Result of FASTA (omim) for
pF1KB7826
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7826, 604 aa
1>>>pF1KB7826 604 - 604 aa - 604 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1530+/-0.000853; mu= 11.8193+/- 0.053
mean_var=303.3206+/-61.548, 0's: 0 Z-trim(110.9): 2123 B-trim: 63 in 1/49
Lambda= 0.073642
statistics sampled from 16964 (19352) to 16964 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.537), E-opt: 0.2 (0.227), width: 16
Scan time: 7.390
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_443092 (OMIM: 612429) zinc finger protein 300 i ( 604) 4225 464.2 5.7e-130
NP_001166302 (OMIM: 612429) zinc finger protein 30 ( 620) 4225 464.2 5.8e-130
XP_011536004 (OMIM: 612429) PREDICTED: zinc finger ( 609) 4200 461.6 3.6e-129
NP_001166303 (OMIM: 612429) zinc finger protein 30 ( 568) 3984 438.6 2.8e-122
NP_001269130 (OMIM: 300819) zinc finger protein 63 ( 657) 2482 279.1 3.3e-74
NP_001032824 (OMIM: 300819) zinc finger protein 63 ( 657) 2482 279.1 3.3e-74
NP_001177184 (OMIM: 300819) zinc finger protein 63 ( 643) 2409 271.3 7.1e-72
XP_011542202 (OMIM: 300498,314998) PREDICTED: zinc ( 661) 2058 234.0 1.2e-60
XP_005272657 (OMIM: 300498,314998) PREDICTED: zinc ( 661) 2058 234.0 1.2e-60
XP_016884976 (OMIM: 300498,314998) PREDICTED: zinc ( 661) 2058 234.0 1.2e-60
NP_009068 (OMIM: 300498,314998) zinc finger protei ( 661) 2058 234.0 1.2e-60
XP_011542201 (OMIM: 300498,314998) PREDICTED: zinc ( 661) 2058 234.0 1.2e-60
XP_016884975 (OMIM: 300498,314998) PREDICTED: zinc ( 661) 2058 234.0 1.2e-60
NP_001269131 (OMIM: 300819) zinc finger protein 63 ( 533) 2034 231.3 6.3e-60
NP_057349 (OMIM: 194536) zinc finger protein 12 is ( 697) 1936 221.1 9.9e-57
NP_001007089 (OMIM: 314993) zinc finger protein 18 ( 620) 1881 215.2 5.3e-55
NP_008893 (OMIM: 314993) zinc finger protein 182 i ( 639) 1881 215.2 5.4e-55
NP_001171570 (OMIM: 314993) zinc finger protein 18 ( 639) 1881 215.2 5.4e-55
NP_001269444 (OMIM: 602951) zinc finger protein 37 ( 645) 1843 211.2 8.9e-54
NP_003420 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 is ( 595) 1819 208.6 5e-53
NP_001269447 (OMIM: 602951) zinc finger protein 37 ( 631) 1799 206.5 2.3e-52
NP_003399 (OMIM: 602951) zinc finger protein 37 ho ( 630) 1798 206.4 2.4e-52
XP_005272399 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 542) 1782 204.6 7.3e-52
XP_005272398 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1782 204.7 8.2e-52
NP_008889 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 [H ( 682) 1782 204.7 8.2e-52
NP_001025147 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 ( 682) 1782 204.7 8.2e-52
XP_011515600 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1782 204.7 8.2e-52
NP_115799 (OMIM: 615580) zinc finger protein 528 [ ( 628) 1775 203.9 1.3e-51
XP_016882853 (OMIM: 615580) PREDICTED: zinc finger ( 618) 1752 201.5 7.1e-51
XP_016882851 (OMIM: 615580) PREDICTED: zinc finger ( 618) 1752 201.5 7.1e-51
XP_016882852 (OMIM: 615580) PREDICTED: zinc finger ( 618) 1752 201.5 7.1e-51
NP_001159354 (OMIM: 604753) zinc finger protein 26 ( 864) 1738 200.2 2.4e-50
NP_003406 (OMIM: 604753) zinc finger protein 268 i ( 947) 1738 200.3 2.5e-50
NP_001159353 (OMIM: 604753) zinc finger protein 26 ( 947) 1738 200.3 2.5e-50
