Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7298
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7298, 1017 aa
1>>>pF1KB7298 1017 - 1017 aa - 1017 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.6596+/-0.00107; mu= -1.7859+/- 0.064
mean_var=298.5499+/-60.372, 0's: 0 Z-trim(113.7): 33 B-trim: 151 in 1/50
Lambda= 0.074228
statistics sampled from 14311 (14341) to 14311 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.752), E-opt: 0.2 (0.441), width: 16
Scan time: 5.230
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11420.1 KCNH4 gene_id:23415|Hs108|chr17 (1017) 6898 753.0 7.2e-217
CCDS2632.1 KCNH8 gene_id:131096|Hs108|chr3 (1107) 3154 352.1 3.8e-96
CCDS11638.1 KCNH6 gene_id:81033|Hs108|chr17 ( 994) 1464 171.1 1.1e-41
CCDS5911.1 KCNH2 gene_id:3757|Hs108|chr7 ( 819) 1442 168.6 4.7e-41
CCDS62290.1 KCNH6 gene_id:81033|Hs108|chr17 ( 958) 1442 168.7 5.3e-41
CCDS5910.1 KCNH2 gene_id:3757|Hs108|chr7 (1159) 1442 168.7 6.1e-41
CCDS2219.1 KCNH7 gene_id:90134|Hs108|chr2 (1196) 1392 163.4 2.6e-39
CCDS31015.1 KCNH1 gene_id:3756|Hs108|chr1 ( 962) 1387 162.8 3.1e-39
CCDS9756.1 KCNH5 gene_id:27133|Hs108|chr14 ( 988) 1367 160.7 1.4e-38
CCDS45122.1 KCNH5 gene_id:27133|Hs108|chr14 ( 611) 1327 156.2 1.9e-37
CCDS8786.1 KCNH3 gene_id:23416|Hs108|chr12 (1083) 1168 139.4 4e-32
CCDS2220.1 KCNH7 gene_id:90134|Hs108|chr2 ( 732) 1099 131.9 4.9e-30
CCDS1496.1 KCNH1 gene_id:3756|Hs108|chr1 ( 989) 942 115.2 7.1e-25
CCDS11639.1 KCNH6 gene_id:81033|Hs108|chr17 ( 905) 767 96.4 2.9e-19
>>CCDS11420.1 KCNH4 gene_id:23415|Hs108|chr17 (1017 aa)
initn: 6898 init1: 6898 opt: 6898 Z-score: 4006.9 bits: 753.0 E(32554): 7.2e-217
Smith-Waterman score: 6898; 100.0% identity (100.0% similar) in 1017 aa overlap (1-1017:1-1017)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MPVMKGLLAPQNTFLDTIATRFDGTHSNFLLANAQGTRGFPIVYCSDGFCELTGYGRTEV
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CCDS11 MPVMKGLLAPQNTFLDTIATRFDGTHSNFLLANAQGTRGFPIVYCSDGFCELTGYGRTEV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 MQKTCSCRFLYGPETSEPALQRLHKALEGHQEHRAEICFYRKDGSAFWCLLDMMPIKNEM
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CCDS11 MQKTCSCRFLYGPETSEPALQRLHKALEGHQEHRAEICFYRKDGSAFWCLLDMMPIKNEM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 GEVVLFLFSFKDITQSGSPGLGPQGGRGDSNHENSLGRRGATWKFRSARRRSRTVLHRLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GEVVLFLFSFKDITQSGSPGLGPQGGRGDSNHENSLGRRGATWKFRSARRRSRTVLHRLT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 GHFGRRGQGGMKANNNVFEPKPSVPEYKVASVGGSRCLLLHYSVSKAIWDGLILLATFYV
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CCDS11 GHFGRRGQGGMKANNNVFEPKPSVPEYKVASVGGSRCLLLHYSVSKAIWDGLILLATFYV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 AVTVPYNVCFSGDDDTPITSRHTLVSDIAVEMLFILDIILNFRTTYVSQSGQVISAPRSI
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CCDS11 AVTVPYNVCFSGDDDTPITSRHTLVSDIAVEMLFILDIILNFRTTYVSQSGQVISAPRSI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 GLHYLATWFFIDLIAALPFDLLYIFNITVTSLVHLLKTVRLLRLLRLLQKLERYSQCSAV
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CCDS11 GLHYLATWFFIDLIAALPFDLLYIFNITVTSLVHLLKTVRLLRLLRLLQKLERYSQCSAV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 VLTLLMSVFALLAHWMACIWYVIGRREMEANDPLLWDIGWLHELGKRLEVPYVNGSVGGP
