Result of FASTA (omim) for
pF1KB7805
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7805, 522 aa
1>>>pF1KB7805 522 - 522 aa - 522 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5138+/-0.000823; mu= 8.8346+/- 0.051
mean_var=343.4944+/-70.061, 0's: 0 Z-trim(111.9): 2047 B-trim: 107 in 1/47
Lambda= 0.069201
statistics sampled from 18325 (20699) to 18325 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.576), E-opt: 0.2 (0.243), width: 16
Scan time: 9.060
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001243453 (OMIM: 194548) zinc finger protein 74 ( 644) 1648 180.0 1.8e-44
NP_003417 (OMIM: 194548) zinc finger protein 74 is ( 644) 1648 180.0 1.8e-44
NP_115799 (OMIM: 615580) zinc finger protein 528 [ ( 628) 1574 172.6 3e-42
NP_001152765 (OMIM: 603984) zinc finger protein 73 ( 536) 1566 171.7 4.8e-42
XP_006722660 (OMIM: 603984) PREDICTED: zinc finger ( 550) 1566 171.7 4.9e-42
XP_011525901 (OMIM: 603984) PREDICTED: zinc finger ( 550) 1566 171.7 4.9e-42
XP_005259754 (OMIM: 603984) PREDICTED: zinc finger ( 551) 1566 171.7 4.9e-42
XP_011525900 (OMIM: 603984) PREDICTED: zinc finger ( 551) 1566 171.7 4.9e-42
XP_016882852 (OMIM: 615580) PREDICTED: zinc finger ( 618) 1562 171.4 6.9e-42
XP_016882853 (OMIM: 615580) PREDICTED: zinc finger ( 618) 1562 171.4 6.9e-42
XP_016882851 (OMIM: 615580) PREDICTED: zinc finger ( 618) 1562 171.4 6.9e-42
NP_001092096 (OMIM: 603980) zinc finger protein 98 ( 572) 1534 168.6 4.6e-41
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1534 168.6 4.8e-41
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1534 168.6 4.8e-41
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1534 168.6 4.8e-41
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1534 168.7 4.9e-41
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1534 168.7 4.9e-41
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1534 168.7 5e-41
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1534 168.7 5e-41
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1534 168.7 5e-41
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1534 168.7 5e-41
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1534 168.7 5e-41
NP_001308574 (OMIM: 194555) zinc finger protein 22 ( 707) 1525 167.8 9.6e-41
NP_037530 (OMIM: 194555) zinc finger protein 224 [ ( 707) 1525 167.8 9.6e-41
XP_016882750 (OMIM: 194555) PREDICTED: zinc finger ( 707) 1525 167.8 9.6e-41
NP_775802 (OMIM: 603982) zinc finger protein 100 [ ( 542) 1510 166.1 2.4e-40
NP_001291422 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 585) 1504 165.6 3.7e-40
NP_001291423 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 585) 1504 165.6 3.7e-40
NP_001291421 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 643) 1504 165.7 3.9e-40
NP_666016 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 is ( 643) 1504 165.7 3.9e-40
NP_001309066 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1490 164.4 1.1e-39
NP_001309068 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1490 164.4 1.1e-39
NP_001309067 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1490 164.4 1.1e-39
NP_001309065 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1490 164.4 1.2e-39
NP_001309062 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1490 164.4 1.2e-39
NP_001309059 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1490 164.4 1.2e-39
NP_942596 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1490 164.4 1.2e-39
