Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8148
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8148, 543 aa
1>>>pF1KB8148 543 - 543 aa - 543 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.2819+/-0.00134; mu= -6.1899+/- 0.081
mean_var=444.1823+/-90.935, 0's: 0 Z-trim(110.8): 113 B-trim: 122 in 1/54
Lambda= 0.060855
statistics sampled from 11811 (11915) to 11811 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.66), E-opt: 0.2 (0.366), width: 16
Scan time: 3.020
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS75712.1 NEFL gene_id:4747|Hs108|chr8 ( 543) 3338 307.8 2.1e-83
CCDS6046.1 NEFM gene_id:4741|Hs108|chr8 ( 916) 1313 130.3 9.9e-30
CCDS7545.1 INA gene_id:9118|Hs108|chr10 ( 499) 1288 127.8 3e-29
CCDS7120.1 VIM gene_id:7431|Hs108|chr10 ( 466) 1161 116.6 6.5e-26
CCDS33383.1 DES gene_id:1674|Hs108|chr2 ( 470) 1150 115.7 1.3e-25
CCDS8783.1 PRPH gene_id:5630|Hs108|chr12 ( 470) 1124 113.4 6.2e-25
CCDS59296.1 GFAP gene_id:2670|Hs108|chr17 ( 438) 1047 106.6 6.4e-23
CCDS45708.1 GFAP gene_id:2670|Hs108|chr17 ( 431) 1045 106.4 7.1e-23
CCDS11491.1 GFAP gene_id:2670|Hs108|chr17 ( 432) 1045 106.4 7.1e-23
CCDS13858.1 NEFH gene_id:4744|Hs108|chr22 (1020) 1015 104.2 8e-22
CCDS8841.1 KRT8 gene_id:3856|Hs108|chr12 ( 483) 812 86.0 1.1e-16
CCDS58234.1 KRT8 gene_id:3856|Hs108|chr12 ( 511) 812 86.0 1.2e-16
CCDS8822.1 KRT7 gene_id:3855|Hs108|chr12 ( 469) 791 84.1 3.9e-16
CCDS8830.1 KRT5 gene_id:3852|Hs108|chr12 ( 590) 774 82.7 1.3e-15
CCDS41786.1 KRT6A gene_id:3853|Hs108|chr12 ( 564) 763 81.8 2.4e-15
CCDS8829.1 KRT6C gene_id:286887|Hs108|chr12 ( 564) 757 81.2 3.5e-15
CCDS8828.1 KRT6B gene_id:3854|Hs108|chr12 ( 564) 755 81.1 4e-15
CCDS8825.1 KRT84 gene_id:3890|Hs108|chr12 ( 600) 747 80.4 6.7e-15
CCDS8827.1 KRT75 gene_id:9119|Hs108|chr12 ( 551) 735 79.3 1.3e-14
CCDS41787.2 KRT4 gene_id:3851|Hs108|chr12 ( 520) 724 78.3 2.5e-14
CCDS8838.1 KRT76 gene_id:51350|Hs108|chr12 ( 638) 723 78.3 3e-14
CCDS44895.1 KRT3 gene_id:3850|Hs108|chr12 ( 628) 715 77.6 4.9e-14
CCDS8834.1 KRT73 gene_id:319101|Hs108|chr12 ( 540) 713 77.4 4.9e-14
CCDS41785.1 KRT86 gene_id:3892|Hs108|chr12 ( 486) 705 76.6 7.5e-14
CCDS8824.1 KRT85 gene_id:3891|Hs108|chr12 ( 507) 702 76.4 9.2e-14
CCDS8836.1 KRT1 gene_id:3848|Hs108|chr12 ( 644) 693 75.7 1.9e-13
CCDS31805.1 KRT81 gene_id:3887|Hs108|chr12 ( 505) 689 75.2 2e-13
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CCDS8831.1 KRT71 gene_id:112802|Hs108|chr12 ( 523) 674 73.9 5.2e-13
CCDS8839.1 KRT79 gene_id:338785|Hs108|chr12 ( 535) 674 73.9 5.3e-13
CCDS8835.1 KRT2 gene_id:3849|Hs108|chr12 ( 639) 676 74.2 5.3e-13
CCDS8832.1 KRT74 gene_id:121391|Hs108|chr12 ( 529) 672 73.7 5.9e-13
CCDS8833.1 KRT72 gene_id:140807|Hs108|chr12 ( 511) 667 73.3 7.8e-13
CCDS11401.1 KRT16 gene_id:3868|Hs108|chr17 ( 473) 647 71.5 2.5e-12
CCDS8837.1 KRT77 gene_id:374454|Hs108|chr12 ( 578) 645 71.4 3.2e-12
CCDS11400.1 KRT14 gene_id:3861|Hs108|chr17 ( 472) 641 71.0 3.6e-12
CCDS11402.1 KRT17 gene_id:3872|Hs108|chr17 ( 432) 638 70.7 4.1e-12
CCDS8840.1 KRT78 gene_id:196374|Hs108|chr12 ( 520) 639 70.8 4.3e-12
CCDS11396.1 KRT13 gene_id:3860|Hs108|chr17 ( 458) 630 70.0 6.9e-12
CCDS11399.1 KRT19 gene_id:3880|Hs108|chr17 ( 400) 625 69.5 8.5e-12
