Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8020
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8020, 690 aa
1>>>pF1KB8020 690 - 690 aa - 690 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7978+/-0.00122; mu= 8.4950+/- 0.073
mean_var=229.9479+/-49.544, 0's: 0 Z-trim(108.9): 118 B-trim: 79 in 1/50
Lambda= 0.084578
statistics sampled from 10383 (10493) to 10383 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.683), E-opt: 0.2 (0.322), width: 16
Scan time: 4.090
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9323.1 LNX2 gene_id:222484|Hs108|chr13 ( 690) 4657 582.3 7.8e-166
CCDS3492.1 LNX1 gene_id:84708|Hs108|chr4 ( 632) 1650 215.4 2.1e-55
CCDS47057.1 LNX1 gene_id:84708|Hs108|chr4 ( 728) 640 92.2 2.9e-18
CCDS59120.1 MPDZ gene_id:8777|Hs108|chr9 (2037) 617 89.9 4e-17
CCDS83342.1 MPDZ gene_id:8777|Hs108|chr9 (2070) 617 89.9 4e-17
CCDS617.2 PATJ gene_id:10207|Hs108|chr1 (1801) 445 68.8 7.6e-11
>>CCDS9323.1 LNX2 gene_id:222484|Hs108|chr13 (690 aa)
initn: 4657 init1: 4657 opt: 4657 Z-score: 3090.7 bits: 582.3 E(32554): 7.8e-166
Smith-Waterman score: 4657; 99.9% identity (99.9% similar) in 690 aa overlap (1-690:1-690)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MGTTSDEMVSVEQTSSSSLNPLCFECGQQHWTRENHLYNYQNEVDDDLVCHICLQPLLQP
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CCDS93 MGTTSDEMVSVEQTSSSSLNPLCFECGQQHWTRENHLYNYQNEVDDDLVCHICLQPLLQP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 LDTPCGHTFCYKCLRNFLQEKDFCPLDRKRLHFKLCKKSSILVHKLLDKLLVLCPFSSVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 LDTPCGHTFCYKCLRNFLQEKDFCPLDRKRLHFKLCKKSSILVHKLLDKLLVLCPFSSVC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 KDVMQRCDLEAHLKNRCPGASHRRVALERRKTSRTQAEIENENGPTLLDPAGTLSPEADC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 KDVMQRCDLEAHLKNRCPGASHRRVALERRKTSRTQAEIENENGPTLLDPAGTLSPEADC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 LGTGAVPVERHLTSASLPTWSEEPGLDNPAFEESAGADTTQQPLSLPEGEITTIEIHRSN
::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 LGTGAVPVERHLTSASLSTWSEEPGLDNPAFEESAGADTTQQPLSLPEGEITTIEIHRSN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 PYIQLGISIVGGNETPLINIVIQEVYRDGVIARDGRLLAGDQILQVNNYNISNVSHNYAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 PYIQLGISIVGGNETPLINIVIQEVYRDGVIARDGRLLAGDQILQVNNYNISNVSHNYAR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 AVLSQPCNTLHLTVLRERRFGNRAHNHSDSNSPREEIFQVALHKRDSGEQLGIKLVRRTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 AVLSQPCNTLHLTVLRERRFGNRAHNHSDSNSPREEIFQVALHKRDSGEQLGIKLVRRTD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 EPGVFILDLLEGGLAAQDGRLSSNDRVLAINGHDLKYGTPELAAQIIQASGERVNLTIAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 EPGVFILDLLEGGLAAQDGRLSSNDRVLAINGHDLKYGTPELAAQIIQASGERVNLTIAR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 PGKPQPGNTIREAGNHSSSSQHHTPPPYYSRPSSHKDLTQCVTCQEKHITVKKEPHESLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 PGKPQPGNTIREAGNHSSSSQHHTPPPYYSRPSSHKDLTQCVTCQEKHITVKKEPHESLG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 MTVAGGRGSKSGELPIFVTSVPPHGCLARDGRIKRGDVLLNINGIDLTNLSHSEAVAMLK
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CCDS93 MTVAGGRGSKSGELPIFVTSVPPHGCLARDGRIKRGDVLLNINGIDLTNLSHSEAVAMLK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 ASAASPAVALKALEVQIVEEATQNAEEQPSTFSENEYDASWSPSWVMWLGLPSTLHSCHD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 ASAASPAVALKALEVQIVEEATQNAEEQPSTFSENEYDASWSPSWVMWLGLPSTLHSCHD
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 IVLRRSYLGSWGFSIVGGYEENHTNQPFFIKTIVLGTPAYYDGRLKCGDMIVAVNGLSTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 IVLRRSYLGSWGFSIVGGYEENHTNQPFFIKTIVLGTPAYYDGRLKCGDMIVAVNGLSTV
610 620 630 640 650 660
670 680 690
pF1KB8 GMSHSALVPMLKEQRNKVTLTVICWPGSLV
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 GMSHSALVPMLKEQRNKVTLTVICWPGSLV
670 680 690
>>CCDS3492.1 LNX1 gene_id:84708|Hs108|chr4 (632 aa)
initn: 1676 init1: 508 opt: 1650 Z-score: 1108.2 bits: 215.4 E(32554): 2.1e-55
Smith-Waterman score: 1650; 50.9% identity (77.7% similar) in 511 aa overlap (185-690:131-632)
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 TQAEIENENGPTLLDPAGTLSPEADCLGTGAVPVERHLTSASLPTWSEEPGLDNPAFEES
:. : :. :.: . . : .: :..
