Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7328
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7328, 1359 aa
1>>>pF1KB7328 1359 - 1359 aa - 1359 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7986+/-0.00118; mu= 20.7499+/- 0.071
mean_var=73.2298+/-14.695, 0's: 0 Z-trim(102.1): 85 B-trim: 49 in 1/48
Lambda= 0.149875
statistics sampled from 6695 (6781) to 6695 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.542), E-opt: 0.2 (0.208), width: 16
Scan time: 5.390
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10730.1 ABCC12 gene_id:94160|Hs108|chr16 (1359) 8852 1924.4 0
CCDS42122.1 ABCC1 gene_id:4363|Hs108|chr16 (1531) 1717 381.7 8.7e-105
CCDS4896.1 ABCC10 gene_id:89845|Hs108|chr6 (1464) 1681 373.9 1.8e-102
CCDS56430.1 ABCC10 gene_id:89845|Hs108|chr6 (1492) 1681 373.9 1.9e-102
CCDS10568.1 ABCC6 gene_id:368|Hs108|chr16 (1503) 1528 340.8 1.7e-92
CCDS8693.1 ABCC9 gene_id:10060|Hs108|chr12 (1549) 1454 324.8 1.2e-87
CCDS10732.1 ABCC11 gene_id:85320|Hs108|chr16 (1382) 1419 317.2 2e-85
CCDS8694.1 ABCC9 gene_id:10060|Hs108|chr12 (1549) 1406 314.4 1.5e-84
CCDS31437.1 ABCC8 gene_id:6833|Hs108|chr11 (1581) 1366 305.8 6.3e-82
CCDS73264.1 ABCC8 gene_id:6833|Hs108|chr11 (1582) 1366 305.8 6.3e-82
CCDS7484.1 ABCC2 gene_id:1244|Hs108|chr10 (1545) 1334 298.8 7.5e-80
CCDS43176.1 ABCC5 gene_id:10057|Hs108|chr3 (1437) 1241 278.7 7.9e-74
CCDS10733.1 ABCC11 gene_id:85320|Hs108|chr16 (1344) 1201 270.1 3e-71
CCDS32681.1 ABCC3 gene_id:8714|Hs108|chr17 (1527) 983 223.0 5.2e-57
CCDS76643.1 ABCC4 gene_id:10257|Hs108|chr13 ( 784) 742 170.7 1.4e-41
CCDS45061.1 ABCC4 gene_id:10257|Hs108|chr13 ( 859) 742 170.7 1.5e-41
CCDS9474.1 ABCC4 gene_id:10257|Hs108|chr13 (1325) 742 170.8 2.2e-41
CCDS46444.1 ABCB11 gene_id:8647|Hs108|chr2 (1321) 631 146.8 3.7e-34
CCDS5773.1 CFTR gene_id:1080|Hs108|chr7 (1480) 559 131.3 2e-29
CCDS78129.1 TAP2 gene_id:6891|Hs108|chr6 ( 686) 518 122.3 4.8e-27
CCDS65290.1 ABCB7 gene_id:22|Hs108|chrX ( 712) 515 121.6 7.7e-27
CCDS75994.1 ABCB7 gene_id:22|Hs108|chrX ( 713) 515 121.6 7.8e-27
CCDS65291.1 ABCB7 gene_id:22|Hs108|chrX ( 752) 515 121.6 8.1e-27
CCDS14428.1 ABCB7 gene_id:22|Hs108|chrX ( 753) 515 121.6 8.1e-27
CCDS1580.1 ABCB10 gene_id:23456|Hs108|chr1 ( 738) 502 118.8 5.6e-26
CCDS5608.1 ABCB1 gene_id:5243|Hs108|chr7 (1280) 503 119.1 7.8e-26
CCDS55090.1 ABCB5 gene_id:340273|Hs108|chr7 (1257) 501 118.7 1e-25
CCDS2436.1 ABCB6 gene_id:10058|Hs108|chr2 ( 842) 476 113.2 3.1e-24
CCDS5606.1 ABCB4 gene_id:5244|Hs108|chr7 (1286) 478 113.7 3.3e-24
CCDS5607.1 ABCB4 gene_id:5244|Hs108|chr7 (1232) 467 111.3 1.7e-23
CCDS5605.1 ABCB4 gene_id:5244|Hs108|chr7 (1279) 467 111.3 1.7e-23
CCDS4755.1 TAP2 gene_id:6891|Hs108|chr6 ( 653) 448 107.1 1.6e-22
CCDS64798.1 ABCB8 gene_id:11194|Hs108|chr7 ( 630) 430 103.2 2.4e-21
CCDS5913.1 ABCB8 gene_id:11194|Hs108|chr7 ( 718) 430 103.2 2.7e-21
