Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8235
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8235, 220 aa
1>>>pF1KB8235 220 - 220 aa - 220 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4729+/- 0.001; mu= 12.6493+/- 0.061
mean_var=79.3808+/-15.910, 0's: 0 Z-trim(105.0): 215 B-trim: 17 in 1/49
Lambda= 0.143952
statistics sampled from 7961 (8210) to 7961 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.628), E-opt: 0.2 (0.252), width: 16
Scan time: 1.290
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 1464 313.7 5.9e-86
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 1257 270.7 5.3e-73
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 1172 253.0 1.1e-67
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 1157 249.9 9.2e-67
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 694 153.7 7.8e-38
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 672 149.2 1.9e-36
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 643 143.1 1.2e-34
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 643 143.1 1.2e-34
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 613 136.9 8.8e-33
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 611 136.5 1.2e-32
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 590 132.2 2.8e-31
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 567 127.4 6.6e-30
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 561 126.1 1.6e-29
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 526 118.9 2.6e-27
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 519 117.4 7.2e-27
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 518 117.2 9.3e-27
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 515 116.6 1.2e-26
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 513 116.2 1.7e-26
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 512 115.9 1.8e-26
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 512 115.9 1.9e-26
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 512 116.0 2e-26
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 511 115.7 2.1e-26
CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 511 116.1 5.8e-26
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 500 113.4 1e-25
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 499 113.3 1.3e-25
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 499 113.3 1.3e-25
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 498 113.0 1.5e-25
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 491 111.6 3.9e-25
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 490 111.3 4.1e-25
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 489 111.2 5.3e-25
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 487 110.8 7e-25
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 485 110.3 9.1e-25
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 483 109.9 1.2e-24
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 481 109.5 1.7e-24
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 478 108.9 2.5e-24
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 463 105.8 2.2e-23
CCDS75442.1 RAB44 gene_id:401258|Hs108|chr6 (1021) 468 107.3 3.7e-23
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 459 104.9 3.9e-23
CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 451 103.2 1.2e-22
CCDS11958.1 RAB27B gene_id:5874|Hs108|chr18 ( 218) 442 101.4 4.6e-22
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 441 101.2 5.3e-22
CCDS53836.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 152) 437 100.3 7.1e-22
CCDS82514.1 WTH3DI gene_id:150786|Hs108|chr2 ( 254) 439 100.8 8e-22
CCDS4962.1 RAB23 gene_id:51715|Hs108|chr6 ( 237) 438 100.6 8.8e-22
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 435 99.9 9.7e-22
CCDS46408.1 RAB6C gene_id:84084|Hs108|chr2 ( 254) 436 100.2 1.2e-21
CCDS10153.1 RAB27A gene_id:5873|Hs108|chr15 ( 221) 435 100.0 1.3e-21
CCDS6662.1 RASEF gene_id:158158|Hs108|chr9 ( 740) 433 99.9 4.4e-21
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 424 97.7 6.1e-21
CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 422 97.3 8.4e-21
>>CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 (220 aa)
initn: 1464 init1: 1464 opt: 1464 Z-score: 1656.6 bits: 313.7 E(32554): 5.9e-86
Smith-Waterman score: 1464; 100.0% identity (100.0% similar) in 220 aa overlap (1-220:1-220)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MASATDSRYGQKESSDQNFDYMFKILIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MASATDSRYGQKESSDQNFDYMFKILIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 VKTIYRNDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWSTQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VKTIYRNDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWSTQI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 KTYSWDNAQVLLVGNKCDMEDERVVSSERGRQLADHLGFEFFEASAKDNINVKQTFERLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 KTYSWDNAQVLLVGNKCDMEDERVVSSERGRQLADHLGFEFFEASAKDNINVKQTFERLV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220
