Result of FASTA (omim) for pF1KB7794
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7794, 519 aa
  1>>>pF1KB7794 519 - 519 aa - 519 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.9424+/-0.00036; mu= -1.7034+/- 0.023
 mean_var=256.2748+/-52.744, 0's: 0 Z-trim(122.6): 108  B-trim: 1653 in 1/57
 Lambda= 0.080116
 statistics sampled from 40862 (40979) to 40862 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.793), E-opt: 0.2 (0.48), width:  16
 Scan time: 12.360

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_443086 (OMIM: 616215) cyclic AMP-responsive ele ( 519) 3488 416.1 1.3e-115
XP_006718443 (OMIM: 616215) PREDICTED: cyclic AMP- ( 363) 2271 275.3 2.1e-73
NP_919047 (OMIM: 608834) cyclic AMP-responsive ele ( 520)  984 126.7 1.7e-28
XP_016868029 (OMIM: 608834) PREDICTED: cyclic AMP- ( 457)  952 122.9   2e-27
XP_016868030 (OMIM: 608834) PREDICTED: cyclic AMP- ( 457)  952 122.9   2e-27
NP_001305175 (OMIM: 608834) cyclic AMP-responsive  ( 457)  952 122.9   2e-27
XP_005250598 (OMIM: 608834) PREDICTED: cyclic AMP- ( 457)  952 122.9   2e-27
NP_001258925 (OMIM: 611998) cyclic AMP-responsive  ( 459)  427 62.3 3.7e-09
NP_001258924 (OMIM: 611998) cyclic AMP-responsive  ( 460)  426 62.1   4e-09
NP_115996 (OMIM: 611998) cyclic AMP-responsive ele ( 461)  426 62.1   4e-09
NP_001242908 (OMIM: 607138) cyclic AMP-responsive  ( 395)  413 60.6   1e-08
NP_001242907 (OMIM: 607138) cyclic AMP-responsive  ( 395)  413 60.6   1e-08
NP_570968 (OMIM: 607138) cyclic AMP-responsive ele ( 395)  413 60.6   1e-08
XP_006711235 (OMIM: 607138) PREDICTED: cyclic AMP- ( 375)  406 59.8 1.7e-08
XP_016855861 (OMIM: 607138) PREDICTED: cyclic AMP- ( 375)  406 59.8 1.7e-08
NP_001242910 (OMIM: 607138) cyclic AMP-responsive  ( 375)  406 59.8 1.7e-08
NP_001242909 (OMIM: 607138) cyclic AMP-responsive  ( 375)  406 59.8 1.7e-08
NP_006359 (OMIM: 606443) cyclic AMP-responsive ele ( 371)  387 57.6 7.7e-08
NP_001240704 (OMIM: 608834) cyclic AMP-responsive  ( 248)  287 45.9 0.00017


>>NP_443086 (OMIM: 616215) cyclic AMP-responsive element  (519 aa)
 initn: 3488 init1: 3488 opt: 3488  Z-score: 2196.8  bits: 416.1 E(85289): 1.3e-115
Smith-Waterman score: 3488; 100.0% identity (100.0% similar) in 519 aa overlap (1-519:1-519)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MDAVLEPFPADRLFPGSSFLDLGDLNESDFLNNAHFPEHLDHFTENMEDFSNDLFSSFFD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 MDAVLEPFPADRLFPGSSFLDLGDLNESDFLNNAHFPEHLDHFTENMEDFSNDLFSSFFD
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 DPVLDEKSPLLDMELDSPTPGIQAEHSYSLSGDSAPQSPLVPIKMEDTTQDAEHGAWALG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 DPVLDEKSPLLDMELDSPTPGIQAEHSYSLSGDSAPQSPLVPIKMEDTTQDAEHGAWALG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 HKLCSIMVKQEQSPELPVDPLAAPSAMAAAAAMATTPLLGLSPLSRLPIPHQAPGEMTQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 HKLCSIMVKQEQSPELPVDPLAAPSAMAAAAAMATTPLLGLSPLSRLPIPHQAPGEMTQL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 PVIKAEPLEVNQFLKVTPEDLVQMPPTPPSSHGSDSDGSQSPRSLPPSSPVRPMARSSTA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 PVIKAEPLEVNQFLKVTPEDLVQMPPTPPSSHGSDSDGSQSPRSLPPSSPVRPMARSSTA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 ISTSPLLTAPHKLQGTSGPLLLTEEEKRTLIAEGYPIPTKLPLTKAEEKALKRVRRKIKN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 ISTSPLLTAPHKLQGTSGPLLLTEEEKRTLIAEGYPIPTKLPLTKAEEKALKRVRRKIKN
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 KISAQESRRKKKEYVECLEKKVETFTSENNELWKKVETLENANRTLLQQLQKLQTLVTNK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 KISAQESRRKKKEYVECLEKKVETFTSENNELWKKVETLENANRTLLQQLQKLQTLVTNK
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 ISRPYKMAATQTGTCLMVAALCFVLVLGSLVPCLPEFSSGSQTVKEDPLAADGVYTASQM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 ISRPYKMAATQTGTCLMVAALCFVLVLGSLVPCLPEFSSGSQTVKEDPLAADGVYTASQM
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB7 PSRSLLFYDDGAGLWEDGRSTLLPMEPPDGWEINPGGPAEQRPRDHLQHDHLDSTHETTK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 PSRSLLFYDDGAGLWEDGRSTLLPMEPPDGWEINPGGPAEQRPRDHLQHDHLDSTHETTK
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510         
pF1KB7 YLSEAWPKDGGNGTSPDFSHSKEWFHDRDLGPNTTIKLS
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 YLSEAWPKDGGNGTSPDFSHSKEWFHDRDLGPNTTIKLS
              490       500       510         