CCDS64799.1 ABCB8 gene_id:11194|Hs108|chr7 ( 735) 430 103.2 2.7e-21
CCDS9241.1 ABCB9 gene_id:23457|Hs108|chr12 ( 766) 376 91.6 9.2e-18
CCDS64800.1 ABCB8 gene_id:11194|Hs108|chr7 ( 693) 358 87.7 1.3e-16
CCDS5371.1 ABCB5 gene_id:340273|Hs108|chr7 ( 812) 358 87.7 1.4e-16
CCDS58286.1 ABCB9 gene_id:23457|Hs108|chr12 ( 703) 356 87.2 1.7e-16
CCDS4758.1 TAP1 gene_id:6890|Hs108|chr6 ( 808) 316 78.6 7.8e-14
CCDS45739.1 ABCC3 gene_id:8714|Hs108|chr17 ( 572) 298 74.7 8.5e-13
CCDS33898.1 ABCC5 gene_id:10057|Hs108|chr3 ( 208) 286 71.9 2.1e-12
CCDS58287.1 ABCB9 gene_id:23457|Hs108|chr12 ( 681) 281 71.0 1.3e-11
CCDS58288.1 ABCB9 gene_id:23457|Hs108|chr12 ( 683) 277 70.1 2.3e-11
CCDS55091.1 ABCB5 gene_id:340273|Hs108|chr7 ( 131) 266 67.5 2.9e-11
CCDS55092.1 ABCB5 gene_id:340273|Hs108|chr7 ( 126) 265 67.2 3.2e-11
>>CCDS10730.1 ABCC12 gene_id:94160|Hs108|chr16 (1359 aa)
initn: 8852 init1: 8852 opt: 8852 Z-score: 10333.3 bits: 1924.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 8852; 100.0% identity (100.0% similar) in 1359 aa overlap (1-1359:1-1359)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MVGEGPYLISDLDQRGRRRSFAERYDPSLKTMIPVRPCARLAPNPVDDAGLLSFATFSWL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MVGEGPYLISDLDQRGRRRSFAERYDPSLKTMIPVRPCARLAPNPVDDAGLLSFATFSWL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 TPVMVKGYRQRLTVDTLPPLSTYDSSDTNAKRFRVLWDEEVARVGPEKASLSHVVWKFQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TPVMVKGYRQRLTVDTLPPLSTYDSSDTNAKRFRVLWDEEVARVGPEKASLSHVVWKFQR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 TRVLMDIVANILCIIMAAIGPVILIHQILQQTERTSGKVWVGIGLCIALFATEFTKVFFW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TRVLMDIVANILCIIMAAIGPVILIHQILQQTERTSGKVWVGIGLCIALFATEFTKVFFW
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 ALAWAINYRTAIRLKVALSTLVFENLVSFKTLTHISVGEVLNILSSDSYSLFEAALFCPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ALAWAINYRTAIRLKVALSTLVFENLVSFKTLTHISVGEVLNILSSDSYSLFEAALFCPL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 PATIPILMVFCAAYAFFILGPTALIGISVYVIFIPVQMFMAKLNSAFRRSAILVTDKRVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PATIPILMVFCAAYAFFILGPTALIGISVYVIFIPVQMFMAKLNSAFRRSAILVTDKRVQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 TMNEFLTCIRLIKMYAWEKSFTNTIQDIRRRERKLLEKAGFVQSGNSALAPIVSTIAIVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TMNEFLTCIRLIKMYAWEKSFTNTIQDIRRRERKLLEKAGFVQSGNSALAPIVSTIAIVL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 TLSCHILLRRKLTAPVAFSVIAMFNVMKFSIAILPFSIKAMAEANVSLRRMKKILIDKSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TLSCHILLRRKLTAPVAFSVIAMFNVMKFSIAILPFSIKAMAEANVSLRRMKKILIDKSP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 