CCDS11397.1 KRT13 gene_id:3860|Hs108|chr17 ( 420) 616 68.7 1.5e-11
CCDS8821.2 KRT80 gene_id:144501|Hs108|chr12 ( 452) 616 68.8 1.6e-11
CCDS11398.1 KRT15 gene_id:3866|Hs108|chr17 ( 456) 611 68.3 2.2e-11
CCDS41784.1 KRT80 gene_id:144501|Hs108|chr12 ( 422) 609 68.1 2.3e-11
CCDS31809.1 KRT18 gene_id:3875|Hs108|chr12 ( 430) 593 66.7 6.3e-11
CCDS11377.1 KRT10 gene_id:3858|Hs108|chr17 ( 584) 595 67.0 6.9e-11
>>CCDS75712.1 NEFL gene_id:4747|Hs108|chr8 (543 aa)
initn: 3338 init1: 3338 opt: 3338 Z-score: 1610.9 bits: 307.8 E(32554): 2.1e-83
Smith-Waterman score: 3338; 100.0% identity (100.0% similar) in 543 aa overlap (1-543:1-543)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSSFSYEPYYSTSYKRRYVETPRVHISSVRSGYSTARSAYSSYSAPVSSSLSVRRSYSSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MSSFSYEPYYSTSYKRRYVETPRVHISSVRSGYSTARSAYSSYSAPVSSSLSVRRSYSSS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 SGSLMPSLENLDLSQVAAISNDLKSIRTQEKAQLQDLNDRFASFIERVHELEQQNKVLEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SGSLMPSLENLDLSQVAAISNDLKSIRTQEKAQLQDLNDRFASFIERVHELEQQNKVLEA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 ELLVLRQKHSEPSRFRALYEQEIRDLRLAAEDATNEKQALQGEREGLEETLRNLQARYEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 ELLVLRQKHSEPSRFRALYEQEIRDLRLAAEDATNEKQALQGEREGLEETLRNLQARYEE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 EVLSREDAEGRLMEARKGADEAALARAELEKRIDSLMDEISFLKKVHEEEIAELQAQIQY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 EVLSREDAEGRLMEARKGADEAALARAELEKRIDSLMDEISFLKKVHEEEIAELQAQIQY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 AQISVEMDVTKPDLSAALKDIRAQYEKLAAKNMQNAEEWFKSRFTVLTESAAKNTDAVRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 AQISVEMDVTKPDLSAALKDIRAQYEKLAAKNMQNAEEWFKSRFTVLTESAAKNTDAVRA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 AKDEVSESRRLLKAKTLEIEACRGMNEALEKQLQELEDKQNADISAMQDTINKLENELRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 AKDEVSESRRLLKAKTLEIEACRGMNEALEKQLQELEDKQNADISAMQDTINKLENELRT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 TKSEMARYLKEYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRLSFTSVGSITSGYSQSSQVFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 TKSEMARYLKEYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRLSFTSVGSITSGYSQSSQVFG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 RSAYGGLQTSSYLMSTRSFPSYYTSHVQEEQIEVEETIEAAKAEEAKDEPPSEGEAEEEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 RSAYGGLQTSSYLMSTRSFPSYYTSHVQEEQIEVEETIEAAKAEEAKDEPPSEGEAEEEE
430 440 450 460 470 480
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pF1KB8 KDKEEAEEEEAAEEEEAAKEESEEAKEEEEGGEGEEGEETKEAEEEEKKVEGAGEEQAAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KDKEEAEEEEAAEEEEAAKEESEEAKEEEEGGEGEEGEETKEAEEEEKKVEGAGEEQAAK
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pF1KB8 KKD
:::
CCDS75 KKD
>>CCDS6046.1 NEFM gene_id:4741|Hs108|chr8 (916 aa)
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Smith-Waterman score: 1338; 43.9% identity (72.6% similar) in 563 aa overlap (3-543:2-562)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MSSFSYEPYYSTSYKRRYVETPRVHISSVRSGYSTA-RSAYSSYSAPVSSSLSVRRSYSS
:.. . . : :: .:: : .: : .. :.. :: : ..: . : : .::. .
