Result of FASTA (omim) for
pF1KB7328
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7328, 1359 aa
1>>>pF1KB7328 1359 - 1359 aa - 1359 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4937+/-0.000496; mu= 22.6521+/- 0.031
mean_var=79.7763+/-16.306, 0's: 0 Z-trim(109.0): 293 B-trim: 220 in 2/50
Lambda= 0.143594
statistics sampled from 16761 (17084) to 16761 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.525), E-opt: 0.2 (0.2), width: 16
Scan time: 14.940
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_150229 (OMIM: 607041) multidrug resistance-asso (1359) 8852 1844.9 0
XP_011510617 (OMIM: 605251) PREDICTED: multidrug r (1364) 1750 373.6 5.4e-102
XP_016878730 (OMIM: 158343) PREDICTED: multidrug r (1461) 1717 366.8 6.5e-100
XP_011520800 (OMIM: 158343) PREDICTED: multidrug r (1500) 1717 366.8 6.7e-100
XP_016878728 (OMIM: 158343) PREDICTED: multidrug r (1503) 1717 366.8 6.7e-100
XP_016878727 (OMIM: 158343) PREDICTED: multidrug r (1507) 1717 366.8 6.7e-100
XP_011520799 (OMIM: 158343) PREDICTED: multidrug r (1523) 1717 366.8 6.8e-100
NP_004987 (OMIM: 158343) multidrug resistance-asso (1531) 1717 366.8 6.8e-100
XP_016878726 (OMIM: 158343) PREDICTED: multidrug r (1549) 1717 366.8 6.8e-100
XP_011513285 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r (1048) 1681 359.2 8.8e-98
XP_016866944 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r (1063) 1681 359.2 8.9e-98
XP_016866943 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r (1063) 1681 359.2 8.9e-98
XP_016866941 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r (1339) 1681 359.3 1.1e-97
NP_258261 (OMIM: 612509) multidrug resistance-asso (1464) 1681 359.3 1.2e-97
NP_001185863 (OMIM: 612509) multidrug resistance-a (1492) 1681 359.3 1.2e-97
XP_016866935 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r (1507) 1681 359.3 1.2e-97
XP_016866936 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r (1507) 1681 359.3 1.2e-97
XP_011513276 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r (1543) 1681 359.3 1.2e-97
XP_016866934 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r (1558) 1681 359.3 1.2e-97
XP_011513287 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r ( 841) 1574 337.0 3.5e-91
XP_016866945 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r ( 841) 1574 337.0 3.5e-91
XP_011513288 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r ( 841) 1574 337.0 3.5e-91
NP_001162 (OMIM: 177850,264800,603234,614473) mult (1503) 1529 327.8 3.5e-88
XP_016878702 (OMIM: 177850,264800,603234,614473) P (1389) 1528 327.6 3.8e-88
XP_011520782 (OMIM: 177850,264800,603234,614473) P (1389) 1528 327.6 3.8e-88
XP_011520783 (OMIM: 177850,264800,603234,614473) P (1389) 1528 327.6 3.8e-88
NP_064693 (OMIM: 239850,601439,608569,614050) ATP- (1549) 1454 312.3 1.7e-83
XP_005253341 (OMIM: 239850,601439,608569,614050) P (1549) 1454 312.3 1.7e-83
XP_005253345 (OMIM: 239850,601439,608569,614050) P (1549) 1454 312.3 1.7e-83
XP_011518847 (OMIM: 239850,601439,608569,614050) P (1549) 1454 312.3 1.7e-83
XP_005253343 (OMIM: 239850,601439,608569,614050) P (1549) 1454 312.3 1.7e-83
XP_016875810 (OMIM: 605250) PREDICTED: multidrug r ( 820) 1432 307.6 2.5e-82
XP_011521700 (OMIM: 117800,607040) PREDICTED: ATP- ( 759) 1419 304.9 1.5e-81
XP_011521699 (OMIM: 117800,607040) PREDICTED: ATP- (1063) 1419 305.0 2e-81
