Result of FASTA (omim) for pF1KB7849
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7849, 545 aa
  1>>>pF1KB7849 545 - 545 aa - 545 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3226+/-0.000801; mu= 10.9342+/- 0.050
 mean_var=347.6892+/-66.421, 0's: 0 Z-trim(112.4): 2062  B-trim: 79 in 1/53
 Lambda= 0.068783
 statistics sampled from 19041 (21366) to 19041 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.556), E-opt: 0.2 (0.251), width:  16
 Scan time:  9.460

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_067040 (OMIM: 194551) zinc finger protein 77 [H ( 545) 3960 408.3 3.1e-113
XP_016882571 (OMIM: 194551) PREDICTED: zinc finger ( 365) 2682 281.2 3.8e-75
XP_016882570 (OMIM: 194551) PREDICTED: zinc finger ( 365) 2682 281.2 3.8e-75
NP_066358 (OMIM: 194556) zinc finger protein 14 [H ( 642) 1618 176.0 3.1e-43
XP_011525946 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 616) 1613 175.5 4.2e-43
XP_006722684 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 616) 1613 175.5 4.2e-43
XP_016881644 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 616) 1613 175.5 4.2e-43
XP_006722685 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 616) 1613 175.5 4.2e-43
XP_006722683 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 616) 1613 175.5 4.2e-43
XP_006722686 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 616) 1613 175.5 4.2e-43
XP_016881643 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 616) 1613 175.5 4.2e-43
NP_940937 (OMIM: 609571) zinc finger protein 699 [ ( 642) 1608 175.0 6.1e-43
NP_001190179 (OMIM: 194557) zinc finger protein 20 ( 529) 1554 169.5 2.3e-41
NP_066966 (OMIM: 194557) zinc finger protein 20 is ( 532) 1554 169.5 2.3e-41
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1524 166.7 1.9e-40
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1524 166.7 1.9e-40
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1524 166.7   2e-40
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1524 166.7   2e-40
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1524 166.7   2e-40
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1524 166.7   2e-40
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1524 166.7   2e-40
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1524 166.7   2e-40
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1524 166.7   2e-40
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1524 166.7   2e-40
XP_016881869 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1519 166.1 2.5e-40
XP_016881868 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1519 166.1 2.5e-40
NP_001317411 (OMIM: 613904) zinc finger protein 56 ( 527) 1519 166.1 2.5e-40
XP_016881871 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1519 166.1 2.5e-40
XP_016881867 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 650) 1519 166.2 2.8e-40
XP_011524841 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1519 166.2 2.9e-40
XP_016881866 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1519 166.2 2.9e-40
NP_689697 (OMIM: 613904) zinc finger protein 569 i ( 686) 1519 166.2 2.9e-40
XP_016881865 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1519 166.2 2.9e-40
XP_006723109 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1519 166.3 2.9e-40
XP_011524840 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1519 166.3 2.9e-40
XP_006723111 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1519 166.3 2.9e-40
XP_006723110 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1519 166.3 2.9e-40
NP_003399 (OMIM: 602951) zinc finger protein 37 ho ( 630) 1482 162.5 3.5e-39
NP_001269447 (OMIM: 602951) zinc finger protein 37 ( 631) 1482 162.5 3.5e-39
NP_001269444 (OMIM: 602951) zinc finger protein 37 ( 645) 1482 162.5 3.6e-39
NP_001291423 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 585) 1476 161.9 5.1e-39
NP_001291422 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 585) 1476 161.9 5.1e-39
XP_016881649 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 1475 161.7 5.3e-39
NP_006622 (OMIM: 604751) zinc finger protein 266 [ ( 549) 1475 161.7 5.3e-39
NP_001258243 (OMIM: 604751) zinc finger protein 26 ( 549) 1475 161.7 5.3e-39
XP_011525950 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 1475 161.7 5.3e-39
XP_016881650 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 1475 161.7 5.3e-39
XP_016881654 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 1475 161.7 5.3e-39
XP_011525949 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 1475 161.7 5.3e-39
XP_006722690 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 1475 161.7 5.3e-39


