Result of FASTA (omim) for
pF1KB7283
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7283, 890 aa
1>>>pF1KB7283 890 - 890 aa - 890 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.6686+/-0.000414; mu= 6.1798+/- 0.026
mean_var=208.3184+/-40.441, 0's: 0 Z-trim(119.0): 32 B-trim: 0 in 0/58
Lambda= 0.088861
statistics sampled from 32486 (32518) to 32486 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.714), E-opt: 0.2 (0.381), width: 16
Scan time: 11.830
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_542789 (OMIM: 606707) transmembrane channel-lik ( 906) 5892 768.8 0
XP_005260717 (OMIM: 606707) PREDICTED: transmembra ( 931) 5889 768.5 0
NP_619636 (OMIM: 600974,606705,606706) transmembra ( 760) 3000 398.0 8.8e-110
XP_016869745 (OMIM: 600974,606705,606706) PREDICTE ( 761) 2988 396.5 2.6e-109
NP_689681 (OMIM: 226400,605829) transmembrane chan ( 726) 384 62.6 7.7e-09
XP_011522706 (OMIM: 226400,605829) PREDICTED: tran ( 730) 384 62.6 7.7e-09
XP_016879732 (OMIM: 226400,605829) PREDICTED: tran ( 435) 370 60.7 1.8e-08
XP_011522708 (OMIM: 226400,605829) PREDICTED: tran ( 699) 362 59.8 5.3e-08
XP_016879731 (OMIM: 226400,605829) PREDICTED: tran ( 451) 357 59.0 5.9e-08
XP_011522705 (OMIM: 226400,605829) PREDICTED: tran ( 734) 357 59.2 8.5e-08
XP_011522704 (OMIM: 226400,605829) PREDICTED: tran ( 738) 357 59.2 8.5e-08
XP_016879727 (OMIM: 226400,605829) PREDICTED: tran ( 737) 353 58.7 1.2e-07
XP_011522559 (OMIM: 226400,605828) PREDICTED: tran ( 535) 235 43.4 0.0034
XP_016879598 (OMIM: 226400,605828) PREDICTED: tran ( 578) 235 43.5 0.0036
XP_016879597 (OMIM: 226400,605828) PREDICTED: tran ( 745) 235 43.5 0.0044
XP_016879596 (OMIM: 226400,605828) PREDICTED: tran ( 745) 235 43.5 0.0044
XP_011522558 (OMIM: 226400,605828) PREDICTED: tran ( 763) 235 43.6 0.0045
XP_011522557 (OMIM: 226400,605828) PREDICTED: tran ( 805) 235 43.6 0.0047
NP_001308114 (OMIM: 226400,605828) transmembrane c ( 805) 235 43.6 0.0047
NP_009198 (OMIM: 226400,605828) transmembrane chan ( 805) 235 43.6 0.0047
NP_001120670 (OMIM: 226400,605828) transmembrane c ( 805) 235 43.6 0.0047
XP_005257052 (OMIM: 226400,605828) PREDICTED: tran ( 805) 235 43.6 0.0047
XP_011522560 (OMIM: 226400,605828) PREDICTED: tran ( 455) 228 42.5 0.0056
>>NP_542789 (OMIM: 606707) transmembrane channel-like pr (906 aa)
initn: 5889 init1: 5889 opt: 5892 Z-score: 4094.6 bits: 768.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5918; 98.2% identity (98.2% similar) in 906 aa overlap (1-890:1-906)
10 20 30 40
pF1KB7 MSHQVKGLKEE----------------GDRLGRRSSSKRALKAEGTPGRRGAQRSQKERA
::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 MSHQVKGLKEEARGGVKGRVKSGSPHTGDRLGRRSSSKRALKAEGTPGRRGAQRSQKERA
