Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7338
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7338, 1063 aa
1>>>pF1KB7338 1063 - 1063 aa - 1063 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5217+/-0.0011; mu= 20.7860+/- 0.066
mean_var=68.6381+/-13.429, 0's: 0 Z-trim(103.3): 36 B-trim: 0 in 0/48
Lambda= 0.154807
statistics sampled from 7320 (7353) to 7320 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.583), E-opt: 0.2 (0.226), width: 16
Scan time: 4.550
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS31155.1 ITGA8 gene_id:8516|Hs108|chr10 (1063) 7153 1607.4 0
CCDS2292.1 ITGAV gene_id:3685|Hs108|chr2 (1048) 3345 756.9 5.1e-218
CCDS46471.1 ITGAV gene_id:3685|Hs108|chr2 (1002) 3188 721.8 1.7e-207
CCDS8880.1 ITGA5 gene_id:3678|Hs108|chr12 (1049) 2840 644.1 4.5e-184
CCDS46470.1 ITGAV gene_id:3685|Hs108|chr2 (1012) 2586 587.4 5.3e-167
CCDS32665.1 ITGA2B gene_id:3674|Hs108|chr17 (1039) 2229 507.7 5.4e-143
CCDS11558.1 ITGA3 gene_id:3675|Hs108|chr17 (1051) 864 202.8 3.2e-51
CCDS42788.1 ITGA4 gene_id:3676|Hs108|chr2 (1032) 798 188.1 8.7e-47
CCDS2669.1 ITGA9 gene_id:3680|Hs108|chr3 (1035) 717 170.0 2.4e-41
CCDS54004.1 ITGAM gene_id:3684|Hs108|chr16 (1153) 555 133.8 2.1e-30
CCDS45470.1 ITGAM gene_id:3684|Hs108|chr16 (1152) 551 132.9 3.8e-30
CCDS32438.1 ITGAD gene_id:3681|Hs108|chr16 (1161) 535 129.4 4.6e-29
CCDS32433.1 ITGAL gene_id:3683|Hs108|chr16 (1170) 519 125.8 5.5e-28
CCDS45461.1 ITGAL gene_id:3683|Hs108|chr16 (1086) 512 124.2 1.5e-27
CCDS10711.1 ITGAX gene_id:3687|Hs108|chr16 (1163) 478 116.6 3.1e-25
CCDS67014.1 ITGAX gene_id:3687|Hs108|chr16 (1169) 478 116.6 3.2e-25
CCDS3957.1 ITGA2 gene_id:3673|Hs108|chr5 (1181) 459 112.4 6e-24
CCDS44914.1 ITGA7 gene_id:3679|Hs108|chr12 (1044) 428 105.4 6.6e-22
CCDS8888.1 ITGA7 gene_id:3679|Hs108|chr12 (1137) 428 105.5 7.1e-22
CCDS55832.1 ITGA7 gene_id:3679|Hs108|chr12 (1141) 428 105.5 7.1e-22
CCDS32531.1 ITGAE gene_id:3682|Hs108|chr17 (1179) 415 102.6 5.5e-21
CCDS82534.1 ITGA6 gene_id:3655|Hs108|chr2 ( 954) 364 91.1 1.2e-17
CCDS2249.1 ITGA6 gene_id:3655|Hs108|chr2 (1073) 364 91.1 1.4e-17
CCDS46451.1 ITGA6 gene_id:3655|Hs108|chr2 (1091) 361 90.5 2.2e-17
>>CCDS31155.1 ITGA8 gene_id:8516|Hs108|chr10 (1063 aa)
initn: 7153 init1: 7153 opt: 7153 Z-score: 8623.9 bits: 1607.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7153; 99.9% identity (100.0% similar) in 1063 aa overlap (1-1063:1-1063)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MSPGASRGPRGSQAPLIAPLCCAAAALGMLLWSPACQAFNLDVEKLTVYSGPKGSYFGYA
