Result of FASTA (omim) for
pF1KB7428
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7428, 412 aa
1>>>pF1KB7428 412 - 412 aa - 412 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.7798+/-0.000316; mu= 0.0163+/- 0.020
mean_var=307.9170+/-62.818, 0's: 0 Z-trim(126.1): 52 B-trim: 945 in 1/61
Lambda= 0.073090
statistics sampled from 51324 (51406) to 51324 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.843), E-opt: 0.2 (0.603), width: 16
Scan time: 11.500
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_005259571 (OMIM: 603265) PREDICTED: AT-rich int ( 593) 841 101.6 5.6e-21
NP_005215 (OMIM: 603265) AT-rich interactive domai ( 593) 841 101.6 5.6e-21
XP_016881934 (OMIM: 603265) PREDICTED: AT-rich int ( 593) 841 101.6 5.6e-21
XP_005259570 (OMIM: 603265) PREDICTED: AT-rich int ( 593) 841 101.6 5.6e-21
NP_006456 (OMIM: 612457) AT-rich interactive domai ( 560) 789 96.0 2.4e-19
NP_001294868 (OMIM: 612457) AT-rich interactive do ( 561) 789 96.0 2.4e-19
XP_016881936 (OMIM: 603265) PREDICTED: AT-rich int ( 342) 600 75.9 1.7e-13
XP_016881935 (OMIM: 603265) PREDICTED: AT-rich int ( 342) 600 75.9 1.7e-13
XP_011534290 (OMIM: 135900,614556,614562) PREDICTE (1336) 402 55.6 8.6e-07
XP_016866598 (OMIM: 135900,614556,614562) PREDICTE (1539) 402 55.7 9.5e-07
XP_016866596 (OMIM: 135900,614556,614562) PREDICTE (2256) 402 55.8 1.3e-06
XP_005267126 (OMIM: 135900,614556,614562) PREDICTE (2289) 402 55.8 1.3e-06
XP_016866593 (OMIM: 135900,614556,614562) PREDICTE (2316) 402 55.8 1.3e-06
XP_016866592 (OMIM: 135900,614556,614562) PREDICTE (2326) 402 55.8 1.3e-06
XP_011534286 (OMIM: 135900,614556,614562) PREDICTE (2359) 402 55.8 1.3e-06
NP_059989 (OMIM: 135900,614556,614562) AT-rich int (2236) 396 55.2 1.9e-06
NP_065783 (OMIM: 135900,614556,614562) AT-rich int (2249) 396 55.2 1.9e-06
XP_016866595 (OMIM: 135900,614556,614562) PREDICTE (2263) 396 55.2 1.9e-06
XP_016866594 (OMIM: 135900,614556,614562) PREDICTE (2306) 396 55.2 2e-06
XP_016866597 (OMIM: 135900,614556,614562) PREDICTE (1551) 377 53.0 6e-06
NP_624361 (OMIM: 603024,614607) AT-rich interactiv (2068) 319 47.0 0.00051
NP_006006 (OMIM: 603024,614607) AT-rich interactiv (2285) 319 47.1 0.00054
>>XP_005259571 (OMIM: 603265) PREDICTED: AT-rich interac (593 aa)
initn: 1085 init1: 779 opt: 841 Z-score: 497.6 bits: 101.6 E(85289): 5.6e-21
Smith-Waterman score: 1007; 46.3% identity (63.5% similar) in 447 aa overlap (2-406:145-547)
10 20 30
pF1KB7 MEALQKQQAARLAQGVGPLAPACPLLPPQPP
: . .. . .:.:: .:: :
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pF1KB7 LPDHRTLQAPEGALGNVGAEEEEDAEEDEEKREEAGAEEEAAEESRPGAQGPSSPSSQPP
.: : : :.. : : : .: :. . ..::. . .:. :::
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180 190 200 210
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 GLHPHEWTYEEQFKQLYELDADPKRKEFLDDLFSFMQKRGTPVNRVPIMAKQVLDLYALF
: .::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::.::::::::::. :.
XP_005 D-HG-DWTYEEQFKQLYELDGDPKRKEFLDDLFSFMQKRGTPVNRIPIMAKQVLDLFMLY
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160 170 180 190 200 210
pF1KB7 RLVTAKGGLVEVINRKVWREVTRGLSLPTTITSAAFTLRTQYMKYLYPYECETRALSSPG
::: :::::::::.:.:::.:.::.:::.:::::::::::::::::::::: :.::.:.
