Result of FASTA (omim) for
pF1KB7384
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7384, 464 aa
1>>>pF1KB7384 464 - 464 aa - 464 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5049+/-0.000397; mu= 3.3366+/- 0.025
mean_var=211.5116+/-44.359, 0's: 0 Z-trim(118.8): 30 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.088188
statistics sampled from 32073 (32103) to 32073 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.727), E-opt: 0.2 (0.376), width: 16
Scan time: 10.550
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_057710 (OMIM: 611005) RNA-binding E3 ubiquitin- ( 659) 3135 411.9 2.7e-114
NP_115622 (OMIM: 611008) RNA-binding protein MEX3B ( 569) 1234 170.0 1.5e-41
XP_016855266 (OMIM: 611009) PREDICTED: RNA-binding ( 598) 1094 152.2 3.7e-36
NP_976049 (OMIM: 611009) RNA-binding protein MEX3D ( 651) 1094 152.2 3.9e-36
NP_001167589 (OMIM: 611009) RNA-binding protein ME ( 666) 1094 152.2 4e-36
NP_001087194 (OMIM: 611007) RNA-binding protein ME ( 520) 1023 143.1 1.7e-33
XP_016882300 (OMIM: 611009) PREDICTED: RNA-binding ( 417) 706 102.7 2e-21
>>NP_057710 (OMIM: 611005) RNA-binding E3 ubiquitin-prot (659 aa)
initn: 3135 init1: 3135 opt: 3135 Z-score: 2173.0 bits: 411.9 E(85289): 2.7e-114
Smith-Waterman score: 3135; 100.0% identity (100.0% similar) in 464 aa overlap (1-464:196-659)
10 20 30
pF1KB7 MMAAMLSHAYGPGGCGAAAAALNGEQAALL
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 LLPAARFDAREAAAAAAAAGVLYGGDDAQGMMAAMLSHAYGPGGCGAAAAALNGEQAALL
170 180 190 200 210 220
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 RRKSVNTTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPIFVVTGRKED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 RRKSVNTTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPIFVVTGRKED
230 240 250 260 270 280
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 VAMAKREILSAAEHFSMIRASRNKNGPALGGLSCSPNLPGQTTVQVRVPYRVVGLVVGPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 VAMAKREILSAAEHFSMIRASRNKNGPALGGLSCSPNLPGQTTVQVRVPYRVVGLVVGPK
290 300 310 320 330 340
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 GATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTGMPENVDRAREEIEMHIAMRTGNYIELNEEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 GATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTGMPENVDRAREEIEMHIAMRTGNYIELNEEN
350 360 370 380 390 400
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 DFHYNGTDVSFEGGTLGSAWLSSNPVPPSRARMISNYRNDSSSSLGSGSTDSYFGSNRLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 DFHYNGTDVSFEGGTLGSAWLSSNPVPPSRARMISNYRNDSSSSLGSGSTDSYFGSNRLA
410 420 430 440 450 460
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 DFSPTSPFSTGNFWFGDTLPSVGSEDLAVDSPAFDSLPTSAQTIWTPFEPVNPLSGFGSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 DFSPTSPFSTGNFWFGDTLPSVGSEDLAVDSPAFDSLPTSAQTIWTPFEPVNPLSGFGSD
470 480 490 500 510 520