XP_016881871 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1722 198.2 6e-50
NP_001317411 (OMIM: 613904) zinc finger protein 56 ( 527) 1722 198.2 6e-50
XP_016881868 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1722 198.2 6e-50
XP_016881869 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1722 198.2 6e-50
XP_016881867 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 650) 1722 198.3 6.6e-50
XP_016881866 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1722 198.4 6.8e-50
XP_011524841 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1722 198.4 6.8e-50
XP_016881865 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1722 198.4 6.8e-50
NP_689697 (OMIM: 613904) zinc finger protein 569 i ( 686) 1722 198.4 6.8e-50
XP_006723110 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1722 198.4 7e-50
XP_006723109 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1722 198.4 7e-50
XP_006723111 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1722 198.4 7e-50
XP_011524840 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1722 198.4 7e-50
XP_016883538 (OMIM: 604075) PREDICTED: zinc finger ( 653) 1721 198.2 7.2e-50
XP_016883539 (OMIM: 604075) PREDICTED: zinc finger ( 653) 1721 198.2 7.2e-50
XP_016883542 (OMIM: 604075) PREDICTED: zinc finger ( 653) 1721 198.2 7.2e-50
>>NP_443092 (OMIM: 612429) zinc finger protein 300 isofo (604 aa)
initn: 4225 init1: 4225 opt: 4225 Z-score: 2454.4 bits: 464.2 E(85289): 5.7e-130
Smith-Waterman score: 4225; 100.0% identity (100.0% similar) in 604 aa overlap (1-604:1-604)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MMKSQGLVSFKDVAVDFTQEEWQQLDPSQRTLYRDVMLENYSHLVSMGYPVSKPDVISKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 MMKSQGLVSFKDVAVDFTQEEWQQLDPSQRTLYRDVMLENYSHLVSMGYPVSKPDVISKL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 EQGEEPWIIKGDISNWIYPDEYQADGRQDRKSNLHNSQSCILGTVSFHHKILKGVTRDGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 EQGEEPWIIKGDISNWIYPDEYQADGRQDRKSNLHNSQSCILGTVSFHHKILKGVTRDGS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 LCSILKVCQGDGQLQRFLENQDKLFRQVTFVNSKTVTEASGHKYNPLGKIFQECIETDIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 LCSILKVCQGDGQLQRFLENQDKLFRQVTFVNSKTVTEASGHKYNPLGKIFQECIETDIS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 IQRFHKYDAFKKNLKPNIDLPSCYKSNSRKKPDQSFGGGKSSSQSEPNSNLEKIHNGVIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 IQRFHKYDAFKKNLKPNIDLPSCYKSNSRKKPDQSFGGGKSSSQSEPNSNLEKIHNGVIP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 FDDNQCGNVFRNTQSLIQYQNVETKEKSCVCVTCGKAFAKKSQLIVHQRIHTGKKPYDCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 FDDNQCGNVFRNTQSLIQYQNVETKEKSCVCVTCGKAFAKKSQLIVHQRIHTGKKPYDCG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 ACGKAFSEKFHLVVHQRTHTGEKPYDCSECGKAFSQKSSLIIHQRVHTGEKPYECSECGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 ACGKAFSEKFHLVVHQRTHTGEKPYDCSECGKAFSQKSSLIIHQRVHTGEKPYECSECGK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 AFSQKSPLIIHQRIHTGEKPYECRECGKAFSQKSQLIIHHRAHTGEKPYECTECGKAFCE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 AFSQKSPLIIHQRIHTGEKPYECRECGKAFSQKSQLIIHHRAHTGEKPYECTECGKAFCE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 KSHLIIHKRIHTGEKPYKCAQCEEAFSRKTELITHQLVHTGEKPYECTECGKTFSRKSQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 KSHLIIHKRIHTGEKPYKCAQCEEAFSRKTELITHQLVHTGEKPYECTECGKTFSRKSQL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 IIHQRTHTGEKPYKCSECGKAFCQKSHLIGHQRIHTGEKPYICTECGKAFSQKSHLPGHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 IIHQRTHTGEKPYKCSECGKAFCQKSHLIGHQRIHTGEKPYICTECGKAFSQKSHLPGHQ
