Result of FASTA (omim) for
pF1KB7879
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7879, 575 aa
1>>>pF1KB7879 575 - 575 aa - 575 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4232+/-0.000785; mu= 15.9240+/- 0.048
mean_var=343.9383+/-67.686, 0's: 0 Z-trim(113.3): 2012 B-trim: 133 in 2/48
Lambda= 0.069157
statistics sampled from 20261 (22573) to 20261 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.601), E-opt: 0.2 (0.265), width: 16
Scan time: 8.990
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_005764 (OMIM: 606956) zinc finger protein 256 [ ( 627) 2246 239.6 2.3e-62
NP_942152 (OMIM: 601856) zinc finger protein 211 i ( 564) 2090 223.9 1.1e-57
NP_006376 (OMIM: 601856) zinc finger protein 211 i ( 577) 2088 223.8 1.2e-57
NP_001252529 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 503) 1940 208.9 3.3e-53
NP_001252528 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 555) 1892 204.2 9.4e-52
NP_001252527 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 616) 1892 204.2 9.9e-52
NP_001309235 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 627) 1892 204.3 1e-51
NP_001252526 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 629) 1892 204.3 1e-51
XP_016881627 (OMIM: 606956) PREDICTED: zinc finger ( 474) 1672 182.1 3.6e-45
NP_001316385 (OMIM: 613840) zinc finger protein 30 ( 567) 1630 178.0 7.1e-44
NP_001277248 (OMIM: 613840) zinc finger protein 30 ( 617) 1630 178.1 7.3e-44
NP_065708 (OMIM: 613840) zinc finger protein 304 i ( 659) 1630 178.2 7.5e-44
XP_011525447 (OMIM: 613840) PREDICTED: zinc finger ( 664) 1630 178.2 7.6e-44
NP_001277247 (OMIM: 613840) zinc finger protein 30 ( 706) 1630 178.2 7.8e-44
NP_998763 (OMIM: 616847) zinc finger protein 543 [ ( 600) 1573 172.4 3.7e-42
NP_003408 (OMIM: 604668) zinc finger protein 264 [ ( 627) 1563 171.4 7.6e-42
XP_011543981 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1566 172.2 7.8e-42
NP_001304845 (OMIM: 616290) zinc finger protein 65 (1059) 1566 172.2 7.8e-42
XP_016870103 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1566 172.2 7.8e-42
NP_149350 (OMIM: 616290) zinc finger protein 658 [ (1059) 1566 172.2 7.8e-42
XP_005272572 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1566 172.2 7.8e-42
NP_001305822 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 675) 1561 171.3 9e-42
XP_011513163 (OMIM: 602277) PREDICTED: zinc finger ( 675) 1561 171.3 9e-42
NP_001305821 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 1561 171.4 9.4e-42
NP_009080 (OMIM: 602277) zinc finger protein 184 i ( 751) 1561 171.4 9.4e-42
NP_001305820 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 1561 171.4 9.4e-42
NP_001159354 (OMIM: 604753) zinc finger protein 26 ( 864) 1560 171.4 1.1e-41
NP_001159353 (OMIM: 604753) zinc finger protein 26 ( 947) 1560 171.5 1.1e-41
NP_003406 (OMIM: 604753) zinc finger protein 268 i ( 947) 1560 171.5 1.1e-41
NP_001278562 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 665) 1548 170.0 2.2e-41
NP_001265438 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 665) 1548 170.0 2.2e-41
NP_001265437 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 667) 1548 170.0 2.2e-41
NP_001275688 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 691) 1548 170.0 2.2e-41
NP_037388 (OMIM: 606740) zinc finger protein 180 i ( 692) 1548 170.0 2.2e-41
XP_011525582 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 734) 1548 170.1 2.3e-41
NP_001311081 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1545 169.7 2.8e-41
NP_001311070 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1545 169.7 2.8e-41
