Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7316
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7316, 1097 aa
1>>>pF1KB7316 1097 - 1097 aa - 1097 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5360+/-0.00113; mu= 15.3596+/- 0.067
mean_var=86.8020+/-16.787, 0's: 0 Z-trim(103.0): 84 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.137661
statistics sampled from 7123 (7208) to 7123 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.581), E-opt: 0.2 (0.221), width: 16
Scan time: 3.570
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3927.1 LIFR gene_id:3977|Hs108|chr5 (1097) 7423 1485.3 0
CCDS3928.1 OSMR gene_id:9180|Hs108|chr5 ( 979) 1200 249.4 3e-65
CCDS3971.1 IL6ST gene_id:3572|Hs108|chr5 ( 918) 562 122.7 3.9e-27
CCDS56366.1 IL31RA gene_id:133396|Hs108|chr5 ( 662) 497 109.7 2.2e-23
CCDS56365.1 IL31RA gene_id:133396|Hs108|chr5 ( 681) 497 109.7 2.3e-23
CCDS75245.1 IL31RA gene_id:133396|Hs108|chr5 ( 745) 490 108.3 6.5e-23
CCDS3970.2 IL31RA gene_id:133396|Hs108|chr5 ( 764) 490 108.3 6.7e-23
CCDS75244.1 IL31RA gene_id:133396|Hs108|chr5 ( 582) 465 103.3 1.6e-21
CCDS54856.1 IL6ST gene_id:3572|Hs108|chr5 ( 857) 421 94.6 9.9e-19
CCDS56367.1 IL31RA gene_id:133396|Hs108|chr5 ( 622) 415 93.4 1.7e-18
CCDS58007.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1 ( 776) 376 85.7 4.4e-16
CCDS638.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1 ( 862) 373 85.1 7.4e-16
CCDS54847.1 OSMR gene_id:9180|Hs108|chr5 ( 342) 343 79.0 2e-14
CCDS72805.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1 ( 635) 339 78.3 6e-14
CCDS58006.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1 ( 659) 339 78.3 6.2e-14
CCDS412.1 CSF3R gene_id:1441|Hs108|chr1 ( 783) 295 69.6 3.1e-11
CCDS413.1 CSF3R gene_id:1441|Hs108|chr1 ( 836) 295 69.6 3.3e-11
CCDS414.1 CSF3R gene_id:1441|Hs108|chr1 ( 863) 295 69.6 3.4e-11
CCDS47209.1 IL6ST gene_id:3572|Hs108|chr5 ( 329) 283 67.1 7.4e-11
>>CCDS3927.1 LIFR gene_id:3977|Hs108|chr5 (1097 aa)
initn: 7423 init1: 7423 opt: 7423 Z-score: 7963.5 bits: 1485.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7423; 100.0% identity (100.0% similar) in 1097 aa overlap (1-1097:1-1097)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MMDIYVCLKRPSWMVDNKRMRTASNFQWLLSTFILLYLMNQVNSQKKGAPHDLKCVTNNL
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CCDS39 MMDIYVCLKRPSWMVDNKRMRTASNFQWLLSTFILLYLMNQVNSQKKGAPHDLKCVTNNL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 QVWNCSWKAPSGTGRGTDYEVCIENRSRSCYQLEKTSIKIPALSHGDYEITINSLHDFGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 QVWNCSWKAPSGTGRGTDYEVCIENRSRSCYQLEKTSIKIPALSHGDYEITINSLHDFGS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 STSKFTLNEQNVSLIPDTPEILNLSADFSTSTLYLKWNDRGSVFPHRSNVIWEIKVLRKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 STSKFTLNEQNVSLIPDTPEILNLSADFSTSTLYLKWNDRGSVFPHRSNVIWEIKVLRKE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 SMELVKLVTHNTTLNGKDTLHHWSWASDMPLECAIHFVEIRCYIDNLHFSGLEEWSDWSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 SMELVKLVTHNTTLNGKDTLHHWSWASDMPLECAIHFVEIRCYIDNLHFSGLEEWSDWSP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 VKNISWIPDSQTKVFPQDKVILVGSDITFCCVSQEKVLSALIGHTNCPLIHLDGENVAIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 VKNISWIPDSQTKVFPQDKVILVGSDITFCCVSQEKVLSALIGHTNCPLIHLDGENVAIK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 