CCDS60 MSYTLDSLGNPSAYRRVTET-RSSFSRVSGSPSSGFRSQSWSRGSPSTVSSSYKRSMLA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KB8 S----SGSLMPSLEN-LDLSQVAAISN-------DLKSIRTQEKAQLQDLNDRFASFIER
:.... : :. ::.:: ... : : : :..:: ::: ::::::..::.
CCDS60 PRLAYSSAMLSSAESSLDFSQSSSLLNGGSGPGGDYKLSRSNEKEQLQGLNDRFAGYIEK
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110 120 130 140 150 160
pF1KB8 VHELEQQNKVLEAELLVLRQKHSEPSRFRALYEQEIRDLRLAAEDATNEKQALQGEREGL
:: :::::: .:::. .::::.. ... :.::::.:: . : ...:: .: . . :
CCDS60 VHYLEQQNKEIEAEIQALRQKQASHAQLGDAYDQEIRELRATLEMVNHEKAQVQLDSDHL
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 EETLRNLQARYEEEVLSREDAEGRLMEARKGADEAALARAELEKRIDSLMDEISFLKKVH
:: .. :. :.:::. :.:.:. . :: .::.:...::.:...::.::..::.. :
CCDS60 EEDIHRLKERFEEEARLRDDTEAAIRALRKDIEEASLVKVELDKKVQSLQDEVAFLRSNH
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 EEEIAELQAQIQYAQISVEM-DVTKPDLSAALKDIRAQYEKLAAKNMQNAEEWFKSRFTV
:::.:.: :::: ..:.:: : : :.:.:::.::.: :. . .::..:::::: :..
CCDS60 EEEVADLLAQIQASHITVERKDYLKTDISTALKEIRSQLESHSDQNMHQAEEWFKCRYAK
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 LTESAAKNTDAVRAAKDEVSESRRLLKAKTLEIEACRGMNEALEKQLQELEDKQNADISA
:::.: .: .:.:.::.:..: :: :..:..:.:. :: .:.::.::...:...: :.:.
CCDS60 LTEAAEQNKEAIRSAKEEIAEYRRQLQSKSIELESVRGTKESLERQLSDIEERHNHDLSS
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pF1KB8 MQDTINKLENELRTTKSEMARYLKEYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRLSFTSVG
.::::..:::::: :: ::::.:.:::::::::::::::::::::::::::::.: : .:
CCDS60 YQDTIQQLENELRGTKWEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRFS-TFAG
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410 420 430 440 450 460
pF1KB8 SITSG-YSQSSQVFGRSAYGGLQTSSYLMSTR-SFPSYYT--SHVQEEQIEVEETIEAAK
:::. :.. . : .. . .... .: ..:..:. :.::.. :
CCDS60 SITGPLYTHRPPITISSKIQKPKVEAPKLKVQHKFVEEIIEETKVEDEKSEMEEALTAIT
420 430 440 450 460 470
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pF1KB8 AEEAKDEPPSEGEAEEEEKDKEEAEEEEAAEEEEAAKEESEEAKEEEEGGEGEEGEETKE
: : . . :: ::.... ::::::.: .. .: . :.:::: : :::.: .:
CCDS60 EELAVSMKEEKKEAAEEKEEEPEAEEEEVAAKKSPVKATAPEVKEEEGEKEEEEGQEEEE
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530 540
pF1KB8 AEEEEKKV----EGAGEEQAAKKKD
:.: : ::..:......:.
