Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7283
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7283, 890 aa
1>>>pF1KB7283 890 - 890 aa - 890 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3195+/-0.00101; mu= 8.5422+/- 0.061
mean_var=191.8466+/-37.534, 0's: 0 Z-trim(111.7): 26 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.092597
statistics sampled from 12552 (12567) to 12552 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.722), E-opt: 0.2 (0.386), width: 16
Scan time: 2.950
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13029.2 TMC2 gene_id:117532|Hs108|chr20 ( 906) 5892 800.2 0
CCDS6643.1 TMC1 gene_id:117531|Hs108|chr9 ( 760) 3000 413.8 5.9e-115
CCDS45324.1 TMC3 gene_id:342125|Hs108|chr15 (1100) 939 138.6 5.9e-32
CCDS73837.1 TMC7 gene_id:79905|Hs108|chr16 ( 758) 471 76.0 2.9e-13
CCDS53992.1 TMC7 gene_id:79905|Hs108|chr16 ( 613) 452 73.4 1.5e-12
CCDS10573.1 TMC7 gene_id:79905|Hs108|chr16 ( 723) 452 73.4 1.7e-12
>>CCDS13029.2 TMC2 gene_id:117532|Hs108|chr20 (906 aa)
initn: 5889 init1: 5889 opt: 5892 Z-score: 4264.2 bits: 800.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5918; 98.2% identity (98.2% similar) in 906 aa overlap (1-890:1-906)
10 20 30 40
pF1KB7 MSHQVKGLKEE----------------GDRLGRRSSSKRALKAEGTPGRRGAQRSQKERA
::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MSHQVKGLKEEARGGVKGRVKSGSPHTGDRLGRRSSSKRALKAEGTPGRRGAQRSQKERA
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB7 GGSPSPGSPRRKQTGRRRHREELGEQERGEAERTCEGRRKRDERASFQERTAAPKREKEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GGSPSPGSPRRKQTGRRRHREELGEQERGEAERTCEGRRKRDERASFQERTAAPKREKEI
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 PRREEKSKRQKKPRSSSLASSASGGESLSEEELAQILEQVEEKKKLIATMRSKPWPMAKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PRREEKSKRQKKPRSSSLASSASGGESLSEEELAQILEQVEEKKKLIATMRSKPWPMAKK
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 LTELREAQEFVEKYEGALGKGKGKQLYAYKMLMAKKWVKFKRDFDNFKTQCIPWEMKIKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LTELREAQEFVEKYEGALGKGKGKQLYAYKMLMAKKWVKFKRDFDNFKTQCIPWEMKIKD
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 IESHFGSSVASYFIFLRWMYGVNLVLFGLIFGLVIIPEVLMGMPYGSIPRKTVPRAEEEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IESHFGSSVASYFIFLRWMYGVNLVLFGLIFGLVIIPEVLMGMPYGSIPRKTVPRAEEEK
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 AMDFSVLWDFEGYIKYSALFYGYYNNQRTIGWLRYRLPMAYFMVGVSVFGYSLIIVIRSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 AMDFSVLWDFEGYIKYSALFYGYYNNQRTIGWLRYRLPMAYFMVGVSVFGYSLIIVIRSM
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 ASNTQGSTGEGESDNFTFSFKMFTSWDYLIGNSETADNKYASITTSFKESIVDEQESNKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ASNTQGSTGEGESDNFTFSFKMFTSWDYLIGNSETADNKYASITTSFKESIVDEQESNKE
