Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8005
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8005, 748 aa
1>>>pF1KB8005 748 - 748 aa - 748 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7259+/-0.00102; mu= 12.3748+/- 0.061
mean_var=96.9426+/-19.412, 0's: 0 Z-trim(106.6): 122 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.130262
statistics sampled from 8965 (9098) to 8965 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.651), E-opt: 0.2 (0.279), width: 16
Scan time: 3.290
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32707.1 SMURF2 gene_id:64750|Hs108|chr17 ( 748) 5172 983.0 0
CCDS34690.1 SMURF1 gene_id:57154|Hs108|chr7 ( 757) 3539 676.2 5.3e-194
CCDS34689.1 SMURF1 gene_id:57154|Hs108|chr7 ( 731) 2919 559.6 6.1e-159
CCDS45876.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 834) 1466 286.6 1.1e-76
CCDS45875.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 854) 1466 286.6 1.1e-76
CCDS59323.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 947) 1466 286.6 1.2e-76
CCDS45873.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 955) 1466 286.6 1.2e-76
CCDS45874.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 967) 1466 286.6 1.2e-76
CCDS45872.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 975) 1466 286.6 1.2e-76
CCDS58632.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 911) 1417 277.4 6.9e-74
CCDS58769.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 ( 752) 1401 274.4 4.7e-73
CCDS13234.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 ( 862) 1401 274.4 5.3e-73
CCDS58768.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 ( 903) 1401 274.4 5.5e-73
CCDS45265.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 ( 900) 1395 273.3 1.2e-72
CCDS10156.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (1247) 1395 273.3 1.6e-72
CCDS61643.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (1303) 1395 273.3 1.7e-72
CCDS61644.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (1319) 1395 273.3 1.7e-72
CCDS58477.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 ( 431) 1384 271.1 2.6e-72
CCDS58476.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 ( 754) 1384 271.2 4.3e-72
CCDS10885.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 ( 870) 1384 271.2 4.9e-72
CCDS6242.1 WWP1 gene_id:11059|Hs108|chr8 ( 922) 1372 269.0 2.4e-71
CCDS77499.1 HECW2 gene_id:57520|Hs108|chr2 (1216) 1265 248.9 3.5e-65
CCDS33354.1 HECW2 gene_id:57520|Hs108|chr2 (1572) 1265 248.9 4.4e-65
CCDS69286.1 HECW1 gene_id:23072|Hs108|chr7 (1572) 1229 242.2 4.8e-63
CCDS5469.2 HECW1 gene_id:23072|Hs108|chr7 (1606) 1229 242.2 4.9e-63
CCDS35301.1 HUWE1 gene_id:10075|Hs108|chrX (4374) 1121 222.1 1.5e-56
CCDS5050.1 HACE1 gene_id:57531|Hs108|chr6 ( 909) 907 181.6 4.9e-45
CCDS32177.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 852) 681 139.1 2.8e-32
CCDS45191.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 872) 681 139.1 2.9e-32
CCDS45192.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 875) 681 139.1 2.9e-32
CCDS7274.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1049) 616 126.9 1.6e-28
CCDS41533.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1057) 616 126.9 1.6e-28
CCDS34789.1 UBE3C gene_id:9690|Hs108|chr7 (1083) 610 125.8 3.6e-28
CCDS34028.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4 (1050) 599 123.7 1.5e-27
CCDS3630.1 HERC5 gene_id:51191|Hs108|chr4 (1024) 534 111.5 6.9e-24
CCDS54777.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4 ( 986) 522 109.2 3.2e-23
CCDS47098.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4 (1022) 522 109.2 3.3e-23
CCDS41971.1 AREL1 gene_id:9870|Hs108|chr14 ( 823) 498 104.7 6.2e-22
CCDS9129.1 UBE3B gene_id:89910|Hs108|chr12 (1068) 499 104.9 6.8e-22
CCDS10021.1 HERC2 gene_id:8924|Hs108|chr15 (4834) 485 102.6 1.6e-20
CCDS45277.1 HERC1 gene_id:8925|Hs108|chr15 (4861) 474 100.5 6.7e-20
CCDS7414.1 HECTD2 gene_id:143279|Hs108|chr10 ( 776) 458 97.2 1.1e-19
CCDS60591.1 HECTD2 gene_id:143279|Hs108|chr10 ( 780) 458 97.2 1.1e-19
CCDS63145.1 TRIP12 gene_id:9320|Hs108|chr2 (1722) 388 84.1 2e-15
CCDS33391.1 TRIP12 gene_id:9320|Hs108|chr2 (1992) 388 84.2 2.2e-15
CCDS63146.1 TRIP12 gene_id:9320|Hs108|chr2 (2040) 388 84.2 2.3e-15
CCDS64946.1 UBR5 gene_id:51366|Hs108|chr8 (2798) 375 81.8 1.6e-14