IRNISVSASSGTNVVFTTEDNIFGTVIFAGYPPDTPQQLNCETHDLKEIICSWNPGRVTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 IRNISVSASSGTNVVFTTEDNIFGTVIFAGYPPDTPQQLNCETHDLKEIICSWNPGRVTA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 LVGPRATSYTLVESFSGKYVRLKRAEAPTNESYQLLFQMLPNQEIYNFTLNAHNPLGRSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 LVGPRATSYTLVESFSGKYVRLKRAEAPTNESYQLLFQMLPNQEIYNFTLNAHNPLGRSQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 STILVNITEKVYPHTPTSFKVKDINSTAVKLSWHLPGNFAKINFLCEIEIKKSNSVQEQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 STILVNITEKVYPHTPTSFKVKDINSTAVKLSWHLPGNFAKINFLCEIEIKKSNSVQEQR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 NVTIKGVENSSYLVALDKLNPYTLYTFRIRCSTETFWKWSKWSNKKQHLTTEASPSKGPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 NVTIKGVENSSYLVALDKLNPYTLYTFRIRCSTETFWKWSKWSNKKQHLTTEASPSKGPD
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 TWREWSSDGKNLIIYWKPLPINEANGKILSYNVSCSSDEETQSLSEIPDPQHKAEIRLDK
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CCDS39 TWREWSSDGKNLIIYWKPLPINEANGKILSYNVSCSSDEETQSLSEIPDPQHKAEIRLDK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 NDYIISVVAKNSVGSSPPSKIASMEIPNDDLKIEQVVGMGKGILLTWHYDPNMTCDYVIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 NDYIISVVAKNSVGSSPPSKIASMEIPNDDLKIEQVVGMGKGILLTWHYDPNMTCDYVIK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 WCNSSRSEPCLMDWRKVPSNSTETVIESDEFRPGIRYNFFLYGCRNQGYQLLRSMIGYIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 WCNSSRSEPCLMDWRKVPSNSTETVIESDEFRPGIRYNFFLYGCRNQGYQLLRSMIGYIE
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB7 ELAPIVAPNFTVEDTSADSILVKWEDIPVEELRGFLRGYLFYFGKGERDTSKMRVLESGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 ELAPIVAPNFTVEDTSADSILVKWEDIPVEELRGFLRGYLFYFGKGERDTSKMRVLESGR
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB7 SDIKVKNITDISQKTLRIADLQGKTSYHLVLRAYTDGGVGPEKSMYVVTKENSVGLIIAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 SDIKVKNITDISQKTLRIADLQGKTSYHLVLRAYTDGGVGPEKSMYVVTKENSVGLIIAI
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB7 LIPVAVAVIVGVVTSILCYRKREWIKETFYPDIPNPENCKALQFQKSVCEGSSALKTLEM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 LIPVAVAVIVGVVTSILCYRKREWIKETFYPDIPNPENCKALQFQKSVCEGSSALKTLEM
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB7 NPCTPNNVEVLETRSAFPKIEDTEIISPVAERPEDRSDAEPENHVVVSYCPPIIEEEIPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 NPCTPNNVEVLETRSAFPKIEDTEIISPVAERPEDRSDAEPENHVVVSYCPPIIEEEIPN
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB7 PAADEAGGTAQVIYIDVQSMYQPQAKPEEEQENDPVGGAGYKPQMHLPINSTVEDIAAEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 PAADEAGGTAQVIYIDVQSMYQPQAKPEEEQENDPVGGAGYKPQMHLPINSTVEDIAAEE
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB7 DLDKTAGYRPQANVNTWNLVSPDSPRSIDSNSEIVSFGSPCSINSRQFLIPPKDEDSPKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 DLDKTAGYRPQANVNTWNLVSPDSPRSIDSNSEIVSFGSPCSINSRQFLIPPKDEDSPKS
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090
pF1KB7 NGGGWSFTNFFQNKPND
:::::::::::::::::
CCDS39 NGGGWSFTNFFQNKPND
1090
>>CCDS3928.1 OSMR gene_id:9180|Hs108|chr5 (979 aa)
initn: 921 init1: 178 opt: 1200 Z-score: 1285.0 bits: 249.4 E(32554): 3e-65
Smith-Waterman score: 1492; 31.8% identity (63.4% similar) in 916 aa overlap (135-1010:30-916)
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 HGDYEITINSLHDFGSSTSKFTLNEQNVSLIPDTPEILNLSADFSTSTLYLKWNDRGSVF
.: :: :..:.. . ..:.:.:. .. .
