Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8018
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8018, 555 aa
1>>>pF1KB8018 555 - 555 aa - 555 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.4925+/-0.0009; mu= 4.4594+/- 0.054
mean_var=169.1037+/-33.225, 0's: 0 Z-trim(112.0): 22 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.098627
statistics sampled from 12841 (12858) to 12841 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.737), E-opt: 0.2 (0.395), width: 16
Scan time: 3.950
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5246.1 CNKSR3 gene_id:154043|Hs108|chr6 ( 555) 3722 541.7 8.4e-154
CCDS55387.1 CNKSR2 gene_id:22866|Hs108|chrX ( 898) 1944 288.9 1.8e-77
CCDS14198.1 CNKSR2 gene_id:22866|Hs108|chrX (1034) 1944 288.9 2e-77
CCDS55388.1 CNKSR2 gene_id:22866|Hs108|chrX (1004) 1821 271.4 3.7e-72
CCDS55389.1 CNKSR2 gene_id:22866|Hs108|chrX ( 849) 1329 201.3 3.8e-51
CCDS276.1 CNKSR1 gene_id:10256|Hs108|chr1 ( 713) 396 68.5 3e-11
>>CCDS5246.1 CNKSR3 gene_id:154043|Hs108|chr6 (555 aa)
initn: 3722 init1: 3722 opt: 3722 Z-score: 2874.7 bits: 541.7 E(32554): 8.4e-154
Smith-Waterman score: 3722; 100.0% identity (100.0% similar) in 555 aa overlap (1-555:1-555)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MEPVTKWSPKQVVDWTRGLDDCLQQYVHKFEREKINGEQLLQISHQDLEELGVTRIGHQE
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CCDS52 MEPVTKWSPKQVVDWTRGLDDCLQQYVHKFEREKINGEQLLQISHQDLEELGVTRIGHQE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 LVLEAVDLLCALNYGLETDNMKNLVLKLRASSHNLQNYISSRRKSPAYDGNTSRKAPNEF
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CCDS52 LVLEAVDLLCALNYGLETDNMKNLVLKLRASSHNLQNYISSRRKSPAYDGNTSRKAPNEF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LTSVVELIGAAKALLAWLDRAPFTGITDFSVTKNKIIQLCLDLTTTVQKDCFVAEMEDKV
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CCDS52 LTSVVELIGAAKALLAWLDRAPFTGITDFSVTKNKIIQLCLDLTTTVQKDCFVAEMEDKV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 LTVVKVLNGICDKTIRSTTDPVMSQCACLEEVHLPNIKPGEGLGMYIKSTYDGLHVITGT
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CCDS52 LTVVKVLNGICDKTIRSTTDPVMSQCACLEEVHLPNIKPGEGLGMYIKSTYDGLHVITGT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 TENSPADRSQKIHAGDEVIQVNQQTVVGWQLKNLVKKLRENPTGVVLLLKKRPTGSFNFT
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CCDS52 TENSPADRSQKIHAGDEVIQVNQQTVVGWQLKNLVKKLRENPTGVVLLLKKRPTGSFNFT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 PAPLKNLRWKPPLVQTSPPPATTQSPESTMDTSLKKEKSAILDLYIPPPPAVPYSPRDEN
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CCDS52 PAPLKNLRWKPPLVQTSPPPATTQSPESTMDTSLKKEKSAILDLYIPPPPAVPYSPRDEN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 GSFVYGGSSKCKQPLPGPKGSESPNSFLDQESRRRRFTIADSDQLPGYSVETNILPTKMR
