FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB8017, 647 aa 1>>>pF1KB8017 647 - 647 aa - 647 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.8771+/-0.00126; mu= -7.5218+/- 0.073 mean_var=420.5987+/-96.176, 0's: 0 Z-trim(112.4): 473 B-trim: 769 in 1/49 Lambda= 0.062537 statistics sampled from 12646 (13208) to 12646 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.749), E-opt: 0.2 (0.406), width: 16 Scan time: 3.980 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS5563.1 LIMK1 gene_id:3984|Hs108|chr7 ( 647) 4556 426.2 6.9e-119 CCDS56491.1 LIMK1 gene_id:3984|Hs108|chr7 ( 613) 4177 392.0 1.3e-108 CCDS13892.1 LIMK2 gene_id:3985|Hs108|chr22 ( 617) 1503 150.7 5.5e-36 CCDS13891.1 LIMK2 gene_id:3985|Hs108|chr22 ( 638) 1503 150.7 5.7e-36 CCDS33637.1 LIMK2 gene_id:3985|Hs108|chr22 ( 686) 1426 143.8 7.3e-34 CCDS6580.1 TESK1 gene_id:7016|Hs108|chr9 ( 626) 661 74.8 4.1e-13 >>CCDS5563.1 LIMK1 gene_id:3984|Hs108|chr7 (647 aa) initn: 4556 init1: 4556 opt: 4556 Z-score: 2247.9 bits: 426.2 E(32554): 6.9e-119 Smith-Waterman score: 4556; 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CCDS13 ALVQHATLYCGKCHNEVVLAPMFERLSTESVQEQLPYSVTLISMPATTEGRRGFSVSVES 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 240 pF1KB8 PHGPPGCGTEHSHTVRVQGVDPGCMSPDVKNSIHVGDRILEINGTPIRNVPLDEIDLLIQ .: .... ::.:. :. .::. .:.:: :::::::::::.:.. ..:.. :. CCDS13 -----AC-SNYATTVQVKEVNRMHISPNNRNAIHPGDRILEINGTPVRTLRVEEVEDAIS 160 170 180 190 200 250 260 270 280 290 pF1KB8 ETSRLLQLTLEHDP------HDTLGHGLGPETSPLSSPAYTPSGEAG----SSARQKPVL .::. ::: .:::: . : :.:. . . : . .. .. :.. . CCDS13 QTSQTLQLLIEHDPVSQRLDQLRLEARLAPHMQNAGHPHALSTLDTKENLEGTLRRRSLR 210 220 230 240 250 260 300 310 320 330 340 350 pF1KB8 RSCSIDRSPGAGSLGSPASQRKDLGRSESLRVVCR-PHRIFRPSDLIHGEVLGKGCFGQA :: ::..::: .: : .:..:::::: ..:::: ::::::::::: :::: CCDS13 RSNSISKSPGPSSPKEPLLFSRDISRSESLRCSSSYSQQIFRPCDLIHGEVLGKGFFGQA 270 280 290 300 310 320 360 370 380 390 400 410 pF1KB8 IKVTHRETGEVMVMKELIRFDEETQRTFLKEVKVMRCLEHPNVLKFIGVLYKDKRLNFIT :::::. ::.::::::::: :::::.::: :::::: :.:::::::::::::::.::..: CCDS13 IKVTHKATGKVMVMKELIRCDEETQKTFLTEVKVMRSLDHPNVLKFIGVLYKDKKLNLLT 330 340 350 360 370 380 420 430 440 450 460 470 pF1KB8 EYIKGGTLRGIIKSMDSQYPWSQRVSFAKDIASGMAYLHSMNIIHRDLNSHNCLVRENKN :::.::::. ...::: .::.:.: ::: ::::::::::: ::::::::::::.. .:. CCDS13 EYIEGGTLKDFLRSMDP-FPWQQKVRFAKGIASGMAYLHSMCIIHRDLNSHNCLIKLDKT 390 400 410 420 430 440 480 490 500 510 520 pF1KB8 VVVADFGLARLMVDE-KTQP-----EGLRSLKKPDRKKRYTVVGNPYWMAPEMINGRSYD ::::::::.::.:.: : : :.:.: :::::::::::::::::::.::.::: CCDS13 VVVADFGLSRLIVEERKRAPMEKATTKKRTLRKNDRKKRYTVVGNPYWMAPEMLNGKSYD 450 460 470 480 490 500 530 540 550 560 570 580 pF1KB8 EKVDVFSFGIVLCEIIGRVNADPDYLPRTMDFGLNVRGFLDRYCPPNCPPSFFPITVRCC : ::.::::::::::::.: :::: ::::.::::::. : ... : .:::.:::... :: CCDS13 ETVDIFSFGIVLCEIIGQVYADPDCLPRTLDFGLNVKLFWEKFVPTDCPPAFFPLAAICC 510 520 530 540 550 560 590 600 610 620 630 640 pF1KB8 DLDPEKRPSFVKLEHWLETLRMHLAGHL--PLGPQLEQLDRGFWETYRRGESGLPAHPEV :.::.::.: ::: .:.: ..: :.: :: .::.:: CCDS13 RLEPESRPAFSKLEDSFEALSLYL-GELGIPLPAELEELDHTVSMQYGLTRDSPP 570 580 590 600 610 pF1KB8 PD >>CCDS13891.1 LIMK2 gene_id:3985|Hs108|chr22 (638 aa) initn: 2186 init1: 578 opt: 1503 Z-score: 759.3 bits: 150.7 E(32554): 5.7e-36 Smith-Waterman score: 2308; 55.2% identity (78.5% similar) in 627 aa overlap (19-625:6-623) 10 20 30 40 50 pF1KB8 MRLTLLCCTWREERMGEEGSELPVCASCGQRIYDGQ-YLQALNADWHADCFRCCDCSASL : .. : .::..: .: . ...: ::..:::: .:. :: CCDS13 MSALAGEDVWRCPGCGDHIAPSQIWYRTVNETWHGSCFRCSECQDSL 10 20 30 40 60 70 80 90 100 110 pF1KB8 SHQYYEKDGQLFCKKDYWARYGESCHGCSEQITKGLVMVAGELKYHPECFICLTCGTFIG .. ::::::.:.: ::::...:: ::::: .: : :::::.::::::: :..: ..: CCDS13 TNWYYEKDGKLYCPKDYWGKFGEFCHGCSLLMT-GPFMVAGEFKYHPECFACMSCKVIIE 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KB8 DGDTYTLVEHSKLYCGHCYYQTVVTPVIEQILPDSPGSHLPHTVTLVSIPASSHGKRGLS :::.:.::.:. ::::.:. ..:..:..:.. .: .::..:::.:.::...:.::.: CCDS13 DGDAYALVQHATLYCGKCHNEVVLAPMFERLSTESVQEQLPYSVTLISMPATTEGRRGFS 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KB8 VSIDPPHGPPGCGTEHSHTVRVQGVDPGCMSPDVKNSIHVGDRILEINGTPIRNVPLDEI ::.. .: .... ::.:. :. .::. .:.:: :::::::::::.:.. ..:. CCDS13 VSVE-----SAC-SNYATTVQVKEVNRMHISPNNRNAIHPGDRILEINGTPVRTLRVEEV 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 pF1KB8 DLLIQETSRLLQLTLEHDP------HDTLGHGLGPETSPLSSPAYTPSGEAG----SSAR . :..::. ::: .:::: . : :.:. . . : . .. .. : CCDS13 EDAISQTSQTLQLLIEHDPVSQRLDQLRLEARLAPHMQNAGHPHALSTLDTKENLEGTLR 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KB8 