Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7389
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7389, 205 aa
1>>>pF1KB7389 205 - 205 aa - 205 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9819+/-0.000765; mu= 14.3253+/- 0.046
mean_var=54.8877+/-11.034, 0's: 0 Z-trim(106.8): 15 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.173116
statistics sampled from 9211 (9219) to 9211 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.682), E-opt: 0.2 (0.283), width: 16
Scan time: 2.010
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS64730.1 STAG3 gene_id:10734|Hs108|chr7 (1167) 634 166.5 5.9e-41
CCDS34703.1 STAG3 gene_id:10734|Hs108|chr7 (1225) 634 166.5 6.1e-41
CCDS75642.1 STAG3 gene_id:10734|Hs108|chr7 (1226) 634 166.5 6.1e-41
CCDS3090.1 STAG1 gene_id:10274|Hs108|chr3 (1258) 476 127.1 4.8e-29
CCDS14607.1 STAG2 gene_id:10735|Hs108|chrX (1231) 473 126.3 7.8e-29
CCDS43990.1 STAG2 gene_id:10735|Hs108|chrX (1268) 473 126.3 8e-29
>>CCDS64730.1 STAG3 gene_id:10734|Hs108|chr7 (1167 aa)
initn: 1103 init1: 633 opt: 634 Z-score: 848.8 bits: 166.5 E(32554): 5.9e-41
Smith-Waterman score: 1030; 73.0% identity (80.1% similar) in 226 aa overlap (1-190:242-467)
10 20 30
pF1KB7 MIFSMLRKLPKVTCRDVLPEIRAICIEEIG
:. ...: . ::::::::::::::::
CCDS64 KGPGQRAPERLESLLEKRKELQEHQEEIEGMMNALFRGVFVHRYRDVLPEIRAICIEEIG
220 230 240 250 260 270
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 CWMQSYSTSFLTDSYLKYIGWTLHDKHREVRVKCVKALKGLYGNRDLTARLELFTGRFKD
:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::.::::::.::::
CCDS64 CWMQSYSTSFLTDSYLKYIGWTLHDKHREVRLKCVKALKGLYGNRDLTTRLELFTSRFKD
280 290 300 310 320 330
100 110
pF1KB7 WMVSMIVDREYSVAVEAVRLLILILK----------------------------------
::::..::::.::::::::::::::
CCDS64 RMVSMVMDREYDVAVEAVRLLILILKNMEGVLTDADCESVYPVVYASHRGLASAAGEFLY
340 350 360 370 380 390
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 --LFYPECEIRTMGGREQRQSPGAQRTFFQLLLSFFVESKLHDHAAYLVDNLWDCAGTQL
::::::::: :::::::::::::::::::::::::::.::::::::::.::::::..:
CCDS64 WKLFYPECEIRMMGGREQRQSPGAQRTFFQLLLSFFVESELHDHAAYLVDSLWDCAGARL
400 410 420 430 440 450
180 190 200
pF1KB7 KDWEGLTSLLLEKDQSTCHMEPGPGTFHLLG
:::::::::::::::.
CCDS64 KDWEGLTSLLLEKDQNLGDVQESTLIEILVSSARQASEGHPPVGRVTGRKGLTSKERKTQ
460 470 480 490 500 510
>>CCDS34703.1 STAG3 gene_id:10734|Hs108|chr7 (1225 aa)
initn: 1103 init1: 633 opt: 634 Z-score: 848.4 bits: 166.5 E(32554): 6.1e-41
Smith-Waterman score: 1030; 73.0% identity (80.1% similar) in 226 aa overlap (1-190:300-525)
10 20 30
pF1KB7 MIFSMLRKLPKVTCRDVLPEIRAICIEEIG
:. ...: . ::::::::::::::::
CCDS34 KGPGQRAPERLESLLEKRKELQEHQEEIEGMMNALFRGVFVHRYRDVLPEIRAICIEEIG
270 280 290 300 310 320
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 CWMQSYSTSFLTDSYLKYIGWTLHDKHREVRVKCVKALKGLYGNRDLTARLELFTGRFKD
:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::.::::::.::::
CCDS34 CWMQSYSTSFLTDSYLKYIGWTLHDKHREVRLKCVKALKGLYGNRDLTTRLELFTSRFKD
330 340 350 360 370 380
100 110
pF1KB7 WMVSMIVDREYSVAVEAVRLLILILK----------------------------------
::::..::::.::::::::::::::
CCDS34 RMVSMVMDREYDVAVEAVRLLILILKNMEGVLTDADCESVYPVVYASHRGLASAAGEFLY
390 400 410 420 430 440
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 --LFYPECEIRTMGGREQRQSPGAQRTFFQLLLSFFVESKLHDHAAYLVDNLWDCAGTQL
::::::::: :::::::::::::::::::::::::::.::::::::::.::::::..:
CCDS34 WKLFYPECEIRMMGGREQRQSPGAQRTFFQLLLSFFVESELHDHAAYLVDSLWDCAGARL
450 460 470 480 490 500
180 190 200
pF1KB7 KDWEGLTSLLLEKDQSTCHMEPGPGTFHLLG
:::::::::::::::.
