Result of FASTA (omim) for
pF1KB7869
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7869, 561 aa
1>>>pF1KB7869 561 - 561 aa - 561 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0774+/-0.000519; mu= 12.0701+/- 0.032
mean_var=259.0227+/-51.848, 0's: 0 Z-trim(117.6): 1992 B-trim: 155 in 2/48
Lambda= 0.079690
statistics sampled from 27488 (29804) to 27488 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.696), E-opt: 0.2 (0.349), width: 16
Scan time: 8.530
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_011514861 (OMIM: 601260) PREDICTED: zinc finger ( 563) 1126 143.5 1.7e-33
NP_001333510 (OMIM: 601260) zinc finger protein wi ( 563) 1126 143.5 1.7e-33
NP_003430 (OMIM: 601260) zinc finger protein with ( 563) 1126 143.5 1.7e-33
NP_001273983 (OMIM: 601260) zinc finger protein wi ( 527) 1096 140.0 1.8e-32
NP_001333509 (OMIM: 601260) zinc finger protein wi ( 527) 1096 140.0 1.8e-32
XP_011529614 (OMIM: 300627) PREDICTED: zinc finger ( 518) 1094 139.8 2e-32
NP_689908 (OMIM: 300627) zinc finger protein 449 [ ( 518) 1094 139.8 2e-32
XP_006720895 (OMIM: 604191) PREDICTED: zinc finger ( 644) 1069 137.1 1.7e-31
NP_061983 (OMIM: 611643) zinc finger protein with ( 545) 1061 136.0 2.9e-31
XP_005249152 (OMIM: 611643) PREDICTED: zinc finger ( 545) 1061 136.0 2.9e-31
XP_006720894 (OMIM: 604191) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1023 131.8 6.8e-30
XP_011512890 (OMIM: 611643) PREDICTED: zinc finger ( 516) 992 128.1 6.9e-29
XP_011540503 (OMIM: 611703) PREDICTED: zinc finger ( 452) 960 124.3 8.2e-28
NP_001070663 (OMIM: 611703) zinc finger protein 43 ( 470) 960 124.3 8.4e-28
NP_085137 (OMIM: 611703) zinc finger protein 436 [ ( 470) 960 124.3 8.4e-28
XP_016882723 (OMIM: 603899) PREDICTED: zinc finger ( 518) 953 123.6 1.5e-27
NP_001243102 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 ( 531) 953 123.6 1.6e-27
XP_011526566 (OMIM: 603899) PREDICTED: zinc finger ( 536) 953 123.6 1.6e-27
NP_003420 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 is ( 595) 953 123.7 1.7e-27
NP_001243100 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 ( 625) 953 123.7 1.7e-27
XP_011526565 (OMIM: 603899) PREDICTED: zinc finger ( 640) 953 123.7 1.7e-27
NP_009066 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 is ( 498) 944 122.5 3.1e-27
XP_011515622 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 499) 942 122.3 3.6e-27
XP_016869365 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 499) 942 122.3 3.6e-27
NP_001273699 (OMIM: 194526) zinc finger protein 34 ( 520) 942 122.3 3.7e-27
XP_011515620 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 539) 942 122.4 3.8e-27
NP_001273698 (OMIM: 194526) zinc finger protein 34 ( 539) 942 122.4 3.8e-27
XP_016869364 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 539) 942 122.4 3.8e-27
XP_011515618 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 539) 942 122.4 3.8e-27
XP_011515617 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 539) 942 122.4 3.8e-27
NP_085057 (OMIM: 194526) zinc finger protein 34 is ( 560) 942 122.4 3.9e-27
XP_011515616 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 560) 942 122.4 3.9e-27
XP_016869362 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 560) 942 122.4 3.9e-27
XP_016869363 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 560) 942 122.4 3.9e-27
XP_016869361 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 560) 942 122.4 3.9e-27
NP_001265220 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 410) 936 121.5 5.3e-27
XP_006716174 (OMIM: 194510) PREDICTED: zinc finger ( 410) 936 121.5 5.3e-27
XP_016868072 (OMIM: 194510) PREDICTED: zinc finger ( 410) 936 121.5 5.3e-27
NP_001265221 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 410) 936 121.5 5.3e-27
XP_016868071 (OMIM: 194510) PREDICTED: zinc finger ( 410) 936 121.5 5.3e-27
NP_001265213 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 446) 936 121.5 5.5e-27
NP_001265216 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 446) 936 121.5 5.5e-27
