Result of FASTA (omim) for
pF1KB7833
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7833, 538 aa
1>>>pF1KB7833 538 - 538 aa - 538 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1854+/-0.00092; mu= 11.1778+/- 0.057
mean_var=333.9372+/-61.704, 0's: 0 Z-trim(111.1): 2101 B-trim: 61 in 1/49
Lambda= 0.070185
statistics sampled from 17277 (19608) to 17277 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.548), E-opt: 0.2 (0.23), width: 16
Scan time: 9.500
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001092096 (OMIM: 603980) zinc finger protein 98 ( 572) 1456 162.9 2.5e-39
XP_016878355 (OMIM: 604752) PREDICTED: zinc finger ( 487) 1438 160.9 8.1e-39
NP_001152765 (OMIM: 603984) zinc finger protein 73 ( 536) 1436 160.8 9.7e-39
XP_016878354 (OMIM: 604752) PREDICTED: zinc finger ( 711) 1438 161.2 9.8e-39
XP_011525901 (OMIM: 603984) PREDICTED: zinc finger ( 550) 1436 160.8 9.9e-39
XP_006722660 (OMIM: 603984) PREDICTED: zinc finger ( 550) 1436 160.8 9.9e-39
XP_011525900 (OMIM: 603984) PREDICTED: zinc finger ( 551) 1436 160.8 9.9e-39
XP_005259754 (OMIM: 603984) PREDICTED: zinc finger ( 551) 1436 160.8 9.9e-39
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1436 160.9 1e-38
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1436 160.9 1e-38
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1436 160.9 1.1e-38
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1436 160.9 1.1e-38
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1436 160.9 1.1e-38
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1436 160.9 1.1e-38
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1436 160.9 1.1e-38
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1436 160.9 1.1e-38
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1436 160.9 1.1e-38
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1436 161.0 1.1e-38
NP_001274461 (OMIM: 603974) zinc finger protein 92 ( 554) 1426 159.8 2e-38
NP_001252517 (OMIM: 604752) zinc finger protein 26 ( 711) 1422 159.6 3e-38
NP_003405 (OMIM: 604752) zinc finger protein 267 i ( 743) 1422 159.6 3.1e-38
XP_016881640 (OMIM: 604750) PREDICTED: zinc finger ( 669) 1415 158.8 4.8e-38
NP_940937 (OMIM: 609571) zinc finger protein 699 [ ( 642) 1400 157.3 1.3e-37
XP_016881868 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1374 154.5 7.5e-37
XP_016881869 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1374 154.5 7.5e-37
NP_001317411 (OMIM: 613904) zinc finger protein 56 ( 527) 1374 154.5 7.5e-37
XP_016881871 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1374 154.5 7.5e-37
NP_112495 (OMIM: 603975) zinc finger protein 93 [H ( 620) 1374 154.6 8.1e-37
XP_016881867 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 650) 1374 154.6 8.3e-37
XP_016881865 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1374 154.7 8.6e-37
XP_011524841 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1374 154.7 8.6e-37
XP_016881866 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1374 154.7 8.6e-37
NP_689697 (OMIM: 613904) zinc finger protein 569 i ( 686) 1374 154.7 8.6e-37
XP_006723109 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1374 154.7 8.7e-37
XP_011524840 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1374 154.7 8.7e-37
XP_006723111 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1374 154.7 8.7e-37
XP_006723110 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1374 154.7 8.7e-37
NP_066971 (OMIM: 604756) zinc finger protein 273 [ ( 569) 1367 153.8 1.3e-36
XP_016867177 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 569) 1367 153.8 1.3e-36
XP_011526568 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 1370 154.6 1.4e-36
XP_006722943 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 1370 154.6 1.4e-36
XP_016882725 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1118) 1370 154.6 1.4e-36
XP_011526567 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1150) 1370 154.7 1.5e-36
XP_016882724 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1150) 1370 154.7 1.5e-36
NP_001287880 (OMIM: 603971) zinc finger protein 91 (1159) 1370 154.7 1.5e-36
NP_003421 (OMIM: 603971) zinc finger protein 91 is (1191) 1370 154.7 1.5e-36
NP_001278562 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 665) 1349 152.1 4.9e-36
NP_001265438 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 665) 1349 152.1 4.9e-36
NP_001265437 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 667) 1349 152.1 4.9e-36
NP_001275688 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 691) 1349 152.2 5e-36
>>NP_001092096 (OMIM: 603980) zinc finger protein 98 [Ho (572 aa)
initn: 1251 init1: 1251 opt: 1456 Z-score: 827.1 bits: 162.9 E(85289): 2.5e-39
Smith-Waterman score: 1456; 42.6% identity (67.0% similar) in 545 aa overlap (4-534:3-533)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MVAGWLTNYSQDSVTFEDVAVDFTQEEWTLLDQTQRNLYRDVMLENYKNLVAVDWESHIN
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NP_001 MPGPLGSLEMGVLTFRDVALEFSLEEWQCLDTAQQNLYRNVMLENYRNLVFVGIAASKP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB7 TKWSAPQQ-----NFLQGKTSSVVEMERNHFGEELFDFNQCEKALSEHSCLKTHRRTYFR
. .: : . . . . ..:...:. .: .: .. :.: ..
