Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8155
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8155, 460 aa
1>>>pF1KB8155 460 - 460 aa - 460 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.8293+/-0.000748; mu= 9.8588+/- 0.046
mean_var=189.7141+/-37.442, 0's: 0 Z-trim(116.3): 124 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.093116
statistics sampled from 16806 (16930) to 16806 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.809), E-opt: 0.2 (0.52), width: 16
Scan time: 3.240
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS42593.1 NR1H2 gene_id:7376|Hs108|chr19 ( 460) 3143 433.9 1.6e-121
CCDS58673.1 NR1H2 gene_id:7376|Hs108|chr19 ( 363) 1967 275.8 5e-74
CCDS44585.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 402) 1234 177.4 2.4e-44
CCDS7929.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 447) 1234 177.5 2.5e-44
CCDS73285.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 453) 1234 177.5 2.6e-44
CCDS44584.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 387) 760 113.7 3.4e-25
CCDS54994.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6 ( 402) 516 81.0 2.6e-15
CCDS4803.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6 ( 441) 516 81.0 2.7e-15
CCDS9078.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12 ( 472) 468 74.6 2.5e-13
CCDS55875.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12 ( 482) 468 74.6 2.6e-13
CCDS45671.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17 ( 365) 453 72.5 8.4e-13
CCDS42317.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17 ( 457) 453 72.5 9.9e-13
CCDS11366.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17 ( 462) 453 72.6 1e-12
CCDS46775.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3 ( 336) 444 71.2 1.8e-12
CCDS55873.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12 ( 476) 445 71.5 2.2e-12
CCDS55876.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12 ( 486) 445 71.5 2.2e-12
CCDS58236.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 382) 443 71.1 2.2e-12
CCDS2642.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3 ( 448) 444 71.3 2.3e-12
CCDS58237.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 432) 443 71.2 2.4e-12
CCDS41790.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 443) 443 71.2 2.5e-12
CCDS8850.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 454) 443 71.2 2.5e-12
CCDS55874.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12 ( 425) 439 70.6 3.5e-12
CCDS33718.1 NR1D2 gene_id:9975|Hs108|chr3 ( 579) 409 66.7 7.1e-11
>>CCDS42593.1 NR1H2 gene_id:7376|Hs108|chr19 (460 aa)
initn: 3143 init1: 3143 opt: 3143 Z-score: 2295.0 bits: 433.9 E(32554): 1.6e-121
Smith-Waterman score: 3143; 100.0% identity (100.0% similar) in 460 aa overlap (1-460:1-460)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSSPTTSSLDTPLPGNGPPQPGAPSSSPTVKEEGPEPWPGGPDPDVPGTDEASSACSTDW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MSSPTTSSLDTPLPGNGPPQPGAPSSSPTVKEEGPEPWPGGPDPDVPGTDEASSACSTDW
