Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7300
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7300, 956 aa
1>>>pF1KB7300 956 - 956 aa - 956 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.3427+/-0.00116; mu= -9.2799+/- 0.070
mean_var=447.7663+/-86.786, 0's: 0 Z-trim(114.8): 74 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.060611
statistics sampled from 15336 (15405) to 15336 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.775), E-opt: 0.2 (0.473), width: 16
Scan time: 4.530
The best scores are: opt bits E(32554)
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CCDS47637.1 ADAM22 gene_id:53616|Hs108|chr7 ( 906) 1368 134.7 7.9e-31
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CCDS3823.1 ADAM29 gene_id:11086|Hs108|chr4 ( 820) 1072 108.8 4.5e-23
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CCDS64882.1 ADAM2 gene_id:2515|Hs108|chr8 ( 716) 979 100.6 1.1e-20
CCDS83287.1 ADAM18 gene_id:8749|Hs108|chr8 ( 715) 913 94.8 6.2e-19
CCDS64883.1 ADAM2 gene_id:2515|Hs108|chr8 ( 672) 897 93.4 1.6e-18
CCDS6044.1 ADAMDEC1 gene_id:27299|Hs108|chr8 ( 470) 806 85.3 3e-16
CCDS55212.1 ADAMDEC1 gene_id:27299|Hs108|chr8 ( 391) 792 84.0 6.1e-16
CCDS83286.1 ADAM32 gene_id:203102|Hs108|chr8 ( 688) 687 75.1 5.4e-13
>>CCDS4338.1 ADAM19 gene_id:8728|Hs108|chr5 (918 aa)
initn: 6248 init1: 6248 opt: 6455 Z-score: 3070.9 bits: 579.5 E(32554): 9.9e-165
Smith-Waterman score: 6455; 99.8% identity (99.9% similar) in 902 aa overlap (1-902:1-901)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MPGGAGAARLCLLAFALQPLRPRAAREPGWTSKGSEEGSPKLQHELIIPQWKTSESPVRE
::::::::::::::::::::::::::::::: .:::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MPGGAGAARLCLLAFALQPLRPRAAREPGWT-RGSEEGSPKLQHELIIPQWKTSESPVRE
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70 80 90 100 110 120
pF1KB7 KHPLKAELRVMAEGRELILDLEKNEQLFAPSYTETHYTSSGNPQTTTRKLEDHCFYHGTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 KHPLKAELRVMAEGRELILDLEKNEQLFAPSYTETHYTSSGNPQTTTRKLEDHCFYHGTV
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130 140 150 160 170 180
pF1KB7 RETELSSVTLSTCRGIRGLITVSSNLSYVIEPLPDSKGQHLIYRSEHLKPPPGNCGFEHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 RETELSSVTLSTCRGIRGLITVSSNLSYVIEPLPDSKGQHLIYRSEHLKPPPGNCGFEHS
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190 200 210 220 230 240
pF1KB7 KPTTRDWALQFTQQTKKRPRRMKREDLNSMKYVELYLVADYLEFQKNRRDQDATKHKLIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 KPTTRDWALQFTQQTKKRPRRMKREDLNSMKYVELYLVADYLEFQKNRRDQDATKHKLIE
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 IANYVDKFYRSLNIRIALVGLEVWTHGNMCEVSENPYSTLWSFLSWRRKLLAQKYHDNAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 IANYVDKFYRSLNIRIALVGLEVWTHGNMCEVSENPYSTLWSFLSWRRKLLAQKYHDNAQ
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 LITGMSFHGTTIGLAPLMAMCSVYQSGGVNMDHSENAIGVAATMAHEMGHNFGMTHDSAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LITGMSFHGTTIGLAPLMAMCSVYQSGGVNMDHSENAIGVAATMAHEMGHNFGMTHDSAD
300 310 320 330 340 350
