Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7563
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7563, 207 aa
1>>>pF1KB7563 207 - 207 aa - 207 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6661+/-0.00119; mu= 11.3250+/- 0.072
mean_var=75.5098+/-14.581, 0's: 0 Z-trim(102.5): 214 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.147595
statistics sampled from 6754 (6985) to 6754 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.59), E-opt: 0.2 (0.215), width: 16
Scan time: 1.900
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 1333 293.4 6.5e-80
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 1144 253.2 8.4e-68
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 902 201.7 2.7e-52
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 880 197.0 6.9e-51
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 743 167.8 4.2e-42
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 722 163.3 9.2e-41
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 675 153.3 9.9e-38
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 672 152.7 1.6e-37
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 672 152.7 1.6e-37
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 658 149.7 1.3e-36
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 650 148.0 3.8e-36
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 651 148.3 4e-36
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 645 146.9 8.5e-36
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 644 146.7 1e-35
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 638 145.5 2.4e-35
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 635 144.8 3.6e-35
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 632 144.2 5.3e-35
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 632 144.2 6e-35
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 623 142.2 2e-34
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 599 137.2 8.3e-33
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 594 136.1 1.6e-32
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 593 135.9 1.8e-32
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 592 135.6 2e-32
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 589 135.0 3.3e-32
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 586 134.4 5.1e-32
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 583 133.7 7.8e-32
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 582 133.5 9.3e-32
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 570 131.0 5.4e-31
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 562 129.3 1.8e-30
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 559 128.6 2.8e-30
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 555 127.8 5e-30
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 534 123.3 1.1e-28
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 528 122.0 2.6e-28
CCDS53836.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 152) 512 118.5 2.1e-27
CCDS56537.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 188) 512 118.6 2.5e-27
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 507 117.5 4.5e-27
CCDS6662.1 RASEF gene_id:158158|Hs108|chr9 ( 740) 511 118.7 9.2e-27
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 498 115.6 2.2e-26
CCDS9768.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 208) 495 115.0 3.4e-26
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 493 114.6 4.5e-26
CCDS11816.1 RAB40B gene_id:10966|Hs108|chr17 ( 278) 493 114.6 5.8e-26
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 490 113.9 7.1e-26
CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 497 115.7 7.2e-26
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 490 113.9 7.3e-26
CCDS10413.1 RAB40C gene_id:57799|Hs108|chr16 ( 281) 490 114.0 9.1e-26
CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 488 113.5 1e-25
CCDS54162.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 186) 482 112.2 2.1e-25
CCDS35357.1 RAB40A gene_id:142684|Hs108|chrX ( 277) 483 112.5 2.5e-25
CCDS14621.1 RAB33A gene_id:9363|Hs108|chrX ( 237) 480 111.8 3.4e-25
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 473 110.3 9e-25
>>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa)
initn: 1333 init1: 1333 opt: 1333 Z-score: 1548.2 bits: 293.4 E(32554): 6.5e-80
Smith-Waterman score: 1333; 100.0% identity (100.0% similar) in 207 aa overlap (1-207:1-207)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFKIRTIELDGKKIKLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFKIRTIELDGKKIKLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 IWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNIEEHASSDVERMILG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 IWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNIEEHASSDVERMILG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 NKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANVEEAFFTLARDIMTKLNRKMNDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANVEEAFFTLARDIMTKLNRKMNDS
130 140 150 160 170 180
190 200
pF1KB7 NSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
:::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
190 200
>>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa)
initn: 1144 init1: 1144 opt: 1144 Z-score: 1330.7 bits: 253.2 E(32554): 8.4e-68
Smith-Waterman score: 1144; 82.6% identity (95.7% similar) in 207 aa overlap (1-207:1-207)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFKIRTIELDGKKIKLQ
:::::::::::::::::::::::.::::::::::.::::::::::::::::::::.::::
CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRTIELDGKRIKLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 IWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNIEEHASSDVERMILG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::.:::.::::
CCDS12 IWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEHASADVEKMILG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 NKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANVEEAFFTLARDIMTKLNRKMNDS
::::.:::::::::::::::.::::::.:::::.. :::.::::::::: .:...:.. .
CCDS12 NKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLARDIKAKMDKKLEGN
130 140 150 160 170 180
190 200
pF1KB7 NSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
. :.. :::: ...:..::::: ::
CCDS12 SPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL
190 200
>>CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 (200 aa)
initn: 902 init1: 902 opt: 902 Z-score: 1052.4 bits: 201.7 E(32554): 2.7e-52
Smith-Waterman score: 902; 72.5% identity (91.0% similar) in 189 aa overlap (3-189:4-192)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFKIRTIELDGKKIKL
:::: ::::::::::::::::.:::::.:::::::::::::::::.:.::.::::::
CCDS17 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFISTIGIDFKIKTVELQGKKIKL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 QIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNIEEHASSDVERMIL
:::::::::::.::::.:::::::::::::::: :::.::..:.:::.:::. :::::.:
CCDS17 QIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFENISKWLRNIDEHANEDVERMLL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 GNKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANVEEAFFTLARDIMTKLNRKMND
::::::.::: : : .::..: ..::.:.:::::.. :.:.::.:::.::. : : .