NP_116313 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 iso ( 446) 936 121.5 5.5e-27
NP_001265219 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 446) 936 121.5 5.5e-27
NP_001305064 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 446) 936 121.5 5.5e-27
NP_001305065 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 453) 936 121.6 5.6e-27
NP_001273625 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 935 121.5 6.2e-27
NP_001273626 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 935 121.5 6.2e-27
NP_001309189 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 935 121.5 6.2e-27
XP_006717342 (OMIM: 194552) PREDICTED: zinc finger ( 474) 935 121.5 6.2e-27
>>XP_011514861 (OMIM: 601260) PREDICTED: zinc finger pro (563 aa)
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Smith-Waterman score: 1132; 37.9% identity (64.4% similar) in 554 aa overlap (20-547:1-539)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MNSSLTAQRRGSDAELGPWVMAARSKDA------APSQRDGLLPVKVEEDSPGS--WEPN
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10 20 30 40
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pF1KB7 ERLDPARR----DFCRESAQKD--SGSTVPPSLESRVENKELIPMQQILEEAEPQGQLQE
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>>NP_001333510 (OMIM: 601260) zinc finger protein with K (563 aa)
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pF1KB7 MNSSLTAQRRGSDAELGPWVMAARSKDA------APSQRDGLLPVKVEEDSPGS--WEPN
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>>NP_003430 (OMIM: 601260) zinc finger protein with KRAB (563 aa)
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>>NP_001273983 (OMIM: 601260) zinc finger protein with K (527 aa)
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pF1KB7 AAPSQRDGLLPVKVEEDSPGSWEPNYPAASPDPETSRLHFRQLRYQEVAGPEEALSRLRE
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pF1KB7 LCRRWLRPELLSKEQILELLVLEQFLTILPEELQAWVREHCPESGEEAVAVVRALQRALD
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: . :.: . . . :::... :. .:..:. .: : :.::.
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:: .:. :. : . . : . . : . . . .. : . . :
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pF1KB7 EAEGLNSISDVNKNGSIEGED----SKNNELQNSARCSNLVLCQHIPKAERPTDSEEHGN
. . : : ..: ..:. :: . ..:: .. . .. .:. . . :.
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pF1KB7 KCKQSFHMVTWHVLKPHKSDSGDSFHHSSLFETQRQLHEER-PYKCGN-CGKSFKQRSDL
. ... . : . .: ::: .. . .. . :: : . :. :.::. :..
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pF1KB7 FRHQRIHTGEKPYGCQECGKSFSQSAALTKHQRTHTGEKPYTCLKCGERFRQNSHLNRHQ
... :: : . :.:::: :..:..: .:. ::::::: : .::. : ::.: ::
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::::: :: ::: ::... :: :.:::: :::::: .::. : .:. : :.:::
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560
pF1KB7 SAGRGGSRL
NP_001 SEYSPASLDAFGAFLKSCV
510 520
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:::: : .::.. ::.. ::.::::::.:
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pF1KB7 LCRRWLRPELLSKEQILELLVLEQFLTILPEELQAWVREHCPESGEEAVAVVRALQRALD
::..:::::. .::::::::::::::.:::.:::.:..:. :.::::::.... :. :.
NP_001 LCHQWLRPEINTKEQILELLVLEQFLSILPKELQVWLQEYRPDSGEEAVTLLEDLELDLS
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pF1KB7 GTSSQGMVTFEDTAVSLTWEEWERLDPARR----DFCRESAQKD--SGSTVPPSLESRVE
: . :.: . . . :::... :. .:..:. .: : :.::.
NP_001 GQQVPGQVHGPE----MLARGMVPLDPVQESSSFDLHHEATQSHFKHSSRKPRLLQSRAL
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pF1KB7 NKELIPMQQILEEAEPQGQLQEA--FQGKRPLFSKCGSTHEDRVEKQSGDPLPLKLENSP
:: .:. :. : . . : . . : . . . .. : . . :
NP_001 PAAHIPAPP--HEGSPRDQAMASALFTADSQAMVKIEDMAVSLILEEWGCQNLARRNLSR
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pF1KB7 EAEGLNSISDVNKNGSIEGED----SKNNELQNSARCSNLVLCQHIPKAERPTDSEEHGN
. . : : ..: ..:. :: . ..:: .. . .. .:. . . :.
NP_001 DNRQENYGSAFPQGGENRNENEESTSKAETSEDSASRGETTGRSQKEFGEKRDQEGKTGE
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pF1KB7 KCKQSFHMVTWHVLKPHKSDSGDSFHHSSLFETQRQLHEER-PYKCGN-CGKSFKQRSDL
. ... . : . .: ::: .. . .. . :: : . :. :.::. :..
