Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7425
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7425, 479 aa
1>>>pF1KB7425 479 - 479 aa - 479 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4221+/-0.000807; mu= 17.2144+/- 0.048
mean_var=67.2911+/-13.372, 0's: 0 Z-trim(107.5): 27 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.156349
statistics sampled from 9598 (9623) to 9598 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.669), E-opt: 0.2 (0.296), width: 16
Scan time: 3.050
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS41255.1 PRAMEF10 gene_id:343071|Hs108|chr1 ( 474) 1964 452.0 6.5e-127
CCDS41264.1 PRAMEF17 gene_id:391004|Hs108|chr1 ( 474) 1904 438.4 7.7e-123
CCDS148.1 PRAMEF1 gene_id:65121|Hs108|chr1 ( 474) 1871 431.0 1.3e-120
CCDS76109.1 PRAMEF14 gene_id:729528|Hs108|chr1 ( 474) 1842 424.5 1.2e-118
CCDS149.1 PRAMEF2 gene_id:65122|Hs108|chr1 ( 474) 1837 423.3 2.7e-118
CCDS41254.1 PRAMEF12 gene_id:390999|Hs108|chr1 ( 483) 1609 371.9 8.4e-103
CCDS41265.1 PRAMEF20 gene_id:645425|Hs108|chr1 ( 475) 1558 360.4 2.4e-99
CCDS72709.1 PRAMEF8 gene_id:391002|Hs108|chr1 ( 474) 1511 349.8 3.7e-96
CCDS30593.1 PRAMEF7 gene_id:441871|Hs108|chr1 ( 474) 1506 348.7 8.1e-96
CCDS81265.1 PRAMEF25 gene_id:441873|Hs108|chr1 ( 478) 1441 334.0 2.1e-91
CCDS76106.1 PRAMEF26 gene_id:645359|Hs108|chr1 ( 478) 1441 334.0 2.1e-91
CCDS44059.1 PRAMEF15 gene_id:653619|Hs108|chr1 ( 478) 1431 331.7 1e-90
CCDS72708.1 PRAMEF5 gene_id:343068|Hs108|chr1 ( 476) 1427 330.8 1.9e-90
CCDS30594.1 PRAMEF6 gene_id:440561|Hs108|chr1 ( 476) 1425 330.4 2.6e-90
CCDS53268.2 PRAMEF11 gene_id:440560|Hs108|chr1 ( 478) 1413 327.7 1.7e-89
CCDS30592.1 PRAMEF4 gene_id:400735|Hs108|chr1 ( 478) 1413 327.7 1.7e-89
CCDS76108.1 PRAMEF9 gene_id:343070|Hs108|chr1 ( 478) 1412 327.5 2e-89
CCDS72704.1 PRAMEF27 gene_id:101929983|Hs108|chr1 ( 478) 1402 325.2 9.4e-89
CCDS13801.1 PRAME gene_id:23532|Hs108|chr22 ( 509) 753 178.8 1.2e-44
CCDS6432.1 LRRC14 gene_id:9684|Hs108|chr8 ( 493) 346 87.0 4.9e-17
>>CCDS41255.1 PRAMEF10 gene_id:343071|Hs108|chr1 (474 aa)
initn: 1990 init1: 1964 opt: 1964 Z-score: 2392.0 bits: 452.0 E(32554): 6.5e-127
Smith-Waterman score: 1964; 62.8% identity (81.0% similar) in 473 aa overlap (1-473:1-473)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MSLQAPRRLLELAGQSLLGDQALAISILDELPRELFPPLFVEAFTSRRCEVLKVMVQAWP
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CCDS41 MSLQAPSRLLELAGQSLLRNQFLTIFTLDELPREVFPLMFMEAFSMRRFEALKLMVQAWP
10 20 30 40 50 60
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pF1KB7 FPCLPLGSLMKTPDLEILHYVVDGIDCLLAQKVRPRRRKLQVLELRDVDENFWTIWSGAR
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CCDS41 FLRLPLGSLMKTPHLETLQAVLRGLDTLVAQKVRPRRWKLQVLDLRDVDENFWTIWSGAR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 PLSCSPEAMSKRQTVEDCPRTGEKQPLKVFMDVCLKEKFMDEDLSFFSGWVQHRRGSVHL
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CCDS41 VLSCSPEAMSKRQTVEDCPRMGERQPLKVFIDLCLKESTLDECLSYLFGWIHYRRGLVHL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 CCTKVVNYSMSILNFRNILETVYPDSIQVLEIWNMCWPCMIVEFIRYLSQMRNLRKLFIS
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CCDS41 CCSKVQNYSMPTSSFRNLLERIYPDSIQELEVWKKCSLNKTGKFAPYLSQMSNLRELFLA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 DGCRYLLSSDSQEQLVAEFSSVLLRLEYLQMLYVRRVCFFRGHLDQLIRCLRSPLETLAL
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CCDS41 FGYERELYVSVQWPCIPDLDSPFLCLYYPQMLYIKKISNIKEHLEHLLRYLKNPLGAFIF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 TYGFLEKVDLKCLPRYPSLSQLKQLNLSHGALRFIRLEPLRALLEKVAATLQTLFLVDCG
