Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7758
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7758, 498 aa
1>>>pF1KB7758 498 - 498 aa - 498 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5710+/-0.00127; mu= 3.0611+/- 0.075
mean_var=197.9848+/-42.172, 0's: 0 Z-trim(107.6): 155 B-trim: 367 in 1/50
Lambda= 0.091150
statistics sampled from 9519 (9684) to 9519 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.662), E-opt: 0.2 (0.297), width: 16
Scan time: 2.380
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS41612.1 TRIM22 gene_id:10346|Hs108|chr11 ( 498) 3385 458.2 9.2e-129
CCDS31393.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 493) 1768 245.6 9.4e-65
CCDS31390.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 488) 1583 221.3 2e-57
CCDS31389.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 516) 1583 221.3 2e-57
CCDS31391.1 TRIM34 gene_id:53840|Hs108|chr11 ( 488) 1484 208.2 1.6e-53
CCDS31388.1 TRIM34 gene_id:445372|Hs108|chr11 ( 842) 1484 208.4 2.5e-53
CCDS31392.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 326) 1193 169.8 3.9e-42
CCDS31394.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 347) 1193 169.9 4.1e-42
CCDS44525.1 TRIM21 gene_id:6737|Hs108|chr11 ( 475) 914 133.3 5.8e-31
CCDS55738.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 313) 770 114.2 2.1e-25
CCDS4568.1 TRIM38 gene_id:10475|Hs108|chr6 ( 465) 750 111.7 1.8e-24
CCDS31356.1 TRIM68 gene_id:55128|Hs108|chr11 ( 485) 724 108.3 2e-23
CCDS1636.1 TRIM58 gene_id:25893|Hs108|chr1 ( 486) 717 107.4 3.7e-23
CCDS4654.1 TRIM27 gene_id:5987|Hs108|chr6 ( 513) 697 104.8 2.4e-22
CCDS34378.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 488) 690 103.8 4.4e-22
CCDS31048.1 TRIM11 gene_id:81559|Hs108|chr1 ( 468) 675 101.8 1.7e-21
CCDS78121.1 RPP21 gene_id:202658|Hs108|chr6 ( 503) 656 99.4 1e-20
CCDS3808.1 TRIM60 gene_id:166655|Hs108|chr4 ( 471) 608 93.0 7.5e-19
CCDS34377.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 518) 599 91.9 1.8e-18
CCDS4466.1 TRIM41 gene_id:90933|Hs108|chr5 ( 630) 582 89.7 1e-17
CCDS4678.1 TRIM26 gene_id:7726|Hs108|chr6 ( 539) 574 88.6 1.9e-17
CCDS1571.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 477) 558 86.5 7.2e-17
CCDS34375.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 481) 541 84.2 3.4e-16
CCDS4676.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 395) 525 82.1 1.3e-15
CCDS5678.1 TRIM4 gene_id:89122|Hs108|chr7 ( 474) 518 81.2 2.8e-15
CCDS44327.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 343) 497 78.3 1.5e-14
CCDS34374.1 TRIM31 gene_id:11074|Hs108|chr6 ( 425) 493 77.9 2.5e-14
CCDS376.1 TRIM62 gene_id:55223|Hs108|chr1 ( 475) 473 75.3 1.7e-13
CCDS32220.1 TRIM69 gene_id:140691|Hs108|chr15 ( 500) 472 75.2 1.9e-13
CCDS2015.1 TRIM43 gene_id:129868|Hs108|chr2 ( 446) 463 74.0 4e-13
CCDS10498.1 MEFV gene_id:4210|Hs108|chr16 ( 781) 467 74.7 4.3e-13
CCDS73363.1 TRIM64 gene_id:120146|Hs108|chr11 ( 449) 454 72.8 9e-13
CCDS53693.1 TRIM64B gene_id:642446|Hs108|chr11 ( 449) 450 72.2 1.3e-12
