Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7355
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7355, 1088 aa
1>>>pF1KB7355 1088 - 1088 aa - 1088 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8674+/-0.00119; mu= 18.2357+/- 0.071
mean_var=59.2944+/-11.759, 0's: 0 Z-trim(99.4): 33 B-trim: 2 in 1/48
Lambda= 0.166559
statistics sampled from 5714 (5723) to 5714 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.512), E-opt: 0.2 (0.176), width: 16
Scan time: 4.070
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34287.1 RANBP17 gene_id:64901|Hs108|chr5 (1088) 7138 1724.5 0
CCDS47818.1 XPO7 gene_id:23039|Hs108|chr8 (1087) 5027 1217.2 0
>>CCDS34287.1 RANBP17 gene_id:64901|Hs108|chr5 (1088 aa)
initn: 7138 init1: 7138 opt: 7138 Z-score: 9256.4 bits: 1724.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7138; 100.0% identity (100.0% similar) in 1088 aa overlap (1-1088:1-1088)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MALHFQSLAELEVLCTHLYIGTDLTQRIEAEKALLELIDSPECLSKCQLLLEQGTTSYAQ
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CCDS34 MALHFQSLAELEVLCTHLYIGTDLTQRIEAEKALLELIDSPECLSKCQLLLEQGTTSYAQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 LLAATCLSKLVSRVSPLPVEQRMDIRNYILNYVASQPKLAPFVIQALIQVIAKITKLGWF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LLAATCLSKLVSRVSPLPVEQRMDIRNYILNYVASQPKLAPFVIQALIQVIAKITKLGWF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 EVQKDQFVFREIIADVKKFLQGTVEHCIIGVIILSELTQEMNLVDYSRPSAKHRKIATSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 EVQKDQFVFREIIADVKKFLQGTVEHCIIGVIILSELTQEMNLVDYSRPSAKHRKIATSF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 RDTSLKDVLVLACSLLKEVFAKPLNLQDQCQQNLVMQVLKLVLNCLNFDFIGSSADESAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RDTSLKDVLVLACSLLKEVFAKPLNLQDQCQQNLVMQVLKLVLNCLNFDFIGSSADESAD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 DLCTVQIPTTWRTIFLEPETLDLFFNLYHSLPPLLSQLALSCLVQFASTRRSLFNSPERA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DLCTVQIPTTWRTIFLEPETLDLFFNLYHSLPPLLSQLALSCLVQFASTRRSLFNSPERA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 KYLGNLIKGVKRILENPQGLSDPGNYHEFCRFLARLKTNYQLGELVMVKEYPEVIRLIAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KYLGNLIKGVKRILENPQGLSDPGNYHEFCRFLARLKTNYQLGELVMVKEYPEVIRLIAN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 FTITSLQHWEFAPNSVHYLLTLWQRMVASVPFVKSTEPHLLDTYAPEITKAFITSRLDSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 FTITSLQHWEFAPNSVHYLLTLWQRMVASVPFVKSTEPHLLDTYAPEITKAFITSRLDSV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 AIVVRDHLDDPLDDTATVFQQLEQLCTVSRCEYEKTCALLVQLFDQNAQNYQKLLHPYSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 AIVVRDHLDDPLDDTATVFQQLEQLCTVSRCEYEKTCALLVQLFDQNAQNYQKLLHPYSG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 VTVDITIQEGRLAWLVYLVGTVVGGRLTYTSTDEHDAMDGELSCRVFQLISLMDTGLPRC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VTVDITIQEGRLAWLVYLVGTVVGGRLTYTSTDEHDAMDGELSCRVFQLISLMDTGLPRC
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 CNEKIELAILWFLDQFRKTYVGDQLQRTSKVYARMSEVLGITDDNHVLETFMTKIVTNLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 CNEKIELAILWFLDQFRKTYVGDQLQRTSKVYARMSEVLGITDDNHVLETFMTKIVTNLK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 YWGRYEPVISRTLQFLNDLSVGYILLKKLVKIDAVKFMLKNHTSEHFPFLGISDNHSLSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 YWGRYEPVISRTLQFLNDLSVGYILLKKLVKIDAVKFMLKNHTSEHFPFLGISDNHSLSD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 FRCRTTFYTALTRLLMVDLGEDEDEFENFMLPLTVAFETVLQIFNNNFKQEDVKRMLIGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 FRCRTTFYTALTRLLMVDLGEDEDEFENFMLPLTVAFETVLQIFNNNFKQEDVKRMLIGL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB7 ARDLRGIAFALNTKTSYTMLFDWMYPTYLPLLQNAVERWYGEPTCTTPILKLMAELMQNR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ARDLRGIAFALNTKTSYTMLFDWMYPTYLPLLQNAVERWYGEPTCTTPILKLMAELMQNR