>>XP_006718443 (OMIM: 616215) PREDICTED: cyclic AMP-resp  (363 aa)
 initn: 2271 init1: 2271 opt: 2271  Z-score: 1438.8  bits: 275.3 E(85289): 2.1e-73
Smith-Waterman score: 2271; 100.0% identity (100.0% similar) in 343 aa overlap (1-343:1-343)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MDAVLEPFPADRLFPGSSFLDLGDLNESDFLNNAHFPEHLDHFTENMEDFSNDLFSSFFD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MDAVLEPFPADRLFPGSSFLDLGDLNESDFLNNAHFPEHLDHFTENMEDFSNDLFSSFFD
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 DPVLDEKSPLLDMELDSPTPGIQAEHSYSLSGDSAPQSPLVPIKMEDTTQDAEHGAWALG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 DPVLDEKSPLLDMELDSPTPGIQAEHSYSLSGDSAPQSPLVPIKMEDTTQDAEHGAWALG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 HKLCSIMVKQEQSPELPVDPLAAPSAMAAAAAMATTPLLGLSPLSRLPIPHQAPGEMTQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 HKLCSIMVKQEQSPELPVDPLAAPSAMAAAAAMATTPLLGLSPLSRLPIPHQAPGEMTQL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 PVIKAEPLEVNQFLKVTPEDLVQMPPTPPSSHGSDSDGSQSPRSLPPSSPVRPMARSSTA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 PVIKAEPLEVNQFLKVTPEDLVQMPPTPPSSHGSDSDGSQSPRSLPPSSPVRPMARSSTA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 ISTSPLLTAPHKLQGTSGPLLLTEEEKRTLIAEGYPIPTKLPLTKAEEKALKRVRRKIKN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 ISTSPLLTAPHKLQGTSGPLLLTEEEKRTLIAEGYPIPTKLPLTKAEEKALKRVRRKIKN
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 KISAQESRRKKKEYVECLEKKVETFTSENNELWKKVETLENANRTLLQQLQKLQTLVTNK
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::                 
XP_006 KISAQESRRKKKEYVECLEKKVETFTSENNELWKKVETLENANSFSSGIQPLLCSLIGLE
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 ISRPYKMAATQTGTCLMVAALCFVLVLGSLVPCLPEFSSGSQTVKEDPLAADGVYTASQM
                                                                   
XP_006 NPT                                                         
                                                                   

>>NP_919047 (OMIM: 608834) cyclic AMP-responsive element  (520 aa)
 initn: 940 init1: 710 opt: 984  Z-score: 632.6  bits: 126.7 E(85289): 1.7e-28
Smith-Waterman score: 1186; 51.7% identity (74.0% similar) in 404 aa overlap (42-430:35-434)

              20        30        40        50        60        70 
pF1KB7 RLFPGSSFLDLGDLNESDFLNNAHFPEHLDHFTENMEDFSNDLFSSFFDDPVLDEKSPLL
                                     ::.: ...::.........:: :.:::  .
NP_919 ESGEQGVLQWDRKLSELSEPGDGEALMYHTHFSELLDEFSQNVLGQLLNDPFLSEKSVSM
           10        20        30        40        50        60    