QKPVLRSCSIDRSPGAGSLGSPASQRKDLGRSESLRVVCR-PHRIFRPSDLIHGEVLGKG .. . :: ::..::: .: : .:..:::::: ..:::: ::::::::::: CCDS13 RRSLRRSNSISKSPGPSSPKEPLLFSRDISRSESLRCSSSYSQQIFRPCDLIHGEVLGKG 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KB8 CFGQAIKVTHRETGEVMVMKELIRFDEETQRTFLKEVKVMRCLEHPNVLKFIGVLYKDKR :::::::::. ::.::::::::: :::::.::: :::::: :.:::::::::::::::. CCDS13 FFGQAIKVTHKATGKVMVMKELIRCDEETQKTFLTEVKVMRSLDHPNVLKFIGVLYKDKK 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KB8 LNFITEYIKGGTLRGIIKSMDSQYPWSQRVSFAKDIASGMAYLHSMNIIHRDLNSHNCLV ::..::::.::::. ...::: .::.:.: ::: ::::::::::: ::::::::::::. CCDS13 LNLLTEYIEGGTLKDFLRSMDP-FPWQQKVRFAKGIASGMAYLHSMCIIHRDLNSHNCLI 410 420 430 440 450 470 480 490 500 510 520 pF1KB8 RENKNVVVADFGLARLMVDE-KTQP-----EGLRSLKKPDRKKRYTVVGNPYWMAPEMIN . .:.::::::::.::.:.: : : :.:.: :::::::::::::::::::.: CCDS13 KLDKTVVVADFGLSRLIVEERKRAPMEKATTKKRTLRKNDRKKRYTVVGNPYWMAPEMLN 460 470 480 490 500 510 530 540 550 560 570 580 pF1KB8 GRSYDEKVDVFSFGIVLCEIIGRVNADPDYLPRTMDFGLNVRGFLDRYCPPNCPPSFFPI :.:::: ::.::::::::::::.: :::: ::::.::::::. : ... : .:::.:::. CCDS13 GKSYDETVDIFSFGIVLCEIIGQVYADPDCLPRTLDFGLNVKLFWEKFVPTDCPPAFFPL 520 530 540 550 560 570 590 600 610 620 630 640 pF1KB8 TVRCCDLDPEKRPSFVKLEHWLETLRMHLAGHL--PLGPQLEQLDRGFWETYRRGESGLP .. :: :.::.::.: ::: .:.: ..: :.: :: .::.:: CCDS13 AAICCRLEPESRPAFSKLEDSFEALSLYL-GELGIPLPAELEELDHTVSMQYGLTRDSPP 580 590 600 610 620 630 pF1KB8 AHPEVPD >>CCDS33637.1 LIMK2 gene_id:3985|Hs108|chr22 (686 aa) initn: 2091 init1: 523 opt: 1426 Z-score: 721.4 bits: 143.8 E(32554): 7.3e-34 Smith-Waterman score: 2161; 56.2% identity (78.5% similar) in 577 aa overlap (35-594:2-570) 10 20 30 40 50 60 pF1KB8 LLCCTWREERMGEEGSELPVCASCGQRIYDGQYLQALNADWHADCFRCCDCSASLSHQYY :.::.. : ::: .:. ::.. :: CCDS33 MGSYLSVPAYFTSRDLFRCSECQDSLTNWYY 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KB8 EKDGQLFCKKDYWARYGESCHGCSEQITKGLVMVAGELKYHPECFICLTCGTFIGDGDTY ::::.:.: ::::...:: ::::: .: : :::::.::::::: :..: ..: :::.: CCDS33 EKDGKLYCPKDYWGKFGEFCHGCSLLMT-GPFMVAGEFKYHPECFACMSCKVIIEDGDAY 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KB8 TLVEHSKLYCGHCYYQTVVTPVIEQILPDSPGSHLPHTVTLVSIPASSHGKRGLSVSIDP .::.:. ::::.:. ..:..:..:.. .: .::..:::.:.::...:.::.:::.. 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