FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB7425, 479 aa 1>>>pF1KB7425 479 - 479 aa - 479 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2164+/-0.000362; mu= 18.5172+/- 0.023 mean_var=70.6992+/-14.133, 0's: 0 Z-trim(114.2): 21 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.152534 statistics sampled from 23860 (23879) to 23860 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.65), E-opt: 0.2 (0.28), width: 16 Scan time: 8.130 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001278648 (OMIM: 606021) melanoma antigen prefe ( 493) 753 175.0 4.1e-43 XP_011528336 (OMIM: 606021) PREDICTED: melanoma an ( 493) 753 175.0 4.1e-43 NP_001305056 (OMIM: 606021) melanoma antigen prefe ( 493) 753 175.0 4.1e-43 NP_001278646 (OMIM: 606021) melanoma antigen prefe ( 493) 753 175.0 4.1e-43 NP_001305055 (OMIM: 606021) melanoma antigen prefe ( 493) 753 175.0 4.1e-43 NP_001278645 (OMIM: 606021) melanoma antigen prefe ( 509) 753 175.0 4.2e-43 NP_001278644 (OMIM: 606021) melanoma antigen prefe ( 509) 753 175.0 4.2e-43 NP_996839 (OMIM: 606021) melanoma antigen preferen ( 509) 753 175.0 4.2e-43 NP_996837 (OMIM: 606021) melanoma antigen preferen ( 509) 753 175.0 4.2e-43 NP_006106 (OMIM: 606021) melanoma antigen preferen ( 509) 753 175.0 4.2e-43 NP_996838 (OMIM: 606021) melanoma antigen preferen ( 509) 753 175.0 4.2e-43 NP_996836 (OMIM: 606021) melanoma antigen preferen ( 509) 753 175.0 4.2e-43 NP_703148 (OMIM: 609658) NACHT, LRR and PYD domain (1200) 153 43.3 0.0047 >>NP_001278648 (OMIM: 606021) melanoma antigen preferent (493 aa) initn: 1079 init1: 479 opt: 753 Z-score: 895.0 bits: 175.0 E(85289): 4.1e-43 Smith-Waterman score: 1231; 44.9% identity (70.7% similar) in 485 aa overlap (5-473:6-487) 10 20 30 40 50 pF1KB7 MSLQAPRRLLELAGQSLLGDQALAISILDELPRELFPPLFVEAFTSRRCEVLKVMVQAW .::::.:::::::: :.::::. :. ::::::::::. :: .:. ..::.::::: NP_001 MSVWTSPRRLVELAGQSLLKDEALAIAALELLPRELFPPLFMAAFDGRHSQTLKAMVQAW 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KB7 PFPCLPLGSLMKTPDL--EILHYVVDGIDCLLAQKVRPRRRKLQVLELR-DVDENFWTIW :: ::::: ::: : : .. :.::.: ::::.::::: :::::.:: . ..:::.: NP_001 PFTCLPLGVLMKGQHLHLETFKAVLDGLDVLLAQEVRPRRWKLQVLDLRKNSHQDFWTVW 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 pF1KB7 SGARPLSCS---PEA---MSKRQTVEDCPRTGEKQ--PLKVFMDVCLKEKFMDEDLSFFS :: : : ::: :.:.. :. .:. :..:..:. ::: :: .:.. 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NP_001 LFLKEGACDELFSYLIEKVKRKKNVLRLCCKKLKIFAMPMQDIKMILKMVQLDSIEDLEV 190 200 210 220 230 240 220 230 240 250 260 pF1KB7 ---WNMCWPCMIVEFIRYLSQMRNLRKLFISD-GCRYLLSSDSQEQLVAEFSSVLLRLEY :.. : . ..: ::.:: :::.:..: .: ...:: .:.:.: .: :. NP_001 TCTWKL--PTL-AKFSPYLGQMINLRRLLLSHIHASSYISPEKEEQYIAQFTSQFLSLQC 250 260 270 280 290 270 280 290 300 310 320 pF1KB7 LQMLYVRRVCFFRGHLDQLIRCLRSPLETLALTYGFLEKVDLKCLPRYPSLSQLKQLNLS :: ::: . :.::.::::.: . .:::::..: : . :. : . ::.:::. :.:: NP_001 LQALYVDSLFFLRGRLDQLLRHVMNPLETLSITNCRLSEGDVMHLSQSPSVSQLSVLSLS 300 310 320 330 340 350 330 340 350 360 370 380 pF1KB7 HGALRFIRLEPLRALLEKVAATLQTLFLVDCGIRDSKLRVILPALSCCSNLTTFCFHGND : . :::.::::...:::: : . .::: :..: ..::.:: ::.:::. :.::. 