                80        90       100       110         120       
pF1KB7 DMELD--SPTPGIQAEHSYSLSGDSAPQSPLVPIKMEDTTQD--AEHGAWALGHKLCSIM
       ..: .  ::.: :::::::::  .   :::.. :   :. .:  .:   : :.  . :  
NP_919 EVEPSPTSPAPLIQAEHSYSLCEEPRAQSPFTHITTSDSFNDDEVESEKWYLSTDFPSTS
           70        80        90       100       110       120    

       130       140       150       160       170       180       
pF1KB7 VKQEQSPELPVDPLAAPSAMAAAAAMATTPLLGLSPLSRLPIPHQAPGEMTQLPVIKAEP
       .: :   . :  :  .::.  . .:. .:::    :  ..    ..  . : .: :: ::
NP_919 IKTEPVTDEP-PPGLVPSVTLTITAI-STPLEKEEPPLEMNTGVDSSCQ-TIIPKIKLEP
          130        140        150       160       170        180 

       190           200       210       220              230      
pF1KB7 LEVNQFLKVTPE----DLVQMPPTPPSSHGSDSDGSQSPR------SLPPS-SPVRPMAR
        ::.:::. .:.    : ...::::::::::::.:: ::       ::: . :: :   :
NP_919 HEVDQFLNFSPKEAPVDHLHLPPTPPSSHGSDSEGSLSPNPRLHPFSLPQTHSPSRAAPR
             190       200       210       220       230       240 

        240       250       260       270       280       290      
pF1KB7 SSTAISTSPLLTAPHKLQGTSGPLLLTEEEKRTLIAEGYPIPTKLPLTKAEEKALKRVRR
       . .:.:.:::::::::::: ::::.::::::::::::::::::::::.:.::::::..::
NP_919 APSALSSSPLLTAPHKLQG-SGPLVLTEEEKRTLIAEGYPIPTKLPLSKSEEKALKKIRR
             250       260        270       280       290       300

        300       310       320       330       340       350      
pF1KB7 KIKNKISAQESRRKKKEYVECLEKKVETFTSENNELWKKVETLENANRTLLQQLQKLQTL
       ::::::::::::::::::.. ::::::. ..:: :: ::::.:::.::::::::::::::
NP_919 KIKNKISAQESRRKKKEYMDSLEKKVESCSTENLELRKKVEVLENTNRTLLQQLQKLQTL
              310       320       330       340       350       360

        360       370       380       390       400       410      
pF1KB7 VTNKISRPYKMAATQTGTCLMVAALCFVLVLGSLVPCLPEFSSGSQTVKEDPLAADGVYT
       : .:.::  :.:.:::::::::..:::....::.      . :... .  .  . .  ::
NP_919 VMGKVSRTCKLAGTQTGTCLMVVVLCFAVAFGSFFQGYGPYPSATKMALPSQHSLQEPYT
              370       380       390       400       410       420

        420       430       440       450       460       470      
pF1KB7 ASQMPSRSLLFYDDGAGLWEDGRSTLLPMEPPDGWEINPGGPAEQRPRDHLQHDHLDSTH
       :: . ::.::.:..                                              
NP_919 ASVVRSRNLLIYEEHSPPEESSSPGSAGELGGWDRGSSLLRVSGLESRPDVDLPHFIISN
              430       440       450       460       470       480

>>XP_016868029 (OMIM: 608834) PREDICTED: cyclic AMP-resp  (457 aa)
 initn: 865 init1: 710 opt: 952  Z-score: 613.4  bits: 122.9 E(85289): 2e-27
Smith-Waterman score: 1109; 53.7% identity (73.3% similar) in 367 aa overlap (77-430:9-371)

         50        60        70        80        90       100      
pF1KB7 MEDFSNDLFSSFFDDPVLDEKSPLLDMELDSPTPGIQAEHSYSLSGDSAPQSPLVPIKME
                                     ::.: :::::::::  .   :::.. :   
XP_016                       MEVEPSPTSPAPLIQAEHSYSLCEEPRAQSPFTHITTS
                                     10        20        30        