NP_001311072 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1545 169.7 2.8e-41
NP_001311074 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1545 169.7 2.8e-41
NP_001311068 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1545 169.7 2.8e-41
NP_001311078 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1545 169.7 2.8e-41
NP_001311086 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 743) 1545 169.8 2.8e-41
NP_001311085 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 745) 1545 169.8 2.8e-41
NP_001311069 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1545 169.8 2.9e-41
NP_001311073 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1545 169.8 2.9e-41
NP_001311079 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1545 169.8 2.9e-41
NP_001311076 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1545 169.8 2.9e-41
XP_016885306 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 779) 1545 169.8 2.9e-41
NP_700359 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 is ( 779) 1545 169.8 2.9e-41
NP_009061 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 is ( 779) 1545 169.8 2.9e-41
>>NP_005764 (OMIM: 606956) zinc finger protein 256 [Homo (627 aa)
initn: 4653 init1: 1709 opt: 2246 Z-score: 1240.5 bits: 239.6 E(85289): 2.3e-62
Smith-Waterman score: 2246; 56.0% identity (77.9% similar) in 571 aa overlap (1-570:1-569)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MAAAVPRRPTQQGTVTFEDVAVNFSQEEWCLLSEAQRCLYRDVMLENLALISSLGCWCGS
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NP_005 MAAAELTAPAQ-GIVTFEDVAVYFSWKEWGLLDEAQKCLYHDVMLENLTLTTSLGG-SGA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 KDEEAPCKQRISVQRESQSRTPRAGVSPKKAHPCEMCGLILEDVFHFADHQETHHKQKLN
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NP_005 GDEEAPYQQSTSPQRVSQVRIPKALPSPQKTNPCEICGPVLRQILHLVEHQGTHHGQKLY
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 RSGACGKNLDDTAYLHQHQKQHIGEKFYRKSVREASFVKKRKLRVSQEPFVFREFGKDVL
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NP_005 TDGACRKQLQFTAYLHQHQKQHVGQKHFRSNGGRDMFLSSCTFEVSGKPFTCKEVGKDFL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB7 PSSGLCQEEAA-VEKTDSETMHGPPFQEGKTNYSCGKRTKAFSTKHSVIPHQKLFTRDGC
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NP_005 VRSRFLQQQAAHTRKKSNRTKSAVAFHSVKNHYNWGECVKAFSYKHVRVQHQGDLIRERS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 YVCSDCGKSFSRYVSFSNHQRDHTAKGPYDCGECGKSYSRKSSLIQHQRVHTGQTAYPCE
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NP_005 YMCSECGKSFSTSCSLSDHLRVHTSEKPYTCGECGKSYRQSSSLITHRRIHTGVRPHQCD
240 250 260 270 280 290
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pF1KB7 ECGKSFSQKGSLISHQLVHTGEGPYECRECGKSFGQKGNLIQHQQGHTGERAYHCGECGK
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NP_005 ECGKLFNRKYDLLIHQRVHTGERPYKCSECGKSFSHSSSLITHQRIHTGMRPYECSECGK
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pF1KB7 SFRQKFCFINHQRVHTGERPYKCGECGKSFGQKGNLVHHQRGHTGERPYECKECGKSFRY
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NP_005 SFIHSSSLITHQRVHTGTRPYMCSECGKSFSQSCHLIKHRRLHIGEGPYECSECGKLFTY
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pF1KB7 RSHLTEHQRLHTGERPYNCRECGKLFNRKYHLLVHERVHTGERPYACEVCGKLFGNKHSV
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NP_005 RSRFFQHQRVHTGVRSHECHECGKLFSRKFDLIVHERVHTGERPYECSECGKSFTCKSYL
420 430 440 450 460 470
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pF1KB7 TIHQRIHTGERPYECSECGKSFLSSSALHVHKRVHSGQKPYKCSECGKSFSECSSLIKHR
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NP_005 ISHWKVHTGARPYECGECGKSFTHSSTLLQHQRVHTGERPYECNECGKFFSQSSSLIRHR