XP_005 VLVTEKGGLVEVINKKLWREITKGLNLPTSITSAAFTLRTQYMKYLYPYECEKRGLSNPN
280 290 300 310 320 330
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 ELQAAIDSNRREGRRQAYTATPLFGLAGPPPRGAQDPALGPGPAPPATQSSPGPAQGSTS
::::::::::::::::.. .. ::. . : ::. : .: :: : : .::.
XP_005 ELQAAIDSNRREGRRQSFGGS-LFAYS---PGGAH----GMLSSPKLPVSSLGLA-ASTN
340 350 360 370 380
280 290 300
pF1KB7 GLPAHACAQLSPSP-IKKEE-SGIPNPCLA-LPVGLALGPT-------------------
: ....:.: ::::: :.:: . :::.:: :.
XP_005 G------SSITPAPKIKKEEDSAIPITVPGRLPVSLAGHPVVAAQAAAVQAAAAQAAVAA
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310 320 330 340 350
pF1KB7 --------REKLAPEEPPEKRAVLMGPMDPP--RPCMPPSFLPRG-KVPLR--------E
:::: :::::. .:.. . . . .:: . ..:. :
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360 370 380 390 400
pF1KB7 ERLDGPLNLAGS-GISSINMALEINGVVYTGVLFARRQPVPASQGPTNPAPPPSTGPPSS
: :. .::.:. : .::.:..::::..::::::: :: ::: :...:
XP_005 SRQDSAVNLTGTNGSNSISMSVEINGIMYTGVLFA--QP---------PAPTPTSAPNKG
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410
pF1KB7 ILP
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>>NP_005215 (OMIM: 603265) AT-rich interactive domain-co (593 aa)
initn: 1085 init1: 779 opt: 841 Z-score: 497.6 bits: 101.6 E(85289): 5.6e-21
Smith-Waterman score: 1007; 46.3% identity (63.5% similar) in 447 aa overlap (2-406:145-547)
10 20 30
pF1KB7 MEALQKQQAARLAQGVGPLAPACPLLPPQPP
: . .. . .:.:: .:: :
NP_005 EDMASDEDMKPKWEEEEMEEDLGEDEEEEEEDYEDEEEEEDEEGLGPPGPAS--LGTTAL
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40 50 60 70 80 90
pF1KB7 LPDHRTLQAPEGALGNVGAEEEEDAEEDEEKREEAGAEEEAAEESRPGAQGPSSPSSQPP
.: : : :.. : : : .: :. . ..::. . .:. :::
NP_005 FP--RKAQPPQAFRG------------DGVPRVLGGQERPGPGPAHPGGAAHVAPQLQPP
180 190 200 210
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 GLHPHEWTYEEQFKQLYELDADPKRKEFLDDLFSFMQKRGTPVNRVPIMAKQVLDLYALF
: .::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::.::::::::::. :.
NP_005 D-HG-DWTYEEQFKQLYELDGDPKRKEFLDDLFSFMQKRGTPVNRIPIMAKQVLDLFMLY
220 230 240 250 260 270
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 RLVTAKGGLVEVINRKVWREVTRGLSLPTTITSAAFTLRTQYMKYLYPYECETRALSSPG
::: :::::::::.:.:::.:.::.:::.:::::::::::::::::::::: :.::.:.
NP_005 VLVTEKGGLVEVINKKLWREITKGLNLPTSITSAAFTLRTQYMKYLYPYECEKRGLSNPN
280 290 300 310 320 330
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 ELQAAIDSNRREGRRQAYTATPLFGLAGPPPRGAQDPALGPGPAPPATQSSPGPAQGSTS
::::::::::::::::.. .. ::. . : ::. : .: :: : : .::.
NP_005 ELQAAIDSNRREGRRQSFGGS-LFAYS---PGGAH----GMLSSPKLPVSSLGLA-ASTN
340 350 360 370 380
280 290 300
pF1KB7 GLPAHACAQLSPSP-IKKEE-SGIPNPCLA-LPVGLALGPT-------------------
: ....:.: ::::: :.:: . :::.:: :.
