Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7864
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7864, 631 aa
1>>>pF1KB7864 631 - 631 aa - 631 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.8921+/-0.00101; mu= -4.6335+/- 0.061
mean_var=312.1343+/-63.920, 0's: 0 Z-trim(115.1): 14 B-trim: 169 in 2/50
Lambda= 0.072594
statistics sampled from 15650 (15663) to 15650 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.777), E-opt: 0.2 (0.481), width: 16
Scan time: 4.750
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9209.1 HNF1A gene_id:6927|Hs108|chr12 ( 631) 4137 446.9 3.8e-125
CCDS76611.1 HNF1A gene_id:6927|Hs108|chr12 ( 638) 4113 444.4 2.2e-124
CCDS58538.1 HNF1B gene_id:6928|Hs108|chr17 ( 531) 1591 180.2 6.2e-45
CCDS77007.1 HNF1B gene_id:6928|Hs108|chr17 ( 457) 1568 177.7 2.9e-44
CCDS11324.1 HNF1B gene_id:6928|Hs108|chr17 ( 557) 907 108.6 2.4e-23
>>CCDS9209.1 HNF1A gene_id:6927|Hs108|chr12 (631 aa)
initn: 4137 init1: 4137 opt: 4137 Z-score: 2360.2 bits: 446.9 E(32554): 3.8e-125
Smith-Waterman score: 4137; 99.5% identity (100.0% similar) in 631 aa overlap (1-631:1-631)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MVSKLSQLQTELLAALLESGLSKEALLQALGEPGPYLLAGEGPLDKGESCGGGRGELAEL
::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 MVSKLSQLQTELLAALLESGLSKEALIQALGEPGPYLLAGEGPLDKGESCGGGRGELAEL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 PNGLGETRGSEDETDDDGEDFTPPILKELENLSPEEAAHQKAVVETLLQEDPWRVAKMVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 PNGLGETRGSEDETDDDGEDFTPPILKELENLSPEEAAHQKAVVETLLQEDPWRVAKMVK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 SYLQQHNIPQREVVDTTGLNQSHLSQHLNKGTPMKTQKRAALYTWYVRKQREVAQQFTHA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 SYLQQHNIPQREVVDTTGLNQSHLSQHLNKGTPMKTQKRAALYTWYVRKQREVAQQFTHA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 GQGGLIEEPTGDELPTKKGRRNRFKWGPASQQILFQAYERQKNPSKEERETLVEECNRAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 GQGGLIEEPTGDELPTKKGRRNRFKWGPASQQILFQAYERQKNPSKEERETLVEECNRAE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 CIQRGVSPSQAQGLGSNLVTEVRVYNWFANRRKEEAFRHKLAMDTYSGPPPGPGPGPALP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 CIQRGVSPSQAQGLGSNLVTEVRVYNWFANRRKEEAFRHKLAMDTYSGPPPGPGPGPALP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 AHSSPGLPPPALSPSKVHGVRYGQPATSETAEVPSSSGGPLVTVSTPLHQVSPTGLEPSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 AHSSPGLPPPALSPSKVHGVRYGQPATSETAEVPSSSGGPLVTVSTPLHQVSPTGLEPSH
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 SLLSTEAKLVSAAGGPLPPVSTLTALHSLEQTSPGLNQQPQNLIMASLPGVMTIGPGEPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 SLLSTEAKLVSAAGGPLPPVSTLTALHSLEQTSPGLNQQPQNLIMASLPGVMTIGPGEPA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 SLGPTFTNTGASTLVIGLASTQAQSVPVINSMGSSLTTLQPVQFSQPLHPSYQQPLMPPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 SLGPTFTNTGASTLVIGLASTQAQSVPVINSMGSSLTTLQPVQFSQPLHPSYQQPLMPPV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 QSHVTQNPFMATMAQLQSPHALYSHKPEVAQYTHTGLLPQTMLITDTTNLSALASLTPTK
::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 QSHVTQSPFMATMAQLQSPHALYSHKPEVAQYTHTGLLPQTMLITDTTNLSALASLTPTK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 QVFTSDTEASSESGLHTPASQATTLHVPSQDPAGIQHLQPAHRLSASPTVSSSSLVLYQS
:::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 QVFTSDTEASSESGLHTPASQATTLHVPSQDPASIQHLQPAHRLSASPTVSSSSLVLYQS
