Result of FASTA (omim) for
pF1KB7774
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7774, 506 aa
1>>>pF1KB7774 506 - 506 aa - 506 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0664+/-0.000837; mu= 16.3825+/- 0.052
mean_var=305.7177+/-62.828, 0's: 0 Z-trim(111.3): 2102 B-trim: 65 in 1/49
Lambda= 0.073352
statistics sampled from 17465 (19856) to 17465 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.556), E-opt: 0.2 (0.233), width: 16
Scan time: 8.070
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003437 (OMIM: 300024) zinc finger protein 157 [ ( 506) 3628 399.1 1.6e-110
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1708 196.1 2.5e-49
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1708 196.1 2.5e-49
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1708 196.1 2.5e-49
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1708 196.1 2.6e-49
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1708 196.1 2.6e-49
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1708 196.1 2.6e-49
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1708 196.1 2.6e-49
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1708 196.1 2.6e-49
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1708 196.1 2.6e-49
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1708 196.2 2.6e-49
NP_001291968 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1671 192.2 3.9e-48
NP_001291965 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1671 192.2 3.9e-48
NP_001291966 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1671 192.2 3.9e-48
NP_001291969 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1671 192.2 3.9e-48
NP_001291967 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1671 192.2 3.9e-48
NP_001291964 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1671 192.2 3.9e-48
NP_008886 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33B i ( 778) 1671 192.3 4.2e-48
NP_001291962 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 785) 1671 192.4 4.2e-48
NP_001311105 (OMIM: 194521) zinc finger protein 33 ( 699) 1647 189.7 2.3e-47
NP_001265100 (OMIM: 194521) zinc finger protein 33 ( 699) 1647 189.7 2.3e-47
NP_001265108 (OMIM: 194521) zinc finger protein 33 ( 699) 1647 189.7 2.3e-47
NP_001311104 (OMIM: 194521) zinc finger protein 33 ( 699) 1647 189.7 2.3e-47
NP_001265103 (OMIM: 194521) zinc finger protein 33 ( 699) 1647 189.7 2.3e-47
NP_001265107 (OMIM: 194521) zinc finger protein 33 ( 699) 1647 189.7 2.3e-47
NP_001311106 (OMIM: 194521) zinc finger protein 33 ( 699) 1647 189.7 2.3e-47
XP_011517956 (OMIM: 194521) PREDICTED: zinc finger ( 732) 1647 189.8 2.4e-47
XP_011517955 (OMIM: 194521) PREDICTED: zinc finger ( 733) 1647 189.8 2.4e-47
NP_001265104 (OMIM: 194521) zinc finger protein 33 ( 733) 1647 189.8 2.4e-47
NP_001265105 (OMIM: 194521) zinc finger protein 33 ( 768) 1647 189.8 2.4e-47
NP_008905 (OMIM: 194521) zinc finger protein 33A i ( 810) 1647 189.8 2.5e-47
XP_011517953 (OMIM: 194521) PREDICTED: zinc finger ( 810) 1647 189.8 2.5e-47
NP_008885 (OMIM: 194521) zinc finger protein 33A i ( 811) 1647 189.8 2.5e-47
XP_011517952 (OMIM: 194521) PREDICTED: zinc finger ( 811) 1647 189.8 2.5e-47
NP_001265099 (OMIM: 194521) zinc finger protein 33 ( 817) 1647 189.8 2.5e-47
XP_016872106 (OMIM: 194521) PREDICTED: zinc finger ( 818) 1647 189.8 2.5e-47
NP_001311107 (OMIM: 194521) zinc finger protein 33 ( 818) 1647 189.8 2.5e-47
NP_001265102 (OMIM: 194521) zinc finger protein 33 ( 829) 1647 189.9 2.5e-47
NP_001265106 (OMIM: 194521) zinc finger protein 33 ( 832) 1647 189.9 2.5e-47
NP_001007089 (OMIM: 314993) zinc finger protein 18 ( 620) 1643 189.2 3e-47