PSYITQPEDPDTVLLLANATLTWEHEASRKSTPKKLQNQKRHLCKKQRSEAYSERSPPAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PSYITQPEDPDTVLLLANATLTWEHEASRKSTPKKLQNQKRHLCKKQRSEAYSERSPPAK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 GATGPEEQSDSLKSVLHSISFVVRKGKILGICGNVGSGKSSLLAALLGQMQLQKGVVAVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GATGPEEQSDSLKSVLHSISFVVRKGKILGICGNVGSGKSSLLAALLGQMQLQKGVVAVN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 GTLAYVSQQAWIFHGNVRENILFGEKYDHQRYQHTVRVCGLQKDLSNLPYGDLTEIGERG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GTLAYVSQQAWIFHGNVRENILFGEKYDHQRYQHTVRVCGLQKDLSNLPYGDLTEIGERG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 LNLSGGQRQRISLARAVYSDRQLYLLDDPLSAVDAHVGKHVFEECIKKTLRGKTVVLVTH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LNLSGGQRQRISLARAVYSDRQLYLLDDPLSAVDAHVGKHVFEECIKKTLRGKTVVLVTH
610 620 630 640 650 660
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pF1KB7 QLQFLESCDEVILLEDGEICEKGTHKELMEERGRYAKLIHNLRGLQFKDPEHLYNAAMVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 QLQFLESCDEVILLEDGEICEKGTHKELMEERGRYAKLIHNLRGLQFKDPEHLYNAAMVE
670 680 690 700 710 720
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pF1KB7 AFKESPAEREEDAGIIVLAPGNEKDEGKESETGSEFVDTKVPEHQLIQTESPQEGTVTWK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 AFKESPAEREEDAGIIVLAPGNEKDEGKESETGSEFVDTKVPEHQLIQTESPQEGTVTWK
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790 800 810 820 830 840
pF1KB7 TYHTYIKASGGYLLSLFTVFLFLLMIGSAAFSNWWLGLWLDKGSRMTCGPQGNRTMCEVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TYHTYIKASGGYLLSLFTVFLFLLMIGSAAFSNWWLGLWLDKGSRMTCGPQGNRTMCEVG
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB7 AVLADIGQHVYQWVYTASMVFMLVFGVTKGFVFTKTTLMASSSLHDTVFDKILKSPMSFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 AVLADIGQHVYQWVYTASMVFMLVFGVTKGFVFTKTTLMASSSLHDTVFDKILKSPMSFF
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB7 DTTPTGRLMNRFSKDMDELDVRLPFHAENFLQQFFMVVFILVILAAVFPAVLLVVASLAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 DTTPTGRLMNRFSKDMDELDVRLPFHAENFLQQFFMVVFILVILAAVFPAVLLVVASLAV
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB7 GFFILLRIFHRGVQELKKVENVSRSPWFTHITSSMQGLGIIHAYGKKESCITYHLLYFNC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GFFILLRIFHRGVQELKKVENVSRSPWFTHITSSMQGLGIIHAYGKKESCITYHLLYFNC
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB7 ALRWFALRMDVLMNILTFTVALLVTLSFSSISTSSKGLSLSYIIQLSGLLQVCVRTGTET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ALRWFALRMDVLMNILTFTVALLVTLSFSSISTSSKGLSLSYIIQLSGLLQVCVRTGTET
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB7 QAKFTSVELLREYISTCVPECTHPLKVGTCPKDWPSRGEITFRDYQMRYRDNTPLVLDSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 QAKFTSVELLREYISTCVPECTHPLKVGTCPKDWPSRGEITFRDYQMRYRDNTPLVLDSL
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB7 NLNIQSGQTVGIVGRTGSGKSSLGMALFRLVEPASGTIFIDEVDICILSLEDLRTKLTVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NLNIQSGQTVGIVGRTGSGKSSLGMALFRLVEPASGTIFIDEVDICILSLEDLRTKLTVI