550 560 570 580 590 600
610 620 630
pF1KB7 SDSSNGQSHLLPSNHSVIETFISTQMASSSQ
:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 SDSSNGQSHLLPSNHSVIETFISTQMASSSQ
610 620 630
>>CCDS76611.1 HNF1A gene_id:6927|Hs108|chr12 (638 aa)
initn: 3581 init1: 3581 opt: 4113 Z-score: 2346.5 bits: 444.4 E(32554): 2.2e-124
Smith-Waterman score: 4113; 98.4% identity (98.9% similar) in 638 aa overlap (1-631:1-638)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MVSKLSQLQTELLAALLESGLSKEALLQALGEPGPYLLAGEGPLDKGESCGGGRGELAEL
::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 MVSKLSQLQTELLAALLESGLSKEALIQALGEPGPYLLAGEGPLDKGESCGGGRGELAEL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 PNGLGETRGSEDETDDDGEDFTPPILKELENLSPEEAAHQKAVVETLLQEDPWRVAKMVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 PNGLGETRGSEDETDDDGEDFTPPILKELENLSPEEAAHQKAVVETLLQEDPWRVAKMVK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 SYLQQHNIPQREVVDTTGLNQSHLSQHLNKGTPMKTQKRAALYTWYVRKQREVAQQFTHA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 SYLQQHNIPQREVVDTTGLNQSHLSQHLNKGTPMKTQKRAALYTWYVRKQREVAQQFTHA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 GQGGLIEEPTGDELPTKKGRRNRFKWGPASQQILFQAYERQKNPSKEERETLVEECNRAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 GQGGLIEEPTGDELPTKKGRRNRFKWGPASQQILFQAYERQKNPSKEERETLVEECNRAE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 CIQRGVSPSQAQGLGSNLVTEVRVYNWFANRRKEEAFRHKLAMDTYSGPPPGPGPGPALP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 CIQRGVSPSQAQGLGSNLVTEVRVYNWFANRRKEEAFRHKLAMDTYSGPPPGPGPGPALP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 AHSSPGLPPPALSPSKVHGVRYGQPATSETAEVPSSSGGPLVTVSTPLHQVSPTGLEPSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 AHSSPGLPPPALSPSKVHGVRYGQPATSETAEVPSSSGGPLVTVSTPLHQVSPTGLEPSH
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 SLLSTEAKLVSAAGGPLPPVSTLTALHSLEQTSPGLNQQPQNLIMASLPGVMTIGPGEPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 SLLSTEAKLVSAAGGPLPPVSTLTALHSLEQTSPGLNQQPQNLIMASLPGVMTIGPGEPA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 SLGPTFTNTGASTLVIGLASTQAQSVPVINSMGSSLTTLQPVQFSQPLHPSYQQPLMPPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 SLGPTFTNTGASTLVIGLASTQAQSVPVINSMGSSLTTLQPVQFSQPLHPSYQQPLMPPV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 QSHVTQNPFMATMAQLQSPHALYSHKPEVAQYTHTGLLPQTMLITDTTNLSALASLTPTK
::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 QSHVTQSPFMATMAQLQSPHALYSHKPEVAQYTHTGLLPQTMLITDTTNLSALASLTPTK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590
pF1KB7 Q-------VFTSDTEASSESGLHTPASQATTLHVPSQDPAGIQHLQPAHRLSASPTVSSS
: ::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::
CCDS76 QEAALLPQVFTSDTEASSESGLHTPASQATTLHVPSQDPASIQHLQPAHRLSASPTVSSS
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630
pF1KB7 SLVLYQSSDSSNGQSHLLPSNHSVIETFISTQMASSSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 SLVLYQSSDSSNGQSHLLPSNHSVIETFISTQMASSSQ
610 620 630
>>CCDS58538.1 HNF1B gene_id:6928|Hs108|chr17 (531 aa)
initn: 1681 init1: 1100 opt: 1591 Z-score: 920.2 bits: 180.2 E(32554): 6.2e-45
Smith-Waterman score: 1885; 56.3% identity (78.6% similar) in 551 aa overlap (1-541:1-525)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MVSKLSQLQTELLAALLESGLSKEALLQALGE--PGP-YLLAGEG-PLDKGESC-GGGRG
:::::..:: :::.::: ::..::.:.::: : :.: . . : ::. : . .