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB7 GGSPSPGSPRRKQTGRRRHREELGEQERGEAERTCEGRRKRDERASFQERTAAPKREKEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 GGSPSPGSPRRKQTGRRRHREELGEQERGEAERTCEGRRKRDERASFQERTAAPKREKEI
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 PRREEKSKRQKKPRSSSLASSASGGESLSEEELAQILEQVEEKKKLIATMRSKPWPMAKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 PRREEKSKRQKKPRSSSLASSASGGESLSEEELAQILEQVEEKKKLIATMRSKPWPMAKK
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 LTELREAQEFVEKYEGALGKGKGKQLYAYKMLMAKKWVKFKRDFDNFKTQCIPWEMKIKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 LTELREAQEFVEKYEGALGKGKGKQLYAYKMLMAKKWVKFKRDFDNFKTQCIPWEMKIKD
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 IESHFGSSVASYFIFLRWMYGVNLVLFGLIFGLVIIPEVLMGMPYGSIPRKTVPRAEEEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 IESHFGSSVASYFIFLRWMYGVNLVLFGLIFGLVIIPEVLMGMPYGSIPRKTVPRAEEEK
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 AMDFSVLWDFEGYIKYSALFYGYYNNQRTIGWLRYRLPMAYFMVGVSVFGYSLIIVIRSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 AMDFSVLWDFEGYIKYSALFYGYYNNQRTIGWLRYRLPMAYFMVGVSVFGYSLIIVIRSM
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 ASNTQGSTGEGESDNFTFSFKMFTSWDYLIGNSETADNKYASITTSFKESIVDEQESNKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 ASNTQGSTGEGESDNFTFSFKMFTSWDYLIGNSETADNKYASITTSFKESIVDEQESNKE
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KB7 ENIHLTRFLRVLANFLIICCLCGSGYLIYFVVKRSQQFSKMQNVSWYERNEVEIVMSLLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 ENIHLTRFLRVLANFLIICCLCGSGYLIYFVVKRSQQFSKMQNVSWYERNEVEIVMSLLG
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KB7 MFCPPLFETIAALENYHPRTGLKWQLGRIFALFLGNLYTFLLALMDDVHLKLANEETIKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 MFCPPLFETIAALENYHPRTGLKWQLGRIFALFLGNLYTFLLALMDDVHLKLANEETIKN
490 500 510 520 530 540
530 540 550 560 570 580
pF1KB7 ITHWTLFNYYNSSGWNESVPRPPLHPADVPRGSCWETAVGIEFMRLTVSDMLVTYITILL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 ITHWTLFNYYNSSGWNESVPRPPLHPADVPRGSCWETAVGIEFMRLTVSDMLVTYITILL
550 560 570 580 590 600
590 600 610 620 630 640
pF1KB7 GDFLRACFVRFMNYCWCWDLEAGFPSYAEFDISGNVLGLIFNQGMIWMGSFYAPGLVGIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 GDFLRACFVRFMNYCWCWDLEAGFPSYAEFDISGNVLGLIFNQGMIWMGSFYAPGLVGIN
610 620 630 640 650 660
650 660 670 680 690 700
pF1KB7 VLRLLTSMYFQCWAVMSSNVPHERVFKASRSNNFYMGLLLLVLFLSLLPVAYTIMSLPPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 VLRLLTSMYFQCWAVMSSNVPHERVFKASRSNNFYMGLLLLVLFLSLLPVAYTIMSLPPS
670 680 690 700 710 720
710 720 730 740 750 760
pF1KB7 FDCGPFSGKNRMYDVLQETIENDFPTFLGKIFAFLANPGLIIPAILLMFLAIYYLNSVSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 FDCGPFSGKNRMYDVLQETIENDFPTFLGKIFAFLANPGLIIPAILLMFLAIYYLNSVSK