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 VIPDPEEEPERKRKKGPAPKMLGHELCRVCGDKASGFHYNVLSCEGCKGFFRRSVVRGGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 VIPDPEEEPERKRKKGPAPKMLGHELCRVCGDKASGFHYNVLSCEGCKGFFRRSVVRGGA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 RRYACRGGGTCQMDAFMRRKCQQCRLRKCKEAGMREQCVLSEEQIRKKKIRKQQQESQSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 RRYACRGGGTCQMDAFMRRKCQQCRLRKCKEAGMREQCVLSEEQIRKKKIRKQQQESQSQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 SQSPVGPQGSSSSASGPGASPGGSEAGSQGSGEGEGVQLTAAQELMIQQLVAAQLQCNKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SQSPVGPQGSSSSASGPGASPGGSEAGSQGSGEGEGVQLTAAQELMIQQLVAAQLQCNKR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 SFSDQPKVTPWPLGADPQSRDARQQRFAHFTELAIISVQEIVDFAKQVPGFLQLGREDQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SFSDQPKVTPWPLGADPQSRDARQQRFAHFTELAIISVQEIVDFAKQVPGFLQLGREDQI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 ALLKASTIEIMLLETARRYNHETECITFLKDFTYSKDDFHRAGLQVEFINPIFEFSRAMR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ALLKASTIEIMLLETARRYNHETECITFLKDFTYSKDDFHRAGLQVEFINPIFEFSRAMR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 RLGLDDAEYALLIAINIFSADRPNVQEPGRVEALQQPYVEALLSYTRIKRPQDQLRFPRM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 RLGLDDAEYALLIAINIFSADRPNVQEPGRVEALQQPYVEALLSYTRIKRPQDQLRFPRM
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KB8 LMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWDVHE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWDVHE
430 440 450 460
>>CCDS58673.1 NR1H2 gene_id:7376|Hs108|chr19 (363 aa)
initn: 1967 init1: 1967 opt: 1967 Z-score: 1442.5 bits: 275.8 E(32554): 5e-74
Smith-Waterman score: 2206; 78.9% identity (78.9% similar) in 460 aa overlap (1-460:1-363)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSSPTTSSLDTPLPGNGPPQPGAPSSSPTVKEEGPEPWPGGPDPDVPGTDEASSACSTDW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MSSPTTSSLDTPLPGNGPPQPGAPSSSPTVKEEGPEPWPGGPDPDVPGTDEASSACSTDW
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 VIPDPEEEPERKRKKGPAPKMLGHELCRVCGDKASGFHYNVLSCEGCKGFFRRSVVRGGA
:
CCDS58 ---------------G--------------------------------------------
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 RRYACRGGGTCQMDAFMRRKCQQCRLRKCKEAGMREQCVLSEEQIRKKKIRKQQQESQSQ
::::::::::::::::::::::
CCDS58 --------------------------------------VLSEEQIRKKKIRKQQQESQSQ
70 80
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 SQSPVGPQGSSSSASGPGASPGGSEAGSQGSGEGEGVQLTAAQELMIQQLVAAQLQCNKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SQSPVGPQGSSSSASGPGASPGGSEAGSQGSGEGEGVQLTAAQELMIQQLVAAQLQCNKR
90 100 110 120 130 140
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 SFSDQPKVTPWPLGADPQSRDARQQRFAHFTELAIISVQEIVDFAKQVPGFLQLGREDQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SFSDQPKVTPWPLGADPQSRDARQQRFAHFTELAIISVQEIVDFAKQVPGFLQLGREDQI
150 160 170 180 190 200
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 ALLKASTIEIMLLETARRYNHETECITFLKDFTYSKDDFHRAGLQVEFINPIFEFSRAMR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ALLKASTIEIMLLETARRYNHETECITFLKDFTYSKDDFHRAGLQVEFINPIFEFSRAMR
210 220 230 240 250 260
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 RLGLDDAEYALLIAINIFSADRPNVQEPGRVEALQQPYVEALLSYTRIKRPQDQLRFPRM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 RLGLDDAEYALLIAINIFSADRPNVQEPGRVEALQQPYVEALLSYTRIKRPQDQLRFPRM
270 280 290 300 310 320
430 440 450 460
pF1KB8 LMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWDVHE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWDVHE
