Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7384
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7384, 464 aa
1>>>pF1KB7384 464 - 464 aa - 464 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.2228+/-0.000965; mu= 4.3656+/- 0.058
mean_var=170.5250+/-35.722, 0's: 0 Z-trim(111.4): 36 B-trim: 777 in 1/50
Lambda= 0.098216
statistics sampled from 12306 (12330) to 12306 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.729), E-opt: 0.2 (0.379), width: 16
Scan time: 3.200
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11951.2 MEX3C gene_id:51320|Hs108|chr18 ( 659) 3135 456.5 3.8e-128
CCDS10319.1 MEX3B gene_id:84206|Hs108|chr15 ( 569) 1234 187.1 4.1e-47
CCDS32865.2 MEX3D gene_id:399664|Hs108|chr19 ( 651) 1094 167.3 4.3e-41
CCDS53377.1 MEX3A gene_id:92312|Hs108|chr1 ( 520) 1023 157.2 3.8e-38
>>CCDS11951.2 MEX3C gene_id:51320|Hs108|chr18 (659 aa)
initn: 3135 init1: 3135 opt: 3135 Z-score: 2414.1 bits: 456.5 E(32554): 3.8e-128
Smith-Waterman score: 3135; 100.0% identity (100.0% similar) in 464 aa overlap (1-464:196-659)
10 20 30
pF1KB7 MMAAMLSHAYGPGGCGAAAAALNGEQAALL
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CCDS11 LLPAARFDAREAAAAAAAAGVLYGGDDAQGMMAAMLSHAYGPGGCGAAAAALNGEQAALL
170 180 190 200 210 220
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 RRKSVNTTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPIFVVTGRKED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RRKSVNTTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPIFVVTGRKED
230 240 250 260 270 280
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 VAMAKREILSAAEHFSMIRASRNKNGPALGGLSCSPNLPGQTTVQVRVPYRVVGLVVGPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VAMAKREILSAAEHFSMIRASRNKNGPALGGLSCSPNLPGQTTVQVRVPYRVVGLVVGPK
290 300 310 320 330 340
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 GATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTGMPENVDRAREEIEMHIAMRTGNYIELNEEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTGMPENVDRAREEIEMHIAMRTGNYIELNEEN
350 360 370 380 390 400
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 DFHYNGTDVSFEGGTLGSAWLSSNPVPPSRARMISNYRNDSSSSLGSGSTDSYFGSNRLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DFHYNGTDVSFEGGTLGSAWLSSNPVPPSRARMISNYRNDSSSSLGSGSTDSYFGSNRLA
410 420 430 440 450 460
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 DFSPTSPFSTGNFWFGDTLPSVGSEDLAVDSPAFDSLPTSAQTIWTPFEPVNPLSGFGSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DFSPTSPFSTGNFWFGDTLPSVGSEDLAVDSPAFDSLPTSAQTIWTPFEPVNPLSGFGSD
470 480 490 500 510 520
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 PSGNMKTQRRGSQPSTPRLSPTFPESIEHPLARRVRSDPPSTGNHVGLPIYIPAFSNGTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PSGNMKTQRRGSQPSTPRLSPTFPESIEHPLARRVRSDPPSTGNHVGLPIYIPAFSNGTN
530 540 550 560 570 580
400 410 420 430 440 450
pF1KB7 SYSSSNGGSTSSSPPESRRKHDCVICFENEVIAALVPCGHNLFCMECANKICEKRTPSCP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SYSSSNGGSTSSSPPESRRKHDCVICFENEVIAALVPCGHNLFCMECANKICEKRTPSCP
590 600 610 620 630 640
460
pF1KB7 VCQTAVTQAIQIHS
::::::::::::::
CCDS11 VCQTAVTQAIQIHS
650
>>CCDS10319.1 MEX3B gene_id:84206|Hs108|chr15 (569 aa)
initn: 1707 init1: 1106 opt: 1234 Z-score: 959.3 bits: 187.1 E(32554): 4.1e-47
Smith-Waterman score: 1439; 57.3% identity (69.7% similar) in 466 aa overlap (31-420:60-525)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MMAAMLSHAYGPGGCGAAAAALNGEQAALLRRKSVNTTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKI
:.:::: :::::::::::::::::::::::
CCDS10 DQRALQLALDQLSLLGLDSDEGASLYDSEPRKKSVNMTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKI
30 40 50 60 70 80
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 KALRAKTNTYIKTPVRGEEPIFVVTGRKEDVAMAKREILSAAEHFSMIRASRNKNGPALG
::::::::::::::::::::.:::::::::::::.:::.:::::::::::::::: :
CCDS10 KALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFVVTGRKEDVAMARREIISAAEHFSMIRASRNKNTALNG
90 100 110 120 130 140
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 GLSCSPNLPGQTTVQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTG
.. ::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 AVPGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTG
150 160 170 180 190 200
190 200 210 220 230
pF1KB7 MPENVDRAREEIEMHIAMRTGNYIELNEENDFHYNGTDVSFE-----GGTL-GSAWLSSN
::::::::::::: :::.:::. :::..::::: :::::.:. ::. :: : . .
