Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7273
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7273, 1332 aa
1>>>pF1KB7273 1332 - 1332 aa - 1332 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.1489+/-0.00133; mu= -17.7283+/- 0.081
mean_var=535.0902+/-109.001, 0's: 0 Z-trim(113.6): 64 B-trim: 242 in 1/54
Lambda= 0.055445
statistics sampled from 14152 (14200) to 14152 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.724), E-opt: 0.2 (0.436), width: 16
Scan time: 6.300
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9697.1 SOS2 gene_id:6655|Hs108|chr14 (1332) 9052 740.1 9.1e-213
CCDS1802.1 SOS1 gene_id:6654|Hs108|chr2 (1333) 6229 514.3 8.6e-145
>>CCDS9697.1 SOS2 gene_id:6655|Hs108|chr14 (1332 aa)
initn: 9052 init1: 9052 opt: 9052 Z-score: 3933.3 bits: 740.1 E(32554): 9.1e-213
Smith-Waterman score: 9052; 100.0% identity (100.0% similar) in 1332 aa overlap (1-1332:1-1332)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MQQAPQPYEFFSEENSPKWRGLLVSALRKVQEQVHPTLSANEESLYYIEELIFQLLNKLC
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CCDS96 MQQAPQPYEFFSEENSPKWRGLLVSALRKVQEQVHPTLSANEESLYYIEELIFQLLNKLC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 MAQPRTVQDVEERVQKTFPHPIDKWAIADAQSAIEKRKRRNPLLLPVDKIHPSLKEVLGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 MAQPRTVQDVEERVQKTFPHPIDKWAIADAQSAIEKRKRRNPLLLPVDKIHPSLKEVLGY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 KVDYHVSLYIVAVLEYISADILKLAGNYVFNIRHYEISQQDIKVSMCADKVLMDMFDQDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 KVDYHVSLYIVAVLEYISADILKLAGNYVFNIRHYEISQQDIKVSMCADKVLMDMFDQDD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 IGLVSLCEDEPSSSGELNYYDLVRTEIAEERQYLRELNMIIKVFREAFLSDRKLFKPSDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 IGLVSLCEDEPSSSGELNYYDLVRTEIAEERQYLRELNMIIKVFREAFLSDRKLFKPSDI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 EKIFSNISDIHELTVKLLGLIEDTVEMTDESSPHPLAGSCFEDLAEEQAFDPYETLSQDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 EKIFSNISDIHELTVKLLGLIEDTVEMTDESSPHPLAGSCFEDLAEEQAFDPYETLSQDI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 LSPEFHEHFNKLMARPAVALHFQSIADGFKEAVRYVLPRLMLVPVYHCWHYFELLKQLKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 LSPEFHEHFNKLMARPAVALHFQSIADGFKEAVRYVLPRLMLVPVYHCWHYFELLKQLKA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 CSEEQEDRECLNQAITALMNLQGSMDRIYKQYSPRRRPGDPVCPFYSHQLRSKHLAIKKM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 CSEEQEDRECLNQAITALMNLQGSMDRIYKQYSPRRRPGDPVCPFYSHQLRSKHLAIKKM
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 NEIQKNIDGWEGKDIGQCCNEFIMEGPLTRIGAKHERHIFLFDGLMISCKPNHGQTRLPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 NEIQKNIDGWEGKDIGQCCNEFIMEGPLTRIGAKHERHIFLFDGLMISCKPNHGQTRLPG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 YSSAEYRLKEKFVMRKIQICDKEDTCEHKHAFELVSKDENSIIFAAKSAEEKNNWMAALI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 YSSAEYRLKEKFVMRKIQICDKEDTCEHKHAFELVSKDENSIIFAAKSAEEKNNWMAALI
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 SLHYRSTLDRMLDSVLLKEENEQPLRLPSPEVYRFVVKDSEENIVFEDNLQSRSGIPIIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 SLHYRSTLDRMLDSVLLKEENEQPLRLPSPEVYRFVVKDSEENIVFEDNLQSRSGIPIIK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 GGTVVKLIERLTYHMYADPNFVRTFLTTYRSFCKPQELLSLLIERFEIPEPEPTDADKLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 GGTVVKLIERLTYHMYADPNFVRTFLTTYRSFCKPQELLSLLIERFEIPEPEPTDADKLA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 IEKGEQPISADLKRFRKEYVQPVQLRILNVFRHWVEHHFYDFERDLELLERLESFISSVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 IEKGEQPISADLKRFRKEYVQPVQLRILNVFRHWVEHHFYDFERDLELLERLESFISSVR
