FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB7725, 423 aa 1>>>pF1KB7725 423 - 423 aa - 423 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0696+/-0.000759; mu= 16.6566+/- 0.047 mean_var=365.9181+/-74.480, 0's: 0 Z-trim(112.3): 2015 B-trim: 108 in 1/53 Lambda= 0.067047 statistics sampled from 18856 (21193) to 18856 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.575), E-opt: 0.2 (0.248), width: 16 Scan time: 7.440 The best scores are: opt bits E(85289) NP_065984 (OMIM: 613864) zinc finger protein 317 i ( 595) 1366 147.6 8.2e-35 NP_001316584 (OMIM: 194528) zinc finger protein 25 ( 455) 1254 136.5 1.3e-31 XP_005272572 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1257 137.5 1.5e-31 NP_001304845 (OMIM: 616290) zinc finger protein 65 (1059) 1257 137.5 1.5e-31 NP_149350 (OMIM: 616290) zinc finger protein 658 [ (1059) 1257 137.5 1.5e-31 XP_016870103 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1257 137.5 1.5e-31 XP_011543981 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1257 137.5 1.5e-31 NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1223 133.8 1.2e-30 XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1223 133.8 1.2e-30 XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1223 133.8 1.2e-30 XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1223 133.8 1.2e-30 NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1223 133.8 1.2e-30 XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1223 133.8 1.3e-30 NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1223 133.8 1.3e-30 XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1223 133.8 1.3e-30 XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1223 133.8 1.3e-30 NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1223 133.8 1.3e-30 NP_001309068 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1219 133.6 1.7e-30 NP_001309067 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1219 133.6 1.7e-30 NP_001309066 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1219 133.6 1.7e-30 NP_001096073 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1219 133.6 1.8e-30 NP_001309060 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1219 133.6 1.8e-30 NP_001309062 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1219 133.6 1.8e-30 NP_001309058 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1219 133.6 1.8e-30 NP_001309064 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1219 133.6 1.8e-30 NP_001309057 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1219 133.6 1.8e-30 NP_001309059 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1219 133.6 1.8e-30 NP_001309061 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1219 133.6 1.8e-30 NP_001309063 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1219 133.6 1.8e-30 NP_150630 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1219 133.6 1.8e-30 NP_942596 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1219 133.6 1.8e-30 NP_001309065 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1219 133.6 1.8e-30 XP_016882935 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 818) 1219 133.6 1.8e-30 XP_016882934 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 837) 1219 133.6 1.8e-30 XP_016882741 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1213 132.3 1.9e-30 NP_001275690 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 349) 1213 132.3 1.9e-30 NP_001275691 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 349) 1213 132.3 1.9e-30 XP_016882743 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1213 132.3 1.9e-30 NP_001275689 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 