CCDS10 MPENVDRAREEIEAHIALRTGGIIELTDENDFHANGTDVGFDLHHGSGGSGPGSLWSKPT
210 220 230 240 250 260
240 250 260 270
pF1KB7 P-VPPSRARM-ISNYRNDSSSSLGSGSTDSYFG---------SNRLADFSPTSP---FS-
: . :. .: .:.:::::::::::.::::::: ..::::.:: :: :.
CCDS10 PSITPTPGRKPFSSYRNDSSSSLGSASTDSYFGGGTSSSAAATQRLADYSPPSPALSFAH
270 280 290 300 310 320
280 290 300 310 320
pF1KB7 --------TGNFWFGDTLPSVGSEDLAVD-SPAFDSLPT---SAQTIWTPFE------PV
.: . . :: : : . .:.:: :. .: ::. :: :.
CCDS10 NGNNNNNGNGYTYTAGGEASVPSPDGCPELQPTFDPAPAPPPGAPLIWAQFERSPGGGPA
330 340 350 360 370 380
330 340 350
pF1KB7 NPLS--------------------GFGSDPS----GNMKTQRRGSQPSTPRLSPTF---P
:.: : .: :: : . .: : ::::: . :
CCDS10 APVSSSCSSSASSSASSSSVVFPGGGASAPSNANLGLLVHRRLHPGTSCPRLSPPLHMAP
390 400 410 420 430 440
360 370 380 390 400
pF1KB7 ESIEHPLARRVRSDPPSTG-------NHVG--LPIYIPAFSNGTNSYSSSNGGSTSSSPP
. :: ::::::::: . : : .: :: :. ..:..: :::...:.:::
CCDS10 GAGEHHLARRVRSDPGGGGLAYAAYANGLGAQLPGLQPSDTSGSSSSSSSSSSSSSSSSG
450 460 470 480 490 500
410 420 430 440 450 460
pF1KB7 ESRR-KHDCVICFENEVIAALVPCGHNLFCMECANKICEKRTPSCPVCQTAVTQAIQIHS
:. ..:: .:::.:
CCDS10 LRRKGSRDCSVCFESEVIAALVPCGHNLFCMECANRICEKSEPECPVCHTAVTQAIRIFS
510 520 530 540 550 560
>>CCDS32865.2 MEX3D gene_id:399664|Hs108|chr19 (651 aa)
initn: 1561 init1: 1023 opt: 1094 Z-score: 851.2 bits: 167.3 E(32554): 4.3e-41
Smith-Waterman score: 1435; 51.8% identity (68.5% similar) in 496 aa overlap (10-450:150-637)
10 20 30
pF1KB7 MMAAMLSHAYGPGGCGAAAAALNGEQAALL--RRKSVNT
..: . . .: ..: ... :.::::
CCDS32 APGSLPLLDPNASPPPPPPPRPSPPDVFAGFAPHPAALGPPTLLADQMSVIGSRKKSVNM
120 130 140 150 160 170
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 TECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPIFVVTGRKEDVAMAKRE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.:::::::: :::::
CCDS32 TECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFIVTGRKEDVEMAKRE
180 190 200 210 220 230
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 ILSAAEHFSMIRASRNKNGPALGGLSCSPNLPGQTTVQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRI
:::::::::.:::.:.: : :. . ::::::::.:::::::::::::::::::::::
CCDS32 ILSAAEHFSIIRATRSKAGGLPGAAQGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRI
240 250 260 270 280 290
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 QQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTGMPENVDRAREEIEMHIAMRTGNYIELNEENDFHYNGT
::.::::::::.::::::: :::::::::::::::: ::..::: . . . ..::: :::
CCDS32 QQRTHTYIVTPGRDKEPVFAVTGMPENVDRAREEIEAHITLRTGAFTDAGPDSDFHANGT
300 310 320 330 340 350
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 DVSFEG-GTLGSAWLSSNPVPPSRA-RMISNYRNDSSSSLGSGSTDSYF-----GSNRLA
:: .. :. .: : ...: : .. :.:.. ::. :. : :. .
