Result of FASTA (omim) for
pF1KB7340
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7340, 1156 aa
1>>>pF1KB7340 1156 - 1156 aa - 1156 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.9817+/-0.000444; mu= -19.5972+/- 0.027
mean_var=427.9415+/-90.895, 0's: 0 Z-trim(122.0): 51 B-trim: 1078 in 2/58
Lambda= 0.061999
statistics sampled from 39423 (39487) to 39423 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.75), E-opt: 0.2 (0.463), width: 16
Scan time: 20.040
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_061831 (OMIM: 176270,610922) nuclear pore-assoc (1156) 7818 714.5 9.3e-205
XP_011515032 (OMIM: 615753) PREDICTED: nuclear env (1153) 646 73.0 1.2e-11
NP_001092885 (OMIM: 615754) nuclear envelope pore ( 987) 474 57.6 4.5e-07
NP_742017 (OMIM: 615753) nuclear envelope pore mem ( 984) 455 55.9 1.5e-06
XP_016868343 (OMIM: 615753) PREDICTED: nuclear env ( 984) 455 55.9 1.5e-06
XP_006716259 (OMIM: 615753) PREDICTED: nuclear env ( 984) 455 55.9 1.5e-06
XP_016868342 (OMIM: 615753) PREDICTED: nuclear env ( 984) 455 55.9 1.5e-06
NP_001244119 (OMIM: 615753) nuclear envelope pore ( 999) 455 55.9 1.5e-06
XP_005250783 (OMIM: 615753) PREDICTED: nuclear env (1249) 455 55.9 1.8e-06
XP_005250784 (OMIM: 615753) PREDICTED: nuclear env (1190) 431 53.8 7.6e-06
NP_001121182 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4 (1270) 352 46.7 0.0011
XP_016855492 (OMIM: 208250,604283) PREDICTED: prot (1270) 352 46.7 0.0011
NP_001121181 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4 (1311) 352 46.7 0.0011
XP_016855491 (OMIM: 208250,604283) PREDICTED: prot (1311) 352 46.7 0.0011
NP_001290161 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4 (1361) 352 46.7 0.0011
NP_001121180 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4 (1363) 352 46.7 0.0011
NP_005798 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4 iso (1404) 352 46.7 0.0012
XP_011536691 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2078) 334 45.2 0.005
XP_006719477 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082) 334 45.2 0.005
XP_006719476 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082) 334 45.2 0.005
XP_006719475 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082) 334 45.2 0.005
>>NP_061831 (OMIM: 176270,610922) nuclear pore-associate (1156 aa)
initn: 7818 init1: 7818 opt: 7818 Z-score: 3797.0 bits: 714.5 E(85289): 9.3e-205