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CCDS31 MSPGASRGPRGSQAPLIAPLCCAAAALGMLLWSPACQAFNLDVEKLTVYSGPKGSYFGYA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 VDFHIPDARTASVLVGAPKANTSQPDIVEGGAVYYCPWPAEGSAQCRQIPFDTTNNRKIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 VDFHIPDARTASVLVGAPKANTSQPDIVEGGAVYYCPWPAEGSAQCRQIPFDTTNNRKIR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 VNGTKEPIEFKSNQWFGATVKAHKGKVVACAPLYHWRTLKPTPEKDPVGTCYVAIQNFSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 VNGTKEPIEFKSNQWFGATVKAHKGKVVACAPLYHWRTLKPTPEKDPVGTCYVAIQNFSA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 YAEFSPCRNSNADPEGQGYCQAGFSLDFYKNGDLIVGGPGSFYWQGQVITASVADIIANY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 YAEFSPCRNSNADPEGQGYCQAGFSLDFYKNGDLIVGGPGSFYWQGQVITASVADIIANY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 SFKDILRKLAGEKQTEVAPASYDDSYLGYSVAAGEFTGDSQQELVAGIPRGAQNFGYVSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SFKDILRKLAGEKQTEVAPASYDDSYLGYSVAAGEFTGDSQQELVAGIPRGAQNFGYVSI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 INSTDMTFIQNFTGEQMASYFGYTVVVSDVNSDGLDDVLVGAPLFMEREFESNPREVGQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 INSTDMTFIQNFTGEQMASYFGYTVVVSDVNSDGLDDVLVGAPLFMEREFESNPREVGQI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 YLYLQVSSLLFRDPQILTGTETFGRFGSAMAHLGDLNQDGYNDIAIGVPFAGKDQRGKVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 YLYLQVSSLLFRDPQILTGTETFGRFGSAMAHLGDLNQDGYNDIAIGVPFAGKDQRGKVL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 IYNGNKDGLNTKPSQVLQGVWASHAVPSGFGFTLRGDSDIDKNDYPDLIVGAFGTGKVAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 IYNGNKDGLNTKPSQVLQGVWASHAVPSGFGFTLRGDSDIDKNDYPDLIVGAFGTGKVAV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 YRARPVVTVDAQLLLHPMIINLENKTCQVPDSMTSAACFSLRVCASVTGQSIANTIVLMA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 YRARPVVTVDAQLLLHPMIINLENKTCQVPDSMTSAACFSLRVCASVTGQSIANTIVLMA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 EVQLDSLKQKGAIKRTLFLDNHQAHRVFPLVIKRQKSHQCQDFIVYLRDETEFRDKLSPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EVQLDSLKQKGAIKRTLFLDNHQAHRVFPLVIKRQKSHQCQDFIVYLRDETEFRDKLSPI
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 NISLNYSLDESTFKEGLEVKPILNYYRENIVSEQAHILVDCGEDNLCVPDLKLSARPDKH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 NISLNYSLDESTFKEGLEVKPILNYYRENIVSEQAHILVDCGEDNLCVPDLKLSARPDKH
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 QVIIGDENHLMLIINARNEGEGAYEAELFVMIPEEADYVGIERNNKGFRPLSCEYKMENV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 QVIIGDENHLMLIINARNEGEGAYEAELFVMIPEEADYVGIERNNKGFRPLSCEYKMENV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB7 TRMVVCDLGNPMVSGTNYSLGLRFAVPRLEKTNMSINFDLQIRSSNKDNPDSNFVSLQIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 TRMVVCDLGNPMVSGTNYSLGLRFAVPRLEKTNMSINFDLQIRSSNKDNPDSNFVSLQIN
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB7 ITAVAQVEIRGVSHPPQIVLPIHNWEPEEEPHKEEEVGPLVEHIYELHNIGPSTISDTIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 ITAVAQVEIRGVSHPPQIVLPIHNWEPEEEPHKEEEVGPLVEHIYELHNIGPSTISDTIL
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB7 EVGWPFSARDEFLLYIFHIQTLGPLQCQPNPNINPQDIKPAASPEDTPELSAFLRNSTIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EVGWPFSARDEFLLYIFHIQTLGPLQCQPNPNINPQDIKPAASPEDTPELSAFLRNSTIP
