Result of FASTA (omim) for
pF1KB7994
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7994, 447 aa
1>>>pF1KB7994 447 - 447 aa - 447 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.8151+/-0.000353; mu= 6.2024+/- 0.022
mean_var=138.8937+/-30.031, 0's: 0 Z-trim(117.4): 75 B-trim: 16 in 3/56
Lambda= 0.108826
statistics sampled from 29317 (29392) to 29317 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.708), E-opt: 0.2 (0.345), width: 16
Scan time: 8.880
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001071121 (OMIM: 606061,611363) T-box transcrip ( 447) 2952 475.0 1.8e-133
NP_001159692 (OMIM: 606061,611363) T-box transcrip ( 297) 1945 316.8 4.9e-86
XP_016867945 (OMIM: 606061,611363) PREDICTED: T-bo ( 248) 1635 268.1 1.9e-71
XP_016866962 (OMIM: 143100,143400,604613) PREDICTE ( 376) 947 160.2 8.8e-39
NP_001073977 (OMIM: 143100,143400,604613) T-box tr ( 607) 947 160.3 1.3e-38
XP_011534549 (OMIM: 143100,143400,604613) PREDICTE ( 379) 940 159.1 1.9e-38
XP_006715665 (OMIM: 143100,143400,604613) PREDICTE ( 364) 938 158.7 2.3e-38
XP_011534551 (OMIM: 143100,143400,604613) PREDICTE ( 372) 937 158.6 2.6e-38
XP_011534550 (OMIM: 143100,143400,604613) PREDICTE ( 377) 937 158.6 2.6e-38
XP_005271218 (OMIM: 260660,604127) PREDICTED: T-bo ( 635) 933 158.1 6.3e-38
NP_689593 (OMIM: 260660,604127) T-box transcriptio ( 496) 930 157.6 7.1e-38
NP_001317606 (OMIM: 260660,604127) T-box transcrip ( 602) 931 157.8 7.5e-38
XP_016884415 (OMIM: 187500,188400,192430,217095,60 ( 495) 870 148.1 4.8e-35
XP_006724375 (OMIM: 187500,188400,192430,217095,60 ( 495) 870 148.1 4.8e-35
NP_542378 (OMIM: 187500,188400,192430,217095,60205 ( 495) 870 148.1 4.8e-35
XP_016884414 (OMIM: 187500,188400,192430,217095,60 ( 545) 870 148.2 5.2e-35
NP_005983 (OMIM: 187500,188400,192430,217095,60205 ( 372) 858 146.2 1.4e-34
NP_542377 (OMIM: 187500,188400,192430,217095,60205 ( 398) 856 145.9 1.8e-34
XP_016884417 (OMIM: 187500,188400,192430,217095,60 ( 448) 856 145.9 2e-34
NP_001103348 (OMIM: 300307,302905,303400) T-box tr ( 520) 851 145.2 4e-34
NP_058650 (OMIM: 300307,302905,303400) T-box trans ( 520) 851 145.2 4e-34
XP_005262193 (OMIM: 300307,302905,303400) PREDICTE ( 521) 850 145.0 4.4e-34
XP_016866961 (OMIM: 143100,143400,604613) PREDICTE ( 449) 843 143.9 8.4e-34
NP_005986 (OMIM: 604648) T-box transcription facto ( 385) 839 143.2 1.1e-33
XP_011543294 (OMIM: 604648) PREDICTED: T-box trans ( 430) 839 143.2 1.3e-33
XP_006724720 (OMIM: 300307,302905,303400) PREDICTE ( 350) 837 142.9 1.3e-33
NP_005987 (OMIM: 181450,601621) T-box transcriptio ( 723) 834 142.6 3.4e-33
NP_000183 (OMIM: 142900,601620) T-box transcriptio ( 518) 828 141.5 4.9e-33
NP_852259 (OMIM: 142900,601620) T-box transcriptio ( 518) 828 141.5 4.9e-33
XP_016875401 (OMIM: 142900,601620) PREDICTED: T-bo ( 534) 828 141.6 5e-33
NP_542448 (OMIM: 142900,601620) T-box transcriptio ( 468) 819 140.1 1.2e-32
NP_005985 (OMIM: 600747) T-box transcription facto ( 712) 821 140.5 1.4e-32
NP_004599 (OMIM: 122600,602427) T-box transcriptio ( 436) 808 138.4 3.7e-32
XP_005255580 (OMIM: 122600,602427) PREDICTED: T-bo ( 436) 808 138.4 3.7e-32
XP_011544228 (OMIM: 122600,602427) PREDICTED: T-bo ( 436) 808 138.4 3.7e-32
