Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8121
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8121, 320 aa
1>>>pF1KB8121 320 - 320 aa - 320 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2469+/-0.00137; mu= 9.2140+/- 0.083
mean_var=297.5439+/-62.602, 0's: 0 Z-trim(109.8): 142 B-trim: 710 in 1/49
Lambda= 0.074353
statistics sampled from 11028 (11164) to 11028 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.687), E-opt: 0.2 (0.343), width: 16
Scan time: 2.450
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS41793.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12 ( 320) 2211 250.7 1.1e-66
CCDS31980.1 HNRNPA1L2 gene_id:144983|Hs108|chr13 ( 320) 2134 242.5 3.4e-64
CCDS44909.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12 ( 372) 1823 209.2 4.1e-54
CCDS82536.1 HNRNPA3 gene_id:220988|Hs108|chr2 ( 356) 1512 175.8 4.4e-44
CCDS2273.1 HNRNPA3 gene_id:220988|Hs108|chr2 ( 378) 1512 175.8 4.6e-44
CCDS5397.1 HNRNPA2B1 gene_id:3181|Hs108|chr7 ( 341) 1276 150.5 1.8e-36
CCDS43557.1 HNRNPA2B1 gene_id:3181|Hs108|chr7 ( 353) 1276 150.5 1.8e-36
CCDS4193.1 HNRNPA0 gene_id:10949|Hs108|chr5 ( 305) 1021 123.0 2.9e-28
CCDS3591.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 ( 336) 658 84.2 1.6e-16
CCDS34309.1 HNRNPAB gene_id:3182|Hs108|chr5 ( 332) 655 83.8 2e-16
CCDS3592.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 ( 355) 651 83.4 2.8e-16
CCDS3593.1 HNRNPDL gene_id:9987|Hs108|chr4 ( 420) 648 83.2 3.8e-16
CCDS34310.1 HNRNPAB gene_id:3182|Hs108|chr5 ( 285) 590 76.8 2.3e-14
CCDS82168.1 MSI2 gene_id:124540|Hs108|chr17 ( 324) 567 74.4 1.4e-13
CCDS11596.1 MSI2 gene_id:124540|Hs108|chr17 ( 328) 562 73.8 2e-13
CCDS3590.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 ( 306) 557 73.3 2.8e-13
CCDS75153.1 HNRNPDL gene_id:9987|Hs108|chr4 ( 363) 550 72.6 5.2e-13
CCDS9196.1 MSI1 gene_id:4440|Hs108|chr12 ( 362) 541 71.7 1e-12
CCDS11597.1 MSI2 gene_id:124540|Hs108|chr17 ( 251) 531 70.3 1.7e-12
>>CCDS41793.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12 (320 aa)
initn: 2211 init1: 2211 opt: 2211 Z-score: 1310.5 bits: 250.7 E(32554): 1.1e-66
Smith-Waterman score: 2211; 100.0% identity (100.0% similar) in 320 aa overlap (1-320:1-320)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 TYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 TYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGHNCEVRKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGHNCEVRKA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 LSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGGGRGGGFGGNDNFGRGGNFSGRGGFGGSRGGGGYGGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGGGRGGGFGGNDNFGRGGNFSGRGGFGGSRGGGGYGGS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 GDGYNGFGNDGSNFGGGGSYNDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 GDGYNGFGNDGSNFGGGGSYNDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPR
250 260 270 280 290 300
310 320
pF1KB8 NQGGYGGSSSSSSYGSGRRF
::::::::::::::::::::
CCDS41 NQGGYGGSSSSSSYGSGRRF
310 320
>>CCDS31980.1 HNRNPA1L2 gene_id:144983|Hs108|chr13 (320 aa)
initn: 2134 init1: 2134 opt: 2134 Z-score: 1265.9 bits: 242.5 E(32554): 3.4e-64
Smith-Waterman score: 2134; 96.9% identity (97.8% similar) in 320 aa overlap (1-320:1-320)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFV