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB7 SQRLNFDVSSPNGILLFREASKMVCTYGNQILSLGSLSKDQIYPMKLKGISICYSALKSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SQRLNFDVSSPNGILLFREASKMVCTYGNQILSLGSLSKDQIYPMKLKGISICYSALKSA
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB7 LCGNYVSFGVFKLYGDNHFDNVLQAFVKMLLSVSHSDLLQYRKLSQSYYPLLECLTQDHM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LCGNYVSFGVFKLYGDNHFDNVLQAFVKMLLSVSHSDLLQYRKLSQSYYPLLECLTQDHM
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB7 SFIINLEPPVLMYVLTSISEGLTTLDTVVSSSCCTSLDYIVTYLFKHIAKEGKKPLRCRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SFIINLEPPVLMYVLTSISEGLTTLDTVVSSSCCTSLDYIVTYLFKHIAKEGKKPLRCRE
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB7 ATQAGQRLLHFMQQNPDVLQQMMSVLMNTIVFEDCRNQWSVSRPLLGLILLNEKYFSELR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ATQAGQRLLHFMQQNPDVLQQMMSVLMNTIVFEDCRNQWSVSRPLLGLILLNEKYFSELR
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB7 ASLINSQPLPKQEVLAQCFRNLMEGVEQNLSVKNRDRFTQNLSVFRRDVAEALRSDGNTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ASLINSQPLPKQEVLAQCFRNLMEGVEQNLSVKNRDRFTQNLSVFRRDVAEALRSDGNTE
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB7 PCSLDMMS
::::::::
CCDS34 PCSLDMMS
>>CCDS47818.1 XPO7 gene_id:23039|Hs108|chr8 (1087 aa)
initn: 3513 init1: 3004 opt: 5027 Z-score: 6514.9 bits: 1217.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5027; 66.8% identity (90.1% similar) in 1090 aa overlap (1-1088:1-1087)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MALHFQSLAELEVLCTHLYIGTDLTQRIEAEKALLELIDSPECLSKCQLLLEQGTTSYAQ
:: : ::::.:: :: .:: :: : :..:::::.:. .::.::::::::::.:..::.:
CCDS47 MADHVQSLAQLENLCKQLYETTDTTTRLQAEKALVEFTNSPDCLSKCQLLLERGSSSYSQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB7 LLAATCLSKLVSRVS-PLPVEQRMDIRNYILNYVASQPKLAPFVIQALIQVIAKITKLGW
:::::::.:::::.. :::.:::.:::::.:::.:..:::: :: :::::. :.::::::
CCDS47 LLAATCLTKLVSRTNNPLPLEQRIDIRNYVLNYLATRPKLATFVTQALIQLYARITKLGW
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 FEVQKDQFVFREIIADVKKFLQGTVEHCIIGVIILSELTQEMNLVDYSRPSAKHRKIATS
:. :::..:::. :.:: .::: .::.::::: :::.::.:.: .: ..: .::::::.:
CCDS47 FDCQKDDYVFRNAITDVTRFLQDSVEYCIIGVTILSQLTNEINQADTTHPLTKHRKIASS
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 FRDTSLKDVLVLACSLLKEVFAKPLNLQDQCQQNLVMQVLKLVLNCLNFDFIGSSADESA
:::.:: :...:.:.:::.. .: :::.:. :..:.::.:::. :::::::::.:.:::.
CCDS47 FRDSSLFDIFTLSCNLLKQASGKNLNLNDESQHGLLMQLLKLTHNCLNFDFIGTSTDESS
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 DDLCTVQIPTTWRTIFLEPETLDLFFNLYHSLPPLLSQLALSCLVQFASTRRSLFNSPER
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CCDS47 DDLCTVQIPTSWRSAFLDSSTLQLFFDLYHSIPPSFSPLVLSCLVQIASVRRSLFNNAER
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 AKYLGNLIKGVKRILENPQGLSDPGNYHEFCRFLARLKTNYQLGELVMVKEYPEVIRLIA
::.:..:. ::::::::::.::::.:::::::.:::::.:::::::: :..:::::::::
CCDS47 AKFLSHLVDGVKRILENPQSLSDPNNYHEFCRLLARLKSNYQLGELVKVENYPEVIRLIA
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 NFTITSLQHWEFAPNSVHYLLTLWQRMVASVPFVKSTEPHLLDTYAPEITKAFITSRLDS
:::.:::::::::::::::::.::::..::::.::.::::.:.::.::.:::.:::::.:
CCDS47 NFTVTSLQHWEFAPNSVHYLLSLWQRLAASVPYVKATEPHMLETYTPEVTKAYITSRLES
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 VAIVVRDHLDDPLDDTATVFQQLEQLCTVSRCEYEKTCALLVQLFDQNAQNYQKLLHPYS
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CCDS47 VHIILRDGLEDPLEDTGLVQQQLDQLSTIGRCEYEKTCALLVQLFDQSAQSYQELLQSAS
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB7 GVTVDITIQEGRLAWLVYLVGTVVGGRLTYTSTDEHDAMDGELSCRVFQLISLMDTGLPR
. .::..:::::.::::..:.:.:::....::::.::::::: :::.::..: :. : .