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 PSGNMKTQRRGSQPSTPRLSPTFPESIEHPLARRVRSDPPSTGNHVGLPIYIPAFSNGTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 PSGNMKTQRRGSQPSTPRLSPTFPESIEHPLARRVRSDPPSTGNHVGLPIYIPAFSNGTN
530 540 550 560 570 580
400 410 420 430 440 450
pF1KB7 SYSSSNGGSTSSSPPESRRKHDCVICFENEVIAALVPCGHNLFCMECANKICEKRTPSCP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 SYSSSNGGSTSSSPPESRRKHDCVICFENEVIAALVPCGHNLFCMECANKICEKRTPSCP
590 600 610 620 630 640
460
pF1KB7 VCQTAVTQAIQIHS
::::::::::::::
NP_057 VCQTAVTQAIQIHS
650
>>NP_115622 (OMIM: 611008) RNA-binding protein MEX3B [Ho (569 aa)
initn: 1707 init1: 1106 opt: 1234 Z-score: 866.7 bits: 170.0 E(85289): 1.5e-41
Smith-Waterman score: 1439; 57.3% identity (69.7% similar) in 466 aa overlap (31-420:60-525)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MMAAMLSHAYGPGGCGAAAAALNGEQAALLRRKSVNTTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKI
:.:::: :::::::::::::::::::::::
NP_115 DQRALQLALDQLSLLGLDSDEGASLYDSEPRKKSVNMTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKI
30 40 50 60 70 80
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 KALRAKTNTYIKTPVRGEEPIFVVTGRKEDVAMAKREILSAAEHFSMIRASRNKNGPALG
::::::::::::::::::::.:::::::::::::.:::.:::::::::::::::: :
NP_115 KALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFVVTGRKEDVAMARREIISAAEHFSMIRASRNKNTALNG
90 100 110 120 130 140
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 GLSCSPNLPGQTTVQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTG
.. ::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 AVPGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTG
150 160 170 180 190 200
190 200 210 220 230
pF1KB7 MPENVDRAREEIEMHIAMRTGNYIELNEENDFHYNGTDVSFE-----GGTL-GSAWLSSN
::::::::::::: :::.:::. :::..::::: :::::.:. ::. :: : . .
NP_115 MPENVDRAREEIEAHIALRTGGIIELTDENDFHANGTDVGFDLHHGSGGSGPGSLWSKPT
210 220 230 240 250 260
240 250 260 270
pF1KB7 P-VPPSRARM-ISNYRNDSSSSLGSGSTDSYFG---------SNRLADFSPTSP---FS-
: . :. .: .:.:::::::::::.::::::: ..::::.:: :: :.
NP_115 PSITPTPGRKPFSSYRNDSSSSLGSASTDSYFGGGTSSSAAATQRLADYSPPSPALSFAH
270 280 290 300 310 320
280 290 300 310 320
pF1KB7 --------TGNFWFGDTLPSVGSEDLAVD-SPAFDSLPT---SAQTIWTPFE------PV
.: . . :: : : . .:.:: :. .: ::. :: :.
NP_115 NGNNNNNGNGYTYTAGGEASVPSPDGCPELQPTFDPAPAPPPGAPLIWAQFERSPGGGPA
330 340 350 360 370 380
330 340 350
pF1KB7 NPLS--------------------GFGSDPS----GNMKTQRRGSQPSTPRLSPTF---P
:.: : .: :: : . .: : ::::: . :
NP_115 APVSSSCSSSASSSASSSSVVFPGGGASAPSNANLGLLVHRRLHPGTSCPRLSPPLHMAP
390 400 410 420 430 440
360 370 380 390 400
pF1KB7 ESIEHPLARRVRSDPPSTG-------NHVG--LPIYIPAFSNGTNSYSSSNGGSTSSSPP
. :: ::::::::: . : : .: :: :. ..:..: :::...:.:::
NP_115 GAGEHHLARRVRSDPGGGGLAYAAYANGLGAQLPGLQPSDTSGSSSSSSSSSSSSSSSSG
450 460 470 480 490 500
410 420 430 440 450 460
pF1KB7 ESRR-KHDCVICFENEVIAALVPCGHNLFCMECANKICEKRTPSCPVCQTAVTQAIQIHS