730 740 750 760 770 780
770 780 790 800 810 820
pF1KB7 SLSRANAQLRKKIQVLREVEKSHKSVKGKATARDSEDTPKSSSKNATQLQLTKEETTPPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 SLSRANAQLRKKIQVLREVEKSHKSVKGKATARDSEDTPKSSSKNATQLQLTKEETTPPS
790 800 810 820 830 840
830 840 850 860 870 880
pF1KB7 ASQSQAMDKKAQGPGTSNSASRTTLPASGHLPISRPPGIGPDSGHAPSQTHPWRSASGKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 ASQSQAMDKKAQGPGTSNSASRTTLPASGHLPISRPPGIGPDSGHAPSQTHPWRSASGKS
850 860 870 880 890 900
890
pF1KB7 AQRPPH
::::::
NP_542 AQRPPH
>>XP_005260717 (OMIM: 606707) PREDICTED: transmembrane c (931 aa)
initn: 5889 init1: 5889 opt: 5889 Z-score: 4092.3 bits: 768.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5889; 100.0% identity (100.0% similar) in 879 aa overlap (12-890:53-931)
10 20 30 40
pF1KB7 MSHQVKGLKEEGDRLGRRSSSKRALKAEGTPGRRGAQRSQK
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 HLGRLISHGRGHFPGPEAVGTRTVHFPAPAGDRLGRRSSSKRALKAEGTPGRRGAQRSQK
30 40 50 60 70 80
50 60 70 80 90 100
pF1KB7 ERAGGSPSPGSPRRKQTGRRRHREELGEQERGEAERTCEGRRKRDERASFQERTAAPKRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ERAGGSPSPGSPRRKQTGRRRHREELGEQERGEAERTCEGRRKRDERASFQERTAAPKRE
90 100 110 120 130 140
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 KEIPRREEKSKRQKKPRSSSLASSASGGESLSEEELAQILEQVEEKKKLIATMRSKPWPM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KEIPRREEKSKRQKKPRSSSLASSASGGESLSEEELAQILEQVEEKKKLIATMRSKPWPM
150 160 170 180 190 200
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 AKKLTELREAQEFVEKYEGALGKGKGKQLYAYKMLMAKKWVKFKRDFDNFKTQCIPWEMK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 AKKLTELREAQEFVEKYEGALGKGKGKQLYAYKMLMAKKWVKFKRDFDNFKTQCIPWEMK
210 220 230 240 250 260
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 IKDIESHFGSSVASYFIFLRWMYGVNLVLFGLIFGLVIIPEVLMGMPYGSIPRKTVPRAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 IKDIESHFGSSVASYFIFLRWMYGVNLVLFGLIFGLVIIPEVLMGMPYGSIPRKTVPRAE
270 280 290 300 310 320
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 EEKAMDFSVLWDFEGYIKYSALFYGYYNNQRTIGWLRYRLPMAYFMVGVSVFGYSLIIVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EEKAMDFSVLWDFEGYIKYSALFYGYYNNQRTIGWLRYRLPMAYFMVGVSVFGYSLIIVI
330 340 350 360 370 380
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 RSMASNTQGSTGEGESDNFTFSFKMFTSWDYLIGNSETADNKYASITTSFKESIVDEQES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RSMASNTQGSTGEGESDNFTFSFKMFTSWDYLIGNSETADNKYASITTSFKESIVDEQES
390 400 410 420 430 440
410 420 430 440 450 460
pF1KB7 NKEENIHLTRFLRVLANFLIICCLCGSGYLIYFVVKRSQQFSKMQNVSWYERNEVEIVMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 NKEENIHLTRFLRVLANFLIICCLCGSGYLIYFVVKRSQQFSKMQNVSWYERNEVEIVMS