:::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MSKSASPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 TYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHH
:::::::::::::. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 TYATVEEVDAAMNTTPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGHNCEVRKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::
CCDS31 LRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVKGHNCEVRKA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 LSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGGGRGGGFGGNDNFGRGGNFSGRGGFGGSRGGGGYGGS
: :::::::::::::: :::::::::: ::::::::::::::::::::::: ::::::::
CCDS31 LPKQEMASASSSQRGRRGSGNFGGGRGDGFGGNDNFGRGGNFSGRGGFGGSCGGGGYGGS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 GDGYNGFGNDGSNFGGGGSYNDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS31 GDGYNGFGNDGSNFGGGGSYNDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPQ
250 260 270 280 290 300
310 320
pF1KB8 NQGGYGGSSSSSSYGSGRRF
:::::: :::::::::::::
CCDS31 NQGGYGVSSSSSSYGSGRRF
310 320
>>CCDS44909.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12 (372 aa)
initn: 2277 init1: 1752 opt: 1823 Z-score: 1085.0 bits: 209.2 E(32554): 4.1e-54
Smith-Waterman score: 1962; 85.2% identity (85.2% similar) in 352 aa overlap (1-300:1-352)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 TYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 TYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGHNCEVRKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGHNCEVRKA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 LSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGGGRGGGFGGNDNFGRGGNFSGRGGFGGSRGGGGYGGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGGGRGGGFGGNDNFGRGGNFSGRGGFGGSRGGGGYGGS
190 200 210 220 230 240
250
pF1KB8 GDGYNGFGNDG-------------------------------------------------
:::::::::::
CCDS44 GDGYNGFGNDGGYGGGGPGYSGGSRGYGSGGQGYGNQGSGYGGSGSYDSYNNGGGGGFGG
250 260 270 280 290 300
260 270 280 290 300
pF1KB8 ---SNFGGGGSYNDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPRNQGGYGGS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 GSGSNFGGGGSYNDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPRNQGGYGGS
310 320 330 340 350 360
310 320
pF1KB8 SSSSSYGSGRRF
CCDS44 SSSSSYGSGRRF
370
>>CCDS82536.1 HNRNPA3 gene_id:220988|Hs108|chr2 (356 aa)
initn: 1463 init1: 1288 opt: 1512 Z-score: 904.9 bits: 175.8 E(32554): 4.4e-44
Smith-Waterman score: 1536; 69.9% identity (83.8% similar) in 345 aa overlap (3-317:2-341)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFV
....:::::::::::::::::::::.::: :::.:::::::::::::.::::::::::
CCDS82 MEGHDPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDDSLREHFEKWGTLTDCVVMRDPQTKRSRGFGFV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 TYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHH
::. :::::::: :::::::::::::::::::::: .:::::::::::::::::::::..
CCDS82 TYSCVEEVDAAMCARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSVKPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEYN
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGHNCEVRKA
::::::.:::::.::.: :: ::::::::::::::::.:::::.:::::.:::::::.::
CCDS82 LRDYFEKYGKIETIEVMEDRQSGKKRGFAFVTFDDHDTVDKIVVQKYHTINGHNCEVKKA
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB8 LSKQEMASASSSQRGRSG-SGNFGGGRGGGFGGND-NFGRGGNFSGRGGFGGSRGG--GG
:::::: ::.: ::::.: :::: : :::.:::. ::::::::.::::.::. :: :.