Smith-Waterman score: 7818; 100.0% identity (100.0% similar) in 1156 aa overlap (1-1156:1-1156)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MGNLLSKFRPGCRRRPLPGPGRGAPAPLSRDASPPGRAHSVPTPRPFRGLFRRNARRRPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 MGNLLSKFRPGCRRRPLPGPGRGAPAPLSRDASPPGRAHSVPTPRPFRGLFRRNARRRPS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 AASIFVAPKRPCPLPRAAAAPLGVLPAVGWGLAIRKTPMLPARNPPRFGHPSSVRIPPPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 AASIFVAPKRPCPLPRAAAAPLGVLPAVGWGLAIRKTPMLPARNPPRFGHPSSVRIPPPS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 RMFTLLLPSPREPAVKARKPIPATLLEETEVWAQEGPRRVKKDEDPVQIEGEDDEKRTPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 RMFTLLLPSPREPAVKARKPIPATLLEETEVWAQEGPRRVKKDEDPVQIEGEDDEKRTPL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 SSGEASSTSRSQGTQGDVASFRCSPGPLEGNVYHKFSENSMSEKAQASPASSCLEGPAMP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SSGEASSTSRSQGTQGDVASFRCSPGPLEGNVYHKFSENSMSEKAQASPASSCLEGPAMP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 STHSQAGCARHLGKPDPDATAPPEPAVGCSLLQQKLAAEVLNEEPPPSSLGLPIPLMSGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 STHSQAGCARHLGKPDPDATAPPEPAVGCSLLQQKLAAEVLNEEPPPSSLGLPIPLMSGK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 RMPDEKPFCIPPRSAAPPRAARNRPCKRKMSIPLLLPLPPSLPLLWDRGELPPPAKLPCL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 RMPDEKPFCIPPRSAAPPRAARNRPCKRKMSIPLLLPLPPSLPLLWDRGELPPPAKLPCL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 SVEGDLHTLEKSPEYKRNSRILEDKTETMTNSSITQPAPSFSQPVQTTDSLPLTTYTSQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SVEGDLHTLEKSPEYKRNSRILEDKTETMTNSSITQPAPSFSQPVQTTDSLPLTTYTSQV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 SAPLPIPDLADLATGPLILPIPPLSTTPKMDEKIAFTIPNSPLALPADLVPILGDQSNEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SAPLPIPDLADLATGPLILPIPPLSTTPKMDEKIAFTIPNSPLALPADLVPILGDQSNEK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 GGSYNSVVGAAPLTSDPPTPPSSTPSFKPPVTRESPISMCVDSPPPLSFLTLLPVPSTGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GGSYNSVVGAAPLTSDPPTPPSSTPSFKPPVTRESPISMCVDSPPPLSFLTLLPVPSTGT
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 SVITSKPMNSTSVISTVTTNASAHLTSQTAVDPEVVNMDTTAPSQVVIFTSSLSSRVSSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SVITSKPMNSTSVISTVTTNASAHLTSQTAVDPEVVNMDTTAPSQVVIFTSSLSSRVSSL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 PNSQIHCSAEQRHPGKTSVYTSPLPFIFHNTTPSFNQLFGKEATPQPKFEAPDGQPQKAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PNSQIHCSAEQRHPGKTSVYTSPLPFIFHNTTPSFNQLFGKEATPQPKFEAPDGQPQKAS
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 LPSACVFLSLPIIPPPDTSTLVNSASTASSSKPPIETNAMHTTPPSKAVILQSASVSKKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LPSACVFLSLPIIPPPDTSTLVNSASTASSSKPPIETNAMHTTPPSKAVILQSASVSKKY
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB7 LPFYLGLPGSGNTQPSGNTASVQGSTSLPAQSVRAPATASNHPLNPGATPQPKFGAPDGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LPFYLGLPGSGNTQPSGNTASVQGSTSLPAQSVRAPATASNHPLNPGATPQPKFGAPDGP