CCDS39 MALFAVFQTTFFLTLLSLRTYQSEVLAERLPLTPVSLKVSTNSTRQSLHLQWTVHNLPY
10 20 30 40 50
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 PHRSNVIWEIKVLRKESMELVKLVTHNTTLNGKDTLHHWSWASDMPLECAIHFVEIRCYI
.. .....:.. : :. ... . ...::.. ...:: ::: :..::::: :::.:. .
CCDS39 HQELKMVFQIQISRIETSNVIWVGNYSTTVKWNQVLH-WSWESELPLECATHFVRIKSLV
60 70 80 90 100 110
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 DNLHFSGLEEWSDWSPVKNISWIPDSQTK----VFPQDKVILVGSDITFCCVSQEKVLSA
:. .: . ::.:: ...: . :: . :::.::.. :...:.: ::.. . .
CCDS39 DDAKFPEPNFWSNWSSWEEVS-VQDSTGQDILFVFPKDKLVEEGTNVTICYVSRN-IQNN
120 130 140 150 160 170
290 300 310 320 330
pF1KB7 LIGHTNCPLIH---LDGENVAIKIRNISVSASSGTNVVF-TTEDNIF----GTVIFAGYP
. . . :: :: . .:... .. ..:::. ... :. : :.:..
CCDS39 VSCYLEGKQIHGEQLDPHVTAFNLNSVPFIRNKGTNIYCEASQGNVSEGMKGIVLFVSKV
180 190 200 210 220 230
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 PDTPQQLNCETHDLKEIICSWNPGRVTALVGPR--ATSYTLVESFSGKYVRLKRAEAPTN
. :....:::.:.: . :.:.:: ::: . . :::: :::::. :. . :
CCDS39 LEEPKDFSCETEDFKTLHCTWDPGTDTALGWSKQPSQSYTLFESFSGE----KKLCTHKN
240 250 260 270 280 290
400 410 420 430 440 450
pF1KB7 ESYQLLFQMLPNQEIYNFTLNAHNPLGRSQSTILVNITEKVYPHTPTSFKVKDINSTAVK
. : .:: ::::: :.: : . . .:: :.:..:: .: : . ...:.: .
CCDS39 WCNWQITQ--DSQETYNFTLIAENYLRKRSVNILFNLTHRVYLMNPFSVNFENVNATNAI
300 310 320 330 340 350
460 470 480 490 500 510
pF1KB7 LSWHLPGNFAKINFLCEIEIKKSNSVQEQRNVTIKGVENSSYLVALDKLNPYTLYTFRIR
..:.. . ....::.::.. .... : ::.:: :. :. :..:.: : : :.:
CCDS39 MTWKVHSIRNNFTYLCQIELHGEGKMM-QYNVSIK--VNGEYF--LSELEPATEYMARVR
360 370 380 390 400
520 530 540 550 560
pF1KB7 CSTET-FWKWSKWSNKKQHLTT-EASPSKGPDTWREWSSDGKN--LIIYWKPLPINEANG
:. . :::::.::. :..:: ::.::..::.:: : . : . ..:::: .:::
CCDS39 CADASHFWKWSEWSG--QNFTTLEAAPSEAPDVWRIVSLEPGNHTVTLFWKPLSKLHANG
410 420 430 440 450 460
570 580 590 600 610 620
pF1KB7 KILSYNVSCSS-DEETQS-LSEIPDPQHKAEIRLDKNDYIISVVAKNSVGSSPPSKIA-S
::: ::: . :. ..: : :: : ..... ::. .: : :.:.::::.:: : :. :
CCDS39 KILFYNVVVENLDKPSSSELHSIPAPANSTKLILDRCSYQICVIANNSVGASPASVIVIS
470 480 490 500 510 520
630 640 650 660 670 680
pF1KB7 MEIPNDDLKIEQVVGMGKGILLTWHYDPNMTCDYVIKWCNSSRSEPCLMDWRKVPSNSTE
. : ... :...: :. :.:. .:. . ::. ::. ... ..:..: :.:
CCDS39 ADPENKEVEEERIAGTEGGFSLSWKPQPGDVIGYVVDWCDHTQDVLGDFQWKNVGPNTTS
530 540 550 560 570 580
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pF1KB7 TVIESDEFRPGIRYNFFLYGCRNQGYQ-LLRSMIGYIEELAPIVAPNFTVEDTSADSILV
::: .: ::::.::.: .:: .. ::.. :: .:::: :. :. .. :. .