CCDS82 LSKQEMQSAGS-QRGRGGGSGNFMG-RGGNFGGGGGNFGRGGNFGGRGGYGGGGGGSRGS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB8 YGGSGDGYNGFGNDGSNFGGGGSYNDFGNYN-------NQSSNFGP-------MKGGNFG
:::. ::::::.::.:.::: .:.. :.:. ::....: .:::::
CCDS82 YGGGDGGYNGFGGDGGNYGGGPGYSSRGGYGGGGPGYGNQGGGYGGGGGYDGYNEGGNFG
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320
pF1KB8 GRSSGPYGGGGQY--FAK----------PRNQGGYGGSSSSSSYGSGRRF
: : :::::.: :.. : . :..:: ::.: ::.:
CCDS82 G---GNYGGGGNYNDFGNYSGQQQSNYGPMKGGSFGGRSSGSPYGGGYGSGGGSGGYGSR
300 310 320 330 340 350
CCDS82 RF
>>CCDS2273.1 HNRNPA3 gene_id:220988|Hs108|chr2 (378 aa)
initn: 1463 init1: 1288 opt: 1512 Z-score: 904.6 bits: 175.8 E(32554): 4.6e-44
Smith-Waterman score: 1536; 69.9% identity (83.8% similar) in 345 aa overlap (3-317:24-363)
10 20 30
pF1KB8 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGT
....:::::::::::::::::::::.::: :::.:::
CCDS22 MEVKPPPGRPQPDSGRRRRRRGEEGHDPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDDSLREHFEKWGT
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 LTDCVVMRDPNTKRSRGFGFVTYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPG
::::::::::.::::::::::::. :::::::: :::::::::::::::::::::: .::
CCDS22 LTDCVVMRDPQTKRSRGFGFVTYSCVEEVDAAMCARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSVKPG
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 AHLTVKKIFVGGIKEDTEEHHLRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSV
:::::::::::::::::::..::::::.:::::.::.: :: ::::::::::::::::.:
CCDS22 AHLTVKKIFVGGIKEDTEEYNLRDYFEKYGKIETIEVMEDRQSGKKRGFAFVTFDDHDTV
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 DKIVIQKYHTVNGHNCEVRKALSKQEMASASSSQRGRSG-SGNFGGGRGGGFGGND-NFG
::::.:::::.:::::::.:::::::: ::.: ::::.: :::: : :::.:::. :::
CCDS22 DKIVVQKYHTINGHNCEVKKALSKQEMQSAGS-QRGRGGGSGNFMG-RGGNFGGGGGNFG
190 200 210 220 230
220 230 240 250 260
pF1KB8 RGGNFSGRGGFGGSRGG--GGYGGSGDGYNGFGNDGSNFGGGGSYNDFGNYN-------N
:::::.::::.::. :: :.:::. ::::::.::.:.::: .:.. :.:. :
CCDS22 RGGNFGGRGGYGGGGGGSRGSYGGGDGGYNGFGGDGGNYGGGPGYSSRGGYGGGGPGYGN
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300
pF1KB8 QSSNFGP-------MKGGNFGGRSSGPYGGGGQY--FAK----------PRNQGGYGGSS
:....: .:::::: : :::::.: :.. : . :..:: :
CCDS22 QGGGYGGGGGYDGYNEGGNFGG---GNYGGGGNYNDFGNYSGQQQSNYGPMKGGSFGGRS
300 310 320 330 340 350
310 320
pF1KB8 SSSSYGSGRRF
:.: ::.:
CCDS22 SGSPYGGGYGSGGGSGGYGSRRF
360 370
>>CCDS5397.1 HNRNPA2B1 gene_id:3181|Hs108|chr7 (341 aa)
initn: 1247 init1: 1146 opt: 1276 Z-score: 768.2 bits: 150.5 E(32554): 1.8e-36
Smith-Waterman score: 1412; 64.4% identity (79.8% similar) in 337 aa overlap (8-309:3-339)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFV
.: ::.:::::::::::::.::::...:::: :::::::::: .:::::::::
CCDS53 MEREKEQFRKLFIGGLSFETTEESLRNYYEQWGKLTDCVVMRDPASKRSRGFGFV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 TYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHH
:.... :::::: ::::..:::::::::::.::.: .::::.::::.:::::::::::::
CCDS53 TFSSMAEVDAAMAARPHSIDGRVVEPKRAVAREESGKPGAHVTVKKLFVGGIKEDTEEHH
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGHNCEVRKA
::::::.::::..:::.::: :::::::.:::::::: :::::.:::::.:::: :::::
CCDS53 LRDYFEEYGKIDTIEIITDRQSGKKRGFGFVTFDDHDPVDKIVLQKYHTINGHNAEVRKA
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220
pF1KB8 LSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGGGRGGG--FG---------GNDNFGRGGNF----SGR
::.::: ..::. ::.:. .:: .:::: :: :.:..: : .: .:
CCDS53 LSRQEMQEVQSSRSGRGGNFGFGDSRGGGGNFGPGPGSNFRGGSDGYGSGRGFGDGYNGY
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260
pF1KB8 GG------FGGSRG-GGGYGGSGDGYNGFGNDGSNFGGG-----------GSYNDFGNYN
:: :::: : ::: :: : : :.::.:...::: :.::::::::
CCDS53 GGGPGGGNFGGSPGYGGGRGGYGGGGPGYGNQGGGYGGGYDNYGGGNYGSGNYNDFGNYN
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KB8 NQSSNFGPMKGGNFGGRSS--GPYGGGGQYFAKPRNQGGYGGSSSSSSYGSGRRF