:. ..:: .:::.:
NP_115 LRRKGSRDCSVCFESEVIAALVPCGHNLFCMECANRICEKSEPECPVCHTAVTQAIRIFS
510 520 530 540 550 560
>--
initn: 297 init1: 271 opt: 271 Z-score: 204.6 bits: 47.4 E(85289): 0.00012
Smith-Waterman score: 271; 84.1% identity (90.9% similar) in 44 aa overlap (421-464:526-569)
400 410 420 430 440 450
pF1KB7 SYSSSNGGSTSSSPPESRRKHDCVICFENEVIAALVPCGHNLFCMECANKICEKRTPSCP
:::::::::::::::::::.:::: : ::
NP_115 SSSSSSSSSSSSSGLRRKGSRDCSVCFESEVIAALVPCGHNLFCMECANRICEKSEPECP
500 510 520 530 540 550
460
pF1KB7 VCQTAVTQAIQIHS
::.:::::::.: :
NP_115 VCHTAVTQAIRIFS
560
>>XP_016855266 (OMIM: 611009) PREDICTED: RNA-binding pro (598 aa)
initn: 1561 init1: 1023 opt: 1094 Z-score: 770.2 bits: 152.2 E(85289): 3.7e-36
Smith-Waterman score: 1435; 51.8% identity (68.5% similar) in 496 aa overlap (10-450:97-584)
10 20 30
pF1KB7 MMAAMLSHAYGPGGCGAAAAALNGEQAALL--RRKSVNT
..: . . .: ..: ... :.::::
XP_016 APGSLPLLDPNASPPPPPPPRPSPPDVFAGFAPHPAALGPPTLLADQMSVIGSRKKSVNM
70 80 90 100 110 120
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 TECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPIFVVTGRKEDVAMAKRE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.:::::::: :::::
XP_016 TECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFIVTGRKEDVEMAKRE
130 140 150 160 170 180
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 ILSAAEHFSMIRASRNKNGPALGGLSCSPNLPGQTTVQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRI
:::::::::.:::.:.: : :. . ::::::::.:::::::::::::::::::::::
XP_016 ILSAAEHFSIIRATRSKAGGLPGAAQGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRI
190 200 210 220 230 240
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 QQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTGMPENVDRAREEIEMHIAMRTGNYIELNEENDFHYNGT
::.::::::::.::::::: :::::::::::::::: ::..::: . . . ..::: :::
XP_016 QQRTHTYIVTPGRDKEPVFAVTGMPENVDRAREEIEAHITLRTGAFTDAGPDSDFHANGT
250 260 270 280 290 300
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 DVSFEG-GTLGSAWLSSNPVPPSRA-RMISNYRNDSSSSLGSGSTDSYF-----GSNRLA
:: .. :. .: : ...: : .. :.:.. ::. :. : :. .
XP_016 DVCLDLLGAAASLW-AKTPNQGRRPPTATAGLRGDTA--LGAPSAPEAFYAGSRGGPSVP
310 320 330 340 350 360
280 290 300 310
pF1KB7 DFSPTSPFS---TGNFWFGDTLPS--VGSE-----DLAVDSP--AFDSLPTSAQTIWTPF
: .:.::.: .:.: :: :. ::. :.. : :.: .: :::.::
XP_016 DPGPASPYSGSGNGGFAFGAEGPGAPVGTAAPDDCDFGFDFDFLALDLTVPAAATIWAPF
370 380 390 400 410 420
320 330 340 350 360
pF1KB7 EPVNPLSGFGS------DPSGNMKTQRRGSQPSTPRLSPTFPES----IEHPLARRVRSD
: . :: .:.. :. ::.: .::: :::.:: .: ::.:: :
XP_016 ERAAPLPAFSGCSTVNGAPGPPAAGARRSSGAGTPRHSPTLPEPGGLRLELPLSRRGAPD
430 440 450 460 470 480
370 380 390 400
pF1KB7 P-------PSTGNHVGLPIYIP---AFSNGTNSYSS---------SNGGSTSSSPPESRR
: : : :. .: :::..:. :: ..:.: .: : :
XP_016 PVGALSWRPPQG-----PVSFPGGAAFSTATSLPSSPAAAACAPLDSGASENSRKPPSAS
490 500 510 520 530
410 420 430 440 450 460
pF1KB7 K-----HDCVICFENEVIAALVPCGHNLFCMECANKICEKRTPSCPVCQTAVTQAIQIHS