pF1KB8 DVICEKMSESLDTADPAVTGAKQGPQLSDQQVPPHQDCAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 DVICEKMSESLDTADPAVTGAKQGPQLSDQQVPPHQDCAC
190 200 210 220
>>CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 (227 aa)
initn: 1275 init1: 1164 opt: 1257 Z-score: 1424.1 bits: 270.7 E(32554): 5.3e-73
Smith-Waterman score: 1257; 84.1% identity (96.4% similar) in 220 aa overlap (1-220:9-227)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MASATDSRYGQKESSDQNFDYMFKILIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFV
:::: :.:::::.:::::::::::.::::::::::::::::::::::: :::
CCDS39 MRHEAPMQMASAQDARYGQKDSSDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTSAFV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 STVGIDFKVKTIYRNDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNA
:::::::::::...:.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 STVGIDFKVKTVFKNEKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 VQDWSTQIKTYSWDNAQVLLVGNKCDMEDERVVSSERGRQLADHLGFEFFEASAKDNINV
::::::::::::::::::.:::::::::::::.:.:::..:...:::::::.::::::::
CCDS39 VQDWSTQIKTYSWDNAQVILVGNKCDMEDERVISTERGQHLGEQLGFEFFETSAKDNINV
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220
pF1KB8 KQTFERLVDVICEKMSESLDTADPAVTGAKQGPQLSDQQVPPHQDCAC
:::::::::.::.::::::.: :::.:.:::. .:.. ::. .:::
CCDS39 KQTFERLVDIICDKMSESLET-DPAITAAKQNTRLKETPPPPQPNCAC
190 200 210 220
>>CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 (219 aa)
initn: 1141 init1: 1107 opt: 1172 Z-score: 1328.9 bits: 253.0 E(32554): 1.1e-67
Smith-Waterman score: 1172; 77.9% identity (95.0% similar) in 222 aa overlap (1-220:1-219)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MASATDSRYGQKESSDQNFDYMFKILIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
:::.::.. : :..::::::::::.::::::::::::::::::::.::::::::::::::
CCDS56 MASVTDGKTGVKDASDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDTFTPAFVSTVGIDFK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 VKTIYRNDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWSTQI
:::.::..::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::
CCDS56 VKTVYRHEKRVKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWATQI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 KTYSWDNAQVLLVGNKCDMEDERVVSSERGRQLADHLGFEFFEASAKDNINVKQTFERLV
::::::::::.:::::::::.:::: .:.:. ::..:::.:::::::.::.:.:.:::::
CCDS56 KTYSWDNAQVILVGNKCDMEEERVVPTEKGQLLAEQLGFDFFEASAKENISVRQAFERLV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220
pF1KB8 DVICEKMSESLDTADPAVTGAKQGPQLSDQQVPP--HQDCAC
:.::.:::.:::: ::.. :.... .::: .:: .:.:.:
CCDS56 DAICDKMSDSLDT-DPSMLGSSKNTRLSD--TPPLLQQNCSC
190 200 210
>>CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 (219 aa)
initn: 1175 init1: 1111 opt: 1157 Z-score: 1312.0 bits: 249.9 E(32554): 9.2e-67
Smith-Waterman score: 1157; 77.3% identity (92.7% similar) in 220 aa overlap (1-220:1-219)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MASATDSRYGQKESSDQNFDYMFKILIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
:::: :.. : ....:::::::::.:.:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MASAGDTQAGPRDAADQNFDYMFKLLLIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 VKTIYRNDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWSTQI
:::.::.:::::::::::::::::::::::::::::::.:::::.:.::: :::::.:::
CCDS12 VKTVYRHDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFLLMYDIANQESFAAVQDWATQI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 KTYSWDNAQVLLVGNKCDMEDERVVSSERGRQLADHLGFEFFEASAKDNINVKQTFERLV
::::::::::.:::::::.:::::: .: ::.::: :::::::::::.::::::.:::::
CCDS12 KTYSWDNAQVILVGNKCDLEDERVVPAEDGRRLADDLGFEFFEASAKENINVKQVFERLV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220
pF1KB8 DVICEKMSESLDTADPAVTGAKQGPQLSDQQVPPHQDCAC
:::::::.:::. .. . ...: :: ..: .: ..:.:
CCDS12 DVICEKMNESLEPSSSSGSNGK-GPAVGDAPAPQPSSCSC
190 200 210
>>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa)
initn: 686 init1: 666 opt: 694 Z-score: 792.7 bits: 153.7 E(32554): 7.8e-38
Smith-Waterman score: 694; 52.6% identity (84.2% similar) in 196 aa overlap (17-211:3-196)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MASATDSRYGQKESSDQNFDYMFKILIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
...::.::.:.::.:.:::: :::...:.:. .:.::.:::::
CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFK
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 VKTIYRNDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWSTQI
..:: . :::::::::::::::.:::::::::::::..:.::::::.::. ...: .:
CCDS12 IRTIELDGKRIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNI
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 KTYSWDNAQVLLVGNKCDMEDERVVSSERGRQLADHLGFEFFEASAKDNINVKQTFERLV
. .. ... ...:::::..:.: ::.:::..:: :..:.:.::: ::::...: :.