XP_016882935 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 818) 1490 164.4 1.2e-39
NP_001309060 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1490 164.4 1.2e-39
NP_001309063 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1490 164.4 1.2e-39
NP_150630 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1490 164.4 1.2e-39
NP_001309058 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1490 164.4 1.2e-39
NP_001309061 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1490 164.4 1.2e-39
NP_001096073 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1490 164.4 1.2e-39
NP_001309064 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1490 164.4 1.2e-39
NP_001309057 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1490 164.4 1.2e-39
XP_016882934 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 837) 1490 164.4 1.2e-39
NP_694563 (OMIM: 194480) zinc finger protein 3 hom ( 502) 1479 163.0 1.9e-39
NP_001243454 (OMIM: 194548) zinc finger protein 74 ( 573) 1479 163.1 2.1e-39
XP_011513163 (OMIM: 602277) PREDICTED: zinc finger ( 675) 1479 163.2 2.3e-39
>>NP_001243453 (OMIM: 194548) zinc finger protein 74 iso (644 aa)
initn: 1345 init1: 1345 opt: 1648 Z-score: 919.2 bits: 180.0 E(85289): 1.8e-44
Smith-Waterman score: 1678; 46.8% identity (69.2% similar) in 549 aa overlap (11-518:40-578)
10 20 30 40
pF1KB7 MAVSHLPTMVQESVTFKDVAILFTQEEWGQLSPAQRALYR
.:::.:::::. :::::::::. ::::::
NP_001 KTALSSQDPALSLKENLEDISGWGLPEARSKESVSFKDVAVDFTQEEWGQLDSPQRALYR
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90
pF1KB7 DVMLENYSNLVSLGLLGPKPDTFSQLEK-REVW-MPEDTPGGFCLDWM--TMPASKKSTV
:::::::.::..:: :::..:.::. .: : : ...: : : .: ..:.....
NP_001 DVMLENYQNLLALGPPLHKPDVISHLERGEEPWSMQREVPRGPCPEWELKAVPSQQQGIC
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130
pF1KB7 KAEIPEEEL--------DQWTIKE---RFSSSSHWKCASLLEWQCGGQEISL-------Q
: : .: . . : . . :... : : . :. .:. : :
NP_001 KEEPAQEPIMERPLGGAQAWGRQAGALQRSQAAPWAPAPAMVWDVPVEEFPLRCPLFAQQ
130 140 150 160 170 180
140 150 160 170
pF1KB7 RV------VLTHPNTPSQE----------YDESGSTMSSSLHSDQ---SQGFQPSKNAFE
:: . :. :. . : :..:: : . : ..: ... :
NP_001 RVPEGGPLLDTRKNVQATEGRTKAPARLCAGENASTPSEPEKFPQVRRQRGAGAGEGEFV
190 200 210 220 230 240
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pF1KB7 CSECGKVFSKSSTLNKHQKIHNEKNANQKIHIKEKRYECRECGKAFHQSTHLIHHQRIHT
:.::::.: .::.:. :.. :. .:: :.: :::::: ::.:..:.::::
NP_001 CGECGKAFRQSSSLTLHRRWHS----------REKAYKCDECGKAFTWSTNLLEHRRIHT
250 260 270 280 290
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 GEKPYECKECGKAFSVSSSLTYHQKIHTGEKPFECNLCGKAFIRNIHLAHHHRIHTGEKP
::::. : ::::::: :::. ::.:::::.:..:. : ::: . :. : :.::::::
NP_001 GEKPFFCGECGKAFSCHSSLNVHQRIHTGERPYKCSACEKAFSCSSLLSMHLRVHTGEKP
300 310 320 330 340 350
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 FKCNICEKAFVCRAHLTKHQNIHSGEKPYKCNECGKAFNQSTSFLQHQRIHTGEKPFECN
..:. : ::: :.:::.:. ::.:::::.:. :::::. .:. :..::.:.:::.:.
NP_001 YRCGECGKAFNQRTHLTRHHRIHTGEKPYQCGSCGKAFTCHSSLTVHEKIHSGDKPFKCS
360 370 380 390 400 410
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 ECGKAFRVNSSLTEHQRIHTGEKPYKCNECGKAFRDNSSFARHRKIHTGEKPYRCGLCEK
.: ::: : :: ::: ::::::.:: .:::.: .. . ::.::.::::..:. : :
NP_001 DCEKAFNSRSRLTLHQRTHTGEKPFKCADCGKGFSCHAYLLVHRRIHSGEKPFKCNECGK
420 430 440 450 460 470
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 AFRDQSALAQHQRIHTGEKPYTCNICEKAFSDHSALTQHKRIHTREKPYKCKICEKAFIR
:: ... : :.::::::::. :. : :::: ::.: :.:::: ::::::. : .:: .