CCDS4465.1 TRIM41 gene_id:90933|Hs108|chr5 ( 518) 450 72.3 1.5e-12
CCDS55762.1 TRIM49B gene_id:283116|Hs108|chr11 ( 452) 437 70.5 4.3e-12
CCDS60930.1 TRIM49D1 gene_id:399939|Hs108|chr11 ( 452) 428 69.4 9.7e-12
CCDS73287.1 TRIM64C gene_id:646754|Hs108|chr11 ( 450) 426 69.1 1.2e-11
CCDS6056.2 TRIM35 gene_id:23087|Hs108|chr8 ( 493) 416 67.8 3.1e-11
CCDS53694.1 TRIM49C gene_id:642612|Hs108|chr11 ( 452) 406 66.5 7.2e-11
CCDS8287.1 TRIM49 gene_id:57093|Hs108|chr11 ( 452) 406 66.5 7.2e-11
>>CCDS41612.1 TRIM22 gene_id:10346|Hs108|chr11 (498 aa)
initn: 3385 init1: 3385 opt: 3385 Z-score: 2425.2 bits: 458.2 E(32554): 9.2e-129
Smith-Waterman score: 3385; 100.0% identity (100.0% similar) in 498 aa overlap (1-498:1-498)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDFSVKVDIEKEVTCPICLELLTEPLSLDCGHSFCQACITAKIKESVIISRGESSCPVCQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MDFSVKVDIEKEVTCPICLELLTEPLSLDCGHSFCQACITAKIKESVIISRGESSCPVCQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 TRFQPGNLRPNRHLANIVERVKEVKMSPQEGQKRDVCEHHGKKLQIFCKEDGKVICWVCE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 TRFQPGNLRPNRHLANIVERVKEVKMSPQEGQKRDVCEHHGKKLQIFCKEDGKVICWVCE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 LSQEHQGHQTFRINEVVKECQEKLQVALQRLIKEDQEAEKLEDDIRQERTAWKNYIQIER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LSQEHQGHQTFRINEVVKECQEKLQVALQRLIKEDQEAEKLEDDIRQERTAWKNYIQIER
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 QKILKGFNEMRVILDNEEQRELQKLEEGEVNVLDNLAAATDQLVQQRQDASTLISDLQRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 QKILKGFNEMRVILDNEEQRELQKLEEGEVNVLDNLAAATDQLVQQRQDASTLISDLQRR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 LRGSSVEMLQDVIDVMKRSESWTLKKPKSVSKKLKSVFRVPDLSGMLQVLKELTDVQYYW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LRGSSVEMLQDVIDVMKRSESWTLKKPKSVSKKLKSVFRVPDLSGMLQVLKELTDVQYYW
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 VDVMLNPGSATSNVAISVDQRQVKTVRTCTFKNSNPCDFSAFGVFGCQYFSSGKYYWEVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VDVMLNPGSATSNVAISVDQRQVKTVRTCTFKNSNPCDFSAFGVFGCQYFSSGKYYWEVD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 VSGKIAWILGVHSKISSLNKRKSSGFAFDPSVNYSKVYSRYRPQYGYWVIGLQNTCEYNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VSGKIAWILGVHSKISSLNKRKSSGFAFDPSVNYSKVYSRYRPQYGYWVIGLQNTCEYNA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 FEDSSSSDPKVLTLFMAVPPCRIGVFLDYEAGIVSFFNVTNHGALIYKFSGCRFSRPAYP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 FEDSSSSDPKVLTLFMAVPPCRIGVFLDYEAGIVSFFNVTNHGALIYKFSGCRFSRPAYP
430 440 450 460 470 480
490
pF1KB7 YFNPWNCLVPMTVCPPSS
::::::::::::::::::
CCDS41 YFNPWNCLVPMTVCPPSS
490
>>CCDS31393.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 (493 aa)
initn: 1465 init1: 803 opt: 1768 Z-score: 1276.0 bits: 245.6 E(32554): 9.4e-65
Smith-Waterman score: 1774; 53.5% identity (75.4% similar) in 512 aa overlap (1-498:1-493)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDFSVKVDIEKEVTCPICLELLTEPLSLDCGHSFCQACITAKIKESVIISRGESSCPVCQ
: .. :....::::::::::::.::::::::::::::.::. :.: ....::::::::.