CCDS12 EEHASADVEKMILGNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLA
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220
pF1KB8 DVICEKMSESLDTADPAVTGAKQGPQLS-DQQVPPHQDCAC
: ::...:. .: :..:: ... :::
CCDS12 RDIKAKMDKKLEGNSP--QGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL
170 180 190 200
>>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa)
initn: 663 init1: 643 opt: 672 Z-score: 768.0 bits: 149.2 E(32554): 1.9e-36
Smith-Waterman score: 672; 50.8% identity (85.2% similar) in 189 aa overlap (17-205:3-188)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MASATDSRYGQKESSDQNFDYMFKILIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
...::.::.:.::.:.:::: .:::...:.:. .:.::.:::::
CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFK
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 VKTIYRNDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWSTQI
..:: . :.:::::::::::::.:::::::::::::..:.::::::.::. ...: .:
CCDS10 IRTIELDGKKIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNI
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 KTYSWDNAQVLLVGNKCDMEDERVVSSERGRQLADHLGFEFFEASAKDNINVKQTFERLV
. .. .... ...::::::.:.: ::.:::..:: :..:.:.:::.. ::...: :.
CCDS10 EEHASSDVERMILGNKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANVEEAFFTLA
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220
pF1KB8 DVICEKMSESLDTADPAVTGAKQGPQLSDQQVPPHQDCAC
: :...... .. : .: ::
CCDS10 RDIMTKLNRKMNDSNSAGAG---GPVKITENRSKKTSFFRCSLL
170 180 190 200
>>CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 (200 aa)
initn: 642 init1: 620 opt: 643 Z-score: 735.7 bits: 143.1 E(32554): 1.2e-34
Smith-Waterman score: 643; 50.3% identity (81.3% similar) in 193 aa overlap (17-202:4-196)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MASATDSRYGQKESSDQNFDYMFKILIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
...: .::.:.::.:.:::: :::..::.:. .:.::.:::::
CCDS17 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFISTIGIDFK
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 VKTIYRNDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWSTQI
.::. . :.:::::::::::::..::::.:::::::..:.::::: .::. .. : .:
CCDS17 IKTVELQGKKIKLQIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFENISKWLRNI
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 KTYSWDNAQVLLVGNKCDMEDERVVSSERGRQLADHLGFEFFEASAKDNINVKQTFERLV
.. .... .:.::::::.:.::: . .:.:.: . :..:::.::: :::....: :.
CCDS17 DEHANEDVERMLLGNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINIEKAFLTLA
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220
pF1KB8 DVICEKM------SESLD-TADPAVTGAKQGPQLSDQQVPPHQDCAC
. : .: ::..: .. .::: :
CCDS17 EDILRKTPVKEPNSENVDISSGGGVTGWKSKCC
170 180 190 200
>>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa)
initn: 641 init1: 621 opt: 643 Z-score: 735.5 bits: 143.1 E(32554): 1.2e-34
Smith-Waterman score: 643; 45.8% identity (79.3% similar) in 203 aa overlap (14-216:3-199)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MASATDSRYGQKESSDQNFDYMFKILIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
: . ..::.::.:.::.:.:::. .:.:.:::..: ...::.:.:::
CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFK
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 VKTIYRNDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWSTQI
..:: . : :::::::::::::.::::..::::: :.:..::.:..:::: :..: .:
CCDS46 IRTIELDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEI
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]