.: ::.::::.::::: . ::::::. . ..::::: :
CCDS53 QQPSNYGPMKSGNFGGSRNMGGPYGGGNYGPGGSGGSGGYGGRSRY
300 310 320 330 340
>>CCDS43557.1 HNRNPA2B1 gene_id:3181|Hs108|chr7 (353 aa)
initn: 1247 init1: 1146 opt: 1276 Z-score: 768.1 bits: 150.5 E(32554): 1.8e-36
Smith-Waterman score: 1412; 64.4% identity (79.8% similar) in 337 aa overlap (8-309:15-351)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKR
.: ::.:::::::::::::.::::...:::: :::::::::: .::
CCDS43 MEKTLETVPLERKKREKEQFRKLFIGGLSFETTEESLRNYYEQWGKLTDCVVMRDPASKR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 SRGFGFVTYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIK
::::::::.... :::::: ::::..:::::::::::.::.: .::::.::::.::::::
CCDS43 SRGFGFVTFSSMAEVDAAMAARPHSIDGRVVEPKRAVAREESGKPGAHVTVKKLFVGGIK
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 EDTEEHHLRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGH
:::::::::::::.::::..:::.::: :::::::.:::::::: :::::.:::::.:::
CCDS43 EDTEEHHLRDYFEEYGKIDTIEIITDRQSGKKRGFGFVTFDDHDPVDKIVLQKYHTINGH
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220
pF1KB8 NCEVRKALSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGGGRGGG--FG---------GNDNFGRGGNF
: :::::::.::: ..::. ::.:. .:: .:::: :: :.:..: : .:
CCDS43 NAEVRKALSRQEMQEVQSSRSGRGGNFGFGDSRGGGGNFGPGPGSNFRGGSDGYGSGRGF
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260
pF1KB8 ----SGRGG------FGGSRG-GGGYGGSGDGYNGFGNDGSNFGGG-----------GSY
.: :: :::: : ::: :: : : :.::.:...::: :.:
CCDS43 GDGYNGYGGGPGGGNFGGSPGYGGGRGGYGGGGPGYGNQGGGYGGGYDNYGGGNYGSGNY
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300 310
pF1KB8 NDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSS--GPYGGGGQYFAKPRNQGGYGGSSSSSSYGSGR
:::::::.: ::.::::.::::: . ::::::. . ..::::: :
CCDS43 NDFGNYNQQPSNYGPMKSGNFGGSRNMGGPYGGGNYGPGGSGGSGGYGGRSRY
310 320 330 340 350
320
pF1KB8 RF
>>CCDS4193.1 HNRNPA0 gene_id:10949|Hs108|chr5 (305 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFV
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CCDS41 MENSQLCKLFIGGLNVQTSESGLRGHFEAFGTLTDCVVVVNPQTKRSRCFGFV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 TYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHH
::..:::.:::: : :: ::: .:: ::::::::: ::::: :::.::::.: :. :
CCDS41 TYSNVEEADAAMAASPHAVDGNTVELKRAVSREDSARPGAHAKVKKLFVGGLKGDVAEGD
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGHNCEVRKA
: ..: :.: .: ::..:. :::::::.:: :..::..:: .. :.: ..:: ::.::
CCDS41 LIEHFSQFGTVEKAEIIADKQSGKKRGFGFVYFQNHDAADKAAVVKFHPIQGHRVEVKKA
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB8 LSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGG-GRGGGFGGND-NFGRGGNFSGRGGFGGSRGGGGYG
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CCDS41 VPKEDIYSGGGGGGSRSSRGGRGGRGRGGGRDQNGLSKGGGGGYNSYGGYGGG-GGGGYN
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 GSGDGYNGFGNDGSNFGGGGSYNDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGG---GGQY
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CCDS41 AYGGGGGGSSYGGSDYGNG--FGGFGSYSQHQSSYGPMKSGGGGGGGGSSWGGRSNSGPY
240 250 260 270 280 290
300 310 320
pF1KB8 FAKPRNQGGYGGSSSSSSYGSGRRF
. . :::::::
CCDS41 RGGYGGGGGYGGSSF
300
>>CCDS3591.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 (336 aa)
initn: 633 init1: 275 opt: 658 Z-score: 410.0 bits: 84.2 E(32554): 1.6e-16
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10 20 30
pF1KB8 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLR
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CCDS35 GAAAAAGSGAGTGGGTASGGTEGGSAESEGAKIDASKNEEDEGKMFIGGLSWDTTKKDLK
40 50 60 70 80 90
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 SHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFVTYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVS
..: ..: ..::.. :: : :::::::: . : :: .:. . ::..:.:..:::: .