NP_001 DLITCLEQGKEPWNVKRHEMVTEPPVVYSYFAQDLWP-KQGKKNYFQKVILRT-----YK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KB7 KKTCECNQCEKAFRKPSIFTLHKKTDIGEELPNCNQCETA-------FSQHLHLVCKKTS
: : : .: .. . .::. : ::: :. ....... : ..
NP_001 KCGRENLQLRKYCKSMDECKVHKECYNG-----LNQCLTTTQNKIFQYDKYVKVFHKFSN
120 130 140 150 160
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pF1KB7 QNLHLVCKKTHTQEKPYKCSDCEKGLPSSSHLRECVRIYGGERPYTHKEYVETFSHSTAL
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NP_001 SNRH---KIGHTGKKSFKCKECEKSFCMLSHLAQHKRIHSGEKPYKCKECGKAYNEASNL
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 FVHMQTQDGEKFYECKACGKPFTESSYLTQHLRTHSRVLPIEHKKFGKAFAFSPDLAKHI
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NP_001 STHKRIHTGKKPYKCEECGKAFNRLSHLTTHKIIHTGKKPYKCEECGKAFNQSANLTTHK
230 240 250 260 270 280
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pF1KB7 RLRTRGKHYVCNECGKEFTCFSKLNIHIRVHTGEKPYECNKCGKAFTDSSGLIKHRRTHT
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NP_001 RIHTGEKPYKCEECGRAFSQSSTLTAHKIIHAGEKPYKCEECGKAFSQSSTLTTHKIIHT
290 300 310 320 330 340
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pF1KB7 GEKPYECKECGKAFANSSHLTVHMRTHTGEKPYQCKECGKAFINSSSFKSHMQTHPGVKP
::: :.:.::::::. ::::.: : :.:::::.:.:::::: .::.. .: . : : :
NP_001 GEKFYKCEECGKAFSRLSHLTTHKRIHSGEKPYKCEECGKAFKQSSTLTTHKRIHAGEKF
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pF1KB7 YDCQQCGKAFIRSSFLIRHLRSHSAERPFECEECGKAFRYSSHLSQHKRIHTGERPYKCQ
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NP_001 YKCEVCSKAFSRFSHLTTHKRIHTGEKPYKCEECGKAFNLSSQLTTHKIIHTGEKPYKCE
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pF1KB7 KCGQAFSISSGLTVHMRTHTGERPFECQECGKAFTRSTYLIRHLRSHSVEKPYK--ECGQ
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NP_001 ECGKAFNQSSTLSKHKVIHTGEKPYKCEECGKAFNQSSHLTTHKMIHTGEKPYKCEECGK
470 480 490 500 510 520
530
pF1KB7 TFSNSSCLTECV
.:.::: :
NP_001 AFNNSSILNRHKMIHTGEKLYKPESCNNACDNIAKISKYKRNCAGEK
530 540 550 560 570
>>XP_016878355 (OMIM: 604752) PREDICTED: zinc finger pro (487 aa)
initn: 1385 init1: 1385 opt: 1438 Z-score: 817.9 bits: 160.9 E(85289): 8.1e-39
Smith-Waterman score: 1472; 48.2% identity (72.6% similar) in 446 aa overlap (76-519:51-486)
50 60 70 80 90 100
pF1KB7 NYKNLVAVDWESHINTKWSAPQQNFLQGKTSSVVEMERNHFGEELFDFNQCEKALSEHSC
:: .. . : :. . ..: .:..
