Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7770
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7770, 477 aa
1>>>pF1KB7770 477 - 477 aa - 477 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1915+/-0.00104; mu= 14.0574+/- 0.063
mean_var=86.2562+/-17.961, 0's: 0 Z-trim(105.2): 126 B-trim: 74 in 1/51
Lambda= 0.138095
statistics sampled from 8152 (8279) to 8152 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.623), E-opt: 0.2 (0.254), width: 16
Scan time: 3.060
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2610.2 PPARG gene_id:5468|Hs108|chr3 ( 477) 3162 640.2 1.5e-183
CCDS2609.1 PPARG gene_id:5468|Hs108|chr3 ( 505) 3162 640.2 1.5e-183
CCDS54994.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6 ( 402) 1724 353.6 2.2e-97
CCDS4803.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6 ( 441) 1724 353.7 2.4e-97
CCDS33669.1 PPARA gene_id:5465|Hs108|chr22 ( 468) 1714 351.7 1e-96
CCDS4804.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6 ( 361) 1342 277.5 1.6e-74
CCDS54995.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6 ( 343) 1257 260.6 2e-69
CCDS73750.1 NR2E3 gene_id:10002|Hs108|chr15 ( 410) 498 109.4 7.5e-24
CCDS11361.1 NR1D1 gene_id:9572|Hs108|chr17 ( 614) 468 103.5 6.7e-22
CCDS73751.1 NR2E3 gene_id:10002|Hs108|chr15 ( 367) 430 95.8 8.2e-20
CCDS10177.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15 ( 523) 414 92.7 1e-18
CCDS69165.1 NR2E1 gene_id:7101|Hs108|chr6 ( 422) 405 90.9 2.9e-18
CCDS1004.1 RORC gene_id:6097|Hs108|chr1 ( 518) 403 90.5 4.6e-18
CCDS30856.1 RORC gene_id:6097|Hs108|chr1 ( 497) 400 89.9 6.7e-18
CCDS10179.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15 ( 556) 396 89.1 1.3e-17
CCDS5063.1 NR2E1 gene_id:7101|Hs108|chr6 ( 385) 393 88.4 1.4e-17
CCDS6646.1 RORB gene_id:6096|Hs108|chr9 ( 459) 392 88.3 1.9e-17
CCDS45271.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15 ( 468) 389 87.7 2.9e-17
CCDS10178.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15 ( 548) 389 87.7 3.3e-17
CCDS33718.1 NR1D2 gene_id:9975|Hs108|chr3 ( 579) 388 87.5 4e-17
CCDS8850.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 454) 384 86.7 5.7e-17
CCDS41790.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 443) 380 85.9 9.6e-17
CCDS58236.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 382) 378 85.5 1.1e-16
CCDS42317.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17 ( 457) 377 85.3 1.5e-16
CCDS42593.1 NR1H2 gene_id:7376|Hs108|chr19 ( 460) 371 84.1 3.4e-16
CCDS2642.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3 ( 448) 370 83.9 3.9e-16
CCDS35172.1 RXRA gene_id:6256|Hs108|chr9 ( 462) 370 83.9 4e-16
CCDS72970.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1 ( 340) 367 83.2 4.6e-16
CCDS11366.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17 ( 462) 368 83.5 5.2e-16
CCDS1248.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1 ( 463) 367 83.3 6e-16
CCDS12352.1 NR2F6 gene_id:2063|Hs108|chr19 ( 404) 363 82.5 9.3e-16
CCDS4068.1 NR2F1 gene_id:7025|Hs108|chr5 ( 423) 363 82.5 9.7e-16
CCDS41821.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12 ( 467) 357 81.3 2.4e-15
CCDS44953.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12 ( 483) 357 81.3 2.5e-15
CCDS9051.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12 ( 603) 357 81.4 3e-15
CCDS10375.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15 ( 414) 354 80.7 3.3e-15
CCDS6744.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 443) 352 80.3 4.6e-15