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB7 QQKTSLPSAHDFLSLPIMVPPDTSTLVSSASAASLSKPAIDTSDMNTTPPSKTVILQSTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 QQKTSLPSAHDFLSLPIMVPPDTSTLVSSASAASLSKPAIDTSDMNTTPPSKTVILQSTF
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB7 VSRKEEYIRFYMGLPGSGNTLHSDSIASAQVSTSFPAQADRRPTTTSSHPLNTGSISHST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 VSRKEEYIRFYMGLPGSGNTLHSDSIASAQVSTSFPAQADRRPTTTSSHPLNTGSISHST
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pF1KB7 LGATDGQQKSDSSFILGNPATPAPVIGLTSPSVQPLSGSIIPPGFAELTSPYTALGTPVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LGATDGQQKSDSSFILGNPATPAPVIGLTSPSVQPLSGSIIPPGFAELTSPYTALGTPVN
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB7 AEPVEGHNASAFPNGTAKTSGFRIATGMPGTGDSTLLVGNTIPGPQVIMGPGTPMDGGSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 AEPVEGHNASAFPNGTAKTSGFRIATGMPGTGDSTLLVGNTIPGPQVIMGPGTPMDGGSI
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB7 GFSMSAPGPSSTSGELNIGQGQSGTPSTTSVFPFGQAAWDPTGHSMAAAPQGASNIPVFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GFSMSAPGPSSTSGELNIGQGQSGTPSTTSVFPFGQAAWDPTGHSMAAAPQGASNIPVFG
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB7 YTSAAAYIPGLDPPTQNSCSGMGGDGTRSIVGGPCVPAFQQCILQHTWTERKFYTSSTHY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 YTSAAAYIPGLDPPTQNSCSGMGGDGTRSIVGGPCVPAFQQCILQHTWTERKFYTSSTHY
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150
pF1KB7 YGQETYVRRHVCFQLP
::::::::::::::::
NP_061 YGQETYVRRHVCFQLP
1150
>>XP_011515032 (OMIM: 615753) PREDICTED: nuclear envelop (1153 aa)
initn: 335 init1: 117 opt: 646 Z-score: 330.1 bits: 73.0 E(85289): 1.2e-11
Smith-Waterman score: 742; 26.1% identity (48.2% similar) in 1147 aa overlap (9-1118:161-1112)
10 20 30
pF1KB7 MGNLLSKFRPGCR--RRPLP-GPGRGAPAPLSRDASPP
::: : :: : .: .: : : :::
XP_011 PAELLLMGSYLGKPGPPQPAAAPEGQDLRDRPGRRPPARPAPRSPPPRSPPPRSPPPSPP
140 150 160 170 180 190
40 50 60 70 80
pF1KB7 G-RAH----SVPTP--RPFRGLFRRNARRRPSAASIFVAPKRPCPLPRAAAAPLGVLPAV
::: :.::: :: : :. :. . ..:.: :. .: . :::::.:
XP_011 THRAHHVYPSLPTPLLRPSRRPSPRDCGTLPN--RFVITPRRRYPIHQAQYSCLGVLPTV
200 210 220 230 240
90 100 110 120 130
pF1KB7 GWGLAIRKTPMLPARNPPRFGHPSSVRIPPPSRMF------------TLLLPSPREPAVK
:. . .: .: :: : .::: ::.: : :: :: :
XP_011 CWN-GYHKKAVLSPRNSRMVCSPVTVRIAPPDRRFSRSAIPEQIISSTLSSPSSNAPDPC
250 260 270 280 290 300
140 150 160 170 180 190
pF1KB7 ARKPIPATLLEETEVWAQEGPRRVKKDEDPVQIEGEDDEKRTPLSSGEASSTSRSQGTQG
:.. . ..: :. . .:. ..:: . ..:.....: ::: . :. . ..:
XP_011 AKETVLSALKEKEK-------KRTVEEEDQIFLDGQENKRRRHDSSGSGHSAFEPLVANG
310 320 330 340 350 360
200 210 220 230 240 250
pF1KB7 DVASFRCSPGPLEGNVYHKFSENSMSEKAQASPASSCLEGP---AMPSTHSQAGCARHLG
::: .:: :. .. . :.. .......: :: : : ..::. .: . .