CCDS34 PVDSGRSNRTRARPFERSTIRSRSFKKINRALSVLRRTKSGSAVANHADQGRENS--ENT
110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 AGADTTQQPLSL-PEGEITTIEIHRSNPYIQLGISIVGGNETPLINIVIQEVYRDGVIAR
.. .. . : :.::::.:.:.: .: .:.: .:::.::::..:.::..::::::::
CCDS34 TAPEVFPRLYHLIPDGEITSIKINRVDPSESLSIRLVGGSETPLVHIIIQHIYRDGVIAR
160 170 180 190 200 210
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 DGRLLAGDQILQVNNYNISNVSHNYARAVLSQPCNTLHLTVLRERRFGNRAHNHS-DSNS
::::: :: ::.::...:::: :::: .: :::..: :::.::..: .: .... :.
CCDS34 DGRLLPGDIILKVNGMDISNVPHNYAVRLLRQPCQVLWLTVMREQKFRSRNNGQAPDAYR
220 230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KB8 PREEIFQVALHKRDSGEQLGIKLVRRTDEPGVFILDLLEGGLAAQDGRLSSNDRVLAING
::.. :.: :.: . :::::::::..:::::::...:.::.: . :.: :::::::::
CCDS34 PRDDSFHVILNKSSPEEQLGIKLVRKVDEPGVFIFNVLDGGVAYRHGQLEENDRVLAING
280 290 300 310 320 330
400 410 420 430 440 450
pF1KB8 HDLKYGTPELAAQIIQASGERVNLTIARPGKPQPGNTIREAGNHSSSSQHHTPPPYYSRP
:::.::.:: ::..:::: .::.:...: . . . ..::: .:..: .: : :
CCDS34 HDLRYGSPESAAHLIQASERRVHLVVSRQVRQRSPDIFQEAGWNSNGSW--SPGPG-ERS
340 350 360 370 380 390
460 470 480 490 500 510
pF1KB8 SSHKDLTQCVTCQEKHITVKKEPHESLGMTVAGGRGSKSGELPIFVTSVPPHGCLARDGR
.. : : .::.:: ....:.: :::::::::: . . .:::.: :: : : ..::::
CCDS34 NTPKPLHPTITCHEKVVNIQKDPGESLGMTVAGGASHREWDLPIYVISVEPGGVISRDGR
400 410 420 430 440 450
520 530 540 550 560 570
pF1KB8 IKRGDVLLNINGIDLTNLSHSEAVAMLKASAASPAVALKALEVQIVEEATQNAEEQPSTF
:: ::.:::..:..::..:.:::::.:: ...: ..::::::. : :. .:...