CCDS6743.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 626) 352 80.4 6.2e-15
CCDS6742.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 637) 352 80.4 6.3e-15
CCDS4768.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6 ( 533) 349 79.7 8.1e-15
CCDS59007.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6 ( 537) 349 79.8 8.2e-15
CCDS44585.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 402) 344 78.7 1.3e-14
CCDS7929.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 447) 344 78.7 1.4e-14
CCDS73285.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 453) 344 78.7 1.4e-14
CCDS55340.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9 ( 475) 341 78.1 2.2e-14
CCDS65127.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9 ( 476) 341 78.1 2.2e-14
CCDS35137.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9 ( 480) 341 78.1 2.2e-14
CCDS2201.1 NR4A2 gene_id:4929|Hs108|chr2 ( 598) 330 76.0 1.2e-13
CCDS74905.1 NR2C2 gene_id:7182|Hs108|chr3 ( 596) 328 75.6 1.6e-13
CCDS2621.1 NR2C2 gene_id:7182|Hs108|chr3 ( 615) 328 75.6 1.7e-13
>>CCDS2610.2 PPARG gene_id:5468|Hs108|chr3 (477 aa)
initn: 3162 init1: 3162 opt: 3162 Z-score: 3409.0 bits: 640.2 E(32554): 1.5e-183
Smith-Waterman score: 3162; 100.0% identity (100.0% similar) in 477 aa overlap (1-477:1-477)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MTMVDTEMPFWPTNFGISSVDLSVMEDHSHSFDIKPFTTVDFSSISTPHYEDIPFTRTDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 MTMVDTEMPFWPTNFGISSVDLSVMEDHSHSFDIKPFTTVDFSSISTPHYEDIPFTRTDP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 VVADYKYDLKLQEYQSAIKVEPASPPYYSEKTQLYNKPHEEPSNSLMAIECRVCGDKASG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 VVADYKYDLKLQEYQSAIKVEPASPPYYSEKTQLYNKPHEEPSNSLMAIECRVCGDKASG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 FHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLIYDRCDLNCRIHKKSRNKCQYCRFQKCLAVGMSHNAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 FHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLIYDRCDLNCRIHKKSRNKCQYCRFQKCLAVGMSHNAI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 RFGRMPQAEKEKLLAEISSDIDQLNPESADLRALAKHLYDSYIKSFPLTKAKARAILTGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 RFGRMPQAEKEKLLAEISSDIDQLNPESADLRALAKHLYDSYIKSFPLTKAKARAILTGK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 TTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQEQSKEVAIRIFQGCQFRSVEAVQEITEYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 TTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQEQSKEVAIRIFQGCQFRSVEAVQEITEYA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 KSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIYTMLASLMNKDGVLISEGQGFMTREFLKSLRKPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 KSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIYTMLASLMNKDGVLISEGQGFMTREFLKSLRKPF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 GDFMEPKFEFAVKFNALELDDSDLAIFIAVIILSGDRPGLLNVKPIEDIQDNLLQALELQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 GDFMEPKFEFAVKFNALELDDSDLAIFIAVIILSGDRPGLLNVKPIEDIQDNLLQALELQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KB7 LKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQLLQVIKKTETDMSLHPLLQEIYKDLY
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 LKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQLLQVIKKTETDMSLHPLLQEIYKDLY
430 440 450 460 470
>>CCDS2609.1 PPARG gene_id:5468|Hs108|chr3 (505 aa)
initn: 3162 init1: 3162 opt: 3162 Z-score: 3408.6 bits: 640.2 E(32554): 1.5e-183