330 340 350 360
>>CCDS44585.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 (402 aa)
initn: 1837 init1: 1228 opt: 1234 Z-score: 909.8 bits: 177.4 E(32554): 2.4e-44
Smith-Waterman score: 1811; 69.3% identity (84.6% similar) in 397 aa overlap (64-460:30-402)
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 GPEPWPGGPDPDVPGTDEASSACSTDWVIPDPEEEPERKRKKGPAPKMLGHELCRVCGDK
.: : .::::::::::::.::: :::::
CCDS44 MPHSAGGTAGVGLEAAEPTALLTRAEPPSEPTEIRPQKRKKGPAPKMLGNELCSVCGDK
10 20 30 40 50
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 ASGFHYNVLSCEGCKGFFRRSVVRGGARRYACRGGGTCQMDAFMRRKCQQCRLRKCKEAG
::::::::::::::::::::::..:. .: :..:: : ::..::::::.::::::..::
CCDS44 ASGFHYNVLSCEGCKGFFRRSVIKGA--HYICHSGGHCPMDTYMRRKCQECRLRKCRQAG
60 70 80 90 100 110
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 MREQCVLSEEQIRKKKIRKQQQESQSQSQSPVGPQGSSSSASGPGASPGGSEAGSQGSGE
:::.::::::::: ::...:..:. .. : :..:: : :
CCDS44 MREECVLSEEQIRLKKLKRQEEEQAHATSLP--PRASSP----PQILP------------
120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 GEGVQLTAAQELMIQQLVAAQLQCNKRSFSDQPKVTPWPLGADPQSRDARQQRFAHFTEL
::. : ::..::::: :::.:::::. .:::::.. ::.::.::::::::::::
CCDS44 ----QLSPEQLGMIEKLVAAQQQCNRRSFSDRLRVTPWPMAPDPHSREARQQRFAHFTEL
160 170 180 190 200 210
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 AIISVQEIVDFAKQVPGFLQLGREDQIALLKASTIEIMLLETARRYNHETECITFLKDFT
::.:::::::::::.::::::.:::::::::.:.::.:::::.:::: .: :::::::.
CCDS44 AIVSVQEIVDFAKQLPGFLQLSREDQIALLKTSAIEVMLLETSRRYNPGSESITFLKDFS
220 230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KB8 YSKDDFHRAGLQVEFINPIFEFSRAMRRLGLDDAEYALLIAINIFSADRPNVQEPGRVEA
:...:: .:::::::::::::::::: .: :.:::.::::::.::::::::::. .::
CCDS44 YNREDFAKAGLQVEFINPIFEFSRAMNELQLNDAEFALLIAISIFSADRPNVQDQLQVER
280 290 300 310 320 330
400 410 420 430 440 450
pF1KB8 LQQPYVEALLSYTRIKRPQDQLRFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLS
::. ::::: .:. :..:.:.: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LQHTYVEALHAYVSIHHPHDRLMFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLS
340 350 360 370 380 390
460
pF1KB8 EIWDVHE
:::::::
CCDS44 EIWDVHE
400
>>CCDS7929.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 (447 aa)
initn: 1837 init1: 1228 opt: 1234 Z-score: 909.2 bits: 177.5 E(32554): 2.5e-44
Smith-Waterman score: 1835; 62.8% identity (78.9% similar) in 460 aa overlap (4-460:13-447)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MSSPTTSSLDTPLPGNGPPQPGAPSSSPTV-KEEGPEPWPGGPDPDVPGTD
: :... :: . : ..: . .::. : .: : : .
CCDS79 MSLWLGAPVPDIPPDSAVELWKPGAQDASSQAQGGSSCILREEARMPHSAGGTAGV-GLE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KB8 EASSACSTDWVIP--DPEEEPERKRKKGPAPKMLGHELCRVCGDKASGFHYNVLSCEGCK
: . . : .: : .::::::::::::.::: ::::::::::::::::::::
CCDS79 AAEPTALLTRAEPPSEPTEIRPQKRKKGPAPKMLGNELCSVCGDKASGFHYNVLSCEGCK
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 GFFRRSVVRGGARRYACRGGGTCQMDAFMRRKCQQCRLRKCKEAGMREQCVLSEEQIRKK
:::::::..:. .: :..:: : ::..::::::.::::::..:::::.::::::::: :
CCDS79 GFFRRSVIKGA--HYICHSGGHCPMDTYMRRKCQECRLRKCRQAGMREECVLSEEQIRLK
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 KIRKQQQESQSQSQSPVGPQGSSSSASGPGASPGGSEAGSQGSGEGEGVQLTAAQELMIQ
:...:..:. .. : :..:: : : ::. : ::.