>>NP_067040 (OMIM: 194551) zinc finger protein 77 [Homo   (545 aa)
 initn: 3960 init1: 3960 opt: 3960  Z-score: 2153.9  bits: 408.3 E(85289): 3.1e-113
Smith-Waterman score: 3960; 100.0% identity (100.0% similar) in 545 aa overlap (1-545:1-545)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MDCVIFEEVAVNFTPEEWALLDHAQRSLYRDVMLETCRNLASLDCYIYVRTSGSSSQRDV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 MDCVIFEEVAVNFTPEEWALLDHAQRSLYRDVMLETCRNLASLDCYIYVRTSGSSSQRDV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 FGNGISNDEEIVKFTGSDSWSIFGENWRFDNTGDQHQIPQRHLRSQLGRLCESNEGHQCG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 FGNGISNDEEIVKFTGSDSWSIFGENWRFDNTGDQHQIPQRHLRSQLGRLCESNEGHQCG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 ETLSQTANLLVHKSYPTEAKPSECTKCGKAFENRQRSHTGQRPCKECGQACSCLSCQSPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 ETLSQTANLLVHKSYPTEAKPSECTKCGKAFENRQRSHTGQRPCKECGQACSCLSCQSPP
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 MKTQTVEKPCNCQDSRTASVTYVKSLSSKKSYECQKCGKAFICPSSFRGHVNSHHGQKTH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 MKTQTVEKPCNCQDSRTASVTYVKSLSSKKSYECQKCGKAFICPSSFRGHVNSHHGQKTH
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 ACKVCGKTFMYYSYLTRHVRTHTGEKPYECKECGKAFSCPSYFREHVRTHTGEKPYECKH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 ACKVCGKTFMYYSYLTRHVRTHTGEKPYECKECGKAFSCPSYFREHVRTHTGEKPYECKH
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 CGKSFSCYSSFRDHVRTHTGEKPCQCKHCGKAFTCYSSLREHGRTHSGEKPYECKECGKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 CGKSFSCYSSFRDHVRTHTGEKPCQCKHCGKAFTCYSSLREHGRTHSGEKPYECKECGKA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 FRYPSSLRAHMRMHTGEKPYVCKQCGKAFGCPTYFRRHVKTHSGVKPYQCKECGKAYSFS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 FRYPSSLRAHMRMHTGEKPYVCKQCGKAFGCPTYFRRHVKTHSGVKPYQCKECGKAYSFS
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB7 SSLRIHVRTHTGEKPFECKHCGKAFSCHSSLREHVRTHSGEKPYECNQCGKAFSHAQYFQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 SSLRIHVRTHTGEKPFECKHCGKAFSCHSSLREHVRTHSGEKPYECNQCGKAFSHAQYFQ
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB7 KHVRSHSGVKPYECTECGKAYSCSSSLRVHVRTHTGERPYECKQCGKTFRYLASLQAHVR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 KHVRSHSGVKPYECTECGKAYSCSSSLRVHVRTHTGERPYECKQCGKTFRYLASLQAHVR
              490       500       510       520       530       540

            
pF1KB7 THAGA
       :::::
NP_067 THAGA
            

>>XP_016882571 (OMIM: 194551) PREDICTED: zinc finger pro  (365 aa)
 initn: 2682 init1: 2682 opt: 2682  Z-score: 1470.1  bits: 281.2 E(85289): 3.8e-75
Smith-Waterman score: 2682; 100.0% identity (100.0% similar) in 365 aa overlap (181-545:1-365)

              160       170       180       190       200       210
pF1KB7 FENRQRSHTGQRPCKECGQACSCLSCQSPPMKTQTVEKPCNCQDSRTASVTYVKSLSSKK
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016                               MKTQTVEKPCNCQDSRTASVTYVKSLSSKK
                                             10        20        30

              220       230       240       250       260       270
pF1KB7 SYECQKCGKAFICPSSFRGHVNSHHGQKTHACKVCGKTFMYYSYLTRHVRTHTGEKPYEC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SYECQKCGKAFICPSSFRGHVNSHHGQKTHACKVCGKTFMYYSYLTRHVRTHTGEKPYEC
               40        50        60        70        80        90

              280       290       300       310       320       330
pF1KB7 KECGKAFSCPSYFREHVRTHTGEKPYECKHCGKSFSCYSSFRDHVRTHTGEKPCQCKHCG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KECGKAFSCPSYFREHVRTHTGEKPYECKHCGKSFSCYSSFRDHVRTHTGEKPCQCKHCG
              100       110       120       130       140       150

              340       350       360       370       380       390
pF1KB7 KAFTCYSSLREHGRTHSGEKPYECKECGKAFRYPSSLRAHMRMHTGEKPYVCKQCGKAFG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KAFTCYSSLREHGRTHSGEKPYECKECGKAFRYPSSLRAHMRMHTGEKPYVCKQCGKAFG
              160       170       180       190       200       210

