Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8238
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8238, 297 aa
1>>>pF1KB8238 297 - 297 aa - 297 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3987+/-0.00115; mu= 1.3339+/- 0.068
mean_var=165.6109+/-32.851, 0's: 0 Z-trim(107.5): 40 B-trim: 20 in 1/50
Lambda= 0.099662
statistics sampled from 9561 (9587) to 9561 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.645), E-opt: 0.2 (0.294), width: 16
Scan time: 1.970
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10700.1 STX4 gene_id:6810|Hs108|chr16 ( 297) 1858 279.1 2.7e-75
CCDS61916.1 STX4 gene_id:6810|Hs108|chr16 ( 295) 1564 236.8 1.5e-62
CCDS34655.1 STX1A gene_id:6804|Hs108|chr7 ( 288) 785 124.8 7.4e-29
CCDS9269.1 STX2 gene_id:2054|Hs108|chr12 ( 287) 779 124.0 1.3e-28
CCDS9270.1 STX2 gene_id:2054|Hs108|chr12 ( 288) 773 123.1 2.5e-28
CCDS10699.1 STX1B gene_id:112755|Hs108|chr16 ( 288) 764 121.8 6e-28
CCDS7975.1 STX3 gene_id:6809|Hs108|chr11 ( 289) 697 112.2 4.8e-25
CCDS53637.1 STX3 gene_id:6809|Hs108|chr11 ( 277) 650 105.4 5e-23
CCDS55120.1 STX1A gene_id:6804|Hs108|chr7 ( 251) 607 99.2 3.3e-21
CCDS5205.1 STX11 gene_id:8676|Hs108|chr6 ( 287) 393 68.5 6.9e-12
CCDS33793.1 STX19 gene_id:415117|Hs108|chr3 ( 294) 390 68.0 9.4e-12
>>CCDS10700.1 STX4 gene_id:6810|Hs108|chr16 (297 aa)
initn: 1858 init1: 1858 opt: 1858 Z-score: 1465.1 bits: 279.1 E(32554): 2.7e-75
Smith-Waterman score: 1858; 100.0% identity (100.0% similar) in 297 aa overlap (1-297:1-297)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MRDRTHELRQGDDSSDEEDKERVALVVHPGTARLGSPDEEFFHKVRTIRQTIVKLGNKVQ
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CCDS10 MRDRTHELRQGDDSSDEEDKERVALVVHPGTARLGSPDEEFFHKVRTIRQTIVKLGNKVQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 ELEKQQVTILATPLPEESMKQELQNLRDEIKQLGREIRLQLKAIEPQKEEADENYNSVNT
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CCDS10 ELEKQQVTILATPLPEESMKQELQNLRDEIKQLGREIRLQLKAIEPQKEEADENYNSVNT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 RMRKTQHGVLSQQFVELINKCNSMQSEYREKNVERIRRQLKITNAGMVSDEELEQMLDSG
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CCDS10 RMRKTQHGVLSQQFVELINKCNSMQSEYREKNVERIRRQLKITNAGMVSDEELEQMLDSG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 QSEVFVSNILKDTQVTRQALNEISARHSEIQQLERSIRELHDIFTFLATEVEMQGEMINR
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CCDS10 QSEVFVSNILKDTQVTRQALNEISARHSEIQQLERSIRELHDIFTFLATEVEMQGEMINR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290
pF1KB8 IEKNILSSADYVERGQEHVKTALENQKKARKKKVLIAICVSITVVLLAVIIGVTVVG
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CCDS10 IEKNILSSADYVERGQEHVKTALENQKKARKKKVLIAICVSITVVLLAVIIGVTVVG
250 260 270 280 290
>>CCDS61916.1 STX4 gene_id:6810|Hs108|chr16 (295 aa)
initn: 1560 init1: 1560 opt: 1564 Z-score: 1236.7 bits: 236.8 E(32554): 1.5e-62
Smith-Waterman score: 1564; 96.3% identity (97.0% similar) in 267 aa overlap (31-297:34-295)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MRDRTHELRQGDDSSDEEDKERVALVVHPGTARLGSPDEEFFHKVRTIRQTIVKLGNKVQ
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CCDS61 TARTKRTRSGSRWWCTRARHGWGARTRSSSTSPLGHPPQ-----VRTIRQTIVKLGNKVQ
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 ELEKQQVTILATPLPEESMKQELQNLRDEIKQLGREIRLQLKAIEPQKEEADENYNSVNT
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CCDS61 ELEKQQVTILATPLPEESMKQELQNLRDEIKQLGREIRLQLKAIEPQKEEADENYNSVNT