XP_011 VPASFVPKPGSLKRGLNSQSSDDHLNKRSRSSSMSS-LTGAYASGIPSSSRNAITSSY--
370 380 390 400 410
260 270 280 290 300 310
pF1KB7 KPDPDATAPPEPAVGCSLLQQKLAAEVLNEEPPPSSLGLPIPLMSGKRMPDEKPFCIPPR
. . :: : .: :. .:: :. : : . : . . ... ::
XP_011 SSTRGISQPPPPQLGYSI-----TAEDLDLEKKASLQWFNQALEDKSDAASNSVTETPP-
420 430 440 450 460 470
320 330 340 350 360 370
pF1KB7 SAAPPRAARNRPCKRKMSIPLLLPLPPSLPLLWDRGELP-PPAKLPCLSVEGDLHTLEKS
. : . . : : : : : . ::: . .. ::. :: : : :
XP_011 -ITQPSFTFTLPAAAPASPPTSLLAPSTNPLLESLKKMQTPPSLPPCPESAGAATTEALS
480 490 500 510 520 530
380 390 400 410 420 430
pF1KB7 PEYKRNSRILEDKTETMTNSSITQPAPSFSQPVQTTDSLPLTTYTSQVSAPLPIPDLADL
: .. .: .... :.::: :: : :: . . :: .: .:
XP_011 P--PKTPSLLPPLGLSQSGPPGLLPSPSF-------DSKPPTTLLGLIPAPSMVPA-TDT
540 550 560 570 580
440 450 460 470 480 490
pF1KB7 ATGPLILPIPPLSTTPKMDEKIAFTIPNSPLALPADLVPILGDQSNEKGGSYNSVVGAAP
. : . .: :. : . :. :: .: :. :. .:
XP_011 KAPPTLQA--ETATKPQ-----ATSAPS-----PAPKQSFLF-------GTQNT----SP
590 600 610
500 510 520 530 540 550
pF1KB7 LTSDPPTPPSSTPSFKPPVTRESPISMCVDSPPPLSFLTLLPVPSTGTSVITSKPMNSTS
. :. :. : ::: : .: . ..: : : : :: .. : :.:
XP_011 SSPAAPAASSAPPMFKPIFT--APPKSEKEGPTP---------P--GPSVTATAP--SSS
620 630 640 650 660
560 570 580 590 600 610
pF1KB7 VISTVTTNASAHLTSQTAVDPEVVNMDTTAPSQVVIFTSSLSSRVSSLPNSQIHCSAEQR
. :.:. ::::. .:.:
XP_011 SLPTTTS--------------------TTAPTFQPVFSSM--------------------
670 680
620 630 640 650 660 670
pF1KB7 HPGKTSVYTSPLPFIFHNTTPSFNQLFGKEATPQPKFEAPDGQPQKASLPSACVFLSLPI
: . : ::. ..:::. .: : : . :: :: .
XP_011 --GPPASVPLPAPFFKQTTTPATA-----PTTTAPLFTG------LASATSAVA------
690 700 710 720
680 690 700 710 720 730
pF1KB7 IPPPDTSTLVNSASTASSSKPPIETNAMHTTPPSKAVILQSASVSKKYLPFYLGLP--GS
: ::. : :: :.::: . . .. : .. ..:..... :: .: : ..
XP_011 ---PITSA---SPSTDSASKPAFGFGINSVSSSSVSTTTSTATAASQ--PFLFGAPQASA
730 740 750 760 770
740 750 760 770 780
pF1KB7 GNTQPS-GNTASVQGSTSLPAQSVRAPATASNHPLNPGATPQPKFGAPDGPQQKTSLPSA
.. :. :. . .::. .. . . : : : :: . ::
XP_011 ASFTPAMGSIFQFGKPPALPTTTTVTTFSQSLHTAVPTATSS----------------SA
780 790 800 810
790 800 810 820 830 840
pF1KB7 HDFLSLPIMVPPDTSTLVSSASAASLSKPAIDTSDMNTTPPSKTVILQSTFVSRKEEYIR
:: .. :::..:: :.: :.:.. : ::. :. .. . :. : :
XP_011 ADFSGFG-------STLATSAPATS-SQPTLTFS--NTSTPTFNIPFGSSAKSPLPSY--
820 830 840 850 860
850 860 870 880 890 900
pF1KB7 FYMGLPGSGNTLHSDSIASAQVSTSFPAQADRRPTTTSSHPLNTGSISHSTLGATDGQQK
:: :. : .: : :. .: ... : . : :.: . .
XP_011 -----PG----------ANPQ--PAFGA-AEGQPPGAAKPALAPSFGSSFTFGNSAAPAA
870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB7 SDSSFILGNPATPA--PVIGLTSPS-VQPLSGSIIPPGFAELTSPYTALGTPVNAEPVEG
. . :: :. :. :. ..:. :. .:. : . .:.:.:....:. :
XP_011 APT------PAPPSMIKVVPAYVPTPIHPIFGGATHSAFG-LKATASAFGAPASSQPAFG
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB7 HNASAFPNGTAKTSGFRIATGMPGTGDSTLLVGNTIPGPQVIMGPGTPMDGGSIGFSMSA
....: :.: .::: .: ..:.:. . :.: :.: .. : ..: .::.:.....