NP_001171570 (OMIM: 314993) zinc finger protein 18 ( 639) 1643 189.2 3e-47
NP_008893 (OMIM: 314993) zinc finger protein 182 i ( 639) 1643 189.2 3e-47
NP_001291423 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 585) 1629 187.7 8.1e-47
NP_001291422 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 585) 1629 187.7 8.1e-47
NP_666016 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 is ( 643) 1629 187.8 8.4e-47
NP_001291421 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 643) 1629 187.8 8.4e-47
XP_016881868 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1625 187.2 1e-46
XP_016881869 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1625 187.2 1e-46
XP_016881871 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1625 187.2 1e-46
NP_001317411 (OMIM: 613904) zinc finger protein 56 ( 527) 1625 187.2 1e-46
>>NP_003437 (OMIM: 300024) zinc finger protein 157 [Homo (506 aa)
initn: 3628 init1: 3628 opt: 3628 Z-score: 2105.3 bits: 399.1 E(85289): 1.6e-110
Smith-Waterman score: 3628; 100.0% identity (100.0% similar) in 506 aa overlap (1-506:1-506)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MPANGTSPQRFPALIPGEPGRSFEGSVSFEDVAVDFTRQEWHRLDPAQRTMHKDVMLETY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MPANGTSPQRFPALIPGEPGRSFEGSVSFEDVAVDFTRQEWHRLDPAQRTMHKDVMLETY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 SNLASVGLCVAKPEMIFKLERGEELWILEEESSGHGYSGSLSLLCGNGSVGDNALRHDND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SNLASVGLCVAKPEMIFKLERGEELWILEEESSGHGYSGSLSLLCGNGSVGDNALRHDND
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 LLHHQKIQTLDQNVEYNGCRKAFHEKTGFVRRKRTPRGDKNFECHECGKAYCRKSNLVEH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LLHHQKIQTLDQNVEYNGCRKAFHEKTGFVRRKRTPRGDKNFECHECGKAYCRKSNLVEH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 LRIHTGERPYECGECAKTFSARSYLIAHQKTHTGERPFECNECGKSFGRKSQLILHTRTH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LRIHTGERPYECGECAKTFSARSYLIAHQKTHTGERPFECNECGKSFGRKSQLILHTRTH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 TGERPYECTECGKTFSEKATLTIHQRTHTGEKPYECSECGKTFRVKISLTQHHRTHTGEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 TGERPYECTECGKTFSEKATLTIHQRTHTGEKPYECSECGKTFRVKISLTQHHRTHTGEK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 PYECGECGKNFRAKKSLNQHQRIHTGEKPYECGECGKFFRMKMTLNNHQRTHTGEKPYQC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 PYECGECGKNFRAKKSLNQHQRIHTGEKPYECGECGKFFRMKMTLNNHQRTHTGEKPYQC
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 NECGKSFRVHSSLGIHQRIHTGEKPYECNECGNAFYVKARLIEHQRMHSGEKPYECSECG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NECGKSFRVHSSLGIHQRIHTGEKPYECNECGNAFYVKARLIEHQRMHSGEKPYECSECG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 KIFSMKKSLCQHRRTHTGEKPYECSECGNAFYVKVRLIEHQRIHTGERPFECQECGKAFC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 KIFSMKKSLCQHRRTHTGEKPYECSECGNAFYVKVRLIEHQRIHTGERPFECQECGKAFC
430 440 450 460 470 480
490 500
pF1KB7 RKAHLTEHQRTHIGWSWRCTMKKASH
::::::::::::::::::::::::::
NP_003 RKAHLTEHQRTHIGWSWRCTMKKASH
490 500
>>NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 is (616 aa)
initn: 9517 init1: 1700 opt: 1708 Z-score: 1006.6 bits: 196.1 E(85289): 2.5e-49
Smith-Waterman score: 1708; 59.9% identity (82.1% similar) in 374 aa overlap (121-494:243-616)
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 ESSGHGYSGSLSLLCGNGSVGDNALRHDNDLLHHQKIQTLDQNVEYNGCRKAFHEKTGFV
:..::. .: .. : . : :.: ...:
NP_001 SALTKHQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFS
220 230 240 250 260 270
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 RRKRTPRGDKNFECHECGKAYCRKSNLVEHLRIHTGERPYECGECAKTFSARSYLIAHQK
...:: :.: .:: :::::. .. .:..::::::::.::.::::.:.:: : : ::.