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540 550 560 570
pF1KB7 RIHTGERPYECTKCGKTFQRSSTLLHHQSSHRRKAL
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NP_005 RSHTGERPYECSECWKSFSNHSSLVKHRRVHTGERPYECSECGKSFSQSSNLTNHQRIHS
540 550 560 570 580 590
NP_005 GERPYECSDCGKFFTFNSNLLKHQNVHKG
600 610 620
>>NP_942152 (OMIM: 601856) zinc finger protein 211 isofo (564 aa)
initn: 2668 init1: 1513 opt: 2090 Z-score: 1156.8 bits: 223.9 E(85289): 1.1e-57
Smith-Waterman score: 2090; 54.1% identity (77.8% similar) in 549 aa overlap (1-547:21-564)
10 20 30 40
pF1KB7 MAAAVPRRPTQQGTVTFEDVAVNFSQEEWCLLSEAQRCLY
::.:. : :.. :.:::::::: :: ::: ::.:::. ::
NP_942 MLGFPPGRPQLPVQLRPQTRMATAL-RDPAS-GSVTFEDVAVYFSWEEWDLLDEAQKHLY
10 20 30 40 50
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pF1KB7 RDVMLENLALISSLGCWCGSKDEEAPCKQRISVQRESQSRTPRAGVSPKKAHPCEMCGLI
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NP_942 FDVMLENFALTSSLGCWCGVEHEETPSEQRISGERVPQFRTSKEGSSSQNADSCEICCLV
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pF1KB7 LEDVFHFADHQETHHKQKLNRSGACGKNLDDTAYLHQHQKQHIGEKFYRKSVREASFVKK
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pF1KB7 RKLRVSQEPFVFREFGKDVLPSSGLCQEEAAV--EKTDSETMHGPPFQEGKTNYSCGKRT
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NP_942 CIVHVSEKPFTCREIRKDFLANMRFLHQDATQTGEKPNNSNKCAVAFYSGKSHHNWGKCS
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pF1KB7 KAFSTKHSVIPHQKLFTRDGCYVCSDCGKSFSRYVSFSNHQRDHTAKGPYDCGECGKSYS
:::: ... :...::.: . :: :::. .: .. .::. :. . ::.:.:::: ..
NP_942 KAFSHIDTLVQDQRILTREGLFECSKCGKACTRRCNLIQHQKVHSEERPYECNECGKFFT
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pF1KB7 RKSSLIQHQRVHTGQTAYPCEECGKSFSQKGSLISHQLVHTGEGPYECRECGKSFGQKGN
::.: :::::::. : : :::::::: :: ::. ::::: :::: ::::::.:..:
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pF1KB7 LIQHQQGHTGERAYHCGECGKSFRQKFCFINHQRVHTGERPYKCGECGKSFGQKGNLVHH
:.::.. ::::: :.:.:::::: :.: .: ::::::::::..:.::::::.....:.::
NP_942 LMQHRRVHTGERPYECSECGKSFSQNFSLIYHQRVHTGERPHECNECGKSFSRSSSLIHH
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pF1KB7 QRGHTGERPYECKECGKSFRYRSHLTEHQRLHTGERPYNCRECGKLFNRKYHLLVHERVH
.: :::::::::..:::::. : .. :...::::::: : :::: :... .: :.:::
NP_942 RRLHTGERPYECSKCGKSFKQSSSFSSHRKVHTGERPYVCGECGKSFSHSSNLKNHQRVH
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pF1KB7 TGERPYACEVCGKLFGNKHSVTIHQRIHTGERPYECSECGKSFLSSSALHVHKRVHSGQK
::::: : :.: :. : .. : :.:::::::::::::::: .::.: :.:::.:..
NP_942 TGERPVECSECSKSFSCKSNLIKHLRVHTGERPYECSECGKSFSQSSSLIQHRRVHTGKR
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pF1KB7 PYKCSECGKSFSECSSLIKHRRIHTGERPYECTKCGKTFQRSSTLLHHQSSHRRKAL
::.::.:::::. : ::.:.:.: ::.:
NP_942 PYQCSQCGKSFGCKSVLIQHQRVHIGEKP
540 550 560
>>NP_006376 (OMIM: 601856) zinc finger protein 211 isofo (577 aa)
initn: 2668 init1: 1513 opt: 2088 Z-score: 1155.6 bits: 223.8 E(85289): 1.2e-57
Smith-Waterman score: 2088; 54.5% identity (77.9% similar) in 538 aa overlap (12-547:43-577)
10 20 30 40
pF1KB7 MAAAVPRRPTQQGTVTFEDVAVNFSQEEWCLLSEAQRCLYR
::.:::::::: :: ::: ::.:::. ::
NP_006 VQLRPQTRMATALRDPASVPIATEVLFKLTQGSVTFEDVAVYFSWEEWDLLDEAQKHLYF
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50 60 70 80 90 100
pF1KB7 DVMLENLALISSLGCWCGSKDEEAPCKQRISVQRESQSRTPRAGVSPKKAHPCEMCGLIL
::::::.:: :::::::: . ::.: .:::: .: : :: . : : ..: ::.: :.:
NP_006 DVMLENFALTSSLGCWCGVEHEETPSEQRISGERVPQFRTSKEGSSSQNADSCEICCLVL
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 EDVFHFADHQETHHKQKLNRSGACGKNLDDTAYLHQHQKQHIGEKFYRKSVREASFVKKR
.:..:.:.:: :. :::. .:::.. .: :.:::.::: : .:. : :::...