XP_016879103 (OMIM: 122600,602427) PREDICTED: T-bo ( 436) 808 138.4 3.7e-32
XP_011523797 (OMIM: 147891,601719) PREDICTED: T-bo ( 417) 807 138.2 4e-32
XP_011523793 (OMIM: 147891,601719) PREDICTED: T-bo ( 608) 807 138.3 5.5e-32
XP_011523792 (OMIM: 147891,601719) PREDICTED: T-bo ( 609) 807 138.3 5.5e-32
NP_060958 (OMIM: 147891,601719) T-box transcriptio ( 545) 804 137.8 6.9e-32
NP_001308049 (OMIM: 147891,601719) T-box transcrip ( 546) 804 137.8 6.9e-32
NP_001290404 (OMIM: 300307,302905,303400) T-box tr ( 400) 693 120.3 9.3e-27
XP_011529274 (OMIM: 300307,302905,303400) PREDICTE ( 400) 693 120.3 9.3e-27
NP_001103349 (OMIM: 300307,302905,303400) T-box tr ( 400) 693 120.3 9.3e-27
XP_016877522 (OMIM: 616061) PREDICTED: MAX gene-as (1439) 651 114.0 2.7e-24
XP_011519703 (OMIM: 616061) PREDICTED: MAX gene-as (1549) 651 114.0 2.9e-24
XP_016877519 (OMIM: 616061) PREDICTED: MAX gene-as (2207) 651 114.1 3.9e-24
NP_001074010 (OMIM: 616061) MAX gene-associated pr (2856) 651 114.1 4.8e-24
XP_005254310 (OMIM: 616061) PREDICTED: MAX gene-as (2906) 651 114.1 4.9e-24
XP_005254309 (OMIM: 616061) PREDICTED: MAX gene-as (2956) 651 114.1 4.9e-24
>>NP_001071121 (OMIM: 606061,611363) T-box transcription (447 aa)
initn: 2952 init1: 2952 opt: 2952 Z-score: 2517.4 bits: 475.0 E(85289): 1.8e-133
Smith-Waterman score: 2952; 100.0% identity (100.0% similar) in 447 aa overlap (1-447:1-447)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEFTASPKPQLSSRANAFSIAALMSSGGSKEKEATENTIKPLEQFVEKSSCAQPLGELTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MEFTASPKPQLSSRANAFSIAALMSSGGSKEKEATENTIKPLEQFVEKSSCAQPLGELTS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 LDAHGEFGGGSGSSPSSSSLCTEPLIPTTPIIPSEEMAKIACSLETKELWDKFHELGTEM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LDAHGEFGGGSGSSPSSSSLCTEPLIPTTPIIPSEEMAKIACSLETKELWDKFHELGTEM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 IITKSGRRMFPTIRVSFSGVDPEAKYIVLMDIVPVDNKRYRYAYHRSSWLVAGKADPPLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IITKSGRRMFPTIRVSFSGVDPEAKYIVLMDIVPVDNKRYRYAYHRSSWLVAGKADPPLP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 ARLYVHPDSPFTGEQLLKQMVSFEKVKLTNNELDQHGHIILNSMHKYQPRVHIIKKKDHT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ARLYVHPDSPFTGEQLLKQMVSFEKVKLTNNELDQHGHIILNSMHKYQPRVHIIKKKDHT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 ASLLNLKSEEFRTFIFPETVFTAVTAYQNQLITKLKIDSNPFAKGFRDSSRLTDIERESV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ASLLNLKSEEFRTFIFPETVFTAVTAYQNQLITKLKIDSNPFAKGFRDSSRLTDIERESV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 ESLIQKHSYARSPIRTYGGEEDVLGDESQTTPNRGSAFTTSDNLSLSSWVSSSSSFPGFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ESLIQKHSYARSPIRTYGGEEDVLGDESQTTPNRGSAFTTSDNLSLSSWVSSSSSFPGFQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 HPQSLTALGTSTASIATPIPHPIQGSLPPYSRLGMPLTPSAIASSMQGSGPTFPSFHMPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HPQSLTALGTSTASIATPIPHPIQGSLPPYSRLGMPLTPSAIASSMQGSGPTFPSFHMPR
370 380 390 400 410 420
430 440
pF1KB7 YHHYFQQGPYAAIQGLRHSSAVMTPFV
:::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YHHYFQQGPYAAIQGLRHSSAVMTPFV
430 440
>>NP_001159692 (OMIM: 606061,611363) T-box transcription (297 aa)