CCDS32 DVCLDLLGAAASLW-AKTPNQGRRPPTATAGLRGDTA--LGAPSAPEAFYAGSRGGPSVP
360 370 380 390 400 410
280 290 300 310
pF1KB7 DFSPTSPFS---TGNFWFGDTLPS--VGSE-----DLAVDSP--AFDSLPTSAQTIWTPF
: .:.::.: .:.: :: :. ::. :.. : :.: .: :::.::
CCDS32 DPGPASPYSGSGNGGFAFGAEGPGAPVGTAAPDDCDFGFDFDFLALDLTVPAAATIWAPF
420 430 440 450 460 470
320 330 340 350 360
pF1KB7 EPVNPLSGFGS------DPSGNMKTQRRGSQPSTPRLSPTFPES----IEHPLARRVRSD
: . :: .:.. :. ::.: .::: :::.:: .: ::.:: :
CCDS32 ERAAPLPAFSGCSTVNGAPGPPAAGARRSSGAGTPRHSPTLPEPGGLRLELPLSRRGAPD
480 490 500 510 520 530
370 380 390 400
pF1KB7 P-------PSTGNHVGLPIYIP---AFSNGTNSYSS---------SNGGSTSSSPPESRR
: : : :. .: :::..:. :: ..:.: .: : :
CCDS32 PVGALSWRPPQG-----PVSFPGGAAFSTATSLPSSPAAAACAPLDSGASENSRKPPSAS
540 550 560 570 580 590
410 420 430 440 450 460
pF1KB7 K-----HDCVICFENEVIAALVPCGHNLFCMECANKICEKRTPSCPVCQTAVTQAIQIHS
. ..::.: :.::.:::::::::::::.:: .:: : : ::
CCDS32 SAPALARECVVCAEGEVMAALVPCGHNLFCMDCAVRICGKSEPECPACRTPATQAIHIFS
600 610 620 630 640 650
>>CCDS53377.1 MEX3A gene_id:92312|Hs108|chr1 (520 aa)
initn: 1249 init1: 507 opt: 1023 Z-score: 798.2 bits: 157.2 E(32554): 3.8e-38
Smith-Waterman score: 1329; 51.2% identity (72.3% similar) in 455 aa overlap (16-464:109-520)
10 20 30 40
pF1KB7 MMAAMLSHAYGPGGCGAAAAALNG--EQAALLRRKSVNTTECVPV
::. : : . ..: : . : ::::::::
CCDS53 PAPPPPPAAPPAAPTAAPAAQTPQPPTAPKGASDAKLCALYKEAELRLKGSSNTTECVPV
80 90 100 110 120 130
50 60 70 80 90 100
pF1KB7 PSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPIFVVTGRKEDVAMAKREILSAAE
:.:::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.::::.:::: :.:::.::::
CCDS53 PTSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFMVTGRREDVATARREIISAAE
140 150 160 170 180 190
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 HFSMIRASRNKNGPALGGLSCSPNLPGQTTVQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTHT
:::::::::::.: :.: .: ::::.:..::::::::::::::::::::::::::.:
CCDS53 HFSMIRASRNKSGAAFG---VAPALPGQVTIRVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTNT
200 210 220 230 240 250
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 YIVTPSRDKEPVFEVTGMPENVDRAREEIEMHIAMRTGNYIELNEENDFHYNGTDVSFEG
::.:::::..::::.:: : ::.::::::: :::.:::. .: :.:::: .. :.....
CCDS53 YIITPSRDRDPVFEITGAPGNVERAREEIETHIAVRTGKILEYNNENDFLAGSPDAAIDS
260 270 280 290 300 310
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 GTLGSAWLSSNPVPPSRARMISNYRNDSSSSLGSGSTDSYFGSNRLADFSPTSPFSTGNF
..:: .: . .:..:..: . .: ..:: : . ::.. . :.:
CCDS53 -RYSDAWRVHQP----GCKPLSTFRQNSLGCIGECGVDSGFEAPRLGE-------QGGDF
320 330 340 350 360
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 WFGDTL-PS--VGSEDLAVDSPAFDSLPTSAQTIWTPFEPVNPLSGFGSDPSGNMKTQRR
.: : :. ::..:. . .. .. .:. : ..: : . :. :..
CCDS53 GYGGYLFPGYGVGKQDV------YYGVAETSPPLWAGQENATPTSVLFSSASSS------
370 380 390 400 410
350 360 370 380 390
pF1KB7 GSQPSTPRLSPTFPESIEHPLARRVRSDPPSTGNHV-GLPIYIPAFSNGTNSYSSSNGGS
.:. . : .: : :. :: :.: .. ::: :. . ...:. .::.
CCDS53 SSSSAKARAGP--------PGAH--RSPATSAGPELAGLPRRPPG--EPLQGFSKLGGGG
420 430 440 450
400 410 420 430 440 450
pF1KB7 TSSSPPESRRKHDCVICFENEVIAALVPCGHNLFCMECANKICEKRTPSCPVCQTAVTQA
: : .: ::..:::.:: :::::::::::::::: .:::. : ::::. ..:::
CCDS53 LRS-PGGGR---DCMVCFESEVTAALVPCGHNLFCMECAVRICERTDPECPVCHITATQA
460 470 480 490 500 510
460
pF1KB7 IQIHS
:.: :
CCDS53 IRIFS
520
464 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 07:05:11 2016 done: Fri Nov 4 07:05:12 2016
Total Scan time: 3.200 Total Display time: 0.020
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]