CCDS34 KDWEGLTSLLLEKDQNLGDVQESTLIEILVSSARQASEGHPPVGRVTGRKGLTSKERKTQ
510 520 530 540 550 560
>>CCDS75642.1 STAG3 gene_id:10734|Hs108|chr7 (1226 aa)
initn: 1103 init1: 633 opt: 634 Z-score: 848.4 bits: 166.5 E(32554): 6.1e-41
Smith-Waterman score: 1030; 73.0% identity (80.1% similar) in 226 aa overlap (1-190:300-525)
10 20 30
pF1KB7 MIFSMLRKLPKVTCRDVLPEIRAICIEEIG
:. ...: . ::::::::::::::::
CCDS75 KGPGQRAPERLESLLEKRKELQEHQEEIEGMMNALFRGVFVHRYRDVLPEIRAICIEEIG
270 280 290 300 310 320
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 CWMQSYSTSFLTDSYLKYIGWTLHDKHREVRVKCVKALKGLYGNRDLTARLELFTGRFKD
:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::.::::::.::::
CCDS75 CWMQSYSTSFLTDSYLKYIGWTLHDKHREVRLKCVKALKGLYGNRDLTTRLELFTSRFKD
330 340 350 360 370 380
100 110
pF1KB7 WMVSMIVDREYSVAVEAVRLLILILK----------------------------------
::::..::::.::::::::::::::
CCDS75 RMVSMVMDREYDVAVEAVRLLILILKNMEGVLTDADCESVYPVVYASHRGLASAAGEFLY
390 400 410 420 430 440
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 --LFYPECEIRTMGGREQRQSPGAQRTFFQLLLSFFVESKLHDHAAYLVDNLWDCAGTQL
::::::::: :::::::::::::::::::::::::::.::::::::::.::::::..:
CCDS75 WKLFYPECEIRMMGGREQRQSPGAQRTFFQLLLSFFVESELHDHAAYLVDSLWDCAGARL
450 460 470 480 490 500
180 190 200
pF1KB7 KDWEGLTSLLLEKDQSTCHMEPGPGTFHLLG
:::::::::::::::.
CCDS75 KDWEGLTSLLLEKDQNLGDVQESTLIEILVSSARQASEGHPPVGRVTGRKGLTSKERKTQ
510 520 530 540 550 560
>>CCDS3090.1 STAG1 gene_id:10274|Hs108|chr3 (1258 aa)
initn: 645 init1: 475 opt: 476 Z-score: 635.0 bits: 127.1 E(32554): 4.8e-29
Smith-Waterman score: 598; 46.9% identity (68.6% similar) in 226 aa overlap (1-187:287-509)
10 20 30
pF1KB7 MIFSMLRKLPKVTCRDVLPEIRAICIEEIG
:. :... . ::.. :::::::::::
CCDS30 KMIGKRANERLELLLQKRKELQENQDEIENMMNSIFKGIFVHRYRDAIAEIRAICIEEIG
260 270 280 290 300 310
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 CWMQSYSTSFLTDSYLKYIGWTLHDKHREVRVKCVKALKGLYGNRDLTARLELFTGRFKD
::. :: .::.::::::.::::::.. :::.::.:::..:: ::.: .:::::.::::
CCDS30 VWMKMYSDAFLNDSYLKYVGWTLHDRQGEVRLKCLKALQSLYTNRELFPKLELFTNRFKD
320 330 340 350 360 370
100 110
pF1KB7 WMVSMIVDREYSVAVEAVRLLILIL-----------------------------------
.::: .:.::.:::::.::. :::
CCDS30 RIVSMTLDKEYDVAVEAIRLVTLILHGSEEALSNEDCENVYHLVYSAHRPVAVAAGEFLH
380 390 400 410 420 430
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 -KLFY---PECEIRTMGGREQRQSPGAQRTFFQLLLSFFVESKLHDHAAYLVDNLWDCAG
::: :. : .... :. :.::.. .....:. ::.::.::.:::::::.::. .
CCDS30 KKLFSRHDPQAE-EALAKRRGRNSPNG--NLIRMLVLFFLESELHEHAAYLVDSLWESSQ
440 450 460 470 480 490
180 190 200
pF1KB7 TQLKDWEGLTSLLLEKDQSTCHMEPGPGTFHLLG
::::: .: ::::.