        110         120       130       140       150       160    
pF1KB7 DTTQD--AEHGAWALGHKLCSIMVKQEQSPELPVDPLAAPSAMAAAAAMATTPLLGLSPL
       :. .:  .:   : :.  . :  .: :   . :  :  .::.  . .:. .:::    : 
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XP_005 YGPYPSATKMALPSQHSLQEPYTASVVRSRNLLIYEEHSPPEESSSPGSAGELGGWDRGS
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XP_005 SLLRVSGLESRPDVDLPHFIISNETSLEKSVLLELQQHLVSAKLEGNETLKVVELDRRVN
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NP_001 SDDFLSSILGSGDSLPSSPLWSPEGSDSGISEDLPSDPQDTPPR----SGPATSPA-GCH
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pF1KB7 PLSRLPIPHQAPGEMTQLPVIKAEPLEVNQFLKVTPEDLVQMPPTPPS------SHGSD-
       :          ::.    : .. .:   :.   .::  ..:.: .  .      : :.  
NP_001 P--------AQPGKG---PCLSYHP--GNSCSTTTPGPVIQVPEASVTIDLEMWSPGGRI
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pF1KB7 -SDGSQSPRSLPPSS--PVRPMARSSTAISTSPLLTAPHKLQGTSG---PLLLTEEEKRT
        ..   .: .: :     :. .  :... .   :  : . :.  .:    :.:::.::. 
NP_001 CAEKPADPVDLSPRCNLTVKDLLLSGSSGDLHHL-GASYLLRPGAGHCQELVLTEDEKKL
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pF1KB7 LIAEGYPIPTKLPLTKAEEKALKRVRRKIKNKISAQESRRKKKEYVECLEKKVETFTSEN
       :  ::  .::.::::: ::..::..::::.:: ::::::.:::::.. :: .. . :..:
NP_001 LAKEGITLPTQLPLTKYEERVLKKIRRKIRNKQSAQESRKKKKEYIDGLETRMSACTAQN
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pF1KB7 NELWKKVETLENANRTLLQQLQKLQTLVTNKISRPYKMAATQTGTCLMVAALCFVLVLGS
       .:: .::  ::. : .::.::.:::..:... :.     ..:::::. :  : :.:..  
NP_001 QELQRKVLHLEKQNLSLLEQLKKLQAIVVQSTSK-----SAQTGTCVAVLLLSFALII--
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pF1KB7 LVPCLPEFSSGSQTVKEDPLAADGVYTASQMPSRSLLFYDDGAG-LWEDGR-STLLPMEP
           :: .:  . .  :.:    : ..  .. ::.:  ..:.:. .  :.  ..  :   
NP_001 ----LPSISPFGPNKTESP----GDFAPVRVFSRTL--HNDAASRVAADAVPGSEAPGPR
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pF1KB7 PDG---WEINPGGPAEQRPRDHLQHDHLDSTHETTKYLSEAWPKDGGNGTSPDFSHSKEW
       :..    : .::.:                                              
NP_001 PEADTTREESPGSPGADWGFQDTANLTNSTEELDNATLVLRNATEGLGQVALLDWVAPGP
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pF1KB7 IKMEDTTQDAEHGAWALGHKLCSIMVKQEQSPELPVDPLAAP--SAMAAAAAMATTPLLG
                                     : .:: ::  .:  :. :.. :       :
NP_001 SDDFLSSILGSGDSLPSSPLWSPEGSDSGISEDLPSDPQDTPPRSGPATSPAGCHPAQPG
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pF1KB7 LSP-LSRLP---IPHQAPGEMTQLPVIKAE-PLEV----NQFLKVTPEDLVQMPP----T
        .: ::  :       .:: . :.:  ..   ::.    ...    : : :.. :    :
NP_001 KGPCLSYHPGNSCSTTTPGPVIQVPEASVTIDLEMWSPGGRICAEKPADPVDLSPRCNLT
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pF1KB7 PPSSHGSDSDGSQSPRSLPPSSPVRPMARSSTAISTSPLLTAPHKLQGTSGPLLLTEEEK
         .   : :.:. . . :  :  .:: :                   :    :.:::.::
NP_001 VKDLLLSGSSGDLQQHHLGASYLLRPGA-------------------GHCQELVLTEDEK
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pF1KB7 RTLIAEGYPIPTKLPLTKAEEKALKRVRRKIKNKISAQESRRKKKEYVECLEKKVETFTS
       . :  ::  .::.::::: ::..::..::::.:: ::::::.:::::.. :: .. . :.
NP_001 KLLAKEGITLPTQLPLTKYEERVLKKIRRKIRNKQSAQESRKKKKEYIDGLETRMSACTA
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pF1KB7 ENNELWKKVETLENANRTLLQQLQKLQTLVTNKISRPYKMAATQTGTCLMVAALCFVLVL
       .:.:: .::  ::. : .::.::.:::..:... :.     ..:::::. :  : :.:..
NP_001 QNQELQRKVLHLEKQNLSLLEQLKKLQAIVVQSTSK-----SAQTGTCVAVLLLSFALII
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pF1KB7 GSLVPCLPEFSSGSQTVKEDPLAADGVYTASQMPSRSLLFYDDGAG-LWEDGR-STLLPM
             :: .:  . .  :.:    : ..  .. ::.:  ..:.:. .  :.  ..  : 
NP_001 ------LPSISPFGPNKTESP----GDFAPVRVFSRTL--HNDAASRVAADAVPGSEAPG
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pF1KB7 EPPDG---WEINPGGPAEQRPRDHLQHDHLDSTHETTKYLSEAWPKDGGNGTSPDFSHSK
         :..    : .::.:                                            
NP_001 PRPEADTTREESPGSPGADWGFQDTANLTNSTEELDNATLVLRNATEGLGQVALLDWVAP
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Smith-Waterman score: 439; 34.1% identity (57.2% similar) in 346 aa overlap (133-458:90-399)