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pF1KB7 CCSASAADGGCIMAAATGHPFPKVFNGCNRRELDRYLQSGGGMCLSNMPDTRMLYGGRRC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 CCSASAADGGCIMAAATGHPFPKVFNGCNRRELDRYLQSGGGMCLSNMPDTRMLYGGRRC
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 GNGYLEDGEECDCGEEEECNNPCCNASNCTLRPGAECAHGSCCHQCKLLAPGTLCREQAR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 QCDLPEFCTGKSPHCPTNFYQMDGTPCEGGQAYCYNGMCLTYQEQCQQLWGPGARPAPDL
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pF1KB7 CFEKVNVAGDTFGNCGKDMNGEHRKCNMRDAKCGKIQCQSSEARPLESNAVPIDTTIIMN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 CFEKVNVAGDTFGNCGKDMNGEHRKCNMRDAKCGKIQCQSSEARPLESNAVPIDTTIIMN
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pF1KB7 GRQIQCRGTHVYRGPEEEGDMLDPGLVMTGTKCGYNHICFEGQCRNTSFFETEGCGKKCN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 GHGVCNNNQNCHCLPGWAPPFCNTPGHGGSIDSGPMPPESVGPVVAGVLVAILVLAVLML
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pF1KB7 MYYCCRQNNKLGQLKPSALPSKLRQQFSCPFRVSQNSGTGHANPTFKLQTPQGKRKVINT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MYYCCRQNNKLGQLKPSALPSKLRQQFSCPFRVSQNSGTGHANPTFKLQTPQGKRKVINT
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pF1KB7 PEILRKPSQPPPRPPPDYLRGGSPPAPLPAHLSRAARNSPGPGSQIERTESSRRPPPSRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 PEILRKPSQPPPRPPPDYLRGGSPPAPLPAHLSRAARNSPGPGSQIERTESSRRPPPSRP
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pF1KB7 IPPAPNCIVSQDFSRPRPPQKALPANPVPGRRSLPRPGGASPLRPPGAGPQQSRPLAALA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 IPPAPNCIVSQDFSRPRPPQKALPANPVPGRRSLPRPGGASPLRPPGAGPQQSRPLAALA
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pF1KB7 PKVSPREALKVKAGTRGLQGGRCRVEKTKQFMLLVVWTELPEQKPRAKHSCFLVPA
::
CCDS43 PKFPEYRSQRAGGMISSKI
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>>CCDS7653.1 ADAM12 gene_id:8038|Hs108|chr10 (909 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KB7 MPGGAGAARLCLLAFALQPLRPRAAREPG-WTS-KGSEEGSPKL-QHELIIPQWKTS
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pF1KB7 ESPVREKHPLKAELRVMAEGRELILDLEKNEQLFAPSYTETHYTSSGNPQTTTRK---LE
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::.::: :: :.:.:::: :.:::: : : :::.::. .. ... .. ...::
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:.:: .:. :. . : .. :: ::: :.. ::::: .::: :::.. .:
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pF1KB7 DATKHKLIEIANYVDKFYRSLNIRIALVGLEVWTHGNMCEVSENPYSTLWSFLSWRR-KL
. .:..::::::.:::::: :::::.:::.:::. . : ::..:...: ::.::. ::
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pF1KB7 LAQKYHDNAQLITGMSFHGTTIGLAPLMAMCSVYQSGGVNMDHSENAIGVAATMAHEMGH
: .: ::::::..:. :.:::::.::.:.::.. ::::. ::::.: .:.:.:.:::.::
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pF1KB7 NFGMTHDSAD--C-CSASAADGGCIMAAATGHPFPKVFNGCNRRELDRYLQSGGGMCLSN
::::.::. : : :. .. ::::: :.::.::: ::..:.:..:. :..: :.:: :
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pF1KB7 MPDTRMLYGGRRCGNGYLEDGEECDCGEEEECNNPCCNASNCTLRPGAECAHGSCCHQCK
.:..: .::..::: ..:.:::::::: ::: : ::::..:::.: : :::: ::..:.