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 RMRKTQHGVLSQQFVELINKCNSMQSEYREKNVERIRRQLKITNAGMVSDEELEQMLDSG
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CCDS61 RMRKTQHGVLSQQFVELINKCNSMQSEYREKNVERIRRQLKITNAGMVSDEELEQMLDSG
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 QSEVFVSNILKDTQVTRQALNEISARHSEIQQLERSIRELHDIFTFLATEVEMQGEMINR
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CCDS61 QSEVFVSNILKDTQVTRQALNEISARHSEIQQLERSIRELHDIFTFLATEVEMQGEMINR
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KB8 IEKNILSSADYVERGQEHVKTALENQKKARKKKVLIAICVSITVVLLAVIIGVTVVG
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CCDS61 IEKNILSSADYVERGQEHVKTALENQKKARKKKVLIAICVSITVVLLAVIIGVTVVG
240 250 260 270 280 290
>>CCDS34655.1 STX1A gene_id:6804|Hs108|chr7 (288 aa)
initn: 769 init1: 507 opt: 785 Z-score: 631.5 bits: 124.8 E(32554): 7.4e-29
Smith-Waterman score: 785; 45.7% identity (76.8% similar) in 293 aa overlap (1-292:1-284)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MRDRTHELRQGDDSSDEEDKERVALVVHPGTARLGSPDEEFFHKVRTIRQTIVKLGNKVQ
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CCDS34 MKDRTQELRTAKDSDDDDD---VAVTVD--RDRFM---DEFFEQVEEIRGFIDKIAENVE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB8 ELEKQQVTILATPLPEESMKQELQNLRDEIKQLGREIRLQLKAIEPQKE-EADENYNSVN
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CCDS34 EVKRKHSAILASPNPDEKTKEELEELMSDIKKTANKVRSKLKSIEQSIEQEEGLNRSSAD
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 TRMRKTQHGVLSQQFVELINKCNSMQSEYREKNVERIRRQLKITNAGMVSDEELEQMLDS
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CCDS34 LRIRKTQHSTLSRKFVEVMSEYNATQSDYRERCKGRIQRQLEITGRTTTS-EELEDMLES
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 GQSEVFVSNILKDTQVTRQALNEISARHSEIQQLERSIRELHDIFTFLATEVEMQGEMIN
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CCDS34 GNPAIFASGIIMDSSISKQALSEIETRHSEIIKLENSIRELHDMFMDMAMLVESQGEMID
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 RIEKNILSSADYVERGQEHVKTALENQKKARKKKVLIAICVSITVVLLAVIIGVTVVG
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CCDS34 RIEYNVEHAVDYVERAVSDTKKAVKYQSKARRKKIMIIICCVILGIVIASTVGGIFA
240 250 260 270 280
>>CCDS9269.1 STX2 gene_id:2054|Hs108|chr12 (287 aa)
initn: 764 init1: 564 opt: 779 Z-score: 626.9 bits: 124.0 E(32554): 1.3e-28
Smith-Waterman score: 780; 44.1% identity (76.4% similar) in 297 aa overlap (1-295:1-286)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MRDRTHELRQGDDSSDEEDKERVALVVHPGTARLGSPDEEFFHKVRTIRQTIVKLGNKVQ
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CCDS92 MRDRLPDLTA---CRKNDDGDTVVVVEKDHFM------DDFFHQVEEIRNSIDKITQYVE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB8 ELEKQQVTILATPLPEESMKQELQNLRDEIKQLGREIRLQLKAIEPQKEEADE--NYNSV
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CCDS92 EVKKNHSIILSAPNPEGKIKEELEDLNKEIKKTANKIRAKLKAIE-QSFDQDESGNRTSV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 NTRMRKTQHGVLSQQFVELINKCNSMQSEYREKNVERIRRQLKITNAGMVSDEELEQMLD
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CCDS92 DLRIRRTQHSVLSRKFVEAMAEYNEAQTLFRERSKGRIQRQLEITGR-TTTDDELEEMLE
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 SGQSEVFVSNILKDTQVTRQALNEISARHSEIQQLERSIRELHDIFTFLATEVEMQGEMI
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CCDS92 SGKPSIFTSDIISDSQITRQALNEIESRHKDIMKLETSIRELHEMFMDMAMFVETQGEMI