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CCDS52 GSFVYGGSSKCKQPLPGPKGSESPNSFLDQESRRRRFTIADSDQLPGYSVETNILPTKMR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 EKTPSYGKPRPLSMPADGNWMGIVDPFARPRGHGRKGEDALCRYFSNERIPPIIEESSSP
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CCDS52 EKTPSYGKPRPLSMPADGNWMGIVDPFARPRGHGRKGEDALCRYFSNERIPPIIEESSSP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 PYRFSRPTTERHLVRGADYIRGSRCYINSDLHSSATIPFQEEGTKKKSGSSATKSSSTEP
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CCDS52 PYRFSRPTTERHLVRGADYIRGSRCYINSDLHSSATIPFQEEGTKKKSGSSATKSSSTEP
490 500 510 520 530 540
550
pF1KB8 SLLVSWFTRLKLLTH
:::::::::::::::
CCDS52 SLLVSWFTRLKLLTH
550
>>CCDS55387.1 CNKSR2 gene_id:22866|Hs108|chrX (898 aa)
initn: 1926 init1: 1543 opt: 1944 Z-score: 1504.3 bits: 288.9 E(32554): 1.8e-77
Smith-Waterman score: 1944; 62.7% identity (81.8% similar) in 477 aa overlap (1-470:5-477)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MEPVTKWSPKQVVDWTRGLDDCLQQYVHKFEREKINGEQLLQISHQDLEELGVTRI
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CCDS55 MALIMEPVSKWSPSQVVDWMKGLDDCLQQYIKNFEREKISGDQLLRITHQELEDLGVSRI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 GHQELVLEAVDLLCALNYGLETDNMKNLVLKLRASSHNLQNYISSRRKSPAYDGNTSRKA
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CCDS55 GHQELILEAVDLLCALNYGLETENLKTLSHKLNASAKNLQNFITGRRRSGHYDGRTSRKL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 PNEFLTSVVELIGAAKALLAWLDRAPFTGITDFSVTKNKIIQLCLDLTTTVQKDCFVAEM
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CCDS55 PNDFLTSVVDLIGAAKSLLAWLDRSPFAAVTDYSVTRNNVIQLCLELTTIVQQDCTVYET
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 EDKVLTVVKVLNGICDKTIRSTTDPVMSQCACLEEVHLPNIKPGEGLGMYIKSTYDGLHV
:.:.: : :.:.:.::. : ..::..:: : :: ..: ::::.::::::::::::::::
CCDS55 ENKILHVCKTLSGVCDHIISLSSDPLVSQSAHLEVIQLANIKPSEGLGMYIKSTYDGLHV
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 ITGTTENSPADRSQKIHAGDEVIQVNQQTVVGWQLKNLVKKLRENPTGVVLLLKKRPTGS
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CCDS55 ITGTTENSPADRCKKIHAGDEVIQVNHQTVVGWQLKNLVNALREDPSGVILTLKKRPQSM
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 FNFTPAPLKNLRWKP----PLVQTSPPPATTQSPESTMDTSLKKEKSAILDLYIPPPPAV
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CCDS55 LTSAPALLKNMRWKPLALQPLIPRSPT-SSVATPSSTISTPTKRDSSALQDLYIPPPPAE
310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB8 PYSPRDENGSFVYGGSSKCKQPLPGPKGSESPNSFLDQESRRRRFTIADSDQ-LPGYSVE
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CCDS55 PYIPRDEKGNLPCEDLRGHMVGKPVHKGSESPNSFLDQE-YRKRFNIVEEDTVLYCYEYE
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KB8 TNILPTK-MREKTPSYGKPRPLSMPADGNWMG-IVDPFARPRGHGRKGEDALCRYFSNER
. .. ::.::.::: ::.:::.. ::.: :: : : :..: ::.:::.