450 460 470 480 490 500
470 480 490 500 510 520
pF1KB7 LLGMFCPPLFETIAALENYHPRTGLKWQLGRIFALFLGNLYTFLLALMDDVHLKLANEET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LLGMFCPPLFETIAALENYHPRTGLKWQLGRIFALFLGNLYTFLLALMDDVHLKLANEET
510 520 530 540 550 560
530 540 550 560 570 580
pF1KB7 IKNITHWTLFNYYNSSGWNESVPRPPLHPADVPRGSCWETAVGIEFMRLTVSDMLVTYIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 IKNITHWTLFNYYNSSGWNESVPRPPLHPADVPRGSCWETAVGIEFMRLTVSDMLVTYIT
570 580 590 600 610 620
590 600 610 620 630 640
pF1KB7 ILLGDFLRACFVRFMNYCWCWDLEAGFPSYAEFDISGNVLGLIFNQGMIWMGSFYAPGLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ILLGDFLRACFVRFMNYCWCWDLEAGFPSYAEFDISGNVLGLIFNQGMIWMGSFYAPGLV
630 640 650 660 670 680
650 660 670 680 690 700
pF1KB7 GINVLRLLTSMYFQCWAVMSSNVPHERVFKASRSNNFYMGLLLLVLFLSLLPVAYTIMSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GINVLRLLTSMYFQCWAVMSSNVPHERVFKASRSNNFYMGLLLLVLFLSLLPVAYTIMSL
690 700 710 720 730 740
710 720 730 740 750 760
pF1KB7 PPSFDCGPFSGKNRMYDVLQETIENDFPTFLGKIFAFLANPGLIIPAILLMFLAIYYLNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PPSFDCGPFSGKNRMYDVLQETIENDFPTFLGKIFAFLANPGLIIPAILLMFLAIYYLNS
750 760 770 780 790 800
770 780 790 800 810 820
pF1KB7 VSKSLSRANAQLRKKIQVLREVEKSHKSVKGKATARDSEDTPKSSSKNATQLQLTKEETT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VSKSLSRANAQLRKKIQVLREVEKSHKSVKGKATARDSEDTPKSSSKNATQLQLTKEETT
810 820 830 840 850 860
830 840 850 860 870 880
pF1KB7 PPSASQSQAMDKKAQGPGTSNSASRTTLPASGHLPISRPPGIGPDSGHAPSQTHPWRSAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PPSASQSQAMDKKAQGPGTSNSASRTTLPASGHLPISRPPGIGPDSGHAPSQTHPWRSAS
870 880 890 900 910 920
890
pF1KB7 GKSAQRPPH
:::::::::
XP_005 GKSAQRPPH
930
>>NP_619636 (OMIM: 600974,606705,606706) transmembrane c (760 aa)
initn: 2499 init1: 1222 opt: 3000 Z-score: 2091.9 bits: 398.0 E(85289): 8.8e-110
Smith-Waterman score: 3000; 58.2% identity (82.5% similar) in 759 aa overlap (52-796:2-755)
30 40 50 60 70 80
pF1KB7 KRALKAEGTPGRRGAQRSQKERAGGSPSPGSPRRKQTGRRRHREELGEQERGEAERTCEG
::.. : . ...:. :. .: :. :
NP_619 MSPKKVQI-KVEEKEDETEESSSEEEEEVED
10 20 30
90 100 110 120 130
pF1KB7 ---RRK--RDERASFQERTAAPKREKEIPRREEKSKRQKKPRSSSLASSASGGESLSEEE
::. : .: .. : : :. :: : ..: : : .: : ..:::
NP_619 KLPRRESLRPKRKRTRDVINEDDPEPE-PEDEETRKAREKERRRRLKRGAEE-EEIDEEE
40 50 60 70 80
140 150 160 170 180 190
pF1KB7 LAQILEQVEEKKKLIATMRSKPWPMAKKLTELREAQEFVEKYEGALGKGKGKQLYAYKML
: .. ...::...:::.. ::: : ::. :.::..:: . ::::::::::. .:.::.
NP_619 LERLKAELDEKRQIIATVKCKPWKMEKKIEVLKEAKKFVSENEGALGKGKGKRWFAFKMM
90 100 110 120 130 140
200 210 220 230 240 250
pF1KB7 MAKKWVKFKRDFDNFKTQCIPWEMKIKDIESHFGSSVASYFIFLRWMYGVNLVLFGLIFG
:::::.:: :::.:::. :.::: ::: :::.:::::::::.:::::::::.::: : :.