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 RIHTGEKPYICAECGKAFSQKSDLVLHQRIHTGERPYQCAICGKAFIQKSQLTVHQRIHT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 RIHTGEKPYICAECGKAFSQKSDLVLHQRIHTGERPYQCAICGKAFIQKSQLTVHQRIHT
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 VVKS
::::
NP_443 VVKS
>>NP_001166302 (OMIM: 612429) zinc finger protein 300 is (620 aa)
initn: 4225 init1: 4225 opt: 4225 Z-score: 2454.3 bits: 464.2 E(85289): 5.8e-130
Smith-Waterman score: 4225; 100.0% identity (100.0% similar) in 604 aa overlap (1-604:17-620)
10 20 30 40
pF1KB7 MMKSQGLVSFKDVAVDFTQEEWQQLDPSQRTLYRDVMLENYSHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MVPAETSSSGLLEEQKMMKSQGLVSFKDVAVDFTQEEWQQLDPSQRTLYRDVMLENYSHL
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB7 VSMGYPVSKPDVISKLEQGEEPWIIKGDISNWIYPDEYQADGRQDRKSNLHNSQSCILGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VSMGYPVSKPDVISKLEQGEEPWIIKGDISNWIYPDEYQADGRQDRKSNLHNSQSCILGT
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 VSFHHKILKGVTRDGSLCSILKVCQGDGQLQRFLENQDKLFRQVTFVNSKTVTEASGHKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VSFHHKILKGVTRDGSLCSILKVCQGDGQLQRFLENQDKLFRQVTFVNSKTVTEASGHKY
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 NPLGKIFQECIETDISIQRFHKYDAFKKNLKPNIDLPSCYKSNSRKKPDQSFGGGKSSSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NPLGKIFQECIETDISIQRFHKYDAFKKNLKPNIDLPSCYKSNSRKKPDQSFGGGKSSSQ
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 SEPNSNLEKIHNGVIPFDDNQCGNVFRNTQSLIQYQNVETKEKSCVCVTCGKAFAKKSQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SEPNSNLEKIHNGVIPFDDNQCGNVFRNTQSLIQYQNVETKEKSCVCVTCGKAFAKKSQL
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 IVHQRIHTGKKPYDCGACGKAFSEKFHLVVHQRTHTGEKPYDCSECGKAFSQKSSLIIHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IVHQRIHTGKKPYDCGACGKAFSEKFHLVVHQRTHTGEKPYDCSECGKAFSQKSSLIIHQ
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 RVHTGEKPYECSECGKAFSQKSPLIIHQRIHTGEKPYECRECGKAFSQKSQLIIHHRAHT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RVHTGEKPYECSECGKAFSQKSPLIIHQRIHTGEKPYECRECGKAFSQKSQLIIHHRAHT
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KB7 GEKPYECTECGKAFCEKSHLIIHKRIHTGEKPYKCAQCEEAFSRKTELITHQLVHTGEKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GEKPYECTECGKAFCEKSHLIIHKRIHTGEKPYKCAQCEEAFSRKTELITHQLVHTGEKP
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KB7 YECTECGKTFSRKSQLIIHQRTHTGEKPYKCSECGKAFCQKSHLIGHQRIHTGEKPYICT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YECTECGKTFSRKSQLIIHQRTHTGEKPYKCSECGKAFCQKSHLIGHQRIHTGEKPYICT
490 500 510 520 530 540
530 540 550 560 570 580
pF1KB7 ECGKAFSQKSHLPGHQRIHTGEKPYICAECGKAFSQKSDLVLHQRIHTGERPYQCAICGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ECGKAFSQKSHLPGHQRIHTGEKPYICAECGKAFSQKSDLVLHQRIHTGERPYQCAICGK
550 560 570 580 590 600
590 600
pF1KB7 AFIQKSQLTVHQRIHTVVKS
::::::::::::::::::::
NP_001 AFIQKSQLTVHQRIHTVVKS
610 620
>>XP_011536004 (OMIM: 612429) PREDICTED: zinc finger pro (609 aa)