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB7 HLVRKRDVHVVEFHRQSPAKILNCTNIECLQISCAVGRLEGGESAVLKVRSRLWAHTFLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 HLVRKRDVHVVEFHRQSPAKILNCTNIECLQISCAVGRLEGGESAVLKVRSRLWAHTFLQ
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB7 RKNDPYALASLVSFEVKKMPYTDQPAKLPEGSIAIKTSVIWATPNVSFSIPLWVIILAIL
:::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 RKNDPYALASLVSFEVKKMPYTDQPAKLPEGSIVIKTSVIWATPNVSFSIPLWVIILAIL
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060
pF1KB7 LGLLVLAILTLALWKCGFFDRARPPQEDMTDREQLTNDKTPEA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LGLLVLAILTLALWKCGFFDRARPPQEDMTDREQLTNDKTPEA
1030 1040 1050 1060
>>CCDS2292.1 ITGAV gene_id:3685|Hs108|chr2 (1048 aa)
initn: 2373 init1: 1588 opt: 3345 Z-score: 4027.7 bits: 756.9 E(32554): 5.1e-218
Smith-Waterman score: 3357; 47.2% identity (76.1% similar) in 1059 aa overlap (8-1062:12-1043)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MSPGASRGPRGSQAPLIAPLCCAAAALGMLLWSPACQAFNLDVEKLTVYSGPKGSY
:::: ::. :.:: : :.::::::.. . ::::.:::
CCDS22 MAFPPRRRLRLGPRG--LPLLLS--------GLLL--PLCRAFNLDVDSPAEYSGPEGSY
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 FGYAVDFHIPDARTAS-VLVGAPKANTSQPDIVEGGAVYYCPWPAEGSAQCRQIPFDTTN
::.:::: .:.: . .:::::::::.:: ::::: : : : . . .:. : ::.:.
CCDS22 FGFAVDFFVPSASSRMFLLVGAPKANTTQPGIVEGGQVLKCDWSS--TRRCQPIEFDATG
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 NRKIRVNGTKEPIEFKSNQWFGATVKAHKGKVVACAPLYHWRTLKPTPEKDPVGTCYVAI
:: . .:.::::.:::::.:.... :..:::::::::: . :..:::::. .
CCDS22 NRDY---AKDDPLEFKSHQWFGASVRSKQDKILACAPLYHWRT-EMKQEREPVGTCF--L
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 QNFSAYAEFSPCRNSNADPEGQGYCQAGFSLDFYKNGDLIVGGPGSFYWQGQVITASVAD
:. . .:..:::... : .:::.::.:::.:: : ...:::::::::::.:. .::.
CCDS22 QDGTKTVEYAPCRSQDIDADGQGFCQGGFSIDFTKADRVLLGGPGSFYWQGQLISDQVAE
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 IIANYSFKDILRKLAGEKQTEVAPASYDDSYLGYSVAAGEFTGDSQQELVAGIPRGAQNF
:...:. . : .. :..: : .::::::::::.:.:.::. ...:.:.::.:...
CCDS22 IVSKYDPNVYSIKYNNQLATRTAQAIFDDSYLGYSVAVGDFNGDGIDDFVSGVPRAARTL
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 GYVSIINSTDMTFIQNFTGEQMASYFGYTVVVSDVNSDGLDDVLVGAPLFMEREFESNPR
:.: : .. .:. . ::::::::.:::..:...:.:.: ::..::::::.: ... .
CCDS22 GMVYIYDGKNMSSLYNFTGEQMAAYFGFSVAATDINGDDYADVFIGAPLFMDRGSDGKLQ
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 EVGQIYLYLQVSSLLFRDPQILTGTETFGRFGSAMAHLGDLNQDGYNDIAIGVPFAGKDQ
::::. . :: .: :. . :.: :.:.:::::.: ::::.:::.:::::..:..:.:.
CCDS22 EVGQVSVSLQRASGDFQTTK-LNGFEVFARFGSAIAPLGDLDQDGFNDIAIAAPYGGEDK
350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 RGKVLIYNGNKDGLNTKPSQVLQGVWASHAVPSGFGFTLRGDSDIDKNDYPDLIVGAFGT
.: : :.:: . :::. :::.:.: ::....: .::....: .::::: ::::::::::.