initn: 1945 init1: 1945 opt: 1945 Z-score: 1665.6 bits: 316.8 E(85289): 4.9e-86
Smith-Waterman score: 1945; 100.0% identity (100.0% similar) in 297 aa overlap (1-297:1-297)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEFTASPKPQLSSRANAFSIAALMSSGGSKEKEATENTIKPLEQFVEKSSCAQPLGELTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MEFTASPKPQLSSRANAFSIAALMSSGGSKEKEATENTIKPLEQFVEKSSCAQPLGELTS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 LDAHGEFGGGSGSSPSSSSLCTEPLIPTTPIIPSEEMAKIACSLETKELWDKFHELGTEM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LDAHGEFGGGSGSSPSSSSLCTEPLIPTTPIIPSEEMAKIACSLETKELWDKFHELGTEM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 IITKSGRRMFPTIRVSFSGVDPEAKYIVLMDIVPVDNKRYRYAYHRSSWLVAGKADPPLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IITKSGRRMFPTIRVSFSGVDPEAKYIVLMDIVPVDNKRYRYAYHRSSWLVAGKADPPLP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 ARLYVHPDSPFTGEQLLKQMVSFEKVKLTNNELDQHGHIILNSMHKYQPRVHIIKKKDHT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ARLYVHPDSPFTGEQLLKQMVSFEKVKLTNNELDQHGHIILNSMHKYQPRVHIIKKKDHT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 ASLLNLKSEEFRTFIFPETVFTAVTAYQNQLITKLKIDSNPFAKGFRDSSRLTDIERESV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ASLLNLKSEEFRTFIFPETVFTAVTAYQNQLITKLKIDSNPFAKGFRDSSRLTDIER
250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 ESLIQKHSYARSPIRTYGGEEDVLGDESQTTPNRGSAFTTSDNLSLSSWVSSSSSFPGFQ
>>XP_016867945 (OMIM: 606061,611363) PREDICTED: T-box tr (248 aa)
initn: 1635 init1: 1635 opt: 1635 Z-score: 1403.8 bits: 268.1 E(85289): 1.9e-71
Smith-Waterman score: 1635; 100.0% identity (100.0% similar) in 248 aa overlap (200-447:1-248)
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 LVAGKADPPLPARLYVHPDSPFTGEQLLKQMVSFEKVKLTNNELDQHGHIILNSMHKYQP
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MVSFEKVKLTNNELDQHGHIILNSMHKYQP
10 20 30
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 RVHIIKKKDHTASLLNLKSEEFRTFIFPETVFTAVTAYQNQLITKLKIDSNPFAKGFRDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RVHIIKKKDHTASLLNLKSEEFRTFIFPETVFTAVTAYQNQLITKLKIDSNPFAKGFRDS
40 50 60 70 80 90
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 SRLTDIERESVESLIQKHSYARSPIRTYGGEEDVLGDESQTTPNRGSAFTTSDNLSLSSW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SRLTDIERESVESLIQKHSYARSPIRTYGGEEDVLGDESQTTPNRGSAFTTSDNLSLSSW
100 110 120 130 140 150
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 VSSSSSFPGFQHPQSLTALGTSTASIATPIPHPIQGSLPPYSRLGMPLTPSAIASSMQGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VSSSSSFPGFQHPQSLTALGTSTASIATPIPHPIQGSLPPYSRLGMPLTPSAIASSMQGS
160 170 180 190 200 210
410 420 430 440
pF1KB7 GPTFPSFHMPRYHHYFQQGPYAAIQGLRHSSAVMTPFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GPTFPSFHMPRYHHYFQQGPYAAIQGLRHSSAVMTPFV
220 230 240
>>XP_016866962 (OMIM: 143100,143400,604613) PREDICTED: T (376 aa)
initn: 942 init1: 680 opt: 947 Z-score: 817.3 bits: 160.2 E(85289): 8.8e-39
Smith-Waterman score: 947; 52.3% identity (75.3% similar) in 287 aa overlap (69-352:104-376)
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 IKPLEQFVEKSSCAQPLGELTSLDAHGEFGGGSGSSPSSSSLCTEPLIPTTPIIPSEEMA
::: .. . :: : ::. :: .