              400       410       420       430       440       450
pF1KB7 CPTYFRRHVKTHSGVKPYQCKECGKAYSFSSSLRIHVRTHTGEKPFECKHCGKAFSCHSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CPTYFRRHVKTHSGVKPYQCKECGKAYSFSSSLRIHVRTHTGEKPFECKHCGKAFSCHSS
              220       230       240       250       260       270

              460       470       480       490       500       510
pF1KB7 LREHVRTHSGEKPYECNQCGKAFSHAQYFQKHVRSHSGVKPYECTECGKAYSCSSSLRVH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LREHVRTHSGEKPYECNQCGKAFSHAQYFQKHVRSHSGVKPYECTECGKAYSCSSSLRVH
              280       290       300       310       320       330

              520       530       540     
pF1KB7 VRTHTGERPYECKQCGKTFRYLASLQAHVRTHAGA
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VRTHTGERPYECKQCGKTFRYLASLQAHVRTHAGA
              340       350       360     

>>XP_016882570 (OMIM: 194551) PREDICTED: zinc finger pro  (365 aa)
 initn: 2682 init1: 2682 opt: 2682  Z-score: 1470.1  bits: 281.2 E(85289): 3.8e-75
Smith-Waterman score: 2682; 100.0% identity (100.0% similar) in 365 aa overlap (181-545:1-365)

              160       170       180       190       200       210
pF1KB7 FENRQRSHTGQRPCKECGQACSCLSCQSPPMKTQTVEKPCNCQDSRTASVTYVKSLSSKK
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016                               MKTQTVEKPCNCQDSRTASVTYVKSLSSKK
                                             10        20        30

              220       230       240       250       260       270
pF1KB7 SYECQKCGKAFICPSSFRGHVNSHHGQKTHACKVCGKTFMYYSYLTRHVRTHTGEKPYEC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SYECQKCGKAFICPSSFRGHVNSHHGQKTHACKVCGKTFMYYSYLTRHVRTHTGEKPYEC
               40        50        60        70        80        90

              280       290       300       310       320       330
pF1KB7 KECGKAFSCPSYFREHVRTHTGEKPYECKHCGKSFSCYSSFRDHVRTHTGEKPCQCKHCG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KECGKAFSCPSYFREHVRTHTGEKPYECKHCGKSFSCYSSFRDHVRTHTGEKPCQCKHCG
              100       110       120       130       140       150

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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       :::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VRTHTGERPYECKQCGKTFRYLASLQAHVRTHAGA
              340       350       360     