Smith-Waterman score: 3162; 100.0% identity (100.0% similar) in 477 aa overlap (1-477:29-505)
10 20 30
pF1KB7 MTMVDTEMPFWPTNFGISSVDLSVMEDHSHSF
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 MGETLGDSPIDPESDSFTDTLSANISQEMTMVDTEMPFWPTNFGISSVDLSVMEDHSHSF
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 DIKPFTTVDFSSISTPHYEDIPFTRTDPVVADYKYDLKLQEYQSAIKVEPASPPYYSEKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 DIKPFTTVDFSSISTPHYEDIPFTRTDPVVADYKYDLKLQEYQSAIKVEPASPPYYSEKT
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 QLYNKPHEEPSNSLMAIECRVCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLIYDRCDLNC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 QLYNKPHEEPSNSLMAIECRVCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLIYDRCDLNC
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 RIHKKSRNKCQYCRFQKCLAVGMSHNAIRFGRMPQAEKEKLLAEISSDIDQLNPESADLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 RIHKKSRNKCQYCRFQKCLAVGMSHNAIRFGRMPQAEKEKLLAEISSDIDQLNPESADLR
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 ALAKHLYDSYIKSFPLTKAKARAILTGKTTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 ALAKHLYDSYIKSFPLTKAKARAILTGKTTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQE
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 QSKEVAIRIFQGCQFRSVEAVQEITEYAKSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIYTMLAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 QSKEVAIRIFQGCQFRSVEAVQEITEYAKSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIYTMLAS
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 LMNKDGVLISEGQGFMTREFLKSLRKPFGDFMEPKFEFAVKFNALELDDSDLAIFIAVII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 LMNKDGVLISEGQGFMTREFLKSLRKPFGDFMEPKFEFAVKFNALELDDSDLAIFIAVII
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KB7 LSGDRPGLLNVKPIEDIQDNLLQALELQLKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 LSGDRPGLLNVKPIEDIQDNLLQALELQLKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQL
430 440 450 460 470 480
460 470
pF1KB7 LQVIKKTETDMSLHPLLQEIYKDLY
:::::::::::::::::::::::::
CCDS26 LQVIKKTETDMSLHPLLQEIYKDLY
490 500
>>CCDS54994.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6 (402 aa)
initn: 1706 init1: 1163 opt: 1724 Z-score: 1861.8 bits: 353.6 E(32554): 2.2e-97
Smith-Waterman score: 1724; 62.9% identity (87.1% similar) in 396 aa overlap (83-477:10-402)
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 IPFTRTDPVVADYKYDLKLQEYQSAIKVEPASPPYYSEKTQLYNKPHEEPSNSLMAIECR
.::: .. :. . : . . .:::
CCDS54 MHQRDLSRSSSPPSLLDQLQM---GCDGASCGSLNMECR
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 VCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLIYDRCDLNCRIHKKSRNKCQYCRFQKCLA
::::::::::::::::::::::::::::.:: :..:. .:.:.::.::::::::::::::
CCDS54 VCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRMKLEYEKCERSCKIQKKNRNKCQYCRFQKCLA
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 VGMSHNAIRFGRMPQAEKEKLLAEISSDI-DQLNPESADLRALAKHLYDSYIKSFPLTKA
.:::::::::::::.:::.::.: .... .: ::. :::.:..::.:..:.:.: .::
CCDS54 LGMSHNAIRFGRMPEAEKRKLVAGLTANEGSQYNPQVADLKAFSKHIYNAYLKNFNMTKK
100 110 120 130 140 150
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 KARAILTGKTTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQEQSKEVAIRIFQGCQFRSVE
:::.:::::.. .::::.:...: ..: . .:... ::.....: :: .::
CCDS54 KARSILTGKASHTAPFVIHDIETLWQAEKGLVWKQLVNGLPPYKEISVHVFYRCQCTTVE
160 170 180 190 200 210
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 AVQEITEYAKSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIYTMLASLMNKDGVLISEGQGFMTRE