CCDS55 KGRSSSQGRRESTPTYGKLRPISMPVEYNWVGDYEDPNKMKRDSRR--ENSLLRYMSNEK
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KB8 IPPIIEESSSPPYRFSRPTTERHLVRGADYIRGSRCYINSDLHSSATIPFQEEGTKKKSG
:
CCDS55 IAQEEYMFQRNSKKDTGKKSKKKGDKSNSPTHYSLLPSLQMDALRQDIMGTPVPETTLYH
480 490 500 510 520 530
>>CCDS14198.1 CNKSR2 gene_id:22866|Hs108|chrX (1034 aa)
initn: 1926 init1: 1543 opt: 1944 Z-score: 1503.4 bits: 288.9 E(32554): 2e-77
Smith-Waterman score: 1944; 62.7% identity (81.8% similar) in 477 aa overlap (1-470:5-477)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MEPVTKWSPKQVVDWTRGLDDCLQQYVHKFEREKINGEQLLQISHQDLEELGVTRI
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CCDS14 MALIMEPVSKWSPSQVVDWMKGLDDCLQQYIKNFEREKISGDQLLRITHQELEDLGVSRI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 GHQELVLEAVDLLCALNYGLETDNMKNLVLKLRASSHNLQNYISSRRKSPAYDGNTSRKA
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CCDS14 GHQELILEAVDLLCALNYGLETENLKTLSHKLNASAKNLQNFITGRRRSGHYDGRTSRKL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 PNEFLTSVVELIGAAKALLAWLDRAPFTGITDFSVTKNKIIQLCLDLTTTVQKDCFVAEM
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CCDS14 PNDFLTSVVDLIGAAKSLLAWLDRSPFAAVTDYSVTRNNVIQLCLELTTIVQQDCTVYET
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 EDKVLTVVKVLNGICDKTIRSTTDPVMSQCACLEEVHLPNIKPGEGLGMYIKSTYDGLHV
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CCDS14 ENKILHVCKTLSGVCDHIISLSSDPLVSQSAHLEVIQLANIKPSEGLGMYIKSTYDGLHV
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 ITGTTENSPADRSQKIHAGDEVIQVNQQTVVGWQLKNLVKKLRENPTGVVLLLKKRPTGS
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CCDS14 ITGTTENSPADRCKKIHAGDEVIQVNHQTVVGWQLKNLVNALREDPSGVILTLKKRPQSM
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 FNFTPAPLKNLRWKP----PLVQTSPPPATTQSPESTMDTSLKKEKSAILDLYIPPPPAV
.. .:: :::.:::: ::. :: ... .: ::..: :...::. :::::::::
CCDS14 LTSAPALLKNMRWKPLALQPLIPRSPT-SSVATPSSTISTPTKRDSSALQDLYIPPPPAE
310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB8 PYSPRDENGSFVYGGSSKCKQPLPGPKGSESPNSFLDQESRRRRFTIADSDQ-LPGYSVE
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CCDS14 PYIPRDEKGNLPCEDLRGHMVGKPVHKGSESPNSFLDQE-YRKRFNIVEEDTVLYCYEYE
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KB8 TNILPTK-MREKTPSYGKPRPLSMPADGNWMG-IVDPFARPRGHGRKGEDALCRYFSNER
. .. ::.::.::: ::.:::.. ::.: :: : : :..: ::.:::.