XP_016879291 (OMIM: 117800,607040) PREDICTED: ATP- (1063) 1419 305.0 2e-81
XP_016879290 (OMIM: 117800,607040) PREDICTED: ATP- (1346) 1419 305.0 2.3e-81
XP_016879286 (OMIM: 117800,607040) PREDICTED: ATP- (1382) 1419 305.0 2.4e-81
XP_016879285 (OMIM: 117800,607040) PREDICTED: ATP- (1382) 1419 305.0 2.4e-81
XP_016879287 (OMIM: 117800,607040) PREDICTED: ATP- (1382) 1419 305.0 2.4e-81
XP_016879288 (OMIM: 117800,607040) PREDICTED: ATP- (1382) 1419 305.0 2.4e-81
XP_016879284 (OMIM: 117800,607040) PREDICTED: ATP- (1382) 1419 305.0 2.4e-81
NP_115972 (OMIM: 117800,607040) ATP-binding casset (1382) 1419 305.0 2.4e-81
XP_016879289 (OMIM: 117800,607040) PREDICTED: ATP- (1382) 1419 305.0 2.4e-81
NP_149163 (OMIM: 117800,607040) ATP-binding casset (1382) 1419 305.0 2.4e-81
XP_016866937 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r (1501) 1412 303.6 7e-81
XP_016866938 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r (1501) 1412 303.6 7e-81
NP_005682 (OMIM: 239850,601439,608569,614050) ATP- (1549) 1406 302.4 1.7e-80
XP_005253344 (OMIM: 239850,601439,608569,614050) P (1549) 1406 302.4 1.7e-80
XP_016878729 (OMIM: 158343) PREDICTED: multidrug r (1490) 1386 298.2 2.9e-79
XP_016873693 (OMIM: 125853,240800,256450,600509,60 ( 900) 1366 293.9 3.5e-78
>>NP_150229 (OMIM: 607041) multidrug resistance-associat (1359 aa)
initn: 8852 init1: 8852 opt: 8852 Z-score: 9903.5 bits: 1844.9 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 8852; 100.0% identity (100.0% similar) in 1359 aa overlap (1-1359:1-1359)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MVGEGPYLISDLDQRGRRRSFAERYDPSLKTMIPVRPCARLAPNPVDDAGLLSFATFSWL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 MVGEGPYLISDLDQRGRRRSFAERYDPSLKTMIPVRPCARLAPNPVDDAGLLSFATFSWL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 TPVMVKGYRQRLTVDTLPPLSTYDSSDTNAKRFRVLWDEEVARVGPEKASLSHVVWKFQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 TPVMVKGYRQRLTVDTLPPLSTYDSSDTNAKRFRVLWDEEVARVGPEKASLSHVVWKFQR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 TRVLMDIVANILCIIMAAIGPVILIHQILQQTERTSGKVWVGIGLCIALFATEFTKVFFW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 TRVLMDIVANILCIIMAAIGPVILIHQILQQTERTSGKVWVGIGLCIALFATEFTKVFFW
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 ALAWAINYRTAIRLKVALSTLVFENLVSFKTLTHISVGEVLNILSSDSYSLFEAALFCPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 ALAWAINYRTAIRLKVALSTLVFENLVSFKTLTHISVGEVLNILSSDSYSLFEAALFCPL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 PATIPILMVFCAAYAFFILGPTALIGISVYVIFIPVQMFMAKLNSAFRRSAILVTDKRVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 PATIPILMVFCAAYAFFILGPTALIGISVYVIFIPVQMFMAKLNSAFRRSAILVTDKRVQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 TMNEFLTCIRLIKMYAWEKSFTNTIQDIRRRERKLLEKAGFVQSGNSALAPIVSTIAIVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 TMNEFLTCIRLIKMYAWEKSFTNTIQDIRRRERKLLEKAGFVQSGNSALAPIVSTIAIVL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 TLSCHILLRRKLTAPVAFSVIAMFNVMKFSIAILPFSIKAMAEANVSLRRMKKILIDKSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 TLSCHILLRRKLTAPVAFSVIAMFNVMKFSIAILPFSIKAMAEANVSLRRMKKILIDKSP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 PSYITQPEDPDTVLLLANATLTWEHEASRKSTPKKLQNQKRHLCKKQRSEAYSERSPPAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 