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB7 GKAMKKWVESIAKIIRRKKQAQANGVSHNITFESPPPPIEWHISKPGQFETFDLMTLHPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 GKAMKKWVESIAKIIRRKKQAQANGVSHNITFESPPPPIEWHISKPGQFETFDLMTLHPI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB7 EIARQLTLLESDLYRKVQPSELVGSVWTKEDKEINSPNLLKMIRHTTNLTLWFEKCIVEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 EIARQLTLLESDLYRKVQPSELVGSVWTKEDKEINSPNLLKMIRHTTNLTLWFEKCIVEA
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB7 ENFEERVAVLSRIIEILQVFQDLNNFNGVLEIVSAVNSVSVYRLDHTFEALQERKRKILD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 ENFEERVAVLSRIIEILQVFQDLNNFNGVLEIVSAVNSVSVYRLDHTFEALQERKRKILD
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB7 EAVELSQDHFKKYLVKLKSINPPCVPFFGIYLTNILKTEEGNNDFLKKKGKDLINFSKRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 EAVELSQDHFKKYLVKLKSINPPCVPFFGIYLTNILKTEEGNNDFLKKKGKDLINFSKRR
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB7 KVAEITGEIQQYQNQPYCLRIEPDMRRFFENLNPMGSASEKEFTDYLFNKSLEIEPRNCK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 KVAEITGEIQQYQNQPYCLRIEPDMRRFFENLNPMGSASEKEFTDYLFNKSLEIEPRNCK
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB7 QPPRFPRKSTFSLKSPGIRPNTGRHGSTSGTLRGHPTPLEREPCKISFSRIAETELESTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 QPPRFPRKSTFSLKSPGIRPNTGRHGSTSGTLRGHPTPLEREPCKISFSRIAETELESTV
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB7 SAPTSPNTPSTPPVSASSDLSVFLDVDLNSSCGSNSIFAPVLLPHSKSFFSSCGSLHKLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 SAPTSPNTPSTPPVSASSDLSVFLDVDLNSSCGSNSIFAPVLLPHSKSFFSSCGSLHKLS
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB7 EEPLIPPPLPPRKKFDHDASNSKGNMKSDDDPPAIPPRQPPPPKVKPRVPVPTGAFDGPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 EEPLIPPPLPPRKKFDHDASNSKGNMKSDDDPPAIPPRQPPPPKVKPRVPVPTGAFDGPL
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB7 HSPPPPPPRDPLPDTPPPVPLRPPEHFINCPFNLQPPPLGHLHRDSDWLRDISTCPNSPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 HSPPPPPPRDPLPDTPPPVPLRPPEHFINCPFNLQPPPLGHLHRDSDWLRDISTCPNSPS
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KB7 TPPSTPSPRVPRRCYVLSSSQNNLAHPPAPPVPPRQNSSPHLPKLPPKTYKRELSHPPLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 TPPSTPSPRVPRRCYVLSSSQNNLAHPPAPPVPPRQNSSPHLPKLPPKTYKRELSHPPLY
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330
pF1KB7 RLPLLENAETPQ
::::::::::::
CCDS96 RLPLLENAETPQ
1330
>>CCDS1802.1 SOS1 gene_id:6654|Hs108|chr2 (1333 aa)
initn: 4614 init1: 4562 opt: 6229 Z-score: 2712.9 bits: 514.3 E(32554): 8.6e-145
Smith-Waterman score: 6229; 69.5% identity (85.6% similar) in 1351 aa overlap (1-1330:1-1332)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MQQAPQPYEFFSEENSPKWRGLLVSALRKVQEQVHPTLSANEESLYYIEELIFQLLNKLC
:: :::::::::.:::::::: ::.::: :::::: .:...: :.::::.:::: ::
CCDS18 MQAQQLPYEFFSEENAPKWRGLLVPALKKVQGQVHPTLESNDDALQYVEELILQLLNMLC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 MAQPRTVQDVEERVQKTFPHPIDKWAIADAQSAIEKRKRRNPLLLPVDKIHPSLKEVLGY
.::::...::::::::.:::::::::::::::::::::::::: :::.:::: :::::::
CCDS18 QAQPRSASDVEERVQKSFPHPIDKWAIADAQSAIEKRKRRNPLSLPVEKIHPLLKEVLGY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB7 KVDYHVSLYIVAVLEYISADILKLAGNYVFNIRHYEISQQDIKVSMCADKVLMDMFDQD-
:.:..::.::::::::::::::::.:::: :::::::..:::::.::::::::::: ::
CCDS18 KIDHQVSVYIVAVLEYISADILKLVGNYVRNIRHYEITKQDIKVAMCADKVLMDMFHQDV
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 -DIGLVSLCEDEPSSSGELNYYDLVRTEIAEERQYLRELNMIIKVFREAFLSDRKLFKPS
::...:: ..:::.::: .:::::.. .:: :::.::::.::::::: :.:. :::. .