CCDS31 MASGILVNVKEEVTCPICLELLTQPLSLDCGHSFCQACLTANHKKS-MLDKGESSCPVCR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 TRFQPGNLRPNRHLANIVERVKEVKMSPQEGQKRDVCEHHGKKLQIFCKEDGKVICWVCE
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CCDS31 ISYQPENIRPNRHVANIVEKLREVKLSP-EGQKVDHCARHGEKLLLFCQEDGKVICWLCE
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 LSQEHQGHQTFRINEVVKECQEKLQVALQRLIKEDQEAEKLEDDIRQERTAWKNYIQIER
::::.::.:: .::..: : :::.::. : ...::::.:: :::.:...::. :: ..
CCDS31 RSQEHRGHHTFLTEEVAREYQVKLQAALEMLRQKQQEAEELEADIREEKASWKTQIQYDK
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 QKILKGFNEMRVILDNEEQRELQKLEEGEVNVLDNLAAATDQLVQQRQDASTLISDLQRR
..: :...: ::: ::. :::.::. : ..: .:. . ..::: :. :::::..:
CCDS31 TNVLADFEQLRDILDWEESNELQNLEKEEEDILKSLTNSETEMVQQTQSLRELISDLEHR
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 LRGSSVEMLQDVIDVMKRSESWTLKKPKSVSKKLKSVFRVPDLSGMLQVLKELTDVQYYW
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CCDS31 LQGSVMELLQGVDGVIKRTENVTLKKPETFPKNQRRVFRAPDLKGMLEVFRELTDVRRYW
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340
pF1KB7 VDVMLNPGSATSNVAISVDQRQVKT-----------VRTCTFKNSNPCDFSAFGVFGCQY
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CCDS31 VDVTVAPNNISCAV-ISEDKRQVSSPKPQIIYGARGTRYQTFVNFNYCT----GILGSQS
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 FSSGKYYWEVDVSGKIAWILGVHSKISSLNKRKSSGFAFDPSVNYSKVYSRYRPQYGYWV
..:::.::::::: : :::::: .:: : : : :.:.:::::
CCDS31 ITSGKHYWEVDVSKKTAWILGV-----------CAGFQPDAMCNIEK-NENYQPKYGYWV
360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KB7 IGLQNTCEYNAFEDSSSSDPKV---LTLFMAVPPCRIGVFLDYEAGIVSFFNVTNHGALI
:::.. . .::.::: :.: . : . . : :.:::::::: :::::.:::: ::
CCDS31 IGLEEGVKCSAFQDSSFHTPSVPFIVPLSVIICPDRVGVFLDYEACTVSFFNITNHGFLI
410 420 430 440 450 460
470 480 490
pF1KB7 YKFSGCRFSRPAYPYFNPWNCLVPMTVCPPSS
:::: : ::.:..::.:: .: ::::.: :::
CCDS31 YKFSHCSFSQPVFPYLNPRKCGVPMTLCSPSS
470 480 490
>>CCDS31390.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 (488 aa)
initn: 1837 init1: 1432 opt: 1583 Z-score: 1144.6 bits: 221.3 E(32554): 2e-57
Smith-Waterman score: 1845; 57.5% identity (77.4% similar) in 501 aa overlap (1-498:1-488)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDFSVKVDIEKEVTCPICLELLTEPLSLDCGHSFCQACITAKIKESVIISRGESSCPVCQ
: : :::..::::::::::::::::.:::::::::::: . .:::: ..:: ::::::
