Result of FASTA (ccds) for pF1KB7719
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7719, 427 aa
  1>>>pF1KB7719 427 - 427 aa - 427 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3982+/-0.000769; mu= 12.5794+/- 0.047
 mean_var=93.1872+/-18.451, 0's: 0 Z-trim(110.8): 123  B-trim: 0 in 0/51
 Lambda= 0.132861
 statistics sampled from 11764 (11890) to 11764 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.735), E-opt: 0.2 (0.365), width:  16
 Scan time:  3.320

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS8757.1 VDR gene_id:7421|Hs108|chr12            ( 427) 2897 565.2 4.2e-161
CCDS55820.1 VDR gene_id:7421|Hs108|chr12           ( 477) 2897 565.2 4.7e-161
CCDS43136.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3          ( 434)  965 194.9 1.3e-49
CCDS2995.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3           ( 473)  965 194.9 1.4e-49
CCDS54627.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3          ( 397)  534 112.3 8.9e-25
CCDS53405.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 296)  479 101.7   1e-21
CCDS44262.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 309)  479 101.7 1.1e-21
CCDS41428.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 314)  479 101.7 1.1e-21
CCDS44260.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 339)  479 101.7 1.2e-21
CCDS44261.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 340)  479 101.7 1.2e-21
CCDS1228.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1           ( 348)  479 101.7 1.2e-21
CCDS41430.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 352)  479 101.7 1.2e-21
CCDS41429.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 357)  479 101.7 1.2e-21
CCDS53409.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 319)  437 93.6 2.9e-19
CCDS58673.1 NR1H2 gene_id:7376|Hs108|chr19         ( 363)  426 91.5 1.4e-18
CCDS42593.1 NR1H2 gene_id:7376|Hs108|chr19         ( 460)  426 91.6 1.7e-18
CCDS44585.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11        ( 402)  385 83.7 3.5e-16
CCDS7929.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11         ( 447)  385 83.7 3.9e-16
CCDS73285.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11        ( 453)  385 83.7 3.9e-16
CCDS44584.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11        ( 387)  381 82.9 5.8e-16
CCDS2641.1 THRB gene_id:7068|Hs108|chr3            ( 461)  375 81.8 1.5e-15
CCDS42316.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17          ( 410)  368 80.5 3.4e-15
CCDS58546.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17          ( 451)  368 80.5 3.7e-15
CCDS11360.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17          ( 490)  368 80.5   4e-15
CCDS9078.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12          ( 472)  353 77.6 2.9e-14
CCDS55875.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12         ( 482)  353 77.6 2.9e-14
CCDS41790.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12          ( 443)  351 77.2 3.5e-14
CCDS8850.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12           ( 454)  351 77.2 3.6e-14
CCDS58236.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12          ( 382)  347 76.4 5.3e-14
CCDS55873.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12         ( 476)  344 75.9 9.5e-14
CCDS55876.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12         ( 486)  344 75.9 9.7e-14
CCDS68131.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 395)  337 74.5 2.1e-13
CCDS13331.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 417)  337 74.5 2.2e-13
CCDS46604.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 442)  337 74.5 2.3e-13
CCDS74728.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 449)  337 74.5 2.3e-13
CCDS42876.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 452)  337 74.5 2.3e-13
CCDS46605.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 464)  337 74.5 2.4e-13
CCDS13330.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 474)  337 74.5 2.4e-13
CCDS42317.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17          ( 457)  336 74.3 2.7e-13
CCDS11366.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17          ( 462)  336 74.3 2.7e-13
CCDS1517.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1           ( 435)  335 74.1 2.9e-13
CCDS41468.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1          ( 458)  335 74.1   3e-13
CCDS72970.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1           ( 340)  331 73.3   4e-13
CCDS1248.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1            ( 463)  331 73.4 5.2e-13
CCDS55340.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9          ( 475)  330 73.2 6.1e-13
CCDS65127.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9          ( 476)  330 73.2 6.1e-13
CCDS9850.2 ESRRB gene_id:2103|Hs108|chr14          ( 508)  328 72.8 8.4e-13
CCDS6220.2 HNF4G gene_id:3174|Hs108|chr8           ( 445)  327 72.6 8.6e-13
CCDS83303.1 HNF4G gene_id:3174|Hs108|chr8          ( 408)  326 72.4 9.1e-13
CCDS74905.1 NR2C2 gene_id:7182|Hs108|chr3          ( 596)  327 72.7 1.1e-12