CCDS34 IKTGDILLNVDGVELTEVSRSEAVALLKRTSSS--IVLKALEVK--EYEPQEDCSSPAAL
460 470 480 490 500 510
580 590 600 610 620
pF1KB8 SENEYDA---SWSPSWVMWLGLPSTLHSCHDIVLRRSYLGSWGFSIVGGYEENHTNQPFF
. :. : .::::::::: :: :..:.::::::. :: :: ::::::: . :.:::
CCDS34 DSNHNMAPPSDWSPSWVMWLELPRCLYNCKDIVLRRNTAGSLGFCIVGGYEEYNGNKPFF
520 530 540 550 560 570
630 640 650 660 670 680
pF1KB8 IKTIVLGTPAYYDGRLKCGDMIVAVNGLSTVGMSHSALVPMLKEQRNKVTLTVICWPGSL
::.:: ::::: :::..:::...:::: :: :: :. :. .::: ....:::.. :::..
CCDS34 IKSIVEGTPAYNDGRIRCGDILLAVNGRSTSGMIHACLARLLKELKGRITLTIVSWPGTF
580 590 600 610 620 630
690
pF1KB8 V
.
CCDS34 L
>>CCDS47057.1 LNX1 gene_id:84708|Hs108|chr4 (728 aa)
initn: 2302 init1: 640 opt: 640 Z-score: 441.4 bits: 92.2 E(32554): 2.9e-18
Smith-Waterman score: 2135; 48.8% identity (71.9% similar) in 715 aa overlap (15-675:6-713)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MGTTSDEMVSVEQTSSSSLNPLCFECGQQHWTRENHLYNYQNEVDDDLVCHICLQPLLQP
:... .::: ::: : .:::.:.: .::::::.:::::: ::.:
CCDS47 MNQPESANDPEPLCAVCGQAHSLEENHFYSYPEEVDDDLICHICLQALLDP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 LDTPCGHTFCYKCLRNFLQEKDFCPLDRKRLHFKLCKKSSILVHKLLDKLLVLCPFSSVC
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CCDS47 LDTPCGHTYCTLCLTNFLVEKDFCPMDRKPLVLQHCKKSSILVNKLLNKLLVTCPFREHC
60 70 80 90 100 110
130 140 150
pF1KB8 KDVMQRCDLEAHLKNRCPGASHRRVALERRKTSR-----------------------TQA
.:.:::::: :... : :::: .. .:.. :. : .
CCDS47 TQVLQRCDLEHHFQTSCKGASHYGLTKDRKRRSQDGCPDGCASLTATAPSPEVSAAATIS
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200
pF1KB8 EIENENG---PTLLDPAGTLSPEADCLGTG------AVPVERH-LTSASLPTWSE-----
. .: : :. .. : .: . . .: : : :: . : :. ..
CCDS47 LMTDEPGLDNPAYVSSAEDGQPAISPVDSGRSNRTRARPFERSTIRSRSFKKINRALSVL
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250
pF1KB8 ---EPG--LDNPAFEESAGADTTQQPLS-------LPEGEITTIEIHRSNPYIQLGISIV
. : . : : . ....: : .:.::::.:.:.: .: .:.: .:
CCDS47 RRTKSGSAVANHADQGRENSENTTAPEVFPRLYHLIPDGEITSIKINRVDPSESLSIRLV
240 250 260 270 280 290
260 270 280 290 300 310
pF1KB8 GGNETPLINIVIQEVYRDGVIARDGRLLAGDQILQVNNYNISNVSHNYARAVLSQPCNTL
::.::::..:.::..::::::::::::: :: ::.::...:::: :::: .: :::..:
CCDS47 GGSETPLVHIIIQHIYRDGVIARDGRLLPGDIILKVNGMDISNVPHNYAVRLLRQPCQVL
300 310 320 330 340 350
320 330 340 350 360
pF1KB8 HLTVLRERRFGNRAHNHS-DSNSPREEIFQVALHKRDSGEQLGIKLVRRTDEPGVFILDL
:::.::..: .: .... :. ::.. :.: :.: . :::::::::..:::::::...
CCDS47 WLTVMREQKFRSRNNGQAPDAYRPRDDSFHVILNKSSPEEQLGIKLVRKVDEPGVFIFNV
360 370 380 390 400 410
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 LEGGLAAQDGRLSSNDRVLAINGHDLKYGTPELAAQIIQASGERVNLTIARPGKPQPGNT
:.::.: . :.: ::::::::::::.::.:: ::..:::: .::.:...: . . .
CCDS47 LDGGVAYRHGQLEENDRVLAINGHDLRYGSPESAAHLIQASERRVHLVVSRQVRQRSPDI
420 430 440 450 460 470
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 IREAGNHSSSSQHHTPPPYYSRPSSHKDLTQCVTCQEKHITVKKEPHESLGMTVAGGRGS
..::: .:..: .: : : .. : : .::.:: ....:.: :::::::::: .