.:.:.::.:::::.: .: :::::::::::::: :..::::..::::.:...:.::.:::
CCDS54 TVRELTEFAKSIPSFSSLFLNDQVTLLKYGVHEAIFAMLASIVNKDGLLVANGSGFVTRE
220 230 240 250 260 270
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 FLKSLRKPFGDFMEPKFEFAVKFNALELDDSDLAIFIAVIILSGDRPGLLNVKPIEDIQD
::.::::::.:..:::::::::::::::::::::.:::.::: ::::::.:: .: :::
CCDS54 FLRSLRKPFSDIIEPKFEFAVKFNALELDDSDLALFIAAIILCGDRPGLMNVPRVEAIQD
280 290 300 310 320 330
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 NLLQALELQLKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQLLQVIKKTETDMSLHPLLQE
..:.:::..:. :::... :: ::::::.::::.::::.:..: ::::::. ::::::::
CCDS54 TILRALEFHLQANHPDAQYLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQMMQRIKKTETETSLHPLLQE
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 IYKDLY
::::.:
CCDS54 IYKDMY
400
>>CCDS4803.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6 (441 aa)
initn: 1706 init1: 1163 opt: 1724 Z-score: 1861.2 bits: 353.7 E(32554): 2.4e-97
Smith-Waterman score: 1724; 62.9% identity (87.1% similar) in 396 aa overlap (83-477:49-441)
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 IPFTRTDPVVADYKYDLKLQEYQSAIKVEPASPPYYSEKTQLYNKPHEEPSNSLMAIECR
.::: .. :. . : . . .:::
CCDS48 EVAEAEGAPELNGGPQHALPSSSYTDLSRSSSPPSLLDQLQM---GCDGASCGSLNMECR
20 30 40 50 60 70
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 VCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLIYDRCDLNCRIHKKSRNKCQYCRFQKCLA
::::::::::::::::::::::::::::.:: :..:. .:.:.::.::::::::::::::
CCDS48 VCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRMKLEYEKCERSCKIQKKNRNKCQYCRFQKCLA
80 90 100 110 120 130
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 VGMSHNAIRFGRMPQAEKEKLLAEISSDI-DQLNPESADLRALAKHLYDSYIKSFPLTKA
.:::::::::::::.:::.::.: .... .: ::. :::.:..::.:..:.:.: .::
CCDS48 LGMSHNAIRFGRMPEAEKRKLVAGLTANEGSQYNPQVADLKAFSKHIYNAYLKNFNMTKK
140 150 160 170 180 190
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 KARAILTGKTTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQEQSKEVAIRIFQGCQFRSVE
:::.:::::.. .::::.:...: ..: . .:... ::.....: :: .::
CCDS48 KARSILTGKASHTAPFVIHDIETLWQAEKGLVWKQLVNGLPPYKEISVHVFYRCQCTTVE
200 210 220 230 240 250
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 AVQEITEYAKSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIYTMLASLMNKDGVLISEGQGFMTRE
.:.:.::.:::::.: .: :::::::::::::: :..::::..::::.:...:.::.:::
CCDS48 TVRELTEFAKSIPSFSSLFLNDQVTLLKYGVHEAIFAMLASIVNKDGLLVANGSGFVTRE
260 270 280 290 300 310
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 FLKSLRKPFGDFMEPKFEFAVKFNALELDDSDLAIFIAVIILSGDRPGLLNVKPIEDIQD
::.::::::.:..:::::::::::::::::::::.:::.::: ::::::.:: .: :::
CCDS48 FLRSLRKPFSDIIEPKFEFAVKFNALELDDSDLALFIAAIILCGDRPGLMNVPRVEAIQD
320 330 340 350 360 370
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 NLLQALELQLKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQLLQVIKKTETDMSLHPLLQE
..:.:::..:. :::... :: ::::::.::::.::::.:..: ::::::. ::::::::
CCDS48 TILRALEFHLQANHPDAQYLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQMMQRIKKTETETSLHPLLQE
380 390 400 410 420 430
pF1KB7 IYKDLY
::::.:
CCDS48 IYKDMY
440
>>CCDS33669.1 PPARA gene_id:5465|Hs108|chr22 (468 aa)
initn: 1653 init1: 1448 opt: 1714 Z-score: 1850.1 bits: 351.7 E(32554): 1e-96
Smith-Waterman score: 1714; 63.2% identity (86.6% similar) in 397 aa overlap (82-477:74-468)
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 DIPFTRTDPVVADYKYDLKLQEYQSAIKVEPASPPYYSEKTQLYNKPHEEPSNSLMAIEC
::: : . .. : ::..: :::
CCDS33 DSSGSFGFTEYQYLGSCPGSDGSVITDTLSPASSPSSVTYPVVPGSVDESPSGAL-NIEC