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB7 PQDPVLFVGTVRYNLDPFESHTDEMLWQVLERTFMRDTIMKLPEKLQAEVTENGENFSVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PQDPVLFVGTVRYNLDPFESHTDEMLWQVLERTFMRDTIMKLPEKLQAEVTENGENFSVG
1210 1220 1230 1240 1250 1260
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pF1KB7 ERQLLCVARALLRNSKIILLDEATASMDSKTDTLVQNTIKDAFKGCTVLTIAHRLNTVLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ERQLLCVARALLRNSKIILLDEATASMDSKTDTLVQNTIKDAFKGCTVLTIAHRLNTVLN
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350
pF1KB7 CDHVLVMENGKVIEFDKPEVLAEKPDSAFAMLLAAEVRL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 CDHVLVMENGKVIEFDKPEVLAEKPDSAFAMLLAAEVRL
1330 1340 1350
>>CCDS42122.1 ABCC1 gene_id:4363|Hs108|chr16 (1531 aa)
initn: 2315 init1: 835 opt: 1717 Z-score: 1994.7 bits: 381.7 E(32554): 8.7e-105
Smith-Waterman score: 2462; 33.5% identity (65.5% similar) in 1381 aa overlap (43-1351:207-1524)
20 30 40 50 60 70
pF1KB7 DQRGRRRSFAERYDPSLKTMIPVRPCARLAPNPVDDAGLLSFATFSWLTPVMVKGYRQRL
: : ..:..:: :: :.: ..:.:::: :
CCDS42 VYFSLLLIQLVLSCFSDRSPLFSETIHDPNPCPESSASFLSRITFWWITGLIVRGYRQPL
180 190 200 210 220 230
80 90 100
pF1KB7 TVDTLPPLSTYDSSDTNAKRFRVLWDEEVARV----------------------------
. : :. :.:. . . : .: :..
CCDS42 EGSDLWSLNKEDTSEQVVPVLVKNWKKECAKTRKQPVKVVYSSKDPAQPKESSKVDANEE
240 250 260 270 280 290
110 120 130 140 150
pF1KB7 -------GPEKA---SLSHVVWKFQRTRVLMDIVANILCIIMAAIGPVILIHQILQQTER
.:.: :: .:..: ::.. . . .: :: :: . ... ..
CCDS42 VEALIVKSPQKEWNPSLFKVLYKTFGPYFLMSFFFKAIHDLMMFSGPQIL-KLLIKFVND
300 310 320 330 340 350
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 TSGKVWVGIGLCIALFATEFTKVFFWALAWAINYRTAIRLKVALSTLVFEN--LVSFKTL
:.. : : . ::.: ... . : . ...:.:.:. :... ... ..
CCDS42 TKAPDWQGYFYTVLLFVTACLQTLVLHQYFHICFVSGMRIKTAVIGAVYRKALVITNSAR
360 370 380 390 400 410
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 THISVGEVLNILSSDSYSLFEAALFCPLPATIPILMVFCAAYAFFI-LGPTALIGISVYV
.:::..:..: :. ... : . . . : :.:. : : ... :::..: :..:.:
CCDS42 KSSTVGEIVNLMSVDAQRFMDLATYINMIWSAP-LQVILALYLLWLNLGPSVLAGVAVMV
420 430 440 450 460 470
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 IFIPVQMFMAKLNSAFRRSAILVTDKRVQTMNEFLTCIRLIKMYAWEKSFTNTIQDIRRR
...::. :: ..... . . :.:.. :::.:. :...:.:::: .: . . ::..
CCDS42 LMVPVNAVMAMKTKTYQVAHMKSKDNRIKLMNEILNGIKVLKLYAWELAFKDKVLAIRQE
480 490 500 510 520 530
340 350 360 370 380
pF1KB7 ERKLLEKAGFVQSGNSALAPIVSTIAIVL-TLSCHILLRRK--LTAPVAFSVIAMFNVMK
: :.:.:.... :. .... . . . ..: :.. .. . .. : : .:: .:.::...
CCDS42 ELKVLKKSAYL-SAVGTFTWVCTPFLVALCTFAVYVTIDENNILDAQTAFVSLALFNILR
540 550 560 570 580 590
390 400 410 420 430 440
pF1KB7 FSIAILPFSIKAMAEANVSLRRMKKILIDKSPPSYITQPEDPDTVLLLANATLTWEHEAS
: . :::. :.....:.:::.:.. .: :. . .::..