CCDS17 GNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINIEKAFLTLAEDILRKTPVKEPN
130 140 150 160 170 180
180 190 200
pF1KB7 SNSA--GAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
:... ..:: :
CCDS17 SENVDISSGGGVTGWKSKCC
190 200
>>CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 (203 aa)
initn: 872 init1: 872 opt: 880 Z-score: 1027.0 bits: 197.0 E(32554): 6.9e-51
Smith-Waterman score: 880; 63.6% identity (88.8% similar) in 206 aa overlap (1-206:1-202)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFKIRTIELDGKKIKLQ
:::.::.:::::::::::::::::..::.:: ::.:.::::::::::::....:::::::
CCDS10 MAKAYDHLFKLLLIGDSGVGKTCLIIRFAEDNFNNTYISTIGIDFKIRTVDIEGKKIKLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 IWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNIEEHASSDVERMILG
.:::::::::.:::::::::::::.::::::.::::.::.::...:.:.::. :::..::
CCDS10 VWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFENIQNWMKSIKENASAGVERLLLG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 NKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANVEEAFFTLARDIMTKLNRKMNDS
:::::. ::.:.::...::: ..::.:.::::::: ::.::: .:::::. : . . . .
CCDS10 NKCDMEAKRKVQKEQADKLAREHGIRFFETSAKSSMNVDEAFSSLARDILLKSGGRRSGN
130 140 150 160 170 180
190 200
pF1KB7 NSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
.. . .: .... . .:::
CCDS10 GNKPPSTDLKTCDKKNTN----KCSLG
190 200
>>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa)
initn: 730 init1: 730 opt: 743 Z-score: 869.3 bits: 167.8 E(32554): 4.2e-42
Smith-Waterman score: 743; 53.9% identity (84.5% similar) in 206 aa overlap (1-204:4-205)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFKIRTIELDGKKI
: :::::::::::::::::.:::.::..:... ..:::::.:::::::::::: :
CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 KLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNIEEHASSDVERM
:::::::::::::::::..::::: ::..:::.:...::.:.:.:...:...:: .:...
CCDS46 KLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYASENVNKL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 ILGNKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANVEEAFFTLARDIMTKLNRKM
..:::::.. :. :. ....: . :: :::::::...:::..:.:.: .: ...:
CCDS46 LVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMAAEI----KKRM
130 140 150 160 170
180 190 200
pF1KB7 NDSNSAGAG--GPVKITENRSKKTSFFRCSLL
. . .::.. . ::: . :... :
CCDS46 GPGATAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC
180 190 200
>>CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 (201 aa)
initn: 714 init1: 714 opt: 722 Z-score: 845.3 bits: 163.3 E(32554): 9.2e-41
Smith-Waterman score: 722; 55.9% identity (86.7% similar) in 188 aa overlap (1-188:1-184)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFKIRTIELDGKKIKLQ
: :::::::::::::::::.:::.::..:... ..:::::.:::::::::::: ::::
CCDS31 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTIKLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 IWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNIEEHASSDVERMILG
::::::::::::::..::::: ::..:::.:...:. :.:.:...:...:: .:.....:
CCDS31 IWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEIDRYASENVNKLLVG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 NKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANVEEAFFTLARDIMTKLNRKMNDS
:: :.. :. :.. ....: . :: :::::::...:::.::.:.: .: ...:. .
CCDS31 NKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQAFMTMAAEI----KKRMGPG
130 140 150 160 170
190 200
pF1KB7 NSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
..:. :
CCDS31 AASGGERPNLKIDSTPVKPAGGGCC
180 190 200
>>CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 (212 aa)
initn: 672 init1: 672 opt: 675 Z-score: 790.8 bits: 153.3 E(32554): 9.9e-38
Smith-Waterman score: 675; 54.0% identity (85.2% similar) in 176 aa overlap (1-176:1-175)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFKIRTIELDGKKIKLQ
::: :: ::.::::::::::::::: ::... :... :::::.:::..:::.:: :...:
CCDS76 MAKQYDVLFRLLLIGDSGVGKTCLLCRFTDNEFHSSHISTIGVDFKMKTIEVDGIKVRIQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 IWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNIEEHASSDVERMILG
:::::::::..::: ::: :.::.:::::..:.:...: .:. ...:.: :.....:
CCDS76 IWDTAGQERYQTITKQYYRRAQGIFLVYDISSERSYQHIMKWVSDVDEYAPEGVQKILIG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 NKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANVEEAFFTLARDIMTKLNRKMNDS
:: : ..::::..:.:..:: .::. : :::: .. :..:.: :. ... . .::
CCDS76 NKADEEQKRQVGREQGQQLAKEYGMDFYETSACTNLNIKESFTRLT-ELVLQAHRKELEG
130 140 150 160 170
190 200
pF1KB7 NSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
CCDS76 LRMRASNELALAELEEEEGKPEGPANSSKTCWC
180 190 200 210
>>CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 (219 aa)
initn: 643 init1: 623 opt: 672 Z-score: 787.2 bits: 152.7 E(32554): 1.6e-37
Smith-Waterman score: 672; 50.8% identity (84.9% similar) in 185 aa overlap (3-187:17-201)
10 20 30 40
pF1KB7 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFK
...::.:::::::.:.:::: .:::...:.:. .:.::.:::::
CCDS12 MASAGDTQAGPRDAADQNFDYMFKLLLIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB7 IRTIELDGKKIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNI
..:. :.:::::::::::::.:::::::::::::..:.:::.:..:: ...: .:
CCDS12 VKTVYRHDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFLLMYDIANQESFAAVQDWATQI
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 EEHASSDVERMILGNKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANVEEAFFTLA
. .. .... ...:::::..:.: : : :..:: : :..:.:.::: . ::...: :.
CCDS12 KTYSWDNAQVILVGNKCDLEDERVVPAEDGRRLADDLGFEFFEASAKENINVKQVFERLV
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200
pF1KB7 RDIMTKLNRKMNDSNSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
: :.:.... :.:.:..:
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]