Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8198
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8198, 201 aa
1>>>pF1KB8198 201 - 201 aa - 201 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0388+/-0.000918; mu= 15.3086+/- 0.056
mean_var=74.5673+/-15.232, 0's: 0 Z-trim(106.9): 224 B-trim: 320 in 2/48
Lambda= 0.148525
statistics sampled from 9004 (9249) to 9004 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.654), E-opt: 0.2 (0.284), width: 16
Scan time: 1.360
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 1307 289.0 1.3e-78
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 1215 269.3 1.2e-72
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 722 163.7 7.3e-41
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 720 163.2 9.9e-41
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 704 159.8 1e-39
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 699 158.7 2.2e-39
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 694 157.7 4.6e-39
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 630 144.0 6.6e-35
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 619 141.6 3.4e-34
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 616 141.0 5.9e-34
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 613 140.3 8.2e-34
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 609 139.5 1.5e-33
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 607 139.0 2e-33
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 606 138.8 2.3e-33
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 605 138.6 2.7e-33
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 601 137.8 4.8e-33
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 601 137.8 4.9e-33
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 599 137.3 6e-33
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 599 137.3 6.8e-33
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 598 137.1 7.6e-33
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 591 135.6 2.1e-32
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 588 134.9 3e-32
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 585 134.3 5.1e-32
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 580 133.2 1e-31
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 577 132.7 1.9e-31
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 568 130.7 6.5e-31
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 560 129.0 2.1e-30
CCDS53836.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 152) 558 128.4 2.2e-30
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 553 127.5 6e-30
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 546 126.0 1.7e-29
CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 546 126.0 1.9e-29
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 542 125.1 3e-29
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 541 124.9 3.5e-29
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 531 122.7 1.6e-28
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 529 122.3 2.1e-28
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 518 120.0 1.1e-27
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 515 119.2 1.3e-27
CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 506 117.4 6.8e-27
CCDS14621.1 RAB33A gene_id:9363|Hs108|chrX ( 237) 501 116.4 1.5e-26
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 492 114.4 5.1e-26
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 486 113.1 1.3e-25
CCDS6662.1 RASEF gene_id:158158|Hs108|chr9 ( 740) 486 113.6 3.2e-25
CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 479 111.6 3.3e-25
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 477 111.2 4.7e-25
CCDS45826.1 RAB31 gene_id:11031|Hs108|chr18 ( 195) 476 110.9 5.2e-25
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 474 110.5 7.3e-25
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 472 110.1 9.8e-25
CCDS11816.1 RAB40B gene_id:10966|Hs108|chr17 ( 278) 471 110.0 1.4e-24
CCDS56275.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 155) 468 109.1 1.4e-24
CCDS9768.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 208) 469 109.5 1.5e-24
>>CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 (201 aa)
initn: 1307 init1: 1307 opt: 1307 Z-score: 1524.7 bits: 289.0 E(32554): 1.3e-78
Smith-Waterman score: 1307; 100.0% identity (100.0% similar) in 201 aa overlap (1-201:1-201)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTIKLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTIKLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 IWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEIDRYASENVNKLLVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 IWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEIDRYASENVNKLLVG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 NKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQAFMTMAAEIKKRMGPGAASG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 NKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQAFMTMAAEIKKRMGPGAASG
130 140 150 160 170 180
190 200
pF1KB8 GERPNLKIDSTPVKPAGGGCC
:::::::::::::::::::::
CCDS31 GERPNLKIDSTPVKPAGGGCC
190 200
>>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa)
initn: 1119 init1: 1119 opt: 1215 Z-score: 1418.0 bits: 269.3 E(32554): 1.2e-72
Smith-Waterman score: 1215; 93.1% identity (97.0% similar) in 202 aa overlap (1-201:4-205)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 KLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEIDRYASENVNKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::. ::::::::::::::::::::
CCDS46 KLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYASENVNKL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 LVGNKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQAFMTMAAEIKKRMGPGA
::::: ::::::::: :::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::
CCDS46 LVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMAAEIKKRMGPGA
130 140 150 160 170 180
180 190 200
pF1KB8 ASGG-ERPNLKIDSTPVKPAGGGCC
..:: :. :.::.::::: .:::::
CCDS46 TAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC
190 200
>>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa)
initn: 714 init1: 714 opt: 722 Z-score: 847.1 bits: 163.7 E(32554): 7.3e-41
Smith-Waterman score: 722; 55.9% identity (86.7% similar) in 188 aa overlap (1-184:1-188)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTIKLQ
: :::::::::::::::::.:::.::..:... ..:::::.:::::::::::: ::::
CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFKIRTIELDGKKIKLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 IWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEIDRYASENVNKLLVG
::::::::::::::..::::: ::..:::.:...:. :.:.:...:...:: .:.....:
CCDS10 IWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNIEEHASSDVERMILG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB8 NKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQAFMTMAAEI----KKRMGPG
:: :.. :. :.. ....: . :: :::::::...:::.::.:.: .: ...:. .