NP_001 QHERTHTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQR
280 290 300 310 320 330
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 THTGERPFECNECGKSFGRKSQLILHTRTHTGERPYECTECGKTFSEKATLTIHQRTHTG
::::.:.::.::::.: . . :: : ::::::.:::: ::::.::... :: :.: :::
NP_001 IHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTG
340 350 360 370 380 390
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 EKPYECSECGKTFRVKISLTQHHRTHTGEKPYECGECGKNFRAKKSLNQHQRIHTGEKPY
:::: :.:::::: . ::.::.:::::::::::..::: :: . :.::::::::::::
NP_001 EKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPY
400 410 420 430 440 450
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 ECGECGKFFRMKMTLNNHQRTHTGEKPYQCNECGKSFRVHSSLGIHQRIHTGEKPYECNE
::..::: : . .:..::: :::::::.::.::..: . : ::::::::::::::.
NP_001 ECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQ
460 470 480 490 500 510
400 410 420 430 440 450
pF1KB7 CGNAFYVKARLIEHQRMHSGEKPYECSECGKIFSMKKSLCQHRRTHTGEKPYECSECGNA
:: :: .. ::::::.:. :::: :.:::: :: ..:: ::.::::::::::: .::..
NP_001 CGRAFSQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKS
520 530 540 550 560 570
460 470 480 490 500
pF1KB7 FYVKVRLIEHQRIHTGERPFECQECGKAFCRKAHLTEHQRTHIGWSWRCTMKKASH
: ...: .:.::::::.:. :..::::: ... ::.::::: :
NP_001 FRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
580 590 600 610
>--
initn: 1340 init1: 378 opt: 381 Z-score: 247.6 bits: 55.6 E(85289): 4.7e-07
Smith-Waterman score: 384; 34.3% identity (60.7% similar) in 242 aa overlap (56-283:1-237)
30 40 50 60 70 80
pF1KB7 SVSFEDVAVDFTRQEWHRLDPAQRTMHKDVMLETYSNLASVGLCVAKPEMIFKLERGEEL
::.:. :.::: . ::..: ::. ::
NP_001 MLDTFRLLVSVGHWLPKPNVISLLEQEAEL
10 20 30
90 100 110 120 130
pF1KB7 WILEEESSGHGYSG-------SLSLLCGNGS--VGDNAL---RHDNDLLHHQKIQTLDQN
: .: . : .::.: . : ...... : : : . . . . .
NP_001 WAVESRLPQGVYPDLETRPKVKLSVLKQGISEEISNSVILVERFLWDGLWYCRGEDTEGH
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KB7 VEYNGCR--KAFHEKTGFVRRKRTPRGDKNFECHECGKAYCRKSNLVEHLRIHTGERPYE
:.. :. ... ..:. : :: .. .. . :. . .: .. . :.
