Result of FASTA (omim) for
pF1KB7338
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7338, 1063 aa
1>>>pF1KB7338 1063 - 1063 aa - 1063 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6406+/-0.000442; mu= 20.3220+/- 0.028
mean_var=72.8445+/-14.626, 0's: 0 Z-trim(110.3): 97 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.150271
statistics sampled from 18548 (18645) to 18548 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.57), E-opt: 0.2 (0.219), width: 16
Scan time: 13.780
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003629 (OMIM: 191830,604063) integrin alpha-8 I (1063) 7153 1560.9 0
XP_011518054 (OMIM: 191830,604063) PREDICTED: inte ( 799) 5316 1162.6 0
NP_001278423 (OMIM: 191830,604063) integrin alpha- (1048) 5206 1138.8 0
NP_002201 (OMIM: 193210) integrin alpha-V isoform (1048) 3346 735.6 3.5e-211
NP_001138471 (OMIM: 193210) integrin alpha-V isofo (1002) 3189 701.6 5.9e-201
NP_002196 (OMIM: 135620) integrin alpha-5 precurso (1049) 2840 625.9 3.7e-178
NP_001138472 (OMIM: 193210) integrin alpha-V isofo (1012) 2587 571.0 1.1e-161
NP_000410 (OMIM: 187800,273800,607759) integrin al (1039) 2229 493.4 2.7e-138
XP_011523052 (OMIM: 187800,273800,607759) PREDICTE (1000) 2069 458.7 7.3e-128
XP_011523051 (OMIM: 187800,273800,607759) PREDICTE (1005) 1993 442.3 6.7e-123
XP_006712574 (OMIM: 147556,226730) PREDICTED: inte (1058) 1108 250.4 4e-65
XP_006712573 (OMIM: 147556,226730) PREDICTED: inte (1076) 1105 249.8 6.3e-65
XP_016859497 (OMIM: 147556,226730) PREDICTED: inte ( 944) 1021 231.5 1.7e-59
XP_016859495 (OMIM: 147556,226730) PREDICTED: inte ( 962) 1018 230.9 2.7e-59
NP_002195 (OMIM: 605025,614748) integrin alpha-3 p (1051) 864 197.5 3.3e-49
NP_000876 (OMIM: 192975) integrin alpha-4 isoform (1032) 798 183.2 6.6e-45
NP_002198 (OMIM: 603963) integrin alpha-9 precurso (1035) 717 165.6 1.3e-39
XP_005257365 (OMIM: 605025,614748) PREDICTED: inte ( 916) 601 140.5 4.3e-32
XP_011544152 (OMIM: 120980,609939) PREDICTED: inte (1091) 555 130.5 5e-29
NP_001139280 (OMIM: 120980,609939) integrin alpha- (1153) 555 130.5 5.3e-29
NP_000623 (OMIM: 120980,609939) integrin alpha-M i (1152) 551 129.7 9.6e-29
XP_011544139 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1189) 545 128.4 2.4e-28
XP_011544143 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1160) 542 127.7 3.7e-28
XP_011544145 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1028) 538 126.8 6.1e-28
XP_016878704 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1164) 538 126.9 6.8e-28
XP_011544140 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1179) 538 126.9 6.9e-28
XP_011544138 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1189) 538 126.9 6.9e-28
XP_011544137 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1190) 538 126.9 7e-28
NP_005344 (OMIM: 602453) integrin alpha-D isoform (1161) 535 126.2 1.1e-27
NP_001305114 (OMIM: 602453) integrin alpha-D isofo (1162) 535 126.2 1.1e-27
XP_011544141 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1173) 535 126.2 1.1e-27
XP_016878705 (OMIM: 120980,609939) PREDICTED: inte ( 917) 523 123.6 5.3e-27
XP_011544151 (OMIM: 153370) PREDICTED: integrin al (1074) 519 122.7 1.1e-26
XP_006721107 (OMIM: 153370) PREDICTED: integrin al (1087) 519 122.7 1.1e-26
NP_002200 (OMIM: 153370) integrin alpha-L isoform (1170) 519 122.7 1.2e-26
NP_001107852 (OMIM: 153370) integrin alpha-L isofo (1086) 512 121.2 3.2e-26
XP_005255370 (OMIM: 153370) PREDICTED: integrin al (1169) 512 121.2 3.4e-26
XP_011544144 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1103) 485 115.4 1.9e-24