initn: 4200 init1: 4200 opt: 4200 Z-score: 2440.0 bits: 461.6 E(85289): 3.6e-129
Smith-Waterman score: 4200; 100.0% identity (100.0% similar) in 600 aa overlap (5-604:10-609)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MMKSQGLVSFKDVAVDFTQEEWQQLDPSQRTLYRDVMLENYSHLVSMGYPVSKPD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MLPIVQLYPQGLVSFKDVAVDFTQEEWQQLDPSQRTLYRDVMLENYSHLVSMGYPVSKPD
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 VISKLEQGEEPWIIKGDISNWIYPDEYQADGRQDRKSNLHNSQSCILGTVSFHHKILKGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VISKLEQGEEPWIIKGDISNWIYPDEYQADGRQDRKSNLHNSQSCILGTVSFHHKILKGV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 TRDGSLCSILKVCQGDGQLQRFLENQDKLFRQVTFVNSKTVTEASGHKYNPLGKIFQECI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TRDGSLCSILKVCQGDGQLQRFLENQDKLFRQVTFVNSKTVTEASGHKYNPLGKIFQECI
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 ETDISIQRFHKYDAFKKNLKPNIDLPSCYKSNSRKKPDQSFGGGKSSSQSEPNSNLEKIH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ETDISIQRFHKYDAFKKNLKPNIDLPSCYKSNSRKKPDQSFGGGKSSSQSEPNSNLEKIH
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 NGVIPFDDNQCGNVFRNTQSLIQYQNVETKEKSCVCVTCGKAFAKKSQLIVHQRIHTGKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NGVIPFDDNQCGNVFRNTQSLIQYQNVETKEKSCVCVTCGKAFAKKSQLIVHQRIHTGKK
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 PYDCGACGKAFSEKFHLVVHQRTHTGEKPYDCSECGKAFSQKSSLIIHQRVHTGEKPYEC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PYDCGACGKAFSEKFHLVVHQRTHTGEKPYDCSECGKAFSQKSSLIIHQRVHTGEKPYEC
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 SECGKAFSQKSPLIIHQRIHTGEKPYECRECGKAFSQKSQLIIHHRAHTGEKPYECTECG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SECGKAFSQKSPLIIHQRIHTGEKPYECRECGKAFSQKSQLIIHHRAHTGEKPYECTECG
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 KAFCEKSHLIIHKRIHTGEKPYKCAQCEEAFSRKTELITHQLVHTGEKPYECTECGKTFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KAFCEKSHLIIHKRIHTGEKPYKCAQCEEAFSRKTELITHQLVHTGEKPYECTECGKTFS
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB7 RKSQLIIHQRTHTGEKPYKCSECGKAFCQKSHLIGHQRIHTGEKPYICTECGKAFSQKSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RKSQLIIHQRTHTGEKPYKCSECGKAFCQKSHLIGHQRIHTGEKPYICTECGKAFSQKSH
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KB7 LPGHQRIHTGEKPYICAECGKAFSQKSDLVLHQRIHTGERPYQCAICGKAFIQKSQLTVH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LPGHQRIHTGEKPYICAECGKAFSQKSDLVLHQRIHTGERPYQCAICGKAFIQKSQLTVH
550 560 570 580 590 600
600
pF1KB7 QRIHTVVKS
:::::::::
XP_011 QRIHTVVKS
>>NP_001166303 (OMIM: 612429) zinc finger protein 300 is (568 aa)
initn: 3984 init1: 3984 opt: 3984 Z-score: 2316.3 bits: 438.6 E(85289): 2.8e-122
Smith-Waterman score: 3984; 100.0% identity (100.0% similar) in 568 aa overlap (37-604:1-568)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 LVSFKDVAVDFTQEEWQQLDPSQRTLYRDVMLENYSHLVSMGYPVSKPDVISKLEQGEEP
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MLENYSHLVSMGYPVSKPDVISKLEQGEEP
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70 80 90 100 110 120
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pF1KB7 IQRFHKYDAFKKNLKPNIDLPSCYKSNSRKKPDQSFGGGKSSSQSEPNSNLEK---IHNG
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60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]