CCDS18 EDINILSLTDEEPSTSGEQTYYDLVKAFMAEIRQYIRELNLIIKVFREPFVSNSKLFSAN
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 DIEKIFSNISDIHELTVKLLGLIEDTVEMTDESSPHPLAGSCFEDLAEEQAFDPYETLSQ
:.:.::: : :::::.::::: ::::::::::.:::::.:::::::::: ::::::. ..
CCDS18 DVENIFSRIVDIHELSVKLLGHIEDTVEMTDEGSPHPLVGSCFEDLAEELAFDPYESYAR
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 DILSPEFHEHFNKLMARPAVALHFQSIADGFKEAVRYVLPRLMLVPVYHCWHYFELLKQL
::: : ::..: . ...:..::..:::..::::::.::::::.:.::::: :::::::::
CCDS18 DILRPGFHDRFLSQLSKPGAALYLQSIGEGFKEAVQYVLPRLLLAPVYHCLHYFELLKQL
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 KACSEEQEDRECLNQAITALMNLQGSMDRIYKQYSPRRRPGDPVCPFYSHQLRSKHLAIK
. ::.:::.:::.::::::.:.:..:..: .. .:: .. .: :::.:...:.::::
CCDS18 EEKSEDQEDKECLKQAITALLNVQSGMEKICSKSLAKRRLSESACRFYSQQMKGKQLAIK
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 KMNEIQKNIDGWEGKDIGQCCNEFIMEGPLTRIGAKHERHIFLFDGLMISCKPNHGQTRL
:::::::::::::::::::::::::::: :::.:::::::::::::::: :: :::: ::
CCDS18 KMNEIQKNIDGWEGKDIGQCCNEFIMEGTLTRVGAKHERHIFLFDGLMICCKSNHGQPRL
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB7 PGYSSAEYRLKEKFVMRKIQICDKEDTCEHKHAFELVSKDENSIIFAAKSAEEKNNWMAA
:: :.::::::::: :::.:: ::.:: :.:::::.. :::::.::.:::::::::::::
CCDS18 PGASNAEYRLKEKFFMRKVQINDKDDTNEYKHAFEIILKDENSVIFSAKSAEEKNNWMAA
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KB7 LISLHYRSTLDRMLDSVLLKEENEQPLRLPSPEVYRFVVKDSEENIVFEDNLQSRSGIPI
::::.:::::.:::: ..:.::.:. .:::: .::::. ::::::.::.:.: ..::::
CCDS18 LISLQYRSTLERMLDVTMLQEEKEEQMRLPSADVYRFAEPDSEENIIFEENMQPKAGIPI
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KB7 IKGGTVVKLIERLTYHMYADPNFVRTFLTTYRSFCKPQELLSLLIERFEIPEPEPTDADK
::.:::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::.::.
CCDS18 IKAGTVIKLIERLTYHMYADPNFVRTFLTTYRSFCKPQELLSLIIERFEIPEPEPTEADR
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KB7 LAIEKGEQPISADLKRFRKEYVQPVQLRILNVFRHWVEHHFYDFERDLELLERLESFISS
.:::.:.::.::.::::::::.::::::.::: :::::::::::::: ::.:.: ::..