CCDS34933.1 UBR5 gene_id:51366|Hs108|chr8 (2799) 375 81.8 1.6e-14
CCDS60541.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 ( 979) 343 75.6 4.2e-13
CCDS41939.1 HECTD1 gene_id:25831|Hs108|chr14 (2610) 331 73.5 4.7e-12
>>CCDS32707.1 SMURF2 gene_id:64750|Hs108|chr17 (748 aa)
initn: 5172 init1: 5172 opt: 5172 Z-score: 5255.1 bits: 983.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5172; 100.0% identity (100.0% similar) in 748 aa overlap (1-748:1-748)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSNPGGRRNGPVKLRLTVLCAKNLVKKDFFRLPDPFAKVVVDGSGQCHSTDTVKNTLDPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MSNPGGRRNGPVKLRLTVLCAKNLVKKDFFRLPDPFAKVVVDGSGQCHSTDTVKNTLDPK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 WNQHYDLYIGKSDSVTISVWNHKKIHKKQGAGFLGCVRLLSNAINRLKDTGYQRLDLCKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 WNQHYDLYIGKSDSVTISVWNHKKIHKKQGAGFLGCVRLLSNAINRLKDTGYQRLDLCKL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 GPNDNDTVRGQIVVSLQSRDRIGTGGQVVDCSRLFDNDLPDGWEERRTASGRIQYLNHIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GPNDNDTVRGQIVVSLQSRDRIGTGGQVVDCSRLFDNDLPDGWEERRTASGRIQYLNHIT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 RTTQWERPTRPASEYSSPGRPLSCFVDENTPISGTNGATCGQSSDPRLAERRVRSQRHRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RTTQWERPTRPASEYSSPGRPLSCFVDENTPISGTNGATCGQSSDPRLAERRVRSQRHRN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 YMSRTHLHTPPDLPEGYEQRTTQQGQVYFLHTQTGVSTWHDPRVPRDLSNINCEELGPLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 YMSRTHLHTPPDLPEGYEQRTTQQGQVYFLHTQTGVSTWHDPRVPRDLSNINCEELGPLP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 PGWEIRNTATGRVYFVDHNNRTTQFTDPRLSANLHLVLNRQNQLKDQQQQQVVSLCPDDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PGWEIRNTATGRVYFVDHNNRTTQFTDPRLSANLHLVLNRQNQLKDQQQQQVVSLCPDDT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 ECLTVPRYKRDLVQKLKILRQELSQQQPQAGHCRIEVSREEIFEESYRQVMKMRPKDLWK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ECLTVPRYKRDLVQKLKILRQELSQQQPQAGHCRIEVSREEIFEESYRQVMKMRPKDLWK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 RLMIKFRGEEGLDYGGVAREWLYLLSHEMLNPYYGLFQYSRDDIYTLQINPDSAVNPEHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RLMIKFRGEEGLDYGGVAREWLYLLSHEMLNPYYGLFQYSRDDIYTLQINPDSAVNPEHL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 SYFHFVGRIMGMAVFHGHYIDGGFTLPFYKQLLGKSITLDDMELVDPDLHNSLVWILEND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SYFHFVGRIMGMAVFHGHYIDGGFTLPFYKQLLGKSITLDDMELVDPDLHNSLVWILEND
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 ITGVLDHTFCVEHNAYGEIIQHELKPNGKSIPVNEENKKEYVRLYVNWRFLRGIEAQFLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ITGVLDHTFCVEHNAYGEIIQHELKPNGKSIPVNEENKKEYVRLYVNWRFLRGIEAQFLA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 LQKGFNEVIPQHLLKTFDEKELELIICGLGKIDVNDWKVNTRLKHCTPDSNIVKWFWKAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LQKGFNEVIPQHLLKTFDEKELELIICGLGKIDVNDWKVNTRLKHCTPDSNIVKWFWKAV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB8 EFFDEERRARLLQFVTGSSRVPLQGFKALQGAAGPRLFTIHQIDACTNNLPKAHTCFNRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EFFDEERRARLLQFVTGSSRVPLQGFKALQGAAGPRLFTIHQIDACTNNLPKAHTCFNRI
670 680 690 700 710 720
730 740
pF1KB8 DIPPYESYEKLYEKLLTAIEETCGFAVE
::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 DIPPYESYEKLYEKLLTAIEETCGFAVE
730 740
>>CCDS34690.1 SMURF1 gene_id:57154|Hs108|chr7 (757 aa)
initn: 3336 init1: 1983 opt: 3539 Z-score: 3596.5 bits: 676.2 E(32554): 5.3e-194
Smith-Waterman score: 3813; 72.3% identity (83.1% similar) in 792 aa overlap (1-748:1-757)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MSNPGGRRNGP-VKLRLTVLCAKNLVKKDFFRLPDPFAKVVVDGSGQCHSTDTVKNTLDP
::::: :::: .:.::::::::::.:::::::::::::.::::::::::::::::::::
CCDS34 MSNPGTRRNGSSIKIRLTVLCAKNLAKKDFFRLPDPFAKIVVDGSGQCHSTDTVKNTLDP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 KWNQHYDLYIGKSDSVTISVWNHKKIHKKQGAGFLGCVRLLSNAINRLKDTGYQRLDLCK
:::::::::.::.::.:::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::
CCDS34 KWNQHYDLYVGKTDSITISVWNHKKIHKKQGAGFLGCVRLLSNAISRLKDTGYQRLDLCK
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 LGPNDNDTVRGQIVVSLQSRDRIGTGGQVVDCSRLFDNDLPDGWEERRTASGRIQYLNHI
:.:.:.:.::::::::::.::::::::.:::: :..:. : .