XP_016 PARSGADLERGAAGGCEDGFQQGASPLASPGGSPKGSPARSLAR----PGTPL-PSPQAP
80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 KIACSLETKELWDKFHELGTEMIITKSGRRMFPTIRVSFSGVDPEAKYIVLMDIVPVDNK
.. .:. ::: .:::.::::::::.::::::..::..::.::. .: . :::::::::
XP_016 RV--DLQGAELWKRFHEIGTEMIITKAGRRMFPAMRVKISGLDPHQQYYIAMDIVPVDNK
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 RYRYAYHRSSWLVAGKADPPLPARLYVHPDSPFTGEQLLKQMVSFEKVKLTNNELDQHGH
::::.:: :.:.:::.:: :.: :.:.::::: .:: ..:..::.:.::::::::..::
XP_016 RYRYVYHSSKWMVAGNADSPVPPRVYIHPDSPASGETWMRQVISFDKLKLTNNELDDQGH
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 IILNSMHKYQPRVHIIKKK--DHTASLLNLKSEE-FRTFIFPETVFTAVTAYQNQLITKL
:::.::::::::::.:.: : . . . : : ..: :::::::.::::::: ::.:
XP_016 IILHSMHKYQPRVHVIRKDCGDDLSPIKPVPSGEGVKAFSFPETVFTTVTAYQNQQITRL
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 KIDSNPFAKGFRDSSRLTDIERESVESLIQKHSYARSPIRTYGGEEDVLGDESQTTPNRG
::: ::::::::::.: .: ..:.:...... : .:: ::. : .: .
XP_016 KIDRNPFAKGFRDSGR----NRMGLEALVESYAFWRPSLRTLT-FEDIPGIPKQ--DDTL
310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 SAFTTSDNLSLSSWVSSSSSFPGFQHPQSLTALGTSTASIATPIPHPIQGSLPPYSRLGM
.. : :: ..: .:
XP_016 TSAMTVDNHHDNNWKKS
360 370
>>NP_001073977 (OMIM: 143100,143400,604613) T-box transc (607 aa)
initn: 927 init1: 680 opt: 947 Z-score: 814.1 bits: 160.3 E(85289): 1.3e-38
Smith-Waterman score: 961; 46.9% identity (70.5% similar) in 369 aa overlap (69-421:115-457)
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 IKPLEQFVEKSSCAQPLGELTSLDAHGEFGGGSGSSPSSSSLCTEPLIPTTPIIPSEEMA
::: .. . :: : ::. :: .
NP_001 PARSGADLERGAAGGCEDGFQQGASPLASPGGSPKGSPARSLAR----PGTPL-PSPQAP
90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 KIACSLETKELWDKFHELGTEMIITKSGRRMFPTIRVSFSGVDPEAKYIVLMDIVPVDNK
.. .:. ::: .:::.::::::::.::::::..::..::.::. .: . :::::::::
NP_001 RV--DLQGAELWKRFHEIGTEMIITKAGRRMFPAMRVKISGLDPHQQYYIAMDIVPVDNK
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 RYRYAYHRSSWLVAGKADPPLPARLYVHPDSPFTGEQLLKQMVSFEKVKLTNNELDQHGH
::::.:: :.:.:::.:: :.: :.:.::::: .:: ..:..::.:.::::::::..::
NP_001 RYRYVYHSSKWMVAGNADSPVPPRVYIHPDSPASGETWMRQVISFDKLKLTNNELDDQGH
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 IILNSMHKYQPRVHIIKKK--DHTASLLNLKSEE-FRTFIFPETVFTAVTAYQNQLITKL
:::.::::::::::.:.: : . . . : : ..: :::::::.::::::: ::.:
NP_001 IILHSMHKYQPRVHVIRKDCGDDLSPIKPVPSGEGVKAFSFPETVFTTVTAYQNQQITRL
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 KIDSNPFAKGFRDSSRLTDIERESVESLIQKHSYARSPIRTYGGEEDVLGDESQTTPNRG
::: ::::::::::.: .: ..:.:...... : .:: ::. : :..:
NP_001 KIDRNPFAKGFRDSGR----NRMGLEALVESYAFWRPSLRTLT-FEDIPG-----IPKQG
320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]