NP_001 AFSSHAYLIVHRRIHTGEKPFDCSQCWKAFSCHSSLIVHQRIHTGEKPYKCSECGRAFSQ
480 490 500 510 520 530
480 490 500 510 520
pF1KB7 STHLTQHQRIHTGEKPYKCNKCGKAFNQTANLIQHQRHHIGEK
. : .::.::.::: .::.:::. :: ...: .::: :
NP_001 NHCLIKHQKIHSGEKSFKCEKCGEMFNWSSHLTEHQRLHSEGKPLAIQFNKHLLSTYYVP
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NP_001 GSLLGAGDAGLRDVDPIDALDVAKLLCVVPPRAGRNFSLGSKPRN
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>>NP_003417 (OMIM: 194548) zinc finger protein 74 isofor (644 aa)
initn: 1345 init1: 1345 opt: 1648 Z-score: 919.2 bits: 180.0 E(85289): 1.8e-44
Smith-Waterman score: 1678; 46.8% identity (69.2% similar) in 549 aa overlap (11-518:40-578)
10 20 30 40
pF1KB7 MAVSHLPTMVQESVTFKDVAILFTQEEWGQLSPAQRALYR
.:::.:::::. :::::::::. ::::::
NP_003 KTALSSQDPALSLKENLEDISGWGLPEARSKESVSFKDVAVDFTQEEWGQLDSPQRALYR
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90
pF1KB7 DVMLENYSNLVSLGLLGPKPDTFSQLEK-REVW-MPEDTPGGFCLDWM--TMPASKKSTV
:::::::.::..:: :::..:.::. .: : : ...: : : .: ..:.....
NP_003 DVMLENYQNLLALGPPLHKPDVISHLERGEEPWSMQREVPRGPCPEWELKAVPSQQQGIC
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100 110 120 130
pF1KB7 KAEIPEEEL--------DQWTIKE---RFSSSSHWKCASLLEWQCGGQEISL-------Q
: : .: . . : . . :... : : . :. .:. : :
NP_003 KEEPAQEPIMERPLGGAQAWGRQAGALQRSQAAPWAPAPAMVWDVPVEEFPLRCPLFAQQ
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140 150 160 170
pF1KB7 RV------VLTHPNTPSQE----------YDESGSTMSSSLHSDQ---SQGFQPSKNAFE
:: . :. :. . : :..:: : . : ..: ... :
NP_003 RVPEGGPLLDTRKNVQATEGRTKAPARLCAGENASTPSEPEKFPQVRRQRGAGAGEGEFV
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pF1KB7 CSECGKVFSKSSTLNKHQKIHNEKNANQKIHIKEKRYECRECGKAFHQSTHLIHHQRIHT
:.::::.: .::.:. :.. :. .:: :.: :::::: ::.:..:.::::
NP_003 CGECGKAFRQSSSLTLHRRWHS----------REKAYKCDECGKAFTWSTNLLEHRRIHT
250 260 270 280 290
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pF1KB7 GEKPYECKECGKAFSVSSSLTYHQKIHTGEKPFECNLCGKAFIRNIHLAHHHRIHTGEKP
::::. : ::::::: :::. ::.:::::.:..:. : ::: . :. : :.::::::
NP_003 GEKPFFCGECGKAFSCHSSLNVHQRIHTGERPYKCSACEKAFSCSSLLSMHLRVHTGEKP
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300 310 320 330 340 350
pF1KB7 FKCNICEKAFVCRAHLTKHQNIHSGEKPYKCNECGKAFNQSTSFLQHQRIHTGEKPFECN
..:. : ::: :.:::.:. ::.:::::.:. :::::. .:. :..::.:.:::.:.