>>CCDS8757.1 VDR gene_id:7421|Hs108|chr12                 (427 aa)
 initn: 2897 init1: 2897 opt: 2897  Z-score: 3005.7  bits: 565.2 E(32554): 4.2e-161
Smith-Waterman score: 2897; 100.0% identity (100.0% similar) in 427 aa overlap (1-427:1-427)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MEAMAASTSLPDPGDFDRNVPRICGVCGDRATGFHFNAMTCEGCKGFFRRSMKRKALFTC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 MEAMAASTSLPDPGDFDRNVPRICGVCGDRATGFHFNAMTCEGCKGFFRRSMKRKALFTC
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 PFNGDCRITKDNRRHCQACRLKRCVDIGMMKEFILTDEEVQRKREMILKRKEEEALKDSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 PFNGDCRITKDNRRHCQACRLKRCVDIGMMKEFILTDEEVQRKREMILKRKEEEALKDSL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 RPKLSEEQQRIIAILLDAHHKTYDPTYSDFCQFRPPVRVNDGGGSHPSRPNSRHTPSFSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 RPKLSEEQQRIIAILLDAHHKTYDPTYSDFCQFRPPVRVNDGGGSHPSRPNSRHTPSFSG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 DSSSSCSDHCITSSDMMDSSSFSNLDLSEEDSDDPSVTLELSQLSMLPHLADLVSYSIQK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 DSSSSCSDHCITSSDMMDSSSFSNLDLSEEDSDDPSVTLELSQLSMLPHLADLVSYSIQK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 VIGFAKMIPGFRDLTSEDQIVLLKSSAIEVIMLRSNESFTMDDMSWTCGNQDYKYRVSDV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 VIGFAKMIPGFRDLTSEDQIVLLKSSAIEVIMLRSNESFTMDDMSWTCGNQDYKYRVSDV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 TKAGHSLELIEPLIKFQVGLKKLNLHEEEHVLLMAICIVSPDRPGVQDAALIEAIQDRLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 TKAGHSLELIEPLIKFQVGLKKLNLHEEEHVLLMAICIVSPDRPGVQDAALIEAIQDRLS
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 NTLQTYIRCRHPPPGSHLLYAKMIQKLADLRSLNEEHSKQYRCLSFQPECSMKLTPLVLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 NTLQTYIRCRHPPPGSHLLYAKMIQKLADLRSLNEEHSKQYRCLSFQPECSMKLTPLVLE
              370       380       390       400       410       420

              
pF1KB7 VFGNEIS
       :::::::
CCDS87 VFGNEIS
              

>>CCDS55820.1 VDR gene_id:7421|Hs108|chr12                (477 aa)
 initn: 2897 init1: 2897 opt: 2897  Z-score: 3005.0  bits: 565.2 E(32554): 4.7e-161
Smith-Waterman score: 2897; 100.0% identity (100.0% similar) in 427 aa overlap (1-427:51-477)

                                             10        20        30
pF1KB7                               MEAMAASTSLPDPGDFDRNVPRICGVCGDR
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VEEAFGSEVSVRPHRRAPLGSTYLPPAPSGMEAMAASTSLPDPGDFDRNVPRICGVCGDR
               30        40        50        60        70        80

               40        50        60        70        80        90
pF1KB7 ATGFHFNAMTCEGCKGFFRRSMKRKALFTCPFNGDCRITKDNRRHCQACRLKRCVDIGMM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ATGFHFNAMTCEGCKGFFRRSMKRKALFTCPFNGDCRITKDNRRHCQACRLKRCVDIGMM
               90       100       110       120       130       140

              100       110       120       130       140       150
pF1KB7 KEFILTDEEVQRKREMILKRKEEEALKDSLRPKLSEEQQRIIAILLDAHHKTYDPTYSDF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 KEFILTDEEVQRKREMILKRKEEEALKDSLRPKLSEEQQRIIAILLDAHHKTYDPTYSDF
              150       160       170       180       190       200

              160       170       180       190       200       210
pF1KB7 CQFRPPVRVNDGGGSHPSRPNSRHTPSFSGDSSSSCSDHCITSSDMMDSSSFSNLDLSEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 CQFRPPVRVNDGGGSHPSRPNSRHTPSFSGDSSSSCSDHCITSSDMMDSSSFSNLDLSEE
              210       220       230       240       250       260

              220       230       240       250       260       270
pF1KB7 DSDDPSVTLELSQLSMLPHLADLVSYSIQKVIGFAKMIPGFRDLTSEDQIVLLKSSAIEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 DSDDPSVTLELSQLSMLPHLADLVSYSIQKVIGFAKMIPGFRDLTSEDQIVLLKSSAIEV
              270       280       290       300       310       320