CCDS58 MVSKLTSLQQELLSALLSSGVTKEVLVQALEELLPSPNFGVKLETLPLSPGSGAEPDTKP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 ELAELPNGLGETRGSEDETDDDGEDF-TPPILKELENLSPEEAAHQKAVVETLLQEDPWR
. : :: .. : : :: ..::.:. ::::::::. :. ::::.:.: :. .:.:::::
CCDS58 VFHTLTNGHAKGRLSGDEGSEDGDDYDTPPILKELQALNTEEAAEQRAEVDRMLSEDPWR
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 VAKMVKSYLQQHNIPQREVVDTTGLNQSHLSQHLNKGTPMKTQKRAALYTWYVRKQREVA
.:::.:.:.::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS58 AAKMIKGYMQQHNIPQREVVDVTGLNQSHLSQHLNKGTPMKTQKRAALYTWYVRKQREIL
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 QQFTHAGQGGLIEEPTGDELPTKKGRRNRFKWGPASQQILFQAYERQKNPSKEERETLVE
.::.. ..: . . .: .:: :::::::::::::::.:::.:::::::::::.:::
CCDS58 RQFSQQSHGPGQSDDACSEPTNKKMRRNRFKWGPASQQILYQAYDRQKNPSKEEREALVE
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 ECNRAECIQRGVSPSQAQGLGSNLVTEVRVYNWFANRRKEEAFRHKLAMDTYSGPPPGPG
:::::::.:::::::.:.::::::::::::::::::::::::::.:::::.::. .
CCDS58 ECNRAECLQRGVSPSKAHGLGSNLVTEVRVYNWFANRRKEEAFRQKLAMDAYSSNQTH-S
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 PGPALPAHSSPGLPPPALSPSKVHGVRYGQPATSE---TAEVPSSSGGPLVTVSTPLHQV
.: : .:.:: : . :.:. ::::.: ...: .. . ... .:: .. :.::
CCDS58 LNPLL-SHGSPHHQPSSSPPNKLSGVRYSQQGNNEITSSSTISHHGNSAMVTSQSVLQQV
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 SPTGLEPSHSLLSTEAKLVSAAGGPLPPVSTLTALHSLEQTSPGLNQQPQNLIMASLPGV
::..:.:.:.::: ..:..:..:: :::::::: .::: . .: :: :::::. : ::
CCDS58 SPASLDPGHNLLSPDGKMISVSGGGLPPVSTLTNIHSLSHHNP---QQSQNLIMTPLSGV
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 MTIGPGEPASLGPTFTNTGASTLVIGLASTQAQSVPVINSMGSSLTTLQPVQFSQPLHPS
:.:. . : ..::::::::::...::..:::::::: ::
CCDS58 MAIAQS--------------------LNTSQAQSVPVINSVAGSLAALQPVQFSQQLHSP
420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KB7 YQQPLMPPVQ-SHVTQNPFMATMAQLQSPHALYSHKPEVAQYTHTGLLPQTMLITDTTNL
.::::: ::..:.::::...:::. : .:.:: : ::.::. .:..:..:::...
