Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7752
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7752, 490 aa
1>>>pF1KB7752 490 - 490 aa - 490 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8510+/-0.000806; mu= 16.8495+/- 0.049
mean_var=94.3966+/-18.980, 0's: 0 Z-trim(110.5): 123 B-trim: 371 in 1/50
Lambda= 0.132007
statistics sampled from 11537 (11662) to 11537 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.721), E-opt: 0.2 (0.358), width: 16
Scan time: 3.010
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11360.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17 ( 490) 3328 643.9 1.2e-184
CCDS58546.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17 ( 451) 2532 492.3 4.7e-139
CCDS42316.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17 ( 410) 2527 491.3 8.5e-139
CCDS2641.1 THRB gene_id:7068|Hs108|chr3 ( 461) 1918 375.3 7.6e-104
CCDS44585.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 402) 656 134.9 1.5e-31
CCDS7929.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 447) 656 135.0 1.7e-31
CCDS73285.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 453) 656 135.0 1.7e-31
CCDS55873.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12 ( 476) 542 113.3 6e-25
CCDS55876.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12 ( 486) 542 113.3 6.1e-25
CCDS9078.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12 ( 472) 530 111.0 2.9e-24
CCDS55875.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12 ( 482) 530 111.0 2.9e-24
CCDS54627.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3 ( 397) 521 109.2 8.3e-24
CCDS46775.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3 ( 336) 450 95.7 8.6e-20
CCDS2642.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3 ( 448) 450 95.7 1.1e-19
CCDS58236.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 382) 446 94.9 1.6e-19
CCDS58237.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 432) 446 95.0 1.8e-19
CCDS41790.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 443) 446 95.0 1.8e-19
CCDS8850.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 454) 446 95.0 1.8e-19
CCDS42317.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17 ( 457) 442 94.2 3.1e-19
CCDS11366.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17 ( 462) 442 94.2 3.2e-19
CCDS45671.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17 ( 365) 437 93.2 5.1e-19
CCDS3772.1 NR3C2 gene_id:4306|Hs108|chr4 ( 984) 394 85.3 3.2e-16
CCDS5234.1 ESR1 gene_id:2099|Hs108|chr6 ( 595) 384 83.3 8.1e-16
CCDS55820.1 VDR gene_id:7421|Hs108|chr12 ( 477) 375 81.5 2.3e-15
CCDS41429.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 357) 371 80.6 3.1e-15
CCDS8757.1 VDR gene_id:7421|Hs108|chr12 ( 427) 368 80.1 5.2e-15
CCDS10179.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15 ( 556) 369 80.4 5.6e-15
CCDS73751.1 NR2E3 gene_id:10002|Hs108|chr15 ( 367) 364 79.3 7.9e-15
CCDS10177.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15 ( 523) 366 79.8 7.9e-15
CCDS73750.1 NR2E3 gene_id:10002|Hs108|chr15 ( 410) 364 79.3 8.6e-15
CCDS45271.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15 ( 468) 361 78.8 1.4e-14
CCDS10178.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15 ( 548) 361 78.9 1.6e-14
CCDS6856.1 NR5A1 gene_id:2516|Hs108|chr9 ( 461) 358 78.2 2.1e-14
CCDS1400.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1 ( 495) 356 77.9 2.8e-14