XP_011 GSTAVFF-GAATSSGFGATTQTASSGSSSSVFGSTTPSPFTFGGSAAPAGSGSFGINVAT
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB7 PGPSSTSGELNIGQGQSGTPSTTSVFP--FGQAAWDPTGHSMAAAPQGASNI---PVFGY
:: :.:.: ...: ::::. .:.. : .:: : ::.: : . .:. ::::
XP_011 PGSSTTTGAFSFGAGQSGSTATSTPFAGGLGQNALGTTGQSTPFAFNVSSTTESKPVFGG
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB7 TSAAAYIPGLDPPTQNSCSGMGGDGTRSIVGGPCVPAFQQCILQHTWTERKFYTSSTHYY
:.. .. ::. :. :.: .:. :. .::
XP_011 TATPTF--GLNTPAP----GVGTSGSSLSFGASSAPAQGFVGVAPFGSAALSFSIGAGSK
1090 1100 1110 1120 1130
1150
pF1KB7 GQETYVRRHVCFQLP
XP_011 TPGARQRLQARRQHTRKK
1140 1150
>>NP_001092885 (OMIM: 615754) nuclear envelope pore memb (987 aa)
initn: 515 init1: 187 opt: 474 Z-score: 248.0 bits: 57.6 E(85289): 4.5e-07
Smith-Waterman score: 785; 26.1% identity (50.9% similar) in 1061 aa overlap (111-1118:5-946)
90 100 110 120
pF1KB7 PLGVLPAVGWGLAIRKTPMLPARNPPRFGHPSSVRIPPPSRMF------------TLLLP
: .::: ::.: : :: :
NP_001 MVCSPVTVRIAPPDRRFSRSAIPEQIISSTLSSP
10 20 30
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 SPREPAVKARKPIPATLLEETEVWAQEGPRRVKKDEDPVQIEGEDDEKRTPLSSGEASST
: : :.. . ..: :. . .:. ..:: . ..:.....: ::: . :.
NP_001 SSNAPDPCAKETVLSALKEKKK-------KRTVEEEDQIFLDGQENKRRRHDSSGSGHSA
40 50 60 70 80
190 200 210 220 230
pF1KB7 SRSQGTQGDVASFRCSPGPLEGNVYHKFSENSMSEKAQASPASSCLEG------P-----
. ..: ::: .:: :. .. . :.. .......: :: : : :
NP_001 FEPLVASGVPASFVPKPGSLKRGLNSQSSDDHLNKRSRSSSMSS-LTGAYTSGIPSSSRN
90 100 110 120 130 140
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 AMPSTHSQAGCARHLGKPDPDATAP-PEPAVGCSLLQQKLAAEVLNEEPPPSSLGLPIPL
:. :..:.. .: : . ...: :: . : .. : .. .:: : . ::
NP_001 AITSSYSSTRGISQLWKRNGPSSSPFSSPASSRSQTPERPAKKIREEELCHHSSS-STPL
150 160 170 180 190 200
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 MSGKRMPDEKPFCIPPRSA--APPRAARNRPCKRKMSIPLLLPLPPSLPLLWDRGE---L
. :. :: ::. . ... . .:: .. :: :: ::: :
NP_001 AADKESQGEKAADTTPRKKQNSNSQSTPGSSGQRKRKVQLL----PS-----RRGEQLTL
210 220 230 240 250
360 370 380 390 400
pF1KB7 PPPAKLPCLSVEGDLHTLEKSPEYKRNSRILEDKTETMTNS-----SITQPAPSFSQPVQ
::: .: :. .. :::. . .. ::::... .:: :::. .:. :.
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