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 RVCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLIYDRCDLNCRIHKKSRNKCQYCRFQKCL
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CCDS33 RICGDKASGYHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLVYDKCDRSCKIQKKNRNKCQYCRFHKCL
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 AVGMSHNAIRFGRMPQAEKEKLLAEI-SSDIDQLNPESADLRALAKHLYDSYIKSFPLTK
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CCDS33 SVGMSHNAIRFGRMPRSEKAKLKAEILTCEHDIEDSETADLKSLAKRIYEAYLKNFNMNK
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 AKARAILTGKTTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQEQSKEVAIRIFQGCQFRSV
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CCDS33 VKARVILSGKASNNPPFVIHDMETLCMAEKTLVAKLVAN-GIQNKEAEVRIFHCCQCTSV
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 EAVQEITEYAKSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIYTMLASLMNKDGVLISEGQGFMTR
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CCDS33 ETVTELTEFAKAIPGFANLDLNDQVTLLKYGVYEAIFAMLSSVMNKDGMLVAYGNGFITR
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 EFLKSLRKPFGDFMEPKFEFAVKFNALELDDSDLAIFIAVIILSGDRPGLLNVKPIEDIQ
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CCDS33 EFLKSLRKPFCDIMEPKFDFAMKFNALELDDSDISLFVAAIICCGDRPGLLNVGHIEKMQ
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 DNLLQALELQLKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQLLQVIKKTETDMSLHPLLQ
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CCDS33 EGIVHVLRLHLQSNHPDDIFLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQLVQIIKKTESDAALHPLLQ
410 420 430 440 450 460
pF1KB7 EIYKDLY
:::.:.:
CCDS33 EIYRDMY
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Smith-Waterman score: 1342; 61.5% identity (86.3% similar) in 314 aa overlap (83-395:49-359)
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 IPFTRTDPVVADYKYDLKLQEYQSAIKVEPASPPYYSEKTQLYNKPHEEPSNSLMAIECR
.::: .. :. . : . . .:::
CCDS48 EVAEAEGAPELNGGPQHALPSSSYTDLSRSSSPPSLLDQLQMGC---DGASCGSLNMECR
20 30 40 50 60 70
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 VCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLIYDRCDLNCRIHKKSRNKCQYCRFQKCLA
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CCDS48 VCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRMKLEYEKCERSCKIQKKNRNKCQYCRFQKCLA
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180 190 200 210 220 230
pF1KB7 VGMSHNAIRFGRMPQAEKEKLLAEISSDI-DQLNPESADLRALAKHLYDSYIKSFPLTKA
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CCDS48 LGMSHNAIRFGRMPEAEKRKLVAGLTANEGSQYNPQVADLKAFSKHIYNAYLKNFNMTKK
140 150 160 170 180 190
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 KARAILTGKTTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQEQSKEVAIRIFQGCQFRSVE
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CCDS48 KARSILTGKASHTAPFVIHDIETLWQAEKGLVWKQLVNGLPPYKEISVHVFYRCQCTTVE
200 210 220 230 240 250
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 AVQEITEYAKSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIYTMLASLMNKDGVLISEGQGFMTRE
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CCDS48 TVRELTEFAKSIPSFSSLFLNDQVTLLKYGVHEAIFAMLASIVNKDGLLVANGSGFVTRE
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pF1KB7 FLKSLRKPFGDFMEPKFEFAVKFNALELDDSDLAIFIAVIILSGDRPGLLNVKPIEDIQD
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CCDS48 FLRSLRKPFSDIIEPKFEFAVKFNALELDDSDLALFIAAIILCGGE
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pF1KB7 NLLQALELQLKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQLLQVIKKTETDMSLHPLLQE
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150 160 170 180 190 200
pF1KB7 DRCDLNCRIHKKSRNKCQYCRFQKCLAVGMSHNAIRFGRMPQAEKEKLLAEISSDI-DQL
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CCDS54 VREEEEKEEVAEAEGAPELNGGPQHALPSSSYTAIRFGRMPEAEKRKLVAGLTANEGSQY
20 30 40 50 60 70
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 NPESADLRALAKHLYDSYIKSFPLTKAKARAILTGKTTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKF
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CCDS54 NPQVADLKAFSKHIYNAYLKNFNMTKKKARSILTGKASHTAPFVIHDIETLWQAEKGLVW
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pF1KB7 KHITPLQEQSKEVAIRIFQGCQFRSVEAVQEITEYAKSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHE
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CCDS54 KQLVNGLPPYKEISVHVFYRCQCTTVETVRELTEFAKSIPSFSSLFLNDQVTLLKYGVHE
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pF1KB7 IIYTMLASLMNKDGVLISEGQGFMTREFLKSLRKPFGDFMEPKFEFAVKFNALELDDSDL
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CCDS54 AIFAMLASIVNKDGLLVANGSGFVTREFLRSLRKPFSDIIEPKFEFAVKFNALELDDSDL
200 210 220 230 240 250
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pF1KB7 AIFIAVIILSGDRPGLLNVKPIEDIQDNLLQALELQLKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQ
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CCDS54 ALFIAAIILCGDRPGLMNVPRVEAIQDTILRALEFHLQANHPDAQYLFPKLLQKMADLRQ
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pF1KB7 IVTEHVQLLQVIKKTETDMSLHPLLQEIYKDLY
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CCDS54 LVTEHAQMMQRIKKTETETSLHPLLQEIYKDMY
320 330 340
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pF1KB7 KLQEYQSAIKVEPASPPYYSEKTQLYNKPHEEPSNSLMAIECRVCGDKASGFHYGVHACE
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CCDS73 TALMSSTVAAAAPAAGAASRKESPGRWGLGEDPTGVSPSLQCRVCGDSSSGKHYGIYACN
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pF1KB7 GCKGFFRRTIRLKLIYDRCDLN---CRIHKKSRNKCQYCRFQKCLAVGMSHNAIRFGRMP
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CCDS73 GCSGFFKRSVRRRLIY-RCQVGAGMCPVDKAHRNQCQACRLKKCLQAGMNQDAVQNERQP
70 80 90 100 110 120
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pF1KB7 QAEKEKLLAEISSDIDQLNPESADLRALAKHLYDSYIKSFPLTKAKA------RAILTGK
.. . : . :. .. ::: : : : :.. :.: ...:..
CCDS73 RSTAQVHLDSMESNTES-RPES--LVAPPAPAGRSPRGPTPMSAARALGHHFMASLITAE
130 140 150 160 170 180
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pF1KB7 TTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQEQSKEVAIRIFQGCQFRSVEAVQEITEYA
: : : : . ..: .: .: . .: : . :.. . ...:
CCDS73 TCAKLEPEDADENIDVTSNDP-EFPS-SPYSSSSPCGLDSIHE----TSARLLFMAVKWA
190 200 210 220 230
310 320 330 340 350
pF1KB7 KSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIY--TMLASL-MNKDGVLI----SEGQGFMTREFL
:..: : .: . ::: ::. . :.. .. :: ... .: : . : . : :
CCDS73 KNLPVFSSLPFRDQVILLEEAWSELFLLGAIQWSLPLDSCPLLAPPEASAAGGAQGRLTL
240 250 260 270 280 290
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 KSLRKPFGDFMEPKF--EFAVKFNALELDDSDLAIFIAVIILSGDRPGLLNVKPIEDIQD
: :: . : .: :: .: ...: . :..... . :: . . .: .::
CCDS73 AS--------METRVLQETISRFRALAVDPTEFACMKALVLFKPETRGLKDPEHVEALQD
300 310 320 330 340
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pF1KB7 NLLQALELQLKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQLLQVIKKTETDMSLHPLLQE
. : . : .:: . :.::: . .:: :..:...:: ..:: . .. :: .
CCDS73 QSQVMLSQHSKAHHPSQPVRFGKLLLLLPSLRFITAERIELL-FFRKTIGNTPMEKLLCD
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 IYKDLY
..:.