CCDS74905.1 NR2C2 gene_id:7182|Hs108|chr3 ( 596) 356 77.9 3.3e-14
CCDS2621.1 NR2C2 gene_id:7182|Hs108|chr3 ( 615) 356 77.9 3.4e-14
CCDS1401.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1 ( 541) 353 77.3 4.5e-14
CCDS60383.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1 ( 469) 352 77.1 4.6e-14
CCDS53405.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 296) 349 76.4 4.8e-14
CCDS44262.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 309) 349 76.4 5e-14
CCDS41428.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 314) 349 76.4 5e-14
CCDS44260.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 339) 349 76.4 5.3e-14
CCDS44261.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 340) 349 76.4 5.4e-14
CCDS1228.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 348) 349 76.4 5.5e-14
CCDS41430.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 352) 349 76.4 5.5e-14
CCDS41821.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12 ( 467) 349 76.5 6.8e-14
CCDS68131.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 395) 348 76.3 6.9e-14
CCDS44953.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12 ( 483) 349 76.5 7e-14
CCDS46604.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 442) 348 76.3 7.5e-14
CCDS42876.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 452) 348 76.3 7.6e-14
>>CCDS11360.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17 (490 aa)
initn: 3328 init1: 3328 opt: 3328 Z-score: 3428.7 bits: 643.9 E(32554): 1.2e-184
Smith-Waterman score: 3328; 100.0% identity (100.0% similar) in 490 aa overlap (1-490:1-490)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEQKPSKVECGSDPEENSARSPDGKRKRKNGQCSLKTSMSGYIPSYLDKDEQCVVCGDKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MEQKPSKVECGSDPEENSARSPDGKRKRKNGQCSLKTSMSGYIPSYLDKDEQCVVCGDKA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 TGYHYRCITCEGCKGFFRRTIQKNLHPTYSCKYDSCCVIDKITRNQCQLCRFKKCIAVGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TGYHYRCITCEGCKGFFRRTIQKNLHPTYSCKYDSCCVIDKITRNQCQLCRFKKCIAVGM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 AMDLVLDDSKRVAKRKLIEQNRERRRKEEMIRSLQQRPEPTPEEWDLIHIATEAHRSTNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 AMDLVLDDSKRVAKRKLIEQNRERRRKEEMIRSLQQRPEPTPEEWDLIHIATEAHRSTNA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 QGSHWKQRRKFLPDDIGQSPIVSMPDGDKVDLEAFSEFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 QGSHWKQRRKFLPDDIGQSPIVSMPDGDKVDLEAFSEFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 ELPCEDQIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESDTLTLSGEMAVKREQLKNGGLGVVSDAIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ELPCEDQIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESDTLTLSGEMAVKREQLKNGGLGVVSDAIF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 ELGKSLSAFNLDDTEVALLQAVLLMSTDRSGLLCVDKIEKSQEAYLLAFEHYVNHRKHNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ELGKSLSAFNLDDTEVALLQAVLLMSTDRSGLLCVDKIEKSQEAYLLAFEHYVNHRKHNI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 PHFWPKLLMKEREVQSSILYKGAAAEGRPGGSLGVHPEGQQLLGMHVVQGPQVRQLEQQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PHFWPKLLMKEREVQSSILYKGAAAEGRPGGSLGVHPEGQQLLGMHVVQGPQVRQLEQQL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 GEAGSLQGPVLQHQSPKSPQQRLLELLHRSGILHARAVCGEDDSSEADSPSSSEEEPEVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GEAGSLQGPVLQHQSPKSPQQRLLELLHRSGILHARAVCGEDDSSEADSPSSSEEEPEVC