CCDS31 MTSPVLVDIREEVTCPICLELLTEPLSIDCGHSFCQACITPNGRESVIGQEGERSCPVCQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 TRFQPGNLRPNRHLANIVERVKEVKMSPQEGQKRDVCEHHGKKLQIFCKEDGKVICWVCE
: .:::::::::::::::.:..:: ..: . : .: ::.:::.::.::::::::.::
CCDS31 TSYQPGNLRPNRHLANIVRRLREVVLGPGKQLKAVLCADHGEKLQLFCQEDGKVICWLCE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 LSQEHQGHQTFRINEVVKECQEKLQVALQRLIKEDQEAEKLEDDIRQERTAWKNYIQIER
::::.::.:: ..::..: :::.: .:..: .:.:::::: ::...:.::: .. ::
CCDS31 RSQEHRGHHTFLVEEVAQEYQEKFQESLKKLKNEEQEAEKLTAFIREKKTSWKNQMEPER
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 QKILKGFNEMRVILDNEEQRELQKLEEGEVNVLDNLAAATDQLVQQRQDASTLISDLQRR
.: ::..: ::: :::::.:::. : . : . : ..::.: :. :::::.::
CCDS31 CRIQTEFNQLRNILDRVEQRELKKLEQEEKKGLRIIEEAENDLVHQTQSLRELISDLERR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 LRGSSVEMLQDVIDVMKRSESWTLKKPKSVSKKLKSVFRVPDLSGMLQVLKELTDVQYYW
.::..:.:::: :: .::: :::.::... ::.:.::.:::. ::.: .:::::: ::
CCDS31 CQGSTMELLQDVSDVTERSEFWTLRKPEALPTKLRSMFRAPDLKRMLRVCRELTDVQSYW
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB7 VDVMLNPGSATSNVAISVDQRQVKTVRTCTFKNSNP-CDFSAF--GVFGCQYFSSGKYYW
::: ::: .:. :.... ..:::. : . : :.: : . . .:.: :.:::::.::
CCDS31 VDVTLNPHTANLNLVLAKNRRQVRFVGA---KVSGPSCLEKHYDCSVLGSQHFSSGKHYW
310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 EVDVSGKIAWILGVHSKISSLNKRKSSGFAFDPSVNYSKVYSRYRPQYGYWVIGLQNTCE
::::. : :::::: : .::. :.:. .. ..::::.:: ::::::::.. :
CCDS31 EVDVAKKTAWILGVCS--NSLGPT----FSFNHFAQNHSAYSRYQPQSGYWVIGLQHNHE
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 YNAFEDSSSSDPKVLTLFMAVPPCRIGVFLDYEAGIVSFFNVTNHGALIYKFSGCRFSRP
: :.:::: : : : :.::: :.::::::::: :::.:::::: :: :: :
CCDS31 YRAYEDSSPS----LLLSMTVPPRRVGVFLDYEAGTVSFYNVTNHGFPIYTFSKYYFPTT
420 430 440 450 460
480 490
pF1KB7 AYPYFNPWNCLVPMTVCPPSS
::::: ::..:::. :::
CCDS31 LCPYFNPCNCVIPMTLRRPSS
470 480
>>CCDS31389.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 (516 aa)
initn: 1837 init1: 1432 opt: 1583 Z-score: 1144.3 bits: 221.3 E(32554): 2e-57
Smith-Waterman score: 1845; 57.5% identity (77.4% similar) in 501 aa overlap (1-498:29-516)
10 20 30
pF1KB7 MDFSVKVDIEKEVTCPICLELLTEPLSLDCGH
: : :::..::::::::::::::::.::::
CCDS31 MCGSERILQAGNILEIRVGQAGARRVATMTSPVLVDIREEVTCPICLELLTEPLSIDCGH
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 SFCQACITAKIKESVIISRGESSCPVCQTRFQPGNLRPNRHLANIVERVKEVKMSPQEGQ
:::::::: . .:::: ..:: ::::::: .:::::::::::::::.:..:: ..: .
