Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7614
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7614, 360 aa
1>>>pF1KB7614 360 - 360 aa - 360 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3671+/-0.000819; mu= 11.5242+/- 0.050
mean_var=257.2053+/-53.090, 0's: 0 Z-trim(116.9): 33 B-trim: 148 in 1/52
Lambda= 0.079971
statistics sampled from 17514 (17547) to 17514 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.834), E-opt: 0.2 (0.539), width: 16
Scan time: 2.580
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34391.1 POU5F1 gene_id:5460|Hs108|chr6 ( 360) 2531 304.4 9.9e-83
CCDS55274.1 POU5F1B gene_id:5462|Hs108|chr8 ( 359) 2412 290.7 1.3e-78
CCDS47398.2 POU5F1 gene_id:5460|Hs108|chr6 ( 190) 1299 161.9 4.2e-40
CCDS75420.1 POU5F1 gene_id:5460|Hs108|chr6 ( 164) 1134 142.7 2.1e-34
CCDS59489.1 POU5F2 gene_id:134187|Hs108|chr5 ( 328) 680 90.8 1.8e-18
CCDS33265.1 POU3F3 gene_id:5455|Hs108|chr2 ( 500) 667 89.5 6.6e-18
CCDS30679.1 POU3F1 gene_id:5453|Hs108|chr1 ( 451) 651 87.6 2.2e-17
CCDS14450.1 POU3F4 gene_id:5456|Hs108|chrX ( 361) 638 86.0 5.5e-17
CCDS5040.1 POU3F2 gene_id:5454|Hs108|chr6 ( 443) 635 85.8 7.9e-17
CCDS55655.1 POU2F1 gene_id:5451|Hs108|chr1 ( 703) 570 78.5 1.9e-14
CCDS55656.1 POU2F1 gene_id:5451|Hs108|chr1 ( 755) 570 78.6 2e-14
CCDS1259.2 POU2F1 gene_id:5451|Hs108|chr1 ( 766) 570 78.6 2e-14
CCDS8431.1 POU2F3 gene_id:25833|Hs108|chr11 ( 436) 554 76.4 5.1e-14
CCDS58190.1 POU2F3 gene_id:25833|Hs108|chr11 ( 438) 554 76.4 5.1e-14
CCDS31996.1 POU4F1 gene_id:5457|Hs108|chr13 ( 419) 514 71.8 1.2e-12
CCDS2919.1 POU1F1 gene_id:5449|Hs108|chr3 ( 291) 480 67.6 1.5e-11
CCDS46873.1 POU1F1 gene_id:5449|Hs108|chr3 ( 317) 480 67.7 1.6e-11
>>CCDS34391.1 POU5F1 gene_id:5460|Hs108|chr6 (360 aa)
initn: 2531 init1: 2531 opt: 2531 Z-score: 1598.8 bits: 304.4 E(32554): 9.9e-83
Smith-Waterman score: 2531; 100.0% identity (100.0% similar) in 360 aa overlap (1-360:1-360)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MAGHLASDFAFSPPPGGGGDGPGGPEPGWVDPRTWLSFQGPPGGPGIGPGVGPGSEVWGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MAGHLASDFAFSPPPGGGGDGPGGPEPGWVDPRTWLSFQGPPGGPGIGPGVGPGSEVWGI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 PPCPPPYEFCGGMAYCGPQVGVGLVPQGGLETSQPEGEAGVGVESNSDGASPEPCTVTPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PPCPPPYEFCGGMAYCGPQVGVGLVPQGGLETSQPEGEAGVGVESNSDGASPEPCTVTPG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 AVKLEKEKLEQNPEESQDIKALQKELEQFAKLLKQKRITLGYTQADVGLTLGVLFGKVFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 AVKLEKEKLEQNPEESQDIKALQKELEQFAKLLKQKRITLGYTQADVGLTLGVLFGKVFS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 QTTICRFEALQLSFKNMCKLRPLLQKWVEEADNNENLQEICKAETLVQARKRKRTSIENR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 