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CCDS11 VLTLLMSVFALLAHWMACIWYVIGRREMEANDPLLWDIGWLHELGKRLEVPYVNGSVGGP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 SRRSAYIAALYFTLSSLTSVGFGNVCANTDAEKIFSICTMLIGALMHAVVFGNVTAIIQR
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CCDS11 SRRSAYIAALYFTLSSLTSVGFGNVCANTDAEKIFSICTMLIGALMHAVVFGNVTAIIQR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 MYSRRSLYHSRMKDLKDFIRVHRLPRPLKQRMLEYFQTTWAVNSGIDANELLRDFPDELR
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CCDS11 MYSRRSLYHSRMKDLKDFIRVHRLPRPLKQRMLEYFQTTWAVNSGIDANELLRDFPDELR
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 ADIAMHLNREILQLPLFGAASRGCLRALSLHIKTSFCAPGEYLLRRGDALQAHYYVCSGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ADIAMHLNREILQLPLFGAASRGCLRALSLHIKTSFCAPGEYLLRRGDALQAHYYVCSGS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 LEVLRDNMVLAILGKGDLIGADIPEPGQEPGLGADPNFVLKTSADVKALTYCGLQQLSSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LEVLRDNMVLAILGKGDLIGADIPEPGQEPGLGADPNFVLKTSADVKALTYCGLQQLSSR
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 GLAEVLRLYPEYGAAFRAGLPRDLTFNLRQGSDTSGLSRFSRSPRLSQPRSESLGSSSDK
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CCDS11 GLAEVLRLYPEYGAAFRAGLPRDLTFNLRQGSDTSGLSRFSRSPRLSQPRSESLGSSSDK
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB7 TLPSITEAESGAEPGGGPRPRRPLLLPNLSPARPRGSLVSLLGEELPPFSALVSSPSLSP
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CCDS11 TLPSITEAESGAEPGGGPRPRRPLLLPNLSPARPRGSLVSLLGEELPPFSALVSSPSLSP
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB7 SLSPALAGQGHSASPHGPPRCSAAWKPPQLLIPPLGTFGPPDLSPRIVDGIEDSGSTAEA
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CCDS11 SLSPALAGQGHSASPHGPPRCSAAWKPPQLLIPPLGTFGPPDLSPRIVDGIEDSGSTAEA
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB7 PSFRFSRRPELPRPRSQAPPTGTRPSPELASEAEEVKEKVCRLNQEISRLNQEVSQLSRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PSFRFSRRPELPRPRSQAPPTGTRPSPELASEAEEVKEKVCRLNQEISRLNQEVSQLSRE
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB7 LRHIMGLLQARLGPPGHPAGSAWTPDPPCPQLRPPCLSPCASRPPPSLQDTTLAEVHCPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LRHIMGLLQARLGPPGHPAGSAWTPDPPCPQLRPPCLSPCASRPPPSLQDTTLAEVHCPA
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010
pF1KB7 SVGTMETGTALLDLRPSILPPYPSEPDPLGPSPVPEASPPTPSLLRHSFQSRSDTFH
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SVGTMETGTALLDLRPSILPPYPSEPDPLGPSPVPEASPPTPSLLRHSFQSRSDTFH
970 980 990 1000 1010
>>CCDS2632.1 KCNH8 gene_id:131096|Hs108|chr3 (1107 aa)
initn: 2424 init1: 1459 opt: 3154 Z-score: 1839.6 bits: 352.1 E(32554): 3.8e-96
Smith-Waterman score: 3549; 57.8% identity (76.4% similar) in 1015 aa overlap (1-1004:1-991)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MPVMKGLLAPQNTFLDTIATRFDGTHSNFLLANAQGTRGFPIVYCSDGFCELTGYGRTEV
:::::::::::::::::::::::::::::.::::: ..::::::::::::::.:..::::
CCDS26 MPVMKGLLAPQNTFLDTIATRFDGTHSNFILANAQVAKGFPIVYCSDGFCELAGFARTEV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 MQKTCSCRFLYGPETSEPALQRLHKALEGHQEHRAEICFYRKDGSAFWCLLDMMPIKNEM
:::.:::.::.: ::.: . ...:.:: . : ..:: ::.:.:: ::::::..:::::
CCDS26 MQKSCSCKFLFGVETNEQLMLQIEKSLEEKTEFKGEIMFYKKNGSPFWCLLDIVPIKNEK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 GEVVLFLFSFKDITQSGSPGLGPQGGRGDSNHENSLGRRGATWKFRSARRRSRTVLHRLT
:.::::: ::::::.. . . :. :..... :: : .: :::::::.::....