CCDS31 SFCQACITPNGRESVIGQEGERSCPVCQTSYQPGNLRPNRHLANIVRRLREVVLGPGKQL
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 KRDVCEHHGKKLQIFCKEDGKVICWVCELSQEHQGHQTFRINEVVKECQEKLQVALQRLI
: .: ::.:::.::.::::::::.:: ::::.::.:: ..::..: :::.: .:..:
CCDS31 KAVLCADHGEKLQLFCQEDGKVICWLCERSQEHRGHHTFLVEEVAQEYQEKFQESLKKLK
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 KEDQEAEKLEDDIRQERTAWKNYIQIERQKILKGFNEMRVILDNEEQRELQKLEEGEVNV
.:.:::::: ::...:.::: .. :: .: ::..: ::: :::::.:::. : .
CCDS31 NEEQEAEKLTAFIREKKTSWKNQMEPERCRIQTEFNQLRNILDRVEQRELKKLEQEEKKG
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 LDNLAAATDQLVQQRQDASTLISDLQRRLRGSSVEMLQDVIDVMKRSESWTLKKPKSVSK
: . : ..::.: :. :::::.:: .::..:.:::: :: .::: :::.::...
CCDS31 LRIIEEAENDLVHQTQSLRELISDLERRCQGSTMELLQDVSDVTERSEFWTLRKPEALPT
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 KLKSVFRVPDLSGMLQVLKELTDVQYYWVDVMLNPGSATSNVAISVDQRQVKTVRTCTFK
::.:.::.:::. ::.: .:::::: ::::: ::: .:. :.... ..:::. : . :
CCDS31 KLRSMFRAPDLKRMLRVCRELTDVQSYWVDVTLNPHTANLNLVLAKNRRQVRFVGA---K
310 320 330 340 350
340 350 360 370 380
pF1KB7 NSNP-CDFSAF--GVFGCQYFSSGKYYWEVDVSGKIAWILGVHSKISSLNKRKSSGFAFD
:.: : . . .:.: :.:::::.::::::. : :::::: : .::. :.:.
CCDS31 VSGPSCLEKHYDCSVLGSQHFSSGKHYWEVDVAKKTAWILGVCS--NSLGPT----FSFN
360 370 380 390 400 410
390 400 410 420 430 440
pF1KB7 PSVNYSKVYSRYRPQYGYWVIGLQNTCEYNAFEDSSSSDPKVLTLFMAVPPCRIGVFLDY
.. ..::::.:: ::::::::.. :: :.:::: : : : :.::: :.::::::
CCDS31 HFAQNHSAYSRYQPQSGYWVIGLQHNHEYRAYEDSSPS----LLLSMTVPPRRVGVFLDY
420 430 440 450 460
450 460 470 480 490
pF1KB7 EAGIVSFFNVTNHGALIYKFSGCRFSRPAYPYFNPWNCLVPMTVCPPSS
::: :::.:::::: :: :: : ::::: ::..:::. :::
CCDS31 EAGTVSFYNVTNHGFPIYTFSKYYFPTTLCPYFNPCNCVIPMTLRRPSS
470 480 490 500 510
>>CCDS31391.1 TRIM34 gene_id:53840|Hs108|chr11 (488 aa)
initn: 2115 init1: 1312 opt: 1484 Z-score: 1074.2 bits: 208.2 E(32554): 1.6e-53
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10 20 30 40 50 60
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: .. .....::::::::::::::::::::::.:.::::.. ::.: :.::::::
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10 20 30 40 50 60
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.. .:. :.::::::::.::::.::..:.:::.:.:::.:: .::::: :::::.::
CCDS31 ISYSFEHLQANQHLANIVERLKEVKLSPDNGKKRDLCDHHGEKLLLFCKEDRKVICWLCE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::.::.: .:: ::::::::..:.:: ::..:::::: :::.:.:.:: .: ::
CCDS31 RSQEHRGHHTVLTEEVFKECQEKLQAVLKRLKKEEEEAEKLEADIREEKTSWKYQVQTER
130 140 150 160 170 180
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:.: :...: ::.::::::::.::: : ..::..: : :.::::.: . ::::.. :
CCDS31 QRIQTEFDQLRSILNNEEQRELQRLEEEEKKTLDKFAEAEDELVQQKQLVRELISDVECR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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CCDS31 SQWSTMELLQDMSGIMKWSEIWRLKKPKMVSKKLKTVFHAPDLSRMLQMFRELTAVRCYW