XP_016 TQSLKHIQHQTIHIRENSYSYNKYDKDLSQSSNLRKQIIHNEEKPYKCEKCGDSLNHSLH
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pF1KB7 LKTHRRTYFRKKTCECNQCEKAFR-KPSIF-TLHKKTDIGEELPNCNQCETAFSQHLHLV
: :. ..: :. ..: :.: . :.. : ... : ::.: .:. : .:..
XP_016 LTQHQIIPTEEKPCKWKECGKVFNLNCSLYLTKQQQIDTGENLYKCKACSKSFTR-----
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pF1KB7 CKKTSQNLHLVCKKTHTQEKPYKCSDCEKGLPSSSHLRECVRIYGGERPYTHKEYVETFS
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XP_016 ----SSNL-IVHQRIHTGEKPYKCKECGKAFRCSSYLTKHKRIHTGEKPYKCKECGKAFN
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pF1KB7 HSTALFVHMQTQDGEKFYECKACGKPFTESSYLTQHLRTHSRVLPIEHKKFGKAFAFSPD
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XP_016 RSSCLTQHQTTHTGEKLYKCKVCSKSYARSSNLIMHQRVHTGEKPYKCKECGKVFSRSSC
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pF1KB7 LAKHIRLRTRGKHYVCNECGKEFTCFSKLNIHIRVHTGEKPYECNKCGKAFTDSSGLIKH
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XP_016 LTQHRKIHTGENLYKCKVCAKPFTCFSNLIVHERIHTGEKPYKCKECGKAFPYSSHLIRH
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pF1KB7 RRTHTGEKPYECKECGKAFANSSHLTVHMRTHTGEKPYQCKECGKAFINSSSFKSHMQTH
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XP_016 HRIHTGEKPYKCKACSKSFSDSSGLTVHRRTHTGEKPYTCKECGKAFSYSSDVIQHRRIH
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pF1KB7 PGVKPYDCQQCGKAFIRSSFLIRHLRSHSAERPFECEECGKAFRYSSHLSQHKRIHTGER
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XP_016 TGQRPYKCEECGKAFNYRSYLTTHQRSHTGERPYKCEECGKAFNSRSYLTTHRRRHTGER
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pF1KB7 PYKCQKCGQAFSISSGLTVHMRTHTGERPFECQECGKAFTRSTYLIRHLRSHSVEKPYKE
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XP_016 PYKCDECGKAFSYRSYLTTHRRSHSGERPYKCEECGKAFNSRSYLIAHQRSHTREKL
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530
pF1KB7 CGQTFSNSSCLTECV
>>NP_001152765 (OMIM: 603984) zinc finger protein 737 [H (536 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KB7 MVAGWLTNYSQDSVTFEDVAVDFTQEEWTLLDQTQRNLYRDVMLENYKNLV---AVDWES
:.:::..:. ::: :: .::::::.::::::.::: : .
NP_001 MGPLQFRDVAIEFSLEEWHCLDTAQRNLYRNVMLENYRNLVFLGIVVSKP
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pF1KB7 HINTKWSAPQQNFLQGKTSSVVE--MERNHFGEELFDFNQCEKALSEHSCLKT-----HR
. : .. . . : :.. . .::...:. .: : .. :. :
NP_001 DLITCLEQGKKPLTMKKHEMVANPSVTCSHFARDLWP-EQSIKDSFQKVTLRRYENYGHD
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pF1KB7 RTYFRKKTCEC-NQCEKAFRKPSIFTLHKKTDIGEELPNCNQCETAFSQHLHLVCKKTSQ
: :: :: ..:. : . .. . : .. . ::. ...... : ...