>>NP_066358 (OMIM: 194556) zinc finger protein 14 [Homo   (642 aa)
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       :: : ::.:::::: ::::::: .:..::.::: :: .::. :                 
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       ::: ::  :. ..:   : ::: ::. ::. :      ::. ::::::.: .        
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                 :  :: ::.:.  ..: :  .      .. .. : :::..::::::  . 
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       :. :  .: ::: . :: :::::.::. . .:.  :::.::::::.::::: : . :..:
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        ::::::::::::.:::.::: . :: : :::::::: .::.:::::.  ::.:.: :::
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       ::::::::::::::: : .:.:::. .::: .:: ::.:::::.  .  : : .:: : :
NP_066 SGEKPYECKECGKAFFYSASFRAHVIIHTGARPYKCKECGKAFNSSNSCRVHERTHIGEK
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       ::.::.:::..:.: :::.: ::::::::.:::.: :.::  ::::::  ::.:::::::
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pF1KB7 NQCGKAFSHAQYFQKHVRSHSGVKPYECTECGKAYSCSSSLRVHVRTHTGERPYECKQCG
       .::::.:: .. .:.: :.:.. ::::: .::::. ::: .:.: :.::::.::::::::
NP_066 KQCGKTFSFSSSLQRHERTHNAEKPYECKQCGKAFRCSSYFRIHERSHTGEKPYECKQCG
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       :.:   .:.. : :::.:                                          
NP_066 KVFIRSSSFRLHERTHTGEKPYECKLCGKTFSFSSSLREHEKIHTGNKPFECKQCGKAFL
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>--
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NP_066 TGEKPYECKQCGKVFIRSSSFRLHERTHTGEKPYECKLCGKTFSFSSSLREHEKIHTGNK
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       :.:::.:::::   :..: : : ::::::: ::::::::   . :: : .::.: :::.:
NP_066 PFECKQCGKAFLRSSQIRLHERTHTGEKPYQCKQCGKAFISSSKFRMHERTHTGEKPYRC
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       :.::::. ::::.::: :.::::::.:::.:::::   : .: : ::: :::        
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>>XP_011525946 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger pro  (616 aa)
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pF1KB7 VMLETCRNLASLDCYIYVRTSGSSSQRDVFGNGISNDEEIVKFTGSDSWSIFGENWRF--
       ::::. .:::..  :   . :  :  ..  .  ..  .    : .:. :..  .. ..  
XP_011 VMLENYKNLATVG-YQLFKPSLISWLEQEESRTVQRGD----FQASE-WKVQLKTKELAL
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pF1KB7 --DNTGDQHQIPQRHLRSQLGRLCESNEGHQCGETLSQTANLLVHKSYPTEAKPSECTKC
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XP_011 QQDVLGEPTSSGIQMIGSHNG--GEVSDVKQCGDVSSEHSCLKTHVRTQNSENTFECYLY
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pF1KB7 GKAFEN-RQRSHTG-QRPC-KECGQACSC---LSCQSPPMKTQTVEKPCNCQDSRTASVT
       :  : . .... :: ::   ..::.: :    . ::    .: : ::  .:.::  . ..
XP_011 GVDFLTLHKKTSTGEQRSVFSQCGKAFSLNPDVVCQ----RTCTGEKAFDCSDSGKSFIN
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pF1KB7 Y------VKSLSSKKSYECQKCGKAFICPSSFRGHVNSHHGQKTHACKVCGKTFMYYSYL
       .      ... .... .: ..::..::  ...  ....:...: . :: ::: : : .::
XP_011 HSHLQGHLRTHNGESLHEWKECGRGFIHSTDLAVRIQTHRSEKPYKCKECGKGFRYSAYL
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pF1KB7 TRHVRTHTGEKPYECKECGKAFSCPSYFREHVRTHTGEKPYECKHCGKSFSCYSSFRDHV
       . :. ::::..:::::::::::.    . .: .::::::::.:: ::..:.  : . .:.
XP_011 NIHMGTHTGDNPYECKECGKAFTRSCQLTQHRKTHTGEKPYKCKDCGRAFTVSSCLSQHM
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pF1KB7 RTHTGEKPCQCKHCGKAFTCYSSLREHGRTHSGEKPYECKECGKAFRYPSSLRAHMRMHT
       . :.:::: .::.:: :::  :.: :: .::... :.::: :::.::  : :  :.:.::
XP_011 KIHVGEKPYECKECGIAFTRSSQLTEHLKTHTAKDPFECKICGKSFRNSSCLSDHFRIHT
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pF1KB7 GEKPYVCKQCGKAFGCPTYFRRHVKTHSGVKPYQCKECGKAYSFSSSLRIHVRTHTGEKP
       : ::: ::.:::::   . . .:..:::: .::.:::::::.. :: :  :.::::::::
XP_011 GIKPYKCKDCGKAFTQNSDLTKHARTHSGERPYECKECGKAFARSSRLSEHTRTHTGEKP
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pF1KB7 FECKHCGKAFSCHSSLREHVRTHSGEKPYECNQCGKAFSHAQYFQKHVRSHSGVKPYECT
       ::: .:::::.  :.:  :.: :.::::.:: .:::::.:.. ...:.:.::. ::. : 
XP_011 FECVKCGKAFAISSNLSGHLRIHTGEKPFECLECGKAFTHSSSLNNHMRTHSAKKPFTCM
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pF1KB7 ECGKAYSCSSSLRVHVRTHTGERPYECKQCGKTFRYLASLQAHVRTHAGA          
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XP_011 AFSSSSSFRNHERRHADERLSA
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>>XP_006722684 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger pro  (616 aa)
 initn: 1383 init1: 1383 opt: 1613  Z-score: 894.7  bits: 175.5 E(85289): 4.2e-43
Smith-Waterman score: 1618; 43.5% identity (69.9% similar) in 559 aa overlap (2-544:37-583)

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XP_006 SYGLYRDPVCLQEKTEVERVVADCLTNCYQDSVTFDDLAVDFTPEEWTLLDPTQRNLYRD
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XP_006 VMLENYKNLATVG-YQLFKPSLISWLEQEESRTVQRGD----FQASE-WKVQLKTKELAL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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