NP_000878 (OMIM: 151510) integrin alpha-X isoform (1163) 478 113.9 5.6e-24
NP_001273304 (OMIM: 151510) integrin alpha-X isofo (1169) 478 113.9 5.6e-24
NP_002194 (OMIM: 192974,614200) integrin alpha-2 p (1181) 459 109.7 9.9e-23
XP_016858112 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1180) 449 107.6 4.4e-22
XP_016858116 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al ( 835) 439 105.3 1.5e-21
XP_011544154 (OMIM: 151510) PREDICTED: integrin al ( 798) 433 104.0 3.5e-21
XP_011544148 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al ( 790) 430 103.4 5.5e-21
XP_005268907 (OMIM: 600536,613204) PREDICTED: inte ( 979) 428 103.0 8.9e-21
XP_005268905 (OMIM: 600536,613204) PREDICTED: inte (1023) 428 103.0 9.2e-21
XP_005268906 (OMIM: 600536,613204) PREDICTED: inte (1023) 428 103.0 9.2e-21
XP_005268903 (OMIM: 600536,613204) PREDICTED: inte (1024) 428 103.0 9.2e-21
NP_001138469 (OMIM: 600536,613204) integrin alpha- (1044) 428 103.0 9.4e-21
>>NP_003629 (OMIM: 191830,604063) integrin alpha-8 Isofo (1063 aa)
initn: 7153 init1: 7153 opt: 7153 Z-score: 8372.9 bits: 1560.9 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 7153; 99.9% identity (100.0% similar) in 1063 aa overlap (1-1063:1-1063)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MSPGASRGPRGSQAPLIAPLCCAAAALGMLLWSPACQAFNLDVEKLTVYSGPKGSYFGYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MSPGASRGPRGSQAPLIAPLCCAAAALGMLLWSPACQAFNLDVEKLTVYSGPKGSYFGYA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 VDFHIPDARTASVLVGAPKANTSQPDIVEGGAVYYCPWPAEGSAQCRQIPFDTTNNRKIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VDFHIPDARTASVLVGAPKANTSQPDIVEGGAVYYCPWPAEGSAQCRQIPFDTTNNRKIR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 VNGTKEPIEFKSNQWFGATVKAHKGKVVACAPLYHWRTLKPTPEKDPVGTCYVAIQNFSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VNGTKEPIEFKSNQWFGATVKAHKGKVVACAPLYHWRTLKPTPEKDPVGTCYVAIQNFSA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 YAEFSPCRNSNADPEGQGYCQAGFSLDFYKNGDLIVGGPGSFYWQGQVITASVADIIANY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 YAEFSPCRNSNADPEGQGYCQAGFSLDFYKNGDLIVGGPGSFYWQGQVITASVADIIANY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 SFKDILRKLAGEKQTEVAPASYDDSYLGYSVAAGEFTGDSQQELVAGIPRGAQNFGYVSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SFKDILRKLAGEKQTEVAPASYDDSYLGYSVAAGEFTGDSQQELVAGIPRGAQNFGYVSI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 INSTDMTFIQNFTGEQMASYFGYTVVVSDVNSDGLDDVLVGAPLFMEREFESNPREVGQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 INSTDMTFIQNFTGEQMASYFGYTVVVSDVNSDGLDDVLVGAPLFMEREFESNPREVGQI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 YLYLQVSSLLFRDPQILTGTETFGRFGSAMAHLGDLNQDGYNDIAIGVPFAGKDQRGKVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 YLYLQVSSLLFRDPQILTGTETFGRFGSAMAHLGDLNQDGYNDIAIGVPFAGKDQRGKVL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 IYNGNKDGLNTKPSQVLQGVWASHAVPSGFGFTLRGDSDIDKNDYPDLIVGAFGTGKVAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 IYNGNKDGLNTKPSQVLQGVWASHAVPSGFGFTLRGDSDIDKNDYPDLIVGAFGTGKVAV
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pF1KB7 YRARPVVTVDAQLLLHPMIINLENKTCQVPDSMTSAACFSLRVCASVTGQSIANTIVLMA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 YRARPVVTVDAQLLLHPMIINLENKTCQVPDSMTSAACFSLRVCASVTGQSIANTIVLMA
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550 560 570 580 590 600
pF1KB7 EVQLDSLKQKGAIKRTLFLDNHQAHRVFPLVIKRQKSHQCQDFIVYLRDETEFRDKLSPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EVQLDSLKQKGAIKRTLFLDNHQAHRVFPLVIKRQKSHQCQDFIVYLRDETEFRDKLSPI