NP_001 NLQF-KKGCESVDECKVHKRGYNGLNQYLTTTQSKIF----QCD----KYVKVIHKFSNS
110 120 130 140 150 160
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pF1KB7 NLHLVCKKTHTQEKPYKCSDCEKGLPSSSHLRECVRIYGGERPYTHKEYVETFSHSTALF
: : : :: .::.:: .: :.. .:: : .:. ::.:. .: ..:. :. :
NP_001 NRH---KIRHTGKKPFKCIECGKAFNQSSTLTTHKKIHTGEKPFKCEECGKAFNWSSHLT
170 180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 VHMQTQDGEKFYECKACGKPFTESSYLTQHLRTHSRVLPIEHKKFGKAFAFSPDLAKHIR
.: . . ::: :.:. ::: :.. :::: : :: : . .. :::: : .:. :
NP_001 THKRIHTGEKRYKCEDCGKAFSRFSYLTAHKIIHSGEKPYKCEECGKAFKRSSNLTTHKI
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 LRTRGKHYVCNECGKEFTCFSKLNIHIRVHTGEKPYECNKCGKAFTDSSGLIKHRRTHTG
..: : : :.:::: : : :. : .:.:::::.:..::::: : : :.: :::
NP_001 IHTGEKPYKCEECGKAFKRSSILTAHKIIHSGEKPYKCEECGKAFKHPSVLTTHKRIHTG
280 290 300 310 320 330
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pF1KB7 EKPYECKECGKAFANSSHLTVHMRTHTGEKPYQCKECGKAFINSSSFKSHMQTHPGVKPY
::::.:.:::.:: : ::.: :.:::::.:.:::::: :: . .: . : : :::
NP_001 EKPYKCEECGRAFKYFSSLTTHKIIHSGEKPYKCEECGKAFNWSSHLTTHKRIHTGEKPY
340 350 360 370 380 390
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pF1KB7 DCQQCGKAFIRSSFLIRHLRSHSAERPFECEECGKAFRYSSHLSQHKRIHTGERPYKCQK
:..::.:: :: : : :....::.::::::::. : :. ::::::::.::::..
NP_001 KCEECGEAFKYSSSLTTHKIIHTGQQPFKCEECGKAFKCFSILTTHKRIHTGEKPYKCEE
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pF1KB7 CGQAFSISSGLTVHMRTHTGERPFECQECGKAFTRSTYLIRHLRSHSVEKPYK--ECGQT
::.::. :: ::.: : ::::.:..:..::::: :: : :: : :. ::::: :::.
NP_001 CGKAFNSSSHLTAHKRIHTGEKPYKCERCGKAFKRSFILTRHKRIHTGEKPYKCEECGKG
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530
pF1KB7 FSNSSCLTECV
:. : ::
NP_001 FKCPSTLTTHKVIHTGEKL
520 530
>>XP_016878354 (OMIM: 604752) PREDICTED: zinc finger pro (711 aa)
initn: 1385 init1: 1385 opt: 1438 Z-score: 816.4 bits: 161.2 E(85289): 9.8e-39
Smith-Waterman score: 1472; 48.2% identity (72.6% similar) in 446 aa overlap (76-519:275-710)
50 60 70 80 90 100
pF1KB7 NYKNLVAVDWESHINTKWSAPQQNFLQGKTSSVVEMERNHFGEELFDFNQCEKALSEHSC
:: .. . : :. . ..: .:..
XP_016 TQSLKHIQHQTIHIRENSYSYNKYDKDLSQSSNLRKQIIHNEEKPYKCEKCGDSLNHSLH
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pF1KB7 LKTHRRTYFRKKTCECNQCEKAFR-KPSIF-TLHKKTDIGEELPNCNQCETAFSQHLHLV
: :. ..: :. ..: :.: . :.. : ... : ::.: .:. : .:..
XP_016 LTQHQIIPTEEKPCKWKECGKVFNLNCSLYLTKQQQIDTGENLYKCKACSKSFTR-----
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pF1KB7 CKKTSQNLHLVCKKTHTQEKPYKCSDCEKGLPSSSHLRECVRIYGGERPYTHKEYVETFS
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]