CCDS79 KLKRQEEEQAHATSLP--PRASSP----PQILP----------------QLSPEQLGMIE
180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 QLVAAQLQCNKRSFSDQPKVTPWPLGADPQSRDARQQRFAHFTELAIISVQEIVDFAKQV
.::::: :::.:::::. .:::::.. ::.::.::::::::::::::.:::::::::::.
CCDS79 KLVAAQQQCNRRSFSDRLRVTPWPMAPDPHSREARQQRFAHFTELAIVSVQEIVDFAKQL
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 PGFLQLGREDQIALLKASTIEIMLLETARRYNHETECITFLKDFTYSKDDFHRAGLQVEF
::::::.:::::::::.:.::.:::::.:::: .: :::::::.:...:: .:::::::
CCDS79 PGFLQLSREDQIALLKTSAIEVMLLETSRRYNPGSESITFLKDFSYNREDFAKAGLQVEF
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KB8 INPIFEFSRAMRRLGLDDAEYALLIAINIFSADRPNVQEPGRVEALQQPYVEALLSYTRI
::::::::::: .: :.:::.::::::.::::::::::. .:: ::. ::::: .:. :
CCDS79 INPIFEFSRAMNELQLNDAEFALLIAISIFSADRPNVQDQLQVERLQHTYVEALHAYVSI
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KB8 KRPQDQLRFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWDVHE
..:.:.: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 HHPHDRLMFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWDVHE
400 410 420 430 440
>>CCDS73285.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 (453 aa)
initn: 1837 init1: 1228 opt: 1234 Z-score: 909.1 bits: 177.5 E(32554): 2.6e-44
Smith-Waterman score: 1830; 63.0% identity (79.1% similar) in 459 aa overlap (5-460:20-453)
10 20 30 40
pF1KB8 MSSPTTSSLDTPLPGNGPPQPGAPSSSPTV-KEEGPEPWPGGPDP
: :... :: . : ..: . .::. : .:
CCDS73 MQQTSWNPLGGTCKQPPGRTHSAVELWKPGAQDASSQAQGGSSCILREEARMPHSAGGTA
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 DVPGTDEASSACSTDWVIP--DPEEEPERKRKKGPAPKMLGHELCRVCGDKASGFHYNVL
: : . : . . : .: : .::::::::::::.::: ::::::::::::::
CCDS73 GV-GLEAAEPTALLTRAEPPSEPTEIRPQKRKKGPAPKMLGNELCSVCGDKASGFHYNVL
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 SCEGCKGFFRRSVVRGGARRYACRGGGTCQMDAFMRRKCQQCRLRKCKEAGMREQCVLSE
:::::::::::::..:. .: :..:: : ::..::::::.::::::..:::::.:::::
CCDS73 SCEGCKGFFRRSVIKGA--HYICHSGGHCPMDTYMRRKCQECRLRKCRQAGMREECVLSE
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 EQIRKKKIRKQQQESQSQSQSPVGPQGSSSSASGPGASPGGSEAGSQGSGEGEGVQLTAA
:::: ::...:..:. .. : :..:: : : ::.