CCDS34 LNPSDTDAVRGQIVVSLQTRDRIGTGGSVVDCRGLLENE------------GTVY-----
130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 TRTTQWERPTRPASEYSSPGRPLSCFVDENTPISGTNGATCG---------QSSDPRLAE
: :.::::::::..: .: . ..::. : :.: ::
CCDS34 --------------EDSGPGRPLSCFMEEPAPYTDSTGAAAGGGNCRFVESPSQDQRLQA
170 180 190 200
240 250 260 270 280
pF1KB8 RRVRSQRHRNYM----SRTHLHTPPDLPEGYEQRTTQQGQVYFLHTQTGVSTWHDPRVP-
.:.:. :. . .: : : :.:::::::::: ::::::::::::::::::::.:
CCDS34 QRLRNPDVRGSLQTPQNRPHGHQSPELPEGYEQRTTVQGQVYFLHTQTGVSTWHDPRIPS
210 220 230 240 250 260
290 300 310 320
pF1KB8 -------------------------RDLSNINCEELGPLPPGWEIRNTATGRVYFVDHNN
:::...::.::::::::::.:.:..::.:::::::
CCDS34 PSGTIPGGDAAFLYEFLLQGHTSEPRDLNSVNCDELGPLPPGWEVRSTVSGRIYFVDHNN
270 280 290 300 310 320
330 340 350 360 370
pF1KB8 RTTQFTDPRLSANLHLVLNRQNQLKDQQQQ-QVVSLCPDDTECLTVPRYKRDLVQKLKIL
:::::::::: : ..:.: :::. .: . : . : : . ::.::::::::.:
CCDS34 RTTQFTDPRL----HHIMNHQCQLKEPSQPLPLPSEGSLEDEELPAQRYERDLVQKLKVL
330 340 350 360 370 380
380 390 400 410 420 430
pF1KB8 RQELSQQQPQAGHCRIEVSREEIFEESYRQVMKMRPKDLWKRLMIKFRGEEGLDYGGVAR
:.::: ::::::::::::::::::::::::.:::::::: ::::.:::::::::::::::
CCDS34 RHELSLQQPQAGHCRIEVSREEIFEESYRQIMKMRPKDLKKRLMVKFRGEEGLDYGGVAR
390 400 410 420 430 440
440 450 460 470 480 490
pF1KB8 EWLYLLSHEMLNPYYGLFQYSRDDIYTLQINPDSAVNPEHLSYFHFVGRIMGMAVFHGHY
:::::: :::::::::::::: :.:: :::::::..::.:::::::::::::.:::::::
CCDS34 EWLYLLCHEMLNPYYGLFQYSTDNIYMLQINPDSSINPDHLSYFHFVGRIMGLAVFHGHY
450 460 470 480 490 500
500 510 520 530 540 550
pF1KB8 IDGGFTLPFYKQLLGKSITLDDMELVDPDLHNSLVWILENDITGVLDHTFCVEHNAYGEI
:.::::.::::::::: : :.:.: :::.::.::::::::::: ::::::::::::.:.:
CCDS34 INGGFTVPFYKQLLGKPIQLSDLESVDPELHKSLVWILENDITPVLDHTFCVEHNAFGRI
510 520 530 540 550 560
560 570 580 590 600 610
pF1KB8 IQHELKPNGKSIPVNEENKKEYVRLYVNWRFLRGIEAQFLALQKGFNEVIPQHLLKTFDE
.::::::::...::.::::::::::::::::.::::::::::::::::.::::::: ::.