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pF1KB7 FRHQRIHTGEKPYGCQECGKSFSQSAALTKHQRTHTGEKPYTCLKCGERFRQNSHLNRHQ
... :: : . :.:::: :..:..: .:. ::::::: : .::. : ::.: ::
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pF1KB7 STHSRDKHFKCEECGET-CHISNLFRHQRLHKGERPYKCEECEKSFKQRSDLFKHHRIHT
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560
pF1KB7 SAGRGGSRL
NP_001 SEYSPASLDAFGAFLKSCV
510 520
>>XP_011529614 (OMIM: 300627) PREDICTED: zinc finger pro (518 aa)
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pF1KB7 EAEGLNSISDV-----NKNG---SIEGEDSKNNELQNSARCSNLVLCQ----HIPKAERP
.. :.. ... .: : .::.:.. ... . . .: . . : ..
XP_011 WVKELQDSKEMKQLLDSKIGFEIGIENEEDTSKQKKMETMYPFIVTLEGNALQGPILQKD
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pF1KB7 -TDSEEHGNKCKQSFHMVTWHVLKPHKSDSGDSFHHSSLFET------QRQLHEERPYKC
.. :.. . .... ... .. :.. ..:.: : ... :.:..:
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pF1KB7 LIRHQRIHQNKVLSAGRGGSRL
:: :: :
XP_011 LIMHQVTHFRGLI
510
>>NP_689908 (OMIM: 300627) zinc finger protein 449 [Homo (518 aa)
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pF1KB7 APSQRDGLLPVKVEEDSPGSWEPNYPAASPDPETSRLHFRQLRYQEVAGPEEALSRLREL
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pF1KB7 EAEGLNSISDV-----NKNG---SIEGEDSKNNELQNSARCSNLVLCQ----HIPKAERP
.. :.. ... .: : .::.:.. ... . . .: . . : ..
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pF1KB7 -TDSEEHGNKCKQSFHMVTWHVLKPHKSDSGDSFHHSSLFET------QRQLHEERPYKC
.. :.. . .... ... .. :.. ..:.: : ... :.:..:
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pF1KB7 GNCGKSFKQRSDLFRHQRIHTGEKPYGCQECGKSFSQSAALTKHQRTHTGEKPYTCLKCG
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pF1KB7 ERFRQNSHLNRHQSTHSRDKHFKCEECGET-CHISNLFRHQRLHKGERPYKCEECEKSFK
.:: . ::: :: :::... .:: :::.. :: :.: :: . : ::.:..:..: :::.
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pF1KB7 QRSDLFKHHRIHTGEKPYGCSVCGKRFNQSATLIKHQRIHTGEKPYKCLECGERFRQSTH
. . : :.: :: :.:. :. ::: : : .:. : ::::::::::: .:.. ::: .
NP_689 RLTALTLHQRTHTEERPFKCNYCGKSFRQRPSLVIHLRIHTGEKPYKCTHCSKSFRQRAG
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pF1KB7 LIRHQRIHQNKVLSAGRGGSRL
:: :: :
NP_689 LIMHQVTHFRGLI
510
>>XP_006720895 (OMIM: 604191) PREDICTED: zinc finger pro (644 aa)
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pF1KB7 NSSLTAQRRGSDAELGPWVMAARSKDAAPSQRDGLLPVKVEEDSPGSWEPNYPAASPDPE
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pF1KB7 TSRLHFRQLRYQEVAGPEEALSRLRELCRRWLRPELLSKEQILELLVLEQFLTILPEELQ
.:.:.::..:.::.:::.::::::.:::. :::::. .::::::::::::::::::.:.:
XP_006 ASHLRFRRFRFQEAAGPREALSRLQELCHGWLRPEMRTKEQILELLVLEQFLTILPQEIQ
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pF1KB7 AWVREHCPESGEEAVAVVRALQRALDGTSSQGMVTFEDTAVSLTWEEWERLDPARRDFCR
. :.: ::::::::..:. .:: : .: :: . .. . :: :. ::..
XP_006 SRVQELHPESGEEAVTLVEDMQRELGRLRQQ--VTNHGRGTEVLLEEPLPLETARESPSF
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pF1KB7 ESAQKDSGSTVPPSLESRVENKELI-PMQQILEEAEPQGQLQEAFQGKR-PLFSKCGSTH
. .. . : :. ::. : : .::. ..:... :: :.