            110       120       130       140         150       160
pF1KB7 IKMEDTTQDAEHGAWALGHKLCSIMVKQEQSPELPVDPLAAP--SAMAAAAAMATTPLLG
                                     : .:: ::  .:  :. :.. :       :
NP_115 SDDFLSSILGSGDSLPSSPLWSPEGSDSGISEDLPSDPQDTPPRSGPATSPAGCHPAQPG
      60        70        80        90       100       110         

                  170       180        190           200           
pF1KB7 LSP-LSRLP---IPHQAPGEMTQLPVIKAE-PLEV----NQFLKVTPEDLVQMPP----T
        .: ::  :       .:: . :.:  ..   ::.    ...    : : :.. :    :
NP_115 KGPCLSYHPGNSCSTTTPGPVIQVPEASVTIDLEMWSPGGRICAEKPADPVDLSPRCNLT
     120       130       140       150       160       170         

       210       220       230       240       250       260       
pF1KB7 PPSSHGSDSDGSQSPRSLPPSSPVRPMARSSTAISTSPLLTAPHKLQGTSGPLLLTEEEK
         .   : :.:. . . :  :  .:: :                   :    :.:::.::
NP_115 VKDLLLSGSSGDLQQHHLGASYLLRPGA-------------------GHCQELVLTEDEK
     180       190       200                          210       220

       270       280       290       300       310       320       
pF1KB7 RTLIAEGYPIPTKLPLTKAEEKALKRVRRKIKNKISAQESRRKKKEYVECLEKKVETFTS
       . :  ::  .::.::::: ::..::..::::.:: ::::::.:::::.. :: .. . :.
NP_115 KLLAKEGITLPTQLPLTKYEERVLKKIRRKIRNKQSAQESRKKKKEYIDGLETRMSACTA
              230       240       250       260       270       280

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pF1KB7 ENNELWKKVETLENANRTLLQQLQKLQTLVTNKISRPYKMAATQTGTCLMVAALCFVLVL
       .:.:: .::  ::. : .::.::.:::..:... :.     ..:::::. :  : :.:..
NP_115 QNQELQRKVLHLEKQNLSLLEQLKKLQAIVVQSTSK-----SAQTGTCVAVLLLSFALII
              290       300       310            320       330     

       390       400       410       420       430         440     
pF1KB7 GSLVPCLPEFSSGSQTVKEDPLAADGVYTASQMPSRSLLFYDDGAG-LWEDGR-STLLPM
             :: .:  . .  :.:    : ..  .. ::.:  ..:.:. .  :.  ..  : 
NP_115 ------LPSISPFGPNKTESP----GDFAPVRVFSRTL--HNDAASRVAADAVPGSEAPG
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pF1KB7 EPPDG---WEINPGGPAEQRPRDHLQHDHLDSTHETTKYLSEAWPKDGGNGTSPDFSHSK
         :..    : .::.:                                            
NP_115 PRPEADTTREESPGSPGADWGFQDTANLTNSTEELDNATLVLRNATEGLGQVALLDWVAP
           390       400       410       420       430       440   




519 residues in 1 query   sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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