              280       290       300       310       320       330
pF1KB7 IMLRSNESFTMDDMSWTCGNQDYKYRVSDVTKAGHSLELIEPLIKFQVGLKKLNLHEEEH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 IMLRSNESFTMDDMSWTCGNQDYKYRVSDVTKAGHSLELIEPLIKFQVGLKKLNLHEEEH
              330       340       350       360       370       380

              340       350       360       370       380       390
pF1KB7 VLLMAICIVSPDRPGVQDAALIEAIQDRLSNTLQTYIRCRHPPPGSHLLYAKMIQKLADL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VLLMAICIVSPDRPGVQDAALIEAIQDRLSNTLQTYIRCRHPPPGSHLLYAKMIQKLADL
              390       400       410       420       430       440

              400       410       420       
pF1KB7 RSLNEEHSKQYRCLSFQPECSMKLTPLVLEVFGNEIS
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 RSLNEEHSKQYRCLSFQPECSMKLTPLVLEVFGNEIS
              450       460       470       

>>CCDS43136.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3               (434 aa)
 initn: 969 init1: 297 opt: 965  Z-score: 1004.2  bits: 194.9 E(32554): 1.3e-49
Smith-Waterman score: 1050; 42.2% identity (70.8% similar) in 408 aa overlap (21-423:38-430)

                         10        20        30        40        50
pF1KB7           MEAMAASTSLPDPGDFDRNVPRICGVCGDRATGFHFNAMTCEGCKGFFRR
                                     :.:: ::::.:::.:::.::::::::::::
CCDS43 SWNHADFVHCEDTESVPGKPSVNADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRR
        10        20        30        40        50        60       

               60         70        80        90       100         
pF1KB7 SMKRKALFTCPF-NGDCRITKDNRRHCQACRLKRCVDIGMMKEFILTDEEVQRKREMILK
       .:::.: . ::: .: :.::. .::.::::::..:.. :: ::.:..:: :...: .: .
CCDS43 AMKRNARLRCPFRKGACEITRKTRRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKR
        70        80        90       100       110       120       

     110       120        130       140       150       160        
pF1KB7 RKEEEALKDSLRPK-LSEEQQRIIAILLDAHHKTYDPTYSDFCQFRPPVRVNDGGGSHPS
       .: :..  . :  . :.:::. .:  :.::. ::.: :.: : .:: :  ...:      
CCDS43 KKSERTGTQPLGVQGLTEEQRMMIRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSSGC----E
       130       140       150       160       170       180       

      170         180       190       200       210       220      
pF1KB7 RPNSRHTPSF--SGDSSSSCSDHCITSSDMMDSSSFSNLDLSEEDSDDPSVTLELSQLSM
        :.: ..::   ..  :.  .: :    ..  : .. . : :  .   :. .     .:.
CCDS43 LPESLQAPSREEAAKWSQVRKDLC----SLKVSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSL
           190       200           210       220       230         

        230       240       250       260       270       280      
pF1KB7 LPHLADLVSYSIQKVIGFAKMIPGFRDLTSEDQIVLLKSSAIEVIMLRSNESFTMDDMSW
       :::.::. .: .. .:.:::.:  ::::  :::: :::..:.:. .:: :  :. .  .:
CCDS43 LPHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIEDQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTW
     240       250       260       270       280       290         

        290       300       310       320       330       340      
pF1KB7 TCGNQDYKYRVSDVTKAGHSLELIEPLIKFQVGLKKLNLHEEEHVLLMAICIVSPDRPGV
        ::    .: . : : .: .  :.::..::.  ::::.:::::.::..:: . :::::::
CCDS43 ECGR--LSYCLED-TAGGFQQLLLEPMLKFHYMLKKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGV
     300         310        320       330       340       350      

        350       360       370       380       390       400      
pF1KB7 QDAALIEAIQDRLSNTLQTYIRCRHPPPGSHLLYAKMIQKLADLRSLNEEHSKQY-RCLS
        .  ... .:.... ::..::.: .: :. ..:. :..  :..:::.: .:...  :  .
CCDS43 LQHRVVDQLQEQFAITLKSYIECNRPQPAHRFLFLKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQD
        360       370       380       390       400       410      

         410       420       
pF1KB7 FQPECSMKLTPLVLEVFGNEIS
       ..:      :::. :.::    
CCDS43 IHPFA----TPLMQELFGITGS
        420           430    