CCDS60 EEDEGAKSDQAEEGGSEKEGSSEKEEGEQEEGETEAEAEGEEAEAKEEKKVEEKSEEVAT
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>>CCDS7545.1 INA gene_id:9118|Hs108|chr10 (499 aa)
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Smith-Waterman score: 1311; 49.2% identity (74.4% similar) in 488 aa overlap (3-479:2-472)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSSFSYEPYYSTSYKRRYVETPRVHISSVRSGYSTARSAYSSYSAPVSSSLSVRRSYSSS
::. : : .: . : : ..:. :: . : ... : : :. : :.:
CCDS75 MSFGSEHYLCSSSSYRKVFGDGSRLSARLSGAGGA-GGFRSQSLSRSNVASSAACSSAS
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB8 SGSLM------PSLENLDLSQVAAISNDLKSIRTQEKAQLQDLNDRFASFIERVHELEQQ
: .: :. ..:::::.:: .:. : :::.:: ::: :::::: :::.::.:: :
CCDS75 SLGLGLAYRRPPASDGLDLSQAAARTNEYKIIRTNEKEQLQGLNDRFAVFIEKVHQLETQ
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pF1KB8 NKVLEAELLVLRQKHSEPSRFRALYEQEIRDLRLAAEDATNEK-QALQGEREGLEETLRN
:..::::: .:::.:.:::: :...:.:::: :.:.. . ::: ::.:: : ..
CCDS75 NRALEAELAALRQRHAEPSRVGELFQRELRDLRAQLEEASSARSQALL-ERDGLAEEVQR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 LQARYEEEVLSREDAEGRLMEARKGADEAALARAELEKRIDSLMDEISFLKKVHEEEIAE
:.:: ::: .:: :: : .. .: :.::: .:::...::.::..:...::.::.::
CCDS75 LRARCEEESRGREGAERALKAQQRDVDGATLARLDLEKKVESLLDELAFVRQVHDEEVAE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 LQAQIQYA-QISVEMDVT--KPDLSAALKDIRAQYEKLAAKNMQNAEEWFKSRFTVLTES
: : .: . : ..:.::: ::::..::..::::::.:::::.:.::::.::.:. :.:.
CCDS75 LLATLQASSQAAAEVDVTVAKPDLTSALREIRAQYESLAAKNLQSAEEWYKSKFANLNEQ
240 250 260 270 280 290
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pF1KB8 AAKNTDAVRAAKDEVSESRRLLKAKTLEIEACRGMNEALEKQLQELEDKQNADISAMQDT
::..:.:.::...:. : :: :.:.:.:::. :: ::.::.:. :::....:.....::.
CCDS75 AARSTEAIRASREEIHEYRRQLQARTIEIEGLRGANESLERQILELEERHSAEVAGYQDS
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB8 INKLENELRTTKSEMARYLKEYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRLSFTSVGSITS
:..:::.::.:::::::.:.:::::::::::::::::::::::::::::.: ::
CCDS75 IGQLENDLRNTKSEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRFS-------TS
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB8 GYSQSSQVFGRSAYGGLQTSSYLMSTRSFPSYYTSHVQEEQIEVEETIEAAKAEEAKDEP
: : :. . : . :::. : . : ::.:. . ... : .: .. ..
CCDS75 GLSISG-------LNPLPNPSYLLPPRIL-SATTSKVSSTGLSLKKEEEEEEASKVASKK
420 430 440 450 460
480 490 500 510 520
pF1KB8 PSE-GEAEEEEKDKEEAEEEEAAEEEEAAKEESEEAKEEEEGGEGEEGEETKEAEEEEKK
:. ::. ::
CCDS75 TSQIGESFEEILEETVISTKKTEKSNIEETTISSQKI
470 480 490
>>CCDS7120.1 VIM gene_id:7431|Hs108|chr10 (466 aa)
initn: 1218 init1: 956 opt: 1161 Z-score: 578.8 bits: 116.6 E(32554): 6.5e-26
Smith-Waterman score: 1161; 48.6% identity (79.9% similar) in 393 aa overlap (13-402:25-413)
10 20 30 40
pF1KB8 MSSFSYEPYYSTSYKRRYVETP-RVHI--SSVRSGYSTARSAYSSYSA
: .: :: : :.. :..: ::.:: :.: .