CCDS14 KGRSSSQGRRESTPTYGKLRPISMPVEYNWVGDYEDPNKMKRDSRR--ENSLLRYMSNEK
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KB8 IPPIIEESSSPPYRFSRPTTERHLVRGADYIRGSRCYINSDLHSSATIPFQEEGTKKKSG
:
CCDS14 IAQEEYMFQRNSKKDTGKKSKKKGDKSNSPTHYSLLPSLQMDALRQDIMGTPVPETTLYH
480 490 500 510 520 530
>>CCDS55388.1 CNKSR2 gene_id:22866|Hs108|chrX (1004 aa)
initn: 1821 init1: 1543 opt: 1821 Z-score: 1409.0 bits: 271.4 E(32554): 3.7e-72
Smith-Waterman score: 1821; 64.1% identity (83.3% similar) in 432 aa overlap (1-426:5-434)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MEPVTKWSPKQVVDWTRGLDDCLQQYVHKFEREKINGEQLLQISHQDLEELGVTRI
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CCDS55 MALIMEPVSKWSPSQVVDWMKGLDDCLQQYIKNFEREKISGDQLLRITHQELEDLGVSRI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 GHQELVLEAVDLLCALNYGLETDNMKNLVLKLRASSHNLQNYISSRRKSPAYDGNTSRKA
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CCDS55 GHQELILEAVDLLCALNYGLETENLKTLSHKLNASAKNLQNFITGRRRSGHYDGRTSRKL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 PNEFLTSVVELIGAAKALLAWLDRAPFTGITDFSVTKNKIIQLCLDLTTTVQKDCFVAEM
::.::::::.::::::.:::::::.::...::.:::.:..:::::.::: ::.:: : :
CCDS55 PNDFLTSVVDLIGAAKSLLAWLDRSPFAAVTDYSVTRNNVIQLCLELTTIVQQDCTVYET
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 EDKVLTVVKVLNGICDKTIRSTTDPVMSQCACLEEVHLPNIKPGEGLGMYIKSTYDGLHV
:.:.: : :.:.:.::. : ..::..:: : :: ..: ::::.::::::::::::::::
CCDS55 ENKILHVCKTLSGVCDHIISLSSDPLVSQSAHLEVIQLANIKPSEGLGMYIKSTYDGLHV
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 ITGTTENSPADRSQKIHAGDEVIQVNQQTVVGWQLKNLVKKLRENPTGVVLLLKKRPTGS
:::::::::::: .::::::::::::.::::::::::::. :::.:.::.: ::::: .
CCDS55 ITGTTENSPADRCKKIHAGDEVIQVNHQTVVGWQLKNLVNALREDPSGVILTLKKRPQSM
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 FNFTPAPLKNLRWKP----PLVQTSPPPATTQSPESTMDTSLKKEKSAILDLYIPPPPAV
.. .:: :::.:::: ::. :: ... .: ::..: :...::. :::::::::
CCDS55 LTSAPALLKNMRWKPLALQPLIPRSPT-SSVATPSSTISTPTKRDSSALQDLYIPPPPAE
310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB8 PYSPRDENGSFVYGGSSKCKQPLPGPKGSESPNSFLDQESRRRRFTIADSDQ-LPGYSVE
:: ::::.:.. : ::::::::::::: :.::.:.. : : : :
CCDS55 PYIPRDEKGNLPCEDLRGHMVGKPVHKGSESPNSFLDQE-YRKRFNIVEEDTVLYCYEYE
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB8 TNILPTK-MREKTPSYGKPRPLSMPADGNWMGIVDPFARPRGHGRKGEDALCRYFSNERI
. .. ::.::.:
CCDS55 KGRSSSQGRRESTPTYENSLLRYMSNEKIAQEEYMFQRNSKKDTGKKSKKKGDKSNSPTH
420 430 440 450 460 470
>>CCDS55389.1 CNKSR2 gene_id:22866|Hs108|chrX (849 aa)
initn: 1712 init1: 1329 opt: 1329 Z-score: 1031.8 bits: 201.3 E(32554): 3.8e-51
Smith-Waterman score: 1648; 56.9% identity (74.2% similar) in 473 aa overlap (1-470:5-428)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MEPVTKWSPKQVVDWTRGLDDCLQQYVHKFEREKINGEQLLQISHQDLEELGVTRI