>>CCDS2995.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3                (473 aa)
 initn: 969 init1: 297 opt: 965  Z-score: 1003.7  bits: 194.9 E(32554): 1.4e-49
Smith-Waterman score: 1050; 42.2% identity (70.8% similar) in 408 aa overlap (21-423:77-469)

                         10        20        30        40        50
pF1KB7           MEAMAASTSLPDPGDFDRNVPRICGVCGDRATGFHFNAMTCEGCKGFFRR
                                     :.:: ::::.:::.:::.::::::::::::
CCDS29 SWNHADFVHCEDTESVPGKPSVNADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRR
         50        60        70        80        90       100      

               60         70        80        90       100         
pF1KB7 SMKRKALFTCPF-NGDCRITKDNRRHCQACRLKRCVDIGMMKEFILTDEEVQRKREMILK
       .:::.: . ::: .: :.::. .::.::::::..:.. :: ::.:..:: :...: .: .
CCDS29 AMKRNARLRCPFRKGACEITRKTRRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKR
        110       120       130       140       150       160      

     110       120        130       140       150       160        
pF1KB7 RKEEEALKDSLRPK-LSEEQQRIIAILLDAHHKTYDPTYSDFCQFRPPVRVNDGGGSHPS
       .: :..  . :  . :.:::. .:  :.::. ::.: :.: : .:: :  ...:      
CCDS29 KKSERTGTQPLGVQGLTEEQRMMIRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSSGC----E
        170       180       190       200       210       220      

      170         180       190       200       210       220      
pF1KB7 RPNSRHTPSF--SGDSSSSCSDHCITSSDMMDSSSFSNLDLSEEDSDDPSVTLELSQLSM
        :.: ..::   ..  :.  .: :    ..  : .. . : :  .   :. .     .:.
CCDS29 LPESLQAPSREEAAKWSQVRKDLC----SLKVSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSL
            230       240           250       260       270        

        230       240       250       260       270       280      
pF1KB7 LPHLADLVSYSIQKVIGFAKMIPGFRDLTSEDQIVLLKSSAIEVIMLRSNESFTMDDMSW
       :::.::. .: .. .:.:::.:  ::::  :::: :::..:.:. .:: :  :. .  .:
CCDS29 LPHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIEDQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTW
      280       290       300       310       320       330        

        290       300       310       320       330       340      
pF1KB7 TCGNQDYKYRVSDVTKAGHSLELIEPLIKFQVGLKKLNLHEEEHVLLMAICIVSPDRPGV
        ::    .: . : : .: .  :.::..::.  ::::.:::::.::..:: . :::::::
CCDS29 ECGR--LSYCLED-TAGGFQQLLLEPMLKFHYMLKKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGV
      340          350       360       370       380       390     

        350       360       370       380       390       400      
pF1KB7 QDAALIEAIQDRLSNTLQTYIRCRHPPPGSHLLYAKMIQKLADLRSLNEEHSKQY-RCLS
        .  ... .:.... ::..::.: .: :. ..:. :..  :..:::.: .:...  :  .
CCDS29 LQHRVVDQLQEQFAITLKSYIECNRPQPAHRFLFLKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQD
         400       410       420       430       440       450     

         410       420       
pF1KB7 FQPECSMKLTPLVLEVFGNEIS
       ..:      :::. :.::    
CCDS29 IHPFA----TPLMQELFGITGS
         460           470   

>>CCDS54627.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3               (397 aa)
 initn: 882 init1: 297 opt: 534  Z-score: 558.3  bits: 112.3 E(32554): 8.9e-25
Smith-Waterman score: 976; 40.8% identity (67.1% similar) in 407 aa overlap (21-423:38-393)

                         10        20        30        40        50
pF1KB7           MEAMAASTSLPDPGDFDRNVPRICGVCGDRATGFHFNAMTCEGCKGFFRR
                                     :.:: ::::.:::.:::.::::::::::::
CCDS54 SWNHADFVHCEDTESVPGKPSVNADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRR
        10        20        30        40        50        60       

               60         70        80        90       100         
pF1KB7 SMKRKALFTCPF-NGDCRITKDNRRHCQACRLKRCVDIGMMKEFILTDEEVQRKREMILK
       .:::.: . ::: .: :.::. .::.::::::..:.. :: ::.:..:: :...: .: .
CCDS54 AMKRNARLRCPFRKGACEITRKTRRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKR
        70        80        90       100       110       120       

     110       120        130       140       150       160        
pF1KB7 RKEEEALKDSLRPK-LSEEQQRIIAILLDAHHKTYDPTYSDFCQFRPPVRVNDGGGSHPS
       .: :..  . :  . :.:::. .:  :.::. ::.: :.: : .::  ...    ::  .
CCDS54 KKSERTGTQPLGVQGLTEEQRMMIRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFRVSLQLRGEDGSVWN
       130       140       150       160       170       180       

