Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8011
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8011, 414 aa
1>>>pF1KB8011 414 - 414 aa - 414 aa
Library: human.CCDS.faa
18921897 residues in 33420 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7430+/-0.000876; mu= 14.2162+/- 0.052
mean_var=71.0516+/-14.139, 0's: 0 Z-trim(105.8): 121 B-trim: 4 in 1/50
Lambda= 0.152155
statistics sampled from 8583 (8713) to 8583 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.639), E-opt: 0.2 (0.261), width: 16
Scan time: 1.340
The best scores are: opt bits E(33420)
CCDS42196.1 WWOX gene_id:51741|Hs109|chr16 ( 414) 2794 622.8 1.9e-178
CCDS42197.1 WWOX gene_id:51741|Hs109|chr16 ( 189) 1171 266.3 1.7e-71
CCDS54320.1 RDH13 gene_id:112724|Hs109|chr19 ( 331) 612 143.7 2.5e-34
CCDS35195.1 DHRSX gene_id:207063|Hs109|chrX ( 330) 555 131.2 1.4e-30
CCDS35195.1 DHRSX gene_id:207063|Hs109|chrY ( 330) 555 131.2 1.4e-30
CCDS32104.1 RDH11 gene_id:51109|Hs109|chr14 ( 318) 539 127.7 1.6e-29
CCDS9787.1 RDH12 gene_id:145226|Hs109|chr14 ( 316) 538 127.5 1.8e-29
CCDS11246.2 DHRS13 gene_id:147015|Hs109|chr17 ( 377) 518 123.1 4.5e-28
CCDS1693.1 RDH14 gene_id:57665|Hs109|chr2 ( 336) 517 122.9 4.7e-28
CCDS42627.1 RDH13 gene_id:112724|Hs109|chr19 ( 260) 479 114.5 1.2e-25
CCDS58326.1 RDH11 gene_id:51109|Hs109|chr14 ( 248) 299 75.0 9.2e-14
CCDS58292.1 DHRS12 gene_id:79758|Hs109|chr13 ( 317) 275 69.8 4.4e-12
>>CCDS42196.1 WWOX gene_id:51741|Hs109|chr16 (414 aa)
initn: 2794 init1: 2794 opt: 2794 Z-score: 3317.2 bits: 622.8 E(33420): 1.9e-178
Smith-Waterman score: 2794; 99.8% identity (100.0% similar) in 414 aa overlap (1-414:1-414)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAALRYAGLDDTDSEDELPPGWEERTTKDGWVYYANHTEEKTQWEHPKTGKRKRVAGDLP
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CCDS42 MAALRYAGLDDTDSEDELPPGWEERTTKDGWVYYANHTEEKTQWEHPKTGKRKRVAGDLP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 YGWEQETDENGQVFFVDHINKRTTYLDPRLAFTVDDNPTKPTTRQRYDGSTTAMEILQGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 YGWEQETDENGQVFFVDHINKRTTYLDPRLAFTVDDNPTKPTTRQRYDGSTTAMEILQGR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 DFTGKVVVVTGANSGIGFETAKSFALHGAHVILACRNMARASEAVSRILEEWHKAKVETM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:
CCDS42 DFTGKVVVVTGANSGIGFETAKSFALHGAHVILACRNMARASEAVSRILEEWHKAKVEAM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 TLDLALLRSVQHFAEAFKAKNVPLHVLVCNAATFALPWSLTKDGLETTFQVNHLGHFYLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TLDLALLRSVQHFAEAFKAKNVPLHVLVCNAATFALPWSLTKDGLETTFQVNHLGHFYLV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 QLLQDVLCRSAPARVIVVSSESHRFTDINDSLGKLDFSRLSPTKNDYWAMLAYNRSKLCN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 QLLQDVLCRSAPARVIVVSSESHRFTDINDSLGKLDFSRLSPTKNDYWAMLAYNRSKLCN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 ILFSNELHRRLSPRGVTSNAVHPGNMMYSNIHRSWWVYTLLFTLARPFTKSMQQGAATTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ILFSNELHRRLSPRGVTSNAVHPGNMMYSNIHRSWWVYTLLFTLARPFTKSMQQGAATTV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KB8 YCAAVPELEGLGGMYFNNCCRCMPSPEAQSEETARTLWALSERLIQERLGSQSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 YCAAVPELEGLGGMYFNNCCRCMPSPEAQSEETARTLWALSERLIQERLGSQSG