430 440 450 460 470 480
490
pF1KB7 EDLAGNAASP
::::::::::
CCDS11 EDLAGNAASP
490
>>CCDS58546.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17 (451 aa)
initn: 2529 init1: 2529 opt: 2532 Z-score: 2609.9 bits: 492.3 E(32554): 4.7e-139
Smith-Waterman score: 2982; 92.0% identity (92.0% similar) in 490 aa overlap (1-490:1-451)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEQKPSKVECGSDPEENSARSPDGKRKRKNGQCSLKTSMSGYIPSYLDKDEQCVVCGDKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MEQKPSKVECGSDPEENSARSPDGKRKRKNGQCSLKTSMSGYIPSYLDKDEQCVVCGDKA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 TGYHYRCITCEGCKGFFRRTIQKNLHPTYSCKYDSCCVIDKITRNQCQLCRFKKCIAVGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 TGYHYRCITCEGCKGFFRRTIQKNLHPTYSCKYDSCCVIDKITRNQCQLCRFKKCIAVGM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 AMDLVLDDSKRVAKRKLIEQNRERRRKEEMIRSLQQRPEPTPEEWDLIHIATEAHRSTNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 AMDLVLDDSKRVAKRKLIEQNRERRRKEEMIRSLQQRPEPTPEEWDLIHIATEAHRSTNA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 QGSHWKQRRKFLPDDIGQSPIVSMPDGDKVDLEAFSEFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 QGSHWKQRRKFLPDDIGQSPIVSMPDGDKVDLEAFSEFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 ELPCEDQIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESDTLTLSGEMAVKREQLKNGGLGVVSDAIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ELPCEDQIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESDTLTLSGEMAVKREQLKNGGLGVVSDAIF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 ELGKSLSAFNLDDTEVALLQAVLLMSTDRSGLLCVDKIEKSQEAYLLAFEHYVNHRKHNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ELGKSLSAFNLDDTEVALLQAVLLMSTDRSGLLCVDKIEKSQEAYLLAFEHYVNHRKHNI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 PHFWPKLLMKEREVQSSILYKGAAAEGRPGGSLGVHPEGQQLLGMHVVQGPQVRQLEQQL
:::::::::: :::::::::::
CCDS58 PHFWPKLLMK---------------------------------------GPQVRQLEQQL
370 380
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 GEAGSLQGPVLQHQSPKSPQQRLLELLHRSGILHARAVCGEDDSSEADSPSSSEEEPEVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GEAGSLQGPVLQHQSPKSPQQRLLELLHRSGILHARAVCGEDDSSEADSPSSSEEEPEVC
390 400 410 420 430 440
490
pF1KB7 EDLAGNAASP
::::::::::
CCDS58 EDLAGNAASP
450
>>CCDS42316.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17 (410 aa)
initn: 2527 init1: 2527 opt: 2527 Z-score: 2605.4 bits: 491.3 E(32554): 8.5e-139
Smith-Waterman score: 2527; 100.0% identity (100.0% similar) in 370 aa overlap (1-370:1-370)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEQKPSKVECGSDPEENSARSPDGKRKRKNGQCSLKTSMSGYIPSYLDKDEQCVVCGDKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MEQKPSKVECGSDPEENSARSPDGKRKRKNGQCSLKTSMSGYIPSYLDKDEQCVVCGDKA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 TGYHYRCITCEGCKGFFRRTIQKNLHPTYSCKYDSCCVIDKITRNQCQLCRFKKCIAVGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TGYHYRCITCEGCKGFFRRTIQKNLHPTYSCKYDSCCVIDKITRNQCQLCRFKKCIAVGM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 AMDLVLDDSKRVAKRKLIEQNRERRRKEEMIRSLQQRPEPTPEEWDLIHIATEAHRSTNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 AMDLVLDDSKRVAKRKLIEQNRERRRKEEMIRSLQQRPEPTPEEWDLIHIATEAHRSTNA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 QGSHWKQRRKFLPDDIGQSPIVSMPDGDKVDLEAFSEFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 QGSHWKQRRKFLPDDIGQSPIVSMPDGDKVDLEAFSEFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 ELPCEDQIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESDTLTLSGEMAVKREQLKNGGLGVVSDAIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ELPCEDQIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESDTLTLSGEMAVKREQLKNGGLGVVSDAIF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 ELGKSLSAFNLDDTEVALLQAVLLMSTDRSGLLCVDKIEKSQEAYLLAFEHYVNHRKHNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ELGKSLSAFNLDDTEVALLQAVLLMSTDRSGLLCVDKIEKSQEAYLLAFEHYVNHRKHNI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 PHFWPKLLMKEREVQSSILYKGAAAEGRPGGSLGVHPEGQQLLGMHVVQGPQVRQLEQQL
::::::::::
CCDS42 PHFWPKLLMKVTDLRMIGACHASRFLHMKVECPTELFPPLFLEVFEDQEV
370 380 390 400 410
>>CCDS2641.1 THRB gene_id:7068|Hs108|chr3 (461 aa)
initn: 1918 init1: 1918 opt: 1918 Z-score: 1977.8 bits: 375.3 E(32554): 7.6e-104
Smith-Waterman score: 1918; 82.7% identity (93.9% similar) in 330 aa overlap (41-370:95-424)
20 30 40 50 60 70
pF1KB7 GSDPEENSARSPDGKRKRKNGQCSLKTSMSGYIPSYLDKDEQCVVCGDKATGYHYRCITC
::::::::::: ::::::::::::::::::
CCDS26 SSIFHLDHDDVNDQSVSSAQTFQTEEKKCKGYIPSYLDKDELCVVCGDKATGYHYRCITC
70 80 90 100 110 120
80 90 100 110 120 130
pF1KB7 EGCKGFFRRTIQKNLHPTYSCKYDSCCVIDKITRNQCQLCRFKKCIAVGMAMDLVLDDSK
:::::::::::::::::.:::::.. :::::.:::::: ::::::: :::: ::::::::
CCDS26 EGCKGFFRRTIQKNLHPSYSCKYEGKCVIDKVTRNQCQECRFKKCIYVGMATDLVLDDSK
130 140 150 160 170 180
140 150 160 170 180 190
pF1KB7 RVAKRKLIEQNRERRRKEEMIRSLQQRPEPTPEEWDLIHIATEAHRSTNAQGSHWKQRRK
:.:::::::.:::.::.::. .:. ..:::: :::.::. .:::: .::::::::::.::
CCDS26 RLAKRKLIEENREKRRREELQKSIGHKPEPTDEEWELIKTVTEAHVATNAQGSHWKQKRK
190 200 210 220 230 240
200 210 220 230 240 250
pF1KB7 FLPDDIGQSPIVSMPDGDKVDLEAFSEFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFSELPCEDQIIL
:::.::::.:::. :.: ::::::::.:::::::::::::::::::::: ::::::::::
CCDS26 FLPEDIGQAPIVNAPEGGKVDLEAFSHFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFCELPCEDQIIL
250 260 270 280 290 300
260 270 280 290 300 310
pF1KB7 LKGCCMEIMSLRAAVRYDPESDTLTLSGEMAVKREQLKNGGLGVVSDAIFELGKSLSAFN
:::::::::::::::::::::.::::.::::: : :::::::::::::::.:: :::.::
CCDS26 LKGCCMEIMSLRAAVRYDPESETLTLNGEMAVTRGQLKNGGLGVVSDAIFDLGMSLSSFN
310 320 330 340 350 360
320 330 340 350 360 370
pF1KB7 LDDTEVALLQAVLLMSTDRSGLLCVDKIEKSQEAYLLAFEHYVNHRKHNIPHFWPKLLMK
::::::::::::::::.:: :: ::..::: :...:::::::.:.:::.. :::::::::
CCDS26 LDDTEVALLQAVLLMSSDRPGLACVERIEKYQDSFLLAFEHYINYRKHHVTHFWPKLLMK
370 380 390 400 410 420
380 390 400 410 420 430
pF1KB7 EREVQSSILYKGAAAEGRPGGSLGVHPEGQQLLGMHVVQGPQVRQLEQQLGEAGSLQGPV
CCDS26 VTDLRMIGACHASRFLHMKVECPTELFPPLFLEVFED
430 440 450 460
>>CCDS44585.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 (402 aa)
initn: 573 init1: 195 opt: 656 Z-score: 679.7 bits: 134.9 E(32554): 1.5e-31
Smith-Waterman score: 656; 34.2% identity (67.0% similar) in 336 aa overlap (41-370:42-365)
20 30 40 50 60 70
pF1KB7 GSDPEENSARSPDGKRKRKNGQCSLKTSMSGYIPSYLDKDEQCVVCGDKATGYHYRCITC
: :..: .: : ::::::.:.:: ..:
CCDS44 GLEAAEPTALLTRAEPPSEPTEIRPQKRKKGPAPKMLG-NELCSVCGDKASGFHYNVLSC
20 30 40 50 60 70
80 90 100 110 120 130
pF1KB7 EGCKGFFRRTIQKNLHPTYSCKYDSCCVIDKITRNQCQLCRFKKCIAVGMAMDLVLDDSK
:::::::::.. :. : : :. . : .: : .:: ::..:: .:: . ::.. .
CCDS44 EGCKGFFRRSVIKGAH--YICHSGGHCPMDTYMRRKCQECRLRKCRQAGMREECVLSE-E
80 90 100 110 120
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::
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490 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]