XP_006 KLEPMETERSPGPRLQ------ELLGPSPQ----RDPQAVKERALSAPWLSLFPPEGNM-
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pF1KB7 EDRVEKQSGDPLPLKLEN-------------SPEAEGL--NSISDVNKNGSIEGEDSKNN
::. ...: :: .::. .: ..: ..... .: . ::.. .:
XP_006 EDK--EMTGPQLPESLEDVAMYISQEEWGHQDPSKRALSRDTVQESYENVDSLGEEKFEN
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pF1KB7 ELQNSARCS-NL---VLCQHIPKAERPTDSEEHGNKCKQSFHMVTWHVLKPHKSDSGDSF
. :: :. :: ..: : : : : .: . : : .. ...
XP_006 LEGVPSVCSENIHPQVLLPDQARGEVPW-SPELGRPHDRS--QGDWA--PPPEGGMEQAL
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pF1KB7 HH-SSLFETQR--QLHEERPYKCGNCGKSFKQRSDLFRHQRIHT----------------
:: : : .:. .. . : :::.:.. :.:.::::::.
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pF1KB7 ------------GEKPYGCQECGKSFSQSAALTKHQRTHTGEKPYTCLKCGERFRQNSHL
::. . : :::: :::.. ::.::::::::::: : ::. : ::.:
XP_006 NPRFLSLHRAHLGEEAHKCLECGKCFSQNTHLTRHQRTHTGEKPYQCNICGKCFSCNSNL
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pF1KB7 NRHQSTHSRDKHFKCEECGET-CHISNLFRHQRLHKGERPYKCEECEKSFKQRSDLFKHH
.::: ::. .: .:: :::: : :::.::::.: ::::::: :: :::.. : : :.
XP_006 HRHQRTHTGEKPYKCPECGEIFAHSSNLLRHQRIHTGERPYKCPECGKSFSRSSHLVIHE
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pF1KB7 RIHTGEKPYGCSVCGKRFNQSATLIKHQRIHTGEKP-YKCLECGERFRQSTHLIRHQRIH
: : :. : : ::. ..:. .. .. : .:: ..:: ::. :::. :: :::: :
XP_006 RTHERERLYPFSECGEAVSDSTPFLTNHGAHKAEKKLFECLTCGKSFRQGMHLTRHQRTH
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pF1KB7 QNKVLSAGRGGSRL
XP_006 TGEKPYKCTLCGENFSHRSNLIRHQRIHTGEKPYTCHECGDSFSHSSNRIRHLRTHTGER
560 570 580 590 600 610
>--
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Smith-Waterman score: 396; 61.4% identity (81.9% similar) in 83 aa overlap (355-437:561-643)
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pF1KB7 TWHVLKPHKSDSGDSFHHSSLFETQRQLHEERPYKCGNCGKSFKQRSDLFRHQRIHTGEK
:.:::: ::..:..::.:.::::::::::
XP_006 AEKKLFECLTCGKSFRQGMHLTRHQRTHTGEKPYKCTLCGENFSHRSNLIRHQRIHTGEK
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pF1KB7 PYGCQECGKSFSQSAALTKHQRTHTGEKPYTCLKCGERFRQNSHLNRHQSTHSRDKHFKC
:: :.::: :::.:. .: ::::::.:: : .::: : ..:.: :: ::.
XP_006 PYTCHECGDSFSHSSNRIRHLRTHTGERPYKCSECGESFSRSSRLMSHQRTHTG
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pF1KB7 EECGETCHISNLFRHQRLHKGERPYKCEECEKSFKQRSDLFKHHRIHTGEKPYGCSVCGK
>>NP_061983 (OMIM: 611643) zinc finger protein with KRAB (545 aa)
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Smith-Waterman score: 1117; 37.3% identity (61.7% similar) in 579 aa overlap (18-550:5-540)
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pF1KB7 MNSSLTAQRRGSDAELGPWVMAARSKDAAPSQRDGLLPVKVEEDSPGSWEPNYPAA-SP-
: :: . ..: .: ::: ::::.. .. . : ::
NP_061 MAREPRKNAALDAQSAEDQT-GLLTVKVEKEEASALTAEVRAPCSPA
10 20 30 40
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pF1KB7 -DPETSRLHFRQLRYQEVAGPEEALSRLRELCRRWLRPELLSKEQILELLVLEQFLTILP
:: :: .:: .:: :.:::.:::::::::: .::.::. :::::::::::::::::::
NP_061 RGPERSRQRFRGFRYPEAAGPREALSRLRELCGQWLQPEMHSKEQILELLVLEQFLTILP
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]