CCDS26 GDVVLFLASFKDITDT-KVKITPE----DKKEDKVKGRSRAGTHFDSARRRSRAVLYHIS
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 GHFGRRGQGGMKANNNVFEPKPSVPEYKVASVGGSRCLLLHYSVSKAIWDGLILLATFYV
::. :: .. .: ::::: ::. :::::... :. .:::.:. :: :: :::::::::
CCDS26 GHLQRREKNKLKINNNVFVDKPAFPEYKVSDAKKSKFILLHFSTFKAGWDWLILLATFYV
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 AVTVPYNVCFSGDDDTPITSRHTLVSDIAVEMLFILDIILNFRTTYVSQSGQVISAPRSI
:::::::::: :.:: :.: : :::::::.:::.::::::::::::.::::: :::
CCDS26 AVTVPYNVCFIGNDDLS-TTRSTTVSDIAVEILFIIDIILNFRTTYVSKSGQVIFEARSI
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 GLHYLATWFFIDLIAALPFDLLYIFNITVTSLVHLLKTVRLLRLLRLLQKLERYSQCSAV
.::..:::.::::::::::::: ::.::.:::::::::::::::::::::.:::: :..
CCDS26 CIHYVTTWFIIDLIAALPFDLLYAFNVTVVSLVHLLKTVRLLRLLRLLQKLDRYSQHSTI
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410
pF1KB7 VLTLLMSVFALLAHWMACIWYVIGRREMEANDPLLWDIGWLHELGKRLEVPYV-NGSVGG
:::::::.::::::::::::::::. : : :. : :..::::::::::: :: :...::
CCDS26 VLTLLMSMFALLAHWMACIWYVIGKMEREDNSLLKWEVGWLHELGKRLESPYYGNNTLGG
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 PSRRSAYIAALYFTLSSLTSVGFGNVCANTDAEKIFSICTMLIGALMHAVVFGNVTAIIQ
:: ::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::.::::::::::
CCDS26 PSIRSAYIAALYFTLSSLTSVGFGNVSANTDAEKIFSICTMLIGALMHALVFGNVTAIIQ
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB7 RMYSRRSLYHSRMKDLKDFIRVHRLPRPLKQRMLEYFQTTWAVNSGIDANELLRDFPDEL
::::: ::::.: ::::::::::.::. :::::::::::::.::.:::.::::.::::::
CCDS26 RMYSRWSLYHTRTKDLKDFIRVHHLPQQLKQRMLEYFQTTWSVNNGIDSNELLKDFPDEL
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KB7 RADIAMHLNREILQLPLFGAASRGCLRALSLHIKTSFCAPGEYLLRRGDALQAHYYVCSG
:.::.::::.::::: :: :::::::.::::::::::::::::::.:::::: :.::::
CCDS26 RSDITMHLNKEILQLSLFECASRGCLRSLSLHIKTSFCAPGEYLLRQGDALQAIYFVCSG
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KB7 SLEVLRDNMVLAILGKGDLIGADIPEPGQEPGLGADPNFVLKTSADVKALTYCGLQQLSS
:.:::.:.::::::::::::::.. : :.::.::::::::: :: .
CCDS26 SMEVLKDSMVLAILGKGDLIGANLSIKDQ----------VIKTNADVKALTYCDLQCIIL
600 610 620 630 640
660 670 680 690 700 710
pF1KB7 RGLAEVLRLYPEYGAAFRAGLPRDLTFNLRQGSDTSGLSRFSRSPRLSQPRSESLGSSS-
.:: ::: :::::. : . .:::.:::.: ... .::.: . .:: :: :...