CCDS47 ASPMDIAVQEGRLTWLVYIIGAVIGGRVSFASTDEQDAMDGELVCRVLQLMNLTDSRLAQ
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KB7 CCNEKIELAILWFLDQFRKTYVGDQLQRTSKVYARMSEVLGITDDNHVLETFMTKIVTNL
:::.:::.: :..:::: :.:::.:..::.: :.:::::..:.. :: .:. ::.:::
CCDS47 AGNEKLELAMLSFFEQFRKIYIGDQVQKSSKLYRRLSEVLGLNDETMVLSVFIGKIITNL
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KB7 KYWGRYEPVISRTLQFLNDLSVGYILLKKLVKIDAVKFMLKNHTSEHFPFLGISDNHSLS
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CCDS47 KYWGRCEPITSKTLQLLNDLSIGYSSVRKLVKLSAVQFMLNNHTSEHFSFLGINNQSNLT
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KB7 DFRCRTTFYTALTRLLMVDLGEDEDEFENFMLPLTVAFETVLQIFN-NNFKQEDVKRMLI
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CCDS47 DMRCRTTFYTALGRLLMVDLGEDEDQYEQFMLPLTAAFEAVAQMFSTNSFNEQEAKRTLV
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760 770
pF1KB7 GLARDLRGIAFALNTKTSYTMLFDWMYPTYLPLLQNAVERWYGEPTCTTPILKLMAELMQ
::.:::::::::.:.:::. :::.:.::.:.:.:: :.: :: .:.::::.:::::::..
CCDS47 GLVRDLRGIAFAFNAKTSFMMLFEWIYPSYMPILQRAIELWYHDPACTTPVLKLMAELVH
730 740 750 760 770 780
780 790 800 810 820 830
pF1KB7 NRSQRLNFDVSSPNGILLFREASKMVCTYGNQILSLGSLSKDQIYPMKLKGISICYSALK
::::::.::::::::::::::.:::. :::.::.:: . :::.: .::::::::.: ::
CCDS47 NRSQRLQFDVSSPNGILLFRETSKMITMYGNRILTLGEVPKDQVYALKLKGISICFSMLK
790 800 810 820 830 840
840 850 860 870 880 890
pF1KB7 SALCGNYVSFGVFKLYGDNHFDNVLQAFVKMLLSVSHSDLLQYRKLSQSYYPLLECLTQD
.:: :.::.::::.::::. .::.::.:.:.:::. :::::.: ::::::: ::: ::::
CCDS47 AALSGSYVNFGVFRLYGDDALDNALQTFIKLLLSIPHSDLLDYPKLSQSYYSLLEVLTQD
850 860 870 880 890 900
900 910 920 930 940 950
pF1KB7 HMSFIINLEPPVLMYVLTSISEGLTTLDTVVSSSCCTSLDYIVTYLFKHIAKEGKKPLRC
::.:: .::: :.::.:.:::::::.:::.: ..::. ::.:::::::.... :: :
CCDS47 HMNFIASLEPHVIMYILSSISEGLTALDTMVCTGCCSCLDHIVTYLFKQLSRSTKK--RT
910 920 930 940 950
960 970 980 990 1000 1010
pF1KB7 REATQAGQRLLHFMQQNPDVLQQMMSVLMNTIVFEDCRNQWSVSRPLLGLILLNEKYFSE
.: ..:.::.:::.:...:::.:...: :.:::::::::.::::::::::::::::.
CCDS47 TPLNQESDRFLHIMQQHPEMIQQMLSTVLNIIIFEDCRNQWSMSRPLLGLILLNEKYFSD
960 970 980 990 1000 1010
1020 1030 1040 1050 1060 1070
pF1KB7 LRASLINSQPLPKQEVLAQCFRNLMEGVEQNLSVKNRDRFTQNLSVFRRDVAEALRSDGN
:: :..:::: ::... ::.:::::.:.:: .:::::::::::.:::.: .... ...
CCDS47 LRNSIVNSQPPEKQQAMHLCFENLMEGIERNLLTKNRDRFTQNLSAFRREVNDSMK-NST
1020 1030 1040 1050 1060 1070
1080
pF1KB7 TEPCSLDMMS
: ::::
CCDS47 YGVNSNDMMS
1080
1088 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 09:04:20 2016 done: Sat Nov 5 09:04:21 2016
Total Scan time: 4.070 Total Display time: 0.100
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]