CCDS22 KGIVYIFNGRSTGLNAVPSQILEGQWAARSMPPSFGYSMKGATDIDKNGYPDLIVGAFGV
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KB7 GKVAVYRARPVVTVDAQLLLHPMIINLENKTCQVPDSMTSAACFSLRVCASVTGQSI-AN
.. .::::::.::.: : ..: :.: .::::..: . ...::..: : .. :...
CCDS22 DRAILYRARPVITVNAGLEVYPSILNQDNKTCSLPGTALKVSCFNVRFCLKADGKGVLPR
460 470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KB7 TIVLMAEVQLDSLKQKGAIKRTLFLDNHQAHRVFPLVIKRQKSHQCQDFIVYLRDETEFR
. ...:. ::.:::::::.:.::: ... . ..:.: ::...:.:::::.:::
CCDS22 KLNFQVELLLDKLKQKGAIRRALFLYSRSPSHSKNMTISRGGLMQCEELIAYLRDESEFR
520 530 540 550 560 570
600 610 620 630 640 650
pF1KB7 DKLSPINISLNYSLDESTFKEGLEVKPILNYYRENIVSEQAHILVDCGEDNLCVPDLKLS
:::.::.: ..: :: : . ..:::: . .:.:::::.::::::.: : :..:
CCDS22 DKLTPITIFMEYRLDYRTAADTTGLQPILNQFTPANISRQAHILLDCGEDNVCKPKLEVS
580 590 600 610 620 630
660 670 680 690 700 710
pF1KB7 ARPDKHQVIIGDENHLMLIINARNEGEGAYEAELFVMIPEEADYVGIERNNKGFRPLSCE
. :.... :::.: : ::..:.:.:::::::::.: :: .::..:. :::... :::
CCDS22 VDSDQKKIYIGDDNPLTLIVKAQNQGEGAYEAELIVSIPLQADFIGVVRNNEALARLSCA
640 650 660 670 680 690
720 730 740 750 760 770
pF1KB7 YKMENVTRMVVCDLGNPMVSGTNYSLGLRFAVPRLEKTNMSINFDLQIRSSNKDNPDSNF
.: :: ::.::::::::: .::. ::::.: . . . :..:::::.::: . :
CCDS22 FKTENQTRQVVCDLGNPMKAGTQLLAGLRFSVHQQSEMDTSVKFDLQIQSSNLFDKVSPV
700 710 720 730 740 750
780 790 800 810 820 830
pF1KB7 VSLQINITAVAQVEIRGVSHPPQIVLPIHNWEPEEEPHKEEEVGPLVEHIYELHNIGPST
:: .......: ::::::: : .. ::: ::: .:.:. ::.:::.:.:::::.: :::.
CCDS22 VSHKVDLAVLAAVEIRGVSSPDHVFLPIPNWEHKENPETEEDVGPVVQHIYELRNNGPSS
760 770 780 790 800 810
840 850 860 870 880 890
pF1KB7 ISDTILEVGWPFSARDEFLLYIFHIQTLGPLQCQPNPNINPQDIKPAASPEDTPELSAFL
.: ..:.. ::.. .. ::::.: . ::..: . .::: :: .: . : . ..
CCDS22 FSKAMLHLQWPYKYNNNTLLYILHYDIDGPMNCTSDMEINPLRIK-ISSLQTTEKNDTVA
820 830 840 850 860 870
900 910 920 930 940 950
pF1KB7 RNSTIPHLVRKRDVHVVEFHRQSPAKILNCTNIECLQISCAVGRLEGGESAVLKVRSRLW
.. ::. :::. . : . . :.: .::.: : ::::. :.::.: :.: ::
CCDS22 GQGERDHLITKRDLALSE----GDIHTLGCGVAQCLKIVCQVGRLDRGKSAILYVKSLLW
880 890 900 910 920 930
960 970 980 990 1000 1010
pF1KB7 AHTFLQRKND--PYALASLVSFEVKKMPYTDQPAKLPEGSIAIKTSVIWATPNVSFSIPL
..::....:. :.: : .::.: ..:: . : . .: . :.: :. . . .:.