CCDS26 KGLFEVLDLYPEYAHKFVEDIQHDLTYNLREGHESDVISRLSNKSMVSQ--SEPKGNGNI
650 660 670 680 690 700
720 730 740 750 760 770
pF1KB7 DKTLPSITEAESGAEPGGGPRPRR--PLLLPNLSPARPR-GSLVSLLGEELPPFSALVSS
.: ::::.: : : : . :. . : . :: . :: : ... .
CCDS26 NKRLPSIVEDEEEEEEGEEEEAVSLSPICTRGSSSRNKKVGSNKAYLGLSLKQLASG-TV
710 720 730 740 750 760
780 790 800 810 820 830
pF1KB7 PSLSPSLSPALAGQGHSASPHGPPRCSA-AWKPPQLLIPPLGTFGPPDLSPRIVDGIEDS
: :: . . ... .. . :: . : .: . :.. :::::::::::::::.
CCDS26 PFHSP-IRVSRSNSPKTKQEIDPPNHNKRKEKNLKLQLSTLNNAGPPDLSPRIVDGIEDG
770 780 790 800 810 820
840 850 860 870 880
pF1KB7 GSTAEAPSFRFSRRPELPRPRSQAPPTGTRPSPELAS-----EAEEVKEKVCRLNQEISR
.:. :. .: :. . .:: .:: : .::... .:::.:... .::.:..
CCDS26 NSSEESQTFDFGSERIRSEPRI-SPPLG---DPEIGAAVLFIKAEETKQQINKLNSEVTT
830 840 850 860 870
890 900 910 920 930 940
pF1KB7 LNQEVSQLSRELRHIMGLLQARLGPPGHPAGSAWTPDPPCPQLRPPCLSPCASRPPPSLQ
:.::::::....:... ::. :.: . ::. . : : :.
CCDS26 LTQEVSQLGKDMRNVIQLLENVLSPQQPSRFCSLHSTSVCPSRESLQTRTSWSAHQPCLH
880 890 900 910 920 930
950 960 970 980 990 1000
pF1KB7 DTTLAEVHCPASVGTMETGTALLDLRPSILPPYPSEPDPLGPSPVPEASPPTPSLLRHSF
: . .. :.. . . . . .. :: . :.. .:. .:::
CCDS26 LQTGGAAYTQAQLCSSNITSDIWSVDPSSVGSSPQRTGAHEQNPADSELYHSPSLDYSPS
940 950 960 970 980 990
1010
pF1KB7 QSRSDTFH
CCDS26 HYQVVQEGHLQFLRCISPHSDSTLTPLQSISATLSSSVCSSSETSLHLVLPSRSEEGSFS
1000 1010 1020 1030 1040 1050
>>CCDS11638.1 KCNH6 gene_id:81033|Hs108|chr17 (994 aa)
initn: 1515 init1: 666 opt: 1464 Z-score: 862.1 bits: 171.1 E(32554): 1.1e-41
Smith-Waterman score: 2031; 39.8% identity (64.2% similar) in 996 aa overlap (6-937:6-970)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MPVMKGLLAPQNTFLDTIATRFDGTHSNFLLANAQGTRGFPIVYCSDGFCELTGYGRTEV
: .:::::.:::: .:.: .::.:::: .. :.::.:::::: ::.:.::
CCDS11 MPVRRGHVAPQNTYLDTIIRKFEGQSRKFLIANAQ-MENCAIIYCNDGFCELFGYSRVEV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 MQKTCSCRFLYGPETSEPALQRLHKALEGHQEHRAEICFYRKDGSAFWCLLDMMPIKNEM
::. :.: :: ::.: :..:: .:: : .: ...: .::::.:.: ::.:..:.:::
CCDS11 MQQPCTCDFLTGPNTPSSAVSRLAQALLGAEECKVDILYYRKDASSFRCLVDVVPVKNED
60 70 80 90 100 110
130 140 150
pF1KB7 GEVVLFLFSFKDITQ-------------------------SGSPGL-GPQGGRGDSNHEN
: :..:...:.:..: : :: :: ::: .
CCDS11 GAVIMFILNFEDLAQLLAKCSSRSLSQRLLSQSFLGSEGSHGRPGGPGPGTGRGKYRTIS
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200
pF1KB7 SLGRRG---ATWKFRSARRRSRTVLHRLTGH-FGRRGQGGMKANNNVFEPKPSV-PEYKV
.. . . ..... : : : .. .. : .: :. . ..:. .: ::::.