::::.::::.::::: .:::::::::...::::::.:.:::.:.::.::.:::.::
CCDS55 MALIMEPVSKWSPSQVVDWMKGLDDCLQQYIKNFEREKISGDQLLRITHQELEDLGVSRI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 GHQELVLEAVDLLCALNYGLETDNMKNLVLKLRASSHNLQNYISSRRKSPAYDGNTSRKA
:::::.::::::::::::::::.:.:.: :: ::..::::.:..::.: ::: ::::
CCDS55 GHQELILEAVDLLCALNYGLETENLKTLSHKLNASAKNLQNFITGRRRSGHYDGRTSRKL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 PNEFLTSVVELIGAAKALLAWLDRAPFTGITDFSVTKNKIIQLCLDLTTTVQKDCFVAEM
::.::::::.::::::.:::::::.::...::.:::.:..:::::.::: ::.:: : :
CCDS55 PNDFLTSVVDLIGAAKSLLAWLDRSPFAAVTDYSVTRNNVIQLCLELTTIVQQDCTVYET
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 EDKVLTVVKVLNGICDKTIRSTTDPVMSQCACLEEVHLPNIKPGEGLGMYIKSTYDGLHV
:.:.: : :.:.:.::. : ..::..:: : :: ..: ::::.::::::::::::::::
CCDS55 ENKILHVCKTLSGVCDHIISLSSDPLVSQSAHLEVIQLANIKPSEGLGMYIKSTYDGLHV
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 ITGTTENSPADRSQKIHAGDEVIQVNQQTVVGWQLKNLVKKLRENPTGVVLLLKKRPTGS
:::::::::::: .::::::::::::.:::
CCDS55 ITGTTENSPADRCKKIHAGDEVIQVNHQTV------------------------------
250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 FNFTPAPLKNLRWKPPLVQTSPPPATTQSPESTMDTSLKKEKSAILDLYIPPPPAVPYSP
::. :: ... .: ::..: :...::. ::::::::: :: :
CCDS55 ---------------PLIPRSPT-SSVATPSSTISTPTKRDSSALQDLYIPPPPAEPYIP
280 290 300 310
360 370 380 390 400 410
pF1KB8 RDENGSFVYGGSSKCKQPLPGPKGSESPNSFLDQESRRRRFTIADSDQ-LPGYSVETNIL
:::.:.. : ::::::::::::: :.::.:.. : : : : .
CCDS55 RDEKGNLPCEDLRGHMVGKPVHKGSESPNSFLDQE-YRKRFNIVEEDTVLYCYEYEKGRS
320 330 340 350 360 370
420 430 440 450 460 470
pF1KB8 PTK-MREKTPSYGKPRPLSMPADGNWMG-IVDPFARPRGHGRKGEDALCRYFSNERIPPI
.. ::.::.::: ::.:::.. ::.: :: : : :..: ::.:::.:
CCDS55 SSQGRRESTPTYGKLRPISMPVEYNWVGDYEDPNKMKRDSRR--ENSLLRYMSNEKIAQE
380 390 400 410 420 430
480 490 500 510 520 530
pF1KB8 IEESSSPPYRFSRPTTERHLVRGADYIRGSRCYINSDLHSSATIPFQEEGTKKKSGSSAT
CCDS55 EYMFQRNSKKDTGKKSKKKGDKSNSPTHYSLLPSLQMDALRQDIMGTPVPETTLYHTFQQ
440 450 460 470 480 490
>>CCDS276.1 CNKSR1 gene_id:10256|Hs108|chr1 (713 aa)
initn: 562 init1: 181 opt: 396 Z-score: 315.4 bits: 68.5 E(32554): 3e-11
Smith-Waterman score: 655; 32.8% identity (56.5% similar) in 467 aa overlap (1-457:1-426)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MEPVTKWSPKQVVDWTRGLDDCLQQYVHKFEREKINGEQLLQISHQDLEELGVTRIGHQE
:::: :.: .:. : ::::: ::.: :: .. :..:::. :.:: :.: .::::
CCDS27 MEPVETWTPGKVATWLRGLDDSLQDY--PFEDWQLPGKNLLQLCPQSLEALAVRSLGHQE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 LVLEAVDLLCALNYGLETDNMKNLVLKLRASSHNLQNYISSRRKSPAYDGNTSRKAPNEF
:.: .:. : ::. :.:.:...:. : ...:..:. .. . :. . :.: .
CCDS27 LILGGVEQLQALSSRLQTENLQSLTEGLLGATHDFQSIVQ------GCLGDCA-KTPIDV
60 70 80 90 100 110
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