CCDS71 MSTRSVSSSSYRRMFGGPGTASRPSSSRSYVTTSTRTYSLGSALRP--STSRSLYASSPG
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 PVSSSLSVRRSYSSSSGSLMPSLENLDLSQVAAISNDLKSIRTQEKAQLQDLNDRFASFI
: .. : :: .. ...:.: . ::....:. ::.::..::.::::::..:
CCDS71 GVYATRSSAVRLRSSVPGVRLLQDSVDFSLADAINTEFKNTRTNEKVELQELNDRFANYI
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 ERVHELEQQNKVLEAELLVLRQKHSEPSRFRALYEQEIRDLRLAAEDATNEKQALQGERE
..:. ::::::.: ::: :. . . ::. :::.:.:.:: ... ::.: .. ::.
CCDS71 DKVRFLEQQNKILLAELEQLKGQGK--SRLGDLYEEEMRELRRQVDQLTNDKARVEVERD
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 GLEETLRNLQARYEEEVLSREDAEGRLMEARKGADEAALARAELEKRIDSLMDEISFLKK
.: : . :. . .::.:.::.::. :. :. .:.:.::: .::....::..::.::::
CCDS71 NLAEDIMRLREKLQEEMLQREEAENTLQSFRQDVDNASLARLDLERKVESLQEEIAFLKK
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 VHEEEIAELQAQIQYAQISVEMDVTKPDLSAALKDIRAQYEKLAAKNMQNAEEWFKSRFT
.::::: ::::::: ......::.::::.:::.:.: :::..::::.:.::::.::.:.
CCDS71 LHEEEIQELQAQIQEQHVQIDVDVSKPDLTAALRDVRQQYESVAAKNLQEAEEWYKSKFA
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 VLTESAAKNTDAVRAAKDEVSESRRLLKAKTLEIEACRGMNEALEKQLQELEDKQNADIS
:.:.: .:.::.: ::.: .: :: ... : :..: .: ::.::.:..:.:.. .. .
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.::::..:..:... : ::::.:.:::::::::::::::::.:::::::::.:.:.
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:..: ::.::.: ::.:. : :. ... : ::.: .: :..: .:..::::. .. :..
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::.: .::.:.: :.::::.:.:::::::::::::.:::.:::::::::.:...
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CCDS87 LNIKTTVPEVEPPQDSHSRKTVLIKTIETRNGEVVTESQKEQRSELDKSSAHSY
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CCDS11 TKSVSEGHLKRNIVVKTVEMRDGEVIKESKQEHKDVM
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CCDS13 SSTDSLDTLSNGPEGCMVAVATS-----RSEKEQLQALNDRFAGYIDKVRQLEAHNRSLE
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CCDS13 GEAAALRQQQAGRSAMGELYEREVREMRGAVLRLGAARGQLRLEQEHLLEDIAHVRQRLD
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CCDS13 DEARQREEAEAAARALARFAQEAEAARVDLQKKAQALQEECGYLRRHHQEEVGELLGQIQ
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CCDS13 GSGAAQAQMQAETRDALKCDVTSALREIRAQLEGHAVQSTLQSEEWFRVRLDRLSEAAKV
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CCDS13 NTDAMRSAQEEITEYRRQLQARTTELEALKSTKDSLERQRSELEDRHQADIASYQEAIQQ
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pF1KB8 LENELRTTKSEMARYLKEYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRLSFTSVG-SITSGY
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CCDS13 LDAELRNTKWEMAAQLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEECRIGFGPIPFSLPEGL
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pF1KB8 SQSSQVFGRSAYGGLQTSSYLMSTRSFPSYYTSHVQEEQI--EV-EETIEAAKAEEAKDE
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CCDS13 PKIPSVSTHIKVKSEEKIKVVEKSEKETVIVEEQTEETQVTEEVTEEEEKEAKEEEGKEE
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pF1KB8 PPSEGEAEE--EEKDKEEAEEEEAAEEEEAAKEESEEAKE--EEEGGEGEEGEETKEAEE
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CCDS13 EGGEEEEAEGGEEETKSPPAEEAASPEKEAKSPVKEEAKSPAEAKSPEKEEAKSPAEVKS
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