CCDS35 DYFSKFGEVVDCTLKLDPITGRSRGFGFVLFKESESVDKVMDQKEHKLNGKVIDPKRAKA
100 110 120 130 140 150
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 REDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHHLRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFV
. ...: ::::::::.. :: :...:.:: .:..: ::. : ..:.::: :.
CCDS35 MK-TKEP-----VKKIFVGGLSPDTPEEKIREYFGGFGEVESIELPMDNKTNKRRGFCFI
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160 170 180 190 200 210
pF1KB8 TFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGHNCEVRKALSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGGGRGGGFG
:: ... : ::. .:::.:. .::.. :.::... . ..: : : : : .:: : :
CCDS35 TFKEEEPVKKIMEKKYHNVGLSKCEIKVAMSKEQYQQ--QQQWGSRG-GFAGRARGRGGG
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 GNDNFGRGGNFSGRGGFGGSRGGGGYGGSGDGYNGFGNDGSNFGGGGSYNDFGNYNNQSS
..:...: .:. ..: :.:: ...::.:.: : .. : ..: .:.:.::.:
CCDS35 PSQNWNQG--YSNYW----NQGYGNYGYNSQGYGGYG--GYDYTGYNNYYGYGDYSNQQS
270 280 290 300 310
280 290 300 310 320
pF1KB8 NFGPM--KGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPRNQGGYGGSSSSSSYGSGRRF
..: . .::. : ::
CCDS35 GYGKVSRRGGH--QNSYKPY
320 330
>>CCDS34309.1 HNRNPAB gene_id:3182|Hs108|chr5 (332 aa)
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Smith-Waterman score: 655; 37.5% identity (72.2% similar) in 277 aa overlap (8-275:64-331)
10 20 30
pF1KB8 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQW
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CCDS34 TGAAAGAGGATAAPPSGNQNGAEGDQINASKNEEDAGKMFVGGLSWDTSKKDLKDYFTKF
40 50 60 70 80 90
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 GTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFVTYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQR
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CCDS34 GEVVDCTIKMDPNTGRSRGFGFILFKDAASVEKVLDQKEHRLDGRVIDPKKAMAMK--KD
100 110 120 130 140 150
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 PGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHHLRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHD
: ::::::::.. .. :...:.:: ..:.::.::. : .:.:::.:.:: ...
CCDS34 P-----VKKIFVGGLNPEATEEKIREYFGEFGEIEAIELPMDPKLNKRRGFVFITFKEEE
160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 SVDKIVIQKYHTVNGHNCEVRKALSKQ--EMASASSSQRGRSGSGNFGGGRGGGFGG-ND
: :.. .:.:::.: .::.. : :. .. . .:. :: . :: :.: ::: :: ..
CCDS34 PVKKVLEKKFHTVSGSKCEIKVAQPKEVYQQQQYGSGGRGNRNRGNRGSGGGGGGGGQSQ
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260
pF1KB8 NFGRG-GNFSGRGGFGGSRG-GGGYGG---SGDGYNGFGNDGSNFGGGGS-YNDFGNYNN
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CCDS34 SWNQGYGNYWNQG-YGYQQGYGPGYGGYDYSPYGYYGYG-PGYDYSQGSTNYGKSQRRGG
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270 280 290 300 310 320
pF1KB8 QSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPRNQGGYGGSSSSSSYGSGRRF
...:. :
CCDS34 HQNNYKPY
330
320 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 09:43:04 2016 done: Fri Nov 4 09:43:04 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]