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KB7 ENIHLTRFLRVLANFLIICCLCGSGYLIYFVVKRSQQFSKMQNVSWYERNEVEIVMSLLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ENIHLTRFLRVLANFLIICCLCGSGYLIYFVVKRSQQFSKMQNVSWYERNEVEIVMSLLG
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KB7 MFCPPLFETIAALENYHPRTGLKWQLGRIFALFLGNLYTFLLALMDDVHLKLANEETIKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MFCPPLFETIAALENYHPRTGLKWQLGRIFALFLGNLYTFLLALMDDVHLKLANEETIKN
490 500 510 520 530 540
530 540 550 560 570 580
pF1KB7 ITHWTLFNYYNSSGWNESVPRPPLHPADVPRGSCWETAVGIEFMRLTVSDMLVTYITILL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ITHWTLFNYYNSSGWNESVPRPPLHPADVPRGSCWETAVGIEFMRLTVSDMLVTYITILL
550 560 570 580 590 600
590 600 610 620 630 640
pF1KB7 GDFLRACFVRFMNYCWCWDLEAGFPSYAEFDISGNVLGLIFNQGMIWMGSFYAPGLVGIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GDFLRACFVRFMNYCWCWDLEAGFPSYAEFDISGNVLGLIFNQGMIWMGSFYAPGLVGIN
610 620 630 640 650 660
650 660 670 680 690 700
pF1KB7 VLRLLTSMYFQCWAVMSSNVPHERVFKASRSNNFYMGLLLLVLFLSLLPVAYTIMSLPPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VLRLLTSMYFQCWAVMSSNVPHERVFKASRSNNFYMGLLLLVLFLSLLPVAYTIMSLPPS
670 680 690 700 710 720
710 720 730 740 750 760
pF1KB7 FDCGPFSGKNRMYDVLQETIENDFPTFLGKIFAFLANPGLIIPAILLMFLAIYYLNSVSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FDCGPFSGKNRMYDVLQETIENDFPTFLGKIFAFLANPGLIIPAILLMFLAIYYLNSVSK
730 740 750 760 770 780
770 780 790 800 810 820
pF1KB7 SLSRANAQLRKKIQVLREVEKSHKSVKGKATARDSEDTPKSSSKNATQLQLTKEETTPPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SLSRANAQLRKKIQVLREVEKSHKSVKGKATARDSEDTPKSSSKNATQLQLTKEETTPPS
790 800 810 820 830 840
830 840 850 860 870 880
pF1KB7 ASQSQAMDKKAQGPGTSNSASRTTLPASGHLPISRPPGIGPDSGHAPSQTHPWRSASGKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ASQSQAMDKKAQGPGTSNSASRTTLPASGHLPISRPPGIGPDSGHAPSQTHPWRSASGKS
850 860 870 880 890 900
890
pF1KB7 AQRPPH
::::::
CCDS13 AQRPPH
>>CCDS6643.1 TMC1 gene_id:117531|Hs108|chr9 (760 aa)
initn: 2499 init1: 1222 opt: 3000 Z-score: 2177.3 bits: 413.8 E(32554): 5.9e-115
Smith-Waterman score: 3000; 58.2% identity (82.5% similar) in 759 aa overlap (52-796:2-755)
30 40 50 60 70 80
pF1KB7 KRALKAEGTPGRRGAQRSQKERAGGSPSPGSPRRKQTGRRRHREELGEQERGEAERTCEG
::.. : . ...:. :. .: :. :
CCDS66 MSPKKVQI-KVEEKEDETEESSSEEEEEVED
10 20 30
90 100 110 120 130
pF1KB7 ---RRK--RDERASFQERTAAPKREKEIPRREEKSKRQKKPRSSSLASSASGGESLSEEE
::. : .: .. : : :. :: : ..: : : .: : ..:::
CCDS66 KLPRRESLRPKRKRTRDVINEDDPEPE-PEDEETRKAREKERRRRLKRGAEE-EEIDEEE
40 50 60 70 80
140 150 160 170 180 190
pF1KB7 LAQILEQVEEKKKLIATMRSKPWPMAKKLTELREAQEFVEKYEGALGKGKGKQLYAYKML
: .. ...::...:::.. ::: : ::. :.::..:: . ::::::::::. .:.::.
CCDS66 LERLKAELDEKRQIIATVKCKPWKMEKKIEVLKEAKKFVSENEGALGKGKGKRWFAFKMM
90 100 110 120 130 140
200 210 220 230 240 250
pF1KB7 MAKKWVKFKRDFDNFKTQCIPWEMKIKDIESHFGSSVASYFIFLRWMYGVNLVLFGLIFG
:::::.:: :::.:::. :.::: ::: :::.:::::::::.:::::::::.::: : :.