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CCDS41 SDAYLTDRDMECLSQYPSLSQLKELRLIHILMWTTNLEPLGVLLEKVAATLKTLVLKDCR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 IRDSKLRVILPALSCCSNLTTFCFHGNDTSMDGLKDLLRHTGRLSNLSLETYPAPRESLD
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CCDS41 IQDPQLRVLLPALSHCSQLTTFNFHGNETSMNALKDLLRHTRGLSKLGLELYPAPLESLD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KB7 DRGRVISELLTPLQAELMRILREVREPKRIFFGPVSCPCCGTSPTEQLEFNFCLWGRPA
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CCDS41 YKGHVNWEILTPIRAELMRTLREVRQPKRIFFGPVPCPNCGSWPSEKVDFHLCS
430 440 450 460 470
>>CCDS41264.1 PRAMEF17 gene_id:391004|Hs108|chr1 (474 aa)
initn: 1929 init1: 1904 opt: 1904 Z-score: 2318.9 bits: 438.4 E(32554): 7.7e-123
Smith-Waterman score: 1904; 61.9% identity (80.3% similar) in 473 aa overlap (1-473:1-473)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MSLQAPRRLLELAGQSLLGDQALAISILDELPRELFPPLFVEAFTSRRCEVLKVMVQAWP
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CCDS41 MSLQSPSRLLELAGQSLLRNQFLTIFILDELPREVFPLMFMEASSMRHFEALKLMVQAWP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 FPCLPLGSLMKTPDLEILHYVVDGIDCLLAQKVRPRRRKLQVLELRDVDENFWTIWSGAR
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CCDS41 FLRLPLGSLMKTPHLETLQAVLKGLDTLLAQKLRPRRWKLQVLDLRDVDGNFWTIWSGAR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 PLSCSPEAMSKRQTVEDCPRTGEKQPLKVFMDVCLKEKFMDEDLSFFSGWVQHRRGSVHL
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CCDS41 ALSCSPEAMSKRQTVEDYPRTGEHQPLKVFIDLCQKESTLDECLSYLCRWIHYRRGLVHL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 CCTKVVNYSMSILNFRNILETVYPDSIQVLEIWNMCWPCMIVEFIRYLSQMRNLRKLFIS
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CCDS41 CCNKVQNYSMPTSSFRNLLKRVYPDSIQELEIKRKCSLNKTGKFAPYLSQMSNLRKLFLA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 DGCRYLLSSDSQEQLVAEFSSVLLRLEYLQMLYVRRVCFFRGHLDQLIRCLRSPLETLAL
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CCDS41 FGYDDELYVSGQQQFVPDLDCPFLCLYYPQMLYIRKISNIKEHLEHLLRCLKNPLGTFIF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 TYGFLEKVDLKCLPRYPSLSQLKQLNLSHGALRFIRLEPLRALLEKVAATLQTLFLVDCG
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CCDS41 CHAYLADQDMECLSQYPSLSQLKELHLIHILMWTTNLEPLGALLEKVAATLEILTLKDCQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 IRDSKLRVILPALSCCSNLTTFCFHGNDTSMDGLKDLLRHTGRLSNLSLETYPAPRESLD
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CCDS41 IQDSQLRVLLPALSRCSQLTTFYFRGNETSTNALKDLLCHTGGLSKLGLELYPAPLECLD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KB7 DRGRVISELLTPLQAELMRILREVREPKRIFFGPVSCPCCGTSPTEQLEFNFCLWGRPA
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CCDS41 NRGHVNWEILAPIRAELMCTLREVRQPKRIFFGPIPCPSCGSWPSEKVDFHLCS
430 440 450 460 470
>>CCDS148.1 PRAMEF1 gene_id:65121|Hs108|chr1 (474 aa)
initn: 1907 init1: 1869 opt: 1871 Z-score: 2278.6 bits: 431.0 E(32554): 1.3e-120
Smith-Waterman score: 1871; 61.6% identity (81.0% similar) in 474 aa overlap (1-473:1-473)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MSLQAPRRLLELAGQSLLGDQALAISILDELPRELFPPLFVEAFTSRRCEVLKVMVQAWP
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CCDS14 MSIQAPPRLLELAGQSLLRDQALSISAMEELPRVLYLPLFMEAFSRRHFQTLTVMVQAWP
10 20 30 40 50 60
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pF1KB7 FPCLPLGSLMKTPDLEILHYVVDGIDCLLAQKVRPRRRKLQVLELRDVDENFWTIWSGAR