CCDS47 FQEAGWNSNGSW--SPGPG-ERSNTPKPLHPTITCHEKVVNIQKDPGESLGMTVAGGASH
480 490 500 510 520
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 KSGELPIFVTSVPPHGCLARDGRIKRGDVLLNINGIDLTNLSHSEAVAMLKASAASPAVA
. .:::.: :: : : ..:::::: ::.:::..:..::..:.:::::.:: ...: ..
CCDS47 REWDLPIYVISVEPGGVISRDGRIKTGDILLNVDGVELTEVSRSEAVALLKRTSSS--IV
530 540 550 560 570 580
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 LKALEVQIVEEATQNAEEQPSTFSENEYDA---SWSPSWVMWLGLPSTLHSCHDIVLRRS
::::::. : :. .:.... :. : .::::::::: :: :..:.::::::.
CCDS47 LKALEVK--EYEPQEDCSSPAALDSNHNMAPPSDWSPSWVMWLELPRCLYNCKDIVLRRN
590 600 610 620 630 640
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 YLGSWGFSIVGGYEENHTNQPFFIKTIVLGTPAYYDGRLKCGDMIVAVNGLSTVGMSHSA
:: :: ::::::: . :.:::::.:: ::::: :::..:::...:::: :: :: :.
CCDS47 TAGSLGFCIVGGYEEYNGNKPFFIKSIVEGTPAYNDGRIRCGDILLAVNGRSTSGMIHAC
650 660 670 680 690 700
670 680 690
pF1KB8 LVPMLKEQRNKVTLTVICWPGSLV
:. .::: .
CCDS47 LARLLKELKGRITLTIVSWPGTFL
710 720
>>CCDS59120.1 MPDZ gene_id:8777|Hs108|chr9 (2037 aa)
initn: 831 init1: 287 opt: 617 Z-score: 420.9 bits: 89.9 E(32554): 4e-17
Smith-Waterman score: 805; 33.6% identity (60.6% similar) in 533 aa overlap (169-683:1531-2036)
140 150 160 170 180 190
pF1KB8 GASHRRVALERRKTSRTQAEIENENGPTLLDPAGTLSPEADCLGTGAVPVERHLTSASL-
.: . : : .::. :.. .: ::
CCDS59 DEIVVGYPIEKFISLLKTAKMTVKLTIHAENPDSQAVPSA----AGAASGEKKNSSQSLM
1510 1520 1530 1540 1550
200 210 220 230 240 250
pF1KB8 -P-TWSEEPGLDNPAFEESAGADTTQQPLSLP--EGEITTIEIHRSNPYIQLGISIVGGN
: . : :: . . :. : ...: . : : ::::: :. ::.:::::.
CCDS59 VPQSGSPEPESIRNTSRSSTPAIFASDPATCPIIPGCETTIEI--SKGRTGLGLSIVGGS
1560 1570 1580 1590 1600 1610
260 270 280 290 300 310
pF1KB8 ETPLINIVIQEVYRDGVIARDGRLLAGDQILQVNNYNISNVSHNYARAVLSQPCNTLHLT
.: : :.:.:::..:. .:::: ::::::.::. .. ...:. : :: : . ..::
CCDS59 DTLLGAIIIHEVYEEGAACKDGRLWAGDQILEVNGIDLRKATHDEAINVLRQTPQRVRLT
1620 1630 1640 1650 1660 1670
320 330 340 350 360 370
pF1KB8 VLRERRFGNRAHNHSDSNSPREEI---FQVALHKRDSGEQLGIKLVRRTDEPGVFILDLL
. :. .. .::. . . :.:. :. ::...: . .. :::. :..
CCDS59 LYRD-----------EAPYKEEEVCDTLTIELQKKP-GKGLGLSIVGKRNDTGVFVSDIV
1680 1690 1700 1710 1720
380 390 400 410 420 430
pF1KB8 EGGLAAQDGRLSSNDRVLAINGHDLKYGTPELAAQIIQASGERVNLTIARPGKPQPGNTI
.::.: :::: ..:..: .::.:.. .: : .: ... : :.: ..: : : ..