PSYITQPEDPDTVLLLANATLTWEHEASRKSTPKKLQNQKRHLCKKQRSEAYSERSPPAK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 GATGPEEQSDSLKSVLHSISFVVRKGKILGICGNVGSGKSSLLAALLGQMQLQKGVVAVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 GATGPEEQSDSLKSVLHSISFVVRKGKILGICGNVGSGKSSLLAALLGQMQLQKGVVAVN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 GTLAYVSQQAWIFHGNVRENILFGEKYDHQRYQHTVRVCGLQKDLSNLPYGDLTEIGERG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 GTLAYVSQQAWIFHGNVRENILFGEKYDHQRYQHTVRVCGLQKDLSNLPYGDLTEIGERG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 LNLSGGQRQRISLARAVYSDRQLYLLDDPLSAVDAHVGKHVFEECIKKTLRGKTVVLVTH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 LNLSGGQRQRISLARAVYSDRQLYLLDDPLSAVDAHVGKHVFEECIKKTLRGKTVVLVTH
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 QLQFLESCDEVILLEDGEICEKGTHKELMEERGRYAKLIHNLRGLQFKDPEHLYNAAMVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 QLQFLESCDEVILLEDGEICEKGTHKELMEERGRYAKLIHNLRGLQFKDPEHLYNAAMVE
670 680 690 700 710 720
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pF1KB7 AFKESPAEREEDAGIIVLAPGNEKDEGKESETGSEFVDTKVPEHQLIQTESPQEGTVTWK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 AFKESPAEREEDAGIIVLAPGNEKDEGKESETGSEFVDTKVPEHQLIQTESPQEGTVTWK
730 740 750 760 770 780
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pF1KB7 TYHTYIKASGGYLLSLFTVFLFLLMIGSAAFSNWWLGLWLDKGSRMTCGPQGNRTMCEVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 TYHTYIKASGGYLLSLFTVFLFLLMIGSAAFSNWWLGLWLDKGSRMTCGPQGNRTMCEVG
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pF1KB7 AVLADIGQHVYQWVYTASMVFMLVFGVTKGFVFTKTTLMASSSLHDTVFDKILKSPMSFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 AVLADIGQHVYQWVYTASMVFMLVFGVTKGFVFTKTTLMASSSLHDTVFDKILKSPMSFF
850 860 870 880 890 900
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pF1KB7 DTTPTGRLMNRFSKDMDELDVRLPFHAENFLQQFFMVVFILVILAAVFPAVLLVVASLAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 DTTPTGRLMNRFSKDMDELDVRLPFHAENFLQQFFMVVFILVILAAVFPAVLLVVASLAV
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB7 GFFILLRIFHRGVQELKKVENVSRSPWFTHITSSMQGLGIIHAYGKKESCITYHLLYFNC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 GFFILLRIFHRGVQELKKVENVSRSPWFTHITSSMQGLGIIHAYGKKESCITYHLLYFNC
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB7 ALRWFALRMDVLMNILTFTVALLVTLSFSSISTSSKGLSLSYIIQLSGLLQVCVRTGTET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 ALRWFALRMDVLMNILTFTVALLVTLSFSSISTSSKGLSLSYIIQLSGLLQVCVRTGTET
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB7 QAKFTSVELLREYISTCVPECTHPLKVGTCPKDWPSRGEITFRDYQMRYRDNTPLVLDSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 QAKFTSVELLREYISTCVPECTHPLKVGTCPKDWPSRGEITFRDYQMRYRDNTPLVLDSL
1090 1100 1110 1120 1130 1140
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pF1KB7 NLNIQSGQTVGIVGRTGSGKSSLGMALFRLVEPASGTIFIDEVDICILSLEDLRTKLTVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 NLNIQSGQTVGIVGRTGSGKSSLGMALFRLVEPASGTIFIDEVDICILSLEDLRTKLTVI
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB7 PQDPVLFVGTVRYNLDPFESHTDEMLWQVLERTFMRDTIMKLPEKLQAEVTENGENFSVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 PQDPVLFVGTVRYNLDPFESHTDEMLWQVLERTFMRDTIMKLPEKLQAEVTENGENFSVG
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KB7 ERQLLCVARALLRNSKIILLDEATASMDSKTDTLVQNTIKDAFKGCTVLTIAHRLNTVLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 ERQLLCVARALLRNSKIILLDEATASMDSKTDTLVQNTIKDAFKGCTVLTIAHRLNTVLN