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CCDS14 FTCLPLGSLMKTLHLETLKALLEGLHMLLTQKDRPRRWKLQVLDLRDVDENFWARWPGAW
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130 140 150 160 170 180
pF1KB7 PLSCSPEAMSKRQTVEDCPRTGEKQPLKVFMDVCLKEKFMDEDLSFFSGWVQHRRGSVHL
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CCDS14 ALSCFPETTSKRQTAEDCPRMGEHQPLKVFIDICLKEIPQDECLRYLFQWVYQRRGLVHL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 CCTKVVNYSMSILNFRNILETVYPDSIQVLEIWNMCWPCMIVEFIRYLSQMRNLRKLFIS
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CCDS14 CCSKLVNYLTPIKYLRKSLKIIYLNSIQELEIRNMSWPRLIRKLRCYLKEMKNLRKLVFS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290
pF1KB7 DGCRYLLSSDSQE-QLVAEFSSVLLRLEYLQMLYVRRVCFFRGHLDQLIRCLRSPLETLA
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CCDS14 R-CHHYTSDNELEGRLVAKFSSVFLRLEHLQLLKIKLITFFSGHLEQLIRCLQNPLENLE
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 LTYGFLEKVDLKCLPRYPSLSQLKQLNLSHGALRFIRLEPLRALLEKVAATLQTLFLVDC
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CCDS14 LTYGYLLEEDMKCLSQYPSLGYLKHLNLSYVLLFRISLEPLGALLEKIAASLKTLILEGC
300 310 320 330 340 350
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pF1KB7 GIRDSKLRVILPALSCCSNLTTFCFHGNDTSMDGLKDLLRHTGRLSNLSLETYPAPRESL
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CCDS14 QIHYSQLSAILPGLSRCSQLTTFYFGRNCMSIDALKDLLRHTSGLSKLSLETYPAPEESL
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pF1KB7 DDRGRVISELLTPLQAELMRILREVREPKRIFFGPVSCPCCGTSPTEQLEFNFCLWGRPA
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CCDS14 NSLVRVNWEIFTPLRAELMCTLREVRQPKRIFIGPTPCPSCGSSPSEELELHLCC
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>>CCDS76109.1 PRAMEF14 gene_id:729528|Hs108|chr1 (474 aa)
initn: 1858 init1: 1832 opt: 1842 Z-score: 2243.3 bits: 424.5 E(32554): 1.2e-118
Smith-Waterman score: 1842; 61.0% identity (80.8% similar) in 474 aa overlap (1-473:1-473)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MSLQAPRRLLELAGQSLLGDQALAISILDELPRELFPPLFVEAFTSRRCEVLKVMVQAWP
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CCDS76 MSIQAPPRLLELAGQSLLRDQALSISAMEELPRVLYLPLFMEAFRRRHFQTLTVMVQAWP
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pF1KB7 FPCLPLGSLMKTPDLEILHYVVDGIDCLLAQKVRPRRRKLQVLELRDVDENFWTIWSGAR
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CCDS76 FTCLPLGSLMKTLHLETLKALLEGLHMLLTQKDRPRRWKLQVLDLRDVDENFWARWPGAW
70 80 90 100 110 120
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pF1KB7 PLSCSPEAMSKRQTVEDCPRTGEKQPLKVFMDVCLKEKFMDEDLSFFSGWVQHRRGSVHL
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CCDS76 ALSCFPETMSKRQTAEDCPRMGEHQPLKVFIDICLKEIPQDECLRYLFQWVYQRRGLVHL
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pF1KB7 CCTKVVNYSMSILNFRNILETVYPDSIQVLEIWNMCWPCMIVEFIRYLSQMRNLRKLFIS
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CCDS76 CCSKLVNYLTPIKHLRKSLKIIYLNSIQQLEIRNMSWPRLIRKLRCYLKEMKNLRKLVFS
190 200 210 220 230 240
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pF1KB7 DGCRYLLSSDSQE-QLVAEFSSVLLRLEYLQMLYVRRVCFFRGHLDQLIRCLRSPLETLA
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CCDS76 R-CHHSMSDNELEGRLVTKFSSVFLRLEHLQLLKIKLITFFSGHLEQLIRCLQNPLENLE
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pF1KB7 LTYGFLEKVDLKCLPRYPSLSQLKQLNLSHGALRFIRLEPLRALLEKVAATLQTLFLVDC
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CCDS76 LTYGYLLEEDMKCLSQYPSLGYLKHLNLSYVLLFRISLEPLGALLEKIAASLETLILEGC
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pF1KB7 GIRDSKLRVILPALSCCSNLTTFCFHGNDTSMDGLKDLLRHTGRLSNLSLETYPAPRESL