. ..::.: :.::.:::::::::::::.:: .:: : : ::
XP_016 SAPALARECVVCAEGEVMAALVPCGHNLFCMDCAVRICGKSEPECPACRTPATQAIHIFS
540 550 560 570 580 590
>>NP_976049 (OMIM: 611009) RNA-binding protein MEX3D iso (651 aa)
initn: 1561 init1: 1023 opt: 1094 Z-score: 769.7 bits: 152.2 E(85289): 3.9e-36
Smith-Waterman score: 1435; 51.8% identity (68.5% similar) in 496 aa overlap (10-450:150-637)
10 20 30
pF1KB7 MMAAMLSHAYGPGGCGAAAAALNGEQAALL--RRKSVNT
..: . . .: ..: ... :.::::
NP_976 APGSLPLLDPNASPPPPPPPRPSPPDVFAGFAPHPAALGPPTLLADQMSVIGSRKKSVNM
120 130 140 150 160 170
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 TECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPIFVVTGRKEDVAMAKRE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.:::::::: :::::
NP_976 TECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFIVTGRKEDVEMAKRE
180 190 200 210 220 230
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 ILSAAEHFSMIRASRNKNGPALGGLSCSPNLPGQTTVQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRI
:::::::::.:::.:.: : :. . ::::::::.:::::::::::::::::::::::
NP_976 ILSAAEHFSIIRATRSKAGGLPGAAQGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRI
240 250 260 270 280 290
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 QQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTGMPENVDRAREEIEMHIAMRTGNYIELNEENDFHYNGT
::.::::::::.::::::: :::::::::::::::: ::..::: . . . ..::: :::
NP_976 QQRTHTYIVTPGRDKEPVFAVTGMPENVDRAREEIEAHITLRTGAFTDAGPDSDFHANGT
300 310 320 330 340 350
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 DVSFEG-GTLGSAWLSSNPVPPSRA-RMISNYRNDSSSSLGSGSTDSYF-----GSNRLA
:: .. :. .: : ...: : .. :.:.. ::. :. : :. .
NP_976 DVCLDLLGAAASLW-AKTPNQGRRPPTATAGLRGDTA--LGAPSAPEAFYAGSRGGPSVP
360 370 380 390 400 410
280 290 300 310
pF1KB7 DFSPTSPFS---TGNFWFGDTLPS--VGSE-----DLAVDSP--AFDSLPTSAQTIWTPF
: .:.::.: .:.: :: :. ::. :.. : :.: .: :::.::
NP_976 DPGPASPYSGSGNGGFAFGAEGPGAPVGTAAPDDCDFGFDFDFLALDLTVPAAATIWAPF
420 430 440 450 460 470
320 330 340 350 360
pF1KB7 EPVNPLSGFGS------DPSGNMKTQRRGSQPSTPRLSPTFPES----IEHPLARRVRSD
: . :: .:.. :. ::.: .::: :::.:: .: ::.:: :
NP_976 ERAAPLPAFSGCSTVNGAPGPPAAGARRSSGAGTPRHSPTLPEPGGLRLELPLSRRGAPD
480 490 500 510 520 530
370 380 390 400
pF1KB7 P-------PSTGNHVGLPIYIP---AFSNGTNSYSS---------SNGGSTSSSPPESRR
: : : :. .: :::..:. :: ..:.: .: : :
NP_976 PVGALSWRPPQG-----PVSFPGGAAFSTATSLPSSPAAAACAPLDSGASENSRKPPSAS
540 550 560 570 580 590
410 420 430 440 450 460
pF1KB7 K-----HDCVICFENEVIAALVPCGHNLFCMECANKICEKRTPSCPVCQTAVTQAIQIHS
. ..::.: :.::.:::::::::::::.:: .:: : : ::
NP_976 SAPALARECVVCAEGEVMAALVPCGHNLFCMDCAVRICGKSEPECPACRTPATQAIHIFS
600 610 620 630 640 650
>>NP_001167589 (OMIM: 611009) RNA-binding protein MEX3D (666 aa)
initn: 1558 init1: 1023 opt: 1094 Z-score: 769.5 bits: 152.2 E(85289): 4e-36
Smith-Waterman score: 1435; 51.8% identity (68.5% similar) in 496 aa overlap (10-450:150-637)