CCDS22 TETFMNKENQNHSYSLKSSASFNVIEFPYKNLPIEDITNSTLVTTNVTWGIQPAPMPVPV
940 950 960 970 980 990
1020 1030 1040 1050 1060
pF1KB7 WVIILAILLGLLVLAILTLALWKCGFFDRARPPQEDMTDREQLTNDKTPEA
::::::.: :::.::.:...... ::: :.:::::.. .:::: .. :
CCDS22 WVIILAVLAGLLLLAVLVFVMYRMGFFKRVRPPQEEQ-EREQLQPHENGEGNSET
1000 1010 1020 1030 1040
>>CCDS46471.1 ITGAV gene_id:3685|Hs108|chr2 (1002 aa)
initn: 2279 init1: 1588 opt: 3188 Z-score: 3838.5 bits: 721.8 E(32554): 1.7e-207
Smith-Waterman score: 3188; 47.1% identity (76.8% similar) in 993 aa overlap (73-1062:20-997)
50 60 70 80 90 100
pF1KB7 VEKLTVYSGPKGSYFGYAVDFHIPDARTASVLVGAPKANTSQPDIVEGGAVYYCPWPAEG
.:::::::::.:: ::::: : : : .
CCDS46 MLLGTLLLILYILMLCRMFLLVGAPKANTTQPGIVEGGQVLKCDWSS--
10 20 30 40
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 SAQCRQIPFDTTNNRKIRVNGTKEPIEFKSNQWFGATVKAHKGKVVACAPLYHWRTLKPT
. .:. : ::.:.:: . .:.::::.:::::.:.... :..:::::::::: .
CCDS46 TRRCQPIEFDATGNRDY---AKDDPLEFKSHQWFGASVRSKQDKILACAPLYHWRT-EMK
50 60 70 80 90 100
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 PEKDPVGTCYVAIQNFSAYAEFSPCRNSNADPEGQGYCQAGFSLDFYKNGDLIVGGPGSF
:..:::::. .:. . .:..:::... : .:::.::.:::.:: : ...::::::
CCDS46 QEREPVGTCF--LQDGTKTVEYAPCRSQDIDADGQGFCQGGFSIDFTKADRVLLGGPGSF
110 120 130 140 150 160
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 YWQGQVITASVADIIANYSFKDILRKLAGEKQTEVAPASYDDSYLGYSVAAGEFTGDSQQ
:::::.:. .::.:...:. . : .. :..: : .::::::::::.:.:.::. .
CCDS46 YWQGQLISDQVAEIVSKYDPNVYSIKYNNQLATRTAQAIFDDSYLGYSVAVGDFNGDGID
170 180 190 200 210 220
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 ELVAGIPRGAQNFGYVSIINSTDMTFIQNFTGEQMASYFGYTVVVSDVNSDGLDDVLVGA
..:.:.::.:...:.: : .. .:. . ::::::::.:::..:...:.:.: ::..::
CCDS46 DFVSGVPRAARTLGMVYIYDGKNMSSLYNFTGEQMAAYFGFSVAATDINGDDYADVFIGA
230 240 250 260 270 280
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 PLFMEREFESNPREVGQIYLYLQVSSLLFRDPQILTGTETFGRFGSAMAHLGDLNQDGYN
::::.: ... .::::. . :: .: :. . :.: :.:.:::::.: ::::.:::.:
CCDS46 PLFMDRGSDGKLQEVGQVSVSLQRASGDFQTTK-LNGFEVFARFGSAIAPLGDLDQDGFN
290 300 310 320 330 340
410 420 430 440 450 460
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CCDS42 HF---------------ENYQRVCALEQQKSAMQTLKG----IVRFLSKTDKRLLYCIKA
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pF1KB7 E--CLQISCAVGRLEGGESAVLKVRSRLWAHTFLQRKNDPYALASLVSFEVKKMPYTDQP
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CCDS42 DPHCLNFLCNFGKMESGKEASVHIQ--LEGRPSILEMDETSAL----KFEIRATGFPEPN
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CCDS42 PRVIELNKDENVAHVLLEGLHHQRPKRYFTIV--IISSSLLLGLIVLLLISYVMWKAGFF
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CCDS42 KRQYKSILQEENRRDSWSYINSKSNDD
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CCDS26 VLEHFHDN-TRWVLVGAPKADSKYSPSVKSPGAVFKCRVHTNPDRRCTELDMARGKNRGT
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