NP_006 RDILHLAEHQGTNCGQKLH---TCGKQFYISANLQQHQRQHITEAPFRSYVDTASFTQSC
140 150 160 170 180
170 180 190 200 210
pF1KB7 KLRVSQEPFVFREFGKDVLPSSGLCQEEAAV--EKTDSETMHGPPFQEGKTNYSCGKRTK
..::..::. ::. :: : . . ...:. :: .. . . : ::.... :: .:
NP_006 IVHVSEKPFTCREIRKDFLANMRFLHQDATQTGEKPNNSNKCAVAFYSGKSHHNWGKCSK
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 AFSTKHSVIPHQKLFTRDGCYVCSDCGKSFSRYVSFSNHQRDHTAKGPYDCGECGKSYSR
::: ... :...::.: . :: :::. .: .. .::. :. . ::.:.:::: ..
NP_006 AFSHIDTLVQDQRILTREGLFECSKCGKACTRRCNLIQHQKVHSEERPYECNECGKFFTY
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pF1KB7 KSSLIQHQRVHTGQTAYPCEECGKSFSQKGSLISHQLVHTGEGPYECRECGKSFGQKGNL
::.: :::::::. : : :::::::: :: ::. ::::: :::: ::::::.:..::
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pF1KB7 IQHQQGHTGERAYHCGECGKSFRQKFCFINHQRVHTGERPYKCGECGKSFGQKGNLVHHQ
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NP_006 MQHRRVHTGERPYECSECGKSFSQNFSLIYHQRVHTGERPHECNECGKSFSRSSSLIHHR
370 380 390 400 410 420
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NP_006 RLHTGERPYECSKCGKSFKQSSSFSSHRKVHTGERPYVCGECGKSFSHSSNLKNHQRVHT
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pF1KB7 GERPYACEVCGKLFGNKHSVTIHQRIHTGERPYECSECGKSFLSSSALHVHKRVHSGQKP
:::: : :.: :. : .. : :.:::::::::::::::: .::.: :.:::.:..:
NP_006 GERPVECSECSKSFSCKSNLIKHLRVHTGERPYECSECGKSFSQSSSLIQHRRVHTGKRP
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pF1KB7 YKCSECGKSFSECSSLIKHRRIHTGERPYECTKCGKTFQRSSTLLHHQSSHRRKAL
:.::.:::::. : ::.:.:.: ::.:
NP_006 YQCSQCGKSFGCKSVLIQHQRVHIGEKP
550 560 570
>>NP_001252529 (OMIM: 601856) zinc finger protein 211 is (503 aa)
initn: 2668 init1: 1513 opt: 1940 Z-score: 1076.3 bits: 208.9 E(85289): 3.3e-53
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20 30 40 50 60 70
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::::.:: :::::::: . ::.: .::::
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::. : .. :...::::::: : :::: :... .: :.:::::::: : :.: :.
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: .. : :.:::::::::::::::: .::.: :.:::.:..::.::.:::::. : :
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610
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30 40 50 60 70 80
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pF1KB7 IGEKFYRKSVREASFVKKRKLRVSQEPFVFREFGKDVLPSSGLCQEEAAV--EKTDSETM
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. : ::.... :: .:::: ... :...::.: . :: :::. .: .. .::.
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pF1KB7 DHTAKGPYDCGECGKSYSRKSSLIQHQRVHTGQTAYPCEECGKSFSQKGSLISHQLVHTG
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pF1KB7 DVLPSSGLCQEEAAV--EKTDSETMHGPPFQEGKTNYSCGKRTKAFSTKHSVIPHQKLFT
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620
>>XP_016881627 (OMIM: 606956) PREDICTED: zinc finger pro (474 aa)
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pF1KB7 QEEAA-VEKTDSETMHGPPFQEGKTNYSCGKRTKAFSTKHSVIPHQKLFTRDGCYVCSDC
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