10 20 30
pF1KB7 MMAAMLSHAYGPGGCGAAAAALNGEQAALL--RRKSVNT
..: . . .: ..: ... :.::::
NP_001 APGSLPLLDPNASPPPPPPPRPSPPDVFAGFAPHPAALGPPTLLADQMSVIGSRKKSVNM
120 130 140 150 160 170
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 TECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPIFVVTGRKEDVAMAKRE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.:::::::: :::::
NP_001 TECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFIVTGRKEDVEMAKRE
180 190 200 210 220 230
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 ILSAAEHFSMIRASRNKNGPALGGLSCSPNLPGQTTVQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRI
:::::::::.:::.:.: : :. . ::::::::.:::::::::::::::::::::::
NP_001 ILSAAEHFSIIRATRSKAGGLPGAAQGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRI
240 250 260 270 280 290
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 QQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTGMPENVDRAREEIEMHIAMRTGNYIELNEENDFHYNGT
::.::::::::.::::::: :::::::::::::::: ::..::: . . . ..::: :::
NP_001 QQRTHTYIVTPGRDKEPVFAVTGMPENVDRAREEIEAHITLRTGAFTDAGPDSDFHANGT
300 310 320 330 340 350
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 DVSFEG-GTLGSAWLSSNPVPPSRA-RMISNYRNDSSSSLGSGSTDSYF-----GSNRLA
:: .. :. .: : ...: : .. :.:.. ::. :. : :. .
NP_001 DVCLDLLGAAASLW-AKTPNQGRRPPTATAGLRGDTA--LGAPSAPEAFYAGSRGGPSVP
360 370 380 390 400 410
280 290 300 310
pF1KB7 DFSPTSPFS---TGNFWFGDTLPS--VGSE-----DLAVDSP--AFDSLPTSAQTIWTPF
: .:.::.: .:.: :: :. ::. :.. : :.: .: :::.::
NP_001 DPGPASPYSGSGNGGFAFGAEGPGAPVGTAAPDDCDFGFDFDFLALDLTVPAAATIWAPF
420 430 440 450 460 470
320 330 340 350 360
pF1KB7 EPVNPLSGFGS------DPSGNMKTQRRGSQPSTPRLSPTFPES----IEHPLARRVRSD
: . :: .:.. :. ::.: .::: :::.:: .: ::.:: :
NP_001 ERAAPLPAFSGCSTVNGAPGPPAAGARRSSGAGTPRHSPTLPEPGGLRLELPLSRRGAPD
480 490 500 510 520 530
370 380 390 400
pF1KB7 P-------PSTGNHVGLPIYIP---AFSNGTNSYSS---------SNGGSTSSSPPESRR
: : : :. .: :::..:. :: ..:.: .: : :
NP_001 PVGALSWRPPQG-----PVSFPGGAAFSTATSLPSSPAAAACAPLDSGASENSRKPPSAS
540 550 560 570 580 590
410 420 430 440 450 460
pF1KB7 K-----HDCVICFENEVIAALVPCGHNLFCMECANKICEKRTPSCPVCQTAVTQAIQIHS
. ..::.: :.::.:::::::::::::.:: .:: : : ::
NP_001 SAPALARECVVCAEGEVMAALVPCGHNLFCMDCAVRICGKSEPECPACRTPATQAIRVET
600 610 620 630 640 650
NP_001 ETPQPGGASALQRQY
660
>>NP_001087194 (OMIM: 611007) RNA-binding protein MEX3A (520 aa)
initn: 1249 init1: 507 opt: 1023 Z-score: 722.2 bits: 143.1 E(85289): 1.7e-33
Smith-Waterman score: 1329; 51.2% identity (72.3% similar) in 455 aa overlap (16-464:109-520)
10 20 30 40
pF1KB7 MMAAMLSHAYGPGGCGAAAAALNG--EQAALLRRKSVNTTECVPV
::. : : . ..: : . : ::::::::
NP_001 PAPPPPPAAPPAAPTAAPAAQTPQPPTAPKGASDAKLCALYKEAELRLKGSSNTTECVPV
80 90 100 110 120 130
50 60 70 80 90 100
pF1KB7 PSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPIFVVTGRKEDVAMAKREILSAAE
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