CCDS66 MAKKWAKFLRDFENFKAACVPWENKIKAIESQFGSSVASYFLFLRWMYGVNMVLFILTFS
150 160 170 180 190 200
260 270 280 290 300 310
pF1KB7 LVIIPEVLMGMPYGSIPRKTVPRAEEEKAMDFSVLWDFEGYIKYSALFYGYYNNQRTIGW
:...:: : :.::::.:::::::::: .: .:.::.::.: .::.::::::.:.:::::
CCDS66 LIMLPEYLWGLPYGSLPRKTVPRAEEASAANFGVLYDFNGLAQYSVLFYGYYDNKRTIGW
210 220 230 240 250 260
320 330 340 350 360 370
pF1KB7 LRYRLPMAYFMVGVSVFGYSLIIVIRSMASNTQGSTGEGESDNFTFSFKMFTSWDYLIGN
. .:::..::.::. .:::...:...:..: :. : :....:.::.:.::::::::::
CCDS66 MNFRLPLSYFLVGIMCIGYSFLVVLKAMTKNI-GDDGGGDDNTFNFSWKVFTSWDYLIGN
270 280 290 300 310 320
380 390 400 410 420 430
pF1KB7 SETADNKYASITTSFKESIVDEQESNKEENIHLTRFLRVLANFLIICCLCGSGYLIYFVV
::::::. ::: .:::.:..:. .. :::.:: :::: ::::... : ::::::...:
CCDS66 PETADNKFNSITMNFKEAITEEKAAQVEENVHLIRFLRFLANFFVFLTLGGSGYLIFWAV
330 340 350 360 370 380
440 450 460 470 480 490
pF1KB7 KRSQQFSKMQ--NVSWYERNEVEIVMSLLGMFCPPLFETIAALENYHPRTGLKWQLGRIF
::::.:.... ...:.:.::...:::::::::: ::. .: ::.::: .::: :::::
CCDS66 KRSQEFAQQDPDTLGWWEKNEMNMVMSLLGMFCPTLFDLFAELEDYHPLIALKWLLGRIF
390 400 410 420 430 440
500 510 520 530 540
pF1KB7 ALFLGNLYTFLLALMDDVHLKLANEETIK-NITHW--TLFNYYNSSGWNESVPRPPL--H
::.:::::.:.:::::... :. .:. .: ::: : .... ::.: ..:. ::. :
CCDS66 ALLLGNLYVFILALMDEINNKIEEEKLVKANITLWEANMIKAYNAS-FSENSTGPPFFVH
450 460 470 480 490 500
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 PADVPRGSCWETAVGIEFMRLTVSDMLVTYITILLGDFLRACFVRFMNYCWCWDLEAGFP
::::::: :::: :: ::.::::::.:.::.:::.::::::::::: ::::::::: :.:
CCDS66 PADVPRGPCWETMVGQEFVRLTVSDVLTTYVTILIGDFLRACFVRFCNYCWCWDLEYGYP
510 520 530 540 550 560
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 SYAEFDISGNVLGLIFNQGMIWMGSFYAPGLVGINVLRLLTSMYFQCWAVMSSNVPHERV
::.:::::::::.:::::::::::::.::.: :::.::: ::::::::::: :::. ::
CCDS66 SYTEFDISGNVLALIFNQGMIWMGSFFAPSLPGINILRLHTSMYFQCWAVMCCNVPEARV
570 580 590 600 610 620
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 FKASRSNNFYMGLLLLVLFLSLLPVAYTIMSLPPSFDCGPFSGKNRMYDVLQETIENDFP
::::::::::.:.:::.:::: .:: : :.:::::::::::::::::..:. ::.:.:::
CCDS66 FKASRSNNFYLGMLLLILFLSTMPVLYMIVSLPPSFDCGPFSGKNRMFEVIGETLEHDFP
630 640 650 660 670 680
730 740 750 760 770 780
pF1KB7 TFLGKIFAFLANPGLIIPAILLMFLAIYYLNSVSKSLSRANAQLRKKI--QVLREVEKSH
....::. :.::::.: .::.: :::::::...:. . :: .:.::. :.:.. ...
CCDS66 SWMAKILRQLSNPGLVIAVILVMVLAIYYLNATAKGQKAANLDLKKKMKMQALENKMRNK
690 700 710 720 730 740
790 800 810 820 830 840
pF1KB7 KSVKGKATARDSEDTPKSSSKNATQLQLTKEETTPPSASQSQAMDKKAQGPGTSNSASRT
: . ..:.:
CCDS66 KMAAARAAAAAGRQ
750 760
>>CCDS45324.1 TMC3 gene_id:342125|Hs108|chr15 (1100 aa)
initn: 2130 init1: 898 opt: 939 Z-score: 687.1 bits: 138.6 E(32554): 5.9e-32
Smith-Waterman score: 2164; 42.1% identity (71.7% similar) in 820 aa overlap (95-876:4-807)
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 EELGEQERGEAERTCEGRRKRDERASFQERTAAPKREKEIPRREEKSK-RQKKPRSSSLA
. : .: . : : . :.. :.:
CCDS45 MKTSKASQRYRGIRRNASQCYLYQESLLLSNLD
10 20 30
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 SSASGGESLSEEELAQILEQVEEKKKLIATMRSKPWPMAKKLTELREAQEFVEKYEGALG
.: :. :. . .. ::..... .: :.:..: .:: :..:: ::.:...: :.:: :
CCDS45 DSFSADETGDSNDPEQIFQNIQFQKDLMANIRCRPWTMGQKLRALRQAKNIVLKFEGRLT
40 50 60 70 80 90
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 KGKGKQLYAYKMLMAKKWVKFKRDFDNFKTQCIPWEMKIKDIESHFGSSVASYFIFLRWM
. .: :. :. : :: : :: . :::::.:: :::::::.::::::::::.