CCDS42 FPLNILPMVISSIVQASVSLKRLRIFL------SH--EELEPDSI--------------E
600 610 620 630
450 460 470 480 490 500
pF1KB7 RKSTPKKLQNQKRHLCKKQRSEAYSERSPPAKGATGPEEQSDSLKSVLHSISFVVRKGKI
:. : : . . .. . .... .::. :..:.: . .: .
CCDS42 RR--PVKDGGGTNSITVRNATFTWARSDPPT----------------LNGITFSIPEGAL
640 650 660 670
510 520 530 540 550 560
pF1KB7 LGICGNVGSGKSSLLAALLGQMQLQKGVVAVNGTLAYVSQQAWIFHGNVRENILFGEKYD
... :.:: ::::::.:::..:. .: ::..:..::: ::::: . ..::::::: . .
CCDS42 VAVVGQVGCGKSSLLSALLAEMDKVEGHVAIKGSVAYVPQQAWIQNDSLRENILFGCQLE
680 690 700 710 720 730
570 580 590 600 610 620
pF1KB7 HQRYQHTVRVCGLQKDLSNLPYGDLTEIGERGLNLSGGQRQRISLARAVYSDRQLYLLDD
. :. ....:.: :: :: :: :::::.:.::::::.::.::::::::. ..::.::
CCDS42 EPYYRSVIQACALLPDLEILPSGDRTEIGEKGVNLSGGQKQRVSLARAVYSNADIYLFDD
740 750 760 770 780 790
630 640 650 660 670 680
pF1KB7 PLSAVDAHVGKHVFEECI--KKTLRGKTVVLVTHQLQFLESCDEVILLEDGEICEKGTHK
::::::::::::.::. : : :..:: .::::....: . : .:.. :.: : :...
CCDS42 PLSAVDAHVGKHIFENVIGPKGMLKNKTRILVTHSMSYLPQVDVIIVMSGGKISEMGSYQ
800 810 820 830 840 850
690 700 710 720 730 740
pF1KB7 ELMEERGRYAKLIHNLRGL-QFKDPEHLYNAAMVEAFKESPAEREEDAGIIVLAPGNE--
::. . : .:..... . : .: :. ... :: :.. :.. ... . :..
CCDS42 ELLARDGAFAEFLRTYASTEQEQDAEENGVTGVSGPGKE--AKQMENGMLVTDSAGKQLQ
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CCDS86 FSGSIRFNLDPECKCTDDRLWEALEIAQLKNMVKSLPGGLDAVVTEGGENFSVGQRQLFC
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CCDS86 VRTDYLGACIVLT-ASIASISGSS-NSGLVGLGLLYALTITNYLNWVVRNLADLEVQMGA
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CCDS86 VKKVNSFLTMESENYEGTMDPSQVPEHWPQEGEIKIHDLCVRYENNLKPVLKHVKAYIKP
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CCDS86 GQKVGICGRTGSGKSSLSLAFFRMVDIFDGKIVIDGIDISKLPLHTLRSRLSIILQDPIL
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CCDS86 FSGSIRFNLDPECKCTDDRLWEALEIAQLKNMVKSLPGGLDAVVTEGGENFSVGQRQLFC
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CCDS86 LARAFVRKSSILIMDEATASIDMATENILQKVVMTAFADRTVVTIAHRVSSIMDAGLVLV
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pF1KB7 MENGKVIEFDK-PEVLAEKPDSAFAMLLAAEVRL
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CCDS86 FSEGILVECDTVPNLLAHK-NGLFSTLVMTNK
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CCDS31 RYIFFKTPREVKPPEDLQDLGVRFLQPFVNLLSKGTYWWMNAFIKTAHKKPIDLRAIGKL
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CCDS31 GFAGPLCIFGIVDHLGKENDVFQPKTQFLGVYFVSSQEFLANAYVLAVLLFLALLLQRTF
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CCDS31 FLCPNLWAMPVQIIVGVILLYYILGVSALIGAAVIILLAPVQYFVATKLSQAQRSTLEYS
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