CCDS58 HQQPLMQQSPGSHMAQQPFMAAVTQLQNSH-MYAHKQEPPQYSHTSRFPSAMVVTDTSSI
460 470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KB7 SALASLTPTKQVFTSDTEASSESGLHTPASQATTLHVPSQDPAGIQHLQPAHRLSASPTV
:.:.... .::
CCDS58 STLTNMSSSKQCPLQAW
520 530
>>CCDS77007.1 HNF1B gene_id:6928|Hs108|chr17 (457 aa)
initn: 1484 init1: 1100 opt: 1568 Z-score: 908.1 bits: 177.7 E(32554): 2.9e-44
Smith-Waterman score: 1568; 59.4% identity (80.3% similar) in 431 aa overlap (1-422:1-426)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MVSKLSQLQTELLAALLESGLSKEALLQALGE--PGP-YLLAGEG-PLDKGESC-GGGRG
:::::..:: :::.::: ::..::.:.::: : :.: . . : ::. : . .
CCDS77 MVSKLTSLQQELLSALLSSGVTKEVLVQALEELLPSPNFGVKLETLPLSPGSGAEPDTKP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 ELAELPNGLGETRGSEDETDDDGEDF-TPPILKELENLSPEEAAHQKAVVETLLQEDPWR
. : :: .. : : :: ..::.:. ::::::::. :. ::::.:.: :. .:.:::::
CCDS77 VFHTLTNGHAKGRLSGDEGSEDGDDYDTPPILKELQALNTEEAAEQRAEVDRMLSEDPWR
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 VAKMVKSYLQQHNIPQREVVDTTGLNQSHLSQHLNKGTPMKTQKRAALYTWYVRKQREVA
.:::.:.:.::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS77 AAKMIKGYMQQHNIPQREVVDVTGLNQSHLSQHLNKGTPMKTQKRAALYTWYVRKQREIL
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 QQFTHAGQGGLIEEPTGDELPTKKGRRNRFKWGPASQQILFQAYERQKNPSKEERETLVE
.::.. ..: . . .: .:: :::::::::::::::.:::.:::::::::::.:::
CCDS77 RQFSQQSHGPGQSDDACSEPTNKKMRRNRFKWGPASQQILYQAYDRQKNPSKEEREALVE
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 ECNRAECIQRGVSPSQAQGLGSNLVTEVRVYNWFANRRKEEAFRHKLAMDTYSGPPPGPG
:::::::.:::::::.:.::::::::::::::::::::::::::.:::::.::. .
CCDS77 ECNRAECLQRGVSPSKAHGLGSNLVTEVRVYNWFANRRKEEAFRQKLAMDAYSSNQTH-S
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 PGPALPAHSSPGLPPPALSPSKVHGVRYGQPATSE---TAEVPSSSGGPLVTVSTPLHQV
.: : .:.:: : . :.:. ::::.: ...: .. . ... .:: .. :.::
CCDS77 LNPLL-SHGSPHHQPSSSPPNKLSGVRYSQQGNNEITSSSTISHHGNSAMVTSQSVLQQV
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 SPTGLEPSHSLLSTEAKLVSAAGGPLPPVSTLTALHSLEQTSPGLNQQPQNLIMASLPGV
::..:.:.:.::: ..:..:..:: :::::::: .::: . .: :: :::::. : ::
CCDS77 SPASLDPGHNLLSPDGKMISVSGGGLPPVSTLTNIHSLSHHNP---QQSQNLIMTPLSGV
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 MTIGPGEPASLGPTFTNTGASTLVIGLASTQAQSVPVINSMGSSLTTLQPVQFSQPLHPS
:.:. .::
CCDS77 MAIAQMSSTSLVMPTHHLLRAQQQGPCFPHHHPLGSCHGKAQ
420 430 440 450
>>CCDS11324.1 HNF1B gene_id:6928|Hs108|chr17 (557 aa)
initn: 1673 init1: 565 opt: 907 Z-score: 532.7 bits: 108.6 E(32554): 2.4e-23
Smith-Waterman score: 1849; 54.4% identity (75.9% similar) in 577 aa overlap (1-541:1-551)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MVSKLSQLQTELLAALLESGLSKEALLQALGE--PGP-YLLAGEG-PLDKGESC-GGGRG
:::::..:: :::.::: ::..::.:.::: : :.: . . : ::. : . .