QTTICRFEALQLSFKNMCKLRPLLQKWVEEADNNENLQEICKAETLVQARKRKRTSIENR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 VRGNLENLFLQCPKPTLQQISHIAQQLGLEKDVVRVWFCNRRQKGKRSSSDYAQREDFEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VRGNLENLFLQCPKPTLQQISHIAQQLGLEKDVVRVWFCNRRQKGKRSSSDYAQREDFEA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 AGSPFSGGPVSFPLAPGPHFGTPGYGSPHFTALYSSVPFPEGEAFPPVSVTTLGSPMHSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 AGSPFSGGPVSFPLAPGPHFGTPGYGSPHFTALYSSVPFPEGEAFPPVSVTTLGSPMHSN
310 320 330 340 350 360
>>CCDS55274.1 POU5F1B gene_id:5462|Hs108|chr8 (359 aa)
initn: 1734 init1: 1734 opt: 2412 Z-score: 1524.6 bits: 290.7 E(32554): 1.3e-78
Smith-Waterman score: 2412; 95.8% identity (97.5% similar) in 360 aa overlap (1-360:1-359)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MAGHLASDFAFSPPPGGGGDGPGGPEPGWVDPRTWLSFQGPPGGPGIGPGVGPGSEVWGI
:::::::::::::::::::::: : ::::::: :::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MAGHLASDFAFSPPPGGGGDGPWGAEPGWVDPLTWLSFQGPPGGPGIGPGVGPGSEVWGI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 PPCPPPYEFCGGMAYCGPQVGVGLVPQGGLETSQPEGEAGVGVESNSDGASPEPCTVTPG
::::::::.:::::::::::::::::::::::::::.::::::::::.::::::::: ::
CCDS55 PPCPPPYELCGGMAYCGPQVGVGLVPQGGLETSQPESEAGVGVESNSNGASPEPCTVPPG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 AVKLEKEKLEQNPEESQDIKALQKELEQFAKLLKQKRITLGYTQADVGLTLGVLFGKVFS
::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::
CCDS55 AVKLEKEKLEQNPEKSQDIKALQKELEQFAKLLKQKRITLGYTQADVGLILGVLFGKVFS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 QTTICRFEALQLSFKNMCKLRPLLQKWVEEADNNENLQEICKAETLVQARKRKRTSIENR
: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS55 QKTICRFEALQLSFKNMCKLRPLLQKWVEEADNNENLQEICKAETLMQARKRKRTSIENR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 VRGNLENLFLQCPKPTLQQISHIAQQLGLEKDVVRVWFCNRRQKGKRSSSDYAQREDFEA
:::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VRGNLENLFLQCPKPTLQ-ISHIAQQLGLEKDVVRVWFCNRRQKGKRSSSDYAQREDFEA
250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 AGSPFSGGPVSFPLAPGPHFGTPGYGSPHFTALYSSVPFPEGEAFPPVSVTTLGSPMHSN
::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::.:::::: :::::::::
CCDS55 AGSPFSGGPVSFPPAPGPHFGTPGYGSPHFTALYSSVPFPEGEVFPPVSVITLGSPMHSN
300 310 320 330 340 350
>>CCDS47398.2 POU5F1 gene_id:5460|Hs108|chr6 (190 aa)
initn: 1299 init1: 1299 opt: 1299 Z-score: 833.5 bits: 161.9 E(32554): 4.2e-40
Smith-Waterman score: 1299; 99.5% identity (100.0% similar) in 190 aa overlap (171-360:1-190)
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 ALQKELEQFAKLLKQKRITLGYTQADVGLTLGVLFGKVFSQTTICRFEALQLSFKNMCKL
.:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MGVLFGKVFSQTTICRFEALQLSFKNMCKL
10 20 30