NP_001 WEWS-CESLESLAVPVAFTPVK-TPVLEQ-WQRNGFGENISLNPDLPHQPMTPERQSPHT
100 110 120 130 140
200 210 220 230 240 250
pF1KB7 CGECAKTFSARSYLIAHQKTHTGERPFECNECGKSFGRKSQLILHTRTHTGERPYECTEC
: .: . : . ::: . :.:..:.::::.:...: :: : ::::::::::: ::
NP_001 WGTRGKR--EKPDLNVLQKTCVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHEC
150 160 170 180 190 200
260 270 280 290 300 310
pF1KB7 GKTFSEKATLTIHQRTHTGEKPYECSECGKTFRVKISLTQHHRTHTGEKPYECGECGKNF
: : ....:: ::: :::::::.:..::.::
NP_001 LKGFRNSSALTKHQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSF
210 220 230 240 250 260
320 330 340 350 360 370
pF1KB7 RAKKSLNQHQRIHTGEKPYECGECGKFFRMKMTLNNHQRTHTGEKPYQCNECGKSFRVHS
NP_001 SFRSSFSQHERTHTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSS
270 280 290 300 310 320
>>XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro (621 aa)
initn: 9517 init1: 1700 opt: 1708 Z-score: 1006.5 bits: 196.1 E(85289): 2.5e-49
Smith-Waterman score: 1708; 59.9% identity (82.1% similar) in 374 aa overlap (121-494:248-621)
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 ESSGHGYSGSLSLLCGNGSVGDNALRHDNDLLHHQKIQTLDQNVEYNGCRKAFHEKTGFV
:..::. .: .. : . : :.: ...:
XP_016 SALTKHQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFS
220 230 240 250 260 270
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 RRKRTPRGDKNFECHECGKAYCRKSNLVEHLRIHTGERPYECGECAKTFSARSYLIAHQK
...:: :.: .:: :::::. .. .:..::::::::.::.::::.:.:: : : ::.
XP_016 QHERTHTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQR
280 290 300 310 320 330
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 THTGERPFECNECGKSFGRKSQLILHTRTHTGERPYECTECGKTFSEKATLTIHQRTHTG
::::.:.::.::::.: . . :: : ::::::.:::: ::::.::... :: :.: :::
XP_016 IHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTG
340 350 360 370 380 390
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 EKPYECSECGKTFRVKISLTQHHRTHTGEKPYECGECGKNFRAKKSLNQHQRIHTGEKPY
:::: :.:::::: . ::.::.:::::::::::..::: :: . :.::::::::::::
XP_016 EKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPY
400 410 420 430 440 450
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 ECGECGKFFRMKMTLNNHQRTHTGEKPYQCNECGKSFRVHSSLGIHQRIHTGEKPYECNE
::..::: : . .:..::: :::::::.::.::..: . : ::::::::::::::.
XP_016 ECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQ
460 470 480 490 500 510
400 410 420 430 440 450
pF1KB7 CGNAFYVKARLIEHQRMHSGEKPYECSECGKIFSMKKSLCQHRRTHTGEKPYECSECGNA
:: :: .. ::::::.:. :::: :.:::: :: ..:: ::.::::::::::: .::..
XP_016 CGRAFSQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKS
520 530 540 550 560 570
460 470 480 490 500
pF1KB7 FYVKVRLIEHQRIHTGERPFECQECGKAFCRKAHLTEHQRTHIGWSWRCTMKKASH
: ...: .:.::::::.:. :..::::: ... ::.::::: :
XP_016 FRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
580 590 600 610 620
>--
initn: 1013 init1: 378 opt: 381 Z-score: 247.6 bits: 55.7 E(85289): 4.7e-07
Smith-Waterman score: 381; 49.6% identity (71.3% similar) in 115 aa overlap (227-339:128-242)
200 210 220 230 240 250
pF1KB7 KTFSARSYLIAHQKTHTGERPFECNECGKSFGRKSQLI--LHTRTHTGERPYECTECGKT
::.. .: : . : :: : .
XP_016 WSCESLESLAVPVAFTPVKTPVLEQWQRNGFGENISLNPDLPHQPMTPERQSPHTWGTRG
100 110 120 130 140 150
260 270 280 290 300 310
pF1KB7 FSEKATLTIHQRTHTGEKPYECSECGKTFRVKISLTQHHRTHTGEKPYECGECGKNFRAK
:: :.. :.: . ::::.:.::::.: . .: .::::::::.:::: :: :.:: .
XP_016 KREKPDLNVLQKTCVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHECLKGFRNS
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..:..:::::::::::.: .::. :
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: ...: .:.::::::.:. :..::::: ... ::.::::: :
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pF1KB7 ECGECGKFFRMKMTLNNHQRTHTGEKPYQCNECGKSFRVHSSLGIHQRIHTGEKPYECNE
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: ...: .:.::::::.:. :..::::: ... ::.::::: :
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]