CCDS18 IAIENGDQPLSAELKRFRKEYIQPVQLRVLNVCRHWVEHHFYDFERDAYLLQRMEEFIGT
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760 770
pF1KB7 VRGKAMKKWVESIAKIIRRKKQAQANGVSHNITFESPPPPIEWHISKPGQFETFDLMTLH
:::::::::::::.:::.::: :. :: .:::::.: :: .:::::.::..:::::.:::
CCDS18 VRGKAMKKWVESITKIIQRKKIARDNGPGHNITFQSSPPTVEWHISRPGHIETFDLLTLH
730 740 750 760 770 780
780 790 800 810 820 830
pF1KB7 PIEIARQLTLLESDLYRKVQPSELVGSVWTKEDKEINSPNLLKMIRHTTNLTLWFEKCIV
::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 PIEIARQLTLLESDLYRAVQPSELVGSVWTKEDKEINSPNLLKMIRHTTNLTLWFEKCIV
790 800 810 820 830 840
840 850 860 870 880 890
pF1KB7 EAENFEERVAVLSRIIEILQVFQDLNNFNGVLEIVSAVNSVSVYRLDHTFEALQERKRKI
:.::.::::::.:::::::::::.:::::::::.:::.:: ::::::::: . :..::
CCDS18 ETENLEERVAVVSRIIEILQVFQELNNFNGVLEVVSAMNSSPVYRLDHTFEQIPSRQKKI
850 860 870 880 890 900
900 910 920 930 940 950
pF1KB7 LDEAVELSQDHFKKYLVKLKSINPPCVPFFGIYLTNILKTEEGNNDFLKKKGKDLINFSK
:.:: :::.::.::::.::.:::::::::::::::::::::::: . ::..::.::::::
CCDS18 LEEAHELSEDHYKKYLAKLRSINPPCVPFFGIYLTNILKTEEGNPEVLKRHGKELINFSK
910 920 930 940 950 960
960 970 980 990 1000 1010
pF1KB7 RRKVAEITGEIQQYQNQPYCLRIEPDMRRFFENLNPMGSASEKEFTDYLFNKSLEIEPRN
::::::::::::::::::::::.: :..::::::::::.. :::::::::::::::::::
CCDS18 RRKVAEITGEIQQYQNQPYCLRVESDIKRFFENLNPMGNSMEKEFTDYLFNKSLEIEPRN
970 980 990 1000 1010 1020
1020 1030 1040 1050 1060 1070
pF1KB7 CKQPPRFPRKSTFSLKSPGIRPNTGRHGSTSGTLRGHPTPLEREPCKISFSRIAETELES
: ::::.: .. :::::.::.. : ::.: :::::..:: :::.::: :.: ::
CCDS18 PKPLPRFPKKYSYPLKSPGVRPSNPR----PGTMR-HPTPLQQEPRKISYSRIPESETES
1030 1040 1050 1060 1070
1080 1090 1100 1110 1120 1130
pF1KB7 TVSAPTSPNTPSTPP----VSASSDLSVFLDVDLNSSCGS--NSIFAPVLLPHS-KSFFS
:.:::.:: :: ::: .:...:. .: : .: : ...: : :::. .:
CCDS18 TASAPNSPRTPLTPPPASGASSTTDVCSVFDSDHSSPFHSSNDTVFIQVTLPHGPRSASV
1080 1090 1100 1110 1120 1130
1140 1150 1160 1170 1180
pF1KB7 SCGSLHKLSEEPLIPPPLPPRKKFDH---DASNSKGNMKSDDDPPAIPPRQPPPPKVKPR
: :: : ..: .:::.:::.. . ..: :: : :.::::::::: .::
CCDS18 SSISLTKGTDEVPVPPPVPPRRRPESAPAESSPSKIMSKHLDSPPAIPPRQPTSKAYSPR
1140 1150 1160 1170 1180 1190
1190 1200 1210 1220 1230 1240
pF1KB7 VPVPTGAFDGPLHSPPPPPPRDPLPDTPPPVPLRPPEHFINCPFNLQPPPLGHLHRDSDW
. : : :: : : :: :.: :. : . :..::::::: . ::
CCDS18 YSIS----DRTSISDPPESP----PLLPPREPVRTPDVFSSSPLHLQPPPLG---KKSD-
1200 1210 1220 1230 1240
1250 1260 1270 1280 1290 1300
pF1KB7 LRDISTCPNSPST----PPSTPSPRVPRRCYVLS---SSQNNLAHPPAPPVPPRQNSSPH
. . ::::: ::.::::. :: .. : ... .: .:::::::..: :
CCDS18 -HGNAFFPNSPSPFTPPPPQTPSPHGTRR-HLPSPPLTQEVDLHSIAGPPVPPRQSTSQH
1250 1260 1270 1280 1290 1300
1310 1320 1330
pF1KB7 LPKLPPKTYKRELSHPPLYRL--PLLENAETPQ
.::::::::::: .:: ..: ::::::..
CCDS18 IPKLPPKTYKREHTHPSMHRDGPPLLENAHSS
1310 1320 1330
1332 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 06:33:21 2016 done: Fri Nov 4 06:33:22 2016
Total Scan time: 6.300 Total Display time: 0.160
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]