CCDS39 TVISTDAFRPGVRYDFRIYGLSTKRIACLLEKKTGYSQELAPSDNPHVLVDTLTSHSFTL
590 600 610 620 630 640
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pF1KB7 KWEDIPVEELRGFLRGYLFYFGKGERDTS---KMRVLESGRSDIKVKNITDISQKTLRIA
.:.: .: ::..:: :. . :. . :: .: : : : . .:.: .
CCDS39 SWKDYSTESQPGFIQGYHVYLKSKARQCHPRFEKAVLSDGSECCKYK-IDNPEEKALIVD
650 660 670 680 690 700
800 810 820 830 840 850
pF1KB7 DLQGKTSYHLVLRAYTDGGVGPEKSMY-VVTKENSVGLIIAILIPVAVAVIVGVVTSILC
.:. .. :.. . .:..: :: .. :.: .. ...: ::.:.. :.. .: .:
CCDS39 NLKPESFYEFFITPFTSAGEGPSATFTKVTTPDEHSSMLIHILLPMVFCVLLIMV---MC
710 720 730 740 750
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pF1KB7 YRKREWIKETFYPDIPNPENCKALQFQKSVCEGSSALKTLEMNPCTPNNVEVLE----TR
: : .::::: :::::.: . . :.. : . . : .... : :. .::. :.
CCDS39 YLKSQWIKETCYPDIPDPYKSSILSLIK--FKENPHLIIMNVSDCIPDAIEVVSKPEGTK
760 770 780 790 800 810
920 930 940 950 960
pF1KB7 SAF----PKIEDTEIISP--VAERPEDRSDAEPENHVVVSYCPPIIEEEIPNPAADEAGG
: .. .::. .: . : ... . : . : .:. : ::...:.
CCDS39 IQFLGTRKSLTETELTKPNYLYLLPTEKNHSGPGPCI----C---FENLTYNQAASDSGS
820 830 840 850 860 870
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB7 TAQV-IYIDVQSMYQPQAKPE---EEQENDPVGGAGYKPQMHLPINSTVEDIAAEEDLDK
..: . . :: ...:: . :.. ... : : . .:
CCDS39 CGHVPVSPKAPSMLGLMTSPENVLKALEKNYMNSLGEIPAGETSLNYVSQLASPMFGDKD
880 890 900 910 920 930
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pF1KB7 TAGYRPQANVNTWNLVSPDSPRSIDSNSEIVSFGSPCSINSRQFLIPPKDEDSPKSNGGG
CCDS39 SLPTNPVEAPHCSEYKMQMAVSLRLALPPPTENSSLSSITLLDPGEHYC
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>>CCDS3971.1 IL6ST gene_id:3572|Hs108|chr5 (918 aa)
initn: 322 init1: 89 opt: 562 Z-score: 600.6 bits: 122.7 E(32554): 3.9e-27
Smith-Waterman score: 713; 24.2% identity (55.0% similar) in 851 aa overlap (254-1040:31-846)
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 IDNLHFSGLEEWSDWSPVKNISWIPDSQTKVFPQDKVILVGSDITFCCVSQEKVLSALIG
. :.. :. . :..: :: .:: .. .