CCDS10 NKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANVEEAFFTLARDIMTKLNRKMNDS
130 140 150 160 170 180
180 190 200
pF1KB8 AASGGERPNLKIDSTPVKPAGGGCC
..:. :
CCDS10 NSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
190 200
>>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa)
initn: 711 init1: 711 opt: 720 Z-score: 844.8 bits: 163.2 E(32554): 9.9e-41
Smith-Waterman score: 720; 55.4% identity (82.6% similar) in 195 aa overlap (1-192:1-193)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTIKLQ
: :::::::::::::::::.:.:.::..:... ..:::::.:::::::::::: ::::
CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRTIELDGKRIKLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 IWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEIDRYASENVNKLLVG
::::::::::::::..::::: ::..:::.:...:. :...:...:...:: .:.:...:
CCDS12 IWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEHASADVEKMILG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB8 NKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQAFMTMAAEIKKRMGP---GA
:: :.. :. :.. ....: . :: :.::::: :::.::.:.: .:: .: :
CCDS12 NKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLARDIKAKMDKKLEGN
130 140 150 160 170 180
180 190 200
pF1KB8 ASGGERPNLKIDSTPVKPAGGGCC
. : ..:: ::
CCDS12 SPQGSNQGVKI--TPDQQKRSSFFRCVLL
190 200
>>CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 (203 aa)
initn: 682 init1: 682 opt: 704 Z-score: 826.3 bits: 159.8 E(32554): 1e-39
Smith-Waterman score: 704; 54.3% identity (84.2% similar) in 184 aa overlap (1-184:1-184)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTIKLQ
: ::.::::::::::::::.::..:::.:.....::::::.::::::....:: ::::
CCDS10 MAKAYDHLFKLLLIGDSGVGKTCLIIRFAEDNFNNTYISTIGIDFKIRTVDIEGKKIKLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 IWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEIDRYASENVNKLLVG
.:::::::::.:::..::::: :::.:::.::..:. :...:.. : . :: .:..::.:
CCDS10 VWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFENIQNWMKSIKENASAGVERLLLG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 NKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQAFMTMAAEIKKRMGPGAASG
:: :. .:. :.. : ..: :: :.:::::.. ::..:: ..: .: . : ...
CCDS10 NKCDMEAKRKVQKEQADKLAREHGIRFFETSAKSSMNVDEAFSSLARDILLKSGGRRSGN
130 140 150 160 170 180
190 200
pF1KB8 GERPNLKIDSTPVKPAGGGCC
:..:
CCDS10 GNKPPSTDLKTCDKKNTNKCSLG
190 200
>>CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 (200 aa)
initn: 695 init1: 695 opt: 699 Z-score: 820.6 bits: 158.7 E(32554): 2.2e-39
Smith-Waterman score: 699; 53.5% identity (80.8% similar) in 198 aa overlap (5-201:6-200)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTIKL
:: ::::::::::::::.:.:.::.::... ..:::::.::::.:.::.:: :::
CCDS17 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFISTIGIDFKIKTVELQGKKIKL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 QIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEIDRYASENVNKLLV
:::::::::::.:::.:::::: ::..:::.:. .:. :...::..::..:.:.:...:.