349) 1213 132.3 1.9e-30 XP_016882740 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1213 132.3 1.9e-30 XP_016882742 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1213 132.3 1.9e-30 XP_016882745 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1213 132.3 1.9e-30 XP_016882739 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1213 132.3 1.9e-30 XP_016882744 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1213 132.3 1.9e-30 NP_001265438 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 665) 1213 132.8 2.4e-30 NP_001278562 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 665) 1213 132.8 2.4e-30 NP_001265437 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 667) 1213 132.9 2.5e-30 NP_001275688 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 691) 1213 132.9 2.5e-30 NP_037388 (OMIM: 606740) zinc finger protein 180 i ( 692) 1213 132.9 2.5e-30 XP_011525582 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 734) 1213 132.9 2.5e-30 >>NP_065984 (OMIM: 613864) zinc finger protein 317 isofo (595 aa) initn: 6074 init1: 1366 opt: 1366 Z-score: 746.0 bits: 147.6 E(85289): 8.2e-35 Smith-Waterman score: 1366; 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NP_001 KDVMLENYSHLVSVGYHVNKPNAVFKLKQGKEPWILEVEFPHRGFPDLWSIHDLEARYQE 40 50 60 70 80 90 120 130 140 150 pF1KB7 KG--------LTP--KLHVFRK------------EQSRNMKMERNHLGATLNECNQCFKV . :: : :. .: ..: . ...: . .:..: : NP_001 SQAGNSRNGELTKHQKTHTTEKACECKECGKFFCQKSALIVHQHTHSKGKSYDCDKCGKS 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 pF1KB7 FSTKSSLTRHRKIHTGERPYGCSECGKSYSSRSYLAVHKRIHNGEKPYECNDCGKTFSSR :: . .: ::.:::: .. : :.:: : . : :. : : : ::::::::.: :.: .. 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XP_005 RKAHLIQHQRPHSGEKTYQYEECAKSFCSSSHPIQHPGTYVGFKLYECNECGKAFCQNSN 400 410 420 430 440 450 160 170 180 190 pF1KB7 LTRHRKIHTGERPYGCSECGKSYSS----------------------RSYLAVHKRIHNG :..: .::: :.: . ::.::.: :.: :.:: : XP_005 LSKHLRIHTKEKPCDNNGCGRSYKSPLIGHQKTDAEMELCGGSEYGKTSHLKGHQRILMG 460 470 480 490 500 510 200 210 220 230 240 250 pF1KB7 EKPYECNDCGKTFSSRSYLTVHKRIHNGEKPYECSDCGKTFSNSSYLRPHLRIHTGEKPY :::::: .::::::. :.: .:.:::.::::::: .: ::::....: : :.::::::: XP_005 EKPYECIECGKTFSKTSHLRAHQRIHTGEKPYECVECEKTFSHKTHLSVHQRVHTGEKPY 520 530 540 550 560 570 260 270 280 290 300 310 pF1KB7 KCNQCFREFRTQSIFTRHKRVHTGEGHYVCNQCGKAFGTRSSLSSHYSIHTGEYPYECHD .::.: . : .: . :.:.:::: : :..: :.:. :.: .:. ::::: ::::.. XP_005 ECNDCGKSFTYNSALRAHQRIHTGEKPYECSDCEKTFAHNSALRAHHRIHTGEKPYECNE 580 590 600 610 620 630 320 330 340 350 360 370 pF1KB7 CGRTFRRRSNLTQHIRTHTGEKPYTCNECGKSFTNSFSLTIHRRIHNGEKSYECSDCGKS :::.: . : : : : ::::::: :::::.::: . .: :.:::.:.: :::::: :. 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NP_001 SALKIHQRIHTGEKPYECNECEKTFAHNSALRAHQNIHTGEKLYECSECGKTFFQKTRLS 700 710 720 730 740 750 170 180 190 200 210 220 pF1KB7 RHRKIHTGERPYGCSECGKSYSSRSYLAVHKRIHNGEKPYECNDCGKTFSSRSYLTVHKR ::.:::::.:: ::.:::..:..:::. :.:::.:::::::: ::::: .. : ::.: NP_001 THRRIHTGEKPYECSKCGKTFSQKSYLSGHERIHTGEKPYECNVCGKTFVYKAALIVHQR 760 770 780 790 800 810 230 240 250 260 270 280 pF1KB7 IHNGEKPYECSDCGKTFSNSSYLRPHLRIHTGEKPYKCNQCFREFRTQSIFTRHKRVHTG ::.:::::::..::::::. ..: : :::::::::.::.: . : .: . :.:.::: NP_001 IHTGEKPYECNQCGKTFSQRTHLCAHQRIHTGEKPYECNECGKTFADNSALRAHHRIHTG 820 830 840 850 860 870 290 300 310 320 330 340 pF1KB7 EGHYVCNQCGKAFGTRSSLSSHYSIHTGEYPYECHDCGRTFRRRSNLTQHIRTHTGEKPY : : ::.:::.:. : : .: ..:: :::: .::.:: ..: .. : :.::::::: NP_001 EKPYECNDCGKTFSKTSHLRAHLRTRSGEKPYECSECGKTFSEKSYVSAHQRVHTGEKPY 880 890 900 910 920 930 350 360 370 380 390 400 pF1KB7 TCNECGKSFTNSFSLTIHRRIHNGEKSYECSDCGKSFNVLSSVKKHMRTHTGKKPYECNY :: ::: :... .: .:.:::.:::::::.::::.:. : .. :.: :::.:::::: NP_001 ECNVCGKPFAHNSTLRVHQRIHTGEKSYECNDCGKTFSQKSHLSAHQRIHTGEKPYECNE 940 950 960 970 980 990 410 420 pF1KB7 CGKSFTSNSYLSVHTRMHNRQM :::.:..:: : :: :.: NP_001 CGKAFAQNSTLRVHQRIHTGEKPYECDECGKTFVRKAALRVHHTRMHTREKTLACNGFGK 1000 1010 1020 1030 1040 1050 >-- initn: 962 init1: 962 opt: 1010 Z-score: 558.0 bits: 113.6 E(85289): 2.4e-24 Smith-Waterman score: 1072; 50.2% identity (70.6% similar) in 303 aa overlap (130-410:425-727) 100 110 120 130 140 150 pF1KB7 GILSGTCPDVENPFKAKGLTPKLHVFRKEQSRNMKMERNHLGATLNECNQCFKVFSTKSS :. .. ...: : :::.: :.: .:. 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NP_001 RKAHLIQHQRPHSGEKTYQYEECAKSFCSSSHPIQHPGTYVGFKLYECNECGKAFCQNSN 400 410 420 430 440 450 >>NP_149350 (OMIM: 616290) zinc finger protein 658 [Homo (1059 aa) initn: 9414 init1: 1238 opt: 1257 Z-score: 687.2 bits: 137.5 E(85289): 1.5e-31 Smith-Waterman score: 1257; 56.6% identity (79.5% similar) in 288 aa overlap (133-419:729-1016) 110 120 130 140 150 160 pF1KB7 SGTCPDVENPFKAKGLTPKLHVFRKEQSRNMKMERN-HLGATLNECNQCFKVFSTKSSLT .. ..: : : : ::..: :.: :. :. NP_149 SALKIHQRIHTGEKPYECNECEKTFAHNSALRAHQNIHTGEKLYECSECGKTFFQKTRLS 700 710 720 730 740 750 170 180 190 200 210 220 pF1KB7 RHRKIHTGERPYGCSECGKSYSSRSYLAVHKRIHNGEKPYECNDCGKTFSSRSYLTVHKR ::.:::::.:: ::.:::..:..:::. :.:::.:::::::: ::::: .. : ::.: NP_149 THRRIHTGEKPYECSKCGKTFSQKSYLSGHERIHTGEKPYECNVCGKTFVYKAALIVHQR 760 770 780 790 800 810 230 240 250 260 270 280 pF1KB7 IHNGEKPYECSDCGKTFSNSSYLRPHLRIHTGEKPYKCNQCFREFRTQSIFTRHKRVHTG ::.:::::::..::::::. ..: : :::::::::.::.: . : .: . :.:.::: NP_149 IHTGEKPYECNQCGKTFSQRTHLCAHQRIHTGEKPYECNECGKTFADNSALRAHHRIHTG 820 830 840 850 860 870 290 300 310 320 330 340 pF1KB7 EGHYVCNQCGKAFGTRSSLSSHYSIHTGEYPYECHDCGRTFRRRSNLTQHIRTHTGEKPY : : ::.:::.:. : : .: ..:: :::: .::.:: ..: .. : :.::::::: NP_149 EKPYECNDCGKTFSKTSHLRAHLRTRSGEKPYECSECGKTFSEKSYVSAHQRVHTGEKPY 880 890 900 910 920 930 350 360 370 380 390 400 pF1KB7 TCNECGKSFTNSFSLTIHRRIHNGEKSYECSDCGKSFNVLSSVKKHMRTHTGKKPYECNY :: ::: :... .: .:.:::.:::::::.::::.:. : .. :.: :::.:::::: NP_149 ECNVCGKPFAHNSTLRVHQRIHTGEKSYECNDCGKTFSQKSHLSAHQRIHTGEKPYECNE 940 950 960 970 980 990 410 420 pF1KB7 CGKSFTSNSYLSVHTRMHNRQM :::.:..:: : :: :.: NP_149 CGKAFAQNSTLRVHQRIHTGEKPYECDECGKTFVRKAALRVHHTRMHTREKTLACNGFGK 1000 1010 1020 1030 1040 1050 >-- initn: 962 init1: 962 opt: 1010 Z-score: 558.0 bits: 113.6 E(85289): 2.4e-24 Smith-Waterman score: 1072; 50.2% identity (70.6% similar) in 303 aa overlap (130-410:425-727) 100 110 120 130 140 150 pF1KB7 GILSGTCPDVENPFKAKGLTPKLHVFRKEQSRNMKMERNHLGATLNECNQCFKVFSTKSS :. .. ...: : :::.: :.: .:. 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XP_011 RKAHLIQHQRPHSGEKTYQYEECAKSFCSSSHPIQHPGTYVGFKLYECNECGKAFCQNSN 400 410 420 430 440 450 >>NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 is (616 aa) initn: 8152 init1: 1193 opt: 1223 Z-score: 671.1 bits: 133.8 E(85289): 1.2e-30 Smith-Waterman score: 1223; 44.1% identity (71.2% similar) in 392 aa overlap (31-419:91-474) 10 20 30 40 50 pF1KB7 MAAVVLPPTAASQREGHTEGGELVNELLKSWLKGLVTFEDVAVE--FTQEEWALLDPAQR : . ..:..:: :: . .:. :: NP_001 SEEISNSVILVERFLWDGLWYCRGEDTEGHWEWSCESLESLAVPVAFTPVKTPVLEQWQR 70 80 90 100 110 120 60 70 80 90 100 110 pF1KB7 TLY-RDVMLENCRNLASLGNQVDKPRLISQLEQEDKVMTEERGILSGTCPDVENPFKAKG . . ... :. . . ..:. . ...: . ..:. :: :.:.: . NP_001 NGFGENISLNPDLPHQPMTPERQSPHTWGTRGKREK---PDLNVLQKTCVK-EKPYKCQE 130 140 150 160 170 120 130 140 150 160 170 pF1KB7 LTPKLHVFRKEQSRNMKMERNHLGATLNECNQCFKVFSTKSSLTRHRKIHTGERPYGCSE . ...: .. .:.: : ::..:.: : ..:.::.:..:::::.:: :.. 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