       170       180       190       200       210       220       
pF1KB7 -RPNSRHTPSFSGDSSSSCSDHCITSSDMMDSSSFSNLDLSEEDSDDPSVTLELSQLSML
        .:     :. :: .                                     :.  .:.:
CCDS54 YKP-----PADSGGK-------------------------------------EI--FSLL
       190                                                   200   

       230       240       250       260       270       280       
pF1KB7 PHLADLVSYSIQKVIGFAKMIPGFRDLTSEDQIVLLKSSAIEVIMLRSNESFTMDDMSWT
       ::.::. .: .. .:.:::.:  ::::  :::: :::..:.:. .:: :  :. .  .: 
CCDS54 PHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIEDQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWE
           210       220       230       240       250       260   

       290       300       310       320       330       340       
pF1KB7 CGNQDYKYRVSDVTKAGHSLELIEPLIKFQVGLKKLNLHEEEHVLLMAICIVSPDRPGVQ
       ::    .: . : : .: .  :.::..::.  ::::.:::::.::..:: . ::::::: 
CCDS54 CGR--LSYCLED-TAGGFQQLLLEPMLKFHYMLKKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGVL
             270        280       290       300       310       320

       350       360       370       380       390       400       
pF1KB7 DAALIEAIQDRLSNTLQTYIRCRHPPPGSHLLYAKMIQKLADLRSLNEEHSKQY-RCLSF
       .  ... .:.... ::..::.: .: :. ..:. :..  :..:::.: .:...  :  ..
CCDS54 QHRVVDQLQEQFAITLKSYIECNRPQPAHRFLFLKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQDI
              330       340       350       360       370       380

        410       420       
pF1KB7 QPECSMKLTPLVLEVFGNEIS
       .:      :::. :.::    
CCDS54 HPFA----TPLMQELFGITGS
                  390       

>>CCDS53405.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1               (296 aa)
 initn: 713 init1: 398 opt: 479  Z-score: 503.3  bits: 101.7 E(32554): 1e-21
Smith-Waterman score: 542; 34.4% identity (57.7% similar) in 279 aa overlap (22-299:9-228)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MEAMAASTSLPDPGDFDRNVPRICGVCGDRATGFHFNAMTCEGCKGFFRRSMKRKALFTC
                            : : ::::.:::.::::.:::::::::::.....   ::
CCDS53              MASREDELRNCVVCGDQATGYHFNALTCEGCKGFFRRTVSKSIGPTC
                            10        20        30        40       

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 PFNGDCRITKDNRRHCQACRLKRCVDIGMMKEFILTDEEVQRKREMILKRKEEEALKDSL
       :: :.:...: .:::: ::::..:.: :: :..::. : .  .:    .:. ...     
CCDS53 PFAGSCEVSKTQRRHCPACRLQKCLDAGMRKDMILSAEALALRRAKQAQRRAQQT-----
        50        60        70        80        90       100       

               130       140       150       160       170         
pF1KB7 RP-KLSEEQQRIIAILLDAHHKTYDPTYSDFCQFRPPVRVNDGGGSHPSRPNSRHTPSFS
        : .::.::...:  :: :: . .   . .: :::::...      :       : :   
CCDS53 -PVQLSKEQEELIRTLLGAHTRHMGTMFEQFVQFRPPAHLF----IH-------HQPL--
             110       120       130       140                     

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB7 GDSSSSCSDHCITSSDMMDSSSFSNLDLSEEDSDDPSVTLELSQLSMLPHLADLVSYSIQ
                                          :...     : .. :.::. .. . 
CCDS53 -----------------------------------PTLA---PVLPLVTHFADINTFMVL
                                         150          160       170

     240       250       260       270       280       290         
pF1KB7 KVIGFAKMIPGFRDLTSEDQIVLLKSSAIEVIMLRSNESFTMDDMSWTCGNQDYKYRVSD
       .:: :.: .: ::.:  :::: :::..:.:.  .  : .: .. ... ::    .: . :
CCDS53 QVIKFTKDLPVFRSLPIEDQISLLKGAAVEICHIVLNTTFCLQTQNFLCG--PLRYTIED
              180       190       200       210       220          

     300       310       320       330       340       350         
pF1KB7 VTKAGHSLELIEPLIKFQVGLKKLNLHEEEHVLLMAICIVSPDRPGVQDAALIEAIQDRL
                                                                   
