FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB7349, 1016 aa 1>>>pF1KB7349 1016 - 1016 aa - 1016 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.9645+/-0.000459; mu= -0.3129+/- 0.028 mean_var=276.3613+/-57.740, 0's: 0 Z-trim(118.4): 66 B-trim: 462 in 2/52 Lambda= 0.077150 statistics sampled from 31275 (31356) to 31275 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.7), E-opt: 0.2 (0.368), width: 16 Scan time: 14.750 The best scores are: opt bits E(85289) XP_005258156 (OMIM: 615766) PREDICTED: microtubule (1905) 1629 196.1 1.5e-48 XP_005258155 (OMIM: 615766) PREDICTED: microtubule (1970) 1629 196.1 1.5e-48 NP_056025 (OMIM: 615766) microtubule cross-linking (1586) 1395 170.0 9e-41 XP_016881164 (OMIM: 615766) PREDICTED: microtubule (1689) 1395 170.0 9.5e-41 XP_011523943 (OMIM: 615766) PREDICTED: microtubule (1946) 1395 170.1 1.1e-40 XP_016881161 (OMIM: 615766) PREDICTED: microtubule (1715) 618 83.6 1e-14 XP_016881163 (OMIM: 615766) PREDICTED: microtubule (1715) 618 83.6 1e-14 XP_016881162 (OMIM: 615766) PREDICTED: microtubule (1715) 618 83.6 1e-14 XP_016881160 (OMIM: 615766) PREDICTED: microtubule (1766) 618 83.6 1.1e-14 XP_011523942 (OMIM: 615766) PREDICTED: microtubule (2047) 618 83.6 1.2e-14 >>XP_005258156 (OMIM: 615766) PREDICTED: microtubule cro (1905 aa) initn: 1496 init1: 662 opt: 1629 Z-score: 992.6 bits: 196.1 E(85289): 1.5e-48 Smith-Waterman score: 1947; 41.3% identity (68.4% similar) in 959 aa overlap (1-882:361-1279) 10 20 30 pF1KB7 MLEMRDVYMEEDVYQLQELRQQLDQASKTC : :::: :.:::::::::::..::.:.:.: XP_005 AEEEELLREMEELRSENDYLKDELDELRAEMEEMRDSYLEEDVYQLQELRRELDRANKNC 340 350 360 370 380 390 40 50 60 70 80 90 pF1KB7 RILQYRLRKAERRSLRAAQTGQVDGELIRGLEQDVKVSKDISMRLHKELEVVEKKRARLE :::::::::::..::..:.::::::::::.::::.::.::.:.:::.::..::.:::. : XP_005 RILQYRLRKAEQKSLKVAETGQVDGELIRSLEQDLKVAKDVSVRLHHELKTVEEKRAKAE 400 410 420 430 440 450 100 110 120 130 140 150 pF1KB7 EENEELRQRLIETELAKQVLQTELERPREHSLKKRGTRSLGKADKKTLVQEDSADLKCQL .::: :::..::.:..::.::.:::: .: :::.:.:: . : .:::. :.:::::.::: XP_005 DENETLRQQMIEVEISKQALQNELERLKESSLKRRSTREMYK-EKKTFNQDDSADLRCQL 460 470 480 490 500 160 170 180 190 200 210 pF1KB7 HFAKEESALMCKKLTKLAKENDSMKEELLKYRSLYGDLDSALSAEELADAPHSRETELKV .:::::. :: ::..::..:.: ...:: ::.:::::.:: : . : . : .::.:::. 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NP_056 RSLKQNIFLFYVKLRWLLKHWRQGKQMEEEGEEFTEGEHPETLSRLGELGVQGGHQADGP 720 730 740 750 760 770 720 730 740 750 pF1KB7 QHSDNKAC--------------TGD------SWTQNTPNEYI----KTLADMKVTLKELC .:.....: :: . .. :.. . . .. .:. :... NP_056 DHDSDRGCGFPVGEHSPHSRVQIGDHSLRLQTADRGQPHKQVVENQQLFSAFKALLEDFR 780 790 800 810 820 830 760 770 780 790 800 810 pF1KB7 WLLRDERRGLTELQQQFAKAKATWETERAELKGHTSQMELKTGKGAGER-AGPDWKAALQ ::...:. .::::.:. ::.:..: : :: . :.: :: . :: .. . :.::. NP_056 AELREDERARLRLQQQYASDKAAWDVEWAVLKCRLEQLEEKTENKLGELGSSAESKGALK 840 850 860 870 880 890 820 830 840 850 860 870 pF1KB7 REREEQQHLLAESYSAVMELTRQLQISERNWSQEKLQLVERLQGEKQQVEQQVKELQNRL .::: .:.:::.:.: ::.: :.. ::.::..::..:..::. ..:. :.: ::. :. NP_056 KEREVHQKLLADSHSLVMDLRWQIHHSEKNWNREKVELLDRLDRDRQEWERQKKEFLWRI 900 910 920 930 940 950 880 890 900 910 920 930 pF1KB7 SQLQKAADPWVLKHSELEKQDNSWKETRSEKIHDKEAVSEVELGGNGLKRTKSVSSMSEF :::: .: NP_056 EQLQKENSPRRGGSFLCDQKDGNVRPFPHQGSLRMPRPVAMWPCADADSIPFEDRPLSKL 960 970 980 990 1000 1010 >>XP_016881164 (OMIM: 615766) PREDICTED: microtubule cro (1689 aa) initn: 1457 init1: 662 opt: 1395 Z-score: 852.6 bits: 170.0 E(85289): 9.5e-41 Smith-Waterman score: 1961; 40.4% identity (67.2% similar) in 1007 aa overlap (1-882:1-998) 10 20 30 40 50 60 pF1KB7 MLEMRDVYMEEDVYQLQELRQQLDQASKTCRILQYRLRKAERRSLRAAQTGQVDGELIRG : :::: :.:::::::::::..::.:.:.::::::::::::..::..:.::::::::::. 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XP_011 DENETLRQQMIEVEISKQALQNELERLKESSLKRRSTREMYK-EKKTFNQQNGGMERPGN 460 470 480 490 500 150 160 170 180 pF1KB7 -----------------DSADLKCQLHFAKEESALMCKKLTKLAKENDSMKEELLKYRSL :::::.:::.:::::. :: ::..::..:.: ...:: ::.:: XP_011 CRPATKTQRKLAPRRKDDSADLRCQLQFAKEEAFLMRKKMAKLGREKDELEQELQKYKSL 510 520 530 540 550 560 190 200 210 220 230 240 pF1KB7 YGDLDSALSAEELADAPHSRETELKVHLKLVEEEANLLSRRIVELEVENRGLRAEMDDMK :::.:: : . : . : .::.:::..:::::::::.:.:.:::::::::::.:::.::. 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