CCDS59 KGGIADADGRLMQGDQILMVNGEDVRNATQEAVAALLKCSLGTVTLEVGRI-KAGPFHSE
1730 1740 1750 1760 1770 1780
440 450 460 470 480
pF1KB8 REAGNHSSSSQ----HHTPPPYYS------RPSSHKDLTQCVTCQEKHITVKKEPHESLG
:. .. :. :. : : : . ::.:. . . .:: : .:::
CCDS59 RRPSQSSQVSEGSLSSFTFPLSGSSTSESLESSSKKNALASEIQGLRTVEMKKGPTDSLG
1790 1800 1810 1820 1830 1840
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 MTVAGGRGSKSGELPIFVTSVPPHGCLARDGRIKRGDVLLNINGIDLTNLSHSEAVAMLK
...::: :: :..:::.. . : : :. ... :: ...: : . ...:..:: .::
CCDS59 ISIAGGVGSPLGDVPIFIAMMHPTGVAAQTQKLRVGDRIVTICGTSTEGMTHTQAVNLLK
1850 1860 1870 1880 1890 1900
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 ASAASPAVALKALEVQIVEEATQNAEEQPSTFSENEYDASWSPSWVMWLGLPSTLHSCHD
:: .. .... : .: . .: :.. : . . : . :: :. :..
CCDS59 N--ASGSIEMQVVAGGDVSVVTGHQQE-PASSSLSFTGLTSSSIFQDDLGPPQ----CKS
1910 1920 1930 1940 1950
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 IVLRRSYLGSWGFSIVGGYEENHTNQPFFIKTIVLGTPAYYDGRLKCGDMIVAVNGLSTV
:.:.:. : :::::::: : . :...::. : ::::: ::.:.:::: :
CCDS59 ITLERGPDG-LGFSIVGGYGSPHGDLPIYVKTVFAKGAASEDGRLKRGDQIIAVNGQSLE
1960 1970 1980 1990 2000 2010
670 680 690
pF1KB8 GMSHSALVPMLKEQRNKVTLTVICWPGSLV
:..: : .::. .. ::: :.
CCDS59 GVTHEEAVAILKRTKGTVTLMVLS
2020 2030
>>CCDS83342.1 MPDZ gene_id:8777|Hs108|chr9 (2070 aa)
initn: 831 init1: 287 opt: 617 Z-score: 420.8 bits: 89.9 E(32554): 4e-17
Smith-Waterman score: 805; 33.6% identity (60.6% similar) in 533 aa overlap (169-683:1564-2069)
140 150 160 170 180 190
pF1KB8 GASHRRVALERRKTSRTQAEIENENGPTLLDPAGTLSPEADCLGTGAVPVERHLTSASL-
.: . : : .::. :.. .: ::
CCDS83 DEIVVGYPIEKFISLLKTAKMTVKLTIHAENPDSQAVPSA----AGAASGEKKNSSQSLM
1540 1550 1560 1570 1580
200 210 220 230 240 250
pF1KB8 -P-TWSEEPGLDNPAFEESAGADTTQQPLSLP--EGEITTIEIHRSNPYIQLGISIVGGN
: . : :: . . :. : ...: . : : ::::: :. ::.:::::.
CCDS83 VPQSGSPEPESIRNTSRSSTPAIFASDPATCPIIPGCETTIEI--SKGRTGLGLSIVGGS
1590 1600 1610 1620 1630 1640
260 270 280 290 300 310
pF1KB8 ETPLINIVIQEVYRDGVIARDGRLLAGDQILQVNNYNISNVSHNYARAVLSQPCNTLHLT
.: : :.:.:::..:. .:::: ::::::.::. .. ...:. : :: : . ..::
CCDS83 DTLLGAIIIHEVYEEGAACKDGRLWAGDQILEVNGIDLRKATHDEAINVLRQTPQRVRLT
1650 1660 1670 1680 1690 1700
320 330 340 350 360 370
pF1KB8 VLRERRFGNRAHNHSDSNSPREEI---FQVALHKRDSGEQLGIKLVRRTDEPGVFILDLL
. :. .. .::. . . :.:. :. ::...: . .. :::. :..
CCDS83 LYRD-----------EAPYKEEEVCDTLTIELQKKP-GKGLGLSIVGKRNDTGVFVSDIV
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