NP_619 MAKKWAKFLRDFENFKAACVPWENKIKAIESQFGSSVASYFLFLRWMYGVNMVLFILTFS
150 160 170 180 190 200
260 270 280 290 300 310
pF1KB7 LVIIPEVLMGMPYGSIPRKTVPRAEEEKAMDFSVLWDFEGYIKYSALFYGYYNNQRTIGW
:...:: : :.::::.:::::::::: .: .:.::.::.: .::.::::::.:.:::::
NP_619 LIMLPEYLWGLPYGSLPRKTVPRAEEASAANFGVLYDFNGLAQYSVLFYGYYDNKRTIGW
210 220 230 240 250 260
320 330 340 350 360 370
pF1KB7 LRYRLPMAYFMVGVSVFGYSLIIVIRSMASNTQGSTGEGESDNFTFSFKMFTSWDYLIGN
. .:::..::.::. .:::...:...:..: :. : :....:.::.:.::::::::::
NP_619 MNFRLPLSYFLVGIMCIGYSFLVVLKAMTKNI-GDDGGGDDNTFNFSWKVFTSWDYLIGN
270 280 290 300 310 320
380 390 400 410 420 430
pF1KB7 SETADNKYASITTSFKESIVDEQESNKEENIHLTRFLRVLANFLIICCLCGSGYLIYFVV
::::::. ::: .:::.:..:. .. :::.:: :::: ::::... : ::::::...:
NP_619 PETADNKFNSITMNFKEAITEEKAAQVEENVHLIRFLRFLANFFVFLTLGGSGYLIFWAV
330 340 350 360 370 380
440 450 460 470 480 490
pF1KB7 KRSQQFSKMQ--NVSWYERNEVEIVMSLLGMFCPPLFETIAALENYHPRTGLKWQLGRIF
::::.:.... ...:.:.::...:::::::::: ::. .: ::.::: .::: :::::
NP_619 KRSQEFAQQDPDTLGWWEKNEMNMVMSLLGMFCPTLFDLFAELEDYHPLIALKWLLGRIF
390 400 410 420 430 440
500 510 520 530 540
pF1KB7 ALFLGNLYTFLLALMDDVHLKLANEETIK-NITHW--TLFNYYNSSGWNESVPRPPL--H
::.:::::.:.:::::... :. .:. .: ::: : .... ::.: ..:. ::. :
NP_619 ALLLGNLYVFILALMDEINNKIEEEKLVKANITLWEANMIKAYNAS-FSENSTGPPFFVH
450 460 470 480 490 500
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 PADVPRGSCWETAVGIEFMRLTVSDMLVTYITILLGDFLRACFVRFMNYCWCWDLEAGFP
::::::: :::: :: ::.::::::.:.::.:::.::::::::::: ::::::::: :.:
NP_619 PADVPRGPCWETMVGQEFVRLTVSDVLTTYVTILIGDFLRACFVRFCNYCWCWDLEYGYP
510 520 530 540 550 560
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 SYAEFDISGNVLGLIFNQGMIWMGSFYAPGLVGINVLRLLTSMYFQCWAVMSSNVPHERV
::.:::::::::.:::::::::::::.::.: :::.::: ::::::::::: :::. ::
NP_619 SYTEFDISGNVLALIFNQGMIWMGSFFAPSLPGINILRLHTSMYFQCWAVMCCNVPEARV
570 580 590 600 610 620
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 FKASRSNNFYMGLLLLVLFLSLLPVAYTIMSLPPSFDCGPFSGKNRMYDVLQETIENDFP
::::::::::.:.:::.:::: .:: : :.:::::::::::::::::..:. ::.:.:::
NP_619 FKASRSNNFYLGMLLLILFLSTMPVLYMIVSLPPSFDCGPFSGKNRMFEVIGETLEHDFP
630 640 650 660 670 680
730 740 750 760 770 780
pF1KB7 TFLGKIFAFLANPGLIIPAILLMFLAIYYLNSVSKSLSRANAQLRKKI--QVLREVEKSH
....::. :.::::.: .::.: :::::::...:. . :: .:.::. :.:.. ...
NP_619 SWMAKILRQLSNPGLVIAVILVMVLAIYYLNATAKGQKAANLDLKKKMKMQALENKMRNK
690 700 710 720 730 740
790 800 810 820 830 840
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