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 NISLNYSLDESTFKEGLEVKPILNYYRENIVSEQAHILVDCGEDNLCVPDLKLSARPDKH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NISLNYSLDESTFKEGLEVKPILNYYRENIVSEQAHILVDCGEDNLCVPDLKLSARPDKH
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 QVIIGDENHLMLIINARNEGEGAYEAELFVMIPEEADYVGIERNNKGFRPLSCEYKMENV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QVIIGDENHLMLIINARNEGEGAYEAELFVMIPEEADYVGIERNNKGFRPLSCEYKMENV
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730 740 750 760 770 780
pF1KB7 TRMVVCDLGNPMVSGTNYSLGLRFAVPRLEKTNMSINFDLQIRSSNKDNPDSNFVSLQIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 TRMVVCDLGNPMVSGTNYSLGLRFAVPRLEKTNMSINFDLQIRSSNKDNPDSNFVSLQIN
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790 800 810 820 830 840
pF1KB7 ITAVAQVEIRGVSHPPQIVLPIHNWEPEEEPHKEEEVGPLVEHIYELHNIGPSTISDTIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ITAVAQVEIRGVSHPPQIVLPIHNWEPEEEPHKEEEVGPLVEHIYELHNIGPSTISDTIL
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850 860 870 880 890 900
pF1KB7 EVGWPFSARDEFLLYIFHIQTLGPLQCQPNPNINPQDIKPAASPEDTPELSAFLRNSTIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EVGWPFSARDEFLLYIFHIQTLGPLQCQPNPNINPQDIKPAASPEDTPELSAFLRNSTIP
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pF1KB7 HLVRKRDVHVVEFHRQSPAKILNCTNIECLQISCAVGRLEGGESAVLKVRSRLWAHTFLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 HLVRKRDVHVVEFHRQSPAKILNCTNIECLQISCAVGRLEGGESAVLKVRSRLWAHTFLQ
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pF1KB7 RKNDPYALASLVSFEVKKMPYTDQPAKLPEGSIAIKTSVIWATPNVSFSIPLWVIILAIL
:::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::
NP_003 RKNDPYALASLVSFEVKKMPYTDQPAKLPEGSIVIKTSVIWATPNVSFSIPLWVIILAIL
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060
pF1KB7 LGLLVLAILTLALWKCGFFDRARPPQEDMTDREQLTNDKTPEA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LGLLVLAILTLALWKCGFFDRARPPQEDMTDREQLTNDKTPEA
1030 1040 1050 1060
>>XP_011518054 (OMIM: 191830,604063) PREDICTED: integrin (799 aa)
initn: 5315 init1: 5315 opt: 5316 Z-score: 6222.4 bits: 1162.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5316; 99.6% identity (99.9% similar) in 796 aa overlap (1-796:1-795)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MSPGASRGPRGSQAPLIAPLCCAAAALGMLLWSPACQAFNLDVEKLTVYSGPKGSYFGYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MSPGASRGPRGSQAPLIAPLCCAAAALGMLLWSPACQAFNLDVEKLTVYSGPKGSYFGYA
10 20 30 40 50 60
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pF1KB7 VDFHIPDARTASVLVGAPKANTSQPDIVEGGAVYYCPWPAEGSAQCRQIPFDTTNNRKIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VDFHIPDARTASVLVGAPKANTSQPDIVEGGAVYYCPWPAEGSAQCRQIPFDTTNNRKIR
70 80 90 100 110 120
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pF1KB7 VNGTKEPIEFKSNQWFGATVKAHKGKVVACAPLYHWRTLKPTPEKDPVGTCYVAIQNFSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VNGTKEPIEFKSNQWFGATVKAHKGKVVACAPLYHWRTLKPTPEKDPVGTCYVAIQNFSA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 YAEFSPCRNSNADPEGQGYCQAGFSLDFYKNGDLIVGGPGSFYWQGQVITASVADIIANY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YAEFSPCRNSNADPEGQGYCQAGFSLDFYKNGDLIVGGPGSFYWQGQVITASVADIIANY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 SFKDILRKLAGEKQTEVAPASYDDSYLGYSVAAGEFTGDSQQELVAGIPRGAQNFGYVSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SFKDILRKLAGEKQTEVAPASYDDSYLGYSVAAGEFTGDSQQELVAGIPRGAQNFGYVSI
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pF1KB7 INSTDMTFIQNFTGEQMASYFGYTVVVSDVNSDGLDDVLVGAPLFMEREFESNPREVGQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 INSTDMTFIQNFTGEQMASYFGYTVVVSDVNSDGLDDVLVGAPLFMEREFESNPREVGQI
310 320 330 340 350 360