CCDS17 QIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFENISKWLRNIDEHANEDVERMLL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 GNKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQAFMTMAAEIKKRMGPGAAS
::: :. :.:: . ....: :: :.::::: :.:.::.:.: .: .. :
CCDS17 GNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINIEKAFLTLAEDILRKT-PVKEP
130 140 150 160 170
180 190 200
pF1KB8 GGERPNLKIDSTP-VKPAGGGCC
..: :. :.: : . ::
CCDS17 NSE--NVDISSGGGVTGWKSKCC
180 190 200
>>CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 (201 aa)
initn: 683 init1: 558 opt: 694 Z-score: 814.8 bits: 157.7 E(32554): 4.6e-39
Smith-Waterman score: 694; 54.0% identity (77.7% similar) in 202 aa overlap (1-201:1-201)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTIKLQ
: .::.:::::.::::::::: :::::::.:.. :::.::::::::::.:..:. .:::
CCDS41 MARDYDHLFKLLIIGDSGVGKSSLLLRFADNTFSGSYITTIGVDFKIRTVEINGEKVKLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 IWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEIDRYASENVNKLLVG
:::::::::::::::.::::.::.:::::::. ::..:::.::.::.. ..: ..:::
CCDS41 IWDTAGQERFRTITSTYYRGTHGVIVVYDVTSAESFVNVKRWLHEINQ-NCDDVCRILVG
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB8 NKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQAFMTMAAEI-KKRMGPGAAS
::.: .:::.. : .:: ..:: ..:::::. .:::. : .. . . . : .
CCDS41 NKNDDPERKVVETEDAYKFAGQMGIQLFETSAKENVNVEEMFNCITELVLRAKKDNLAKQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200
pF1KB8 GGERPNLKIDSTPVKPAGGGCC
.. : . : . ::
CCDS41 QQQQQNDVVKLTKNSKRKKRCC
180 190 200
>>CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 (219 aa)
initn: 615 init1: 595 opt: 630 Z-score: 740.2 bits: 144.0 E(32554): 6.6e-35
Smith-Waterman score: 630; 45.4% identity (78.0% similar) in 205 aa overlap (2-200:16-219)
10 20 30 40
pF1KB8 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFK
. ..::.:::::::.:.:::. .:.:.:::..: ...::.:.:::
CCDS12 MASAGDTQAGPRDAADQNFDYMFKLLLIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 IRTIELDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEI
..:. : :::::::::::::.::::..::::: :....::...:::.: :..: .:
CCDS12 VKTVYRHDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFLLMYDIANQESFAAVQDWATQI
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 DRYASENVNKLLVGNKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQAFMTMA
:. .:.. .::::: :: ..:: ....::.::. :.:.:::. ::.:.: ..
CCDS12 KTYSWDNAQVILVGNKCDLEDERVVPAEDGRRLADDLGFEFFEASAKENINVKQVFERLV
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200
pF1KB8 AEIKKRMG----PGAASG--GERPNLKIDSTPVKPAGGGCC
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CCDS12 DVICEKMNESLEPSSSSGSNGKGPAVG-DAPAPQPSSCSC
190 200 210
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10 20 30
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40 50 60 70 80 90
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CCDS32 IRAWLTEIHEYAQRDVVIMLLGNKADMSSERVIRSEDGETLAREYGVPFLETSAKTGMNV
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160 170 180 190 200
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CCDS32 ELAFLAIAKELKYRAGHQA----DEPSFQIRDYVESQKKRSSCCSFM
190 200 210 220
>>CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 (256 aa)
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CCDS10 TGLNVDLAFTAIAKELKQR----SMKAPSEPRFRLHDYVKREGRGASCCRP
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201 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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start: Fri Nov 4 10:28:34 2016 done: Fri Nov 4 10:28:34 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]