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 NRIEKNILSSADYVERGQEHVKTALENQKKARKKKVLIAICVSITVVLLAVIIGVTVVG
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CCDS92 NNIERNVMNATDYVEHAKEETKKAIKYQSKARRKLMFIIICVIVLLVILGIILATTLS
230 240 250 260 270 280
>>CCDS9270.1 STX2 gene_id:2054|Hs108|chr12 (288 aa)
initn: 755 init1: 555 opt: 773 Z-score: 622.2 bits: 123.1 E(32554): 2.5e-28
Smith-Waterman score: 774; 44.6% identity (76.5% similar) in 298 aa overlap (1-295:1-286)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MRDRTHELRQGDDSSDEEDKERVALVVHPGTARLGSPDEEFFHKVRTIRQTIVKLGNKVQ
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CCDS92 MRDRLPDLTA---CRKNDDGDTVVVVEKDHFM------DDFFHQVEEIRNSIDKITQYVE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB8 ELEKQQVTILATPLPEESMKQELQNLRDEIKQLGREIRLQLKAIEPQKEEADE--NYNSV
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CCDS92 EVKKNHSIILSAPNPEGKIKEELEDLNKEIKKTANKIRAKLKAIE-QSFDQDESGNRTSV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 NTRMRKTQHGVLSQQFVELINKCNSMQSEYREKNVERIRRQLKITNAGMVSDEELEQMLD
. :.:.:::.:::..::: . . : :. .::.. ::.:::.::. ..:.:::.::.
CCDS92 DLRIRRTQHSVLSRKFVEAMAEYNEAQTLFRERSKGRIQRQLEITGR-TTTDDELEEMLE
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 SGQSEVFVSNILKDTQVTRQALNEISARHSEIQQLERSIRELHDIFTFLATEVEMQGEMI
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CCDS92 SGKPSIFTSDIISDSQITRQALNEIESRHKDIMKLETSIRELHEMFMDMAMFVETQGEMI
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 NRIEKNILSSADYVERGQEHVKTALENQKKARKKK-VLIAICVSITVVLLAVIIGVTVVG
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CCDS92 NNIERNVMNATDYVEHAKEETKKAIKYQSKARRKKWIIIAVSV-VLVAIIALIIGLSVGK
230 240 250 260 270 280
>>CCDS10699.1 STX1B gene_id:112755|Hs108|chr16 (288 aa)
initn: 811 init1: 550 opt: 764 Z-score: 615.2 bits: 121.8 E(32554): 6e-28
Smith-Waterman score: 816; 47.6% identity (76.4% similar) in 296 aa overlap (1-295:1-286)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MRDRTHELRQGDDSSDEEDKERVALVVHPGTARLGSPDEEFFHKVRTIRQTIVKLGNKVQ
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CCDS10 MKDRTQELRSAKDSDDEEE------VVHVDRDHFM---DEFFEQVEEIRGCIEKLSEDVE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB8 ELEKQQVTILATPLPEESMKQELQNLRDEIKQLGREIRLQLKAIEPQKE-EADENYNSVN
...::. .:::.: :.:. ::::..: .::. . ..: .::::: . : : : .:..
CCDS10 QVKKQHSAILAAPNPDEKTKQELEDLTADIKKTANKVRSKLKAIEQSIEQEEGLNRSSAD
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 TRMRKTQHGVLSQQFVELINKCNSMQSEYREKNVERIRRQLKITNAGMVSDEELEQMLDS
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CCDS10 LRIRKTQHSTLSRKFVEVMTEYNATQSKYRDRCKDRIQRQLEITGR-TTTNEELEDMLES
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 GQSEVFVSNILKDTQVTRQALNEISARHSEIQQLERSIRELHDIFTFLATEVEMQGEMIN
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CCDS10 GKLAIFTDDIKMDSQMTKQALNEIETRHNEIIKLETSIRELHDMFVDMAMLVESQGEMID
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 RIEKNILSSADYVERGQEHVKTALENQKKARKKKVLIAICVSITVVLLAVIIGVTVVG
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CCDS10 RIEYNVEHSVDYVERAVSDTKKAVKYQSKARRKKIMIIICCVVLGVVLASSIGGTLGL
240 250 260 270 280
>>CCDS7975.1 STX3 gene_id:6809|Hs108|chr11 (289 aa)
initn: 737 init1: 293 opt: 697 Z-score: 563.1 bits: 112.2 E(32554): 4.8e-25