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::: :: . . :...: ::::: .: :. : .::.: :::::::.:::::
CCDS31 VDVTLNSVNLNLNLVLSEDQRQVISVPIWPFQCYN------YGVLGSQYFSSGKHYWEVD
310 320 330 340 350
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CCDS31 VSKKTAWILGVYCRTYSRHMK----YVVRRCANRQNLYTKYRPLFGYWVIGLQNKCKYGV
360 370 380 390 400 410
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490
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::::::: .:::.:::::
CCDS31 YFNPWNCPAPMTLCPPSS
480
>>CCDS31388.1 TRIM34 gene_id:445372|Hs108|chr11 (842 aa)
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10 20 30
pF1KB7 MDFSVKVDIEKEVTCPICLELLTEPLSLDC
: .. .....:::::::::::::::::::
CCDS31 QSYWAIQGSLTRRERRASGVRTRRSQGSSAMASKILLNVQEEVTCPICLELLTEPLSLDC
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CCDS31 GHSLCRACITVSNKEAVTSMGGKSSCPVCGISYSFEHLQANQHLANIVERLKEVKLSPDN
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:.:::.:.:::.:: .::::: :::::.:: ::::.::.: .:: ::::::::..:.:
CCDS31 GKKRDLCDHHGEKLLLFCKEDRKVICWLCERSQEHRGHHTVLTEEVFKECQEKLQAVLKR
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CCDS31 LKKEEEEAEKLEADIREEKTSWKYQVQTERQRIQTEFDQLRSILNNEEQRELQRLEEEEK
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pF1KB7 NVLDNLAAATDQLVQQRQDASTLISDLQRRLRGSSVEMLQDVIDVMKRSESWTLKKPKSV
..::..: : :.::::.: . ::::.. : . :..:.:::. .:: :: : ::::: :
CCDS31 KTLDKFAEAEDELVQQKQLVRELISDVECRSQWSTMELLQDMSGIMKWSEIWRLKKPKMV
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pF1KB7 SKKLKSVFRVPDLSGMLQVLKELTDVQYYWVDVMLNPGSATSNVAISVDQRQVKTVRTCT
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CCDS31 SKKLKTVFHAPDLSRMLQMFRELTAVRCYWVDVTLNSVNLNLNLVLSEDQRQVISVPIWP
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pF1KB7 FKNSNPCDFSAFGVFGCQYFSSGKYYWEVDVSGKIAWILGVHSKISSLNKRKSSGFAFDP
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CCDS31 FQCYN------YGVLGSQYFSSGKHYWEVDVSKKTAWILGVYCRTYSRHMK----YVVRR
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pF1KB7 SVNYSKVYSRYRPQYGYWVIGLQNTCEYNAFEDSSSSDPKVLTLFMAVPPCRIGVFLDYE
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CCDS31 CANRQNLYTKYRPLFGYWVIGLQNKCKYGVFEESLSSDPEVLTLSMAVPPCRVGVFLDYE
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CCDS31 AGIVSFFNVTSHGSLIYKFSKCCFSQPVYPYFNPWNCPAPMTLCPPSS
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>--
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10 20 30
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CCDS31 MCGSERILQAGNILEIRVGQAGARRVATMTSPVLVDIREEVTCPICLELLTEPLSIDCGH
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
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:::::::: . .:::: ..:: ::::::: .:::::::::::::::.:..:: ..: .