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 RPLLQKWVEEADNNENLQEICKAETLVQARKRKRTSIENRVRGNLENLFLQCPKPTLQQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RPLLQKWVEEADNNENLQEICKAETLVQARKRKRTSIENRVRGNLENLFLQCPKPTLQQI
40 50 60 70 80 90
270 280 290 300 310 320
pF1KB7 SHIAQQLGLEKDVVRVWFCNRRQKGKRSSSDYAQREDFEAAGSPFSGGPVSFPLAPGPHF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SHIAQQLGLEKDVVRVWFCNRRQKGKRSSSDYAQREDFEAAGSPFSGGPVSFPLAPGPHF
100 110 120 130 140 150
330 340 350 360
pF1KB7 GTPGYGSPHFTALYSSVPFPEGEAFPPVSVTTLGSPMHSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 GTPGYGSPHFTALYSSVPFPEGEAFPPVSVTTLGSPMHSN
160 170 180 190
>>CCDS75420.1 POU5F1 gene_id:5460|Hs108|chr6 (164 aa)
initn: 1134 init1: 1134 opt: 1134 Z-score: 731.3 bits: 142.7 E(32554): 2.1e-34
Smith-Waterman score: 1134; 100.0% identity (100.0% similar) in 164 aa overlap (197-360:1-164)
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 VGLTLGVLFGKVFSQTTICRFEALQLSFKNMCKLRPLLQKWVEEADNNENLQEICKAETL
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MCKLRPLLQKWVEEADNNENLQEICKAETL
10 20 30
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 VQARKRKRTSIENRVRGNLENLFLQCPKPTLQQISHIAQQLGLEKDVVRVWFCNRRQKGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VQARKRKRTSIENRVRGNLENLFLQCPKPTLQQISHIAQQLGLEKDVVRVWFCNRRQKGK
40 50 60 70 80 90
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 RSSSDYAQREDFEAAGSPFSGGPVSFPLAPGPHFGTPGYGSPHFTALYSSVPFPEGEAFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 RSSSDYAQREDFEAAGSPFSGGPVSFPLAPGPHFGTPGYGSPHFTALYSSVPFPEGEAFP
100 110 120 130 140 150
350 360
pF1KB7 PVSVTTLGSPMHSN
::::::::::::::
CCDS75 PVSVTTLGSPMHSN
160
>>CCDS59489.1 POU5F2 gene_id:134187|Hs108|chr5 (328 aa)
initn: 925 init1: 619 opt: 680 Z-score: 445.0 bits: 90.8 E(32554): 1.8e-18
Smith-Waterman score: 945; 47.6% identity (64.9% similar) in 359 aa overlap (1-354:1-324)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MAGHLASDFAFSPPPGGGGDGPGGPEPGWVDPRTWLSFQGPPGG----PGIGPGVGPGSE
:::: :. : : ::.:: :: :: : :: :::: :. :: :.. ::. :: .
CCDS59 MAGHRPSNH-FCPLPGSGGGGPRGPMPLRVDTLTWLSTQAAPGRVMVWPAVRPGICPGPD
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 VWGIPPCPPPYEFCGGMAYCGPQVGVGLVPQGGLETSQPEGEAGVGVESNSDGASPEPCT
:: :: : :.:: : .: : :..:.. ::: .. :.:: : :
CCDS59 VWRIPLGPLPHEFRGWIAPCRPRLGAS--------------EAGDWLRRPSEGALPGPYI
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 VTPGAVKLEKEKLEQNPEESQDIKALQKELEQFAKLLKQKRITLGYTQADVGLTLGVLFG
. . :: : : ::... :::.:.:: :.:::..:::.:::::...:.:::
CCDS59 ALRSIPKLP-------PPE--DISGILKELQQLAKELRQKRLSLGYSQADVGIAVGALFG
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 KVFSQTTICRFEALQLSFKNMCKLRPLLQKWVEEADNNENLQEICKAETLVQAR-KRKRT
::.:::::::::: ::: :: ::::::.::..:.. ::: .:: : ..: : .:.