NP_005 G------SSITPAPKIKKEEDSAIPITVPGRLPVSLAGHPVVAAQAAAVQAAAAQAAVAA
390 400 410 420 430 440
310 320 330 340 350
pF1KB7 --------REKLAPEEPPEKRAVLMGPMDPP--RPCMPPSFLPRG-KVPLR--------E
:::: :::::. .:.. . . . .:: . ..:. :
NP_005 QAAALEQLREKLESAEPPEKKMALVADEQQRLMQRALQQNFLAMAAQLPMSIRINSQASE
450 460 470 480 490 500
360 370 380 390 400
pF1KB7 ERLDGPLNLAGS-GISSINMALEINGVVYTGVLFARRQPVPASQGPTNPAPPPSTGPPSS
: :. .::.:. : .::.:..::::..::::::: :: ::: :...:
NP_005 SRQDSAVNLTGTNGSNSISMSVEINGIMYTGVLFA--QP---------PAPTPTSAPNKG
510 520 530 540 550
410
pF1KB7 ILP
NP_005 GGGGGGSSSNAGGRGGNTGTSGGQAGPAGLSTPSTSTSNNSLP
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>>XP_016881934 (OMIM: 603265) PREDICTED: AT-rich interac (593 aa)
initn: 1085 init1: 779 opt: 841 Z-score: 497.6 bits: 101.6 E(85289): 5.6e-21
Smith-Waterman score: 1007; 46.3% identity (63.5% similar) in 447 aa overlap (2-406:145-547)
10 20 30
pF1KB7 MEALQKQQAARLAQGVGPLAPACPLLPPQPP
: . .. . .:.:: .:: :
XP_016 EDMASDEDMKPKWEEEEMEEDLGEDEEEEEEDYEDEEEEEDEEGLGPPGPAS--LGTTAL
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pF1KB7 LPDHRTLQAPEGALGNVGAEEEEDAEEDEEKREEAGAEEEAAEESRPGAQGPSSPSSQPP
.: : : :.. : : : .: :. . ..::. . .:. :::
XP_016 FP--RKAQPPQAFRG------------DGVPRVLGGQERPGPGPAHPGGAAHVAPQLQPP
180 190 200 210
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 GLHPHEWTYEEQFKQLYELDADPKRKEFLDDLFSFMQKRGTPVNRVPIMAKQVLDLYALF
: .::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::.::::::::::. :.
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::: :::::::::.:.:::.:.::.:::.:::::::::::::::::::::: :.::.:.
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pF1KB7 ELQAAIDSNRREGRRQAYTATPLFGLAGPPPRGAQDPALGPGPAPPATQSSPGPAQGSTS
::::::::::::::::.. .. ::. . : ::. : .: :: : : .::.
XP_016 ELQAAIDSNRREGRRQSFGGS-LFAYS---PGGAH----GMLSSPKLPVSSLGLA-ASTN
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pF1KB7 GLPAHACAQLSPSP-IKKEE-SGIPNPCLA-LPVGLALGPT-------------------
: ....:.: ::::: :.:: . :::.:: :.
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pF1KB7 --------REKLAPEEPPEKRAVLMGPMDPP--RPCMPPSFLPRG-KVPLR--------E
:::: :::::. .:.. . . . .:: . ..:. :
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pF1KB7 ERLDGPLNLAGS-GISSINMALEINGVVYTGVLFARRQPVPASQGPTNPAPPPSTGPPSS
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pF1KB7 ILP
XP_016 GGGGGGSSSNAGGRGGNTGTSGGQAGPAGLSTPSTSTSNNSLP
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>>XP_005259570 (OMIM: 603265) PREDICTED: AT-rich interac (593 aa)
initn: 1085 init1: 779 opt: 841 Z-score: 497.6 bits: 101.6 E(85289): 5.6e-21
Smith-Waterman score: 1007; 46.3% identity (63.5% similar) in 447 aa overlap (2-406:145-547)
10 20 30
pF1KB7 MEALQKQQAARLAQGVGPLAPACPLLPPQPP
: . .. . .:.:: .:: :
XP_005 EDMASDEDMKPKWEEEEMEEDLGEDEEEEEEDYEDEEEEEDEEGLGPPGPAS--LGTTAL
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pF1KB7 LPDHRTLQAPEGALGNVGAEEEEDAEEDEEKREEAGAEEEAAEESRPGAQGPSSPSSQPP
.: : : :.. : : : .: :. . ..::. . .:. :::
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pF1KB7 GLHPHEWTYEEQFKQLYELDADPKRKEFLDDLFSFMQKRGTPVNRVPIMAKQVLDLYALF
: .::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::.::::::::::. :.