CCDS53 GARDRPGVTQRDEIDQLQEEMALTLQSYIKGQQRRPRDRSPGTPWIHWSGKMLGPKIGPG
      230       240       250       260       270       280        

>>CCDS44262.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1               (309 aa)
 initn: 788 init1: 398 opt: 479  Z-score: 503.0  bits: 101.7 E(32554): 1.1e-21
Smith-Waterman score: 613; 31.4% identity (54.4% similar) in 401 aa overlap (22-421:9-307)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MEAMAASTSLPDPGDFDRNVPRICGVCGDRATGFHFNAMTCEGCKGFFRRSMKRKALFTC
                            : : ::::.:::.::::.:::::::::::.....   ::
CCDS44              MASREDELRNCVVCGDQATGYHFNALTCEGCKGFFRRTVSKSIGPTC
                            10        20        30        40       

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 PFNGDCRITKDNRRHCQACRLKRCVDIGMMKEFILTDEEVQRKREMILKRKEEEALKDSL
       :: :.:...: .:::: ::::..:.: :: :..::. : .  .:    .:. ...     
CCDS44 PFAGSCEVSKTQRRHCPACRLQKCLDAGMRKDMILSAEALALRRAKQAQRRAQQT-----
        50        60        70        80        90       100       

               130       140       150       160       170         
pF1KB7 RP-KLSEEQQRIIAILLDAHHKTYDPTYSDFCQFRPPVRVNDGGGSHPSRPNSRHTPSFS
        : .::.::...:  :: :: . .   . .: :::::...             .: :   
CCDS44 -PVQLSKEQEELIRTLLGAHTRHMGTMFEQFVQFRPPAHLF-----------IHHQPL--
             110       120       130       140                     

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB7 GDSSSSCSDHCITSSDMMDSSSFSNLDLSEEDSDDPSVTLELSQLSMLPHLADLVSYSIQ
                                          :...     : .. :.::. .. . 
CCDS44 -----------------------------------PTLA---PVLPLVTHFADINTFMVL
                                         150          160       170

     240       250       260       270       280       290         
pF1KB7 KVIGFAKMIPGFRDLTSEDQIVLLKSSAIEVIMLRSNESFTMDDMSWTCGNQDYKYRVSD
       .:: :.: .: ::.:  :::: :::..:.:.  .  : .: .. ... ::    .: . :
CCDS44 QVIKFTKDLPVFRSLPIEDQISLLKGAAVEICHIVLNTTFCLQTQNFLCG--PLRYTIED
              180       190       200       210       220          

     300       310       320       330       340       350         
pF1KB7 VTKAGHSLELIEPLIKFQVGLKKLNLHEEEHVLLMAICIVSPDRPGVQDAALIEAIQDRL
                          : .                    ::::: .   :. .:...
CCDS44 -------------------GAR--------------------DRPGVTQRDEIDQLQEEM
                         230                           240         

     360       370       380       390       400       410         
pF1KB7 SNTLQTYIRCRHPPPGSHLLYAKMIQKLADLRSLNEEHSKQYRCLSFQPECSMKLTPLVL
       . :::.::. ..  : ...::::..  ::.:::.:: .. : .   .:   .:   ::. 
CCDS44 ALTLQSYIKGQQRRPRDRFLYAKLLGLLAELRSINEAYGYQIQ--HIQGLSAM--MPLLQ
     250       260       270       280       290         300       

     420       
pF1KB7 EVFGNEIS
       :.      
CCDS44 EICS    
               

>>CCDS41428.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1               (314 aa)
 initn: 768 init1: 378 opt: 479  Z-score: 502.9  bits: 101.7 E(32554): 1.1e-21
Smith-Waterman score: 628; 31.7% identity (55.1% similar) in 401 aa overlap (22-421:9-312)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MEAMAASTSLPDPGDFDRNVPRICGVCGDRATGFHFNAMTCEGCKGFFRRSMKRKALFTC
                            : : ::::.:::.::::.:::::::::::.....   ::
CCDS41              MASREDELRNCVVCGDQATGYHFNALTCEGCKGFFRRTVSKSIGPTC
                            10        20        30        40       

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 PFNGDCRITKDNRRHCQACRLKRCVDIGMMKEFILTDEEVQRKREMILKRKEEEALKDSL
       :: :.:...: .:::: ::::..:.: :: :..::. : .  .:    .:. ...     
CCDS41 PFAGSCEVSKTQRRHCPACRLQKCLDAGMRKDMILSAEALALRRAKQAQRRAQQT-----
        50        60        70        80        90       100       

