7 YVPMSPQA-GASGLGPHCSPDDYIPMNSGSISSPLPELP-ANLEPPPVNRDLKPQRKSRP
::::.: . :..: . : .. . :. . : .: :. :::::.:.:::.:: .:
CCDS37 YVPMTPGTFDFSSFGMQVPPPAHMGFRSSPKTPPRRPVPVADCEPPPVDRNLKPDRKVKP
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460 470 480 490 500
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. :
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.
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]