CCDS34 LQHELKPNGRNVPVTEENKKEYVRLYVNWRFMRGIEAQFLALQKGFNELIPQHLLKPFDQ
570 580 590 600 610 620
620 630 640 650 660 670
pF1KB8 KELELIICGLGKIDVNDWKVNTRLKHCTPDSNIVKWFWKAVEFFDEERRARLLQFVTGSS
::::::: :: :::.:::: :::::::. :::::.:::.::: ::::::::::::::::.
CCDS34 KELELIIGGLDKIDLNDWKSNTRLKHCVADSNIVRWFWQAVETFDEERRARLLQFVTGST
630 640 650 660 670 680
680 690 700 710 720 730
pF1KB8 RVPLQGFKALQG---AAGPRLFTIHQIDACTNNLPKAHTCFNRIDIPPYESYEKLYEKLL
:::::::::::: :::::::::: ::: :.::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RVPLQGFKALQGSTGAAGPRLFTIHLIDANTDNLPKAHTCFNRIDIPPYESYEKLYEKLL
690 700 710 720 730 740
740
pF1KB8 TAIEETCGFAVE
::.:::::::::
CCDS34 TAVEETCGFAVE
750
>>CCDS34689.1 SMURF1 gene_id:57154|Hs108|chr7 (731 aa)
initn: 3552 init1: 1983 opt: 2919 Z-score: 2967.0 bits: 559.6 E(32554): 6.1e-159
Smith-Waterman score: 3875; 74.8% identity (85.9% similar) in 766 aa overlap (1-748:1-731)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MSNPGGRRNGP-VKLRLTVLCAKNLVKKDFFRLPDPFAKVVVDGSGQCHSTDTVKNTLDP
::::: :::: .:.::::::::::.:::::::::::::.::::::::::::::::::::
CCDS34 MSNPGTRRNGSSIKIRLTVLCAKNLAKKDFFRLPDPFAKIVVDGSGQCHSTDTVKNTLDP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 KWNQHYDLYIGKSDSVTISVWNHKKIHKKQGAGFLGCVRLLSNAINRLKDTGYQRLDLCK
:::::::::.::.::.:::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::
CCDS34 KWNQHYDLYVGKTDSITISVWNHKKIHKKQGAGFLGCVRLLSNAISRLKDTGYQRLDLCK
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 LGPNDNDTVRGQIVVSLQSRDRIGTGGQVVDCSRLFDNDLPDGWEERRTASGRIQYLNHI
:.:.:.:.::::::::::.::::::::.:::: :..:. : .
CCDS34 LNPSDTDAVRGQIVVSLQTRDRIGTGGSVVDCRGLLENE------------GTVY-----
130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 TRTTQWERPTRPASEYSSPGRPLSCFVDENTPISGTNGATCG---------QSSDPRLAE
: :.::::::::..: .: . ..::. : :.: ::
CCDS34 --------------EDSGPGRPLSCFMEEPAPYTDSTGAAAGGGNCRFVESPSQDQRLQA
170 180 190 200
240 250 260 270 280
pF1KB8 RRVRSQRHRNYM----SRTHLHTPPDLPEGYEQRTTQQGQVYFLHTQTGVSTWHDPRVPR
.:.:. :. . .: : : :.:::::::::: ::::::::::::::::::::.::
CCDS34 QRLRNPDVRGSLQTPQNRPHGHQSPELPEGYEQRTTVQGQVYFLHTQTGVSTWHDPRIPR
210 220 230 240 250 260
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 DLSNINCEELGPLPPGWEIRNTATGRVYFVDHNNRTTQFTDPRLSANLHLVLNRQNQLKD
::...::.::::::::::.:.:..::.::::::::::::::::: : ..:.: :::.
CCDS34 DLNSVNCDELGPLPPGWEVRSTVSGRIYFVDHNNRTTQFTDPRL----HHIMNHQCQLKE
270 280 290 300 310 320
350 360 370 380 390 400
pF1KB8 QQQQ-QVVSLCPDDTECLTVPRYKRDLVQKLKILRQELSQQQPQAGHCRIEVSREEIFEE
.: . : . : : . ::.::::::::.::.::: ::::::::::::::::::::
CCDS34 PSQPLPLPSEGSLEDEELPAQRYERDLVQKLKVLRHELSLQQPQAGHCRIEVSREEIFEE
330 340 350 360 370 380
410 420 430 440 450 460
pF1KB8 SYRQVMKMRPKDLWKRLMIKFRGEEGLDYGGVAREWLYLLSHEMLNPYYGLFQYSRDDIY
::::.:::::::: ::::.::::::::::::::::::::: :::::::::::::: :.::
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]