370 380 390 400 410
>>CCDS42197.1 WWOX gene_id:51741|Hs109|chr16 (189 aa)
initn: 1171 init1: 1171 opt: 1171 Z-score: 1397.1 bits: 266.3 E(33420): 1.7e-71
Smith-Waterman score: 1171; 100.0% identity (100.0% similar) in 172 aa overlap (1-172:1-172)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAALRYAGLDDTDSEDELPPGWEERTTKDGWVYYANHTEEKTQWEHPKTGKRKRVAGDLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MAALRYAGLDDTDSEDELPPGWEERTTKDGWVYYANHTEEKTQWEHPKTGKRKRVAGDLP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 YGWEQETDENGQVFFVDHINKRTTYLDPRLAFTVDDNPTKPTTRQRYDGSTTAMEILQGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 YGWEQETDENGQVFFVDHINKRTTYLDPRLAFTVDDNPTKPTTRQRYDGSTTAMEILQGR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 DFTGKVVVVTGANSGIGFETAKSFALHGAHVILACRNMARASEAVSRILEEWHKAKVETM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 DFTGKVVVVTGANSGIGFETAKSFALHGAHVILACRNMARASEAVSRILEEWKTKYHPPP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 TLDLALLRSVQHFAEAFKAKNVPLHVLVCNAATFALPWSLTKDGLETTFQVNHLGHFYLV
CCDS42 EKCRIKIFH
>>CCDS54320.1 RDH13 gene_id:112724|Hs109|chr19 (331 aa)
initn: 633 init1: 357 opt: 612 Z-score: 730.1 bits: 143.7 E(33420): 2.5e-34
Smith-Waterman score: 612; 40.6% identity (66.0% similar) in 288 aa overlap (124-405:38-317)
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 VDDNPTKPTTRQRYDGSTTAMEILQGRDFTGKVVVVTGANSGIGFETAKSFALHGAHVIL
::.:.:::::.::: .:: .: .:...::
CCDS54 LSALGTVAGAAVLLKDYVTGGACPSKATIPGKTVIVTGANTGIGKQTALELARRGGNIIL
10 20 30 40 50 60
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 ACRNMARASEAVSRILEEWHKAKVETMTLDLALLRSVQHFAEAFKAKNVPLHVLVCNAAT
:::.: . :.. : : . .:.. :::: :.:...:: . .. . .:. ::..
CCDS54 ACRDMEKCEAAAKDIRGETLNHHVNARHLDLASLKSIREFAAKIIEEEERVDILINNAGV
70 80 90 100 110 120
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 FALP-WSLTKDGLETTFQVNHLGHFYLVQLLQDVLCRSAPARVIVVSSESHRFTDINDSL
. : :. :.::.: : ::::::: :..:: : : :::.:.: .:: .:
CCDS54 MRCPHWT-TEDGFEMQFGVNHLGHFLLTNLLLDKLKASAPSRIINLSSLAH-------VA
130 140 150 160 170
280 290 300 310 320
pF1KB8 GKLDFSRLSPTKNDYWAMLAYNRSKLCNILFSNELHRRLSPRGVTSNAVHPGNMM-----
:..::. :. : . :: .::: .::..:: :::. ::: ::.:::
CCDS54 GHIDFDDLNWQTRKYNTKAAYCQSKLAIVLFTKELSRRLQGSGVTVNALHPGVARTELGR
180 190 200 210 220 230
330 340 350 360 370 380
pF1KB8 YSNIHRSWWVYTLLFTLARPFTKSMQQGAATTVYCAAVPELEGLGGMYFNNCCRCMPSPE
...:: : . : : . ..:: . .: ..: :.. :: ..: ::.. . :.::
CCDS54 HTGIHGSTFSSTTLGPIFWLLVKSPELAAQPSTYLAVAEELADVSGKYFDGLKQKAPAPE
240 250 260 270 280 290
390 400 410
pF1KB8 AQSEETARTLWALSERLIQERLGSQSG
:..::.:: ::: : ::.