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pF1KB7 RLVTAKGGLVEVINRKVWREVTRGLSLPTTITSAAFTLRTQYMKYLYPYECETRALSSPG
::: :::::::::.:.:::.:.::.:::.:::::::::::::::::::::: :.::.:.
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pF1KB7 ELQAAIDSNRREGRRQAYTATPLFGLAGPPPRGAQDPALGPGPAPPATQSSPGPAQGSTS
::::::::::::::::.. .. ::. . : ::. : .: :: : : .::.
XP_005 ELQAAIDSNRREGRRQSFGGS-LFAYS---PGGAH----GMLSSPKLPVSSLGLA-ASTN
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pF1KB7 GLPAHACAQLSPSP-IKKEE-SGIPNPCLA-LPVGLALGPT-------------------
: ....:.: ::::: :.:: . :::.:: :.
XP_005 G------SSITPAPKIKKEEDSAIPITVPGRLPVSLAGHPVVAAQAAAVQAAAAQAAVAA
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pF1KB7 --------REKLAPEEPPEKRAVLMGPMDPP--RPCMPPSFLPRG-KVPLR--------E
:::: :::::. .:.. . . . .:: . ..:. :
XP_005 QAAALEQLREKLESAEPPEKKMALVADEQQRLMQRALQQNFLAMAAQLPMSIRINSQASE
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pF1KB7 ERLDGPLNLAGS-GISSINMALEINGVVYTGVLFARRQPVPASQGPTNPAPPPSTGPPSS
: :. .::.:. : .::.:..::::..::::::: :: ::: :...:
XP_005 SRQDSAVNLTGTNGSNSISMSVEINGIMYTGVLFA--QP---------PAPTPTSAPNKG
510 520 530 540 550
410
pF1KB7 ILP
XP_005 GGGGGGSSSNAGGRGGNTGTSGGQAGPAGLSTPSTSTSNNSLP
560 570 580 590
>>NP_006456 (OMIM: 612457) AT-rich interactive domain-co (560 aa)
initn: 938 init1: 699 opt: 789 Z-score: 468.3 bits: 96.0 E(85289): 2.4e-19
Smith-Waterman score: 908; 42.9% identity (63.8% similar) in 431 aa overlap (7-409:125-532)
10 20 30
pF1KB7 MEALQKQQAARLAQGVGPLAPACPLLPPQPPLPDHR
:..:: :.:.. : : : :: :
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pF1KB7 TLQAPEGALGNVGAEEEEDAEEDEEKREEAGAEEEAAEESRPGAQGPSSPSSQPPGLHPH
:: : .. .:: . . :: . .:. .: . :.. : . .
NP_006 GQQAKE--------DHTKDASKASPSVSTAGQPNWNLDEQLK-QNGGLAWSDDADGGRGR
150 160 170 180 190 200
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pF1KB7 EWTYEEQFKQLYELDADPKRKEFLDDLFSFMQKRGTPVNRVPIMAKQVLDLYALFRLVTA
: . . : .:::::.::.::::::::: ::::::::.::.::::::.:::: :..:::
NP_006 EISRD--FAKLYELDGDPERKEFLDDLFVFMQKRGTPINRIPIMAKQILDLYMLYKLVTE
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pF1KB7 KGGLVEVINRKVWREVTRGLSLPTTITSAAFTLRTQYMKYLYPYECETRALSSPGELQAA
::::::.::.:.:::.:.::.:::.::::::::::::::::: :::: .:::::.:::::
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pF1KB7 IDSNRREGRRQAYTATPLFGLAGPPPRGAQDPALGPGPAPPATQSSPGPAQGSTSGLPAH
::.::::::: .:... ::: . : : : .:. : : . ::.:: .
NP_006 IDGNRREGRRPSYSSS-LFGYS-PAAATAAAAAGAPALLSPPKIRFPILGLGSSSGTNT-
320 330 340 350 360 370
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pF1KB7 ACAQLSPSPIKKEESG-----IPNPC-LALPVGLA----------LGPTREKLAPEEPPE
. ..::. .. .: .: : ::.:: :: : ::.: :: :
NP_006 SSPRISPATTLRKGDGAPVTTVPVPNRLAVPVTLASQQAGTRTAALEQLRERLESGEPAE
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pF1KB7 KRAVLMGPMDPP--RPCMPPSFLPRGK-VPL------REERLDGP---LNLAGSGISSIN
:.: .. . . . .:. .. .:. ::.: .. :::. :.:.:::
NP_006 KKASRLSEEEQRLVQQAFQRNFFSMARQLPMKIRINGREDRAEASAAALNLTTSSIGSIN
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pF1KB7 MALEINGVVYTGVLFARRQPVPASQGPTNPAPPPSTGPPSSILP
:...:.:..:.:::::.. :. . :. :: : : .:
NP_006 MSVDIDGTTYAGVLFAQK---PVVHLITGSAPQ-SLGSSASSSSSSHCSPSPTSSRGTPS
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560
>>NP_001294868 (OMIM: 612457) AT-rich interactive domain (561 aa)
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10 20 30
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:..:: :.:.. : : : :: :
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:: : .. .:: . . :: . .:. .: . :.. : . .