NP_003 YRCGECGKAFNQRTHLTRHHRIHTGEKPYQCGSCGKAFTCHSSLTVHEKIHSGDKPFKCS
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360 370 380 390 400 410
pF1KB7 ECGKAFRVNSSLTEHQRIHTGEKPYKCNECGKAFRDNSSFARHRKIHTGEKPYRCGLCEK
.: ::: : :: ::: ::::::.:: .:::.: .. . ::.::.::::..:. : :
NP_003 DCEKAFNSRSRLTLHQRTHTGEKPFKCADCGKGFSCHAYLLVHRRIHSGEKPFKCNECGK
420 430 440 450 460 470
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 AFRDQSALAQHQRIHTGEKPYTCNICEKAFSDHSALTQHKRIHTREKPYKCKICEKAFIR
:: ... : :.::::::::. :. : :::: ::.: :.:::: ::::::. : .:: .
NP_003 AFSSHAYLIVHRRIHTGEKPFDCSQCWKAFSCHSSLIVHQRIHTGEKPYKCSECGRAFSQ
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480 490 500 510 520
pF1KB7 STHLTQHQRIHTGEKPYKCNKCGKAFNQTANLIQHQRHHIGEK
. : .::.::.::: .::.:::. :: ...: .::: :
NP_003 NHCLIKHQKIHSGEKSFKCEKCGEMFNWSSHLTEHQRLHSEGKPLAIQFNKHLLSTYYVP
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NP_003 GSLLGAGDAGLRDVDPIDALDVAKLLCVVPPRAGRNFSLGSKPRN
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>>NP_115799 (OMIM: 615580) zinc finger protein 528 [Homo (628 aa)
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Smith-Waterman score: 1609; 45.9% identity (68.9% similar) in 556 aa overlap (9-522:3-547)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MAVSHLPTMVQESVTFKDVAILFTQEEWGQLSPAQRALYRDVMLENYSNLVSLGLLGPKP
..: . : :::: :.:::: :.::::.:::::::::: ::::::. :
NP_115 MALTQGPLKFMDVAIEFSQEEWKCLDPAQRTLYRDVMLENYRNLVSLGICLPDL
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pF1KB7 DTFSQLE-KREVW-------MPEDTPGGFCLDWMTMPASKKSTVKA-------------E
.. :.:: ::. : . .: : :. .. :.: .: .
NP_115 SVTSMLEQKRDPWTLQSEEKIANDPDGRECIKGVNTERSSKLGSNAGNKPCKNQLGFTFQ
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pF1KB7 IPEEELDQWTIKERFSSSSHWK-------CASLLEWQCGGQEISL---QRVVLTH-PNTP
. .:. . ....:. .:.. .: :: .. . : : . : : :
NP_115 LHLSDLQLFQAERKISGCKHFEKPVSDNSSVSPLEKISSSVKSHLLNKYRNNFDHAPLLP
120 130 140 150 160 170
150 160 170 180 190
pF1KB7 SQEY----------DESGSTMSSSLHSDQSQGFQPSKNAFECSECGKVFSKSSTLNKHQK
... .: :... .: : .: .. . : ..::::::::: :: : :..
NP_115 QEQKAHIREKAYKCNEHGQVFRASA-SLTNQVIHNADNPYKCSECGKVFSCSSKLVIHRR
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.:. :: :.:.:::: : ....: .:::::::::::.:.:: :.: ::.
NP_115 MHT----------GEKPYKCHECGKLFSSNSNLSQHQRIHTGEKPYKCHECDKVFRSSSK
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:. ::.:::::::..:. : :.: . ::..:..:::::::..:: : :.: ...:..:
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: :.:: :..::: : ..:.. :::: :: ::::.:. : :::. : :. : ::.:::
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:: :. : :.: .:.::.:.:::: ::::::. : :.: ::..:. ::.::::::::::
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pF1KB7 NKCGKAFNQTANLIQHQRHHIGEK
:.:::.:::.. : .:: : ::.
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>--
initn: 620 init1: 336 opt: 336 Z-score: 211.4 bits: 49.0 E(85289): 4.9e-05
Smith-Waterman score: 346; 55.6% identity (80.2% similar) in 81 aa overlap (355-435:548-628)
330 340 350 360 370 380
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]