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CCDS76 QIHYSQLSAILPGLSHCSQLTTFYFGRNCMSMGALKDLLCHTSGLSKLSLETYPAPEESL
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pF1KB7 DDRGRVISELLTPLQAELMRILREVREPKRIFFGPVSCPCCGTSPTEQLEFNFCLWGRPA
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CCDS76 NSLVRVDWEIFALLRAELMCTLREVRQPKRIFIGPTPCPSCGSSPSEELELHLCC
420 430 440 450 460 470
>>CCDS149.1 PRAMEF2 gene_id:65122|Hs108|chr1 (474 aa)
initn: 1877 init1: 1835 opt: 1837 Z-score: 2237.2 bits: 423.3 E(32554): 2.7e-118
Smith-Waterman score: 1837; 60.8% identity (80.0% similar) in 474 aa overlap (1-473:1-473)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MSLQAPRRLLELAGQSLLGDQALAISILDELPRELFPPLFVEAFTSRRCEVLKVMVQAWP
::.::: ::::::::::: ::::.:: ..:::: :. ::: :::. :. ..: :::::::
CCDS14 MSIQAPPRLLELAGQSLLRDQALSISAMEELPRVLYLPLFREAFSRRHFQTLTVMVQAWP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 FPCLPLGSLMKTPDLEILHYVVDGIDCLLAQKVRPRRRKLQVLELRDVDENFWTIWSGAR
: :::: ::::: :: :. ...:. ::.:: :::: :::::.:::::::::. : ::
CCDS14 FTCLPLVSLMKTLHLEPLKALLEGLHMLLTQKDRPRRWKLQVLDLRDVDENFWARWPGAW
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 PLSCSPEAMSKRQTVEDCPRTGEKQPLKVFMDVCLKEKFMDEDLSFFSGWVQHRRGSVHL
::: :::::::::.::::::::.::::::.:.:::: .:: : .. :: .::: :::
CCDS14 ALSCFPEAMSKRQTAEDCPRTGEHQPLKVFIDICLKEIPQDECLRYLFQWVYQRRGLVHL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 CCTKVVNYSMSILNFRNILETVYPDSIQVLEIWNMCWPCMIVEFIRYLSQMRNLRKLFIS
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CCDS14 CCSKLVNYLTPIKYLRKSLKIIYINSIGELEIHNTCWPHLIRKLYCYLKEMKTLCKLVFS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290
pF1KB7 DGCRYLLSSDSQE-QLVAEFSSVLLRLEYLQMLYVRRVCFFRGHLDQLIRCLRSPLETLA
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CCDS14 R-CHHYTSDNELEGWLVTRFTSVFLRLEHLQLLKIKLITFFSGHLEQLIRCLQNPLENLE
250 260 270 280 290
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pF1KB7 LTYGFLEKVDLKCLPRYPSLSQLKQLNLSHGALRFIRLEPLRALLEKVAATLQTLFLVDC
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CCDS14 LTCGNLLEEDLKCLSQFPSLGYLKHLNLSYVLLFRISLEPLGALLEKIAASLETLVLEGC
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pF1KB7 GIRDSKLRVILPALSCCSNLTTFCFHGNDTSMDGLKDLLRHTGRLSNLSLETYPAPRESL
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CCDS14 QIHYSQLSAILPGLSCCSQLTTFYFGSNCMSIDALKDLLRHTSGLSKLSLETYPAPEESL
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CCDS41 GIVDSQVNAILPALSRCFELTTFSFRGNPISTATLENLLCHTIRLNNLCLELYPAPRESY
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CCDS41 DVRGIVCRSRFAQLGAELMGRVRALREPERILFCTDYCPQCGNRSLYDLEVDRCCC
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CCDS72 FTRLPLGSLMKSPHLESLKSVLEGVDVLLTQEVRPRQSKLQVLDLRNVDENFCDIFSGA-
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CCDS72 C
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CCDS81 LVLSHMDVSRYV-SPEQKKEIVTQFTTQFLKLHCLQKLYMNSVSFLEGHLDQLLSCLKTS
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CCDS81 DLDDCGIIDSQVNAILPALSRCFELNTFSFCGNPISMATLENLLSHTIILKNLCLELYPA
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CCDS81 PRESYGADGTLCWSRFTQIRAELMKRVRDLRHPKRILFGTDYCPDCGNRSFYDLEADQYC
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pF1KB7 LWGRPA
CCDS81 C
479 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 07:40:40 2016 done: Fri Nov 4 07:40:40 2016
Total Scan time: 3.050 Total Display time: 0.110
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]