CCDS54 AEDEEVARRLWAESARLVGLEAPSVREQPLPR
300 310 320 330
>>CCDS35195.1 DHRSX gene_id:207063|Hs109|chrX (330 aa)
initn: 558 init1: 350 opt: 555 Z-score: 662.5 bits: 131.2 E(33420): 1.4e-30
Smith-Waterman score: 555; 37.8% identity (67.1% similar) in 286 aa overlap (125-401:44-319)
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 DDNPTKPTTRQRYDGSTTAMEILQGRDFTGKVVVVTGANSGIGFETAKSFALHGAHVILA
.:..:::...:::. ::: .: : :::.:
CCDS35 YAVGAAVILAQLLRRCRGGFLEPVFPPRPDRVAIVTGGTDGIGYSTAKHLARLGMHVIIA
20 30 40 50 60 70
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 CRNMARASEAVSRILEEWHKAKVETMTLDLALLRSVQHFAEAFKAKNVPLHVLVCNAATF
: ..:...::.: :: . ::: . ::: . :...:.. :: :..:::::. ::...
CCDS35 GNNDSKAKQVVSKIKEETLNDKVEFLYCDLASMTSIRQFVQKFKMKKIPLHVLINNAGVM
80 90 100 110 120 130
220 230 240 250 260
pF1KB8 ALPWSLTKDGLETTFQVNHLGHFYLVQLLQDVLCRS-AP---ARVIVVSSESHRFTDIN-
.: :.::.: : .:.:::: :..:: :.: .: .: :::..::: .: ...:
CCDS35 MVPQRKTRDGFEEHFGLNYLGHFLLTNLLLDTLKESGSPGHSARVVTVSSATHYVAELNM
140 150 160 170 180 190
270 280 290 300 310 320
pF1KB8 DSLGKLDFSRLSPTKNDYWAMLAYNRSKLCNILFSNELHRRLSPRG--VTSNAVHPGNMM
:.: .. : :: .::: .::. .:.: :. .: ::.:.: :: ..
CCDS35 DDL---------QSSACYSPHAAYAQSKLALVLFTYHLQRLLAAEGSHVTANVVDPG-VV
200 210 220 230 240
330 340 350 360 370 380
pF1KB8 YSNIHRS-WWVYTLLFTL-ARPFTKSMQQGAATTVYCAAVPELEGLGGMYFNNCCRCMPS
..... .:. : : . . :. ..:: :..: :..:::::.:: :. : .
CCDS35 NTDVYKHVFWATRLAKKLLGWLLFKTPDEGAWTSIYAAVTPELEGVGGHYLYNEKETKSL
250 260 270 280 290 300
390 400 410
pF1KB8 PEAQSEETARTLWALSERLIQERLGSQSG
. ... . ::. :
CCDS35 HVTYNQKLQQQLWSKSCEMTGVLDVTL
310 320 330
>>CCDS35195.1 DHRSX gene_id:207063|Hs109|chrY (330 aa)
initn: 558 init1: 350 opt: 555 Z-score: 662.5 bits: 131.2 E(33420): 1.4e-30
Smith-Waterman score: 555; 37.8% identity (67.1% similar) in 286 aa overlap (125-401:44-319)
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 DDNPTKPTTRQRYDGSTTAMEILQGRDFTGKVVVVTGANSGIGFETAKSFALHGAHVILA
.:..:::...:::. ::: .: : :::.:
CCDS35 YAVGAAVILAQLLRRCRGGFLEPVFPPRPDRVAIVTGGTDGIGYSTAKHLARLGMHVIIA
20 30 40 50 60 70
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 CRNMARASEAVSRILEEWHKAKVETMTLDLALLRSVQHFAEAFKAKNVPLHVLVCNAATF
: ..:...::.: :: . ::: . ::: . :...:.. :: :..:::::. ::...
CCDS35 GNNDSKAKQVVSKIKEETLNDKVEFLYCDLASMTSIRQFVQKFKMKKIPLHVLINNAGVM
80 90 100 110 120 130
220 230 240 250 260
pF1KB8 ALPWSLTKDGLETTFQVNHLGHFYLVQLLQDVLCRS-AP---ARVIVVSSESHRFTDIN-
.: :.::.: : .:.:::: :..:: :.: .: .: :::..::: .: ...:
CCDS35 MVPQRKTRDGFEEHFGLNYLGHFLLTNLLLDTLKESGSPGHSARVVTVSSATHYVAELNM
140 150 160 170 180 190
270 280 290 300 310 320
pF1KB8 DSLGKLDFSRLSPTKNDYWAMLAYNRSKLCNILFSNELHRRLSPRG--VTSNAVHPGNMM
:.: .. : :: .::: .::. .:.: :. .: ::.:.: :: ..