               130       140       150       160       170         
pF1KB7 RP-KLSEEQQRIIAILLDAHHKTYDPTYSDFCQFRPPVRVNDGGGSHPSRPNSRHTPSFS
        : .::.::...:  :: :: . .   . .: :::::...             .: :   
CCDS41 -PVQLSKEQEELIRTLLGAHTRHMGTMFEQFVQFRPPAHLF-----------IHHQPL--
             110       120       130       140                     

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB7 GDSSSSCSDHCITSSDMMDSSSFSNLDLSEEDSDDPSVTLELSQLSMLPHLADLVSYSIQ
                                          :...     : .. :.::. .. . 
CCDS41 -----------------------------------PTLA---PVLPLVTHFADINTFMVL
                                         150          160       170

     240       250       260       270       280       290         
pF1KB7 KVIGFAKMIPGFRDLTSEDQIVLLKSSAIEVIMLRSNESFTMDDMSWTCGNQDYKYRVSD
       .:: :.: .: ::.:  :::: :::..:.:.  .  : .: .. ... ::    .: . :
CCDS41 QVIKFTKDLPVFRSLPIEDQISLLKGAAVEICHIVLNTTFCLQTQNFLCG--PLRYTIED
              180       190       200       210       220          

     300       310       320       330       340       350         
pF1KB7 VTKAGHSLELIEPLIKFQVGLKKLNLHEEEHVLLMAICIVSPDRPGVQDAALIEAIQDRL
        ..:        : .                           ::::: .   :. .:...
CCDS41 GARA--------PYLT--------------------------DRPGVTQRDEIDQLQEEM
      230                                         240       250    

     360       370       380       390       400       410         
pF1KB7 SNTLQTYIRCRHPPPGSHLLYAKMIQKLADLRSLNEEHSKQYRCLSFQPECSMKLTPLVL
       . :::.::. ..  : ...::::..  ::.:::.:: .. : .   .:   .:   ::. 
CCDS41 ALTLQSYIKGQQRRPRDRFLYAKLLGLLAELRSINEAYGYQIQ--HIQGLSAM--MPLLQ
          260       270       280       290         300         310

     420       
pF1KB7 EVFGNEIS
       :.      
CCDS41 EICS    
               

>>CCDS44260.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1               (339 aa)
 initn: 779 init1: 398 opt: 479  Z-score: 502.4  bits: 101.7 E(32554): 1.2e-21
Smith-Waterman score: 710; 34.9% identity (60.5% similar) in 375 aa overlap (22-384:9-324)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MEAMAASTSLPDPGDFDRNVPRICGVCGDRATGFHFNAMTCEGCKGFFRRSMKRKALFTC
                            : : ::::.:::.::::.:::::::::::.....   ::
CCDS44              MASREDELRNCVVCGDQATGYHFNALTCEGCKGFFRRTVSKSIGPTC
                            10        20        30        40       

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 PFNGDCRITKDNRRHCQACRLKRCVDIGMMKEFILTDEEVQRKREMILKRKEEEALKDSL
       :: :.:...: .:::: ::::..:.: :: :..::. : .  .:    .:. ...     
CCDS44 PFAGSCEVSKTQRRHCPACRLQKCLDAGMRKDMILSAEALALRRAKQAQRRAQQT-----
        50        60        70        80        90       100       

               130       140       150       160       170         
pF1KB7 RP-KLSEEQQRIIAILLDAHHKTYDPTYSDFCQFRPPVRVNDGGGSHPSRPNSRHTPSFS
        : .::.::...:  :: :: . .   . .: :::::...      :       : :   
CCDS44 -PVQLSKEQEELIRTLLGAHTRHMGTMFEQFVQFRPPAHLF----IH-------HQPL--
             110       120       130       140                     

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB7 GDSSSSCSDHCITSSDMMDSSSFSNLDLSEEDSDDPSVTLELSQLSMLPHLADLVSYSIQ
                                          :...     : .. :.::. .. . 
CCDS44 -----------------------------------PTLA---PVLPLVTHFADINTFMVL
                                         150          160       170

     240       250       260       270       280       290         
pF1KB7 KVIGFAKMIPGFRDLTSEDQIVLLKSSAIEVIMLRSNESFTMDDMSWTCGNQDYKYRVSD
       .:: :.: .: ::.:  :::: :::..:.:.  .  : .: .. ... ::    .: . :
CCDS44 QVIKFTKDLPVFRSLPIEDQISLLKGAAVEICHIVLNTTFCLQTQNFLCG--PLRYTIED
              180       190       200       210       220          