CCDS73 EQIRLKKLKRQEEEQAHATSLP--PRASSP----PQILP----------------QLSPE
180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 QELMIQQLVAAQLQCNKRSFSDQPKVTPWPLGADPQSRDARQQRFAHFTELAIISVQEIV
: ::..::::: :::.:::::. .:::::.. ::.::.::::::::::::::.::::::
CCDS73 QLGMIEKLVAAQQQCNRRSFSDRLRVTPWPMAPDPHSREARQQRFAHFTELAIVSVQEIV
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 DFAKQVPGFLQLGREDQIALLKASTIEIMLLETARRYNHETECITFLKDFTYSKDDFHRA
:::::.::::::.:::::::::.:.::.:::::.:::: .: :::::::.:...:: .:
CCDS73 DFAKQLPGFLQLSREDQIALLKTSAIEVMLLETSRRYNPGSESITFLKDFSYNREDFAKA
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KB8 GLQVEFINPIFEFSRAMRRLGLDDAEYALLIAINIFSADRPNVQEPGRVEALQQPYVEAL
::::::::::::::::: .: :.:::.::::::.::::::::::. .:: ::. :::::
CCDS73 GLQVEFINPIFEFSRAMNELQLNDAEFALLIAISIFSADRPNVQDQLQVERLQHTYVEAL
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KB8 LSYTRIKRPQDQLRFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWDVHE
.:. :..:.:.: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 HAYVSIHHPHDRLMFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWDVHE
400 410 420 430 440 450
>>CCDS44584.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 (387 aa)
initn: 1349 init1: 760 opt: 760 Z-score: 565.8 bits: 113.7 E(32554): 3.4e-25
Smith-Waterman score: 1360; 52.0% identity (66.1% similar) in 460 aa overlap (4-460:13-387)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MSSPTTSSLDTPLPGNGPPQPGAPSSSPTV-KEEGPEPWPGGPDPDVPGTD
: :... :: . : ..: . .::. : .: : : .
CCDS44 MSLWLGAPVPDIPPDSAVELWKPGAQDASSQAQGGSSCILREEARMPHSAGGTAGV-GLE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KB8 EASSACSTDWVIP--DPEEEPERKRKKGPAPKMLGHELCRVCGDKASGFHYNVLSCEGCK
: . . : .: : .::::::::::::.::: ::::::::::::::::::::
CCDS44 AAEPTALLTRAEPPSEPTEIRPQKRKKGPAPKMLGNELCSVCGDKASGFHYNVLSCEGCK
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 GFFRRSVVRGGARRYACRGGGTCQMDAFMRRKCQQCRLRKCKEAGMREQCVLSEEQIRKK
:::::::..:. .: :..:: : ::..::::::.::::::..:::::.::::::::: :
CCDS44 GFFRRSVIKGA--HYICHSGGHCPMDTYMRRKCQECRLRKCRQAGMREECVLSEEQIRLK
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 KIRKQQQESQSQSQSPVGPQGSSSSASGPGASPGGSEAGSQGSGEGEGVQLTAAQELMIQ
:...:..:. .. : :..:: : : ::. : ::.
CCDS44 KLKRQEEEQAHATSLP--PRASSP----PQILP----------------QLSPEQLGMIE
180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 QLVAAQLQCNKRSFSDQPKVTPWPLGADPQSRDARQQRFAHFTELAIISVQEIVDFAKQV
.::::: :::.:::::. .::
CCDS44 KLVAAQQQCNRRSFSDRLRVT---------------------------------------
220 230
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 PGFLQLGREDQIALLKASTIEIMLLETARRYNHETECITFLKDFTYSKDDFHRAGLQVEF
.:::::.:::: .: :::::::.:...:: .:::::::
CCDS44 ---------------------VMLLETSRRYNPGSESITFLKDFSYNREDFAKAGLQVEF
240 250 260 270
350 360 370 380 390 400
pF1KB8 INPIFEFSRAMRRLGLDDAEYALLIAINIFSADRPNVQEPGRVEALQQPYVEALLSYTRI
::::::::::: .: :.:::.::::::.::::::::::. .:: ::. ::::: .:. :
CCDS44 INPIFEFSRAMNELQLNDAEFALLIAISIFSADRPNVQDQLQVERLQHTYVEALHAYVSI
280 290 300 310 320 330
410 420 430 440 450 460
pF1KB8 KRPQDQLRFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWDVHE
..:.:.: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 HHPHDRLMFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWDVHE
340 350 360 370 380
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:::::::::::::.: .::::::::::..