CCDS35 DDL---------QSSACYSPHAAYAQSKLALVLFTYHLQRLLAAEGSHVTANVVDPG-VV
200 210 220 230 240
330 340 350 360 370 380
pF1KB8 YSNIHRS-WWVYTLLFTL-ARPFTKSMQQGAATTVYCAAVPELEGLGGMYFNNCCRCMPS
..... .:. : : . . :. ..:: :..: :..:::::.:: :. : .
CCDS35 NTDVYKHVFWATRLAKKLLGWLLFKTPDEGAWTSIYAAVTPELEGVGGHYLYNEKETKSL
250 260 270 280 290 300
390 400 410
pF1KB8 PEAQSEETARTLWALSERLIQERLGSQSG
. ... . ::. :
CCDS35 HVTYNQKLQQQLWSKSCEMTGVLDVTL
310 320 330
>>CCDS32104.1 RDH11 gene_id:51109|Hs109|chr14 (318 aa)
initn: 656 init1: 390 opt: 539 Z-score: 643.8 bits: 127.7 E(33420): 1.6e-29
Smith-Waterman score: 661; 42.4% identity (67.4% similar) in 288 aa overlap (124-405:41-313)
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 VDDNPTKPTTRQRYDGSTTAMEILQGRDFTGKVVVVTGANSGIGFETAKSFALHGAHVIL
::::::::::.::: :::: .: .::.: :
CCDS32 LLLPFLLYMAAPQIRKMLSSGVCTSTVQLPGKVVVVTGANTGIGKETAKELAQRGARVYL
20 30 40 50 60 70
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 ACRNMARASEAVSRILEEWHKAKVETMTLDLALLRSVQHFAEAFKAKNVPLHVLVCNAAT
:::.. .. ....: . .: . :::. .:.. ::..: :.. ::::. ::..
CCDS32 ACRDVEKGELVAKEIQTTTGNQQVLVRKLDLSDTKSIRAFAKGFLAEEKHLHVLINNAGV
80 90 100 110 120 130
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 FALPWSLTKDGLETTFQVNHLGHFYLVQLLQDVLCRSAPARVIVVSSESHRFTDINDSLG
. :.: : ::.: . ::::::: :..:: . : .:::.:.. ::: .:. ::
CCDS32 MMCPYSKTADGFEMHIGVNHLGHFLLTHLLLEKLKESAPSRIVNVSSLAHH-------LG
140 150 160 170 180
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 KLDFSRLSPTKNDYWAMLAYNRSKLCNILFSNELHRRLSPRGVTSNAVHPGNMMYSNIHR
.. : :. : : : ::: .::: ::::..:: :::. :::. .::::... ...
CCDS32 RIHFHNLQGEKF-YNAGLAYCHSKLANILFTQELARRLKGSGVTTYSVHPGTVQSELVRH
190 200 210 220 230 240
340 350 360 370 380
pF1KB8 S------WWVYTLLFTLARPFTKSMQQGAATTVYCAAVPELEGLGGMYFNNCCRCMPSPE
: ::.... : :. :::: :...:: . :: :.: .:..: : .
CCDS32 SSFMRWMWWLFSF-------FIKTPQQGAQTSLHCALTEGLEILSGNHFSDCHVAWVSAQ
250 260 270 280 290
390 400 410
pF1KB8 AQSEETARTLWALSERLIQERLGSQSG
:..: :: :: .: :.
CCDS32 ARNETIARRLWDVSCDLLGLPID
300 310
>>CCDS9787.1 RDH12 gene_id:145226|Hs109|chr14 (316 aa)
initn: 694 init1: 408 opt: 538 Z-score: 642.7 bits: 127.5 E(33420): 1.8e-29
Smith-Waterman score: 712; 41.6% identity (68.8% similar) in 308 aa overlap (101-408:20-314)
80 90 100 110 120 130
pF1KB8 GQVFFVDHINKRTTYLDPRLAFTVDDNPTKPTTRQRYDGSTTAMEILQGRDFTGKVVVVT
:. :. . :.. .. .. :::::.:
CCDS97 MLVTLGLLTSFFSFLYMVAPSIRKFFAGGVCRTNV----QLPGKVVVIT
10 20 30 40
140 150 160 170 180 190
pF1KB8 GANSGIGFETAKSFALHGAHVILACRNMARASEAVSRILEEWHKAKVETMTLDLALLRSV
:::.::: :::. .: .::.: .:::.. .. :.:.: . ....: . :::. .:.