CCDS76 LPEVRESFGGQKCGNRFVEEGEECDCGEPEECMNRCCNATTCTLKPDAVCAHGLCCEDCQ
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pF1KB7 LLAPGTLCREQARQCDLPEFCTGKSPHCPTNFYQMDGTPCEGGQAYCYNGMCLTYQEQCQ
: :: ::... .::::::::: :::::.: : :: :. ..:::::.: :...::
CCDS76 LKPAGTACRDSSNSCDLPEFCTGASPHCPANVYLHDGHSCQDVDGYCYNGICQTHEQQCV
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pF1KB7 QLWGPGARPAPDLCFEKVNVAGDTFGNCGKDMNGEHRKCNMRDAKCGKIQCQSSEARP-L
::::::.::: .:::.:: ::: .::::: .. ::.::::::::::::.. .:: .
CCDS76 TLWGPGAKPAPGICFERVNSAGDPYGNCGKVSKSSFAKCEMRDAKCGKIQCQGGASRPVI
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.::: :.:.: ...: .: ::::::: : :: :::::..::::. ..::.. ::.
CCDS76 GTNAVSIETNIPLQQGGRILCRGTHVYLGD----DMPDPGLVLAGTKCADGKICLNRQCQ
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: : : .. :. .:.:.::::: .:::: ::::::. : ::: ::::. . ..
CCDS76 NISVFGVHECAMQCHGRGVCNNRKNCHCEAHWAPPFCDKFGFGGSTDSGPIRQADNQGLT
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pF1KB7 AGVLVAILVLAVLMLMYYCCRQNNKLGQLKPSALPSKLRQQFSCPFRVSQNSGTGHANPT
:.::.:: : . .. : :.. : .: . . . ... : : :. :
CCDS76 IGILVTILCLLAAGFVVYLKRKT--LIRLLFTNKKTTI-EKLRC-VRPSR--------PP
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pF1KB7 FKLQTPQGKRKVINTPEILRKPSQPPPRPPPDYLRGGSPPAPLPAHLSRAARNSPGPGSQ
.: :.. .. ..::: : :: : : . . : : : :
CCDS76 RGFQPCQAHLGHLGKG-LMRKP--PDSYPPKDNPRRLLQCQNVDISRPLNGLNVPQPQST
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pF1KB7 IERTESSRRPP-----PSRPIPPAPNCIVSQDFSRPRPPQKALPANPVPGR----RSLPR
. .: : :.::.: : .: .: :::: :::.:. ..: :
CCDS76 QRVLPPLHRAPRAPSVPARPLPAKPALRQAQGTCKPNPPQKPLPADPLARTTRLTHALAR
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pF1KB7 PGGA-------SPLRPPGAGPQQSRPLAALAPKVSPREALKVKAGTRGLQGGRCRVEKTK
: .:::: :.:
CCDS76 TPGQWETGLRLAPLRPAPQYPHQVPRSTHTAYIK
880 890 900
>>CCDS7654.1 ADAM12 gene_id:8038|Hs108|chr10 (738 aa)
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Smith-Waterman score: 2524; 50.9% identity (75.5% similar) in 707 aa overlap (2-696:5-701)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MPGGAGAARLCLLAFALQPLRPRAAREPG-WTSKGSEE--GSPKLQHELIIPQWKTS
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pF1KB7 ESPVREKHPLKAELRVMAEGRELILDLEKNEQLFAPSYTETHYTSSGNPQTTTRK---LE
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pF1KB7 DHCFYHGTVRETELSSVTLSTCRGIRGLITVSSNLSYVIEPLPDSKGQHLIYRSEHLKPP
::.::: :: :.:.:::: :.:::: : : :::.::. .. ... .. ...::
CCDS76 GHCYYHGHVRGYSDSAVSLSTCSGLRGLI-VFENESYVLEPMKSATNRYKLFPAKKLKSV
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CCDS76 RGSCGSHHNTPNLAAKNV-FPPPSQTWARRHKRETLKATKYVELVIVADNREFQRQGKDL
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CCDS61 RPAPAPPLYSSLT
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