CCDS39 MLTLQTWLVQALFIFLTTESTGELLDPCGYISPESPVVQLHSNFTAVCVLKEKCMDYF--
10 20 30 40 50
290 300 310 320
pF1KB7 HTNCPLIHLDGENVAIKIRNISVSASSGTNVVFTT------------------EDNIFGT
:.: : .. .: .. .. ....:.:: :.:..:
CCDS39 HVNANYIVWKTNHFTIPKEQYTIINRTASSVTFTDIASLNIQLTCNILTFGQLEQNVYGI
60 70 80 90 100 110
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pF1KB7 VIFAGYPPDTPQQLNCETHDLKEIICSWNPGRVTALVGPRATSYTL-VESFSGKYVRLK-
.:..: ::. :..:.: ... :.. : :. :: : : :..:: : . :.. :
CCDS39 TIISGLPPEKPKNLSCIVNEGKKMRCEWDGGRETHL----ETNFTLKSEWATHKFADCKA
120 130 140 150 160 170
390 400 410 420 430 440
pF1KB7 RAEAPTNESYQLLFQMLPNQEIYNFTLNAHNPLGRSQST-ILVNITEKVYPHTPTSFKVK
. ..::. . . .. : :.. ..:.: ::. : : . . :: :. : ...:
CCDS39 KRDTPTSCTVDYSTVYFVNIEVW---VEAENALGKVTSDHINFDPVYKVKPNPPHNLSVI
180 190 200 210 220 230
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pF1KB7 DIN--STAVKLSWHLPGNFAKINFLCEIEIK-KSNSVQEQRNVTIKGVENSSYLVALDKL
. . :. .::.: :. . : . .:. . :. :. : . ::. : . :
CCDS39 NSEELSSILKLTWTNPSIKSVIILKYNIQYRTKDASTWSQIPPEDTASTRSSFTV--QDL
240 250 260 270 280
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pF1KB7 NPYTLYTFRIRCSTETFWK-WSKWSNKKQHLTTEASPSKGPDTWREWS---SDG-KNLII
.:.: :.::::: : :: ::.. . .: : :::.:. : . . ..: ... .
CCDS39 KPFTEYVFRIRCMKEDGKGYWSDWSEEASGITYEDRPSKAPSFWYKIDPSHTQGYRTVQL
290 300 310 320 330 340
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pF1KB7 YWKPLPINEANGKILSYNVSCSSDEETQSLSEIPDPQHKAEIRLDKNDYIISVVAKNSVG
:: :: :::::::.:.:. . . . :.. : . : .. :. .....: ::
CCDS39 VWKTLPPFEANGKILDYEVTLT--RWKSHLQNYTVNATKLTVNLTNDRYLATLTVRNLVG
350 360 370 380 390 400
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pF1KB7 SSPPSKIASMEIPNDDLKIEQVV----GMGKGILL--TWHYDPNMTCDYVIKWCNSSRSE
.: : . :: :.. . : .. : .: : . . :...:: : .
CCDS39 KSDA---AVLTIPACDFQATHPVMDLKAFPKDNMLWVEWTTPRESVKKYILEWCVLSDKA
410 420 430 440 450 460
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pF1KB7 PCLMDWRKVPSNSTETVIESDEFRPGIRYNFFLYGCRNQGYQLLRSMIGYIEELAPIVAP
::. ::.. .. .: .... . . : . . .: .:. .:... : .:
CCDS39 PCITDWQQEDGTVHRTYLRGN-LAESKCYLITVTPVYADGPGSPESIKAYLKQAPPSKGP
470 480 490 500 510 520
730 740 750 760 770 780
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CCDS56 RCAVKESKFWSDWSQEKMGMTEEEAPC-GLELWRVLKPAEADGRRPVRLLWKKARGAPVL
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CCDS56 EKTLGYNIWYYPESNTNLTETMNTTNQQLELHLGGESFWVSMISYNSLGKSP---VATLR
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CCDS56 IPAIQEKSFQCIEVMQACVAEDQLVVKWQSSALDVNTWMIEWFPDVDSEPTTLSWESV-S
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CCDS56 QATNWTIQQDKLKPFWCYNISVYPMLHDKVGEPYSIQAYAKEGVPSEGPETKVENIGVKT
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CCDS56 --LESLKRKTSYIVQVMASTSAGGTNGTSINFKTLSFSVFEIILITSLIGGGLLILIILT
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]