CCDS97 GANTGIGKETARELASRGARVYIACRDVLKGESAASEIRVDTKNSQVLVRKLDLSDTKSI
50 60 70 80 90 100
200 210 220 230 240 250
pF1KB8 QHFAEAFKAKNVPLHVLVCNAATFALPWSLTKDGLETTFQVNHLGHFYLVQLLQDVLCRS
. :::.: :.. ::.:. ::... :.: : ::.:: . ::::::: :. :: . : :
CCDS97 RAFAEGFLAEEKQLHILINNAGVMMCPYSKTADGFETHLGVNHLGHFLLTYLLLERLKVS
110 120 130 140 150 160
260 270 280 290 300 310
pF1KB8 APARVIVVSSESHRFTDINDSLGKLDFSRLSPTKNDYWAMLAYNRSKLCNILFSNELHRR
:::::. ::: .:. .::. : :. : : .:: .::: :.::. :: .:
CCDS97 APARVVNVSSVAHH-------IGKIPFHDLQSEKR-YSRGFAYCHSKLANVLFTRELAKR
170 180 190 200 210
320 330 340 350 360 370
pF1KB8 LSPRGVTSNAVHPGNMMYSNIHRSWWVYTLLFTLARPFTKSMQQGAATTVYCAAVPELEG
:. :::. ::::: .. :.. : . ::. : ::.:. ..:: :...:: . ::
CCDS97 LQGTGVTTYAVHPG-VVRSELVRHSSLLCLLWRLFSPFVKTAREGAQTSLHCALAEGLEP
220 230 240 250 260 270
380 390 400 410
pF1KB8 LGGMYFNNCCRCMPSPEAQSEETARTLWALSERLIQERLGSQSG
:.: ::..: : ::.:....::. :: .: .:. :
CCDS97 LSGKYFSDCKRTWVSPRARNNKTAERLWNVSCELLGIRWE
280 290 300 310
>>CCDS11246.2 DHRS13 gene_id:147015|Hs109|chr17 (377 aa)
initn: 563 init1: 216 opt: 518 Z-score: 617.7 bits: 123.1 E(33420): 4.5e-28
Smith-Waterman score: 547; 38.7% identity (61.7% similar) in 287 aa overlap (121-404:33-310)
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 AFTVDDNPTKPTTRQRYDGSTTAMEILQGRDFTGKVVVVTGANSGIGFETAKSFALHGAH
.. :...:::::::::: :: .: .::.
CCDS11 ALLLGAGLLLGAYVLVYYNLVKAPPCGGMGNLRGRTAVVTGANSGIGKMTALELARRGAR
10 20 30 40 50 60
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 VILACRNMARASEAVSRILEEWHKAKVETMTLDLALLRSVQHFAEAFKAKNVPLHVLVCN
:.::::.. :. :. . .: . .: :.:::: : ::. :: :: ... : .:. :
CCDS11 VVLACRSQERGEAAAFDLRQESGNNEVIFMALDLASLASVRAFATAFLSSEPRLDILIHN
70 80 90 100 110 120
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 AATFALPWSLTKDGLETTFQVNHLGHFYLVQLLQDVLCRSAPARVIVVSSESHRFTDIND
:. . . :..... ..:::.: : :..:: : ::.::.::.: .:
CCDS11 AGISSC--GRTREAFNLLLRVNHIGPFLLTHLLLPCLKACAPSRVVVVASAAH-------
130 140 150 160 170
280 290 300 310 320
pF1KB8 SLGKLDFSRLS-PTKNDYWAMLAYNRSKLCNILFSNELHRRLSPRGVTSNAVHPG--NMM
:.:::.::. :. . . :: .:: :.::. :: .: ::: :.::: :
CCDS11 CRGRLDFKRLDRPVVGWRQELRAYADTKLANVLFARELANQLEATGVTCYAAHPGPVNSE
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]