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NP_001 LFLKEGACDELFSYLIEKVKRKKNVLRLCCKKLKIFAMPMQDIKMILKMVQLDSIEDLEV 190 200 210 220 230 240 220 230 240 250 260 pF1KB7 ---WNMCWPCMIVEFIRYLSQMRNLRKLFISD-GCRYLLSSDSQEQLVAEFSSVLLRLEY :.. : . ..: ::.:: :::.:..: .: ...:: .:.:.: .: :. NP_001 TCTWKL--PTL-AKFSPYLGQMINLRRLLLSHIHASSYISPEKEEQYIAQFTSQFLSLQC 250 260 270 280 290 270 280 290 300 310 320 pF1KB7 LQMLYVRRVCFFRGHLDQLIRCLRSPLETLALTYGFLEKVDLKCLPRYPSLSQLKQLNLS :: ::: . :.::.::::.: . .:::::..: : . :. : . ::.:::. :.:: NP_001 LQALYVDSLFFLRGRLDQLLRHVMNPLETLSITNCRLSEGDVMHLSQSPSVSQLSVLSLS 300 310 320 330 340 350 330 340 350 360 370 380 pF1KB7 HGALRFIRLEPLRALLEKVAATLQTLFLVDCGIRDSKLRVILPALSCCSNLTTFCFHGND : . :::.::::...:::: : . .::: :..: ..::.:: ::.:::. :.::. 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NP_996 GVMLTDVSPEPLQALLERASATLQDLVFDECGITDDQLLALLPSLSHCSQLTTLSFYGNS 360 370 380 390 400 410 390 400 410 420 430 440 pF1KB7 TSMDGLKDLLRHTGRLSNLSLETYPAPRESLDD-RGRVISELLTPLQAELMRILREVREP :...:..::.: ::::. ::.: :: .: .: . : :. :.:.: ..: :. .: NP_996 ISISALQSLLQHLIGLSNLTHVLYPVPLESYEDIHGTLHLERLAYLHARLRELLCELGRP 420 430 440 450 460 470 450 460 470 pF1KB7 KRIFFGPVSCPCCGTSPTEQLEFNFCLWGRPA . .... :: :: . : .: NP_996 SMVWLSANPCPHCGDRTFYDPEPILCPCFMPN 480 490 500 >>NP_996837 (OMIM: 606021) melanoma antigen preferential (509 aa) initn: 1079 init1: 479 opt: 753 Z-score: 894.8 bits: 175.0 E(85289): 4.2e-43 Smith-Waterman score: 1231; 44.9% identity (70.7% similar) in 485 aa overlap (5-473:22-503) 10 20 30 40 pF1KB7 MSLQAPRRLLELAGQSLLGDQALAISILDELPRELFPPLFVEA .::::.:::::::: :.::::. :. ::::::::::. : NP_996 MERRRLWGSIQSRYISMSVWTSPRRLVELAGQSLLKDEALAIAALELLPRELFPPLFMAA 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KB7 FTSRRCEVLKVMVQAWPFPCLPLGSLMKTPDL--EILHYVVDGIDCLLAQKVRPRRRKLQ : .:. ..::.::::::: ::::: ::: : : .. :.::.: ::::.::::: ::: NP_996 FDGRHSQTLKAMVQAWPFTCLPLGVLMKGQHLHLETFKAVLDGLDVLLAQEVRPRRWKLQ 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 150 pF1KB7 VLELR-DVDENFWTIWSGARPLSCS---PEA---MSKRQTVEDCPRTGEKQ--PLKVFMD ::.:: . ..:::.::: : : ::: :.:.. :. .:. :..:..: NP_996 VLDLRKNSHQDFWTVWSGNRASLYSFPEPEAAQPMTKKRKVDGLSTEAEQPFIPVEVLVD 130 140 150 160 170 180 160 170 180 190 200 210 pF1KB7 VCLKEKFMDEDLSFFSGWVQHRRGSVHLCCTKVVNYSMSILNFRNILETVYPDSIQVLEI . ::: :: .:.. :..... ..::: :. ..: . ... ::. : :::. ::. 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