CCDS45 RTRG-----YQAAGAELWRKFARLACNFVVIFIPWEMRIKKIESHFGSGVASYFIFLRWL
100 110 120 130 140
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 YGVNLVLFGLIFGLVIIPEVLMGMPYGSIPRKTVPRAEEEKAMDFSVLWDFEGYIKYSAL
.:.:.:: . ....:::.. :.:.:: :::.:. . .:.:....:.. ::..::.:
CCDS45 FGINIVLTIMTGAFIVIPELIAGQPFGSTARKTIPKEQVSSAQDLDTVWSLGGYLQYSVL
150 160 170 180 190 200
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 FYGYYNNQRTIGWLRYRLPMAYFMVGVSVFGYSLIIVIRSMASNTQGSTGEGESDNFTFS
:::::. .: :: ::::.:::.::..::.::.::....::.:.. : . . ..:.::
CCDS45 FYGYYGRERKIGRAGYRLPLAYFLVGMAVFAYSFIILLKKMAKNSRTSLASASNENYTFC
210 220 230 240 250 260
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 FKMFTSWDYLIGNSETADNKYASITTSFKESIVDEQESNKEENIHLTRFLRVLANFLIIC
...: .::::::: :.:..: :.:..:..:.:..:::..: .:. .: ::..::.:..
CCDS45 WRVFCAWDYLIGNPEAAESKTAAIVNSIREAILEEQEKKKSKNLAVTICLRIIANILVLL
270 280 290 300 310 320
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 CLCGSGYLIYFVVKRSQQF--SKMQNVSWYERNEVEIVMSLLGMFCPPLFETIAALENYH
: :: ::::::: :::.. :: . . : :.::: .:.::. :. : :. ::::: ::
CCDS45 SLAGSIYLIYFVVDRSQKLEQSKKELTLW-EKNEVSVVVSLVTMIAPSAFDLIAALEMYH
330 340 350 360 370 380
490 500 510 520 530
pF1KB7 PRTGLKWQLGRIFALFLGNLYTFLLALMDDVH-LKLANEETIKNITHW----TLFNYYNS
::: :..::.:...:.:::::....::.: :. ... . : .: .:: :.: ..
CCDS45 PRTTLRFQLARVLVLYLGNLYSLIIALLDKVNSMSIEEMATKNNTSHWIDSTTFFATRTA
390 400 410 420 430 440
540 550 560
pF1KB7 S---GWNESVP--------------------RPPLHPAD-------VPRGSCWETAVGIE
:. : : :: :. :. .:::: :: :
CCDS45 PEEEKWSTSRPGMGLRRNNTWALEETSISAYTMPLIKANKTSLHTQSPQDQCWETYVGQE
450 460 470 480 490 500
570 580 590 600 610 620
pF1KB7 FMRLTVSDMLVTYITILLGDFLRACFVRFMNYCWCWDLEAGFPSYAEFDISGNVLGLIFN
...:.. ::: : .::: ::.:. :::... ::::::. :: :.:: :. ::: :..:
CCDS45 MLKLSIIDMLFTVASILLIDFFRGLFVRYLSDYWCWDLESKFPEYGEFKIAENVLHLVYN
510 520 530 540 550 560
630 640 650 660 670 680
pF1KB7 QGMIWMGSFYAPGLVGINVLRLLTSMYFQCWAVMSSNVPHERVFKASRSNNFYMGLLLLV
:::::::.:..: : ..:::.:. ::.. :::.. ::::..::.::::::::...::..
CCDS45 QGMIWMGAFFSPCLPAFNVLKLIGLMYLRSWAVLTCNVPHQQVFRASRSNNFYLAMLLFM
570 580 590 600 610 620
690 700 710 720 730 740
pF1KB7 LFLSLLPVAYTIMSLPPSFDCGPFSGKNRMYDVLQETIENDFPTFLGKIFAFLANPGLII
::: .::. ..:. ::..::::::....::...::::.:::...:.. . ...: .:.