CCDS11 QIPQFTLNFVEFNLEKHRSSSTTEIEIIAPHKVVERTQNVTEKVTQVLSLGADVLPEYKL
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 ASVGGSRCLLLHYSVSKAIWDGLILLATFYVAVTVPYNVCF--SGDDDT-----PITSRH
. : .:::: ::.:: :::: ..:.:: .::.. : : .:.. :
CCDS11 QAPRIHRWTILHYSPFKAVWDWLILLLVIYTAVFTPYSAAFLLSDQDESRRGACSYTCSP
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KB7 TLVSDIAVEMLFILDIILNFRTTYVSQSGQVISAPRSIGLHYLATWFFIDLIAALPFDLL
: :. :...:..::..:::::::. . .:.: :: :..::. ::.::..::.:::::
CCDS11 LTVVDLIVDIMFVVDIVINFRTTYVNTNDEVVSHPRRIAVHYFKGWFLIDMVAAIPFDLL
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370
pF1KB7 YIFNI---TVTSLVHLLKTVRLLRLLRLLQKLERYSQCSAVVLTLLMSVFALLAHWMACI
:: .:.:. ::::.:::::.:. .::.:::. .:.:: ::: .:::.:::.:::
CCDS11 -IFRTGSDETTTLIGLLKTARLLRLVRVARKLDRYSEYGAAVLFLLMCTFALIAHWLACI
360 370 380 390 400 410
380 390 400 410 420 430
pF1KB7 WYVIGRREMEANDPLLWD-IGWLHELGKRLEVPYVNGS--VGGPSRRSAYIAALYFTLSS
::.:: : : : :::: :: .: : ::: ..::: .. :..:::::.::
CCDS11 WYAIGNVER----PYLEHKIGWLDSLGVQLGKRY-NGSDPASGPSVQDKYVTALYFTFSS
420 430 440 450 460 470
440 450 460 470 480 490
pF1KB7 LTSVGFGNVCANTDAEKIFSICTMLIGALMHAVVFGNVTAIIQRMYSRRSLYHSRMKDLK
::::::::: ::..::.::::.::::.::.: .::::.:::::.:: . ::..: .:
CCDS11 LTSVGFGNVSPNTNSEKVFSICVMLIGSLMYASIFGNVSAIIQRLYSGTARYHTQMLRVK
480 490 500 510 520 530
500 510 520 530 540 550
pF1KB7 DFIRVHRLPRPLKQRMLEYFQTTWAVNSGIDANELLRDFPDELRADIAMHLNREILQ-LP
.::: :..: ::.::. :::: .:. ..::: : .:. ::. :.::: .::.: .:: :
CCDS11 EFIRFHQIPNPLRQRLEEYFQHAWSYTNGIDMNAVLKGFPECLQADICLHLHRALLQHCP
540 550 560 570 580 590
560 570 580 590 600 610
pF1KB7 LFGAASRGCLRALSLHIKTSFCAPGEYLLRRGDALQAHYYVCSGSLEVLRDNMVLAILGK
:..:..::::::....::. ::. :.. ::.:.. :.. ::.:.:::..:.:::::
CCDS11 AFSGAGKGCLRALAVKFKTTHAPPGDTLVHLGDVLSTLYFISRGSIEILRDDVVVAILGK
600 610 620 630 640 650
620 630 640 650 660 670
pF1KB7 GDLIGADIPEPGQEPGLGADPNFVLKTSADVKALTYCGLQQLSSRGLAEVLRLYPEYGAA
.:..: :: .: :.:. :.::::.::::: :.... : ::: .:: .. .
CCDS11 NDIFG----EP---VSLHAQPG---KSSADVRALTYCDLHKIQRADLLEVLDMYPAFAES
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: : : .. . : :. . ::: :. : . :... :..
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CCDS11 GSWGH
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CCDS59 VESRLDALQRQLNRLETRLSADMATVLQLLQRQMTLVPPAYSAVTTPGPGPTSTSPLLPV
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CCDS59 SPLPTLTLDSLSQVSQFMACEELPPGAPELPQEGPTRRLSLPGQLGALTSQPLHRHGSDP
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CCDS59 GS
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CCDS45 QQLTPMNKTEVVHKHSRLAEVLQLGSDILPQYKQEAPKTPPHIILHYCAFKTTWDWVILI
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