     300           310       320       330       340       350     
pF1KB7 VTKA----GHSLELIEPLIKFQVGLKKLNLHEEEHVLLMAICIVSPDRPGVQDAALIEAI
        ...    : ..:..: :..:.  :.::.:.: :.::: :. . ::::::: .   :. .
CCDS44 GARVSPTVGFQVEFLELLFHFHGTLRKLQLQEPEYVLLAAMALFSPDRPGVTQRDEIDQL
      230       240       250       260       270       280        

         360         370          380         390       400        
pF1KB7 QDRLSNTLQTYIRC--RHP---PPGSHLLY--AKMIQKLADLRSLNEEHSKQYRCLSFQP
       :.... :::.::.   :.:    ::.  ..  .::.                        
CCDS44 QEEMALTLQSYIKGQQRRPRDRSPGTPWIHWSGKMLGPKIGPGSKGAQWLQ         
      290       300       310       320       330                  

      410       420       
pF1KB7 ECSMKLTPLVLEVFGNEIS

>>CCDS44261.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1               (340 aa)
 initn: 775 init1: 398 opt: 479  Z-score: 502.4  bits: 101.7 E(32554): 1.2e-21
Smith-Waterman score: 708; 34.8% identity (60.4% similar) in 376 aa overlap (22-384:9-325)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MEAMAASTSLPDPGDFDRNVPRICGVCGDRATGFHFNAMTCEGCKGFFRRSMKRKALFTC
                            : : ::::.:::.::::.:::::::::::.....   ::
CCDS44              MASREDELRNCVVCGDQATGYHFNALTCEGCKGFFRRTVSKSIGPTC
                            10        20        30        40       

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 PFNGDCRITKDNRRHCQACRLKRCVDIGMMKEFILTDEEVQRKREMILKRKEEEALKDSL
       :: :.:...: .:::: ::::..:.: :: :..::. : .  .:    .:. ...     
CCDS44 PFAGSCEVSKTQRRHCPACRLQKCLDAGMRKDMILSAEALALRRAKQAQRRAQQT-----
        50        60        70        80        90       100       

               130       140       150       160       170         
pF1KB7 RP-KLSEEQQRIIAILLDAHHKTYDPTYSDFCQFRPPVRVNDGGGSHPSRPNSRHTPSFS
        : .::.::...:  :: :: . .   . .: :::::...      :       : :   
CCDS44 -PVQLSKEQEELIRTLLGAHTRHMGTMFEQFVQFRPPAHLF----IH-------HQPL--
             110       120       130       140                     

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB7 GDSSSSCSDHCITSSDMMDSSSFSNLDLSEEDSDDPSVTLELSQLSMLPHLADLVSYSIQ
                                          :...     : .. :.::. .. . 
CCDS44 -----------------------------------PTLA---PVLPLVTHFADINTFMVL
                                         150          160       170

     240       250       260       270       280       290         
pF1KB7 KVIGFAKMIPGFRDLTSEDQIVLLKSSAIEVIMLRSNESFTMDDMSWTCGNQDYKYRVSD
       .:: :.: .: ::.:  :::: :::..:.:.  .  : .: .. ... ::    .: . :
CCDS44 QVIKFTKDLPVFRSLPIEDQISLLKGAAVEICHIVLNTTFCLQTQNFLCG--PLRYTIED
              180       190       200       210       220          

     300       310       320       330       340            350    
pF1KB7 VTKAGHSLELIEPLIKFQVGLKKLNLHEEEHVLLMAICIVSP-----DRPGVQDAALIEA
        ...: ..:..: :..:.  :.::.:.: :.::: :. . ::     ::::: .   :. 
CCDS44 GARVGFQVEFLELLFHFHGTLRKLQLQEPEYVLLAAMALFSPAPYLTDRPGVTQRDEIDQ
      230       240       250       260       270       280        

          360         370          380         390       400       
pF1KB7 IQDRLSNTLQTYIRC--RHP---PPGSHLLY--AKMIQKLADLRSLNEEHSKQYRCLSFQ
       .:.... :::.::.   :.:    ::.  ..  .::.                       
CCDS44 LQEEMALTLQSYIKGQQRRPRDRSPGTPWIHWSGKMLGPKIGPGSKGAQWLQ        
      290       300       310       320       330       340        

       410       420       
pF1KB7 PECSMKLTPLVLEVFGNEIS




427 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Fri Nov  4 09:15:22 2016 done: Fri Nov  4 09:15:22 2016
 Total Scan time:  3.320 Total Display time:  0.060

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com