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pF1KB7 YLYLQVSSLLFRDPQILTGTETFGRFGSAMAHLGDLNQDGYNDIAIGVPFAGKDQRGKVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YLYLQVSSLLFRDPQILTGTETFGRFGSAMAHLGDLNQDGYNDIAIGVPFAGKDQRGKVL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 IYNGNKDGLNTKPSQVLQGVWASHAVPSGFGFTLRGDSDIDKNDYPDLIVGAFGTGKVAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IYNGNKDGLNTKPSQVLQGVWASHAVPSGFGFTLRGDSDIDKNDYPDLIVGAFGTGKVAV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 YRARPVVTVDAQLLLHPMIINLENKTCQVPDSMTSAACFSLRVCASVTGQSIANTIVLMA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YRARPVVTVDAQLLLHPMIINLENKTCQVPDSMTSAACFSLRVCASVTGQSIANTIVLMA
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pF1KB7 EVQLDSLKQKGAIKRTLFLDNHQAHRVFPLVIKRQKSHQCQDFIVYLRDETEFRDKLSPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EVQLDSLKQKGAIKRTLFLDNHQAHRVFPLVIKRQKSHQCQDFIVYLRDETEFRDKLSPI
550 560 570 580 590 600
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pF1KB7 NISLNYSLDESTFKEGLEVKPILNYYRENIVSEQAHILVDCGEDNLCVPDLKLSARPDKH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NISLNYSLDESTFKEGLEVKPILNYYRENIVSEQAHILVDCGEDNLCVPDLKLSARPDKH
610 620 630 640 650 660
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pF1KB7 QVIIGDENHLMLIINARNEGEGAYEAELFVMIPEEADYVGIERNNKGFRPLSCEYKMENV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QVIIGDENHLMLIINARNEGEGAYEAELFVMIPEEADYVGIERNNKGFRPLSCEYKMENV
670 680 690 700 710 720
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pF1KB7 TRMVVCDLGNPMVSGTNYSLGLRFAVPRLEKTNMSINFDLQIRSSNKDNPDSNFVSLQIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TRMVVCDLGNPMVSGTNYSLGLRFAVPRLEKTNMSINFDLQIRSSNKDNPDSNFVSLQIN
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB7 ITAVAQVEIRGVSHPPQIVLPIHNWEPEEEPHKEEEVGPLVEHIYELHNIGPSTISDTIL
:::::::::::. .::
XP_011 ITAVAQVEIRGL-EPPVHDQ
790
>>NP_001278423 (OMIM: 191830,604063) integrin alpha-8 Is (1048 aa)
initn: 5206 init1: 5206 opt: 5206 Z-score: 6091.7 bits: 1138.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 7015; 98.5% identity (98.6% similar) in 1063 aa overlap (1-1063:1-1048)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MSPGASRGPRGSQAPLIAPLCCAAAALGMLLWSPACQAFNLDVEKLTVYSGPKGSYFGYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSPGASRGPRGSQAPLIAPLCCAAAALGMLLWSPACQAFNLDVEKLTVYSGPKGSYFGYA
10 20 30 40 50 60
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pF1KB7 VDFHIPDARTASVLVGAPKANTSQPDIVEGGAVYYCPWPAEGSAQCRQIPFDTTNNRKIR
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::::.: : :..:. :.... :::.: : ::..:.:.:::::::::.: :: .::..:.
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:::... ::: .: :: ::.::::::::: .::. ::::.: . . . :..::::
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:.::: . : :: .......: ::::::: : .: ::: ::: .:.:. ::.:::.:
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pF1KB7 EHIYELHNIGPSTISDTILEVGWPFSARDEFLLYIFHIQTLGPLQCQPNPNINPQDIKPA
.:::::.: :::..: ..:.. ::.. .. ::::.: . ::..: . .::: ::
NP_001 QHIYELRNNGPSSFSKAMLHLQWPYKYNNNTLLYILHYDIDGPMNCTSDMEINPLRIK-I
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pF1KB7 ASPEDTPELSAFLRNSTIPHLVRKRDVHVVEFHRQSPAKILNCTNIECLQISCAVGRLEG
.: . : . .. .. ::. :::. . : . . :.: .::.: : ::::.
NP_001 SSLQTTEKNDTVAGQGERDHLITKRDLALSE----GDIHTLGCGVAQCLKIVCQVGRLDR
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pF1KB7 GESAVLKVRSRLWAHTFLQRKND--PYALASLVSFEVKKMPYTDQPAKLPEGSIAIKTSV
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NP_001 GKSAILYVKSLLWTETFMNKENQNHSYSLKSSASFNVIEFPYKNLPIEDITNSTLVTTNV
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pF1KB7 TPEA
. :
NP_001 NGEGNSET
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]