CCDS31 SFCQACITPNGRESVIGQEGERSCPVCQTSYQPGNLRPNRHLANIVRRLREVVLGPGKQL
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CCDS31 KAVLCADHGEKLQLFCQEDGKVICWLCERSQEHRGHHTFLVEEVAQEYQEKFQESLKKLK
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160 170 180 190 200 210
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CCDS31 NEEQEAEKLTAFIREKKTSWKNQMEPERCRIQTEFNQLRNILDRVEQRELKKLEQEEKKG
190 200 210 220 230 240
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pF1KB7 LDNLAAATDQLVQQRQDASTLISDLQRRLRGSSVEMLQDVIDVMKRSESWTLKKPKSVSK
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CCDS31 LRIIEEAENDLVHQTQSLRELISDLERRCQGSTMELLQDVSDVTERSEFWTLRKPEALPT
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
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::.:.::.:::. ::.: .:::::: ::
CCDS31 KLRSMFRAPDLKRMLRVCRELTDVQSYWAIQGSLTRRERRASGVRTRRSQGSSAMASKIL
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>>CCDS31392.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 (326 aa)
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10 20 30 40 50 60
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CCDS31 MASGILVNVKEEVTCPICLELLTQPLSLDCGHSFCQACLTANHKKS-MLDKGESSCPVCR
10 20 30 40 50
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CCDS31 ISYQPENIRPNRHVANIVEKLREVKLSP-EGQKVDHCARHGEKLLLFCQEDGKVICWLCE
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CCDS31 RSQEHRGHHTFLTEEVAREYQVKLQAALEMLRQKQQEAEELEADIREEKASWKTQIQYDK
120 130 140 150 160 170
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CCDS31 TNVLADFEQLRDILDWEESNELQNLEKEEEDILKSLTNSETEMVQQTQSLRELISDLEHR
180 190 200 210 220 230
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pF1KB7 LRGSSVEMLQDVIDVMKRSESWTLKKPKSVSKKLKSVFRVPDLSGMLQVLKELTDVQYYW
:.:: .:.:: : :.::.:. :::::.. :. . :::.:::.:::.:..:::::. ::
CCDS31 LQGSVMELLQGVDGVIKRTENVTLKKPETFPKNQRRVFRAPDLKGMLEVFRELTDVRRYW
240 250 260 270 280 290
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pF1KB7 VDVMLNPGSATSNVAISVDQRQVKTVRTCTFKNSNPCDFSAFGVFGCQYFSSGKYYWEVD
CCDS31 GWSAMARSRFTATSTSQIQAILLPQPPK
300 310 320
>>CCDS31394.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 (347 aa)
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: .. :....::::::::::::.::::::::::::::.::. :.: ....::::::::.
CCDS31 MASGILVNVKEEVTCPICLELLTQPLSLDCGHSFCQACLTANHKKS-MLDKGESSCPVCR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 TRFQPGNLRPNRHLANIVERVKEVKMSPQEGQKRDVCEHHGKKLQIFCKEDGKVICWVCE
.:: :.:::::.:::::...:::.:: :::: : : .::.:: .::.::::::::.::
CCDS31 ISYQPENIRPNRHVANIVEKLREVKLSP-EGQKVDHCARHGEKLLLFCQEDGKVICWLCE
60 70 80 90 100 110
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CCDS31 RSQEHRGHHTFLTEEVAREYQVKLQAALEMLRQKQQEAEELEADIREEKASWKTQIQYDK
120 130 140 150 160 170
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CCDS31 TNVLADFEQLRDILDWEESNELQNLEKEEEDILKSLTNSETEMVQQTQSLRELISDLEHR
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CCDS31 LQGSVMELLQGVDGVIKRTENVTLKKPETFPKNQRRVFRAPDLKGMLEVFRELTDVRRYW
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pF1KB7 VDVMLNPGSATSNVAISVDQRQVKTVRTCTFKNSNPCDFSAFGVFGCQYFSSGKYYWEVD
CCDS31 GKEKSHYHKPPCGLSLLLSLSFRILCSLLGSCFKIYDSPSKTHITYPSL