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350
pF1KB7 CDHVLVMENGKVIEFDKPEVLAEKPDSAFAMLLAAEVRL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_150 CDHVLVMENGKVIEFDKPEVLAEKPDSAFAMLLAAEVRL
1330 1340 1350
>>XP_011510617 (OMIM: 605251) PREDICTED: multidrug resis (1364 aa)
initn: 3394 init1: 988 opt: 1750 Z-score: 1952.1 bits: 373.6 E(85289): 5.4e-102
Smith-Waterman score: 3387; 43.6% identity (73.5% similar) in 1255 aa overlap (24-1237:80-1310)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MVGEGPYLISDLDQRGRRRSFAERYDPSLKTMIPVRPCARLAPNPVDDAGLLS
.: .:... :.: .. .:::.:::.:
XP_011 LETAARAEGLSLDASMHSQLRILDEEHPKGKYHHGLSALKPIRTTSK-HQHPVDNAGLFS
50 60 70 80 90 100
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 FATFSWLTPVMVKGYRQ-RLTVDTLPPLSTYDSSDTNAKRFRVLWDEEVARVGPEKASLS
:::::. . .... .:... . :: ..:::.: .:.. ::.::. .:::. :::
XP_011 CMTFSWLSSLARVAHKKGELSMEDVWSLSKHESSDVNCRRLERLWQEELNEVGPDAASLR
110 120 130 140 150 160
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 HVVWKFQRTRVLMDIVANILCIIMAAIGPVILIHQILQQTERTSGKVWVGIGLCIALFAT
.::: : :::....:: .. . . ::.......:. :. : ... .. : ..:. :
XP_011 RVVWIFCRTRLILSIVCLMITQLAGFSGPAFMVKHLLEYTQATESNLQYSLLLVLGLLLT
170 180 190 200 210 220
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 EFTKVFFWALAWAINYRTAIRLKVALSTLVFENLVSFKTLTHISVGEVLNILSSDSYSLF
:... . ::.::.::::..::. :. :..:......:.. . :.::..:: :.:. .:
XP_011 EIVRSWSLALTWALNYRTGVRLRGAILTMAFKKILKLKNIKEKSLGELINICSNDGQRMF
230 240 250 260 270 280
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 EAALFCPLPATIPILMVFCAAYAFFILGPTALIGISVYVIFIPVQMFMAKLNSAFRRSAI
::: : : :.. .. : .:::::...: .:...: :..:: ..:.. :::. .
XP_011 EAAAVGSLLAGGPVVAILGMIYNVIILGPTGFLGSAVFILFYPAMMFASRLTAYFRRKCV
290 300 310 320 330 340
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 LVTDKRVQTMNEFLTCIRLIKMYAWEKSFTNTIQDIRRRERKLLEKAGFVQSGNSALAPI
.::.::: ::: :: :..:::::: :.:....: ::..::..:::::. :: . ..:::
XP_011 AATDERVQKMNEVLTYIKFIKMYAWVKAFSQSVQKIREEERRILEKAGYFQSITVGVAPI
350 360 370 380 390 400
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 VSTIAIVLTLSCHILLRRKLTAPVAFSVIAMFNVMKFSIAILPFSIKAMAEANVSLRRMK
: .:: :.:.: :. : ::: ::.:...:: : :.. . :::.:...::.:.. :.:
XP_011 VVVIASVVTFSVHMTLGFDLTAAQAFTVVTVFNSMTFALKVTPFSVKSLSEASVAVDRFK
410 420 430 440 450 460
420 430 440 450 460
pF1KB7 KILIDKSPPSYITQPEDPDTVLLLANATLTWE--H---EASRKSTPKKLQNQKRHLCKKQ
.... . ..: .: . . ::::.:. : . : : ::: .... ::.
XP_011 SLFLMEEVHMIKNKPASPHIKIEMKNATLAWDSSHSSIQNSPKLTPKMKKDKRASRGKKE
470 480 490 500 510 520
470 480 490 500
pF1KB7 RSEAYSERSPPA-----KGAT--------GPEEQSDS--------LKSVLHSISFVVRKG
. . .. : :: .:::. . :. .::::.. ...:
XP_011 KVRQLQRTEHQAVLAEQKGHLLLDSDERPSPEEEEGKHIHLGHLRLQRTLHSIDLEIQEG
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pF1KB7 AILPFSIKAMAEANVSLRRMKKILIDKSPPSYITQPEDPDTVLLLANATLTWEHEASRKS
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pF1KB7 ERQLLCVARALLRNSKIILLDEATASMDSKTDTLVQNTIKDAFKGCTVLTIAHRLNTVLN
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NP_004 QRQLVCLARALLRKTKILVLDEATAAVDLETDDLIQSTIRTQFEDCTVLTIAHRLNTIMD
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NP_004 YTRVIVLDKGEIQEYGAPSDLLQQRGLFYSMAKDAGLV
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