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: . :. .:... : ::: ::..:: :: .. . .. . .: ::
CCDS54 RMKLEYEKCER--SCKIQKKNRNKCQYCRFQKCLALGMSHNAIRFGRMPEAEK-RKLVAG
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.. : .:: .. .: . . . .. . ..... :.. .: .
CCDS54 LTANEGSQYNPQVADLKAFSKHIYNAYLKNFNMTKKKARSILTGKASH------TAPFVI
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. ... . : : ... : .. . : . .. .:.:...:::..:.: .:
CCDS54 HDIETLWQAEKGLVWKQLVNGLPPYKEISVHVFYRCQCTTVETVRELTEFAKSIPSFSSL
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pF1KB8 GREDQIALLKASTIEIMLLETARRYNHETECITFLKDFTYSKDDFHRAGLQVEF---INP
.::..::: .. : .. : :.. .. . :. .: :. :. : :.:
CCDS54 FLNDQVTLLKYGVHEAIFAMLASIVNKDGLLVANGSGFVTR--EFLRS-LRKPFSDIIEP
240 250 260 270 280 290
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pF1KB8 IFEFSRAMRRLGLDDAEYALLIAINIFSADRPNVQEPGRVEALQQPYVEALLSYTRIKRP
:::. . : :::.. ::.:: :. .:::.... ::::.:. ..:: . . ..:
CCDS54 KFEFAVKFNALELDDSDLALFIAAIILCGDRPGLMNVPRVEAIQDTILRALEFHLQANHP
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. : ::..:.:...:: : . :.... .. . . : :::.::.
CCDS54 DAQYLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQMMQRIKKTETETSLHPLLQEIYKDMY
360 370 380 390 400
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10 20 30 40 50
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CCDS48 SRSSS---PPSLLDQLQMGCDGASCGSLNME-CRVCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRT
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. : . :. .:... : ::: ::..:: :: .. . .. . .: ::
CCDS48 I-RMKLEYEKCER--SCKIQKKNRNKCQYCRFQKCLALGMSHNAIRFGRMPEAEK-RKLV
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pF1KB8 QESQSQSQSPVGPQGSSSSASGPGASPGGSEAGSQGSGEGEGVQLTAAQELMIQQLVAAQ
.. : .:: .. .: . . . .. . ..... :.. .:
CCDS48 AGLTANEGSQYNPQVADLKAFSKHIYNAYLKNFNMTKKKARSILTGKASH------TAPF
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pF1KB8 LQCNKRSFSDQPKVTPWP--LGADPQSRDARQQRFAHFTELAIISVQEIVDFAKQVPGFL
. . ... . : : ... : .. . : . .. .:.:...:::..:.:
CCDS48 VIHDIETLWQAEKGLVWKQLVNGLPPYKEISVHVFYRCQCTTVETVRELTEFAKSIPSFS
220 230 240 250 260 270
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pF1KB8 QLGREDQIALLKASTIEIMLLETARRYNHETECITFLKDFTYSKDDFHRAGLQVEF---I
.: .::..::: .. : .. : :.. .. . :. .: :. :. : :
CCDS48 SLFLNDQVTLLKYGVHEAIFAMLASIVNKDGLLVANGSGFVTR--EFLRS-LRKPFSDII
280 290 300 310 320
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pF1KB8 NPIFEFSRAMRRLGLDDAEYALLIAINIFSADRPNVQEPGRVEALQQPYVEALLSYTRIK
.: :::. . : :::.. ::.:: :. .:::.... ::::.:. ..:: . . .
CCDS48 EPKFEFAVKFNALELDDSDLALFIAAIILCGDRPGLMNVPRVEAIQDTILRALEFHLQAN
330 340 350 360 370 380
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pF1KB8 RPQDQLRFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKK--LPPLLSEIWDVHE
.:. : ::..:.:...:: : . :.... .. . . : :::.::.