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>>CCDS44525.1 TRIM21 gene_id:6737|Hs108|chr11 (475 aa)
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.::::::::. ..::.:..::::::: :: : . . : : ::::
CCDS44 MASAARLTMMWEEVTCPICLDPFVEPVSIECGHSFCQECI------SQVGKGGGSVCPVC
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CCDS44 RQRFLLKNLRPNRQLANMVNNLKEISQEAREGTQGERCAVHGERLHLFCEKDGKALCWVC
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CCDS44 AQSRKHRDHAMVPLEEAAQEYQEKLQVALGELRRKQELAEKLEVEIAIKRADWKKTVETQ
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CCDS44 KSRIHAEFVQQKNFLVEEEQRQLQELEKDEREQLRILGEKEAKLAQQSQALQELISELDR
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CCDS44 RCHSSALELLQEVIIVLERSESWNLKDLDITSPELRSVCHVPGLKKMLRTCA--------
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CCDS44 -VHITLDPDTANPWLILSEDRRQVRLGDTQQSIPGNEERFDSYPMVLGAQHFHSGKHYWE
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pF1KB7 VDVSGKIAWILGVHSKISSLNKRKSSGFAFDPSVNYSKVYSRYRPQYGYWVIGLQNTCEY
:::.:: :: ::: . :... : .. . :.:.: : : .:
CCDS44 VDVTGKEAWDLGVCRD----SVRRKGHFLLSS-------------KSGFWTIWLWNKQKY
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pF1KB7 NAFEDSSSSDPKVLTLFMAVPPCRIGVFLDYEAGIVSFFNVTNHGALIYKFSGCRFSRPA
.: .. :.. : . ::::..:.:::::::.:::.:.:.::.:::.:: : :. :
CCDS44 EA-----GTYPQT-PLHLQVPPCQVGIFLDYEAGMVSFYNITDHGSLIYSFSECAFTGPL
390 400 410 420 430 440
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pF1KB7 YPYFNP-WN----CLVPMTVCPPSS
:.:.: .: .:.:.::
CCDS44 RPFFSPGFNDGGKNTAPLTLCPLNIGSQGSTDY
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>>CCDS55738.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 (313 aa)
initn: 1027 init1: 622 opt: 770 Z-score: 569.5 bits: 114.2 E(32554): 2.1e-25
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pF1KB7 VALQRLIKEDQEAEKLEDDIRQERTAWKNYIQIERQKILKGFNEMRVILDNEEQRELQKL
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CCDS55 MEPERCRIQTEFNQLRNILDRVEQRELKKL
10 20 30
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 EEGEVNVLDNLAAATDQLVQQRQDASTLISDLQRRLRGSSVEMLQDVIDVMKRSESWTLK
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CCDS55 EQEEKKGLRIIEEAENDLVHQTQSLRELISDLERRCQGSTMELLQDVSDVTERSEFWTLR
40 50 60 70 80 90
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pF1KB7 KPKSVSKKLKSVFRVPDLSGMLQVLKELTDVQYYWVDVMLNPGSATSNVAISVDQRQVKT
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CCDS55 KPEALPTKLRSMFRAPDLKRMLRVCRELTDVQSYWVDVTLNPHTANLNLVLAKNRRQVRF
100 110 120 130 140 150
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CCDS55 VGA---KVSGPSCLEKHYDCSVLGSQHFSSGKHYWEVDVAKKTAWILGVCS--NSLGPT-
160 170 180 190 200
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CCDS55 ---FSFNHFAQNHSAYSRYQPQSGYWVIGLQHNHEYRAYEDSSPS----LLLSMTVPPRR
210 220 230 240 250
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pF1KB7 IGVFLDYEAGIVSFFNVTNHGALIYKFSGCRFSRPAYPYFNPWNCLVPMTVCPPSS
.::::::::: :::.:::::: :: :: : ::::: ::..:::. :::
CCDS55 VGVFLDYEAGTVSFYNVTNHGFPIYTFSKYYFPTTLCPYFNPCNCVIPMTLRRPSS
260 270 280 290 300 310
498 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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