CCDS59 KVLSQTTICRFEAQQLSVANMWKLRPLLKKWLKEVEA-ENLLGLCKMEMILQQSGKWRRA
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 SIENRVRGNLENLFLQCPKPTLQQISHIAQQLGLEKDVVRVWFCNRRQKGKRSSSDYAQR
: : :. ..::..: .::::: ::::::: : :.:::::::: :: . :.: ..: . :
CCDS59 SRERRIGNSLEKFFQRCPKPTPQQISHIAGCLQLQKDVVRVWFYNRSKMGSRPTNDASPR
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 EDFEAAGSPFSGGPVSFPLAPGPHFGTPGYGSPHFTALYSSVPFPEGEAFPPVSVTTLGS
: .:: : :.:: : :. .: : ::.: :::. : : . .::::
CCDS59 EIVGTAGPPCPGAPVCFHLG----LGLP-VDIPHYTRLYSA-----GVAHSSAPATTLGL
280 290 300 310 320
360
pF1KB7 PMHSN
CCDS59 LRF
>>CCDS33265.1 POU3F3 gene_id:5455|Hs108|chr2 (500 aa)
initn: 744 init1: 619 opt: 667 Z-score: 435.0 bits: 89.5 E(32554): 6.6e-18
Smith-Waterman score: 667; 45.2% identity (63.8% similar) in 290 aa overlap (39-321:213-494)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 FAFSPPPGGGGDGPGGPEPGWVDPRTWLSFQGPPGGPGIGPGVGPGSEVWGIPPCPPPYE
: :: . : : : :. ::
CCDS33 HPGGWGAAAAAAAAAAAAAAAAHLPSMAGGQQPPPQSLLYSQPG-GFTVNGMLSAPPGPG
190 200 210 220 230 240
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 FCGGMAYCGPQVGVGLVPQGGLETSQPE-GEAGVGVESNSDGASPEPCTVT-P----GAV
:: : : : .:: : .. . :: .: . .. :.: . : :.
CCDS33 GGGGGAGGGAQ---SLVHPGLVRGDTPELAEHHHHHHHHAHPHPPHPHHAQGPPHHGGGG
250 260 270 280 290
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 KLEKEKLEQNPEESQDIKALQKELEQFAKLLKQKRITLGYTQADVGLTLGVLFGKVFSQT
:... .:.. . .:::::: .::.:: ::.:::::::.::.:.:.:::::
CCDS33 GGAGPGLNSHDPHSDEDTPTSDDLEQFAKQFKQRRIKLGFTQADVGLALGTLYGNVFSQT
300 310 320 330 340 350
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 TICRFEALQLSFKNMCKLRPLLQKWVEEADNNENLQEICKAETLVQARKRK-RTSIENRV
::::::::::::::::::.:::.::.::::.. . . . .:.:::: ::::: :
CCDS33 TICRFEALQLSFKNMCKLKPLLNKWLEEADSSTG-SPTSIDKIAAQGRKRKKRTSIEVSV
360 370 380 390 400 410
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 RGNLENLFLQCPKPTLQQISHIAQQLGLEKDVVRVWFCNRRQKGKRSSSDYAQREDFEAA
.: ::. ::.::::. :.:...:..: :::.:::::::::::: :: . :.. . .
CCDS33 KGALESHFLKCPKPSAQEITNLADSLQLEKEVVRVWFCNRRQKEKRMTPPGIQQQTPDDV
420 430 440 450 460 470
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 GSPFSGGPVSFPLAPGPHFGTPGYGSPHFTALYSSVPFPEGEAFPPVSVTTLGSPMHSN
: : :: : :: :
CCDS33 YSQV--GTVSADTPP-PHHGLQTSVQ
480 490 500
>>CCDS30679.1 POU3F1 gene_id:5453|Hs108|chr1 (451 aa)
initn: 677 init1: 603 opt: 651 Z-score: 425.5 bits: 87.6 E(32554): 2.2e-17
Smith-Waterman score: 691; 43.3% identity (62.6% similar) in 321 aa overlap (9-318:159-432)
10 20 30
pF1KB7 MAGHLASDFAFSPPPGGGGDGPGGPEPGWVDPRTWLSF
.: . ::::: : .: :.
CCDS30 AQGSTAHHLGPAMSPSPGASGGHQPQPLGLYAQAAYPGGGGGGLAG----------MLAA
130 140 150 160 170
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 QGPPGGPGIGPGVGPGSEVWGIPPCPPPYEFCGGMAYCGPQVGVGLVPQGGLETSQPEGE
: .:::. .. .. . : :::. : :. : . :::... . .