Smith-Waterman score: 718; 40.7% identity (76.6% similar) in 295 aa overlap (1-295:1-286)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MRDRTHELRQGDDSSDEEDKERVALVVHPGTARLGSPDEEFFHKVRTIRQTIVKLGNKVQ
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CCDS79 MKDRLEQLKAKQLTQDD-DTDAVEIAID-NTAFM----DEFFSEIEETRLNIDKISEHVE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 ELEKQQVTILATPLPEESMKQELQNLRDEIKQLGREIRLQLKAIEPQKEEADENYNSVNT
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CCDS79 EAKKLYSIILSAPIPEPKTKDDLEQLTTEIKKRANNVRNKLKSMEKHIEE-DEVRSSADL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 RMRKTQHGVLSQQFVELINKCNSMQSEYREKNVERIRRQLKITNAGMVSDEELEQMLDSG
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CCDS79 RIRKSQHSVLSRKFVEVMTKYNEAQVDFRERSKGRIQRQLEITGKK-TTDEELEEMLESG
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 QSEVFVSNILKDTQVTRQALNEISARHSEIQQLERSIRELHDIFTFLATEVEMQGEMINR
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CCDS79 NPAIFTSGII-DSQISKQALSEIEGRHKDIVRLESSIKELHDMFMDIAMLVENQGEMLDN
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KB8 IEKNILSSADYVERGQEHVKTALENQKKARKKKVLIAICVSITVVLLAVIIGVTVVG
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CCDS79 IELNVMHTVDHVEKARDETKKAVKYQSQARKKLIIIIVLVVVLLGILALIIGLSVGLN
240 250 260 270 280
>>CCDS53637.1 STX3 gene_id:6809|Hs108|chr11 (277 aa)
initn: 662 init1: 243 opt: 650 Z-score: 526.9 bits: 105.4 E(32554): 5e-23
Smith-Waterman score: 671; 40.1% identity (75.4% similar) in 284 aa overlap (1-284:1-275)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MRDRTHELRQGDDSSDEEDKERVALVVHPGTARLGSPDEEFFHKVRTIRQTIVKLGNKVQ
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CCDS53 MKDRLEQLKAKQLTQDD-DTDAVEIAID-NTAFM----DEFFSEIEETRLNIDKISEHVE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 ELEKQQVTILATPLPEESMKQELQNLRDEIKQLGREIRLQLKAIEPQKEEADENYNSVNT
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CCDS53 EAKKLYSIILSAPIPEPKTKDDLEQLTTEIKKRANNVRNKLKSMEKHIEE-DEVRSSADL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 RMRKTQHGVLSQQFVELINKCNSMQSEYREKNVERIRRQLKITNAGMVSDEELEQMLDSG
:.::.::.:::..:::...: : : ..::.. ::.:::.::. ..:::::.::.::
CCDS53 RIRKSQHSVLSRKFVEVMTKYNEAQVDFRERSKGRIQRQLEITGKK-TTDEELEEMLESG
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 QSEVFVSNILKDTQVTRQALNEISARHSEIQQLERSIRELHDIFTFLATEVEMQGEMINR
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CCDS53 NPAIFTSGII-DSQISKQALSEIEGRHKDIVRLESSIKELHDMFMDIAMLVENQGEMLDN
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KB8 IEKNILSSADYVERGQEHVKTALENQKKARKKKVLIAICVSITVVLLAVIIGVTVVG
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CCDS53 IELNVMHTVDHVEKARDETKKAVKYQSQARKKLISLQTGVATLVFR
240 250 260 270
>>CCDS55120.1 STX1A gene_id:6804|Hs108|chr7 (251 aa)
initn: 607 init1: 345 opt: 607 Z-score: 494.1 bits: 99.2 E(32554): 3.3e-21
Smith-Waterman score: 607; 45.5% identity (77.4% similar) in 235 aa overlap (1-234:1-226)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MRDRTHELRQGDDSSDEEDKERVALVVHPGTARLGSPDEEFFHKVRTIRQTIVKLGNKVQ
:.:::.::: . ::.:..: ::..: :. .:::..:. :: : :....:.
CCDS55 MKDRTQELRTAKDSDDDDD---VAVTV--DRDRFM---DEFFEQVEEIRGFIDKIAENVE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB8 ELEKQQVTILATPLPEESMKQELQNLRDEIKQLGREIRLQLKAIEPQKE-EADENYNSVN
:..... .:::.: :.:. :.::..: ..::. . ..: .::.:: . : : : .:..
CCDS55 EVKRKHSAILASPNPDEKTKEELEELMSDIKKTANKVRSKLKSIEQSIEQEEGLNRSSAD
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