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100 110 120 130 140 150
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: . . : .:::::.::.::::::::: ::::::::.::.::::::.:::: :..:::
NP_001 EISRD--FAKLYELDGDPERKEFLDDLFVFMQKRGTPINRIPIMAKQILDLYMLYKLVTE
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::::::.::.:.:::.:.::.:::.::::::::::::::::: :::: .:::::.:::::
NP_001 KGGLVEIINKKIWREITKGLNLPTSITSAAFTLRTQYMKYLYAYECEKKALSSPAELQAA
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::.::::::: .:... ::: . : : : .:. : : . ::.:: .
NP_001 IDGNRREGRRPSYSSS-LFGYS-PAAATAAAAAGAPALLSPPKIRFPILGLGSSSGTNT-
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. ..::. .. .: .: : ::.:: :: : ::.: :: :
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:.: .. . . . .: :: :.. : : . :::. :.:.::
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::...:.:..:.:::::.. :. . :. :: : : .:
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560
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....:.: ::::: :.:: . :::.:: :.
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pF1KB7 PLNLAGS-GISSINMALEINGVVYTGVLFARRQPVPASQGPTNPAPPPSTGPPSSILP
.::.:. : .::.:..::::..::::::: :: ::: :...:
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pF1KB7 EWTYEEQFKQLYELDADPKRKEFLDDLFSFMQKRGTPVNRVPIMAKQVLDLYALFRLVTA
::::::::::.::::::::::. :. :::
XP_016 MQKRGTPVNRIPIMAKQVLDLFMLYVLVTE
10 20 30
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pF1KB7 IDSNRREGRRQAYTATPLFGLAGPPPRGAQDPALGPGPAPPATQSSPGPAQGSTSGLPAH
:::::::::::.. .. ::. . : ::. : .: :: : : .::.:
XP_016 IDSNRREGRRQSFGGS-LFAYS---PGGAH----GMLSSPKLPVSSLGLA-ASTNG----
100 110 120 130
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pF1KB7 ACAQLSPSP-IKKEE-SGIPNPCLA-LPVGLALGPT------------------------
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:::: :::::. .:.. . . . .:: . ..:. : : :.
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200 210 220 230 240 250
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XP_016 AVNLTGTNGSNSISMSVEINGIMYTGVLFA--QP---------PAPTPTSAPNKGGGGGG
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pF1KB7 TYEEQFKQLYELDADPKRKEFLDDLFSFMQKRGTPVNRVPIMAKQVLDLYALFRLVTAKG
: :.. ..::: .:.:: ..: ..::..::.::. .: ..:. :::. :. : :
XP_011 TTGEKITKVYELGNEPERKLWVDRYLTFMEERGSPVSSLPAVGKKPLDLFRLYVCVKEIG
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pF1KB7 GLVEVINRKVWREVTRGLSLPTTITSAAFTLRTQYMKYLYPYECET-RALSSPGELQAAI
::..: . : :::.. .:.. :. .::: .:. ::..::. .::. :. : :. ..
XP_011 GLAQVNKNKKWRELATNLNVGTS-SSAASSLKKQYIQYLFAFECKIERGEEPPPEVFSTG
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220 230 240 250 260
pF1KB7 DSNRREGRRQAYTATPLFGLAGPP-PR--GAQDPALGPGP-APPATQSSPG----PAQGS
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XP_011 DT-KKQPKLQPPSPANSGSLQGPQTPQSTGSNSMAEVPGDLKPPTPASTPHGQMTPMQGG
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: : :. .:..: . .. : . :: : :... :. . ::.
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XP_016 TTGEKITKVYELGNEPERKLWVDRYLTFMEERGSPVSSLPAVGKKPLDLFRLYVCVKEIG
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412 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 07:42:23 2016 done: Fri Nov 4 07:42:25 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]