CCDS48 HPDAQYLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQMMQRIKKTETETSLHPLLQEIYKDMY
390 400 410 420 430 440
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10 20 30 40
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50 60 70 80 90 100
pF1KB8 VPGTDEASSACSTDWVIPDPE--EEPERKRKK--GPAPKMLGHELCRVCGDKASGFHYNV
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:.:::::::::::...... : :..::.: :: .::::::.:::::::: :: .:.:.
CCDS90 LTCEGCKGFFRRSITKNAV--YKCKNGGNCVMDMYMRRKCQECRLRKCKEMGMLAECLLT
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170 180 190 200 210 220
pF1KB8 EEQIRKKKIRKQQQESQSQSQSPVGPQGSSSSASGPGASPGGSEAGSQGSGEGEGVQLTA
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CCDS90 EIQCKSKRLRKNVKQHADQTVNE-DSEGRDLR-----------QVTSTTKSCREKTELTP
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230 240 250 260 270 280
pF1KB8 AQELMIQQLVAAQLQCNKRSFSDQPKVTPWPLGADPQSRDARQQRFAHFTELAIISVQEI
:. ... .. . ::. . .. .: : . .. .. : .::.: :: .
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pF1KB8 VDFAKQVPGFLQLGREDQIALLKASTIEIMLLETARRYNHETECITFLKDFTYSKDDFHR
:.:.:..::: : .::::::::.:..: :.:..:. .:.. . .:. .. ..
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.:.. :.:.:.: : ... .: . . ::::: :: :.: :: ... :: ::.: ...
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: . .:..:.. .: .: .:. :::.. :.:.... :..:.:. ::: :::::.
CCDS90 LQKLCKIHQPENPQHFACLLGRLTELRTFNHHHAEMLMSWRVNDHKFTPLLCEIWDVQ
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10 20 30 40
pF1KB8 MSSPTTSSLDTPLPGNGPPQPGAPSSSPTVK----EEGPEPWPGGPDPD
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pF1KB8 VPGTDEASSACSTDWVIPDPE--EEPERKRKK--GPAPKMLGHELCRVCGDKASGFHYNV
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CCDS55 -PGIYELRRMPAETLYQGETEVAEMPVTKKPRMGASAGRIKGDELCVVCGDRASGYHYNA
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:.:::::::::::...... : :..::.: :: .::::::.:::::::: :: .:.:.
CCDS55 LTCEGCKGFFRRSITKNAV--YKCKNGGNCVMDMYMRRKCQECRLRKCKEMGMLAECLLT
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170 180 190 200 210 220
pF1KB8 EEQIRKKKIRKQQQESQSQSQSPVGPQGSSSSASGPGASPGGSEAGSQGSGEGEGVQLTA
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CCDS55 EIQCKSKRLRKNVKQHADQTVNE-DSEGRDLR-----------QVTSTTKSCREKTELTP
210 220 230 240 250
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 AQELMIQQLVAAQLQCNKRSFSDQPKVTPWPLGADPQSRDARQQRFAHFTELAIISVQEI
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CCDS55 DQQTLLHFIMDSY---NKQRMPQE--ITNKILKEEFSA----EENFLILTEMATNHVQVL
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CCDS55 VEFTKKLPGFQTLDHEDQIALLKGSAVEAMFLRSAEIFNKKLP--SGHSDLL--EERIRN
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pF1KB8 AGLQVEFINPIFEFSRAMRRLGLDDAEYALLIAINIFSADRPNVQEPGRVEALQQPYVEA
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CCDS55 SGISDEYITPMFSFYKSIGELKMTQEEYALLTAIVILSPDRQYIKDREAVEKLQEPLLDV
370 380 390 400 410 420
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pF1KB8 LLSYTRIKRPQDQLRFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWDVHE
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CCDS55 LQKLCKIHQPENPQHFACLLGRLTELRTFNHHHAEMLMSWRVNDHKFTPLLCEIWDVQ
430 440 450 460 470 480
460 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 10:03:43 2016 done: Fri Nov 4 10:03:44 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]