CCDS45 LFLCMLPTIFAIVRYKPSLNCGPFSGQEKIYDIVSETIEKDFPVWFGSVVGHISSPVVIL
630 640 650 660 670 680
750 760 770 780 790 800
pF1KB7 PAILLMFLAIYYLNSVSKSLSRANAQLRKKIQVLREVEKSHKSVKGKATARDSEDTPKSS
::.::.:. ::::.:...::. .: ::. .:: : .: :.: . :: . .:.
CCDS45 PAVLLLFMLIYYLQSIARSLKLSNHQLKMQIQNARSEDK--KKVAQMVEAR-IQTQEEST
690 700 710 720 730 740
810 820 830 840 850 860
pF1KB7 SKNATQLQLTKEETTPPSASQSQAMDKKAQGPGTSNSASRTTLPASGHLPISRPPGIGPD
.: .. .::.. .. :.. .. . :.:.:. :. : .: : ::
CCDS45 KKLPNDSDLTSQLSSAHSGTPQNNGNVAHFDSGSSKSGRIETVAQS--MPQSPRPG----
750 760 770 780 790
870 880 890
pF1KB7 SGHAPSQTHPWRSASGKSAQRPPH
.:::. :
CCDS45 -DRAPSSPLPGVPKSRLEHETNRYLHGLCASTSDLHRNRSRTPMTFTTHIEDVHSEPLFR
800 810 820 830 840 850
>>CCDS73837.1 TMC7 gene_id:79905|Hs108|chr16 (758 aa)
initn: 704 init1: 293 opt: 471 Z-score: 351.5 bits: 76.0 E(32554): 2.9e-13
Smith-Waterman score: 798; 24.0% identity (55.5% similar) in 824 aa overlap (42-829:3-750)
20 30 40 50 60 70
pF1KB7 GDRLGRRSSSKRALKAEGTPGRRGAQRSQKERAGGSPSPGSPRRKQTGRRRHREELGEQE
: .:.. .:: : :. . : :.:.
CCDS73 MSESSGSALQPGRPSRQPA---VHPENLS---
10 20
80 90 100 110 120
pF1KB7 RGEAERTCEGRRKRDERASFQERTAAPKREKEIPRREEKSKRQKKPRSSSLASSASG--G
. .: . . . . .:. . :...: :: ..: .:. .
CCDS73 ---LDSSCFSSPPVNFLQELPSYRSIARRRTTVHSRDKQSGTLLKP-TDSYSSQLEDRIA
30 40 50 60 70 80
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 ESLSEEELAQILEQVEEKKKLIATMRSKPWPMAKKLTELREAQEFVEKYEGALGKGKGKQ
:.:: . : . .. ::..: :. :: :: . .
CCDS73 ENLSSHSLRNYALNISEKRRL------------------RDIQETQMKYLSEWDQ-----
90 100 110
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 LYAYKMLMAKKWVKFKRDFDNFKTQCIPWEMKIKDIESHFGSSVASYFIFLRWMYGVNLV
.: .:.: .: . .. :. :. :..::..::... ::: :::.. .:::
CCDS73 ---WKRYSSKSWKRFLEKAREMTTHLELWREDIRSIEGKFGTGIQSYFSFLRFLVLLNLV
120 130 140 150 160 170
250 260 270 280 290
pF1KB7 LFGLIFGLVIIPEVLMG----------MPYGSIPRK-TV-PRAEEEKAMDFSVLWDF---
.: .:: ::..: .: .:. .. .. :: : . . .: . :.
CCDS73 IFLIIFMLVLLPVLLTKYKITNSSFVLIPFKDMDKQCTVYPVSSSGLIYFYSYIIDLLSG
180 190 200 210 220 230
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 EGYIKYSALFYGYYN-NQRTIGWLRYRLPMAYFMVGVSVFGYSLIIVIRSMASNTQGSTG
:... ..::::.:. . . . : ::.::.. .. .. ::. ... . . . .
CCDS73 TGFLEETSLFYGHYTIDGVKFQNFTYDLPLAYLLSTIASLALSLLWIVKRSVEGFKINLI
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CCDS10 FIALAGAHKRVVIQLREQLS-LESRDKCYLIQKLTEAQRDMRN
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]