CCDS11 MVSKLTSLQQELLSALLSSGVTKEVLVQALEELLPSPNFGVKLETLPLSPGSGAEPDTKP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 ELAELPNGLGETRGSEDETDDDGEDF-TPPILKELENLSPEEAAHQKAVVETLLQEDPWR
. : :: .. : : :: ..::.:. ::::::::. :. ::::.:.: :. .:.:::::
CCDS11 VFHTLTNGHAKGRLSGDEGSEDGDDYDTPPILKELQALNTEEAAEQRAEVDRMLSEDPWR
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 VAKMVKSYLQQHNIPQREVVDTTGLNQSHLSQHLNKGTPMKTQKRAALYTWYVRKQREVA
.:::.:.:.::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS11 AAKMIKGYMQQHNIPQREVVDVTGLNQSHLSQHLNKGTPMKTQKRAALYTWYVRKQREIL
130 140 150 160 170 180
180 190 200
pF1KB7 QQFTHAGQ--GGLIEEPTGDEL-----------------------PT-KKGRRNRFKWGP
.::... : :.. .. . :.: :: :: :::::::::
CCDS11 RQFNQTVQSSGNMTDKSSQDQLLFLFPEFSQQSHGPGQSDDACSEPTNKKMRRNRFKWGP
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 ASQQILFQAYERQKNPSKEERETLVEECNRAECIQRGVSPSQAQGLGSNLVTEVRVYNWF
::::::.:::.:::::::::::.::::::::::.:::::::.:.::::::::::::::::
CCDS11 ASQQILYQAYDRQKNPSKEEREALVEECNRAECLQRGVSPSKAHGLGSNLVTEVRVYNWF
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300 310 320
pF1KB7 ANRRKEEAFRHKLAMDTYSGPPPGPGPGPALPAHSSPGLPPPALSPSKVHGVRYGQPATS
::::::::::.:::::.::. . .: : .:.:: : . :.:. ::::.: ...
CCDS11 ANRRKEEAFRQKLAMDAYSSNQTH-SLNPLL-SHGSPHHQPSSSPPNKLSGVRYSQQGNN
310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KB7 E---TAEVPSSSGGPLVTVSTPLHQVSPTGLEPSHSLLSTEAKLVSAAGGPLPPVSTLTA
: .. . ... .:: .. :.::::..:.:.:.::: ..:..:..:: ::::::::
CCDS11 EITSSSTISHHGNSAMVTSQSVLQQVSPASLDPGHNLLSPDGKMISVSGGGLPPVSTLTN
360 370 380 390 400 410
390 400 410 420 430 440
pF1KB7 LHSLEQTSPGLNQQPQNLIMASLPGVMTIGPGEPASLGPTFTNTGASTLVIGLASTQAQS
.::: . .: :: :::::. : :::.:. . : ..::::
CCDS11 IHSLSHHNP---QQSQNLIMTPLSGVMAIAQS--------------------LNTSQAQS
420 430 440 450
450 460 470 480 490 500
pF1KB7 VPVINSMGSSLTTLQPVQFSQPLHPSYQQPLMPPVQ-SHVTQNPFMATMAQLQSPHALYS
::::::...::..:::::::: :: .::::: ::..:.::::...:::. : .:.
CCDS11 VPVINSVAGSLAALQPVQFSQQLHSPHQQPLMQQSPGSHMAQQPFMAAVTQLQNSH-MYA
460 470 480 490 500 510
510 520 530 540 550 560
pF1KB7 HKPEVAQYTHTGLLPQTMLITDTTNLSALASLTPTKQVFTSDTEASSESGLHTPASQATT
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CCDS11 HKQEPPQYSHTSRFPSAMVVTDTSSISTLTNMSSSKQCPLQAW
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