CCDS30 ELLKDWECMTELLLEEPVQGEEAMSDRQESALIELMVCTIRQAAEAHPPVGRGTGKRVLT
500 510 520 530 540 550
>>CCDS14607.1 STAG2 gene_id:10735|Hs108|chrX (1231 aa)
initn: 683 init1: 472 opt: 473 Z-score: 631.1 bits: 126.3 E(32554): 7.8e-29
Smith-Waterman score: 623; 48.8% identity (70.0% similar) in 213 aa overlap (15-190:298-508)
10 20 30 40
pF1KB7 MIFSMLRKLPKVTCRDVLPEIRAICIEEIGCWMQSYSTSFLTDS
::.. ::::::::::: ::. :: .::.::
CCDS14 LQKRKELQENQDEIENMMNAIFKGVFVHRYRDAIAEIRAICIEEIGIWMKMYSDAFLNDS
270 280 290 300 310 320
50 60 70 80 90 100
pF1KB7 YLKYIGWTLHDKHREVRVKCVKALKGLYGNRDLTARLELFTGRFKDWMVSMIVDREYSVA
::::.:::.:::. :::.::. ::.::: :..:...:::::.:::: .::: .:.::.::
CCDS14 YLKYVGWTMHDKQGEVRLKCLTALQGLYYNKELNSKLELFTSRFKDRIVSMTLDKEYDVA
330 340 350 360 370 380
110 120
pF1KB7 VEAVRLLILILK-----LFYPECE------------IRTMGG------------------
:.:..:: :.:. : .:: . . .:
CCDS14 VQAIKLLTLVLQSSEEVLTAEDCENVYHLVYSAHRPVAVAAGEFLYKKLFSRRDPEEDGM
390 400 410 420 430 440
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 --REQRQSPGAQRTFFQLLLSFFVESKLHDHAAYLVDNLWDCAGTQLKDWEGLTSLLLEK
:. ::.:.: .. . :. ::.::.::.:::::::..:::: ::::: ..:::::.
CCDS14 MKRRGRQGPNA--NLVKTLVFFFLESELHEHAAYLVDSMWDCATELLKDWECMNSLLLEE
450 460 470 480 490 500
190 200
pF1KB7 DQSTCHMEPGPGTFHLLG
:
CCDS14 PLSGEEALTDRQESALIEIMLCTIRQAAECHPPVGRGTGKRVLTAKEKKTQLDDRTKITE
510 520 530 540 550 560
>>CCDS43990.1 STAG2 gene_id:10735|Hs108|chrX (1268 aa)
initn: 683 init1: 472 opt: 473 Z-score: 630.9 bits: 126.3 E(32554): 8e-29
Smith-Waterman score: 623; 48.8% identity (70.0% similar) in 213 aa overlap (15-190:298-508)
10 20 30 40
pF1KB7 MIFSMLRKLPKVTCRDVLPEIRAICIEEIGCWMQSYSTSFLTDS
::.. ::::::::::: ::. :: .::.::
CCDS43 LQKRKELQENQDEIENMMNAIFKGVFVHRYRDAIAEIRAICIEEIGIWMKMYSDAFLNDS
270 280 290 300 310 320
50 60 70 80 90 100
pF1KB7 YLKYIGWTLHDKHREVRVKCVKALKGLYGNRDLTARLELFTGRFKDWMVSMIVDREYSVA
::::.:::.:::. :::.::. ::.::: :..:...:::::.:::: .::: .:.::.::
CCDS43 YLKYVGWTMHDKQGEVRLKCLTALQGLYYNKELNSKLELFTSRFKDRIVSMTLDKEYDVA
330 340 350 360 370 380
110 120
pF1KB7 VEAVRLLILILK-----LFYPECE------------IRTMGG------------------
:.:..:: :.:. : .:: . . .:
CCDS43 VQAIKLLTLVLQSSEEVLTAEDCENVYHLVYSAHRPVAVAAGEFLYKKLFSRRDPEEDGM
390 400 410 420 430 440
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 --REQRQSPGAQRTFFQLLLSFFVESKLHDHAAYLVDNLWDCAGTQLKDWEGLTSLLLEK
:. ::.:.: .. . :. ::.::.::.:::::::..:::: ::::: ..:::::.
CCDS43 MKRRGRQGPNA--NLVKTLVFFFLESELHEHAAYLVDSMWDCATELLKDWECMNSLLLEE
450 460 470 480 490 500
190 200
pF1KB7 DQSTCHMEPGPGTFHLLG
:
CCDS43 PLSGEEALTDRQESALIEIMLCTIRQAAECHPPVGRGTGKRVLTAKEKKTQLDDRTKITE
510 520 530 540 550 560
205 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 07:08:19 2016 done: Fri Nov 4 07:08:19 2016
Total Scan time: 2.010 Total Display time: -0.020
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]