CCDS30 GGGGAGPGLHHALHEDGHEAQLEPSPPPHLGAHGHAH-------GHAHAGGLHAAAAHLH
180 190 200 210 220 230
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 AGVGVESNSDGASPEPCTVTPGAVKLEKEKLEQNPEESQDIKALQKELEQFAKLLKQKRI
:.: ..: : . :. : :.: .:::::: .::.::
CCDS30 PGAGGGGSSVGEHSD----------------EDAP--SSD------DLEQFAKQFKQRRI
240 250 260
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 TLGYTQADVGLTLGVLFGKVFSQTTICRFEALQLSFKNMCKLRPLLQKWVEEADNNE---
::.:::::::.::.:.:.:::::::::::::::::::::::.:::.::.::.:..
CCDS30 KLGFTQADVGLALGTLYGNVFSQTTICRFEALQLSFKNMCKLKPLLNKWLEETDSSSGSP
270 280 290 300 310 320
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 -NLQEICKAETLVQARKRK-RTSIENRVRGNLENLFLQCPKPTLQQISHIAQQLGLEKDV
::..: .:.:::: ::::: :.: ::. ::.::::. ..:. .:..: :::.:
CCDS30 TNLDKIA-----AQGRKRKKRTSIEVGVKGALESHFLKCPKPSAHEITGLADSLQLEKEV
330 340 350 360 370 380
280 290 300 310 320
pF1KB7 VRVWFCNRRQKGKR----SSSDYAQREDFEAAG--SPFSGGPVSFPLAPGPHFGTPGYGS
::::::::::: :: ... . .: : : .: .:: .: : :: :
CCDS30 VRVWFCNRRQKEKRMTPAAGAGHPPMDDVYAPGELGP-GGGGASPPSAPPPPPPAALHHH
390 400 410 420 430 440
330 340 350 360
pF1KB7 PHFTALYSSVPFPEGEAFPPVSVTTLGSPMHSN
CCDS30 HHHTLPGSVQ
450
>>CCDS14450.1 POU3F4 gene_id:5456|Hs108|chrX (361 aa)
initn: 619 init1: 619 opt: 638 Z-score: 418.4 bits: 86.0 E(32554): 5.5e-17
Smith-Waterman score: 665; 49.8% identity (69.5% similar) in 243 aa overlap (58-295:114-343)
30 40 50 60 70 80
pF1KB7 GWVDPRTWLSFQGPPGGPGIGPGVGPGSEVWGIPPCPPPYEFCGGM---AYCGPQVGV-G
:: : : : .:. .: : : :
CCDS14 GREDLQLGAIIHHRSPHVAHHSPHTNHPNAWGASPAPNPSITSSGQPLNVYSQPGFTVSG
90 100 110 120 130 140
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 LVPQGGLETSQPEGEAGVGVESNSDGASPEPCTVTPGAVKLEKEKLEQNPEESQDIKALQ
.. .::: : : :.....: : :. . . .. :..: ..:
CCDS14 MLEHGGL-TPPP---AAASAQSLHPVLREPPDHGELGSHHCQDHSDEETP--TSD-----
150 160 170 180 190
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 KELEQFAKLLKQKRITLGYTQADVGLTLGVLFGKVFSQTTICRFEALQLSFKNMCKLRPL
::::::: .::.:: ::.:::::::.::.:.:.:::::::::::::::::::::::.::
CCDS14 -ELEQFAKQFKQRRIKLGFTQADVGLALGTLYGNVFSQTTICRFEALQLSFKNMCKLKPL
200 210 220 230 240 250
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 LQKWVEEADNNENLQEICKAETLVQARKRK-RTSIENRVRGNLENLFLQCPKPTLQQISH
:.::.::::.. . . . .:.:::: ::::: :.: ::. ::.::::. :.::
CCDS14 LNKWLEEADSSTG-SPTSIDKIAAQGRKRKKRTSIEVSVKGVLETHFLKCPKPAAQEISS
260 270 280 290 300 310
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