CCDS73 MFKN
410
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pF1KB7 PFTRTDPVVADYKYDLKLQEYQSAIKVEPASPPYYSEKTQLYNKPHEEPSNSL-------
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CCDS11 FGSIPPSLSDDGSPSSSSSSSSSSSSFYNGSPPG-SLQVAMEDSSRVSPSKSTSNITKLN
70 80 90 100 110 120
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pF1KB7 -MAIECRVCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLIYDRC--DLNCRIHKKSRNKCQ
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CCDS11 GMVLLCKVCGDVASGFHYGVHACEGCKGFFRRSIQQNIQYKRCLKNENCSIVRINRNRCQ
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 YCRFQKCLAVGMSHNAIRFGRMPQAEKEKLLAEISSDIDQLNPESADLRALAKHLYDSYI
:::.:::.::::..:.::::.:. ::...:::..: .. :
CCDS11 QCRFKKCLSVGMSRDAVRFGRIPKREKQRMLAEMQSAMNLANNQLSSQCPLETSPTQHPT
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 KSFPLTKAKARAILTGKTTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQEQSKEVAIRIFQ
CCDS11 PGPMGPSPPPAPVPSPLVGFSQFPQQLTPPRSPSPEPTVEDVISQVARAHREIFTYAHDK
250 260 270 280 290 300
>--
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250 260 270 280 290 300
pF1KB7 DKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQEQSKEVAIRIFQGCQFRSVEAVQEITEYAKS
.: ... .:.. .. . ::.:..:.::
CCDS11 PEGKAPANSPRQGNSKNVLLACPMNMYPHGRSGRTVQEIWEDFSMSFTPAVREVVEFAKH
400 410 420 430 440 450
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pF1KB7 IPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIYTMLASLMN-KDGVLISEGQGFMTREFLKSLRKPFG
:::: .:. .::::::: :. :.... .:::.: :: ... .. .. . : .. .:
CCDS11 IPGFRDLSQHDQVTLLKAGTFEVLMVRFASLFNVKDQTVMFLSRTTYSLQELGAM--GMG
460 470 480 490 500 510
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pF1KB7 DFMEPKFEFAVKFNALELDDSDLAIFIAVIILSGDRPGLLNVKPIEDIQDNLLQALELQL
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CCDS11 DLLSAMFDFSEKLNSLALTEEELGLFTAVVLVSADRSGMENSASVEQLQETLLRALRALV
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pF1KB7 KLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQLLQVIKKTETDMSLHPLLQEIYKDLY
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CCDS11 LKNRPLETSRFTKLLLKLPDLRTLNNMHSEKLLSFRVDAQ
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>>CCDS73751.1 NR2E3 gene_id:10002|Hs108|chr15 (367 aa)
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pF1KB7 KLQEYQSAIKVEPASPPYYSEKTQLYNKPHEEPSNSLMAIECRVCGDKASGFHYGVHACE
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CCDS73 TALMSSTVAAAAPAAGAASRKESPGRWGLGEDPTGVSPSLQCRVCGDSSSGKHYGIYACN
10 20 30 40 50 60
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 GCKGFFRRTIRLKLIYDRCDLN---CRIHKKSRNKCQYCRFQKCLAVGMSHNAIRFGRMP
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CCDS73 GCSGFFKRSVRRRLIY-RCQVGAGMCPVDKAHRNQCQACRLKKCLQAGMNQDAVQNERQP
70 80 90 100 110 120
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 QAEKEKLLAEISSDIDQLNPESADLRALAKHLYDSYIKSFPLTKAKA------RAILTGK
.. . : . :. .. ::: : : : :.. :.: ...:..
CCDS73 RSTAQVHLDSMESNTES-RPES--LVAPPAPAGRSPRGPTPMSAARALGHHFMASLITAE
130 140 150 160 170 180
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 TTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQEQSKEVAIRIFQGCQFRSVEAVQEITEYA
: : : : . ..: .: .: . .: : . :.. . ...:
CCDS73 TCAKLEPEDADENIDVTSNDP-EFPS-SPYSSSSPCGLDSIHE----TSARLLFMAVKWA
190 200 210 220 230
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pF1KB7 KSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIY--TMLASL-MNKDGVLI----SEGQGFMTREFL
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CCDS73 KNLPVFSSLPFRDQVILLEEAWSELFLLGAIQWSLPLDSCPLLAPPEASAAGGAQGRLTL
240 250 260 270 280 290
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 KSLRKPFGDFMEPKF--EFAVKFNALELDDSDLAIFIAVIILSGDRPGLLNVKPIEDIQD
: :: . : .: :: .: ...: . :..... . :: . . .: .::
CCDS73 AS--------METRVLQETISRFRALAVDPTEFACMKALVLFKPETRGLKDPEHVEALQD
300 310 320 330 340
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pF1KB7 NLLQALELQLKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQLLQVIKKTETDMSLHPLLQE
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CCDS73 QSQVMLSQHSKAHHPSQPVR
350 360
477 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 07:38:08 2016 done: Sat Nov 5 07:38:09 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]